b*******g
发帖数: 1309 | 1 Q-E就是从 LTQ-orbi 来了，所以布局差不多。本身orbitrap的系统就包括 HCD，C-
trap +orbitrap。作为一个整体来用的话，不用重新设计，这样做制造Q-E最省钱最方
便。肯定比重新设计成Q1+ collision cell+Ctrap+orbi便宜很多。
如果按你说的在Q-E的基础上，再加一个Q2 collision cell的话，加上系统重新设计，
会使得价格很高。而且HCD 跟CID的功能是重合的，没人愿意花钱买个没什么的功能。
另外要maintain 一个新的生产线的话成本很高，如果能合用生产线，成本就下去了。
另外orbitrap scan很慢，orbi scan是比所有步骤里面时间最长的，HCD+C-trap+
injection 总时间还是少于orbi scan 时间，你可以找个文献看看。所以把collision
cell放到前段并不能节省时间提高效率，HCD的位置只是你不习惯而已。功能上一样，
甚至更多。
另外HCD原理使得没法加在正常的QQQ里面，只能放到一个单独的地方，所以只能放到后
面去了。LTQ-orbitrap的HCD 有ETD功能... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 2 Very nice.
If next version of Orbi Elite has two IT (LTQ XL) plus one orbi cell, how do
you think if that compares to the current Fusion with one IT one Q and one
orbi cell? My friend told me that the latest version of LTQ with two ITs is
not more sensitive than the old versions, but faster.
Psmart,
Cycle |
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w********2
发帖数: 632 | 3 Maybe on fusion the IT is after q and ot, so the ion path is longer than
elite.ltq ft was about 100 times less sensitive than ltq ot because of
longer ion path. |
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s********m
发帖数: 748 | 4 最近准备用Ｑ-trap做ＭＲＭ，目前还不是很熟悉，有个问题还没搞清楚。
做ＭＲＭ之前，为了找transitions,我需要先做一个general的MS/MS identification.
但我现在还不知道样品里可能会有什么蛋白。我以前一直用LTQ做鉴定。我发现Q-trap
里好像需要设定具体的peptide mass(EPI),而不是像LTQ那样可以选most N abundant
peak for fragmentation,或者可以选但我不知道在哪里设定。
还有个问题就是，设定方法的时候，有个ＩＤＡ，first(second)level criterial, 这
个是什么意思啊？first 和second有什么区别？ 比如我ＭＳ选好一个方法，下面加了
一个ＩＤＡlevel criterial是不是对这个方法的一些条件限制和补充啊？
最近急用仪器， 哪位高手可以教教我啊，感激不尽。 |
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s********m
发帖数: 748 | 5 请问用Qtrap得到的data做Mascot search的时候parameter如何设置？ 我按照公司给的
参数好像结果不是很好。我之所以说不好是因为同一个样品我用LTQ做的时候多发现了
很多peptide，大概十几倍，感觉不太正常。我LTQ的peptide tol is 800ppm, MS/MS
is 0.6Da， instrument type is ESI-trap, 请问这三项Qtrap一般该如何设置？还有
其他需要特别注意的吗？
如果这些都不是主要问题的话，我不知道是不是实验本身的问题了，希望哪位熟悉此仪
器的高手给点建议， 谢谢 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 6 对的，这个系统是从LTQ-oribtrap 直接移植过来的，这样做不用重新设计，
只要共用一条生产线，方便简单，成本低。否则不可能只用LTQ-orbi 一半的钱就能买
到Q-Exactive
另外这个CID是High energy CID，or HCD，跟一般的low energy CID 不一样，高能量
对于peptide fragmentation 有帮助
另外，在HCD部分可以很方便的加上ETD collision source （做protein post-
transnational modification analysis），甚至IR，UV等 做不同的fragmentation
研究
这个都极大的丰富仪器在proteomics 跟蛋白结构鉴定方面的应用。这个是一般的
Collision cell 不能做的。 |
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p**i
