l**********1
发帖数: 5204 | 1 Re LZ
pls go to
one RNA-seq blog
one topic:
Long noncoding RNAs in pathogenesis
web link:
http://www.rna-seqblog.com/
LncRNAs (pronounced “link”) are long non-coding RNAs that are emerging as
important regulators of gene expression in biological processes and diseases
. In this issue of the Journal of Clinical Investigation, two papers connect
lncRNAs to inherited conditions in humans.
Sylvia B-hring and colleagues at the Experimental and Clinical Research
Center in Berlin found a chromosomal ... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 2 当初从别的实验室弄来一个带GFP的lentiviral vector.刚开始的时候还想着这个载体
不错，到时可以通过看GFP来估量感染效率。
结果今天把cDNA终于克完之后，突然意识到一个问题。载体里的GFP序列也会链接到我
的LncRNA的序列后面，等于最后出来的transcript是：
5'LncRNA---GFP 3'
考！！！！
所以想请问各位大侠，有没有表达LncRNA的经验。
我现在有个想法，就是：
1. 首先确认GFP前面有没有IRES
2. 如果有，我可否在我的LncRNA后面加一段polyA,所以最后的序列就是：
5' LncRNA---polyA----IRES----GFP 3'
可行否？ |
|
l*******i
发帖数: 153 | 3 版里有做lncRNA的牛人吗？小弟请教两个问题：
（1）lncRNA的序列和二级结构的保守性如何？目前我得到一组lncRNA，在某肿瘤组织
中特异性高表达，有趣的是，它们有很相似的序列。不知这是否有值得深挖的价值没？
怎么初步验证这些相似的序列的潜在功能？
（2）lncRNA的功能研究，目前多集中在转录调节方面，有翻译后调节的model没？
谢谢! |
|
j*p
发帖数: 411 | 4 1. 如果只想测量已知lncRNA的表达量差异，80M 101bp 应该够了，如果是human 样品。
2. 如果想发现新的lncRNA，200M 101bp比较合适（这也得看你做的体系是否比较特别
，如果是，那应该会有novel lncRNA）。
3. biological replicates比一个样品测得深来得重要。理由(a)transcriptome
assembly已经不是什么新闻，没有novelty；(b)有replicate才有statistics，forget
about cufflinks p-value with only one replicate；(3)如果细胞是in vivo 或者从
组织来，replicates' variation 会比你想象的大。
4. 如果是用ribo 0，reads打75折。
5. 如果是做strand specific library，不要用那种号称4小时就能做完的kit，我看过
不少于5个不同实验样品，很明显可以看到90%reads在正确的strand上，10%在错误的
strand 上（很难判断是在反链上还是由于反链没有除干净）... 阅读全帖 |
|
x*****d
发帖数: 704 | 5 首先你得考虑一下因果关系，是lncRNA导致了疾病，还是先有了疾病，然后lncRNA的表
达升高了？如果是后者，可以考虑一下你研究的这种病和PRC1、PRC2有没有关系。比如
会不会是疾病影响了某些TF，然后那些TF上调了lncRNA。其他关于lncRNA的机理，你可
以参考一下Howard Chang关于HOTAIR和NeST的paper。 |
|
x********e
发帖数: 35261 | 6 不了解lncRNA, 不过我会担心lncRNA跟mRNA的结合蛋白不同，带到的地方也不同。所以
最后你的核糖体不一定有机会接触到lncRNA。另外，lncRNA后面挂那么大一坨，肯定会
影响它的功能吧。 |
|
i*****i
发帖数: 154 | 7 最近老板要做RNA-Seq看lncRNA的表达。
Illumina的Kit要做PolyA的selection。
但是有人说有些lncRNA是没有polyA尾巴的，所以我问问版上的大侠，大概有多少
lncRNA是没有polyA尾巴的。
是不是用Ribo-zero 处理sample做library更合适一些？
谢谢 |
|
i*****i
发帖数: 154 | 8 我们想做的是LncRNA的差异表达，本来打算用array来做的，比起传统的array，LncRNA
