l**********t
发帖数: 5754 | 1 you are really the master of evasive questions...
"你知道 mutation 大部分是不好的吧？" -- answered
"你承認很多mutation 是壞的吧？" -- answered
"有沒有mutation 會造成致命的先天性疾病? " --of course.
"不過我們討論這幹什麼？ 進化論又沒否定神可能主導演化，設計演化法則。" --
answered.
so to keep you off your treadmill, let's stop it here. if you are interested
in biology in general, let's go to the Biology board to continue the
discussion. |
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E*****m
发帖数: 25615 | 2 是你一直閃躲， 你那些 answered 根本沒有回答。
你如果認 mutation 可能是神導的，你就沒辦法回答
為什麼有 mutation 是不好的。 你從頭到尾就在躲這個。
好了， 你現在承認有不好的mutation， 你認為這是
神主導的嗎？
可以啊， 我們去生物版也可以， 不過那版對神不神的都沒興趣，
為什麼要換地方？
interested |
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D*****r
发帖数: 6791 | 3 The assumption of random direction in mutation is certainly weaker because
it is very specific and does not contain the almighty-god assumption.
On the other hand, the almighty-god assumption is super strong because it
contains everything including the direction-in-mutation assumption.
When you don't know the direction in mutation, assuming it is random is the
default and it is proved by genetic experiments. Assuming it has a direction
is assuming a lot more and needs a lot more proof.
It is str... 阅读全帖 |
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c****g
发帖数: 3893 | 4 Mutation是随机的，但mutation幸存下来，是要适应相应的环境。
你每天也生产很多随机发生mutation的细胞啊，只不过没有相应的生存环境所以死了 |
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l**********t
发帖数: 5754 | 5 thanks cutegg for the comments.
I believe Mutation & 相应的环境 are both subject to God's control (a BELIEF).
On the contrary, my understanding of the "evolution theory" is " Mutation是
随机的，但mutation幸存下来，是要适应相应的环境。" -- and in addition, the "
theory" is silent on how the sequence of "适应相应的环境" is created in pre-
historic settings to guide the evolution of species.
So the "evolution theory" really doesn't address the BELIEF of Christianity,
but replace them with ASSUMPTIONS. |
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E*****m
发帖数: 25615 | 6
她一直問我知不知道在進化論裡 ＂random" 是什麼意思，
我納悶了很久， random 是數學名詞， 進化論裡提到
random 都是在說 random mutation, 所以我猜她要問的
是 random mutation 是什麼意思, 所以回答了那句。
結果她抓住這個說我連random 跟 mutation 有什麼差別都不知道,
以為抓住我的破綻了，一說再說。
一個人怎麼能這麼極品？ 有誰能想像嗎? |
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E*****m
发帖数: 25615 | 7 起因在這裡
http://www.mitbbs.com/article_t/TrustInJesus/515211.html
原來她的問題是
first, can you define "random" as implied in Darwin's theory?
random 是數學名詞， 進化論裡提到random 都是在說
random mutation, 所以我猜她要問的是 random mutation 是什麼意思,
所以回答了
“就是每一代多少跟前一代有點不同， 這也有問題嗎？”
她抓住這個說我連random 跟 mutation 有什麼差別都不知道,
以為抓住我的破綻了，一說再說。
我說 littletshirt啊！ 你是真的以為我會搞不清楚一個數學名詞跟一個生物名詞
的差別？ 你要是不真的這樣認為，你很惡劣，你要是真的這樣認為，你的
智商有沒有下限？
有些辯論對手我還是尊敬的，上次跟魁爺打擂台時，我就對他的努力很敬佩，
你這種胡纏亂打是自己出洋相，沒意義的。 |
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E*****m
发帖数: 25615 | 8
No, I agree mutation is random. But as I said 3 times, it doesn't
matter to evolution theory. As long as mutation happens, natural
selection do the rest. I still don't know where you're getting at.
If you like, just assume whatever you like, and see what the
conclusion you can get.
