s**u
发帖数: 9035 | 1 发信人: shmu (shmu), 信区: Biology
标 题: Opening Faculty position in human genomics, UMB
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 17 08:04:37 2011, 美东)
Faculty position in human genomics at the Institute for Genome Sciences,
University of Maryland, Baltimore
The Institute for Genome Sciences is seeking a new faculty member at
the Assistant/Associate/ Professor level in the area of human genomics/
bioinformatics.
The Institute currently has 23 highly collaborative faculty working on
the human microbiome, human genome ... 阅读全帖 |
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n*********4
发帖数: 99 | 2 Does anybody know a tenure-track associate consultant in a clinic?
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Tenure-Track Faculty Position
The Division of Health Sciences Research at Tuft Clinic is seeking
applications for a full-time, tenure-track faculty position at the Associate
Consultant level in the Biostatistic Program. The candidate will be
responsible for advancing biostatistic research activities aligned with the
needs of one of the prioritized research are... 阅读全帖 |
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m**i
发帖数: 355 | 3 求审稿机会，请大家帮帮忙。 我搞免疫的，具体方向是 autoimmunity, nutritional
immunology, microbiome.
请站内联系。多谢！ 同时给大家拜年了！ |
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E*****e
发帖数: 417 | 4 microbiome的NIH funding过去十年逆大势涨了一倍，看着各种不靠谱的paper有点羡慕
和郁闷。 |
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E*****e
发帖数: 417 | 6 microbiome的NIH funding过去十年逆大势涨了一倍，看着各种不靠谱的paper有点羡慕
和郁闷。 |
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g*******n
发帖数: 6 | 8 先谢谢各位师兄师姐先！
大概介绍一下我的背景：
研究方向是bioinformatics, algorithm, machine learning, next-generation
sequencing, metagenomics, structural biology. 主要是自己研发算法和软件（大概
80%），也有和生物学家合作（大概20%，具体的项目主要是测序分析，比如cancer
genomics， epigenetics， human microbiome等）。
PHD是computer science，学校专业排名大概在100左右。现在在研究所做了2，3年的
postdoc，具体也是做跟NGS相关的算法和软件研发。
文章一作的大概8篇，IF 8-10分的3篇, 3-5分的3篇，3以下的两篇。挂名的大概4-5篇
吧，IF都是5左右的。
现在没有funding。。。
请问各位师兄师姐知不知道什么合适的职位？如果有在SC的就更好啦 ：）多谢多谢！ |
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t*******n
发帖数: 4445 | 10 http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=human-microbiome-change
Scientific American
December 16, 2009
Bugs Inside: What Happens When the Microbes That Keep Us Healthy Disappear?
The human body has more microbial than human cells, but this rich diversity
of micro-helpers that has evolved along with us is undergoing a rapid shift-
-one that may have very macro health consequences
By Katherine Harmon
Bacteria, viruses and fungi have been primarily cast as the villains in the
battle for bet |
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c*********r
发帖数: 1312 | 11 顶这个。
关于细菌，我本来准备找个适当机会另开一贴的，趁着有人提出来就在这里跟进一下吧
。给各位妈妈爸爸们一些关于微生物和人体健康研究的更新吧。
第一个链接来自顶级学术刊物Nature：
http://goo.gl/wD1AF
正文第一段先贴在这里：
It has been estimated that the microbes in our bodies collectively make up
to 100 trillion cells, tenfold the number of human cells, and suggested that
they encode 100-fold more unique genes than our own genome1. The majority
of microbes reside in the gut, have a profound influence on human physiology
and nutrition, and are crucial for human life2, 3. Furthermore, the gut... 阅读全帖 |
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l****i
发帖数: 394 | 12 Price LB, Liu CM, Johnson KE, Aziz M, Lau MK, et al. (2010) The effects of
circumcision on the penis microbiome. PLoS One 5: e8422.
里面还引用了以前的文献证据。 |
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l*********e
发帖数: 5385 | 13 ☆─────────────────────────────────────☆
sunflower33 (我也来了) 于 (Mon Dec 3 09:27:46 2012, 美东) 提到:
Boy or girl:
Yes or no?