的array还是很贵的。但是我们觉得RNA-Seq能够得到更多的信息，而且作Multiplexing
的话，一个lane可以做4-6个sample。
不过刚入门，或者说还没有入门，没有经验。
我们用Core的service。
他们提供两种flow cell，一种是8个lane的Hi-Seq2000，每条lane能得到180M的reads/
Clusters。如果是pair end的话，当然还是180M的clusters，但是reads就加倍了。另
外一种是HiSeq2500，2-lane的flow cell，rapid mode，大概能出300M的reads/
clusters, PE cluster不变，reads加倍，当然价钱也比较贵，但是turnaround time很
快。
就传统的8个lane的Hi-Seq2000而言，一个sample大概能拿到40-50M的数据（cluster）
，pair end测序的话，大概80M左右（两次测序算两个reads，但是他们来源
于一个clu... 阅读全帖 |
|
j****x
发帖数: 1704 | 9 1. 目前没有定论，从先期研究的这些lncRNA来看，整体上序列的保守性不如结构的保
守性强。相似序列可能是来自于同一起源的多个psudogene derived lncRNA，个人猜测哈
2. 转录调节，转录后调节的例子都有。翻译后调节，目前还不多见吧，参与chromatin
remodeling complexes相互作用修饰histone不知道能不能算。 |
|
i*****i
发帖数: 154 | 10 lncRNA的表达一般都很低，我们做qPCR，很多CT都在30左右。但是，如果信表达量这么
低的话，array是怎么检测的呢？我们平时做普通的芯片，30000多个基因，如果过滤掉
低表达基因的话，也就8000-10000个基因的表达量还可以。 如果所有的lncRNA表达量
都很低的话，是不是意味着杂交信号会非常低，可信度也低？ |
|
v********a
发帖数: 646 | 11 我们做RNA-seq, 发现一个已经报道的lncRNA在病人样本中水平显著上调。现在想弄清
这个背后的原因，几无良策。
目前唯一想到的，就是分析这个lncRNA的启动子区，看看在里面能否找到和该疾病相关
的基因。
请问大家还有什么其他思路，可以去展开研究呢？
谢谢 |
|
f*********9
发帖数: 258 | 12 你说的这种是intronic lncrna吧，做下race或者northern确定下，根据ranseq设计跨
exon primer， 这里的exon是你的lncrna的exon |
|
v********a
发帖数: 646 | 13 2013年递交的NIW, 估计要到2018年才能批准。但是我的H1b在2016年上半年就过期。非
常着急，所以想拼拼EB1.
发了许多求审稿信，有些虽然答复了，但是一直没有稿件可审。
因此在这里恳求路过的能赐予审稿机会，谢谢！
审稿方向：
1、RNA和蛋白质的相互作用，尤其是long non-coding RNA (lncRNA)
2，in vitro and in vivo drug screening ， 尤其抗病毒药物，和脑给药技术的研究
谢谢！ |
|
y******5
发帖数: 18 | 14 初来咋到，j1到期还有十个月，在这之前急需攒够审稿量，有stroke，stem cell
therapy，gene therapy，lncRNA等相关领域的审稿机会，大家又没时间或者没兴趣审
的，希望不吝推荐，必有重谢。千恩万谢！！长期有效！！邮箱：yana.yaning.li@
gmail.com。 |
|
j****x
发帖数: 1704 | 15 手边没有现成的例子，只是个人的猜测
pseudogene能够转录不算新闻了，某种意义上，这些transcripts也可以算ncRNA，甚至
是有调控功能的，这方面已经有一些报道了。另一方面，pseudogene往往是成簇的，虽
然由于选择压力的大幅降低（如果不是完全消失得话），各自会累积不同的突变，但彼
此仍然保持很高的序列相似性是必然的。
我个人怀疑，ENCODE里很多新发现的lncRNA，其实可能就是源自pseudogene的转录产物
，我想这块应该有人正在相关数据分析吧 |
|
j*p
发帖数: 411 | 16 大部分(>90%)lncRNA有polyA. Ribo-zero 数据远不如polyA selected数据来得平滑.
just a trade off, up 2 you |
|
M*P
发帖数: 6456 | 17 测的再多也用处不大，除非你能用什么手段去enrich lincRNA. 因为lincRNA表达都很
低，你测的read里面大多数都是coding gene/ribosomal RNA，基本上都浪费掉了. 之
所以有人用array，就是因为这个问题。我们最近刚做过，上千个已知lincRNA里，只有
一二百个表达量超过 1 read per million.
