k*******3
发帖数: 1909 | 1 请问illumina GA, HiSeq, MiSeq主要有什么区别？
谢谢！ |
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c****t
发帖数: 194 | 2 初步算了一下，每个样品的价格Miseq好像比Ion便宜许多。
请问楼上的用什么软件分析数据，需要写code吗 |
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i***l
发帖数: 1656 | 3 我用收钱的CLC
：初步算了一下，每个样品的价格Miseq好像比Ion便宜许多。
： |
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n*********4
发帖数: 99 | 4 Illumina Introduces the HiSeq 2500
Speed and Performance Enhancements Pave the Way to Future Clinical Use
Illumina ILMN +2.61% today introduced the HiSeq(R) 2500, a next-generation
sequencing system that will enable researchers and clinicians to sequence an
entire genome in approximately 24 hours, "Genome in a Day". The HiSeq 2500
leverages the continued technology advancements from both the HiSeq 2000 and
MiSeq(TM) platforms.
"The ability to sequence an entire genome in a day with the same high... 阅读全帖 |
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m***T
发帖数: 11058 | 5 和hiseq针对的不是一个市场，所以抢不到什么份额。主要是和miseq争，但miseq还没
上市，所以它暂时还没份额。
我个人的感觉，miseq可能会因为hiseq在ultra-high throughput市场上的domination
而受影响。为什么这么说？因为hiseq的data不能用和其chemistry一样的miseq平台来
validate，所以势必在一定程度上会影响它的销量。当然对于新进入NGS领域的，不存
在这个问题。
另外，Ion能进步这么快基本上是靠lifetech这条大船。Invitrogen和ambion可以有多少resources供它调用，再加上AB在instrument方面的expertise？你看看现在Ion的protocol和kits里面有多少SOLiD的痕迹就知道了 |
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j*******e
发帖数: 23 | 6 Postdocs
Multiple postdoctoral positions are available in Dr. Jiankui He’s
laboratory in South University of Science and Technology of China (SUSTC).
Dr. He is building up the Genome Center at SUSTC, with the most advanced
high throughput sequencers such as Illumina Hiseq, Miseq, Ion Torrent and
Roche 454. We are initiating an international collaborative study “The
International Human Immunome Project”. The International Human Immunome
Project aims to sequence the immune repertoire of 10,000 pat... 阅读全帖 |
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s*********e
发帖数: 399 | 7 违规这个词我用的不好。 抱歉。
一个在CAP实验室里运行的实验，可以不是临床样品，不比遵守CAP相关规定。 CAP实验
室也可以做一般的研究型项目。
如果完全按照CAP规定来做，一个clinical exome ， 按基本报价而言，angilent 的外
显子是300美元左右；我见过的折扣可以打到160美元，最便宜的我听说过的可以到75美
元plus tax. 通常用miseq,护着hiseq2500 fast run 测序。 75x是7.5gb 数据， 大家
可以自己算成本。 399如何能搞定？ 这还没有算过仪器设备折旧，人工，房租水电。
有人有疑问，为什么不用hiseq3000/4000？ clinical exome ， 因为用于临床，通常
要求快速。 3000/4000通量过大，通常的clinical exome如果使用3000/4000, 用时过
长（需要凑样，如不凑样，单个flow cell 的成本过高，即便凑样一个run也是3天时间
）， 一般的clinical exome, 在我认知以内使用miseq居多， hiseq2500快速在大型医
院也有。
最后一个问题，是否可... 阅读全帖 |
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s*********e
发帖数: 399 | 8 违规这个词我用的不好。 抱歉。
一个在CAP实验室里运行的实验，可以不是临床样品，不比遵守CAP相关规定。 CAP实验
室也可以做一般的研究型项目。
如果完全按照CAP规定来做，一个clinical exome ， 按基本报价而言，angilent 的外
显子是300美元左右；我见过的折扣可以打到160美元，最便宜的我听说过的可以到75美
元plus tax. 通常用miseq,护着hiseq2500 fast run 测序。 75x是7.5gb 数据， 大家
可以自己算成本。 399如何能搞定？ 这还没有算过仪器设备折旧，人工，房租水电。
有人有疑问，为什么不用hiseq3000/4000？ clinical exome ， 因为用于临床，通常
要求快速。 3000/4000通量过大，通常的clinical exome如果使用3000/4000, 用时过
长（需要凑样，如不凑样，单个flow cell 的成本过高，即便凑样一个run也是3天时间
）， 一般的clinical exome, 在我认知以内使用miseq居多， hiseq2500快速在大型医
院也有。
最后一个问题，是否可... 阅读全帖 |
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v*****k
发帖数: 7798 | 9 The new frontier of genetic analysis is developing so fast that industry
leader Illumina plans to come out with an iPad app.