Which evolution books say if mutation is not random then evolution
theory is false? I guess you'll avoid this question for the 15 times. |
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E*****m
发帖数: 25615 | 9
神)
起因在這裡
http://www.mitbbs.com/article_t/TrustInJesus/515211.html
原來她的問題是
first, can you define "random" as implied in Darwin's theory?
random 是數學名詞， 進化論裡提到random 都是在說
random mutation, 所以我猜她要問的是 random mutation 是什麼意思,
所以回答了
“就是每一代多少跟前一代有點不同， 這也有問題嗎？”
她抓住這個說我連random 跟 mutation 有什麼差別都不知道,
以為抓住我的破綻了，一說再說。
我說 littletshirt啊！ 你是真的以為我會搞不清楚一個數學名詞跟一個生物名詞
的差別？ 你要是不真的這樣認為，你很惡劣，你要是真的這樣認為，你的
智商有沒有下限？
有些辯論對手我還是尊敬的，上次跟魁爺打擂台時，我就對他的努力很敬佩，
你這種胡纏亂打是自己出洋相，沒意義的。 |
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D*****y
发帖数: 5788 | 10 ☆─────────────────────────────────────☆
Eloihim (真神) 于 (Wed May 4 09:02:43 2011, 美东) 提到:
起因在這裡
http://www.mitbbs.com/article_t/TrustInJesus/515211.html
原來她的問題是
first, can you define "random" as implied in Darwin's theory?
random 是數學名詞， 進化論裡提到random 都是在說
random mutation, 所以我猜她要問的是 random mutation 是什麼意思,
所以回答了
“就是每一代多少跟前一代有點不同， 這也有問題嗎？”
她抓住這個說我連random 跟 mutation 有什麼差別都不知道,
以為抓住我的破綻了，一說再說。
我說 littletshirt啊！ 你是真的以為我會搞不清楚一個數學名詞跟一個生物名詞
的差別？ 你要是不真的這樣認為，你很惡劣，你要是真的這樣認為，你的
智商有沒有下限？
有些辯論對手我還是尊敬的，上次跟魁... 阅读全帖 |
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l**********t
发帖数: 5754 | 11
BTW, have you thought about the "过程，中间步骤和具体方法" that leads to a
specific snapshot in the "evolution process" (any of your favorite example),
without resorting to a) "random" mutation just magically happened and b) an
environment occurs by chance at the right place and time to favor the "
mutation"?
Nowadays it is common practice to have site-targeted "mutations" introduced
and then selected in well controlled lab environments thru well designed "过
程，中间步骤和具体方法" -- but this has nothing to do with ... 阅读全帖 |
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D*****r
发帖数: 6791 | 12 Much of what people do is done in the name of God. Irishmen blow each other
up in his name. Arabs blow themselves up in his name. Imams and ayatollahs
oppress women in his name. Celibate popes and priests mess up people's sex
lives in his name. Jewish shohets cut live animals' throats in his name. The
achievements of religion in past history -- bloody crusades, torturing
inquisitions, mass-murdering conquistadors, culture-destroying missionaries,
legally enforced resistance to each new piece of ... 阅读全帖 |
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c******r
发帖数: 889 | 13 The theory of evolution can predict future development. The only reason we
cannot use it for specifics is that we don't have the required computing
power.
If you want to predict the next step of evolution of a specific species, you
have to consider all the mutations that might occur and how they will be
selected. And what the collective mutations would lead to speciation. Also,
you have to simulate all the environmental factors, such as climate, food
source, interaction with other species, human... 阅读全帖 |
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c******r
发帖数: 889 | 14 Random mutations happen all the time.
And we now know how some mutations happen, such as the cases of many
carcinogenic agents.
As for the errors happen during DNA replication, quantum mechanics is behind
the rare errors DNA polymerases make.
Random and spontaneous are used a lot just to simply the matter.
You are right, this is scientific. It is cautious not to say things that are
not backed up by data and observation. It proves to work and produces
splendid achievement that benefits for mankin... 阅读全帖 |
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b*********d
发帖数: 596 | 15 http://www.npr.org/2011/08/09/138957812/evangelicals-question-t
Let's go back to the beginning — all the way to Adam and Eve, and to the
question: Did they exist, and did all of humanity descend from that single
pair?
