m****n
发帖数: 1066 | 1 你说的很对。
1. Western blot 是semi-quantitative,定量不可靠。Elisa定量就可靠多了。很多实
验室不用elisa,一是价格贵，二是没有合适的试剂盒。
2. stem-loop PCR 应该没什么神秘的技巧。John Hopkins的文章比较可靠.在南京大学
回复John Hopkins的文章提到，南大有的miRNA的Ct能到30以下。不知道这篇文章什么
时候发出来。
3.miRNA要有功能，需要在组织细胞中达到一定的数量。南大的文章中检测到的血清
miRNA数量很低，不足以在体内施加影响。
4. 现在看来deep sequencing比较可靠。不知道为什么两家测序结果差这么多。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 2 对于动物测试，这种inconsistency 并不罕见，原因可能有很多种。
比方说，有可能那个miRNA在完整的大米里或者total RNA里和其他的RNA互相结合后成
为比较稳定的构型而能够减少被胃酸或者肠道的核酸酶破坏的可能性，所以灌进纯化的
miRNA效果反而不如不纯化的好。还有其他各种可能性，比方说也许那个miRNA的转运过
膜需要其他协同分子的作用。要解决这些可能性，也许需要一篇新的文章单独来研究这
个问题。
total |
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s******y
发帖数: 17729 | 3 qRT-PCR数据就更扯淡了，通常情况下需要辅以其他data加以佐证
我不明白的是，既然张的文章遭到如此大的质疑，或者说他认为他的方向如此有潜质
为啥不用同位素示踪，人工合成miRNA喂耗子，人家都重复不出来，自己为啥不换个角度
重复。不比他苍白无力的辩驳要好得多
做过miRNA的人都明白，那个测序其实就是很扯淡的东西
还有做miRNA的文章，随便一篇跟风灌水的引用过百正常的很，用引用来说，就更无敌了
以后他还可以吹发过NBT呢 |
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k*****n
发帖数: 323 | 4 你可以选择挺张，别人也可以选择不信张；转基因亦同理。没必要给别人戴帽子或者嚷
嚷着你吃屎什么的。
循环系统miRNA是个很有意思的发现，有可能有功能或者作为疾病诊断的新标记。但我
对大米miRNA能调节LDL持极端保留态度。一是证据不足；二是在所谓的大米逆袭的论点
上，过度诠释。早先亚洲人吃大米的时候寿命还不到能够在进化上对大米这个miRNA形
成选择压力。 |
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K****n
发帖数: 4 | 5 各位大牛，如果我想表达pri-miRNA with GFP, 我可以直接在GFP下游连接pri－miRNA
sequence吗？这样会影响下游的polyA seq吗？可以共享一个promotor （CMV）吗？还
是最好用两个promotor？需要用U6 drive pri-miRNA吗？不知道U6和CMV比，哪个更适
合？ |
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H*****e
发帖数: 120 | 6 For some reason, always have his seminar once a while. Liked his research
in the earlier years and it was exciting. But in recent years when many
miRNA people left the field for others, he is still pulling everything to
miRNA and trying so hard to sell his miRNA company. We can almost guess it
would reach the end some day. |
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c**********u
发帖数: 7276 | 7 你那危害性小多了. 我记得最近一片研究文章证明中国人血液中普遍有大米的miRNA.
