a******8
发帖数: 56 | 1 Not necessarily.the mRNA splicing from the same genomic locus can be
different when using different promoters. There are many successful examples
when NeoR is in forward direction. |
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g*********3
发帖数: 177 | 2 对于后者如果是做whole genome in vivo/real-time怎么做，做单个locus还可能，不
过做whole genome好像不太可能吧~
有没有前人做过~ 谢谢unfieldified
不过对于组蛋白总量的变化，感觉对于处理或者未处理的，总量不回变化太大（瞎猜的
~），当然对于TET这种很general protein除外~ |
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s******s
发帖数: 13035 | 3 ok. 有人做过就行。
记得有篇用这个screen ChIP-seq antibody的paper, 我觉得就是很好的应用。
有一些locus一直要反复看，虽然第一次成本很高，但是滩平了很便宜快速 |
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l********e
发帖数: 415 | 4 idea很好 不过就目前用的几个cell line完全不够看（虽然号称用了多少多少个cell
line和tissue)
就像他们自己说的 regulatory sequence的使用是非常dynamic的
除非他们把这东西从受精卵开始 每个stage 每个cell type全做一遍
否则达不到HGP的高度
很简单的实验 看了几个已知enhancer的locus
里面完全没有
http://metatracks.encodenets.gersteinlab.org/ |
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C***2
发帖数: 62 | 5 Hey, i have aseveral questions to ask for help.
I want to knockin CreERT2 to specific locus, southern blotting suggested
that the ES clones are targeted correctly. But i am not sure if the CreERT2
is functional or not, therefore, i want to detect the function in vitro ES
based assay. My designed experiments is:
1) Electro-transfection of loxp-CMV Driven GFP-loxp plasmid to ES, the
transfected ES cells are split to 2 dish, one dish is treated with 4-OH,
another dish is conrol.
2) Prepare lentivir... 阅读全帖 |
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C***2
发帖数: 62 | 6 Thank you for your reply.
The locus i knockin Cre is expressed in ES with low level. PI want to make
sure whether the inserted Cre work functionally or not before blastocyst
injection.
I recalled that i ever electrotransfer pEGFPN3 to ES, indeed i observed
sporadic GFP. So, i decide to use CMV-Loxp-gfp-Loxp to confirm the
construction.
I feel shame on the third point, how can i make this type of mistakes.
body
Addgene
have
within
in |
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s******s
发帖数: 13035 | 7 其实你去看看encode的文章，做DNase supersensitivity的。
他们好像做上百X，基本上coverage多的，很多locus都能看出
是有未知蛋白bind的，只是不知道是什么。据说，大多数GWAS
出来的SNP都和这个有关 |
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j****x
发帖数: 1704 | 8 呵呵，所谓single copy gene自然是针对单倍体基因组而言了吧，否则注释gene locus
的时候不是得标两个chromesome，两个start/end bp，啥都得双份啦
house keeping gene是不是很多都有duplication/gene family，或者pseudogene什么
，希望能避免这些相似序列对PCR的影响。
谢谢！ |
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A******y
发帖数: 2041 | 9 Just because you have multiple copies of the same protein, does not mean all
the mRNA are they same. For example, histone H4 has 14 different alleles (
I think) for exactly the same protein all with different mRNA. You can
actually RT-PCR them all independently.
locus |
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S*********s
发帖数: 304 | 10 这个很难做,一般的基因换掉还行
VDJ locus太大
据说目前有两家把VDJ系统 humanized |
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C***2
发帖数: 62 | 12 Hey, I am going to generate GeneA+GeneB Knockin mouse in one locus.Furin
cleavage site plus P2A or T2A linker are chosen to link GeneA and GeneB.
