j*p
发帖数: 411 | 1 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
|
j*p
发帖数: 411 | 2 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
|
d******n
发帖数: 159 | 3 希望明天继续哈 :)、
从中长期还是看好这个公司的，虽然现在测序的公司很火，大有取代microarry的样子
，但microarry还是有其独特的一面。 |
|
c****r
发帖数: 576 | 4 东西看着不错，可是写作实在让人无语。你或者全用英文，或者都用汉语，这样每句都
中英夹杂真别扭。我就不相信你那些英文都没有汉语翻译。比如
“总体来说，对RNA-seq的数据分析尚未被标准化，相对于对microarry的分析，即便是最
基本的call significant genes in RNA-seq依然处于发展阶段，在microarry，大家都
知道，有RMA normalization，数据被normalize 之后，可以用ttest，SAM等手段找
significant genes，但是RNA-seq，单就normalization仍尚无定论。”
完全可以改成
“总体来说，对RNA测序的数据分析尚未被标准化，相对于对微阵列的分析，即便是最
基本的RNA测序显著变化的基因（？）依然处于发展阶段，在微阵列，大家都
知道，有RMA 标准化，数据被标准化之后，可以用ttest，SAM等手段找
显著变化基因，但是RNA测序，单就标准化仍尚无定论。” |
|
c****r
发帖数: 576 | 5 东西看着不错，可是写作实在让人无语。你或者全用英文，或者都用汉语，这样每句都
中英夹杂真别扭。我就不相信你那些英文都没有汉语翻译。比如
“总体来说，对RNA-seq的数据分析尚未被标准化，相对于对microarry的分析，即便是最
基本的call significant genes in RNA-seq依然处于发展阶段，在microarry，大家都
知道，有RMA normalization，数据被normalize 之后，可以用ttest，SAM等手段找
significant genes，但是RNA-seq，单就normalization仍尚无定论。”
完全可以改成
“总体来说，对RNA测序的数据分析尚未被标准化，相对于对微阵列的分析，即便是最
基本的RNA测序显著变化的基因（？）依然处于发展阶段，在微阵列，大家都
知道，有RMA 标准化，数据被标准化之后，可以用ttest，SAM等手段找
显著变化基因，但是RNA测序，单就标准化仍尚无定论。” |
|
m*******e
发帖数: 223 | 6 你是advanced age, 保险公司是包的。我16周的时候做的amenio+microarry, 只收了羊
穿的200（算same day surgery).
你可以把procedure code and diagnostic code 提供给保险公司，他们会帮你查确切
的费用。 而且我也奇怪你的医生为啥没让做NT， 因为高龄都应该比较谨慎才对，我做
Materniti21免费，NT也才copay$50.
NT |
|
w****m
发帖数: 38 | 7 chr 8 大概145Mb. 正常人也可能有小的duplications, deletions etc.你可以试着看
看那个位点在不在一些online database 里。 你做的microarray是chromosomal
microarry么？保险一般不报吧。自己要出多少？
不管怎样 big big bless!! |
|
l*****k
发帖数: 587 | 8 I think DNA microarray will SOON be out of date (my personal
opinion, don't feel offended) -- not the reason mentioned by
musician, but because I think
soon the test will be saturated and a more systematic way
for data analysis will
emerge, by that time, most microarray facility will find
nothing to do. Basically, microarray has to be combined with
other techniques...
As to success research using DNA chip, there are several
very good papers out there. One in cell, about a yeast
expression compen |
|
a****a
发帖数: 3905 | 9 技术发展很难预计的。
不知道你这里microarray和DNA chip有什么区别，指PCR的print
和oligo Array之间的差别么？如果是这样的话
microarray较affy chip存在的理由，是PCR product的print并不需要
知道完全的序列，而chip制造的基础在于你需要知道sequence,构建
oligo库，制造芯片。
从数据的角度而言，两者的数据分析都存在着极大的variance, 所以实际
上，现在能利用的数据只是得到的数据的冰山一角而已。看过pat brown的
paper么？不做repeat, 做上上千种条件。对于每一张slide, 数据实际上
没有意义的，但是当把上千张slide cluster到一块的时候，这些数据就变
得有意义了。
从零一个角度而言，从现有的分析中，我们只能关注那些极端express或者
repress的基因，就如你列的那些文章，作为一般实验技术的前导与辅助，
去研究某个具体的基因，具体的条件而已，但这只是microarray/chip运用
的一个方面而已
如何能提高技术的精确度，如何能运用大量不是特别极端的数据，这是 |
|
g***m
发帖数: 465 | 10 the principle is quite the same as DNA microarray except it
employs protein-protein interation in stead of annealing of
oligo DNA. Normally a chip coated with epitopes is used to
detect a cell flow. The opitic character will change if any
cell surfact would interact with any epitope on the chip. It
is very cool to study the surface protein interaction. Johns
Hopkins has a website and service for this tech.