According to the Bible (Genesis 2:7), this is how humanity began: "The Lord
God formed man of the dust of the ground, and breathed into his nostrils the
breath of life; and man became a living soul." God then called the man Adam
, and later created Eve from Adam's rib.
Polls by Gal... 阅读全帖 |
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E*****m
发帖数: 25615 | 16 以我的了解， mutation 是不是 true random 根本不是那麼重要， 我們
甚至可以説就是神在操縱 mutation，littletshirt 以前同意 natural selection
確實發生， 這樣的話就是神導進化， 但也是同意進化， 但是説 littletshirt
像 Collins 一樣是支持神導進化她又不同意了， 怎麼問也問不出為什麼不同意，
連她到底認不認為一個物種會演化成另一個她都不肯說， 問她承認不承認
人和其他物種是同祖先， 她要糾纏『同祖先』是什麼意思（到底有啥可能能誤會
同祖先的意思???），就是不肯回答。
小島等真正生物高手上來給她講過她錯在哪裡，不果她根本不看。 所以跟她談
進化論都是白忙，她根本沒有誠心講自己的看法，只是來糾纏
mutation/random 這兩個詞而已。
不信的話，哪位問得出她到底同不同意物種間會演化（不管變異是否隨機），
如果不同意，為什麼有變異有自然選擇還是不會演化，
如果我送十個包子， 另外加送十個給 littletshirt。 |
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J*****3
发帖数: 4298 | 17 笑死我了，还来玩黑白颠倒的吗？
我给你全文吧，这么撒谎的话，是耶稣教的吗？撒谎神不喜悦
这篇文章是基督教手册用来歪曲人类进化不成立的，是JAMES给我了文章的一个LINK，但是文章看不全，我根据作者名字找到了全文，也读了，发现，文章根本没有说进化不成立，他们断章取义，黑白颠倒地撒谎。我BS这种恶心的行为。
“5、大概在97年，一个著名的非基督徒考古学家，在非洲发现的所谓人类化石，把一
直以来公认的人类进化顺序，猿人——直立人——能人——智人，给彻底推翻了。目前
人类进化链条重新归零，变为空白。”
原文
http://news.nationalgeographic.com/news/2010/05/100506-science-
翻译：
“Even if the new result doesn't quite settle the debate about whether
Neandertals mixed with modern humans, it does underscore how different they
were from our own lineage. And t... 阅读全帖 |
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j*******7
发帖数: 6300 | 18 Evolution Theory
The explanation of the origin of life offered by evolution theory is roughly
this:
Once upon a time, there was no life. By chance, there came to be simple
organisms capable of replicating themselves. Random mutations introduced
variety into the population of these organisms, with the result that some of
them were better able to survive and replicate themselves than others. A
scarcity of the resources necessary for these organisms to survive and
reproduce introduced competition b... 阅读全帖 |
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a*****e
发帖数: 1700 | 19 首先，没有任何 FP 语言是不支持 mutable 的！持有这种观点的，请先去补习一下基
础知识。
鉴别 FP (其实是 declarative)和 imperative 的关键是看它们对 mutability 的区分：
A. every variable is mutable. 多数 duck typed 脚本语言都是这类。
B. mutable by default, immutable by declaration. Java, C, C++ 等勉强属于这类。
C. immutable by default, mutable by declaration. SML, Clojure,
Haskell 属于这类。
然后 B 和 C 都还可以进一步细分，根据 declaration 到底是说变量，还是类型，还
是操作，以下是一些例子。但这之前，有必要先讲讲闭包歧义这个问题：
闭包（Closure）是说将一个函数体里面的非本地变量的值和当前环境（lexical scope
）变量的值做绑定。要弄清楚这里面的语义，在大多数语言里都势必牵涉到一个实现的
问题，就是如果当前环境里一个局部变量... 阅读全帖 |
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h*i
发帖数: 3446 | 20 第三种：
-> obj
func1()
func2()
func3();
和第一种看上去一样。所以这些都是表面的东西。
第一种只能mutate obj, 不灵活。而第二第三可以mutate,也可以不mutate。 |
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h*i
