f*******d
发帖数: 92 | 1 小妹刚刚开始做NfkB pathway.
想研究一个treatment对细胞能不能激活这个pathway。我首先做了IkBa western, 看到
了降解。然后做了EMSA. 也看到了increased gel shift. EMSA用的probe是买的biotin
labeled, 序列如下：AGTTGAGGGGACTTTCCCAGGC。
然后我想看看不同的基因超表达会不会对这个造成影响，所以就在细胞系里面建立了
luciferase reporter system. 用的是买来的plasmid, pGL4.32. 作实验的时候，用
TNFa做了positive control, 看到了大概10倍的信号。但是这个时候，我的treatment
确一点信号扩增都没有。 我后来查了一下pGL4.32厘米的nfkb reponse element, 发现
DNA序列跟之前我做EMSA的序列不一样，是GGGAATTTCC GGGGACTTTCCGGGAATTCC
GGGGACTTTCCGGGAATTTCC。 我就不知道该怎么办了。为什么同样的Nfkb，大家用 EMSA
DNA 序列会跟这个r... 阅读全帖 |
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H*****e
发帖数: 120 | 2 Thanks! This is what I am wondering. We had mouse tumor samples and we had
determine a few cytokines. Now it would be an important addition if we can
have some NFkB staining. Literature often has very good IHC stainings but
my student is struggle on it. From some company sites, some antibody works
great. Now I will ask him to try the frozen sections. |
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f*******d
发帖数: 92 | 3 我在板上找到的review文章的机会，文章做的刚好是我熟悉的NfkB pathway。
第一遍看就怀疑他们做假，而且还是很低级的做假。文章show了p65 phosphorylation
增加，IkBa phosphorylation增加，TRAF6 量增大 ( 这个首先就不大正常）， 但是
IkBa 的量居然不变，由此得出结论，NfkB 被激活。而且这个还是体内实验哦，不是细
胞实验哦。我当时就把不make sense的地方发私信给了editor，说我不能完全相信他们
。
但是可能另外两个reviewer啥问题都没有指出来，就一些语法格式啥的，所以editor就
又把修改稿发给我，叫我重审。 这一次我干脆把所有觉得不妥的地方直接写进
comments返回给作者。
然后第二次修改稿回来了， 我一看，他们回复我的concern的时候引用了一篇文章，说
这个文章里IkBa phosphorylation增加了，但是IkBa 总量没变啊。 我把文章仔细一看
，原来原文里那个实验是用GST-IkBa 做的体外磷酸化实验，当然总量不变了。我又详
细的在comments里面跟他们解释他们如何错误理... 阅读全帖 |
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S***a
发帖数: 257 | 5 我默认你说的NFkB是p65吧。
phospho-p65在cst上我查了一下，只有Ser468和Ser536这两个位点的磷酸化抗体。
Ser468-P的功能我不太清楚，但是Ser536-P的功能应该很多研究，而且以前我用过这个
抗体很强，我觉得3033应该不错。在Raw细胞上用LPS刺激以后15分钟到一个小时应该都
很强。
其实你要检测NFkB激活，最经典的应该是检测IkB的磷酸化和降解。
如果你都检测不到，你应该查一下你的刺激是否有效（是不是刺激源放太久坏了）或是
细胞出了什么问题 （mycoplasma污染之类的）。
good luck! |
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r***e
发帖数: 2539 | 6 除非你用的是特殊的integrate deficient的病毒，否则整合没什么问题。基本上就是转
进去的基因或shRNA对生长不利。最好报一下是什么细胞？
另外cmv没这么容易silence，除了es cell之类的。pgk表达量非常低。另外一种极端的
情况是，cmv受NFkB影响，如果你的基因能抑制NFkB。 |
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H*******r
发帖数: 26 | 7 这个virus诱导出ips是有data支持的。virus会激活toll like4/nfkb signaling,很大
地增加成功率。不知这个酸刺激是不是也会激活nfkb signaling。 |
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f*******d
发帖数: 92 | 8 我在板上找到的review文章的机会，文章做的刚好是我熟悉的NfkB pathway。
第一遍看就怀疑他们做假，而且还是很低级的做假。文章show了p65 phosphorylation
增加，IkBa phosphorylation增加，TRAF6 量增大 ( 这个首先就不大正常）， 但是
IkBa 的量居然不变，由此得出结论，NfkB 被激活。而且这个还是体内实验哦，不是细
胞实验哦。我当时就把不make sense的地方发私信给了editor，说我不能完全相信他们
。
但是可能另外两个reviewer啥问题都没有指出来，就一些语法格式啥的，所以editor就
又把修改稿发给我，叫我重审。 这一次我干脆把所有觉得不妥的地方直接写进
comments返回给作者。 然后第二次修改稿回来了， 我一看，他们引用了一篇文章，说