It is a nascent technique as I know.
Another powerful tech for protein identification is m |
|
y***n
发帖数: 99 | 11
================
this is not right.
pI determined by the 2D gel system, the time you cut out the spot.
quatuple mass spec can actually sequence some partial sequence,
which is easy part. Hard part is that you cann't get enough protein
when go to the quatuple, Electrospray requires ten teims more protein
than MALDI.
In-gel digestion coupled by MALDI can give the masses of digested peptide.
use those peptide mass, there are websites you can search the potential
protein candidate with predited m |
|
l******u
发帖数: 936 | 12 切下贴壁细胞培养问题不大.
microarry也可以做.我的PhD课题就是做这个的. 我们自己线性扩增的protocol
可以做到 2ng total RNA (每个细胞20-30 pg total RNA), 现在商业化的kit
可以做到更少, 但我没检验过, 不做更多评论. |
|
o********r
发帖数: 775 | 13 做microarry分析很著名的SAM软件就是Excel界面的。 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 14 什么叫估计没什么戏，现在有能力转seq的都转了，microarry的data实在
太差了。当然商业的Chip还是仍然发展，价格便宜，使用方便，速度快，
seq至少还要有个三五年才能赶上 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 15 不说作者说的有没有道理，他找了一个所谓当时同成本的NGS比较。
要知道，虽然Chip也在提高密度，但和NGS的发展速度完全不能比。
microarry做transcription研究从质量上全面落后，价格上也好不
到哪里去；当然，做genome里面比如SNP/CNV还是有很大价格优势，
不过NGS这个发展速度完全打破摩尔law, 超过array也就是几年的问题 |
|
w******e
发帖数: 1187 | 16 请教luminex的multiplex assay system跟microarry相比有什么好处？
感觉需要用到FACS的话麻烦多多啊~而且两者都有很多共同的局限
多谢 |
|
d*******e
发帖数: 1649 | 17 不要听人瞎扯。现在microarry的初步分析已经基本上傻瓜化了，只要你会用几个软件
，大部分platform的data都可以处理。不需要任何统计和R的知识。
当然你最好找周围会这个的人问，完全靠自己还是要走一些弯路。 |
|
l******u
发帖数: 936 | 18 Agilent bioanalyzer所有分析RNA的kit我都用过，还好吧，
这个比做microarry简单多了。
不过如果不是一些omics的lab，一般不会买这个东西。 |
|
e*****t
发帖数: 642 | 19 这个真的是生物实验的精华体现。。。
那就是labor intensive， 毫无creative的东西。
如果你不喜欢，还是趁早跟老板说，或者换实验室。你们老板估计也是把外国学生当
cheap labor使，这么高强度的活，最少要1-2个tech来干。
还有，现在genome wide的东西还用这么原始的手段吗？最少也是先用microarry或者
sequencing,找到significant的结果在验证一下。
怀疑你们老板的水平。。。 |
|
s******y
发帖数: 137 | 20 如果只是RNA表达的差异上不一定现在要跳deep sequence，比起microarry来说在一般
模式生物上没有太大优势。但是缺点是如果同样一组做三个重复价钱要贵不少（bar
coding 还是比较麻烦而且又多一层bias）。而且现在没有太好的分析软件，如果没有
一定的command line的经验的话分析起来还是比较费劲的。
deep sequence还是在非模式生物和一些比较特定的实验设计（alternative splicing,
allele specific expresion，etc)下优势比较明显吧。