This way, co-translation of GenaA and GeneB under endogenous promoter should
be achieved. I googled Furin cleavage site sequence, but i can't find out
accurate and reliable sequence ever used in vivo. So, if someone used or
know furin cleavage site, would you please send me the information and
reference? Moreover, i just read the furin cleavage, do... 阅读全帖 |
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X***n
发帖数: 366 | 13 brilliant method.
locus-specific probe coupled with rolling circle amplification. |
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z*t
发帖数: 863 | 14 cool！我觉得除了验证single genomic locus的epigenetic modification，各位大侠
还有什么其他的idea? |
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m******g
发帖数: 467 | 15 Nature 14.02.27
推荐：
1. Genetics of single-cell protein abundance variation in large yeast
populations
稍微了解一下：
1. Sequential evolution of bacterial morphology by co-option of a
developmental regulator
小知识：
1. Molecule makes blind mice see light
2. Monkey brains wired to share
prisoner's dilemma
3. Crowd-sourcing: Strength in numbers
4. Skin pigmentation provides evidence of convergent melanism in extinct
marine
reptiles
5. A discrete genetic locus confers xyloglucan metabolism in select human
gu... 阅读全帖 |
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g****0
发帖数: 425 | 16 Can I get the abstract as well?
How do you comment on this report?
Nucleic Acids Res. 2013 Mar 1;41(5):e63. doi: 10.1093/nar/gks1446. Epub 2012
Dec 28.
Differential integrity of TALE nuclease genes following adenoviral and
lentiviral vector gene transfer into human cells.
Holkers M, Maggio I, Liu J, Janssen JM, Miselli F, Mussolino C, Recchia A,
Cathomen T, Gonçalves MA.
Source
Department of Molecular Cell Biology, Leiden University Medical Center,
Eithovenweg 20, 2333 ZC Leiden, The Nether... 阅读全帖 |
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y*******a
发帖数: 303 | 17 Title: FLOWERING LOCUS T genes control onion bulb formation and flowering
Author: Robyn Lee,Samantha Baldwin,Fernand Kenel,John McCallum & Richard
Macknight
doi:10.1038/ncomms3884
Received
20 June 2013
Accepted
06 November 2013
Published
03 December 2013
Thanks a lot! |
|
E******g
发帖数: 170 | 18 Cao E, Liao M, Cheng Y, Julius D (2013) TRPV1 structures in distinct
conformations reveal activation mechanisms. Nature 504:113-118.
Caterina MJ, Schumacher MA, Tominaga M, Rosen TA, Levine JD, Julius D (1997)
The capsaicin receptor: a heat-activated ion channel in the pain pathway.
Nature 389:816-24.
Caterina MJ, Julius D (2001) The vanilloid receptor: a molecular gateway to
the pain pathway. Annu Rev Neurosci 24:487-517
Cosens DJ, Manning A (1969) Abnormal electroretinogram from a Drosophila
m... 阅读全帖 |
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d***s
发帖数: 1062 | 19
ucsc genome browser只能看peak，不能比较分析。
galaxy不了解，是个分析平台。
从geo上下载chip-seq的data files。上传到genome browser里my data下的customer
tracks里。
customer tracks里有对上传文件格式的要求。可以上传多个文件，同时查看。
上传完以后，你就可以搜索并查看你感兴趣的locus的TF binding peaks了。 |
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s********n
发帖数: 248 | 21 每个locus/每个基因不同gRNA target效率都有所差别，如果想合成RNA用来打老鼠，可
以先在N2a 细胞里测试一下gRNA target的效率，再选择target效率高的用来打老鼠。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 22 你自己看吧
1
00:00:01,200 --> 00:00:03,130
Hello, and welcome back to Animal
Behavior.
2
00:00:04,590 --> 00:00:06,189
When sexually reproducing animals
produce
3
00:00:06,189 --> 00:00:08,330
their offspring, they have a choice.
4
00:00:08,330 --> 00:00:13,030
They can produce either a son or a
daughter in any given reproductive event.