发帖数: 3446 | 21 最自然吧，第一种意思就是在obj本身上面进行各种折腾，再折腾，还是obj.所以自然
就是in place mutation的意思。
另外两种的自然意思是把obj从一系列管道中传送过去，在传送过程中，什么都可能发
生，所以是更灵活的一种思维，可以mutate, 也可以不mutate，都很自然。 |
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s**x
发帖数: 138 | 22 我可能犯了一个错误。 我只是MUTATE 一个AA，而我用的是MULTI－MUTATION 的 KIT。
（现有的）。我不知两个KIT有何不同。MILTI KIT是否可用在SINGLE AA MUTATION 上
。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 23 GWAS现在还是有一些被多个group还有功能学证实的东西，当然还只是少数，但是剩下
的大多数，不是说将来也一定会重复不出来，科研本来就是个循序渐进的过程。就好象
研究分子功能，绝大部分分子根本还没有和疾病联系起来，还不是在拼命做。这是个必
由之路而已。
GWAS如果能解释1%的患病群体，如果是高血压这种百分之几十的人都得的病，你能说没
什么意义？
人的肥胖症由基因引起的太多了，google一下再发言吧。放到没饭吃的地方确实没有人
会肥胖，但是现在有几个地方没饭吃？你这个前提就几乎不成立。其他常见病很多也有
明确的遗传因素，这个既有流行病学的证据也有实验室的证据。
SNP和肿瘤的关系，不是特别明白你的意思。每年发表的肿瘤和SNP的文章不说成千上万
，实在也够多了，你可以在ncbi搜一下cancer SNP P53
另外回楼主的问题
mutation和variation主要的区别并不是是否致病，纯遗传学的角度两者的差别只是在
人群中的流行程度。低于1%的叫mutation， 高于的叫variation，两者的区别非常
arbitrary。不是说一个mutation就一定会导致问题，也不是... 阅读全帖 |
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w******e
发帖数: 1187 | 24 r u sure the mutation is caused by small molecule? my understanding is that
cancer cells randomly mutate but only certain mutation confers the receptor
"immunity" to the small molecule drugs. these two are different. |
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y****i
发帖数: 1265 | 25 发信人: Isaiah (SKIASONARANHR), 信区: Emprise
标 题: 据说哈利波特上nature了
发信站: 水木社区 (Thu Jan 6 09:19:54 2011), 站内
http://blog.renren.com/share/225423167/4622536314
刚看了《哈利波特7上》，无聊的在PubMed里面用"Harry Potter"做关键词搜索文献，
得到32篇文献，居然还有发在Nature上的文章两篇 还有其他牛文若干篇。灰常的欢乐。
附该文章链接： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16094345
以免大家以为是我胡诌。最近真是闲的蛋疼。
==========================神==作==分==割==线==========================
在下面第一篇nature文章中，在2005年《哈里波特与混血王子》出版后，来自澳大利亚
皇家儿童医院的Graig等人，同样对哈里波特中描述的有超能力的巫师wizards and
witches与麻瓜muggle结合后，后代属性问... 阅读全帖 |
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c****l
发帖数: 1086 | 26 你如果实在讨论在体外的transformation的话，那就是和体内的概念完全不同了。
只有一个oncogene而且还是wt，（也就是还不能称oncogene只是proto-oncogene，），
即使是真正的所谓oncogene（mutated one）经典的象myc,ras，E1A on its own也无法
transform cellline，原因很明显，scott lowe，John Cleveland十多年前就发现了，
单独的oncogene acitvation会induce cell death。 必须要结合inactivation of P53
or Arf ...才可能transform cell。你所指的cellline往往都是immortalized，而
immortalized celllines 30% has p53 mutation, 30% has Arf mutation, another
30% has mdm2 amplification。
你要是真要找一符合你的标准的wt的“oncogene”，那我就告诉你一个吧。
SV40， 哈哈哈哈哈哈哈... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 27 Ding
plus
>
April 04, 2012
The New Genetics of Autism – Why Environment Matters
by Thomas Insel
>
Last week’s autism news was about prevalence. The CDC reported a 78 percent increase in autism
prevalence since 2002. This week’s autism news is about genetics—three papers in Nature describe new
genes associated with autism. For many people, these two stories seem contradictory or, at best, unrelated.