just my two cents. |
|
s******s
发帖数: 13035 | 21 microarry做出来的数据最后还要qPCR验证，如果基因多的话费时费事费钱。
RNA-seq和qPCR基本上完全吻合，做出来数据不需要validate, 而且不同实验室
不同时间做出来的数据也方便比较
splicing, |
|
h*****g
发帖数: 42 | 22 目前的microarry studies更关注false positives，是因为通常统计分析能提供大量的
candiate genes。
可还有另外一种情况，统计分析（比如ttest＋FDR control)无法得到任何基因或很少
的基因，这时false negatives应该很高吧。一个true positive在什么情况下会被
microarray整成false negative呢？是否和这个true positive的在细胞内的表达水平
有关系？拍脑袋想想，低表达的true positive很可能成为false negative，因为在
microarray的信号和noise差不多。那高表达的true positive会怎么样呢？
网上搜了一圈，很少有专门讨论microarray false negative的，至于和true positive
的expression level有啥关系就更不清楚了。大家有何高见？ |
|
h*****g
发帖数: 42 | 23 目前的microarry studies更关注false positives，是因为通常统计分析能提供大量的
candiate genes。
可还有另外一种情况，统计分析（比如ttest＋FDR control)无法得到任何基因或很少
的基因，这时false negatives应该很高吧。一个true positive在什么情况下会被
microarray整成false negative呢？是否和这个true positive的在细胞内的表达水平
有关系？拍脑袋想想，低表达的true positive很可能成为false negative，因为在
microarray的信号和noise差不多。那高表达的true positive会怎么样呢？
网上搜了一圈，很少有专门讨论microarray false negative的，至于和true positive
的expression level有啥关系就更不清楚了。大家有何高见？ |
|
A*****O
发帖数: 394 | 24 有点吹毛了...
一些必要的英文专业词汇，容易让人对应上，挺好的。
生物学上的microarry翻译成微阵列，还真是挺别扭的。
是最 |
|
A*****O
发帖数: 394 | 25 有点吹毛了...
一些必要的英文专业词汇，容易让人对应上，挺好的。
生物学上的microarry翻译成微阵列，还真是挺别扭的。
是最 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 26 why still keep RMA, RNA, TTEST SAM in your "all chinese" post?
apparently, microarry is way more easy to understand than 微阵列
是最 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 27 why still keep RMA, RNA, TTEST SAM in your "all chinese" post?
apparently, microarry is way more easy to understand than 微阵列
是最 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 28 所以你之前讨论microarry表达量测的不准啊样品用得多啊都应该打回去重写 呵呵 没
听说谁是用表达量（cDNA array)来做GWAS的，做GWAS无非就是几个办法，SNP array，
用得最多；genome tiling array，估计有些不差钱的人用。然后就是whole genome
sequnrcing,这个有了NGS估计会有很多人做。
不管哪个都和cDNA array没关系。。而且不管哪个也都解决不了GWAS本身不准的问题 |
|
p*****m
发帖数: 7030 | 29 所以你之前讨论microarry表达量测的不准啊样品用得多啊都应该打回去重写 呵呵 没
听说谁是用表达量（cDNA array)来做GWAS的，做GWAS无非就是几个办法，SNP array，
用得最多；genome tiling array，估计有些不差钱的人用。然后就是whole genome
sequnrcing,这个有了NGS估计会有很多人做。
不管哪个都和cDNA array没关系。。而且不管哪个也都解决不了GWAS本身不准的问题 |