这个文章里IkBa phosphorylation增加了，但是IkBa 总量没变啊。 我把文章仔细一看
，原来原文里那个实验是用GST-IkBa 做的体外磷酸化实验，当然总量不变了。我又详
细到跟他们解释他们如何错误理解了这个文章点结果，此外第二次跟editor发私信... 阅读全帖 |
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D**s
发帖数: 6361 | 9 直接rej，折腾那么多干嘛
[在 flavonoid (flavonoid) 的大作中提到：]
:我在板上找到的review文章的机会，文章做的刚好是我熟悉的NfkB pathway。
:第一遍看就怀疑他们做假，而且还是很低级的做假。文章show了p65 phosphorylation
增加，IkBa phosphorylation增加，TRAF6 量增大 ( 这个首先就不大正常）， 但是
:IkBa 的量居然不变，由此得出结论，NfkB 被激活。而且这个还是体内实验哦，不是
细胞实验哦。我当时就把不make sense的地方发私信给了editor，说我不能完全相信他
们。
:但是可能另外两个reviewer啥问题都没有指出来，就一些语法格式啥的，所以editor
就又把修改稿发给我，叫我重审。 这一次我干脆把所有觉得不妥的地方直接写进
:comments返回给作者。 然后第二次修改稿回来了， 我一看，他们引用了一篇文章，
说这个文章里IkBa phosphorylation增加了，但是IkBa 总量没变啊。 我把文章仔细一
看，原来原文里那个实验是用GST-IkBa 做的体外磷酸化... 阅读全帖 |
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m*********k
发帖数: 10521 | 10 本次统计截止时间为：2013-08-26 02:10:00 （美东时间）
成功奖励 20 伪币的用户: SetTimer, oany, xiaoju, qed, LiuXiang123, leewalk,
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奖励版... 阅读全帖 |
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A****9
发帖数: 262 | 12 Employer:
Moffitt Cancer Center
Location:
Tampa, FL, US
Description:
POSTDOCTORAL POSITION is available in the area of hematological cancer
research. Applicants should hold a Ph.D. and/or M.D. and must be motivated.
The candidate who has miRNA and/or NFkB research experience will be better.
Contact:
For consideration, please email curriculum vitae including names/email
addresses of three references and a cover letter (as one pdf file if
possible) to Dr. Jianguo Tao at j*********[email protected]. |
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P****7
发帖数: 927 | 14 jidekaixin7 psb(4),
zhuzi 8. Central park
nfkb, 22 |
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C****u
发帖数: 911 | 15 前排
突然发现我楼里的图裂了。。刚修好。
好看的照片这么多，太难投了，只能选3份作品么？
auo 24
mpm 6
nfkb 2
以上按作者ID排序，排名不分先后 |
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l******g
发帖数: 2076 | 16 nfkb 3
quixotic 1
metalmetal 6
囧，我按整体感选完以后发现要给单图。就只能这样了。 |
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l*****o
发帖数: 10429 | 17 好难选，好看的照片真多啊。
jidekaixin7 psb(4)
zhuzi 8 Central park
nfkb, 4
auo 24 |
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s***e
发帖数: 7166 | 18 1 deliver Aug 12 ● zhongguo2008 封 USMedEdu 在 Tennis 版
2 deliver Aug 12 ● zhongguo2008 封 dokknife 在 Tennis 版
3 deliver Aug 18 ● zhongguo2008 封 nfkb 在 Tennis 版
4 deliver Aug 27 ● zhongguo2008 封 irishgyy 在 Tennis 版
5 deliver Aug 31 ● zhongguo2008 封 Irishgyy1 在 Tennis 版
6 deliver Sep 1 ● zhongguo2008 解封 Irishgyy1 在 Tennis 版
7 deliver Sep 8 ● zhongguo2008 封 meamail 在 Tennis 版
8 deliver Sep 18 ● z... 阅读全帖 |
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B*******o
发帖数: 212 | 19 这个貌似咋不了
[在 nfkb (inf) 的大作中提到：]
：又诈伤，惯用伎俩
：
：........... |
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E******d