Some of Illumina’s ILMN software used in gene sequencing already
runs in the Internet cloud.
Illumina showed off its new “MiGenome” iPad app at the third annual
Consumer Genetics Show in Boston on June 8, pointing out that it will put
genomic information at a person’s fingertips.
Illumina will soon start shipping a lower-price gene sequencing system in
the... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 10 一个经验业绩尚可的公司尤其是业内航母级的大公司，如果要被出售，短期内股票会涨
不奇怪，主要都是操作短线的。
中长期看，眼下NGS这块市场大肥肉，Illumina一枝独秀，机器试剂通吃，后续还通过
收购等举措野心勃勃的要进军测序服务市场，这块潜力实在太大，也是为什么Roche下
血本要强买的原因。
Benchtop这块，GS Junior可以说从一开始就出局了，剩下也就只有Ion Torrent可以和
MiSeq一较短长了。然而近期MiSeq更新的速度实在太惊人，Ion这边两套线路的进展都
乏善可陈（也可能是我的消息闭塞），眼下又面临被分拆出售，是否说明公司高层对其
业务前景也不是非常有信心呢，这个不好说，但是多少会打击投资人信心。
如果MiSeq真的一统江湖，那我自然要看好Illumina未来股市上的表现了。当然，作为
外行人只是看个热闹，希望有行家能指点一下，我觉得会是个很有趣的案例。 |
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s******r
发帖数: 1245 | 11 nextseq就是一个大号的miseq，miseq缺点就是reads太少很多东西不能做，hiseq一跑
就是一个多礼拜太慢了，一个实验室也很难一下子凑够sample把flowcell填满，一轮实
验要做很久，nextseq有miseq的flexibility和速度再加上能出几百m的reads，算是真
正属于单个实验室做genome的机器，有钱有需求的弄一台应该会很爽 |
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p*********e
发帖数: 33 | 12 常规的GA II X 或Hiseq 很难测大于500bp的片段，这个是硬件的原因。如果片段太大
，Read1 和Read2出错配的可能性也就大大增加（如果你用dual barcode adapter,很容
易鉴别出来。）
目前Miseq II 可以测250x2 的Pair-end。你可以尝试在Miseq上测序一下（又便宜又快
),如果可能的话建议用dual barcode adapter。
还有，片段太大的话，cluster generation时延伸的时间也要适当的增加。 |
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p******b
发帖数: 379 | 13 我有5个样品， 1个control， 4个knockdown， 我想对比四个knockdown和control的差
异表达基因，用hiseq2000的话， 把5个样品放在一个lane测应该没有问题吧？
我这里的facility说如果我只想看差异表达基因的话， 推荐我用miseq，是不是说
miseq得到的reads就足够提供我所需要的信息了啊？
谢谢！ |
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m***T
发帖数: 11058 | 14 MiSeq的read数好像只有15-20M，不够Exome和RNA-seq的。NextSeq应该能满足，但和
MiSeq&HiSeq不同的是新机器似乎只有两个颜色，所以是不是相应的algorithm也有不同
？买之前最好弄清楚
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7 |
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c********n
发帖数: 225 | 15 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息（eg. 实验材料，步骤，etc）的发布报告
第二则
- 发布方：James Gagnon
- 发布时间：2016年7月8日至2016年7月29日
- 发布平台：google groups, twitter
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Cambridge, MA
- 发布方研究机构：Harvard University
- 实验室PI：Dr. Alex Schier