你不如先试试 pcr，看看一些已知的lincRNA在你的 tissue里是否表达，然后跟一些已
知的house keeping mRNA比比表达量，你就知道想用RNAseq直接全把lincRNA测出来是
不可能的 。
LncRNA
Multiplexing
reads/ |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 18 just occasionally met this post,
and all sofa floor was/were only copy and paste from one proposal which sent
on last week what is about lncRNA and
machine learning...(ML) stuff n.b. not make love :-)
if juzbox (Drug Resistance) also has interest,
pls check,
video tube of online lecture > Bayesian and ML,
http://machine-learning-course.joachims.org/
or one TT AP posiiton its description,
http://bayesian.org/forums/jobs/6949 |
|
f*********9
发帖数: 258 | 19 这篇文章好新啊
多谢
没在这个讨论区看到有人做lncRNA，所以发帖问问，请问美女研究什么？ |
|
|
f*********9
发帖数: 258 | 21 除了那几个在哈佛，斯坦福，加州理工的，美国还有哪些做lncRNA实验室，能给推荐的
吗？ |
|
D***a
发帖数: 516 | 22 除了不能编码蛋白质，理论上lncRNA所具有的功能，mRNA都可能有吧。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 23 一般而言，大部分mRNA 都不太稳定，而且结构性不强（除了两端），而且和蛋白结合
力不高（除了两端有些特例）
LncRNA 则正好完全相反。 |
|
D***a
发帖数: 516 | 24 谢谢sunnyday。可是几万个mRNA总会有几个特例吧？lncRNA也不是个个都有特殊功能。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 25
特例当然是有的，但是那个就是“特例”。 mRNA的主要目的是用来做蛋白的，所以在
进化上他们的结构是受限制的，尤其是受核糖体限制。总体而言，mRNA
的coding region的结构比较flexible，不然就不容易让核糖体read through。
所以mRNA 的regulatory elements大多是在3' end, 在5' end 的则大多数是
调节核糖体的结合与组装效率的，在coding region 的则很少。
至于lncRNA, 大家的了解都还不多。但一般而言，应该是有结构或者adapter,
甚至是酶功能的。它们因为不用来做translation, 所以在进化上并不受核糖体的
限制，而是受它们的结合partner的限制，所以和mRNA会有很大的不同。 |
|
m*****i
发帖数: 628 | 26 我干兴趣如下几个小鼠lncRNA 基因，如何找它们的人类 homolog 基因？谢谢！
E030003E18Rik
4930579G18Rik
4933404O12Rik
2900005J15Rik
4930526I15Rik
4921531C22Rik
9330133O14Rik
C430049B03Rik
A930005H10Rik |
|
G***G
发帖数: 16778 | 27 is there any database about the association between
mRNA and lncRNA?
thanks. |
|
Z******5
发帖数: 435 | 28 lncRNA和mRNA之间，好像还没找到像miRNA和mRNA之间那么简单的关系吧。 |
|
发帖数: 1 | 29 你个傻逼 lncRNA不编码coding gene, 也就是说不会被翻译 串联GFP有毛线用 |
|
发帖数: 1 | 30 我可以打折卖给你一套lentivirus系统来表达lncRNA |
|
D****n
发帖数: 14 | 31 人家没准是想检测一下这个LncRNA是否表达未知peptide，你们这么激动干啥？ |
|
r**********e
发帖数: 587 | 32 用qPCR研究一段intron的表达以及功能。intron有两个区域，region1和region2；针对
这两个region分别设计了对应了primer进行扩增，primer长度都是100-200bp左右
提取了同一种cell line的genomic DNA和total RNA
我用genomic DNA作为对照。对于gDNA，region1和region2的Ct值差不多，都是25
我也用了plasmid做对照，也是差不多的Ct值
而对于cDNA，region1和region2的Ct值分别是28和30
两对引物都做了standard curve，在25-30这个范围内efficiency都是100%左右。对于
genomic DNA／plasmid，两个region都是同样的量，引物效率都是100%，所以最后相同
的Ct值。而cDNA有两个cycle的差别，是不是意味着region1产生的RNA的量更多呢？
如果是的话，我能想到的可能性时有：
1.region1除了pre－mRNA之外还存在着其他的RNA比如lncRNA
2.region1在被splice形成RNA lariat之... 阅读全帖 |
|
|
g*********d
发帖数: 233 | 34 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 35 RE LZ
here u go,
Novikova IV et al. (2012)
Structural architecture of the human long non-coding RNA, steroid receptor
RNA activator.
Nucleic Acids Res. 40: 5034-51.