最新的很多生物发现已经证明miRNA对人体的基因调控是非常重要的.转基因食物修改了
它的DNA.貌似只改变了植物的蛋白表达，但你吃进去的那么多修饰过的dna片断，对立
自身的基因调控，你确定吗？一个完全不确定的东西，那自己的身体做小白鼠，这不是
脑残是啥？ |
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c**********u
发帖数: 7276 | 8 十年前没人知道miRNA.十年后今天miRNA对人体基因的修饰被大量研究。你没法预料转
基因后的十年，会出来什么新的问题。 |
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a******g
发帖数: 13519 | 9 2015-10-28 20:19:26 来源: 澎湃新闻网(上海)
中药经煎煮后进入人体的除了化学成分还有什么？上海中医药大学附属中西医结合医院
儿科专家沈朝斌课题组经过研究发现，煎煮后的中药里，仍然存在着大量的小核糖核酸
分子，这些微小RNA起着重要的基因调控作用，可以为传统中药治病提供理论依据，甚
至还能印证中国古人所说的“吃啥补啥”。10月27日，沈朝斌课题组向媒体公布了这一
成果。
700多年古药方为何有用？医学专家激烈辩论
“好好研究玉屏风散这张古典经方，这个方剂在中国已应用了700多年，对儿童反复呼
吸道感染、小儿多汗盗汗有很好的临床疗效，但作为现代医学，希望能用科学手段把免
疫机理说清楚。”沈朝斌告诉澎湃新闻（http://www.thepaper.cn）记者，20年前，中国著名的儿科免疫专家应大明教授曾经对他提出这样的研究建议。
中药究竟如何发挥作用，多年来一直存在着激烈的争论。3年多前，沈朝斌与复旦大学
药学院天然药物化学教研室教授俞培忠也曾有过一次辩论。俞培忠认为，中药材经炮制
和煎煮后，最可能的药理药效作用是化学成分，而沈朝斌对此并不认同，他认为不排除
中药经处理... 阅读全帖 |
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d*****w
发帖数: 281 | 10 自从去年五月决定搞绿卡，经常在此版潜水，受益良多，自身的感受写下来，供同仁们
参考。一家之言，疏漏难免，敬请喷之！
NSC，发育生物学和癌症方向， claim老三项。
文章：11 （一作惨不忍睹，不提也罢，至少版上90%的站友都比我强）
引用： GS + CNKI =157 (138次独立引用， PP的时候增加到了207， 不知道IO有么有
上GS 查看)。
审稿： 57次for 13杂志，外加两个新杂志的Editorial Board
有一些媒体报道，但是只有一篇提到了我的名字，反正是统统的打印出来了，我自己在
材料提交后感觉那些媒体报道有可能起到负面的作用，因为打印出来的内容都是乱乱的
，IO别认为我在瞎搞。并且我也看了USCIS对媒体报道的论述，只有在报道本身提及了
名字的才算，reference的根本不算，所以搞得我有些后悔。
这次是二进宫，DIY。第一次请的是律师（暂不表明是谁家的了，虽然没有通过，但是
我感觉他们已经尽了本分---律师就是这水平！）。当时GS+CNKI引用大概是110不到，
律师说是viable, 但是没有不过退款 (找了几家评估，有一家给了不过退款，然后我... 阅读全帖 |
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d*****w
发帖数: 281 | 11 自从去年五月决定搞绿卡，经常在此版潜水，受益良多，自身的感受写下来，供同仁们
参考。一家之言，疏漏难免，敬请喷之！
NSC，发育生物学和癌症方向， claim老三项。
文章：11 （一作惨不忍睹，不提也罢，至少版上90%的站友都比我强）
引用： GS + CNKI =157 (138次独立引用， PP的时候增加到了207， 不知道IO有么有
上GS 查看)。
审稿： 57次for 13杂志，外加两个新杂志的Editorial Board
有一些媒体报道，但是只有一篇提到了我的名字，反正是统统的打印出来了，我自己在
材料提交后感觉那些媒体报道有可能起到负面的作用，因为打印出来的内容都是乱乱的
，IO别认为我在瞎搞。并且我也看了USCIS对媒体报道的论述，只有在报道本身提及了
名字的才算，reference的根本不算，所以搞得我有些后悔。
这次是二进宫，DIY。第一次请的是律师（暂不表明是谁家的了，虽然没有通过，但是
我感觉他们已经尽了本分---律师就是这水平！）。当时GS+CNKI引用大概是110不到，
律师说是viable, 但是没有不过退款 (找了几家评估，有一家给了不过退款，然后我... 阅读全帖 |
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G****o
发帖数: 124 | 12 你说的应该是内源性miRNA，可以调节RNA的活性。外源性miRNA很早就用于靶向基因治
疗，需要病毒载体，是不能直接进入细胞应用的。
这些新的发现都是在补充，完善已有的知识，并没有推翻以前的知识。 |
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h********a
发帖数: 864 | 13 NND.
刚才审阅啊三的稿件，第一次我的建议 是拒，梅想到编辑换让二审，做miRNA的，证明
一个miRNA target 一个基因，就作了Western Blotting, RT-PCR，没有做功能研究，
数据也太少了.
态度坚决，再次，明确指出，拒，不要给出再修改的机会。
如果是一个中国人或老每，我可能就让过了。可是中国人或老每也不会把这点数据旧拉
来发表呀。
就是讨厌三。 |
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t******n
发帖数: 2939 | 14 ☆─────────────────────────────────────☆
haoyahaoya (haoyahaoya) 于 (Fri Dec 13 12:34:56 2013, 美东) 提到:
NND.