Why yes?
Why no?
自己也有些confusion, 故看看大家的态度，谢谢
☆─────────────────────────────────────☆
mimyw (小猫子:3) 于 (Mon Dec 3 09:29:57 2012, 美东) 提到:
Boy,
Yes,
cuz that's what daddy wants. also easy to keep clean.
☆─────────────────────────────────────☆
lightgreen (四月芽) 于 (Mon Dec 3 09:42:02 2012, 美东) 提到:
Boy
Yes
Easy to clean, low risk of infection.
★ 发自iPhone App: ChineseW... 阅读全帖 |
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s********e
发帖数: 272 | 16 bioinformatics, genomics, microbiome preferred.
any biology-related fields are fine. Thank you very much!!!!
you can contact me at b********[email protected] or 本站. Thank you!! |
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m*******9
发帖数: 868 | 17 Key words: CpG, TLR9, bacterial genome,gut microbiome
请站内联系 |
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c****l
发帖数: 53 | 18 我最近有个microbiome的审稿, 杂志是bioinformatics, 我不想审, 可以尝试转给你,
请站内你的联系方式和CV |
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发帖数: 1 | 19 When: Saturday, March 19, 2016; 8:30 AM To 1:00 PM
Where: Institute of Americas, UCSD http://sabpa.org/web/IOA_UCSD-directions-map.pdf
Registration: https://www.123signup.com/register?id=phqyt (please click "
read more" at the bottom left to register)
$20 for regular participants and $10 for students and postヾocs through
online registration by March 17, 2016; $40 for on﹕ite registration;
Breakfast and lunch are included.
Organizer: Sino〢merican Biotechnology & Pharmaceutical Professional
As... 阅读全帖 |
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d****o
发帖数: 32610 | 20 可以
里面不少成分是唐僧的microbiome |
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M*P
发帖数: 6456 | 21 这尼玛高大上啊！现在microbiome正火呢 |
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g**a
发帖数: 2129 | 22 用的是手，没有用不可描述的部位。手上DNA证据没法beyond reasonable doubt. 跟你
握个手也会沾上你的DNA。如果手上有跟弯曲的毛那另说。或者当场提取手上的细菌样
本，做一个microbiome的screen，刚好跟受害人不可描述部位的细菌群落组成相近，那
就哈哈哈了。 |
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w***u
发帖数: 17713 | 23 Let's talk about immunological tolerance and how not to elicit immune
response to allergen, and most important, the role of microbiome of
digestive tract... |
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M*P
发帖数: 6456 | 24 不是，系里一年到头剩下的零花钱，给我买个server，我就给系里做microbiome的几位
做个数据库的名头把这个钱花了。
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 25 正好我也是做microbiome的，以后找工作，还望兄台提携一二:) |
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A********2
发帖数: 107 | 26 显而易见是因为我从小就打针打抗生素，当时还只是青霉素也就是penicillin，但是后
来dosage越来越大，肌肉注射也没有了都是挂吊瓶，再后来是青霉素也不用了，用头孢
用贵的，并不是青霉素就没有用了，而是因为头孢更贵，这些都是广谱的抗生素，也就
大大增加了抗药产生的几率，因为所有的细菌都在被选择都在进化，抗性的基因在细菌
之间可以通过很多途径互相传播。看看现在中国的医院里，每天有多少人在挂吊瓶，如
果感冒了去医院，基本上是这个结果，导致这种现象的原因很多，比如医院的利益，医
生以及患者尤其是患者对抗生素抗药认识的匮乏，社会的压力，医疗体制的改革，这些
东西我们改变不了，但是中国抗生素被滥用是显而易见的，要说的话例子太多太多，比
如那些制造抗生素的药厂把残渣倾倒到河水土壤中会对环境中的微生物产生巨大的选择
压力，比如养殖中滥用抗生素喂牛对反刍动物的microbiome产生选择，比如在家里自己
吃药大部分的药物随尿液拍到下水道中对里面的微生物产生压力，等等等等，在我们的
食物安全都不能够保障的时候，还有多少人能去关系是不是细菌会抗药呢。
在解释解释如果，其实已经不是如果了，最近的超级细... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 27 Faculty position in human genomics at the Institute for Genome Sciences,
University of Maryland, Baltimore
The Institute for Genome Sciences is seeking a new faculty member at
the Assistant/Associate/ Professor level in the area of human genomics/
bioinformatics.