- NgAgo的来源：Addgene
o cloned into pCS2 vector for mRNA transcription, for use in zebrafish
- 应用验证实验结果:
o MiSeq PCR Amplicon高通量测序作为检测手段
o Twitter post “And no indels after amplicon MiSeq of NgAgo injected
... 阅读全帖 |
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c********n
发帖数: 225 | 16 第四类“重复” 验证实验信息：实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
暂只收录包含有具体实验信息（eg. 实验材料，步骤，etc）的发布报告
第二则
- 发布方：James Gagnon
- 发布时间：2016年7月8日至2016年7月29日
- 发布平台：google groups, twitter
- 发布方国家：美国
- 发布方城市：Cambridge, MA
- 发布方研究机构：Harvard University
- 实验室PI：Dr. Alex Schier
- NgAgo的来源：Addgene
o cloned into pCS2 vector for mRNA transcription, for use in zebrafish
- 应用验证实验结果:
o MiSeq PCR Amplicon高通量测序作为检测手段
o Twitter post “And no indels after amplicon MiSeq of NgAgo injected
... 阅读全帖 |
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M*P
发帖数: 6456 | 17 【 以下文字转载自 Returnee 讨论区 】
发信人: hotpot1205 (hotpot), 信区: Returnee
标 题: 寻找志同道合的一起做研究，基因表达调控，中山大学
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 20 21:59:41 2016, 美东)
本人于2013年底到中山大学中山眼科中心工作。回国前在NCI做计算生物学实验室PI。眼
科中心长期国内专业排名第一，有很高的门诊量（~100万）和手术量（~25万），中国
唯一的眼科学国家重点实验室在这里。 我从事生物信息学，研究主要基于高通量数据
及分析，一般的测序和质谱数据都做。对基因表达调控的基础研究感兴趣。现在实验室
的情况：
1. 关注（1）基因翻译调控(translational regulation of gene expression)
的全局分析和调控机制，主要用到ribosome profiling和质谱技术。（2） LncRNA能否
被翻译，翻译出的肽段的功能。
2. 实验室现有13人。计算9人，实验4人。有高性能计算集群，miseq和hiseq2500各
一台，和完备的分子... 阅读全帖 |
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N********k
发帖数: 14 | 18 云南省烟草农业科学研究院是从事烟草育种和栽培、植保、烘烤技术研究开发及烟叶质
量分析等方面研究的综合性科研机构，目前拥有“国家烟草基因工程研究中心”和“烟
草行业烟草生物技术育种重点实验室”，科研实力在同类院所中名列前茅，在国际烟草
行业也具有较高影响力。研究院硬件设施实力雄厚，具有400多台（套）先进科研仪器
设备，现有植物组织培养室、人工气候室、智能光照培养室、高通量基因组DNA提取、
分析系统，全自动PCR操作工作站，MiSeq测序仪，荧光实时定量PCR 仪(Roche)、低温
超速离心机(Beckman)、高效液相色谱仪、液相色谱-质谱联用仪、气相色谱-质谱联用
仪及分子生物学常用仪器设备，能满足项目中组织培养、细胞学观察及相关生理生化和
分子生物学实验的需要。另外，具备200 亩的实验基地，专业抗旱阳光温室（含根系走
廊）和近2000 平米的防虫阳光温室，能保证资源材料的种植和试验处理需要。可多方
位开展烟草功能基因研究、烟草育种、植物保护、烟草栽培及烟草调制等领域的研究工
作。
根据研究院发展需要，拟招聘海外博士毕业生及具有海外博士后工作经历若干名，具体
情况公告如下：
一... 阅读全帖 |
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j*******e
发帖数: 23 | 19 --------------
好久没来MITBBS了，我回国后和朋友创业，创办了一家初创企业，热情期待美国的兄弟
们回来和我们并肩，在中国开创一番事业。
----------------------
深圳市瀚海基因科技有限公司（简称：瀚海基因，英文：PacGeno），由美国斯坦福大
学和密歇根大学的博士留学生团队于2012年创立的生物科技公司,获得世界500强正威国
际集团和启迪创业投资管理(北京)有限公司旗下基金的投资，拥有一支生物/机械/电子