Increasing prevalence suggests environmental factors like chemicals and microbes changing over the... 阅读全帖 |
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f*********e
发帖数: 24 | 28 Relation between MeCP2 and Rett syndrome
1999-10 Nat Gen Huda Y. Zoghbi Rett syndrome is caused by mutations
in X-linked MECP2, encoding methyl-CpG-binding protein 2
Mouse models: whole-body knockout, brain-specific, brain-region-specific,
knock-in,..., over-expression, rescue, ...
2001-03 Nat Gen Adrian Bird A mouse Mecp2-null mutation causes
neurological symptoms that mimic Rett syndrome
2001-03 Nat Gen Rudolf Jaenisch Deficiency of methyl-CpG bindi... 阅读全帖 |
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q*c
发帖数: 9453 | 29 大家把癌症说成是 mutate, 而且是随机的 mutate, 因此复杂而无法对付。
这个道理很容易懂， 可是就生命过程是个何等复杂的东西，
就以计算机为例， 诸位随便去找个 exe 程序， 拿二进制编辑器打开，
随便编辑几下， 然后存盘， 试试。 没有能继续运行的， 遑论突然就变成
威力无比，能无限增值的病毒程序。
细胞那些东西， 比现在的计算机程序复杂亿万倍， 我就无法想象，
这个无序的 mutate 就能产生出正常 functioning, 无限增殖的细胞？
这个概率竟然能大道短短的 100 年不到的寿命里面就能大量的发生。
毫无道理。 癌症估计是有某种我们还不理解的力量在有向的推动，
否则无法自然依靠概率发生。 |
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s******r
发帖数: 2876 | 30 单细胞生物每一个都是能不断增殖的，
到了多细胞生物，为了保证整体的生存，细胞不能无限增殖，
而是相互妥协，分工协作。但是细胞的增殖能力还是存在的，
癌症突变只是释放了这个本来被压制的功能。
另外，生命不是那种简单的程序，有很强的容错能力，
不少突变不能杀死细胞，而是被tolerate了。
大家把癌症说成是 mutate, 而且是随机的 mutate, 因此复杂而无法对付。
这个道理很容易懂， 可是就生命过程是个何等复杂的东西，
就以计算机为例， 诸位随便去找个 exe 程序， 拿二进制编辑器打开，
随便编辑几下， 然后存盘， 试试。 没有能继续运行的， 遑论突然就变成
威力无比，能无限增值的病毒程序。
细胞那些东西， 比现在的计算机程序复杂亿万倍， 我就无法想象，
这个无序的 mutate 就能产生出正常 functioning, 无限增殖的细胞？
这个概率竟然能大道短短的 100 年不到的寿命里面就能大量的发生。
毫无道理。 癌症估计是有某种我们还不理解的力量在有向的推动，
否则无法自然依靠概率发生。 |
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V****o
发帖数: 112 | 31 那是因为人体内曾在着成千上亿的mutate，绝大绝大部分的mutate都被修复了或者修复
不了的就进入凋亡程序被淘汰了，只有这么极少数的mutate逃过了被修复或淘汰的过程
，就变成了癌症 |
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c****l
发帖数: 1086 | 32 看你愿意讨论学术问题，会你一个。
二者概念也许不同，使用的语境也许不同，但本质没有区别，
只是penetrance不同罢了。我之前也没有说二者不同，如果
我的回帖给你这种错误的印象，那是我的错。
我之前讨论的是germline的mutation和somatic
mutation的区别，前者可以遗传，后者是后天环境导致，是
肿瘤mutation的绝大部分，所以在个体上谈不上是否有选
择。
听大家意见！
法来确定，也是case by
要为质量性状，表现为携带
为不能沿家系追踪的，主要
发生的贡献只存在效果上的
基因的效果不能导致群体完
样的基因表型，也有致病和
关。以前面其他网友提到的吸 |
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a********k
发帖数: 2273 | 33 JCR Year and Edition: 2010 Science
Abbreviated Journal Title ISSN {2010} Total Cites Impact Factor
5-Year Impact Factor Immediacy Index {2010} Articles Cited Half-
Life Eigenfactor Score Article Influence Score
CA-CANCER J CLIN 0007-9235 9801 94.262 70.216 8.667 18
3.8 0.04923 24.782
ACTA CRYSTALLOGR A 0108-7673 13944 54.333 24.717 0.629 70
6.2 0.04... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 34 Beutler得奖，Medzhitov会不会有意见？
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1074761309002
Ruslan Medzhitov
This year marks the 20th anniversary of a publication (Janeway, 1989) that