Abstract
While functional roles of several long non-coding RNAs (lncRNAs) have been
determined, the molecular mechanisms are not well understood. Here, we
report the first experimentally derived secondary structure of a human
lncRNA, the steroid receptor RNA activator (SRA), 0.87 kB in size. The SRA
RNA is a non-coding RNA that coact... 阅读全帖 |
|
S*******e
发帖数: 94 | 36 很多long ncRNAs本身就比较短，表达量又低不容易检测。所以担心150bp paired end
建库的时候就是300bp左右了，容易把一些lncRNA给弄断了弄丢了。所以我的一个很个
人的建议是，直接100-nt SE就可以。重点是测得深一些，后续分析仔细点。
至于exon-exon junction，其实也无所谓了。 long ncRNA gene的本身是热点，但的
splice variant其实感觉上也不是一个特别好的热点。因为做这个的需要后续，这时
候麻烦事或者无效劳动量也挺多，个人意见了。
还有就是strand specific library之后用Cufflinks这一套去拼接lncRNA。这个如果是
intergenic的，那还好说。如果是Antisense，这个如上文有人提到，有"很多tricky的
地方"，从tophat这一步就开始了。
另外就是Poly-A selection或者Ribosomal RNA depletion。其实这两个技术回答的问题
有点不一样。 如果没有什么特异的考虑，那么我个人觉得Poly-A selection鉴定
lncRNAs
就... 阅读全帖 |
|
z*********o
发帖数: 5 | 37 谢谢！楼上的这两位做lncRNA的确很牛，最近也拜读了John Rinn的lncRNA和p53今年的
那篇文章，再对他个人经历的一番了解后，的确是牛人。思路也借鉴一下。不知各位前
辈对未来ncRNA的热点怎么认识？miRNA还是LncRNA？两者似乎都还有很大的研究空间，
尤其后者？现在非常想做这两个方向，不知大家有何建议？谢谢！ |
|
o**********n
发帖数: 2 | 38 我目前在做lncRNA，现在有的plko系统感觉效率不是很高，想用CRISPR系统来试试？
有没有哪位高人指点一下如果要使用CRSIPR去knock out或者knock down 某个lncRNA，
应该怎样操作呢？
如果在该lncRNA的启动子区域选择位点可行吗？但是又要怎样选择gRNA的序列呢？
或者是不是可以在该基因的两端各设计一条gRNA把它整段剪去呢？
谢谢各位，欢迎讨论 |
|
l*****7
发帖数: 8463 | 39 Cancer researcher retracts 19 studies at once
with 23 comments
jcheng
Jin Cheng
A former cancer biologist at the Moffitt Cancer Center in Tampa, Florida has
retracted 19 papers from a single journal.
Jin Cheng, who studies how ovarian cancer develops, withdrew 19 papers from
the Journal of Biological Chemistry originally published over the last 15
years, and corrected another. All of the retractions are for image
manipulation.
For example, here’s the notice for “Activation of phosphatidylinosito... 阅读全帖 |
|
M*P
发帖数: 6456 | 40 【 以下文字转载自 Returnee 讨论区 】
发信人: hotpot1205 (hotpot), 信区: Returnee
标 题: 寻找志同道合的一起做研究，基因表达调控，中山大学
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 20 21:59:41 2016, 美东)
本人于2013年底到中山大学中山眼科中心工作。回国前在NCI做计算生物学实验室PI。眼
科中心长期国内专业排名第一，有很高的门诊量（~100万）和手术量（~25万），中国
唯一的眼科学国家重点实验室在这里。 我从事生物信息学，研究主要基于高通量数据
及分析，一般的测序和质谱数据都做。对基因表达调控的基础研究感兴趣。现在实验室
的情况：
1. 关注（1）基因翻译调控(translational regulation of gene expression)
的全局分析和调控机制，主要用到ribosome profiling和质谱技术。（2） LncRNA能否
被翻译，翻译出的肽段的功能。
2. 实验室现有13人。计算9人，实验4人。有高性能计算集群，miseq和hiseq2500各
一台，和完备的分子... 阅读全帖 |
|
c****u
发帖数: 584 | 41 我觉的lncRNA在chromatin organization上会很有用啊。Guttman的理论，每个loop
domain的核心都是lncRNA, 类似Xist. 我是外行，听上去很有道理啊。 |
|
h********5
发帖数: 102 | 42 我是2013年底到中山大学中山眼科中心工作。回国前在NCI做计算生物学实验室PI。眼
科中心长期国内专业排名第一，有很高的门诊量（~100万）和手术量（~25万），中国
唯一的眼科学国家重点实验室在这里。 我从事生物信息学，研究主要基于高通量数据
及分析，一般的测序和质谱数据都做。对基因表达调控的基础研究感兴趣。现在实验室
的情况：
