c****r
发帖数: 576 | 1 我说的两篇Molecular Systems Biology的文章都不是Palsson的，一个做传染病菌，一
个做动物的（人类肝脏？记不清了），难度都比Palsson要高很多。而Plant
Physiology中一篇做拟南芥，其复杂程度也比E.Coli要高几个数量级。 |
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z*h
发帖数: 773 | 2 In the viewpoint of (traditional) engineer, Palsson's work has little
application potential. It is why Metabolic Engineering Father JE Bailey
wrote a paper for expressing his doubt (Bailey JE. Mathematical modeling and
analysis in biochemical engineering: past accomplishments and future
opportunities. Biotechnol Prog. 1998;14:8-20.). Now Palsson and others just
open a new pit and put water in. They cannot change anything big. Any
living systems are so complicated beyond engineers and scientist... 阅读全帖 |
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h**********r
发帖数: 671 | 3 对的。Jason Papin是Palsson的学生。前年还招postdoc准备做光合细菌/microalgae生
物能源相关的项目，说是和Harvard合作。不过不是主要方向。Jennifer Reed from
University of Wisconsin Madison也是Palsson的组里出来的。 |
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h**********r
发帖数: 671 | 4 对的。Jason Papin是Palsson的学生。前年还招postdoc准备做光合细菌/microalgae生
物能源相关的项目，说是和Harvard合作。不过不是主要方向。Jennifer Reed from
University of Wisconsin Madison也是Palsson的组里出来的。 |
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M*******s
发帖数: 108 | 5 wendell lim 跟 chao tang的那篇文章并不一定是挂名～～～
听过第一作者那位 北大牛人 介绍过这篇文章 hana 和 wendell 貌似都有贡献的
而且Jonhan palsson 貌似 也开始要做试验了
我想最终 这些labs 会慢慢的 变成 实验 计算 两方面兼顾的
看看这十年的发展，牛人都在更新换代 原来 最初 hitano 和 hood 他们的观点已
经没那么appealing 了 |
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R********0
发帖数: 780 | 6 请帮忙查篇文章：
Methods Mol Biol. 2008;416:433-57.
Predicting gene essentiality using genome-scale in silico models.
Joyce AR, Palsson BØ.
Bioinformatics Program, University of California-San Diego, La Jolla, CA,
USA.
谢谢！
w*********[email protected] |
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x********u
发帖数: 430 | 7 I am just gona start my PhD project in metabolic engineering. One area I
found extremely fascinating is about mathematical modelling of metabolic
network for prediction of knockout or overexpression targets for improving
the production of certain commercially important pharmaceuticals. But
recently I felt somewhat frustrating when I read some paper from Palsson's (
UCSD) group. I am not scared by the genome-scaled constraints-based model
but the software they are using. I am kind of an idiot in |
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p*n
发帖数: 34 | 8 有了解UCSD的Palsson组的吗？对他们做的东西评价一下？ |
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s******a
发帖数: 252 | 9 Palsson 门下占了Metabolic network modelling 的半壁江山。 |
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w******y
发帖数: 8040 | 10 Palsson（估计拼的不对）做的东西都是在e coli, yeast水平上
离医学应用十万八千里呢 |
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w*****n
发帖数: 980 | 11 你说的行家眼里的价值是什么意思?
名气大应该是有原因的吧?
这块往上往下拓展还是很有前途,所以很难说他就过气了
应用是个难点,还有就是重建新体系的代谢网络难度还是大
他们组,包括很多别的组(原来不做这块的),还在搞新方向
主要就是从稳态到动力学上,还有就是演化上
BNL的Sergei Maslov, BU的Segre等新的结果都用到了Palsson的东西