5
00:00:13,030 --> 00:00:15,730
In this lecture, we'll look at the
question of whether in certain
6
00:00:15,730 --> 00:00:17,330
circumstances it might pay parents t... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 23 如题，用motif finder找了一些特征基因，显示在感兴趣的locus周围。
怎么把找出来的这些motif另存成bed file? 想转移到UCSC genome browser里看 |
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y*******a
发帖数: 303 | 24 Title: A single locus confers tolerance to continuous light and allows
substantial yield increase in tomato
Author: Aaron I. Velez-Ramirez, Wim van Ieperen, Dick Vreugdenhil,
Pieter M. J. A. van Poppel, Ep Heuvelink & Frank F. Millenaar
Nature Communications 5, Article number: 4549 doi:10.1038/ncomms5549
Received 31 January 2014 Accepted 25 June 2014 Published 05 August 2014
Thanks a lot! |
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D*a
发帖数: 6830 | 25 怕打死就灌胃吧。看了一篇paper说他们的cre灌胃效果比注射好，不知道是不是tam代
谢更好一点
1. Park EJ, Sun X, Nichol P, Saijoh Y, Martin JF, et al. (2008) System for
tamoxifen-inducible expression of cre-recombinase from the Foxa2 locus in
mice. Dev Dyn 237: 447–453. doi:10.1002/dvdy.21415. |
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s********3
发帖数: 231 | 26 《科学》对STAP手稿的专家评审意见曝光
《科学》对传说中的STAP细胞论文的三名评审专家意见，过去一直被雪藏，今天终于
被曝光。专家对这一研究的评价不高，认为非常全面的描述性研究，如果结果确定，可
能导致发育生物学大厦的颠覆，其实是不相信这种研究结论。因为没有当时的投稿件，
所以没有办法对这些评价进行更深入分析。不过这些资料显然都在某个地方，只是拥有
的人不愿意拿出来。
Retraction Watch readers are of course familiarwith the STAP stem cell saga,
which was punctuated by tragedy last month whenone of the authors of the
two now-retracted papers in Nature committed suicide.
In June, Science‘s news section reported:
Sources in the scientific community confirm that early version... 阅读全帖 |
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l**********8
发帖数: 337 | 27 几个月前我还向老板提议做一个这样的老鼠，连knockin到Rosa26 locus想的都是一样
的，然后做genetic screening... |
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r******g
发帖数: 600 | 28 你说的是把一个药筛的cassete knock in 到target gene locus里面去么？ 还是直接
用homologous recombination的办法，把基因替换？
这个用crispr难度很大的～
几十个nucleotides，比如一个loxp site之类的用crispr可以knock in，东西大了弄不
进去的... |
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r******g
发帖数: 600 | 29 ES细胞 recombination rate很高啊
做KO老鼠的时候，药筛不是同时positive selection然后negative selection么？ 这
样，理论上说random integration就被筛掉了啊
至于是不是有可能药筛不complete, KO老鼠里面会不会同时也有inregration，我觉得
是有可能的... 并且founder mice PCR一般发现不了random integration
但是这个事情无所谓啊
你就算有random integration，只要不是在target locus的同一条chromosome上面
你反复breed的过程中，random integration就被breed out了
最后还是只有KO target gene是specific |
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w*e
发帖数: 740 | 30 overexpression does not have to use knockin at ROSA26 locus. Transgenic
approach can achieve higher dosage. |
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x********e
发帖数: 35261 | 31 LOF的情况下WT allele被floxed就可以了吧？
locus
V12 |
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c***c
发帖数: 113 | 32 1.A non-major histocompatibility locus determines tissue specificity in the
pathogenic process underlying synovial proliferation in a mouse arthropathy
model.
Zhang MC, Mori S, Date F, Furukawa H, Ono M.
Ann Rheum Dis. 2007 Feb;66(2):242-5. Epub 2006 Jul 25.
2.Genetic characterisation of spontaneous ankylosing arthropathy with unique
inheritance from Fas-deficient strains of mice.
Mori S, Zhang MC, Tanda N, Date F, Nose M, Furukawa H, Ono M.
