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全部话题 - 话题: megablast
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n******7
发帖数: 12463
1
来自主题: Biology版 - 有没有熟悉blast的大牛啊?
你没明白他问的什么
-W Word size, default if zero (blastn 11, megablast 28, all others 3) [
Integer]
default = 0
blastn 和 megablast 的default不一样
g**********t
发帖数: 475
2
来自主题: Biology版 - 有没有熟悉blast的大牛啊?
I checked the help document of blastn (version 2.2.23+). there's a flag, -
task,and its default value is megablast. so by default you use megablast.
change it to blastn.

word
a***e
发帖数: 1010
b******n
发帖数: 4225
4
来自主题: Biology版 - 关于引物问题的请教
“最离谱的是在这里面(新基因全部的基因序列)尽然找不到我的PCR引物序列”
你看看两端跟你的引物有没有部分相似性
其实PCR引物如果3'末端有13个左右碱基相同就有可能P出来的(Tm值不够高的话)
另外你使用BLAST中间的Somewhat similar sequences (blastn)选项
而不是缺省选项megablast
t*****z
发帖数: 1598
5
来自主题: Biology版 - ?怎样Blast较大的序列?
我有个6.6kb的DNA序列,是某个细菌基因组中的一段。我想知道还有哪些别的细菌含有
这个片段,就做megablast,但是找到的除了自身,就再也没有有意义的hit了。但是我
知道别的基因组里确实有整段的同源序列的。想来6.6kb也不是很大,那该怎么做好呢
?多谢!
g**********t
发帖数: 475
6
来自主题: Biology版 - 有没有熟悉blast的大牛啊?
which version and which command are you using? by default, blastn might use
the megablast method, in which the word size is 28. please check the
document.

word
g**********t
发帖数: 475
7
来自主题: Biology版 - 有没有熟悉blast的大牛啊?
I am a little bit confused. you said you used the local blast but the link
is the online version. anyway the default nucleotide blast (online) is
optimized for highly similar sequences (megablast) . be sure you used the
correct setting.
C***U
发帖数: 2406
8
来自主题: Biology版 - 有没有熟悉blast的大牛啊?
我用的命令是
blastn -query ***.fa -db *** -out ***.out -num_threads 200 -outfmt 'std' -
word_size 11
blastn -query ***.fa -db *** -out ***.out -num_threads 200 -outfmt 'std'
所以说他其实用的是megablast,那么他的default word_size是28 而不是document上的
blastn的default word_size是11.
i*********0
发帖数: 915
9
来自主题: Biology版 - 请教Southern blot问题
你比对的时候,是不是选择了megablast,你试试另外两个选项试试?
理论上片段越小,结合的非特异性就高。
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