发帖数: 3525 | 7 MRC PROTEIN PHOSPHORYLATION UNIT
COLLEGE OF LIFE SCIENCES
UNIVERSITY OF DUNDEE, SCOTLAND
POSTDOCTORAL FELLOWSHIP
An MRC Postdoctoral Fellowship (Career Development Fellow) is available
to work with Professor Carol MacKintosh and Dr Nick Morrice in the area of
proteomic data handling. The position will involve data mining of LC-MS data
(generated on our two LTQ-orbitrap mass spectrometry systems) of
complex proteomes and phosphoproteomes isolated by both protein-protein
affinity chromatography an |
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t******t
发帖数: 3045 | 8 mass spec 很好
走到哪都能看到ltq和orbitrap
hplc一般般， 没法跟waters agilent比 |
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f*****u
发帖数: 501 | 9 山东大学国家糖工程技术研究中心招聘
山东大学（济南）-中心校区
山东大学国家糖工程技术研究中心于2007年由国家科技部批准立项，2011年通过科
技部验收，正式成立。该中心是中国唯一的国家级糖技术研发平台，主要致力于糖化学
、糖生物学、糖结构的研究和糖生物转化及其应用等，特别是在糖药物、糖疫苗和糖与
疾病关系的研究方面，近年来获得多个重大项目的资助并取得重要进展。
该中心现有专用AVANCE 600核磁共振波谱仪、LTQ Orbitrap高分辨液质联用仪、气
质联用仪等大型精密仪器，为科研工作提供了一个先进的技术平台。该中心资金雄厚，
近年来除了得到山东大学等的大力支持外，还主持和参与多个国家“973”项目、国家
“十一五”科技支撑计划、国家“重大新药创制”科技专项计划、国家杰出青年基金及
国家自然科学基金等科研课题；2012年7月国家863计划“糖工程关键技术与重大产品开
发主题项目”在该中心正式启动，这标志着我国糖工程研究迈上了一个新的台阶。
因学科建设和团队发展需要，山东大学国家糖工程技术研究中心面向海外招聘高端科研
人才，招聘基本信息如下：
学科：分子生物学/免... 阅读全帖 |
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l****y
发帖数: 398 | 10 现在仪器都模块化了。 上次thermo一个号称最牛的来修我们那个老大难的orbi, 我看
他也是一个板一个板的换。最后干脆把前面的LTQ整个换了。。。。 |
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w********2
发帖数: 632 | 11 Nice talk.
How about IRMPD on Fusion? Also Orbi on Fusion has 15 hz at which resolution?
What is the major new mode (selling point) for Fusion? Iontrap-HCD-Orbi at
MSn can be realized by Orbi Elit (LTQ Orbi), no need for Fusion.Just need
direct infusion to have enough sensitivity.
Maybe use Q as the mass filter to get rid of sample matrix, then IT-CID-Orbi
? But then it is not unsupervised anymore.If Q after IT as the IT-Q-CID-Orbi
, seems not much benefit gained. |
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w********2
发帖数: 632 | 12 If the major advantage is to have parallel running for Q IT Orbi, then the
idea is similar to the latest version of LTQ (LXQ?) with two ITs. Then, in
this case, maybe next model of Fusion will have two ITs, two Qs, one or two
Orbi. Seems benefit gain is diminishing exponentially. |
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K******S
发帖数: 10109 | 13 我以为thermo不会在LTQ-ORBITRAP系列上下太多的功夫了，价钱上比fusion便宜不了多
少，比它便宜的QE多好用啊。 灵敏度还要看前面的ion optics和后面的detector.
