z******8
发帖数: 844 | 1 ☆─────────────────────────────────────☆
nucleosome (核小体) 于 (Mon May 19 14:52:19 2014, 美东) 提到:
生物PhD进程中。作为终身职业考量，不想一直做生物研究。本科学生物的，无机有机
生化解剖生理各种课程都学过，含实验GPA 90.
目前了解到的情况是，首先要读医学院。但是穷，没钱。所以要干薄厚混绿卡，申贷款
读（？）。
想向各位大牛赐教医学院的先修课程，打算PhD期间补修一下（国内的课程没用吧）。
欢迎各类建议及拍砖泼冷水。Any pieces of suggestions will be greatly
appreciated.
谢谢！
☆─────────────────────────────────────☆
aprilfool002 (april002) 于 (Mon May 19 16:38:08 2014, 美东) 提到:
还是做dentist好，除非你非medicine不干。obamacare, reimbursement, 不确定的东
西太多。相比dentist，... 阅读全帖 |
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r*****t
发帖数: 4793 | 2 Nature. 2012 Mar 14;483(7390):434-8. doi: 10.1038/nature10895.
Intrinsic coupling of lagging-strand synthesis to chromatin assembly.
Smith DJ, Whitehouse I.
Source
Molecular Biology Program, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, 1275 York
Avenue, New York, New York 10065, USA.
Abstract
Fifty per cent of the genome is discontinuously replicated on the lagging
strand as Okazaki fragments. Eukaryotic Okazaki fragments remain poorly
characterized and, because nucleosomes are rapidly deposited on n... 阅读全帖 |
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s******a
发帖数: 252 | 3 So it's Barkai's student.
1 Science, 1 Nat Genetics.
That's outstanding but not surprising.
Publications:
Tsui K, Dubuis S, Gebbia M, Morse RH, Barkai N, Tirosh I, Nislow C (2011).
Evolution of nucleosome occupancy: conservation of global properties and
divergence of gene-specific patterns. Mol Cell Biol. 31:4348-55.
Dori-Bachash M, Shema E, Tirosh I (2011). Coupled evolution of transcription
and mRNA degradation. PLoS Biol. 9(7):e1001106.
Tirosh I, Barkai N (2011). Inferring regulatory mechani... 阅读全帖 |
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s***e
发帖数: 911 | 4 你说的这种是特定的重要生物过程信号通路里的Mechanoisensing. YAP/TAZ的
subcellular localization肯定受力调控，这个是已经实验确定的。Notch pathway
notch receptor cleavage也已经知道是受力调控的。刚才我顺手google, 发现也有很
多文献报道wnt pathway也直接受力调控。这些实验表明力可以是调控重要生物过程的
重要因素，不代表是必要因素。所以你的结果其实和Hippo mechanosensing没有显著茅
盾。对了，能分享一下你怎么通过knockout模型来讨论hippo和mechanosensing的联系
的？还想请教一下YAP在细胞质内是和那些蛋白相互作用？我对hippo mechanosensing
很感兴趣，但是对hippo相关的生物基本不了解。正在自学。
除了这些有名字的信号通路，mechanosensing在cell-ECM连接，cell-cell连接, cell
migration, tissue maintenance, 离子通道, actin stabilization, mus... 阅读全帖 |
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h***u
发帖数: 90 | 5 Job description
The Laboratory of Dr. Housheng Hansen He at the Ontario Cancer Institute and
the University of Toronto is focused on elucidating the functional role of
epigenetic regulation in cancer development and progression, with a special
focus on interplay between epigenetic regulators and noncoding RNAs. The lab
is utilizing and developing cutting edge experimental and computational
methods based on next-generation sequencing. One computational and two
experimental postdoctoral-fellows wi... 阅读全帖 |
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A********e
发帖数: 354 | 6 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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h***u
发帖数: 90 | 7 Job description
The Laboratory of Dr. Housheng Hansen He at the Ontario Cancer Institute and
the University of Toronto is focused on elucidating the functional role of
epigenetic regulation in cancer development and progression, with a special
focus on interplay between epigenetic regulators and noncoding RNAs. The lab
is utilizing and developing cutting edge experimental and computational
methods based on next-generation sequencing. One computational and two