in many ways revolutionized our understanding of the immune system. As part
of the proceedings of the Cold Spring Harbor Symposium on Immune Recognition
, the paper authored by the late Charles A. Janeway, Jr. was not a standard
peer-reviewed publication. In fact, Charlie used to refer to it as “the
best paper I've ... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 35 this discussion is getting a bit interesting:
I think both you and Oct4/p are correct...they are more right though:))...
The direction is controlled by nurture but the mutation is accidental by
nature...Population genetic---it is more nurture, but at molecular level, it
is nature/mutation.
However, what I like to raise now, whether your other point could bear
some true elements or Lamark is not entirely wrong...is inherited
epigenetics true and whether that could confer/accelerate mutations...wh... 阅读全帖 |
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A********2
发帖数: 107 | 36 When you say "Adaptation", you already mean by natural selection. The debate
between selectionism and neutralism has started since Kimura published "The
neutral theory of Molecular Evolution". But I don't think the statement
that genetic drift is more important than natural selection in terms of
driving evolution is widely accepted. There are lots of evidence
demonstrating that mutations are fixed because they are beneficial. What I
believe is neutral mutations set up the ground for later adapt... 阅读全帖 |
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k*****d
发帖数: 12 | 37 用SNP array找copy number variation算不算genomic cancer study? 在这一期的
Nature上（Nature. 2008 Oct 16;455(7215)）有四篇文章讲到发现neuroblastoma 有
ALK mutation，其中三篇是用snp array先找到了ALK amplification in
neuroblastoma，然后再对ALK测序，发现还有mutation。另一篇是用传统的lingage
analysis找到了ALK mutation in neuroblastoma。 |
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b******u
发帖数: 1 | 38 Hi 您好
对于您的问题，其实是这样的 GWAS的研究主要是归咎于对于疾病的non-preknowledge
的理解的，就是说你只要有两组case-control （一般是这样的）然后上GWAS芯片，然
后看基因之间的SNP频率差异。
对于的您所说的OR在1.3以下，这些在临床意义上都没有任何价值（欢迎拍砖），之所
以可以检测出来，主要是看P-value，然而p-value主要是看样本量，按照公式来推理，
只要你的样本足够大，你就可以检测出significant的细微差异，例如OR<1.2 所以现在
的趋势是1）提高样品量2）如果样品不够大的时候，引入其他变量，例如环境factor (
Gene-Environment Interaction in Genome-Wide Association Studies)，或者加入
expression （eQTL），现在国内更多是单纯的提高样品量，因为在国内收样品较容易。
第二个问题，隔离人群GWAS， 首先您朋友要考虑以下问题，首先是您朋友是要screen
mutation还是做疾病的mutation？ 国内一般是做疾病的，a) 在深山老林... 阅读全帖 |
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s********8
发帖数: 619 | 39 polymorphism不应该造成氨基酸序列改变吧?我说的mutation是引起aa变化的那些,数了
一下,大概每kb有一个这样的mutation.我还没有完全测序我的克隆,但是按这个概率的
话就会有4到5个mutation,这个克隆是做表达用的,不知道会不会有影响,郁闷. |
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f*********8
发帖数: 129 | 40 要做mutation,譬如leucine,是 mutate to Ala?