|
I***W
发帖数: 218 | 30 一直都是做低等真菌和细菌，没有做过人类细胞。但现在课题需要做一些人基因检测和
蛋白在不同cell line里表达的实验。
具体课题是这样的，有一个感兴趣的人类基因，现在想了解一下它在不同细胞系可能的
表达情况。有一些问题，
1. 现在人类基因组有多少不同的版本？有不同人种的基因组吗？比如黄种人，白人和
黑人？
2. 由于实验室没有细胞培养的条件，想直接购买一些样品，比如tissues，cells，
cell lysates和total RNA，哪个公司比较好？我看到ScienCell，IMGENEX和Asterand
有，但是不知道哪个比较好？有没有同修用过？
3. 有没有比较好做多抗公司可以推荐？
4. 如果做western的话，选择哪些proteins做controls比较好？
5. 如果想验证transcription，用Northern，microarry还是realtime PCR好？
新人虚心求教，望各位大牛不吝赐教！
万分感谢！ |
|
s******y
发帖数: 28562 | 31
一直都是做低等真菌和细菌，没有做过人类细胞。但现在课题需要做一些人基因检测和
蛋白在不同cell line里表达的实验。
具体课题是这样的，有一个感兴趣的人类基因，现在想了解一下它在不同细胞系可能的
表达情况。有一些问题，
1. 现在人类基因组有多少不同的版本？有不同人种的基因组吗？比如黄种人，白人和
黑人？
2. 由于实验室没有细胞培养的条件，想直接购买一些样品，比如tissues，cells，
cell lysates和total RNA，哪个公司比较好？我看到ScienCell，IMGENEX和Asterand
有，但是不知道哪个比较好？有没有同修用过？
都差不多。谁便宜买谁的
3. 有没有比较好做多抗公司可以推荐？
4. 如果做western的话，选择哪些proteins做controls比较好？
actin, tubulin
5. 如果想验证transcription，用Northern，microarry还是realtime PCR好？
少量基因用northen or realtime PCR,
大量基因用microarray
新人虚心求教，望各位大牛不吝赐教！
万分感谢... 阅读全帖 |
|
A*******e
发帖数: 284 | 32 请教，我想了解一个基因的表达情况，所以blast geo database，得到了一个结果。结
果是一个柱图，有高低柱子。 请问GEO blast的结果到底怎么解释？ 那个“E" 链接进
去就一个结果。我敢肯定的是这个物种做了上万的microarray，为什么就给我一个试验
结果，这个E链接进去的结果用什么cutoff的，表达水平吗？ 如果我只有一个结果，是
这个gene在已知的试验条件，或者说所有的microarry里表达水平都不怎么变化吗？多
谢多谢！ |
|
t**********8
发帖数: 223 | 33 这个kit说可以不用加dnase,大部分dna已经除掉了，对pcr一般没有影响。我试过 RT前
加dnase 和不加，用SYBR Green做qpcr，没有什么区别。但不知道对microarry有影响
吗？
啊？ |
|
b*****n
发帖数: 55 | 34 刚做完array工作，芯片是Affymetrix GeneChip Mouse 2.0ST. ，实验设计简单，只有
两组各四例。Facility 捎带给做了Class Comparison，列出了近八百个基因有变化。
结果很好，但老板仅有Class Comparison分析很不以为然，我自己也是第一次做，请问
我该进一步做哪些什么分析？
有些p-value, fold change变化位前的探针在基因身份栏和简称栏缺失，如何填补，或
找到sequence 自己 blast, 叩谢 |
|
B****m
发帖数: 63 | 35 用过一次affymetrix的芯片，很不喜欢。确实很多probe set没有明确标注。对于这些
probe set，你可以到affymetrix的官方网站上搜索信息（需要注册）。在他们的官网
上，每个probe set都会有个链接，连到gemome browser上。我的经验是，如果官网上
实在没有这个probe set的信息，但是在genmome browser上 这个probe set 覆盖了基
因A的一部分，那我就手动把这个probe set的对应基因标注为基因A。 做这个手动工作
很烦人，所以手动查询一下变化倍数大的为止probe set 就行了，变化小的不管。
将probe set的变化转化成基因后，要用gene ontology对这些基因进行功能分类，进而
信号通路分析。 |
|
b*****n
发帖数: 55 | 36 多谢BeCalm指教，敲这么多字，令鄙人感动不已。尤其是对标注缺失的探针，有立杆见
影的重大指导意义，再次感谢!