experimental postdoctoral-fellows wi... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 8 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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O***n
发帖数: 13127 | 9 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
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发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 10 Box 1. Properties of euchromatic and heterochromatic regions
Trying to define heterochromatin is like trying to define life itself: a
cluster of important properties can be specified, but there are exceptions
in every instance. For example, centromeres are usually associated with
blocks of flanking heterochromatin. However, the inner centromere of
Drosophila chromosomes is associated with blocks of nucleosomes that contain
CENP-A (also known as CID), a variant of histone H3, interspersed with
bl... 阅读全帖 |
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a********k
发帖数: 2273 | 11 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 12 祝想学好生物的大家在新的一年收到实验女神的眷顾，想转行的快点换行！
想拿funding的拿到funding，天天开心！
PNAS 13.12.10
极力推荐：
1. Limitations of inclusive fitness
从11年开始就非常支持作者对inclusive fitness的反对，^_^
稍微了解一下：
1. Broad-scale phylogenomics provides insights into retrovirus–host
evolution
Large endogenous retrovirus
Horizontal transmission between different host species
90,000 ERVs from 60 vertebrate host genomes
Designation, host distribution, origin and tranmission
2. Chemical map of Schizosaccharomyces pombe reveals species-specific
featur... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 13 祝想学好生物的大家在新的一年收到实验女神的眷顾，想转行的快点换行！
想拿funding的拿到funding，天天开心！
PNAS 13.12.10
极力推荐：
1. Limitations of inclusive fitness
从11年开始就非常支持作者对inclusive fitness的反对，^_^
稍微了解一下：
1. Broad-scale phylogenomics provides insights into retrovirus–host
evolution
Large endogenous retrovirus
Horizontal transmission between different host species
90,000 ERVs from 60 vertebrate host genomes
Designation, host distribution, origin and tranmission
2. Chemical map of Schizosaccharomyces pombe reveals species-specific
featur... 阅读全帖 |
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T****u
发帖数: 424 | 14 我很负责地告诉你，是有nucleosome的
很久很久之前，我做的一个实验就是把质粒转进，再提出来，能看到漂亮的nucleosome
packing. |
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b********g
发帖数: 46 | 15
nucleosome
请问，如何把这种质粒提取出来的？用什么方法看到nucleosome packing ? |
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R****n
发帖数: 708 | 16 基本上是这样的。似乎要先计算contact map,然后算一下这个蛋白和和几个histone
variant的affinity，我不知道其他还能做些什么。
您能不能写个稍微详细点的pipeline？ 读博士的时候学过一点Pymol,现在估计都忘光
了。
还有几个技术问题：
1）这个蛋白是DNA binding,RCSB上的结晶是施一公做的，那个上边有dsDNA。计算的是
应该去掉dsDNA吧，怎么去掉？
2）这个蛋白和nucleosome wrapping DNA的结合能力，应该需要半放松的DNA双链。
nucleosome的结晶数据是结合比较紧密的。计算怎么模拟？
interface |
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R****n
发帖数: 708 | 17 我在细胞系里敲出了一个histone methyltransferase,下一步想看看nucleosome
conformation change. 我想了解下有什么可行的方法？
TCA 提histone 已经做了，可不可以用这些histon组装nucleosome，似乎需要严格控制
h2a h2b h3 h4的比例. |
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f****e
发帖数: 679 | 18 一个Nucleosome的大小是大约247bp，从你的胶图来看，应该大部分都shear成单个
nucleosome的片段了。sonication条件应该还可以，但是还是建议你要做reverse X-
link和Proteinase K digestion before running agarose gel.
后三个lane感觉是上样量不够，多跑几微升试试 |
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b********g
发帖数: 46 | 19 非常感谢大家热心的回复。
能够成功提取出chromatin是一件令人高兴的事情，不能够证明他是native state实在
是因为不知道该怎么证明。我认为native state必须是在一定的离子浓度，多巴胺, 和
一定蛋白浓度下的。然而这些信息是缺乏的。同时，在做冷冻电镜时，除了chromatin
associated proteins, 其他蛋白是需要除去的。否则，他们会妨碍，阻隔imaging.