Ann Rheum Dis. 2006 Oct;65(10):1273-8. Epub 2006 Mar 2... 阅读全帖 |
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r**********e
发帖数: 587 | 34 很感激。
的确我不知道locus of interest到底是什么damage，我totally外行
我是ChIP data发现这个repeats：
有H3K56ac的enrichment，同时也是BrdU enrichment的地方
BrdU意味着active DNA replication？而H3k56ac也是replication和damage response
相关
所以读了一堆文献，感觉经常看到的就是MMS可以induce DSB所以就先用MMS来下手（说
错了请指正）。敢问内行们，如果你们看到BrdU和H3K56ac这样的marker，会接着怎么
做呢
thx
repair |
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c*********r
发帖数: 1312 | 35 这篇文章太好了，干货很多~
关于Francisco Mojica提出CRISPR是细菌对抗病毒的免疫系统的故事真值得写出来，摘
录一下Eric Lander的给大家看看：
“Recognizing the importance of the discovery, Mojica sent the paper to
Nature. In November 2003, the journal rejected the paper without seeking
external review; inexplicably, the editor claimed the key idea was already
known. In January 2004, the Proceedings of the National Academy of Sciences
decided that the paper lacked sufficient “novelty and importance” to
justify sending it out to review. Molecular Microb... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 36 这篇文章太好了，干货很多~
关于Francisco Mojica提出CRISPR是细菌对抗病毒的免疫系统的故事真值得写出来，摘
录一下Eric Lander的给大家看看：
“Recognizing the importance of the discovery, Mojica sent the paper to
Nature. In November 2003, the journal rejected the paper without seeking
external review; inexplicably, the editor claimed the key idea was already
known. In January 2004, the Proceedings of the National Academy of Sciences
decided that the paper lacked sufficient “novelty and importance” to
justify sending it out to review. Molecular Microb... 阅读全帖 |
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r******g
发帖数: 600 | 37 我自己从来没试过，我问过我老板完全相同的问题
我记得我老板跟我说，gene A and B 在同一个chromosome上面的话，比较难cross
一般情况下，大家都会放弃，选择cross A 和 C, 比如 C gene是B的receptor，这样可
以解释同样的问题
如果A,B 在chromosome上面距离比较远，有可能 重组 成功，但是 需要一定的工作量
如果A,B的gene位置比较近，举个例子，P38MAPK的alpha, beta （MAPK 11,12,13,14）
。。。。 他们隔得非常近 位于同一个locus，所以 一直没有很好的triple KO, quart
KO model
所以说，crispr很强大呀！ |
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c********n
发帖数: 225 | 38 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- 发布时间：2016年8月16日
- 发布平台：twitter
- 发布方国家：日本
- 发布方城市：东京
- 发布方研究机构：Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science東京都医
学総合研究所
- 实验室PI：Dr Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
- 应用验证实验详细信息：
−参考2016年8月8... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 39 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息（eg实验材料，步骤，etc）以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述：
- 发布方：Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- 发布时间：2016年8月16日
- 发布平台：twitter
- 发布方国家：日本
- 发布方城市：东京
- 发布方研究机构：Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science東京都医
学総合研究所
- 实验室PI：Dr Yuichiro (Ichi) Miyaoka 宮岡佑一郎 博士
- NgAgo的来源：Addgene
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
- 应用验证实验详细信息：
−参考2016年8月8... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 40 【记录历史】谁重复验证了NgAgo？
项目 结题
date： 2017年8月2日
updated: 2017年8月4日
Note2017080401: added a few notable reviews/summaries
---------------------------------------
- NBT retraction note：
http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html#correction2
原文引用
“Retracted online 02 August 2017
We are retracting our study because of the continued inability of the
research community to replicate the key results in Figure 4, using the
protocols provided in our paper. In this figure we report that the
Natro... 阅读全帖 |
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s*********y
发帖数: 292 | 41 paper链接发来瞧瞧
你说的这个方法，可能对研究单个的、受转录调控的重要基因是很有用的（比如
p16INK4a locus）。
但是专门做表观遗传的实验室必定不会研究单个基因的调控，如果他们想讲个故事，说
某某修饰或者某某表观遗传的蛋白是重要的，必然需要一个全基因组水平的分析。至于
得出结论之后，再挑几个区域验证下，我觉得不是什么大问题
而且这技术细胞要固定的，只能看某个时间点。而做single cell的最好是能观察活细
胞 |
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k******d
发帖数: 76 | 42 谢谢。可能是因为这个原因而不一致：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/rsg/about/
Criterion 2. Standard allele
The default implementation of 'standard allele' will be the sequence from
the public reference assembly. If, however, there is published evidence,
evidence from locus-specific databases, or evidence from clinical testers,
that the sequence in the Reference assembly is not standard, the RefSeqGene
sequence will be constructed from an alternate source sequence, or locally
modified. |
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发帖数: 1 | 43 Sci Rep. 2016 Dec 2;6:38198. doi: 10.1038/srep38198.