对thermo的仪器很容易识别，用s-lens的肯定比用skimmer的灵敏度高，呵呵
【dete2012 (whoami2012) 的大作中提到: 】
do
one
is |
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w********2
发帖数: 632 | 14 Thermo sales told me that S lens is thermo version of ion funnel, 98%
transmission rate.QE is pretty good and affordable. 95% job can be done with
QE, about 4% more complex jobs for Orbi Elite, the final 1% complex task
for Fusion.LTQ FT was actually the king of MS at the time, like Fusion now. |
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w********2
发帖数: 632 | 15 You are right. I used first gen LTQ Orbi, when it was over 3 DDA MS2, the
peak did not show smoothness. Now with third gen, 5-6 may be the maixum. So
I think that UK Thermo sales told me the right thing, 20 MS2 on Fusion with
a certain quality is already pretty good for a peak of 60s. |
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k****o
发帖数: 728 | 16 Fusion在method方面确实很smart和灵活，很赞。QE没用过，只看过界面，确实和LTQ
Orbitrap系列不同。搞不清Thermo在软件设计上的concept是啥。按说应该越一致越好。 |
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k****o
发帖数: 728 | 17 如果你的peptide比较长，以至于产生很多+3--+5甚至更高的fragment ions，那么无论
对于ETD还是CID，在OT里做high resolution的MS2都更有利。而ETD是有利于high
charge state，long peptide的fragmentation。所以，如果你的样品确实有很多long
peptide的话（你去raw data file，average一段MS1的data就有底了），用OT scan
MS2会让搜索效果更好。你搜索时记得把fragment ions的error window舍得很窄，这样
才起到high resolution的效果。比如10 or 20ppm，或者0.01 m/z，取决于你具体的
accuracy。你可以试试MS2用15000 resolution with 20 ppm error window。
关于省时间的问题。诚然IT确实比OT省时间，如果你用老一代的LTQ Orbitrap，这个确
实是个大concern。但技术在进步，Orbitrap Fusion已经在设计上提供了比过去快得多
的ion transmi... 阅读全帖 |
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k****o
发帖数: 728 | 18 How about speed? OFusion can take many more MS2 scans compared to previous
LTQ Orbitrap series. Not sure about the speed for QE, no experience with QE
. |
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k****o
发帖数: 728 | 19 你说的有道理。不过我们发现OF里IT isolation比传统LTQ sereis仪器里的IT的
isolation差很多。尤其是如果做data-dependent MS2，对于最abundant的ions，IT效
果还可以。但对于low abundant ions的isolation,虽然表观上达到了设定的MSn
target，但实际isolate的量远低于那个target，所以MS2也很差。具体原因我们有自己
的猜测，不好说。不确定是OF本身设计带来的缺陷，还是只是我们的这台有问题。弄了
很久了，不过好在主要用Quad iso。 |
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D**A
发帖数: 311 | 20 他们用的是nano-lc LTQ linear iron trap，我搜了下，这个仪器挺老的。不知道仪器
新旧是否会有影响
样品已经送去了另外一个地方。
bsa, |
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g*****x
发帖数: 3283 | 21 如果你的样品简单，就几种蛋白，而且你的target是主要的，那LTQ/triple-Q估计也能
做出结果。这俩仪器主要还是用来做小分子的。
如果你样品复杂，纯度又很低，最好找个做proteomics的来做，现在基本都是orbitrap
了。
另外你最好懂这方面的人evaluate一下结果，尤其sample复杂的时候想要做出
conclusive的结论不容易。
mass |
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j***j
发帖数: 4878 | 22 你们很快就有最新的orbitrap
你们还有LTQ-FTMS |
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f********e
发帖数: 2194 | 24 LTQ is much better for qualitative peptide analysis than Qtrap. |
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s****h
发帖数: 31 | 25 最近使用LTQVelos＋ETD，使用Thermo自己提供的"Nth double play (ETD)"模板建立MS
方法。
Tuning采用AgiotensinI，1pmol/ul，能看见清晰的fragments。问题是，当我使用这个
tuning file做我的sample时，fragments几乎没有（CID的fragments是没问题的）。请
问各位大侠支招。不胜感谢。在线等。 |
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h*****t
发帖数: 1226 | 26 Tuning File和有没有Fragment没有什么关系．
ETD fragment的效率原本就不如CID, 你要看你的2nd scan event
里面的ETD reaction time, isolation windown width是不是合适．
还有，你要看看你的ETD ??source是不是工作．
MS |
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s*****d
发帖数: 110 | 27 小弟最近在做个实验， 希望能有尽量高的peptide mapping coverage， 但是有几个
peptide做了几遍都看不见， 有什么方法或者调什么parameter可以把它搞出来啊？
我用的是trypsin digestion， dionex 3000+ LTQ
希望大家帮帮忙啊 多谢！！
update: 是个recombinant peptide (117 amino acids) |
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b****u
发帖数: 2771 | 28 你把条件具体些 不然大家怎么帮你
蛋白多大， 是单蛋白还是混合物
Do you observe good LC peaks, good MS2 spectra?
