x********e
发帖数: 35261 | 1 知道为啥叫S和L亚型吗？short和long的首字母。其中长的部分很可能是C端的polyA
tail。已经有研究表明PolyA调控病毒蛋白翻译，tail越长，蛋白翻译效率越高。另外
一个区别在于N端，S亚型和蝙蝠病毒类似，要比L亚型短十几个核酸。这多出来的核酸
很可能影响mRNA capping，影响Orf1ab的翻译。Orf1ab编译了病毒调控宿主免疫的蛋白
和自身复制的蛋白。Orf1ab翻译效率越高，毒性就越强。 |
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O********0
发帖数: 994 | 2 近日，无症状感染者成为了一个社会话题，引发的本土传播再引争议。此前，国家卫健
委发布新冠肺炎防控方案第六版中「无症状感染者不按照确诊病例进行统计」。
但正所谓，明枪易躲，暗箭难防。相对于确诊病例，对于隐藏的无症状感染者，如何进
行防范、如何降低感染率，成为当前的重点，也是难点。当然，这也提示我们，在目前
全面复工复产之际，疫情防控仍丝毫不可松懈。
30日，中央定调发话了。
中央要求突出做好无症状感染者防控
对所有入境人员实施核酸检测
3月30日，中共中央政治局常委、国务院总理、中央应对新冠肺炎疫情工作领导小组组
长李克强主持召开领导小组会议。
中共中央政治局常委、中央应对新冠肺炎疫情工作领导小组副组长王沪宁出席。
会议指出，要认真贯彻习近平总书记主持召开的中央政治局会议精神，按照中央应对疫
情工作领导小组部署，针对国内外疫情防控形势新的重大变化，将应急措施和常态化防
控相结合，及时完善防控策略和应对举措，进一步做好无症状感染者防控工作，推动经
济社会发展早日步入正常轨道。
会议指出，当前我国境内疫情防控向好态势继续巩固，复工复产积极有序推进，成绩来
之不易。但全球疫情正处于大流行阶段，... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 3 相比较而言，石正丽的《Bat origin of human coronaviruses/蝙蝠是人类冠状病毒的
来源》是扎扎实实的抓蝙蝠，解剖蝙蝠，分离病毒，对比DNA,RNA后得出得结论。
请lobbock读一读，说一说，走两步！
http://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12985-015-0422-1
Review
Open Access
Published: 22 December 2015
Bat origin of human coronaviruses
Ben Hu, Xingyi Ge, Lin-Fa Wang & Zhengli Shi
Virology Journal volume 12, Article number: 221 (2015) Cite this article
Abstract
Bats have been recognized as the natural reservoirs of a large variety of
viruses. Special attention has ... 阅读全帖 |
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a***k
发帖数: 1038 | 4 2019年12月26日刚上班，还是如往常一样先大概浏览一下这一天的mNGS病原微生物自动
解读结果，没问题的话就开始一天的研发工作了。
意外的是，发现有一个样本报出了敏感病原体——SARS冠状病毒，有几十条的序列，且
这个样本只有这么一个有意义的病原体，如果是普通病毒，这已经是一个相当可靠的结
果了。心头一紧，赶紧后台查看详细的分析数据，发现相似度并不算很高，只有大约94
.5%（这跟卡相似度的阈值有关，相当于只筛选下了相似度比较高的序列）。想到有几
种可能：1、SARS不同毒株基因组有一定差异；2、RNA病毒容易突变，距离SRAS事件17
年了，变异比较大；3、近缘物种的错误比对等等。为了确认结果的可靠性，开始了详
细分析。
好在之前已经遇到过几次这种类似的敏感的病原体确认分析工作，而且领导也曾跟我讨
论过几次能不能做一个新发病原自动挖掘的分析流程，心里一直记着这个事情，在做其
他权重更高优先级更高的项目时也随手做了一个初步的版本出来， 这个样本刚好可以
派上用场。我给它起了个名字，相比于日常生产用的分析流程，它多了个后缀：“探索
版”，包含了几乎所有已测序的病毒基因组。
探索版的分... 阅读全帖 |
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a***k
发帖数: 1038 | 5 。
基因组共线性分析、ORF注释等表明这个未知冠状病毒是典型的BetaCoV（orf1ab、S、M
、N、E等基因）。共线性图里颜色较浅的是S蛋白区域，是差异最大的基因。
经过与WHO官网推荐的SARS 7条PCR验证靶标序列比对，发现平均相似度也只有90%左右
，关键是引物序列也有几个变异，推测SARS的检测试剂盒无法检测这个未知病原体（后
面的很多地方的实验验证也是如此）。
此外还做了很多其他针对基因、蛋白等详细的深入分析，不再赘述了。
分析至此已经基本可以确认这个患者的样本里面确实有一个病毒，但这个病毒与所有已
知基因组信息的病毒都不太像，可能是一种跟Bat SARS like coronavirus类似的新型
病毒。
（现在看回我当时的那句话，真是一语成谶，对不起全国人民了，都怪我这个乌鸦嘴）
这不一定是SARS，传染性、致病性都未知，同时也意识到了问题潜在的严重性，对实验
室做了全面清理消毒，样本无害化销毁，实验操作相关人员进行了相关监测。
接下来就是怎么去报告的问题了，直接报可能会吓着医生，何况这可能是一个新发病毒
，报错了就是重大的事故。有一些必要的信息还是需要先进行排查... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 6 **************************前言******************************
这个数据分析是受到华农最新文章的影响。初心是想独立验证一下华农文章里分组的合
理性已经对病毒起源演化的推论。华农文章掀起了一股“美国投毒阴谋论”。我个人立
场是，我只做数据分析并进行有限推测，如果数据不足或者采样有偏差，我倾向于等信
息更充分再更新结论。
**************************原帖******************************
我抽空利用GISAID的数据库和美国官方发言做了个比对，锁定“零号”病人。顺带证明
一下我一个月之前所说加州要沦陷的预言。再顺便评两句华农新文章的准确度。
Figure1：我把GISAID 108个病毒基因组按照divergence cluster，得到两个分型很独
特的clade。
发散状的clade对应华农的C group，树状分支的clade对应B group。每一支是一个样品
，包括107个病人样品和1个海鲜市场的环境样品。支的长度代表分化程度。注意！这图
只是按分化程度作图，并不等于中心点是“... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 7 昨晚有人念念不忘PRRA，我就给H1和H3做了个全基因组序列比对，确认两者都有PRRA插
入。这个序列比对结果显示，H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段
碱基插入/缺失。
根据其他冠状病毒研究看，这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可
以调控宿主细胞的免疫反应，影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1，SARS-CoV-2-
H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。
从图上也可以看出，代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应
该是somehow缺失了两段碱基。
三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟，同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。
H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对，3D图呈现出来
变成了不连续肽段。我推测H1无法正常折叠成nsp1蛋白。 |
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x********e
发帖数: 35261 | 8 搞个N1，N2，N3就是把鸡蛋放同一个篮子里搞砸了，N 基因是突变高发区。还不如学中
国商业试剂盒，E，S，N，Orf1ab挑几个出来测。中国有些人测出单阳测不出双阳是因
为一个基因上有突变甚至deleteion。 |
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