眼见为实。目前chromatin领域内，最好的研究工具是（冷冻）电镜了。自从Olins夫妇
和chris woodcock发现了bead-on-a-string structure后，30 nm chromatin 的存在与
否一直是热门话题。体外重构的Li-zhu style double double helix无疑是令人眼前一
亮的研究。然而，ping zhu 最近发表的一篇30-nm chromatin fiber in Hela cells的
研究，并不是让人信服。他用的是目前最好的in situ 电镜成像法（cryo section,
Focus Ion beam minin... 阅读全帖 |
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b********g
发帖数: 46 | 20 再次强调下，细胞不需要压缩DNA。细胞需要折叠DNA （DNA folding)。
“降低本底表达”指的是这个吗：在无折叠情况下，线性DNA上各基因的表达取决于其
自身的promoter的“强度”，假设其平均表达为100个 （这个就是本底了吗？）；折叠
后，所有基因的表达量（率）降低到1-10？
想一想，假设蛋白是单一外显子表达的，约500个AA (这是个平均值）；外显子相应的
就含有约1500 bp；每个nuclosome含有DNA 约173bp, linker DNA 约17 bp, 这个
nucleosome + linker DNA 的小单位含有DNA 200 bp, 长度为11 nm + 17*0.34 nm =16
nm。这个蛋白的外显子公约7-8个(nucleosome+liker DNA)单位（简略写为7个），长
度为16*7 = 112 nm; 这个线性DNA 外显子的总长为 1500*0.34 nm = 510 nm。这轮折
叠相当于折叠了5倍。相比把基因表达降低（10-100倍， from 100--->1-10）,这个5倍
的折叠似乎不够。 结论，在bead ... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 21 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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W*********m
发帖数: 17 | 22 Luger, K., T.J. Rechsteiner, and T.J. Richmond, Expression and purification
of recombinant histones and nucleosome reconstitution. Methods Mol Biol,
1999. 119: p. 1-16.
Luger, K., T.J. Rechsteiner, and T.J. Richmond, Preparation of nucleosome
core particle from recombinant histones. Methods Enzymol, 1999. 304: p. 3-19.
Email me to w*********[email protected]
Thank you very much |
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h*******g
发帖数: 30 | 23 填写表格时要选择自己的Field of study
我在化学系，生化方向，做DNA结构，和protein相互作用，nucleosome之类
选项里没有Chemistry或者biochemistry
我在下面两个选项里迷糊了
到底是Physical Sciences呢
还是Biological and Biomedical Sciences呢？
不好意思啊，做到薄厚了，连自己的方向都搞不清，挺丢人的，哈哈
请大家指教 |
|
o****t
发帖数: 242 | 24 各位大牛帮帮忙吧，一篇还没有，多谢了！
我的方向：
以前一直做cell cycle方面的信号通路，蛋白相互作用之类的，最近还做了nucleosome
组成，DNA-protein相互作用，live cell imaging也经常用的。molecular，cellular
biology，genetics的都行。多谢了！ |
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j*********o
发帖数: 237 | 25 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: justdengtao (老男孩), 信区: Biology
标 题: 求推荐epigenetic或stem cell方面的review
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 7 11:40:00 2015, 美东)
先多谢了！！
Tao Deng,Ph.D
Email: [email protected]
/* */
Research Fellow
National Cancer Institute
National Institutes of Health
Summary of Research Experience:
Deep understanding of epigenetic regulations, including DNA methylation,
histone modifications and chromatin dynamics
Rich experience on mouse embryonic stem cell manipulation
Full hands-on exp... 阅读全帖 |
|
j*********o
发帖数: 237 | 26 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: justdengtao (老男孩), 信区: Biology
标 题: 求推荐epigenetic或stem cell方面的review
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 7 11:40:00 2015, 美东)
先多谢了！！
Tao Deng,Ph.D
Email: [email protected]
/* */
Research Fellow
National Cancer Institute
National Institutes of Health
Summary of Research Experience:
Deep understanding of epigenetic regulations, including DNA methylation,
histone modifications and chromatin dynamics
Rich experience on mouse embryonic stem cell manipulation