他组里的Jamshidi新东西还是挺有意思的 |
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c****r
发帖数: 576 | 12 做这方面，发文章的档次取决于重建的网络质量怎么样以及研究的细菌的价值怎样，就
像基因组测序一样，当初随便都能发个NS，最次也能Genome Biology，现在一堆小物种
或亚型的全基因组测序只能搞个三四分的刊物；当然，也有还在发NS的，所以主要看工
作意义，不能否认全部。
代谢网络重建最近一年至少发了两篇Nature旗下的Molecular Systems Biology (IF:
12)，至少两篇Plant Physiology（IF: 5.9 ?)。BMC Systems Biology有一些，可以说
共同点是重建的网络质量都不太好，比如只重建了1/3的网络，或者没有给出有意义的
insight。
其实难点根本不在于“复杂”的数学上面，而是在于生物上。因为重建网络所用的各级
生物数据库以及工具包含大量的错误，需要手动校对，而这是需要很强的生物知识，得
懂从基因到蛋白到代谢的很多东西，包括教科书上以及近期paper上的成果。这也是为什么代谢网络重建无法用生物信息工具做到完全自动化的原因。
代谢网络重建还与所在生物实验室的研究手段和效率有很大关联。如果该实验室或其合
作实验室可以做从... 阅读全帖 |
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s****r
发帖数: 736 | 14 说实话，当今做代谢网络重组，还能发5以上文章的，也就是Palsson等少数几个了 |
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s******e
发帖数: 163 | 15 从数学的角度来讲，有一个重要的问题是这样的：
这些整个基因组水平的代谢网络的重建，可能可以帮助我们提高一些细菌/细胞分泌物
的产量。从基因工程上来讲，删除或者过表达一个基因是非常可行的。现在问题是，如
何从模型上预测，删除或者过表达哪一个基因可以达到改良产量的目的。
如果有所有反应的正确的常微分方程，做做模拟就知道了。现在的问题是没有我们所需
要的参数。线性规划模型是不能完成这个目的的。
1，2年前，我帮助老板看了篇欧洲牛组的文章，基于一个明显错误的假设，给出了一些
貌似正确的结果，但没有提到可以应用他们的方法解决上面的问题，经过我的思考，他
们的方法是最接近解决上面的问题的一个办法。前提是要知道真实的流的分布。具体文
章的内容都忘了。
Palsson本人对上面的问题也没有解决方法。 |
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s******e
发帖数: 163 | 16 从数学的角度来讲，有一个重要的问题是这样的：
这些整个基因组水平的代谢网络的重建，可能可以帮助我们提高一些细菌/细胞分泌物
的产量。从基因工程上来讲，删除或者过表达一个基因是非常可行的。现在问题是，如
何从模型上预测，删除或者过表达哪一个基因可以达到改良产量的目的。
如果有所有反应的正确的常微分方程，做做模拟就知道了。现在的问题是没有我们所需
要的参数。线性规划模型是不能完成这个目的的。
1，2年前，我帮助老板看了篇欧洲牛组的文章，基于一个明显错误的假设，给出了一些
貌似正确的结果，但没有提到可以应用他们的方法解决上面的问题，经过我的思考，他
们的方法是最接近解决上面的问题的一个办法。前提是要知道真实的流的分布。具体文
章的内容都忘了。
Palsson本人对上面的问题也没有解决方法。 |
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d***y
发帖数: 8536 | 17 现在又有好多人搞circuit了，如那个UCSF的Voigt。连UCSD的Palsson都开始干这个项
目了，大规模的忽悠circuit的时代开始了。呵呵 |
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h**********r
发帖数: 671 | 18 记得systems biology刚火起来，nature专刊中就有篇文章比较reverse engineering和
航天飞机的复杂程度的，好像是caltech的人写的。太久远了，不记得了。
说到model,前些日子也说到palsson的in silico organisms，网上的达人能ZKSS吗？有
没有好的strain improvement based on systems biology的paper给大家推推？既然不
能做到“俩基因一curve迷倒万千众生”，那我非常想多了解这种simulation。混饭吃
嘛：（
这是前两天和一个professor交流时他的email.
I included FBA as part of my computational biology class, so I am pretty
familiar with the capabilities of the COBRA toolbox. XXXXX has tried using
the COBRA toolbox to analyze experimental data, but witho... 阅读全帖 |
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M*******s
发帖数: 108 | 19 这个是 Palsson 的学生么
Jason Papin？？ |
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d***y
发帖数: 8536 | 20 现在又有好多人搞circuit了，如那个UCSF的Voigt。连UCSD的Palsson都开始干这个项
目了，大规模的忽悠circuit的时代开始了。呵呵 |
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h**********r
发帖数: 671 | 21 记得systems biology刚火起来，nature专刊中就有篇文章比较reverse engineering和
航天飞机的复杂程度的，好像是caltech的人写的。太久远了，不记得了。
说到model,前些日子也说到palsson的in silico organisms，网上的达人能ZKSS吗？有
没有好的strain improvement based on systems biology的paper给大家推推？既然不
能做到“俩基因一curve迷倒万千众生”，那我非常想多了解这种simulation。混饭吃
嘛：（
这是前两天和一个professor交流时他的email.