工程多学科背景的人才队伍。瀚海基因建立了高通量测序中心，拥有最新的illumina
MiSeq高通量测序仪，为广大科研工作者提供各种类型的测序服务和高级生物信息学分
析服务。公司的核心业务为开发基于二代测序的临床诊疗技术和开发新一代测序仪。瀚
海基因期待有志之士成为我们的伙伴，携手创造和见证瀚海基因的成长和辉煌！
1. 高级工程师（化学）
职位描述
工作性质：全职 职位类别：研发工程师
1. 以显微成像为主要手段，进行单分子荧光高灵敏检测；
任职条件
学历：博士 工作经验：0年 性别：男性
1. 分析化学，表面化学，... 阅读全帖 |
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p****o
发帖数: 6 | 20 公司名称：北京诺禾致源生物信息科技有限公司（Novogene Bioinformatics
Technology Co., Ltd）
工作岗位：美国客户经理
工作地点：北京/美国
薪酬：行业内竞争性薪酬，面议
学历要求：生物，农业，医学相关专业，硕士及以上
公司网址：http://www.novogene.com/
联系方式：[email protected]
/* */
一、岗位职责：
负责所在地区的销售及技术支持业务，包括：
1. 潜在客户挖掘，客户关系维护；
2. 根据客户需求提供项目解决方案，负责项目签订；
3. 跟进项目进展，促进项目顺利进行；
4. 积极了解并反馈市场需求、产品竞争等情况；
5. 能够独立完成销售回款任务；
6. 国际会议的组织参加。
二、岗位要求：
1. 分子生物学、医学、农学相关专业，取得硕士及以上学位。有1年以上海外经历，英
语听说读写能力优秀。全面了解基因组学前沿进展，有高通量测序相关经验优先考虑；
2. 本科或硕士阶段学习过遗传学、分子生物学、基因工程原理等相关课程，有分子生
物学实验经验；
3. 抗压能力强，性格坚韧，亲和力强，反应敏... 阅读全帖 |
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j*******e
发帖数: 23 | 21 职位描述
工作性质：全职 职位类别：测序应用科学家
职责
1. 开发测序前样品处理方法，测序建库方法。
2. 优化测序流程，优化测序试剂，优化测序循环。
3. 开发针对肿瘤，产前诊断，和遗传病的基因检测方法。
任职条件
学历：博士 工作经验：0年
1. 生物专业或生物化学专业，博士学历；
2. 熟悉基因测序原理，具有二代测序实际实验操作经验。
3. 具备强烈的责任心与良好的团队合作精神及学习能力；
相关福利
薪资：年薪12-25万+ 公司期权
员工福利：详情请咨询公司人事
申请方式： 请将个人简历发至[email protected]
/* */，详情请见www.pacgeno.com
公司介绍
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学和密歇根大学的博士留学生团队于2012年创立的生物科技公司,获得世界500强正威国
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工程多学科背景的人才队伍。瀚海基因建立了高通量测序中心，拥有最新的illumina
Mi... 阅读全帖 |
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N********k
发帖数: 14 | 22 云南省烟草农业科学研究院是从事烟草育种和栽培、植保、烘烤技术研究开发及烟叶质
量分析等方面研究的综合性科研机构，目前拥有“国家烟草基因工程研究中心”和“烟
草行业烟草生物技术育种重点实验室”，科研实力在同类院所中名列前茅，在国际烟草
行业也具有较高影响力。研究院硬件设施实力雄厚，具有400多台（套）先进科研仪器
设备，现有植物组织培养室、人工气候室、智能光照培养室、高通量基因组DNA提取、
分析系统，全自动PCR操作工作站，MiSeq测序仪，荧光实时定量PCR 仪(Roche)、低温
超速离心机(Beckman)、高效液相色谱仪、液相色谱-质谱联用仪、气相色谱-质谱联用
仪及分子生物学常用仪器设备，能满足项目中组织培养、细胞学观察及相关生理生化和
分子生物学实验的需要。另外，具备200 亩的实验基地，专业抗旱阳光温室（含根系走
廊）和近2000 平米的防虫阳光温室，能保证资源材料的种植和试验处理需要。可多方
位开展烟草功能基因研究、烟草育种、植物保护、烟草栽培及烟草调制等领域的研究工
作。
根据研究院发展需要，拟招聘海外博士毕业生及具有海外博士后工作经历若干名，具体
情况公告如下：
一... 阅读全帖 |
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n******e
发帖数: 57 | 23 企业总部位于北京市海淀区学清路38号金码大厦，办公面积4,500m2。技术中心位于天
津市武清区，办公面积11,200m2，其中洁净实验室面积约5,000m2，实验室通过认证获
批国家医疗机构执业许可证和医疗器械生产企业许可证。业务网络遍布国内主要城市，
并设立有香港、美国和英国等海外业务中心。