Full hands-on exp... 阅读全帖 |
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g******i
发帖数: 581 | 27 杨振宁 国立西南联合大学-学士(1942),硕士(1944)
1957年以中华民国公民身份获得诺贝尔物理学奖，1986年获美国国家科学奖章，1993年
获本杰明.富兰克林奖章，1995年获 爱因斯坦奖章，与李政道提出弱相互作用中宇称不
守恒.与罗伯特·米尔斯一道提出了杨-米尔斯理论，即非阿贝尔规范理论，对基础物理
学产生了深远的影响，是粒子物理学的标准模型的基础
李政道 国立浙江大学物理系/国立西南联合大学-学士 芝加哥大学博士
1957年以中华民国公民身份与杨振宁以弱作用下宇称不守恒的的发现获得诺贝尔物理学奖
吴健雄 国立中央大学数学/物理学士，先后在国立浙江大学,中央研究院物理研究所工
作美国国家科学院院士 美国国家科学奖章获得者，沃尔夫奖获得者，曾任美国物理学
会会长
1957年验证杨振宁李政道的“弱相互作用下的宇称不守恒”，1963年实验证明“β 衰
变在矢量流守恒定律”
在制造原子弹的“曼哈顿计划”中解决了链式反应无法延续的重大难题
被美国物理学会宣布为最伟大的实验物理学家之一
Madam Wu is arguably the most admired female sci... 阅读全帖 |
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d**********u
发帖数: 4124 | 28 ☆─────────────────────────────────────☆
CaMKII (不作postdog) 于 (Thu Aug 20 12:39:18 2009, 美东) 提到:
发信人: CaMKII (不作postdog), 信区: Biology
标 题: 最新一期Cell两篇北大的文章（尚永丰&汤超）
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 20 12:38:55 2009, 美东)
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(09)00710-7
Cell, Volume 138, Issue 4, 660-672, 21 August 2009
doi:10.1016/j.cell.2009.05.050
LSD1 Is a Subunit of the NuRD Complex and Targets the Metastasis Programs in
Breast Cancer
Yan Wang1,Hua Zhang1,Yupeng Chen1,Yimin Sun1,Fen Yang1,Wenhua ... 阅读全帖 |
|
z****g
发帖数: 3340 | 29 有这样的一个牛人:
Discovery of PolyADPribose (1963),
discovery of multiple RNA polymerases differently sensitive to a-amanitin (
1969),
contribution to elucidation of chromatin structure:
the Nucleosome (1974),
discovery of animal split genes (1977),
discovery of enhancer elements (1981),
discovery of multiple promoter elements and their cognate factors (
1980-1993)
Discovery of Nuclear Receptor (1985-1997) |
|
D**A
发帖数: 311 | 30 最近看文献，发现有的组说Mnase resistance chromatin其实是nuclear matrix，有的
组说其实那是condensed
chromatin, 有的组干脆直接说那个是heterochromatin。因为不在chromatin领域，不
知道该听哪个的？请各位同学帮
忙。
还有，Mnase digest，一般用EDTA/EGTA来terminate反应，那如果想要结束反应时，立
刻centrifuge 30s, 取
supernatant，那是不是也有同样的效果呢？毕竟mono nucleosome DNA是Mnase
resistant的。
谢谢 |
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C******s
发帖数: 1282 | 31 帮忙找2篇文章吧。烂学校的图书馆找不到啊。多谢多谢。请发到 w***[email protected]
1, The HTLV-1 Tax protein: Revealing mechanisms of transcriptional
activation through histone acetylation and nucleosome disassembly
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms
Volume 1799, Issues 3-4, March-April 2010, Pages 266-274
2, Chapter 7 Nuclear Receptor Repression: Regulatory Mechanisms and
Physiological Implications
Progress in Molecular Biology and Translational Science
Volume 87, 2009, Pages 235-259 |
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A******y
发帖数: 2041 | 32 Huh? You have x-ray crystal structure showing you that it is binding to the
DNA. The same paper also reconstituted the chromosome using DNA and
histone. In addition, you can see nucleosome with cryo-EM. In real
physical world, binding specificity is achieved through affinity, if you use
enough of DNA and enough random protein, they will bind except it has no
biological significance and just aggregation. To answer your question, even
BSA can shift a DNA gel if you used enough to aggregate th... 阅读全帖 |