这个mutate to what aa有什么讲究？
有啥书或文章介绍这些的？推荐一下。
谢谢。 |
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T****O
发帖数: 407 | 41 Usually you want to replace an AA because it's critical in your hypothesis.
Therefore, any perturbation would generate significant consequences. And
you want that significance to be as large as it could be theoretically
allowed. Mutating Leu to Ala is of the general practice. "Ala Scan",
remember? You could swap on Ala in replace of anything. The only exception
is Ala itself, which you should replace with Gly.
Now, it's important to notice the word "general". In many cases, simply
replacin... 阅读全帖 |
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A*****n
发帖数: 243 | 42 不觉得这篇文章有那么轰动的意义。看了一下他们的方法，他们并不是用单个基因的信
息，而是100个基因做了PCA之后的PC１，很大程度上已经抹去了很多随机的因素，如果
有时间的话可以算一下100个基因的PC１和全基因组的PC1，说不定相关程度更大，这样
100个基因已经包含了很多的信息，具有一定的分类效果也就不奇怪了。其次本来
biomarker就不一定和机制有什么密不可分的联系，有些就是用来对病人进行分型，或
者预测治疗预后的，也早已经有很多报道表明不同的基因组合可以实现相同的分类性能
。但是如果都能实现较好的分类效果，并且基因数目相对较好的话，就已经可以达到
biomarker的目的啦。本来biomarker就是从实用性出发，而不应该包含太多因果的概念
在里面。就像癌症数据，找了那么mutation，而要找出driver mutation还是很不容易
，但并不代表找到的mutation没有意义了。 |
|
A*****n
发帖数: 243 | 43 不觉得这篇文章有那么轰动的意义。看了一下他们的方法，他们并不是用单个基因的信
息，而是100个基因做了PCA之后的PC１，很大程度上已经抹去了很多随机的因素，如果
有时间的话可以算一下100个基因的PC１和全基因组的PC1，说不定相关程度更大，这样
100个基因已经包含了很多的信息，具有一定的分类效果也就不奇怪了。其次本来
biomarker就不一定和机制有什么密不可分的联系，有些就是用来对病人进行分型，或
者预测治疗预后的，也早已经有很多报道表明不同的基因组合可以实现相同的分类性能
。但是如果都能实现较好的分类效果，并且基因数目相对较好的话，就已经可以达到
biomarker的目的啦。本来biomarker就是从实用性出发，而不应该包含太多因果的概念
在里面。就像癌症数据，找了那么mutation，而要找出driver mutation还是很不容易
，但并不代表找到的mutation没有意义了。 |
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o**d
发帖数: 3080 | 44 pubmed: Gong Zhang, Zoya Ignatova
1.Polyglutamine expansion alters the dynamics and molecular architecture of
aggregates in dentatorubropallidoluysian atrophy.
Hinz J, Lehnhardt L, Zakrzewski S, Zhang G, Ignatova Z.
J Biol Chem. 2012 Jan 13;287(3):2068-78. Epub 2011 Dec 1.
PMID:
22134925
[PubMed - in process]
2.Length-dependent translation of messenger RNA by ribosomes.
Valleriani A, Zhang G, Nagar A, Ignatova Z, Lipowsky R.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2011 Apr;83(4 Pt 1):04... 阅读全帖 |
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H*****e
发帖数: 120 | 45 Hi experts,
I need to sequence PI3K and PTEN in tumors for determine whether there is
mutation. But I do not know much about sequencing mutations since I only
work kinase for years. So I have a few basic questions, wish to get answers
here:
1.RNA or DNA, The tumor sample will be provided by a colleague in Hospital.
I can get both DNA and RNA purified. Should I sequence DNA or RNA after I
PCR them out?
2.If only 1 copy has mutation and the other copy is wt, can routine sequence
in core lab det... 阅读全帖 |
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l******o
发帖数: 103 | 46 I have the following problem. I want to introduce a point mutation to my
plasmid. The plasmid is super big. So I first cut out a fragment(~4kb) with
XbaI and then ligate it to another vector. After introducing mutation with
mutagenesis kit, the sequencing result is as expected.