刚才审阅啊三的稿件，第一次我的建议 是拒，梅想到编辑换让二审，做miRNA的，证明
一个miRNA target 一个基因，就作了Western Blotting, RT-PCR，没有做功能研究，
数据也太少了.
态度坚决，再次，明确指出，拒，不要给出再修改的机会。
如果是一个中国人或老每，我可能就让过了。可是中国人或老每也不会把这点数据旧拉
来发表呀。
就是讨厌三。
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umQdOq (umQdOq) 于 (Fri Dec 13 12:46:06 2013, 美东) 提到:
不明觉厉
☆─────────────────────────────────────☆
Thoreau (welch双绿道高手) 于 (Fri Dec 13 12:47:36 2013, 美东) 提... 阅读全帖 |
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P********R
发帖数: 1691 | 15 天天吃相同的食物，同样食物里的miRNA进入两人的体内，调节两人的蛋白质表白，慢
慢的两人的长相就一样了。
另外看来性格好象不是植物miRNA可以影响的。因为长时间在一起的夫妻性格好象不会
变一样的。 |
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H*****e
发帖数: 120 | 16 I am interested in miRNA too recently but no previous experience. How do
you guys knockdown miRNA. There are a few methods in the literature. For
stable line, can regular shRNA work? Thanks! |
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h********n
发帖数: 4079 | 17 It is important to know that these program are theoretical.
Higher score does not necessary mean better binding and target suppression.
Also, miRNA-mRNA interaction and regulation is highly tissue/cell type
dependent, so a specific miRNA can mainly target gene A in epithelial cell
but target gene B in endothelial cells. |
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t*d
发帖数: 1290 | 18 因为 Bartel 是这个领域的权威。他在 2004 发了两篇reviews，一篇在 CELL， 一篇
在 Nature Reviews Genetics。在两篇 reviews 他都倾向于 mammalian miRNAs 主要
抑制翻译的观点。但是miRNA的大头也基本倾向这个观点。Rosetta 2004 的文章没有提
供直接的证据证明那些下调的 mRNAs 是 miR-1和miR-124 直接targets。所以 Rosetta
的文章动摇了军心，但是还没有颠覆大家伙先入为主的观念。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 19 everything is possible...if you ask JM, he would be saying RNA is the rule
everywhere...In theory, RNA can be a tethering structure providing nice
binding specificity while RNP be the functional players...kind of like
module(a minimum functional unit). I look at si, miRNA or whatever this same
way. With that, one would predicate that si, miRNA etc etc could
potentially have either up/or down regulation function of gene expression,
pretty much dependent on the functional players they bind/recruit... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 21 1.Technol Cancer Res Treat. 2010 Apr;9(2):123-38.
Non-coding RNAs: identification of cancer-associated microRNAs by gene
profiling.
Ferdin J, Kunej T, Calin GA.
Department of Animal Science Biotechnical Faculty, University of Ljubljana,
Domzale, Slovenia. g****[email protected]
2.Expert Rev Mol Diagn. 2010 May;10(4):435-44.
miRNAs as molecular biomarkers of cancer.
Fabbri M.
Department of Molecular Virology, Immunology and Medical Genetics. The Ohio
State University Comprehensive Cancer Center, C... 阅读全帖 |
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b*******e
发帖数: 4 | 22 打算定个试剂盒提去植物的microRNA，但定的时候没仔细看，等货到了发现说明上只是
说用于提取动物或人细胞或组织的microRNA，没说能不能用于植物的。
请版上各位高人帮俺看看这个试剂盒能用于植物么？要是不行也不知道能不能退啊，又
要被老板骂了。。。。哭。。。。
miRNeasy Mini Kit
For purification of microRNA and total RNA from tissues and cells
Effective purification of miRNA and total RNA
Efficient enrichment of miRNA and RNAs <200 nucleotides
Cat. no. 217004
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m****a
发帖数: 6567 | 23 做了两个课题，写了三个chapter,第三个chapter跟前面两个没啥关系（除了物种一样
，前面两个是
miRNA,第三个是epigenetics）。这写题目要怎么写，然后能分开introduction么？要
不然我就说
那第三个是个appendix,放在最后讲，题目就写那俩miRNA chapters？大家做的project
都有一贯
性么？谢谢！！！ |
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s*******n
发帖数: 37 | 24 First question is relatively easy. You can knock down Dicer to see it has
any effect on your genes. For 2nd question, you can look at which part of 3'
utr is conserved, and use target-scan to narrow down and test one by one.