Improved bi-allelic modification of a transcriptionally silent locus in
patient-derived iPSC by Cas9 nickase.
Eggenschwiler R1,2, Moslem M1,2, Fráguas MS1,2, Galla M3, Papp O1,2,
Naujock M4, Fonfara I5,6, Gensch I1,2, Wähner A1,2, Beh-Pajooh A1,2,
Mussolino C7,8,9, Tauscher M10, Steinemann D11, Wegner F4, Petri S4,
Schambach A3, Charpentier E5,6, Cathomen T7,8,9, Cantz T1,2,11.
In order to help enforcing bi-allelic targeting with the new ... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 44 以前的方法都是很繁琐的，需要大量的花费时间和经历去筛选那种没有random
integration并且两个拷贝同时被准确突变的细胞。该篇文章首次使用两个donor带有不
同的荧光，来鉴定双拷贝同时被突变的细胞。
Sci Rep. 2016 Dec 2;6:38198. doi: 10.1038/srep38198.
Improved bi-allelic modification of a transcriptionally silent locus in
patient-derived iPSC by Cas9 nickase.
http://www.nature.com/articles/srep38198 |
|
发帖数: 1 | 45 你被scoop了…
还是这就是你的文章？
[在 crispr2016 () 的大作中提到：]
:以前的方法都是很繁琐的，需要大量的花费时间和经历
:Sci Rep. 2016 Dec 2;6:38198. doi: 10.1038/srep38198.
:Improved bi-allelic modification of a transcriptionally silent locus in
:patient-derived iPSC by Cas9 nickase.
:http://www.nature.com/articles/srep38198 |
|
|
j**u
发帖数: 6059 | 47 ☆─────────────────────────────────────☆
aldose (lialia) 于 (Tue Feb 27 07:02:22 2007) 提到:
The fast m-transform: a fast computation of cross-correlations with binary m
-sequences
Sutter, E E
SIAM J. COMPUT. Vol. 20, no. 4, pp. 686-694. 1991
fulltext address
http://locus.siam.org/fulltext/SICOMP/volume-20/0220043.pdf
my email: a****[email protected]
thanks very much
☆─────────────────────────────────────☆
jzxu (自然) 于 (Tue Feb 27 10:48:33 2007) 提到:
我们学校只有1997年以后的。
m
☆───────────────────────────── |
|
j***j
发帖数: 324 | 48 do the transient simulation in simulink to verify the time domain stability,
and plot the bode plot and root locus to see the stable margin.
if it is a siso system, run 'sisotool', that will help you to design the
compensator.
析. |
|
c**r
发帖数: 2019 | 49 本来不想唐僧，可是由于涉及到“导向”问题(这话可不是我说的)，另外也不想对不
起斑竹/板斧的这个马克，还是唐一把吧。
首先，对于数学基础不是很好的同学(有些人一辈子是学工程的，可数学就是不照，
比如说兄弟我)，要求所谓的在知识上的完全地“get educated”是不可能的。对于
这类同学，如果将学习的目标定位在“从理论上全面把握”，十有八九是丢了芝麻
也丢了西瓜，除非你有充足的时间，不干别的，专学这一门课。
其次，我所说的并不是完全为了“how to tackle exams”。事实证明，解题方法的
熟练掌握对于理论层面上的理解是有巨大的帮助作用的，虽然这个帮助的方向似乎
和传统上的看法背道而驰。举个简单的例子，LAPLACE TRANSFORM 的理论推导对于
一个初学CONTROL的人来说几乎是不可能的，更不要提CHARACTERISTC EQUATION或ROOT
LOCUS的理论依据了。站在这个处境下，如果以解题处理步骤为重点，熟练掌握对实
际问题的解析，时间长了，理论层面上的东西自然就理解了(例如ZEROS的定义问题
)，同时还成功地应付了考试。
当然，我学的课程以APPL |
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