我们建立了目前国内通量规模最大的基因测序平台，包括10台HiSeq X、10台
HiSeq 2000/2500 、5台Ion Proton、4台MiSeq、1台HiSeq 4000、1台NextSeq 500等最
先进的基因测序仪。高性能计算平台目前物理核数3,592个，计算峰值速度73T flops，
总内存17TB，总存储3.2PB，有效地支撑了生命科学研究、农业育种、食品安全和医疗
健康等领域对大数据分析和存储的需求。
经过四年的快速发展，诺禾致源已成长为国内基因行业的领先企业。现为中关村
国家自主创新示范区金种子企业、瞪羚企业、北京市科技研发机构、软件企业、北京市
企事业专利试点单位、国家高新技术企业，并建设有博士后（青年英才）创新实践基地
。申请67项软件著作... 阅读全帖 |
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n******e
发帖数: 57 | 24 企业总部位于北京市海淀区学清路38号金码大厦，办公面积4,500m2。技术中心位于天
津市武清区，办公面积11,200m2，其中洁净实验室面积约5,000m2，实验室通过认证获
批国家医疗机构执业许可证和医疗器械生产企业许可证。业务网络遍布国内主要城市，
并设立有香港、美国和英国等海外业务中心。
我们建立了目前国内通量规模最大的基因测序平台，包括10台HiSeq X、10台
HiSeq 2000/2500 、5台Ion Proton、4台MiSeq、1台HiSeq 4000、1台NextSeq 500等最
先进的基因测序仪。高性能计算平台目前物理核数3,592个，计算峰值速度73T flops，
总内存17TB，总存储3.2PB，有效地支撑了生命科学研究、农业育种、食品安全和医疗
健康等领域对大数据分析和存储的需求。
经过四年的快速发展，诺禾致源已成长为国内基因行业的领先企业。现为中关村
国家自主创新示范区金种子企业、瞪羚企业、北京市科技研发机构、软件企业、北京市
企事业专利试点单位、国家高新技术企业，并建设有博士后（青年英才）创新实践基地
。申请67项软件著作... 阅读全帖 |
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n******e
发帖数: 57 | 25 工作地点：北京
招聘人数：20人
（一）、 岗位职责：
1. 跟进项目进展，及时完善项目信息，促进项目顺利进行；
2. 把握项目的时间节点，保障项目在周期内完成；
3. 审核各项报告，各项任务单准确并及时下达；
4. 对于项目出现的问题，及时与实验部门、信息部门及客户方沟通，最终协调解决；
5. 能够解决基本售后问题；
6. 优化项目运营过程中的流程，提高运营效率；
（二）、 岗位要求
1. 分子生物学、生物技术相关专业硕士学历；
2. 工作责任心强、严谨细心，条理清晰，有一定的统筹能力；
3. 具有良好的沟通能力、人际关系处理能力以及组织协调能力，能够承担较大的压力；
4. 善于发现并解决问题，逻辑思维能力强；
5. 熟练使用办公软件；
6.熟练使用英语，读写顺畅
7.有海外留学或工作经验者优先
公司介绍
北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年03月15日在中关村成立，企业专注于开拓
前沿分子生物学技术和高性能计算技术在生命科学研究和人类健康领域的应用，致力于
成为全球领先的基因组学产品和服务提供者。我们的业务范围包括科技服务和医学健康
。其中科技服务为全球研究型大学、科研院所... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 26 关于世和基因
世和基因 (Geneseeq Technology Inc.) 成立于2008年，当时一批在生物医药领域有突
出贡献的北美华人科学家开始致力于高通量全景癌症基因测序的研究。核心团队拥有多
名专攻癌症研究的癌症生物学博士和生物信息学博士及具有丰富企业管理及资本市场经
验的高级管理人员，成员均来自北美和中国著名高校，如斯坦福大学、多伦多大学、哥
伦比亚大学和北京大学等。世和基因的科学顾问团队由多位国际顶级肿瘤专家组成，包
括来自哈佛大学、麻省理工学院、多伦多大学和中国科学院的专家学者。
2013年世和基因作为南京“321”人才计划被引进回国。世和基因中国总部落户中国南
京高新区，获得“321”人才计划重点项目、科技创业家等多项荣誉。世和基因规划转
化医学中心10,000平方米，一期已建成5000平方米，包括全新实验中心、标准诊断试剂
生产车间，拥有Illumina全系列高通量测序平台（MiSeq、NextSeq500、HiSeq4000）。
经过近七年的科研开发投入和近三年的市场耕耘，世和基因已经和全国150多家顶级三
级甲等医院和肿瘤专科医院开展研究合作，是肿瘤高通量测序领... 阅读全帖 |
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h********5
发帖数: 102 | 27 我是2013年底到中山大学中山眼科中心工作。回国前在NCI做计算生物学实验室PI。眼
科中心长期国内专业排名第一，有很高的门诊量（~100万）和手术量（~25万），中国