The Institute currently has 23 highly collaborative faculty working on
the human microbiome, human genome sequencing, genetic variation,
cancer genomics, host/pathogen interactions, and other areas of
interest related to modern genomics... 阅读全帖 |
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j**********n
发帖数: 527 | 29 HMP (human microbiome project) 2007就挂牌了。 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 30 王俊：我、 我、我、我、我.......我必须要打断，单细胞的癌症基因组测序完完全全
是我提出来的，完全在组里面独立做的
印象中这是single cell的第一篇。 王俊有更早的么？
Tumour evolution inferred by single-cell sequencing
Nicholas Navin1, 2 Jude Kendall1 Jennifer Troge1 Peter Andrews1 Linda
Rodgers1 Jeanne McIndoo1 Kerry Cook1 Asya Stepansky1 Dan Levy1 Diane
Esposito1 Lakshmi Muthuswamy3 Alex Krasnitz1 W. Richard McCombie1 James
Hicks1 Michael Wigler1
Nature Volume: 472, Pages: 90–94 Date published: (07 April 2011) DOI:
doi:10.1038/nature09807
http://www.nature.com/nat... 阅读全帖 |
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C********w
发帖数: 1724 | 31 就这两年，不是有人又挖了一个大坑 "gut microbiome"么。。。
貌似很好的验证了中国人的那句口头语儿，不干不净，吃了没病 |
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C********w
发帖数: 1724 | 32 就这两年，不是有人又挖了一个大坑 "gut microbiome"么。。。
貌似很好的验证了中国人的那句口头语儿，不干不净，吃了没病 |
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p***a
发帖数: 16 | 33 别听楼上外行胡说~~~
现在的高通量生物简直就是统计应用的热土
你PhD老板名气怎么样, 名气还可以的话你就试试常青藤大老板的postdoc吧, 统计/生
统坑比较少, 一般AP都不带postdoc, 基本比较大的老板才招人, 所以找位置
networking很重要, 问问你老板在这里和上面帖子里认识谁啊
Eric Xing 也可以试试, 很有米, 但他现在偏machine learning了, 比较新的cancer和
epi都做的不多
Hongzhe Li 也可以, 理论应用都赞, 最近做microbiome, CNV calling
想跟外国老板的话, david dunson, mike west, peter park, manolis kellis,
都是做cancer或是epi的, 在computational biology或是CS的老板对编程可能要求高,
生统或是统计的对理论要求比较高
上次说的Jun Liu和david dunson, mike west是Bayesian, 其他人都不完全是, 不过也
都做的
祝楼主好运 |
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w********i
发帖数: 389 | 35 传统微生物学现在只有向应用发展才有前途。
比较新的一个方向，其实环境99%以上的微生物都是未知的，所以还有很多很好的研究
方向。
比如用最新的测序技术研究微生物，metagenomes，最新的单细胞测序技术不就发在
nature上了么。
而且最近的Human microbiome project 不是也有很多很强的文章么，国内深圳华大王
军不是做的也很好？
楼主的思维太局限了。 |
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z*********8
发帖数: 1203 | 36 这microbiome火的！
不知道哪里有，估计公司有？ |
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m******g
发帖数: 467 | 37 求提高效率！求上帝保佑（非基督徒）！
Nature 14.01.23
稍微了解一下：
1. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome
2. Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types |
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m******g
发帖数: 467 | 38 求提高效率！求上帝保佑（非基督徒）！
Nature 14.01.23
稍微了解一下：
1. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome
2. Discovery and saturation analysis of cancer genes across 21 tumour types |
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m******g
发帖数: 467 | 39 Nature 14.04.17
稍微了解一下：
1. miRNAs trigger widespread epigenetically activated siRNAs from
transposons in Arabidopsis
easiRNA resemble secondary siRNA
latent mechanism that targets tranposon transcripts
小知识：
1. Sperm RNA carries marks of trauma
Stress alters miRNA expression level in mice
which leads to depressive behavior in later generations
stress on mother, F2 generation of F1 males shows disorder
so does F3
2. Dissecting appetite
The hunger circuits has been mapped in mouse
3. Mouse already... 阅读全帖 |
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S*********e
发帖数: 127 | 40 what he is doing is trying to make public aware of the potential risk of GMO
food.