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n***g
发帖数: 5027 | 33 这个总结不错：
申请精华帖：我了解的Epigenetics牛人一览
我是从C.D.Allis，Danny Reinberg，Tony Kouzarides，Yi Zhang， Yang Shi这几个
人发的文章看起的，这几个人基本上就是目前做表观遗传最牛的一批人了。然后你看看
他们文章citation里面出现频率比较高的人名，那往往就是大牛了，然后一点一点扩展
。个人感觉看CNS及其子刊还是王道。另外推荐一个很好的网站，http://www.epidna.com/ 可以查这个领域最top的lab，也可以查该领域最新的论文。
# ^2 P/ }, _0 h" U8 m) P6 b
; l* o$ y- |- V5 g0 I0 T然后在申请选校的过程中，我也逐渐了解到一些
epigenetics领域的big names和rising stars。所以我感觉看各个牛校的faculty也是
了解一个领域的好学校好lab的方法。我的做法是每看一个学校，就把相关领域做
epigenetics的faculty留下来，然后以后看CNS时或者Journal club上看到熟悉的名字
，就重点关注下。$ ... 阅读全帖 |
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R******d
发帖数: 1436 | 34 很多文献都说组蛋白修饰和基因表达水平有关。是不是有两种可能的机理：
1，修饰后的组蛋白直接招募转录因子，或者驱赶转录因子，启动或者中止转录。
2，修饰后的组蛋白和nucleosome/chromatin remodeling蛋白复合体结合，导致染色体
结构开放
或关闭。从而利于或者抑制转录。
请问1和2哪个正确？可否给点支持文献。
非本专业，请不吝赐教，包子酬谢。 |
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R******d
发帖数: 1436 | 35 这两者之间存在相关性是吧。请问是histone modification决定/指导underlying DNA
methylation多一些，还是反过来？
再请问一句，有没有报道全基因组rest T4 cell的DNA methylation profiling?
zhao keji 做了rest T4 cell的histone modification，nucleosome occupancy，好像
没有做DNA methylation profiling？
多谢了。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 36 google N-chip和X-chip
两种不同的方法
用酶digest的非特异性binding少，并且因为去掉了cross linking的步骤，能用的抗体
数大大增加。缺点是很难拿到transcriptional factor和特定片断的binding 。做
Histon的人应该用得多些，但因为没有cross linking，也会引入很多非特异性的
nucleosome remodeling。
用sonication 以及cross linking配合的方法好处是拿到的相互作用理论上说更接近生
理条件，但因为引入了固定这个过程，也导致许多artificial 作用， 比如蛋白质，
DNA间非功能性的相互作用 |
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d****7
发帖数: 109 | 37 书里都是那么说的，具体细节我估计没人清楚。而且formaldehyde crosslink protein
-dna只是理论上的，如果你看最早的那篇发明ChIP的文章，文章里说，在in vitro的情
况下，formaldehyde只能有效的crosslink nuceosome-dna interaction，但是却不能
crosslink TF-DNA （他们似乎只测试了lacz）。
另外，modENCODE的Julie Ahringer跟我们说，她和Steven Henikoff都觉得
formaldehyde不能有效的crosslink protein-dna，而大家在做ChIP的时候，只是将
nucleosome crosslink到DNA上，然后其他的TF只是crosslink到nuclesome上了，间接
的crosslink到DNA上。
对于reverse crosslink，只是习惯性的加热overnight。
formaldehyde的浓度，大家用的差别还是挺大的，有些人用1%，有些人用1.5%，有些人
室温crosslink，有些人37度，有些人在formalde... 阅读全帖 |
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G******0
发帖数: 737 | 38 问楼上, 怎么用illustrator画呢?特别是 nucleosome上的DNA 双螺旋 怎么画? |
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G******0
发帖数: 737 | 39 问楼上, 怎么用illustrator画呢?特别是 nucleosome上的DNA 双螺旋 怎么画? |
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s******s
发帖数: 13035 | 40 我没做过。不过比如nucleosome depletion, polII binding， histone marks, etc |
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l**********1
发帖数: 5204 | 41 De rien
plus
PNAS 2011 paper
Topoisomerase II binds nucleosome-free DNA and acts redundantly with topoisomerase I to enhance
recruitment of RNA Pol II in budding yeast.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21771901
Ps: Thanks for your question from it and his answer might be my later
proposal contents. |
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O*C
发帖数: 649 | 42 你要看组蛋白上面什么样的变化？methylation, Ub, Ac?还是和dna bind的dynamic？
每个nucleosome里面组蛋白是个octamer，h2a, h2b, h3, h4 X2，外面饶130左右个bp