another way i'm thinking of, but haven't seen anybody done it.Darnell a few
years ago had a nature paper using an IP method to pull down the Ago/mRNA/
miRNA complex. In theory, one can adopt this method and to determine which
miRNA associate with the target mRNA. Just my 2 c... 阅读全帖 |
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T*****n
发帖数: 274 | 25 谢谢，大受教宜。我的目标基因正是非常specific的表达在一个特定lineage
的特定发育阶段，其表达在RNA水平上受到调控，这也正是我猜测可能有microRNA
参与其中的原因。接下来准备去找找这个组织的miRNA profiling数据，还有
用你给的网站predict几个miRNA试试看。
关.
candidate |
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h********n
发帖数: 4079 | 26 过去觉得miRNA以translational suppression为主, 现在觉得miRNA induced mRNA
degradation也很重要. |
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h********n
发帖数: 4079 | 27 可以这样考虑, 如果想siRNA那样, 那可能需要几千或者上万个miRNA.
每个miRNA都可以有多个target, 在不同的时候不同细胞选一些调节, 挺有效率的系统. |
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j*********a
发帖数: 193 | 28 王致国, 杨宝峰很恶劣的人，去年出了一本书，miRNA Research,全部是抄的，其中有
一片是抄 我 的 ~~
我很愤怒，但是我老师不以为然：
Quoting My professor:
This is quite comical. They just cut and paste from our chapter and then
changed the the sentences to present tense.
I am still undecided about whether this hurts us or helps us. There is no
shortage of references to our paper. Citing our NAR paper is what it most
important. People in academics are judged by the number of citation their
manuscripts receive, so any reference to us should be helpfu... 阅读全帖 |
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s********n
发帖数: 342 | 29 跟他吃过一顿饭，原来做生理的，在心血管领域基本上已经是很成熟的，该做的大概都
做得差不多了，江河日下，拿不到钱，不得已转做miRNA，当时实验室已经揭不开锅了
，完全是从系里面借的钱，耗了好几年，终于把那篇Nature Medicine做出来了，然后
经费续上了。那个时候，miRNA的PCR还不是很成熟，发得文章也不多，但他们的文章里
全都是PCR的结果，吃饭的时候问了他一下，他说，他们从生理转过来，分子方面的技
术不太好，northern的结果拿不出手。说得很实在。
感觉他是一个比较低调的人，对实验室人比较nice。从系里借钱的时候，手下的人基本
上只能发最基本的工资，好像不是全部，可是没有一个人愿意离开。还有就是，觉得他
做事说话比较实在，说了很多实在话。从我的感觉，似乎不是他主观上这样造假的，那
篇NM据说在实验室反复折腾了很多年，如果要做，可能很快就出来了。但也有可能实在
是搞不出来，被逼铤而走险。我的猜测是，可能他对手下监督不严，也没有很严格的
follow。各位未来的PI虽然不要做BT的老板，但是似乎也不能太nice了，否则，一旦被
底下的人蒙混，就惨了。
那时他说，哈尔滨... 阅读全帖 |
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c********b
发帖数: 363 | 30 Mir168a是植物特有的。动物细胞就是破裂也不会有这个。
动物内mirna细胞间运输是通过exosome 或脂肪体.植物内细胞间rna运输或者植物间遗
传物质运输很常见.动物血清内mirna被作为癌变marker现在也起步了。好像脂肪体运输
的还可以起到特异输送到某个靶目标的功能。
我还没读原文.如果真是内源水平上调控而不仅仅是reporter系统的话，怎么都该启码
是nature 子刊级别的。 |
|
y*********u
发帖数: 183 | 31 MiRNA 大多数情况下不太容易降解，RNA小于20-30nt降解效率就很低了。
很多固定过的组织里miRNA content保存得都很好 |
|
g********4
发帖数: 4959 | 32 陈晓亚要气死了，他十年前nature technology上的文章就这样被忽视了！
需要先给大家科普以下哈：
将一个针对棉铃虫基因的miRNA转棉花，棉铃虫吃了棉花，mRNA被吸收进体内起作用。
谁敢说肠胃直接吸收miRNA是这篇文章的原创？ |
|
t*d
发帖数: 1290 | 33 现在最关键的问题不是给药途径的问题，而是 miRNA 能不能作为一种药的问题。
假设miRNA 进入血液了，它能不能到达目标组织，特异的干掉癌细胞？有没有副作用？