1) 楼上 说的 换protease, you can try Glu-C
2) in ur search engine (e.g MASCOT) include methionine oxidation,and N, Q
deamidation, (or 1 C13)
one mis-cleavage. After the first search, select all query and re-search
with error tolerant search. BTW, make sure your search settings are
compliance to the LTQ characteristics.
3) the most comprehensive way,(may be overkill for your purpose) you can use
MUDPIT setup and do a shor... 阅读全帖 |
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x*****9
发帖数: 68 | 29 现在做蛋白分析， nanoFlow LC couple with LTQ orbitrap velos
我现在碰到的问题：
1） 自己pack的column tailing很严重， 是用买来的picofrit column pack的， 压力
大概30bar左右。
2）MS/MS intensity特别低， parent ion intensity 有E+6， MS/MS intensity只有E
+2~E+3. 不知道是不是仪器出问题了。
多谢指教 |
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y****7
发帖数: 154 | 30 1. 自己填充的柱子拖尾很正常，pack 柱子的技术含量挺高。你用nano柱，最好是买商
品填好的，重现性好。
2. ‘MS/MS intensity特别低， parent ion intensity 有E+6， MS/MS intensity只
有E: +2~E+3. ’这个在LTQ-Orbitrap上很正常，没问题。 |
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x*****9
发帖数: 68 | 31 给Thermo打电话了， 人家的建议是1）check 是不是He气压力低了， 2）重新
calibration， 可能由于误差， MS/MS的时候偏了。
2. ‘MS/MS intensity特别低， parent ion intensity 有E+6， MS/MS intensity只
有E: +2~E+3. ’这个在LTQ-Orbitrap上很正常，没问题。
~~~~~~~~~~
关键是几个月前还有E4~E5的， 最近突然低了几个数量级 |
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y****7
发帖数: 154 | 32 LTQ-Orbitrap每天用之前都要calibration吧 |
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n*q
发帖数: 258 | 33 你想问啥？我们组做这个东西。我用TSQ，另外几个人用LTQ |
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b*******g
发帖数: 1309 | 34 再讲ion trap
单纯讲 trapping efficiency已经能够超过90%，就是进入trap 能被trap住的效率
但是必须要讲的是 ion trap capacity，因为space charge effect，所以trap 能够
trap的离子数是有限制的。 一般LTQ比普通 ion trap 高20倍。
所以仪器对于进入trap的离子数量是控制的，如果离子的最高值达到了，再多的离子也
不能被检测到。这样就会造成你说的离子的损失
另外整个trap+detection 需要的时间是100ms level，所以在两个cycle 之间损失的离
子也要考虑到。
另外讲orbitrap，orbitrap也是trap，所以space charge effect 也是存在的，所以一
次进入orbi的离子不能超过限度，多余的离子是要浪费的。
另外C-trap就是一个存储离子的功能 ，做完HCD or ETD后，离子要到C-trap里先集合
一下，让后进入orbi做检测，本身的trap efficiency是很高的。唯一要考虑的是造成
的duty cycle的延长。 |
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y*****s
发帖数: 1047 | 35 我不是说他的collision cell坑爹而是说放的位置很别扭
没看到说可以加个ETD在HCD的后面啊
也许是他的工艺或者成本控制还有问题吧
我想要是有第二家公司可以卖q orbitrap，肯定不会把collision cell这么摆
他这个布局基本和linear trap orbitrap一样，
可是他现在的LTQ Orbitrap 有两个linear trap，可以减少离子损失
就算这所谓HCD一定要放到ctrap边上也应该让用户选择是一个普通的collision cell在
Q后面还是一个HCD加ETD在c-trap边上 |