I included FBA as part of my computational biology class, so I am pretty
familiar with the capabilities of the COBRA toolbox. XXXXX has tried using
the COBRA toolbox to analyze experimental data, but witho... 阅读全帖 |
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M*******s
发帖数: 108 | 22 这个是 Palsson 的学生么
Jason Papin？？ |
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l**********6
发帖数: 262 | 23 Ca,提起我的伤心往事了，C Khosla把关不严阿，当年的导师就是他的学生，当年我们
三个同时quit，都去药厂了，这合成生物学真无聊，就是搞大肠，要不就克隆一堆基因
簇进去，要不就加底物什末的，
建个模型再，号称metabolic engineering，用什末FBA model算出来哪个flux牛叉，然
后再自己画条什末氨基酸拉代谢啦，脂肪酸代谢啦，东搞西搞，增加个啥碳源，酶之类
的，产量就猛增了，说起taxol来了，science那篇文章是一个傻叉老中薄厚当年彻夜不
眠的结果，那印度人太操蛋了，屁也不会，号称合作，监工阿，一个基因一个克隆，没
有的拿钱人工合成，照着pathway就搞大肠阿，可算搞出来了。 感觉作这东西就是体力
活啊。模型也是，同位素标记阿，不知道那博后绝育了没有，号称代谢流计算，一堆人
看着他进去挨放射。可算能最后憋出几篇文章了。感觉真牛叉的还是得化学牛才搞得动，
那时候看文章就是C khosla,还有harvard哪个walsh，有一个华盛顿的老头也是隔三差
五就发jacs.keasling好像就是牛叉阿，他的学生好像轻松就mit,cit这档次的facult... 阅读全帖 |
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g*********3
发帖数: 177 | 24 前天版上有人问Weizmann为啥没人去，以前问过在那边的一个华人，Weizmann所在地安
全的很。
有人提到这里面system biology很强，其实不是一般的强。感觉美国这边做system
biology的也有不少Tel毕业的.(犹太美女给人印象最深，09，10，11发了不少牛文)
最近粗略看了几篇关于network modeling的文章，看的不是很懂，大致就是一些flux
balance analysis 还有bernhard palsson的那本新书。
虽然不是很懂，但感觉也不像是有人说的一个大坑，只是还处在初级阶段而已。
但是我也不是很清楚目前能解决什么实际问题，bernhard在书的开头说，可以提出
model指导实验，感觉这个很玄乎。
来版上向各位请教下，system biology未来都能干些啥。 |
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i****g
发帖数: 3896 | 25 http://loyalyang.blog.163.com/blog/static/164764085201110240388
系统生物学大牛们
2011-11-24 12:38:08| 分类： 默认分类 |字号 订阅
这个推荐给以后想做系统生物学的同学，大概是我这两年半的时间里，看过的一些文章
的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路，但是会有几个比
较有前途的方向，list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想
法的人，当然系统生物学并不是一个新的学科，只是系统生物学这个名词出现于1999年
左右，因为目前深入到分子水平以后，生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我
们所说的系统生物学只是处于起始阶段，有很多人提出了很多种观点和研究方法，也有
很多人风光一时，但是后来又被时代的马车抛弃了。
鉴于我水平有限，这个只是介绍一下我知道的一些实验室，大部分是通过读文章了解的
，所以应该也比较有限，也许会涉及到一些Synthetic Biology的，不会太多。
Leroy Hood@ISB
此人就是第一个系统生物学研究所的所长，现在貌似做董事去了... 阅读全帖 |
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m***n
发帖数: 266 | 26 有些书也不错。很难有一两篇文章能概括的。
Principles of Tissue Engineering,
by Robert Lanza, Robert Langer, Joseph P. Vacanti
Tissue Engineering
by Bernhard O. Palsson, Sangeeta N. Bhatia
顺便说点题外话，个人觉得Ali Khademhosseini和Bhatia
将是这个领域的明日之星。
well-established PI中，Langer 和 Jeff Hubbell 属于天才型的。 |
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w****u
发帖数: 16 | 27 The data looks like below:
OBS | NAME
----------------------------------------------------
1 | Palsson, Master. Gosta Leonard
2 | Johnson, Mrs. Oscar W (Elisabeth Vilhelmina Berg)
3 | Nasser, Mrs. Nicholas (Adele Achem)
4 | Sandstrom, Miss. Marguerite Rut
Question:
How do I write R code to get the title from the NAME field? The result
should look like:
TITLE
-------------------------------------------------
Master.
Mrs.
Mrs.
Miss.
Thank you. |
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c*****m
发帖数: 4817 | 28 按你给的例子，你要的Title都在","和"."之间
name = c("Palsson, Master. Gosta Leonard", "Johnson, Mrs. Oscar W (Elisabeth
Vilhelmina Berg)", "Nasser, Mrs. Nicholas (Adele Achem)", "Sandstrom, Miss.
Marguerite Rut")
substr(name, unlist(gregexpr(",",name))+1, unlist(gregexpr("\.",name))) |
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x********u
发帖数: 430 | 29 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: xiaoyaoyou (逍遥游), 信区: Biology
标 题: 求教 system biology
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 9 17:19:35 2010, 美东)
I am just gona start my PhD project in metabolic engineering. One area I
found extremely fascinating is about mathematical modelling of metabolic
network for prediction of knockout or overexpression targets for improving
the production of certain commercially important pharmaceuticals. But
recently I felt somewhat frustrating when I read some paper from Palsson's (
UCS |
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p*n
发帖数: 34 | 30 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: PBN (People), 信区: Biology
标 题: 版上作Sys bio的牛牛们
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Dec 28 16:39:33 2010, 美东)
有了解UCSD的Palsson组的吗？对他们做的东西评价一下？ |
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