唯一的眼科学国家重点实验室在这里。 我从事生物信息学，研究主要基于高通量数据
及分析，一般的测序和质谱数据都做。对基因表达调控的基础研究感兴趣。现在实验室
的情况：
1. 现在关注（1）基因翻译调控(translational regulation of gene expression)
的全局分析和调控机制，主要用到ribosome profiling和质谱技术。（2） LncRNA能否
被翻译，翻译出的肽段的功能。
2. 实验室现有13人。计算9人，实验4人。有高性能计算集群，miseq和hiseq2500各
一台，和完备的分子生物实验室。现在各种高通量测序技术和计算平台都建好了，正常
工作。
3. 2016年5月份搬实验室，届时实验室大约300平方米。经费充足，这几年不用考虑
经费的问题。
这里看看有无志同道合的朋友一起做。这个职位的定位和待遇：
1. 特聘研究员或特聘副研究员，条件突出的... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 29 哪个啥，illumina有了个MiSeq吧。Ion torrent还是新产品，没啥优势，
这个就看芯片工厂给不给力，大概第二代第三代芯片出来以后能有点优势，
given别人都不进步 |
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m***T
发帖数: 11058 | 30 对于discovery的领域应该说冲击不大，毕竟throughput有限制。不过对于Target Req
尤其是临床诊断方面，可能会有所做为。不光是Ion，包括454的GS junior和ILMN即将
出来的MiSEQ都是想要进军这个方向。 |
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A*****n
发帖数: 243 | 31 316的数据貌似看上去还可以，至少Ion Torrent进步的速度挺快的。
不过能从hiseq和miseq那里抢到多少份额还真不好说， |
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y******8
发帖数: 1764 | 32 164 million wells on Proton chip
660 million wells on Proton II chip.
Looks like ION cut the size in half for Proton chip, and want to reduce by
another half for Proton II. It should be a knock-out for Illumina MiSeq. |
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y******8
发帖数: 1764 | 33 Illumina的最大优势是全自动的流程，MiSeq 所需的hands on时间远小于Ion PGM。另
外数据的质量也高很多。HiSeq 2500如果把cBot整合了，配上一个高速的confocal，还
是有可能再撑3年的。
Ion的pH法是把双刃剑，试剂成本应该远低于光学法，但是信号的稳定性差了两个数量
级。Ion要取胜，价格低是王道。
samples
316 |
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x****i
发帖数: 50 | 34 Throughput and price
★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器 |
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d*******j
发帖数: 64 | 36 cluster不是越多越好，太多的话每个cluster信号强度降低，会造成质量下降。core的
改进可能是调整加样的量。样品不多的话没啥好优化的，多测几次把数据合并就可以了
。如果想省钱，可以加index，把多个样品放一个lane，控制每个样品的coverage。
bioanalyzer或miseq可能优化加样的量 |
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a*******9
发帖数: 75 | 37 MiSEQ Amplicon sequencing is perfect for this kind of projects. You can
contact me for more detail information. |
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m*****j
发帖数: 144 | 38 如题了，前阵子实验室派了个人去学了如何用这个软件，但是他回来教我们的时候，发
现他很水啊，很多参数都是模棱两可的，不明白的时候还得去google。。。还不如派我
去呢.要是这样，跟我自学有啥大差别
所以，想请教版上的高人，有谁能借咱笔记看看。我看了clc的manual了，没有具体参
数的介绍.