这些是最关键的问题。
吃还是注射，不是关键问题。
这篇文章提前回答了一个给药途径问题。这个本来是后面一步的问题，也不是最重要为
题。 |
|
q******g
发帖数: 3858 | 34 估计楼主的意思是，中药的作用机理有可能是通过植物miRNA来调控动物蛋白的表达。
而转基因植物也可能通过这个机理来危害人类或牲畜。当然，说悲剧还是早了些。不过
，我估计会有更多的文章关于植物miRNA调控动物基因表达/ |
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s******y
发帖数: 28562 | 35 这个文章的意义不在这里。
这个文章对研究营养，代谢，以及不同物种之间的互相作用的人的启发意义特别大。
比方说，有一个很有意思的后继方向就是：营养学家们都知道吃大米的人有血中
LDL 增加的倾向,但是这个原因其实不是完全清楚。以前大致都是怪在水稻的淀粉
的构象问题上，但是现在这个研究指出水稻里含的miRNA 能够通过食物的渠道进入人体
并疑似对LDL receptor有压制作用，那么就出现了一个很有意思的问题，就是是否其实
是这些miRNA导致人对不同食物的特异反应？ |
|
j*****d
发帖数: 787 | 36 我现在操心的是 细胞 怎么把外源的miRNA 内吞到胞内？分泌部分似乎解决了。以后能
够miRNA 作 ligand 就爽了。 |
|
e**r
发帖数: 1144 | 37 他们用的不是那个"Chow diet" 么,那个里面也有哪几种mirna啊
没细读只是看了一下方法部分,没见提到用不含mirna的食物 |
|
c********b
发帖数: 363 | 38 Mir168a是植物特有的。动物细胞就是破裂也不会有这个。
动物内mirna细胞间运输是通过exosome 或脂肪体.植物内细胞间rna运输或者植物间遗
传物质运输很常见.动物血清内mirna被作为癌变marker现在也起步了。好像脂肪体运输
的还可以起到特异输送到某个靶目标的功能。
我还没读原文.如果真是内源水平上调控而不仅仅是reporter系统的话，怎么都该启码
是nature 子刊级别的。 |
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y*********u
发帖数: 183 | 39 MiRNA 大多数情况下不太容易降解，RNA小于20-30nt降解效率就很低了。
很多固定过的组织里miRNA content保存得都很好 |
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g********4
发帖数: 4959 | 40 陈晓亚要气死了，他十年前nature technology上的文章就这样被忽视了！
需要先给大家科普以下哈：
将一个针对棉铃虫基因的miRNA转棉花，棉铃虫吃了棉花，mRNA被吸收进体内起作用。
谁敢说肠胃直接吸收miRNA是这篇文章的原创？ |
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t*d
发帖数: 1290 | 41 现在最关键的问题不是给药途径的问题，而是 miRNA 能不能作为一种药的问题。
假设miRNA 进入血液了，它能不能到达目标组织，特异的干掉癌细胞？有没有副作用？
这些是最关键的问题。
吃还是注射，不是关键问题。
这篇文章提前回答了一个给药途径问题。这个本来是后面一步的问题，也不是最重要为
题。 |
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q******g
发帖数: 3858 | 42 估计楼主的意思是，中药的作用机理有可能是通过植物miRNA来调控动物蛋白的表达。
而转基因植物也可能通过这个机理来危害人类或牲畜。当然，说悲剧还是早了些。不过
，我估计会有更多的文章关于植物miRNA调控动物基因表达/ |
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s******y
发帖数: 28562 | 43 这个文章的意义不在这里。
这个文章对研究营养，代谢，以及不同物种之间的互相作用的人的启发意义特别大。
比方说，有一个很有意思的后继方向就是：营养学家们都知道吃大米的人有血中
LDL 增加的倾向,但是这个原因其实不是完全清楚。以前大致都是怪在水稻的淀粉
的构象问题上，但是现在这个研究指出水稻里含的miRNA 能够通过食物的渠道进入人体
并疑似对LDL receptor有压制作用，那么就出现了一个很有意思的问题，就是是否其实
是这些miRNA导致人对不同食物的特异反应？ |
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j*****d
发帖数: 787 | 44 我现在操心的是 细胞 怎么把外源的miRNA 内吞到胞内？分泌部分似乎解决了。以后能
够miRNA 作 ligand 就爽了。 |
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e**r
发帖数: 1144 | 45 他们用的不是那个"Chow diet" 么,那个里面也有哪几种mirna啊
没细读只是看了一下方法部分,没见提到用不含mirna的食物 |
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m******r
发帖数: 1904 | 46 miRanda, RNA22,miRDB, targetScan.... |
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k****x
发帖数: 265 | 49 family are a group of miRs with similar sequence, and therefore
similar targets |
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