J********i
发帖数: 50662 | 1 ☆─────────────────────────────────────☆
JianlianYi (Air Yi) 于 (Fri Mar 25 02:49:41 2011, 美东) 提到:
周四有8人猜中3个队，各领到一枚包子
周五进行另外4场，晋级的队将是。。。。
猜中4个队的有包食，如果仅有1人猜中，将独得5黄包
FYI，对砍局火爆进行中，敬请关注本版博彩
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JianlianYi (Air Yi) 于 (Fri Mar 25 02:51:42 2011, 美东) 提到:
Kansas
NCU
VCU
OSU
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triplesix (fearless) 于 (Fri Mar 25 05:59:36 2011, 美东) 提到:
KU
UNC
OSU
FSU
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zkjeffrey (嘟嘟) 于 (Fri Mar 2... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 2 我的印象中是最早有MAQ，但速度很慢（好像还是和BLAST一样属于hash table-based的）
然后Bowtie使用了一种很独特的algorithm（Burrow-Wheeler algorithm?)，大大的提
高了运算速度。
然后Heng Li就把Bowtie的这个algorithm移植到了MAQ上成为了BWA
但其实上面这所有的alignment tool，当query sequence可以map到不同locations的时
候，是randomly pick up one的；纵然BWA可以设置report不同的location，其实回复
出来的信息还是很少的。尤其因为genome有很多的repetitive sequence和segmental
duplication，所以这些alignment tool报告的信息是不全面的。而貌似现在就只有一
家UW的写出mrFAST这个alignment可以report所有的locations，不晓得这里有没有人尝
试过。 |
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g**********y
发帖数: 423 | 3 欢迎讨论，特别是各种程序的调用参数 。。。
http://dl.dropbox.com/u/62547840/NGS_Illumina.pm
http://dl.dropbox.com/u/62547840/NGS_Illumina.pl
screen output:
Illumina 1.3+ fastq format: ASCII(min, max) = (66, 102)
2012/08/25 11:41:15 START maq ill2sanger Run1_testicular-28T_lane2_read1_
sequence.txt Testis_T28_read1_sanger.fq
2012/08/25 11:42:57 SUCCESS after running 0 hours 1 minutes 42 seconds
2012/08/25 11:42:57 START maq ill2sanger Run1_testicular-28T_lane2_read2_
sequence.txt Testis_T28_read2_sanger.fq
2012/08/25... 阅读全帖 |
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f**********n
发帖数: 29853 | 4 乌龟缩头了。俺来列举事实打脸。这是密大禁止AA之前本科生录取的数据研究。
楼主你丫说说，是你的所谓“所有”之类的词有感染力，还是下面这个针对历年录取数
据的分析有说服力？
In every year:
Black admittees had substantially lower SAT scores, ACT scores, and high
school GPAs compared to Asians and whites.
The range of Hispanic admittees’ test scores (SATs and ACTs) and high
school GPAs fell between those for blacks and those for Asians and whites.
Asian admittees had higher median test scores (SATs and ACTs) compared to
whites, but white admittees had higher high school GPAs.
http://... 阅读全帖 |
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C*****y
发帖数: 1132 | 6 两涨卡，今天在CVS都刷到free air delight bar
还有刷到一个4 off any revnon any mascara ,找到一款正好clearance 2.09, 还可以
用2 off maq |
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e*****t
发帖数: 642 | 13 illumina的platform，RNAseq，
想对比几个软件，看看snp 结果有什么不同。
谢谢 |
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S**********l
发帖数: 3835 | 16 这几种分析用的软件都一样么？map的步骤。我们一般都用maq,但是我感觉不够
professional
).
used |
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e*****t
发帖数: 642 | 17 oh hell,there are so many software available. i used to use maq,it's quite
reliable. but it's slow...
now many ppl use bowtie, it's fast and memory economic because it's special
algorithm. you can even run it on pc. for RNA-seq, some ppl use tophat if
you want to align on splicing junction... |
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m*****i
发帖数: 628 | 18 you are right, maq is too slow
bowtie 不能做 gap alignment. no good.
GATK is one of the main stream tools now. BGI's soap tools are also good.
special |
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j*p
发帖数: 411 | 19 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 20 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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c**********e
发帖数: 70 | 21 Congratulation to him.
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March 14, 2012 | Heng Li, a research scientist at the Broad Institute, is
the winner of the 2012 Benjamin Franklin Award for Open Access in the Life
Sciences.
“I have to say I’m a little surprised,” Li told Bio-IT World, of the
award, though his contributions speak for themselves. Li made essential
contributions to the next generation sequencing (NGS) field with tools like
SAMtools, BWA, MAQ, TreeSoft and TreeFam, many of which began as proj... 阅读全帖 |
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e*********6
发帖数: 3453 | 22 在Li Heng写的MAQ里边，
原文中是从一开始的28bp作为seed，生成6个template进行比较，貌似原始本版最短就
是28bp了。现在新版本都是16bp，显然没法用28bp作为seed，这样应该如何处理啊。是
不是新版本里边把起始的template数改成16个了，4个bp一段？
因为template的原因，用于对比的bp应该只能是4的倍数，那么不是4的倍数的长度的
reads，是应该什么样子的原理呢？是不是先减到4的倍数进行查找，然后再用全部的长
度进行计算呢？
这两个问题不确定，有没有对测序分析比较懂行的来降解一下。 |
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