我们是paired-end |
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m***m
发帖数: 1228 | 40 我们学校现在开始用miseq了，这个东西可以做细菌16S吗。 |
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n****c
发帖数: 42 | 42 If you do NGS, one MiSeq run will be more than enough. ~$1-2k for the
sequencing. Cheaper than Sanger for sure. |
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z*********8
发帖数: 1203 | 43 可以用barcode然后multiplex sample么？你那个30m是illumina miseq吧？如果你用
hiseq2000或者2500的话，至少120－150million reads，我只做过一次，但是有
200million reads |
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c***3
发帖数: 251 | 44 16s得话，你这reads长度够么？一般现在不还都是454么？至少要MiSeq吧
700 |
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l******u
发帖数: 936 | 45 我当然知道现在FDA 没批准NGS 进入临床，我说的是未来2年可能。这是我和这边欧洲
一些诊断公司高层还有illumina亚太区头聊时候他们说的。 illumina 去年下半年向
FDA 申报Miseq，刚和illumina亚太区头在微信上聊的最新消息，他说这个乐观估计2个
月到半年内会被approved, 大家等着听新闻吧。 实际上也没理由不approved，
Nanostring 和Sequenom都通过FDA了. FDA有没有approve这个NGS， 对各个大NGS公司
市场拓展还是有很大差别的，这里不讨论几个研究水平较高的机构小范围的尝试。疾病
诊断biomarker Panel未来的趋势应该是Sequenom，精确，定量，低价，PCR可能逐渐推
出舞台。
PCR 检测血液中婴儿DNA中N倍体的精度准确性不如NGS，这也是为什么NGS现在在这个方
向这么挣钱的原因。"通量高定量准确"可能是未来诊断的一个重要参数吧。
ngs |
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w****w
发帖数: 521 | 46 可以用它自动call出来的vcf文件，还是得跑自己的pipeline? |
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w****w
发帖数: 521 | 47 http://manuelcorpas.com/tag/exome/
这家伙把家人的测序结果都release到public domain了。
我来做个调查:
1.大家是否能用这些数据想些课题出来？
2.如果有想法，要对这些数据做怎样的处理？自己是否有能力处理？
我主要想知道，除了SNP/INDEL calling之外还有哪些分析可做。
我觉得以后这样的数据会越来越多，想开个提供测序数据处理和其它Customized服务的
网站，不知道是否有市场。
上次问的MiSeq的问题，居然没一人回答，难道这是trade secret? |
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l******u
发帖数: 936 | 48 http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml?c=121127&p=irol-news
Illumina’s MiSeqDxTM Receives FDA Premarket Clearance with Two Cystic
Fibrosis Assays and Universal Kit for Open Use
Premarket Clearance is an Industry First for a Next-Generation Sequencing
System
SAN DIEGO--(BUSINESS WIRE)--Nov. 19, 2013-- Illumina, Inc. (NASDAQ:ILMN)
today announced that it received premarket clearance from the U.S. Food and
Drug Administration (FDA) for the MiSeqDx system, the first high-throughput
DNA sequencin... 阅读全帖 |
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a********k
发帖数: 2273 | 49 哎，最后也只是approve了一个139的genotyping测试
比传统的multiplex PCR的genotyping贵，慢。保险公司也不多报销一分钱。
and
throughput
FDA |
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b****r
发帖数: 17995 | 50 长了还是短了？我们自己做Miseq一般都能保证150bp |
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