Someone working on gut microbiome should take some close look at the
microenvironment change, which play a significant role on many GI diseases.
Bottom line, take your own choice/risk, but don't sell your opinion to
public without real scientific data support. |
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d****t
发帖数: 65 | 41 Functional profiling of the gut microbiome in disease-associated
inflammation
Metabolic Alterations to the Mucosal Microbiota in Inflammatory Bowel
Disease
发到s*****[email protected]
多谢 |
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d****t
发帖数: 65 | 42 Functional profiling of the gut microbiome in disease-associated
inflammation
Metabolic Alterations to the Mucosal Microbiota in Inflammatory Bowel
Disease
发到s*****[email protected]
多谢 |
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y****i
发帖数: 2194 | 43 re 同意
这几年生物医学界真有前途的两大热点一个是癌症免疫，一个是肠道菌群(microbiome)
其他各种乱七八糟测序大数据的都是烂坑 |
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q******g
发帖数: 3858 | 44 我怎么觉得这两个才是烂坑呢？
microbiome) |
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s******y
发帖数: 28562 | 45 microbiome是一个很有意思的方向。不过目前在里面混的人很多都是在趁热闹或者说是
胡来(跟bioinfo刚刚火起来的时候一样)。再过几年大浪淘沙之后就会好一点了。
胡乱发挥一个啊。去年Cynthia Kenyon 在我们学校访问的时候说她那个线虫衰老的实
验，说是食物喂多少和寿命有关。我随口问了一句说，如果喂的那个细菌是死的还是活
的和这个有关么？她犹豫了很久，才说，应该是有关的，喂活的和喂死的对寿命的影响
是不同的，但是她们当时不知道如何对付这个数据所以后来都是只喂一种（忘了她说是
喂活的还是死的了）。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 46 癌症免疫也不好说吧
肿瘤最大的特点就是变化。我以前在这里发过一个帖子，把肿瘤细胞比喻成好像matrix
里面的人一样觉悟的个体，好像回到了海洋里的单细胞生物，它们不受控制的变化着，
而每个个体体内都有和正常细胞一模一样的30亿个碱基对让他们肆意裁剪，唯一的目地
就是为了生存，繁衍。我很难想象识别某个/某几个位点的免疫细胞能够杀光这么大一
群千变万化的怪物。估计就是像现在的mutation targeted therapy，稍微延长几个月
一两年的寿命
我觉得基因组的大数据还是解决了很多很多实际问题的，起码罕见单基因病你找到一个
病因，实实在在的就可以通过产前诊断减少几万分之一或者几十万分之一的疾病人口，
不知道这个怎么叫烂坑了
microbiome) |
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z*********8
发帖数: 1203 | 47 很多人皮肤容易得痤疮acne，而且很多成人还慢性痤疮，这个跟皮肤的microbiome有关
么？我记得好像皮肤感染了一种细菌Propionibacterium acnes（刚刚google下）人就
会得痤疮。 |
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w********m
发帖数: 1137 | 48 上班开车时几次听NPR讲这个，还扯到了抗生素。这个究竟是什么概念啊 |
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g***s
发帖数: 30 | 49 是指生物体内的微生物群落吧，例如人的肠道菌群。 除肠道菌群外是否还有其他有意
义的菌群我就不知道了，抛砖引玉 |
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