Next step is to put the XbaI-XbaI fragment containing the mutation back
into the original clone. After ligation and transformation with DH5alpha I
get a number of colonies (~20) but no colonies in the negative control. B... 阅读全帖 |
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r****r
发帖数: 36 | 47 Indeed, it's more difficult to manipulate big constructs than small
constructs with ligation method. So sometimes I used yeast recombination to
handle big constructs. The drawback of using yeast is the high mutation rate
. I always have to use several independent clones to confirm my observation
was really due to my mutations instead of random mutations caused by yeast. |
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b****r
发帖数: 17995 | 48 谢谢回复
当然知道有类似工作，cancer genetics 这个领域不是一天两天了。本文主要是对将来
的发展和后果做一个主方向，主要技术路线和时间长度上的大致预期
对于你说的几点我有一些不同意见
1. 目前不是所有mutation能被targeted，但是只要肿瘤细胞和正常细胞有那么一点点
不同，能够被特意targeted的可能性就完全存在。比如说loss of function后，仍然要
造成其他基因的gain of function,这些基因可以被target。癌细胞也是活细胞，必须
要完成很多特别的生物行为才能在某个机体的某个部位生长，才能致癌
2. 这个我确实不太了解，有没有比较新的文章推荐一下。
3.细菌病毒也很少有不是heterogeneity的，目前办法就是广谱抗生素或者多抗联用
4. 所谓cancer stem cell到底是不是存在，据我所知并没有定论。我个人并不是特别
支持这个讲法，这个我以前在本版就发过主贴讨论过（http://weiming.info/zhuti/Biology/31430437/#post1）。即使存在，只要它们确实有独特
的致病mutati... 阅读全帖 |
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g*********3
发帖数: 177 | 49 好帖~
1）我前几天在想personal medicine，我们是不是策略可能有点问题~ 通常的做法是
find a commonly occured desregulated pathway based on many samples---Find
drug---Treat people carrying this abnormal pathay with drug.
其实由于heterogeneity，找出癌症共有的通路本身就是很难的【这个可以部分解释为
什么microarray做了这些工作，取得的效果不是很明显】~ 我的想法是直接进入
personal medicine，忽略第一步，直接进入第三步不见得难~ 当然这个成本目前还不
可能被接受~
2）LZ说的第二点很好~ 我个人的观点是怎样从这么多mutation中找出driver mutation
，这个面有不少牛组在做了，进展不是很大，另外有人提到了一点，很多不是
druggable的，这个比较棘手，很多TFs，我估计是driver mutation，恰好很多TFs不是
druggable的，这个是老板的经验，他说可能和TFs ... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 50 1.直接personal我觉得是不现实的。怎么个peronalize，你怎么找切入点？人的一辈子
，除了DNA是相对稳定的，其他的东西变化太厉害，对于科学研究来说可以说是个相当
捉摸不定的东西
2.大牛组进展不大很正常，现在遗传学技术的通量对于癌症的复杂程度根本差得太远太
远，说九牛一毛也不一定夸张了。至于是不是drugable，也不好一概而论，但是我觉得
原则上只要癌症和正常细胞还有本质的区别，它就一定有致命的靶点
3.microarray就别提了，太逊了。我反复强调的一点，就是有没有可能穷尽一个东西。
只要能穷尽地研究一个东西，这个东西就能被搞清楚，这是我的信念。microarray只能
针对一部分基因的很小一部分信息，说它挂一漏万，肯定没有夸张。 proteinomics理
论上当然好，但是刚才我说过，蛋白变化太大，而且即使一个细胞里不同蛋白都可以有
无数种位置区别，不同的化学修饰，再加上和另外几十几百个protein的互作，然后人
体有几亿亿个细胞，现有的人类技术不知道要多少年才能穷尽。我觉得这是一条低效率
的路。
4.癌症致死，归根结底是癌细胞越来越多。
1）我前几天在想p... 阅读全帖 |
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