发帖数: 3514 | 20 单打也退出？
[在 nfkb (inf) 的大作中提到：]
:沙波腿伤了
:☆ 发自 iPhone 买买提 1.24.07 |
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i***f
发帖数: 10682 | 24 So far只有26个，没落下谁吧。。。
1 m irolcst Nov 21
【2012回顾#0】一个全新的尝试 （全手动扫街）
2 m beifangde Dec 2
【2012回顾#1】 "框架," "存在"与"视角"
3 m majia111 Dec 3
【2012回顾#2】漫无目的不断摸索的一年。。
4 m poise Dec 4
【2012回顾#3】参赛作品 by 匿名
5 m@ liubros Dec 4
【2012回顾#4】 - 掉进很多误区。
6 m windplayer Dec 5
【2012回顾#5】学习摄影的第一年
7 m teage Dec 5
【2012回顾#6】努力，再努力，前路漫漫
8 m baddest Dec 5
【2012回顾#7】有些进步的一年
9 m wenkan... 阅读全帖 |
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b*****e
发帖数: 14299 | 26 本次活动收到各位网友的大力支持。经统计，共收到15张投票，其中有效投票14张，另
外一张投票因为投给某位参赛选手3分，不符合规定而未进入最后统计。
附录
经版务组一致同意，那张因投3分票的网友愿意改成2分而被接受。
他的投票是0号2分，1号1分，30号1分。因此最后得分统计，我们增加一位三等奖。
详细投票结果（未包含最后一张投票，懒得改了）如附件所示。
根据活动奖励规则，
http://www.mitbbs.com/article_t2/PhotoForum/31353573.html
作品奖
一等奖 1名 600伪币
二等奖 3名 每人300伪币
三等奖 6名 每人150伪币
参与奖 每人20伪币
一等奖为：
Mandota 14票
二等奖为：
shifting 13票
alf 9票
nfkb 8票
三等奖为：
lemma 5票
Terminator 3票
MOCA 3票
majia111 2票
ifdef 2票
irolcst 2票 |
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a*f
发帖数: 5682 | 28 【 以下文字转载自 WBCenter 讨论区 】
发信人: alf (I don't eat cats), 信区: WBCenter
标 题: Photoforum版申请代发活动伪币奖励
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 19 10:08:22 2014, 美东)
注：1）版面活动：手续费无；2）个人申请：手续费10%:
1
代发版面/ID:
photoforum
代发事由(主题标题或链接):
摄影学习版年终总结
http://www.mitbbs.com/article_t2/PhotoForum/31390053.html
赞助（有：附链接，没有：无）:
无，请从photoforum版面扣除
楼主是否计入统计:
No
奖励金额:
10000伪币所有获奖者平分：
以下一共２４个id，请给每个id 416个伪币，谢谢！
Terminator
jackyu
purplesage
kunkunbaba
Unipipy
poise
xpenny
nfkb
Justinzh
ahgan
baddest
Yobi
tencups
suwen
ifdef
alf
shifting
... 阅读全帖 |
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i******t
发帖数: 22541 | 29 她这个是不是也太 ps 厉害了点
感觉有点不自然了
不太适合我这个岁数啊
感觉nfkb的图 弄得很舒服啊 |
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b**u
发帖数: 1206 | 30 【 以下文字转载自 SanDiego 讨论区 】
发信人: nfkb (inf), 信区: SanDiego
标 题: 圣地亚哥的风景
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 27 15:27:35 2015, 美东) |
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t***s
发帖数: 163 | 31 其实是3个问题：
1. GSK的荧光底物筛选模型 是否是 假阳性
这个几乎是铁板钉钉的事实，4个实验室，5个不同模型全部证明
荧光底物结合SIRT1是假阳性
2. SIRT1能否作为糖尿病（衰老）的靶点
直接从酵母，果蝇跳跃到哺乳动物或人，现在证据不足
一篇SIRT1 gene KO， 几篇transgenic mice的结果
我个人觉得not convincing
3. resveratral及类似物是否直接target SIRT1
resveratral研究很多是hype，流行病学的研究结果
无法在临床试验中重复。
reveratrol的靶点太多（IKK,NFkB,AP1,COX,PI3K）
SIRT1只是最近才提上来的热点
考虑到荧光底物模型的不可靠性，我认为SIRT1是否
直接被resvatroal激活还要重新考虑
其他的类似物也要重新认识
Bottom line
GSK花了冤枉钱，现在还在死撑 |
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A*********r
发帖数: 8271 | 32 大家也会经常有这种感觉么？看见NFkB字样的那一瞬间甚至感觉特亲切。 |
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l**********n
发帖数: 240 | 33 Josef Martin Penninger
Most significant scientific contributions:
Our basic approach is to genetically manipulate and change genes in mice and
to
determine the effects of these mutations in development of the whole
organism and in
diseases. From these mutations we are trying to establish basic principles
of
development and basic mechanisms of disease pathogenesis. My laboratory
focuses on
heart diseases, autoimmune diseases and cancers, and bone diseases. On all
the listed
contributions below I ... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 34 NFkB?磷酸化后暴露ＮＬＳ入核
同时attract E2 |
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m******g
发帖数: 69 | 35 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20810907
A role for AMPK in increased insulin action after serum starvation
Am J Physiol Cell Physiol November 2010 299:(5) C1171-C1179; published ahead
of print September 1, 2010, |
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k****o
发帖数: 589 | 37 MD Anderson的Bharat Aggarwal
文章一个月就N篇，比得上很多PI一两年的数量
特点是到处鼓捣化合物和天然产物，喜欢把NFkB朝死里整
这人现在被定性为造假哥了吗？ |
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f*******d
发帖数: 92 | 39 我们想证明在某种treatment 条件下，NfkB pathway turned on by proteosome
degradation of IkBalpha. 老板说一定要S 35 labeling＋MG132，然后再IP，看
IkBalpha 的ubiquitination 才能证明它是走的那个pathway. 有什么办法可以绕过这
个实验，还是得到同样的结论呢？ 最近想生宝宝，实在不想做这种放射性的实验阿。 |
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s*****r
发帖数: 477 | 40 Is there any database that provides the list of transcription factor respons
ive genes, for example, includes a list of genes that are regulated by NFkB
or other TFs? Thanks. |
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r*****i
发帖数: 117 | 41 western blot发现nfkb１在ko小鼠中显著低表达 |
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S*********s
发帖数: 304 | 42 我觉得你luciferase assay有问题。
一般TNF刺激, NF-KB luc reporter应该有100 fold左右的差别。
According to 某免疫大牛，<10 fold的他们认为太trivial
可以QPCR做几个下游的基因看看
另外如果真的觉得有变化，不妨做RNASeq or array.
biotin
treatment
EMSA |
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f*******d
发帖数: 92 | 43 多谢！ 但是他的下游基因太多了，不知道从哪几个入手，有必要买一个qPCR array 吗？ |
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S*********s
发帖数: 304 | 44 看看 David Baltimore的paper
biotin
treatment
EMSA |
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c******a
发帖数: 267 | 45 是的，做过的估计都会觉得10倍的增加太少了，尤其是用tnf刺激的。当然我不知道你
处理多长时间以后测的luciferase activity.
qPCR随便做几个well-characterized 下游基因就好了，比如TNFa, IL6, IkBa, IL8之
类的
另外，IkBa Western 和EMSA的结果都要比luciferase assay更可靠吧。 |
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f*******d
发帖数: 92 | 46 我做了几个时间点，2，4，8 小时的都是大概8－10倍的扩增，24小时之后降到了5倍。
主要是这个assay结果出不来，心里总觉得有什么不对。。。。。不过qPCR是个好主意 |
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f*******d
发帖数: 92 | 49 有人来帮我看看这个序列嘛？会不会是DNA序列不对呢？ |
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