关于进一步分析，我们正在与一生物医学信息学部门接洽，他们说可以做statistical
analysis；然后是downstream bioinformatics mining，包括 signaling pathway, GO
enrichment 和 network analysis 等。现在我们在问他们是愿意付费服务呢，还是合
作研究。 |
|
b*****n
发帖数: 55 | 37 本人在做心肌组织的microarry研究时发现有一、两个 mir 的变化非常显著，查文献也
没多少文献报道，想进一步做些工作，但没有做这种RNA工作的经验，请您给我推荐一
篇或几篇有关工作的论文给我学习和借鉴；告诉我哪些试验室在从事相关工作也行。谢
谢！！ |
|
r***e
发帖数: 2539 | 38 便宜！
另外定量更好些，
gene不受microarry chip的限制。 |
|
m***T
发帖数: 11058 | 39 美国的临床实验室只有20-30%属于这类大型的research hospital, medical center的
，绝大多数还是community based的中小型医院或labs，绝大多数的大夫甚至
pathologist对于NGS和Microarry的技术了解非常有限，更别说如何分析和解释数据了
。而且数据的分析也还处于比较快的发展中，这对于广泛的临床应用都是很大的挑战。
FDA也刚刚开始对microarray和NGS等新技术开绿灯没几年，这些都需要一个相对较长的
过程才能真正将这些新技术推入临床并成为诊断标准。 |
|
i*********0
发帖数: 915 | 40 有的时候，不得不找一个封住reviewer嘴的办法呀。。。。
前几天老板聊天，我说很多gene的KO表型很明显都是都是HSC系统compensatory的效应
。为啥哪些人非要吧HSC 纯化出来，然后microarry， RNAseq，非要得出一个HSC
intrinsic调控某某网络来控制self-renewal和分化的结论和机制来？
老板听了，说了一句，呵呵。 |
|
d*****i
发帖数: 52 | 41 我羊穿后加做了microarray，这个结果是说小于多少size的就不报告了吗，那到底是不
是正常啊
NOTE: It is possible that this individual's DNA showed one or more copy
number variants
(CNV's) of no clinical significance that are not listed in this report. Copy
number
alterations that do not contain any genes, and copy number gains less than 1
Mb and losses
less than 400 Kb in size with no known clinical significance are not
reported. Uniparental
isodisomy/regions of homozygosity less than 8 Mb in size will not be
reported unless
accompanie... 阅读全帖 |
|
g**********y
发帖数: 423 | 42 实验是人做的，显然有的人实验做的好，有的做的差。
我做microarry/RNA-seq，非常关注batch effect。
有的实验室出来的质量batch effect非常小，或者说噪音非常小。
如果你看普通质控，你会发现他们都通过了质控。
一些对噪音敏感的算法，如果用了噪音大的数据，确实会得到不可靠的结论。 |
|
g**********y
发帖数: 423 | 43 实验是人做的，显然有的人实验做的好，有的做的差。
我做microarry/RNA-seq，非常关注batch effect。
有的实验室出来的质量batch effect非常小，或者说噪音非常小。
如果你看普通质控，你会发现他们都通过了质控。
一些对噪音敏感的算法，如果用了噪音大的数据，确实会得到不可靠的结论。 |
|
|
c******r
发帖数: 889 | 45 生物学的进展就是机理上的进展。基础于此，医学能更有的放失的进步。
再举一个例子：biomarker。癌症最好的治疗手段依然是早期发现。有了机理研究，在
分子水平的了解，就有可能发现比较容易检测的特异的，灵敏的biomarker.这样帮助早
期发现癌症病例，每年能拯救的生命是很可观的。
最近NATURE上前列腺癌的BIOMARKER就是一个例子。
再比如我们实验室发现（通过MICROARRY，BIOSTAT）一个基因表达水平和肺癌复发正相
关，这就能帮助临床医生在治疗时能针对性的决定是否在术后化疗。提供好的OUTCOME。
乳腺癌依据GENETIC MARKER的不同分类（ER+，HER2+。。。ETC），他们对各种药物的
反应是不同的，治疗方案当然要依据分型来决定。有针对性帮助病人延长生命。
这些都是例子，生物学提供基础/机理的研究结果，直接应用到临床。
不明白你割裂医学和生物学的出发点。
其实，医学是应用科学，就是基础于各学科的发展的。 |
|
P*********y
发帖数: 310 | 46 Agree.
The bioinformatic aspect of systems biology has been doing better as far as
finding a job is concerned. Computer simulation of cellular networks and
behaviors are still largely living in the ivory of academia. There are start
-up companies such as Entelos, but I doubt it is a near-term successful
investment. Sometimes the potential of systems biology has been exaggerated
so much, which build up people's expectation, just like what the microarry/
bioinformatic stuff has done years ago.
Wit |
|