1. 现在关注（1）基因翻译调控(translational regulation of gene expression)
的全局分析和调控机制，主要用到ribosome profiling和质谱技术。（2） LncRNA能否
被翻译，翻译出的肽段的功能。
2. 实验室现有13人。计算9人，实验4人。有高性能计算集群，miseq和hiseq2500各
一台，和完备的分子生物实验室。现在各种高通量测序技术和计算平台都建好了，正常
工作。
3. 2016年5月份搬实验室，届时实验室大约300平方米。经费充足，这几年不用考虑
经费的问题。
这里看看有无志同道合的朋友一起做。这个职位的定位和待遇：
1. 特聘研究员或特聘副研究员，条件突出的... 阅读全帖 |
|
n********k
发帖数: 2818 | 43 It is likely too late for a PHD or starting postdoc...I just found out last
night, a few of ideas I am planning on lncRNA have been worked OUT and just published in either cell, mole
cell etc...sure, there would be still a couple of ys to gold-rush in term of general mechanistic studies and
many ys ahead for functional dissections... and I am sure there are a lot more groups out there working on
lncRNA now... |
|
y******g
发帖数: 3 | 44 小弟目前在做关于lncRNA的研究，在做race鉴定一些lncRNA的全长。遇到了一些问题。
求助各位高手。
我用目前的方法做出了2条全长以后，接下来怎么做都做不出来了。
我RACE完的产物每一次都能跑出很亮的1-1.5KB的条带，切胶回收连接到T载体以后测序
。发现序列都是错的，序列两端有制作模板时候加的接头序列，但是中间的片段在基因
组里都找不到，或是一些错的片段。我自己检查了引物，酶，DNTP，水都没有污染，也
不知道为什么会这样，求高手指点. |
|
T*G
发帖数: 600 | 45 应该是要加个Kozak的，其实我觉得即使加了kozak也不一定能force lncRNA promoter
表达出protein. 因为by nature lncRNA 的 promoter就不是为了配合蛋白的。
gene |
|
h********5
发帖数: 102 | 46 我是2013年底到中山大学中山眼科中心工作。回国前在NCI做计算生物学实验室PI。眼
科中心长期国内专业排名第一，有很高的门诊量（~100万）和手术量（~25万），中国
唯一的眼科学国家重点实验室在这里。 我从事生物信息学，研究主要基于高通量数据
及分析，一般的测序和质谱数据都做。对基因表达调控的基础研究感兴趣。现在实验室
的情况：
1. 现在关注（1）基因翻译调控(translational regulation of gene expression)
的全局分析和调控机制，主要用到ribosome profiling和质谱技术。（2） LncRNA能否
被翻译，翻译出的肽段的功能。
2. 实验室现有13人。计算9人，实验4人。有高性能计算集群，miseq和hiseq2500各
一台，和完备的分子生物实验室。现在各种高通量测序技术和计算平台都建好了，正常
工作。
3. 2016年5月份搬实验室，届时实验室大约300平方米。经费充足，这几年不用考虑
经费的问题。
这里看看有无志同道合的朋友一起做。这个职位的定位和待遇：
1. 特聘研究员或特聘副研究员，条件突出的... 阅读全帖 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 47 lncRNA早不算新玩意了
严重夸大，耸人听闻 |
|
发帖数: 1 | 48 Abstract
We show here that, unlike most other prokaryotic Argonaute (Ago) proteins,
which are
DNA-guided endonucleases, the Natronobacterium gregoryi-derived Ago (NgAgo)
can
function as a DNA-guided endoribonuclease, cleaving RNA, rather than DNA,
in a
targeted manner. The NgAgo protein, in complex with 5’-hydroxylated or 5’-
phosphrylated oligodeoxyribonucleotides (ODNs) of variable lengths, split
RNA targets
into two or more fragments in vitro, suggesting its physiological role in
bacteria and... 阅读全帖 |
|
b*******2
发帖数: 52 | 49 The following comments are extracted from a critique.
The field of lncRNAs, and *** in particular, is extremely competitive, so
the applicant will have plenty of company.
Is this a warning message? I don't think it is appropriate as a critique of
a grant proposal. |
|
n******8
发帖数: 558 | 50 从 keystone lncrna conference 回来。 见证了相声风格的主持人和报告人。 nature
和 nih study section 被当作靶子。 phil sharp 被暗控 stole 第一 的 credit，
还有很多娱乐的段子。登峰造极的拍马屁。 |
|