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y*****s
发帖数: 1047 | 36 哪里可以找到Thermo HCD fragmentation的时间和从collision cell转到orbitrap的时
间？还有collision cell的容量。。。orbitrap扫描时间长短本身并不怎么重要，因为
是同时进行不占用时间
我估计activation/fragmentation>10ms,如果加上离子在collision cell， ctrap 和
orbitrap之间传输时间不超过100ms，collision cell的容量足够收集超过0.5s的
parent ion，那效率还是很不错
To
“一台LTQ-orbitrap 100w,一台Q-E才45w，一台普通的QQQ才30w.只做小分子定性跟定量
的话，买Q-E再加QQQ，更便宜，更实用。”
再便宜，我也没钱买，不用帮thermo推销了。。。 |
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h*****t
发帖数: 1226 | 37 LTQ-Orbitrap Elite 哪有100万. 70多万拿下了.
collision |
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b*******g
发帖数: 1309 | 38 你没算 液相 跟 ETD 吧。
一个月前quote LTQ-Orbitrap Elite+ETD+液相 99w 刀，外加4年保修还有11w，总计
110w。
当然了，牛人总是能拿到好价格的，不要钱白送的都有 |
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m*****1
发帖数: 5879 | 39 年底毕业，求职中，请有工作机会的推荐，谢谢。
经验：
Instrument operation and maintenance: Varian GC-MS, Shimadzu GC, Beckman
HPLC, Agilent HPLC,
Thermo LTQ, Thermo TSQ vantage. Thermo nLC-NSI-LC/MS/MS,
Separation: Nano and μ-LC, HPLC, PAGE, Agrose gel
Detection: mass spectrometry, UV spectroscopy.
Biological technique: Cell Culture, RT-PCR, siRNA-knockdown, Plasmid
Amplification and
Transformation, RNA and DNA extraction from cells and tissue, SDS-PAGE
paper 有一篇10分的一作，若干5分左右的非一作。
希望找公司的工作，暂时不考虑博后位置，谢谢。请站内。 |
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m*****1
发帖数: 5879 | 40 经验：
Instrument operation and maintenance: Varian GC-MS, Shimadzu GC, Beckman
HPLC, Agilent HPLC,
Thermo LTQ, Thermo TSQ vantage. Thermo nLC-NSI-LC/MS/MS,
Separation: Nano and μ-LC, HPLC, PAGE, Agrose gel
Detection: mass spectrometry, UV spectroscopy.
Biological technique: Cell Culture, RT-PCR, siRNA-knockdown, Plasmid
Amplification and
Transformation, RNA and DNA extraction from cells and tissue, SDS-PAGE
paper 有一篇JACS的一作，一篇10几分的二作，若干5分左右的非一作。
求工作。站内或者回帖留下联系方式。 谢谢。 |
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T********1
发帖数: 105 | 41 定性的话Thermo 的orbitrap,定量的话还是ABsciex, 以前实验室买了两台T'ripleTOF,
大体来说比较稳定，偶尔也会出问题 (虽然我没怎么用过，但是连续买两台说明还是比
较靠谱的）。如果买了service contract就不怕出问题了，他们售后挺好。
Waters不建议买，朋友实验室买了一个QTof花去五十万，经常出问题，导致整个PhD期
间都只能用LTQ。Aglient的没有用过~ |
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m****n
发帖数: 354 | 42 这里比较多人做LC－MS，问问意见，本人因今年H－１b错过，只能去学校和non－profit。 之所以拿不定主意，是因为两个ＯＦＦＥＲ都有点鸡肋,本人PHD 做蛋白用LC-MS表针，做了几个月的drug PK。难点是自己对未来的ｊｏｂ ｍａｒｋｅｔ不了解（小分子，大分子）自己还是有点倾向去工业界，但是能在学校里当老师做研究也不错.