，你要看那个？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 LZ can try MST
Key Features
NanoTemper's unique MST technology has the following features and benefits:
Sample Preparation Features
measure affinities without surface immobilization, in free solution
measure label-free
measure affinities (KD, dissociation constant) between any (bio)molecules in
10 minutes
measure sub-nM to mM range of dissociation constants
equally applicable to a very large size range of molecules: measure ions,
fragments as well as nucleosomes and liposomes
study multi-compon... 阅读全帖 |
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u**********d
发帖数: 573 | 44 我猜想你的意思是说一个TF的complex可能在DNA上才最终完成装配。不管怎样，之前大
家做IP都是用WCE或者NE，那么调查TF在chromatin上的相互作用蛋白至少是方法上有创
新的，而且原理上我认为也是很有意义的。
如果你的TF和DNA结合弱，那么最好cross-link一下，提取细胞核，破核膜（可以简单
超声或者过注射器针头），得到chromatin沉淀，这样里面残留的游离TF就很少了，然
后用MNase或者超声得到单个nucleosome或者很短的chromatin片段，然后IP。
这个方法的问题也是很大的，就是chromatin上面蛋白太多，要设置好的对照，确保找
到的相互作用蛋白是特异地由你的TF决定才出现在那里，而不是chromatin上的常规蛋
白。找到的candidate也很难进一步做相互作用的验证，in vitro chromatin assembly
这些实验没有一定的积累难以完成。
TF |
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u**********d
发帖数: 573 | 45 关于方法3——
你说的检测A的binding activity是什么意思？
另外，因为你做ChIP的input其实是超声过的chromatin片段，跨越数百上千bp的DNA，
包括好几个nucleosome和很多TF的结合位点，所以re-ChIP只能证明两TF挨得近，但不
能证明它们在chromatin上直接相互作用，可能需要更进一步的实验来确证。
？？ |
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a**m
发帖数: 184 | 47 前两天看到一个thesis proposal大概讲的是如何研究一个酶在cytosol里面的toxic
gain of function和nucleosome里面的loss of function云云，感慨如果人生美好的四
年五年一直在bench上面和这个分子层面的酶打交道确实不值得，不如转行。倒是反过
来如果没有这一点点的积累认识，科学不会发展。。。
现在在做methodology和analysis，不用做benchwork，但是在办公室待得时间更久了，
经常直到凌晨以后回家。12点统计系还是大把大把的有人。盯着屏幕整一天下来头昏眼
花，躺在床上脑袋停不下来也就很难入睡。所以，如果只是phd想找个轻松的活而转行
，那就没必要了，phd轻松不轻松，看个人看老板不是看专业。
另外，转行的人，真心没有必要恶语相加。留的人，更没必要妄自菲薄。
多。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 48 Moser C, Gupta M. (2012)
A generalized hidden Markov model for determining sequence-based predictors
of nucleosome positioning.
Stat Appl Genet Mol Biol. 11 doi: 10.2202/1544-6115.1707.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22499697
plus one Nature sisiter review
Davey JW et al. (2011)
Genome-wide genetic marker discovery and genotyping using next-generation
sequencing.
Nat Rev Genet. 12: 499-510.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21681211 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 49 hidden markov chain model stochastic simulation
可能要用到
pls refer
Gilchrist DA et al. (2010).
Pausing of RNA polymerase II disrupts DNA-specified nucleosome organization
to enable precise gene regulation.
Cell. 143: 540-51.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21074046
and
Boettiger AN et al. (2011).
Transcriptional regulation: effects of promoter proximal pausing on speed,
synchrony and reliability.
PLoS Comput Biol.7: e1001136.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21589887 |
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m********r
发帖数: 124 | 50 有没有人知道 University of Colorado Denver的Tatiana G. Kutateladze 这个人怎
么样。不知道俄国女老板咋样？她实验室倒是NMR,x-ray都在做，跟自己的背景相似，
所以是我想去的postdoc。现在不知道做nucleosomes还是不是很热？ |
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