OFFER １
post-doc（title is research associate）
一般学校, 做 biomarker discovery, 工资~55K, 2 year contract, 老板做biomarker 有些名气， 地点在DC 周围，仪器,LTQ，LTO－orbitrap，triple－quad，老板人不错
Staff offer
non-profit, 做drug PK, 工资 46K＋４K sign in，５年合同，可再续，老板是新faculty，水平暂且认为一般，在田纳西，消费比价底 ，仪器，only, triple－quad，老板人不错 |
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m**b
发帖数: 617 | 43 1.
DC has more optunities.
profit。 之所以拿不定主意，是因为两个ＯＦＦＥＲ都有点鸡肋,本人PHD 做蛋白用LC
-MS表针，做了几个月的drug PK。难点是自己对未来的ｊｏｂ ｍａｒｋｅｔ不了解（
小分子，大分子）自己还是
biomarker 有些名气， 地点在DC 周围，仪器,LTQ，LTO－orbitrap，triple－quad，
老板人不错
faculty，水平暂且认为一般，在田纳西，消费比价底 ，仪器，only, triple－quad，
老板人不错 |
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K******S
发帖数: 10109 | 44 depends on your future career path.
If you wanna go to industry in the end, choose 2.
profit。 之所以拿不定主意，是因为两个ＯＦＦＥＲ都有点鸡肋,本人PHD 做蛋白用LC
-MS表针，做了几个月的drug PK。难点是自己对未来的ｊｏｂ ｍａｒｋｅｔ不了解（
小分子，大分子）自己还是有点倾向去工业界，但是能在学校里当老师做研究也不错.
biomarker 有些名气， 地点在DC 周围，仪器,LTQ，LTO－orbitrap，triple－quad，
老板人不错
faculty，水平暂且认为一般，在田纳西，消费比价底 ，仪器，only, triple－quad，
老板人不错 |
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f********e
发帖数: 2194 | 45 你是AB的仪器吧？做定性蛋白多肽它真不好用，Thermo LTQ, Velos, Orbitrap好 |
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s*****d
发帖数: 110 | 46 小弟最近在做个实验， 希望能有尽量高的peptide mapping coverage， 但是有几个
peptide做了几遍都看不见， 有什么方法或者调什么parameter可以把它搞出来啊？
我用的是trypsin digestion， dionex 3000+ LTQ
希望大家帮帮忙啊 多谢！！ |
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m*********3
发帖数: 1425 | 47 we don't have Waters' UPLC in the lab. I do use Agilent UPLC. I didn't use Q
-TOF and not familiar with Masslynx. I use LTQ-Orbitrap for protein
characterization.
Is Waters培训 enough for interview and routine job?Thanks |
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E***n
发帖数: 308 | 48 CRO Lancaster lab also uses Thermal UHPLC with LTQ-Orbitrap for peptide
mapping. it is not surprising to me. Some company uses Agilent Qtof for
intact mass.
These are not main stream, but knowledge and experiences are the same.
Q |
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m****b
发帖数: 4 | 49 那顺便问一下大牛，
LTQS怎么样呢？也是quant research,但好像不是zhao peng那边，也不是GFI.
多谢
from |
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s*******s
发帖数: 1568 | 50 are you a quant? LTQS or HFT? |
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