h******b
发帖数: 312 | 1 A guy post the following question in biojava mail list, thought it is
interesting to discuss:
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Dear all,
As we know ,there are two kinds of homolog, ortholog and paralog. Genes in two
species that have directly evolved from a single gene in the last common
ancestor are called orthologs. A set of homologous genes that have diverged
from each other as a consequence of genetic duplication are called paralogs.
Sometime those paralogs which arose from a duplication afte |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 only for paralogous
please go to
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15865991
its page one:
What is paralogy?
Since Darwin, for most biologists (or at least, for evolutionary biologists) homology has
come to mean something like ‘similarity due to common descent’, to distinguish it from
similarity due to convergent evolution. An accurate understanding of the relationships
between living things depends upon correctly identifying homologous characteristics of
an organism from other similarity. A classic ... 阅读全帖 |
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f******p
发帖数: 178 | 4 这样做行不行？给个建议
四倍体
Paralog I-1
Paralog I-2
Paralog II-1
Paralog II-2
对于近期分化的四倍体，有时候没法知道哪个是I, 哪个是II，该怎么办呢？ |
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f******p
发帖数: 178 | 5 一个单拷贝基因在二倍体中的两个copies叫什么？ alleles?
在四倍体中，是不是有两个paralogs, 每个paralog 有两个alleles？
对于多倍化发生时间较短的四倍体，难以区分各个paralog，是不是四个copies都可以
叫allele? |
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l**********1
发帖数: 5204 | 6 just for this enquiry:
> 在四倍体中，是不是有两个paralogs, 每个paralog 有两个alleles？
一个单拷贝基因在四倍体中 how much copy or which kind of distribution that
单拷贝 or duplication 单拷贝基因?
Can you let me know the answer? |
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w********2
发帖数: 632 | 7 Phylogenetic analysis
Phylogenetic analysis of gene or protein sequences for the presence of an
incongruent phylogenetic signal is considered to represent the most rigorous
method for de- tecting past HGT events (Koonin et al., 2001; Syvanen, 1994)
. Smith et al. (1992) established the basic require- ments for application
of the phylogenetic congruency test to identify and support cases of HGT.
The test com- pares the phylogenetic tree constructed from a specific
protein or gene sequence with th... 阅读全帖 |
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D*****r
发帖数: 6791 | 8
Christian
基督教也没明确说自己是建立在“一个万能的人形神存在”的假设基础上啊。你要说地
球生命自然产生可能性很小，那一个万能神自然产生的可能性更小了。这就是为什么人
们用自然原理来解释世界，而不用”万能神“假设。如果这个万能神存在的话，它一定
是忍受了巨大的痛苦，千方百计地隐藏自己和自己创造的过程留下的证据。
演化是非随机的，在不断和周围环境的接触中探索有效利用能源的方式。植物跟叶绿体
联盟转化太阳能，动物跟线粒体联盟掠夺能量储备。
说一个最近的研究吧：蚤状蚤的基因多重复，这些基因的复制件的维护是受环境影响的。
引申一些，生物群体里的基因复制是海量存在的，就算现在随机突变完全停止，现在群
体里已经存在的基因变型的不同组合已经可以维持自然选择所需的多样性了，进化照常
进行，得千年以上才能注意到随机突变停止了。
The Ecoresponsive Genome of Daphnia pulex
http://www.sciencemag.org/content/331/6017/555.abstract?sid=ae7
摘要：
We describe the draft gen... 阅读全帖 |
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P******l
发帖数: 1648 | 9 探讨话题:
3 现今全人类的2号染色体长臂的2q13–2q14.1位置上，都有一段“789个碱基字符的序
列”，它是男人和女人都有的标记。 所有人基本(注意我把我的理解从完全改为基本)
相同 (我们可以称它为“人类DNA的第一个标记”), 这可以作为一个现存人类同源
的证据
for both chromatids
==============
思路过程:
http://www.bydnacoding.org/CHT2-P1.html (这一段是copy paste)
亲子鉴定方法：
常染色体亲子鉴定:
由于常染色体一半来自父亲、一半来自母亲，在常染色体亲子鉴定中，可以确定孩子的
亲生父母。
孩子的每对(两条)常染色体一条来自父亲、一条来自母亲，因此，可以通过比较父、母
和子女在常染色体特定位点上DNA字符代码的序列，来判定亲子关系。
例如，孩子在染色体某个位点上的一串DNA字符代码是“TCAT TCAT TCAT TCAT TCAT
TCAT TCAT TCAT”，这8个“TCAT”的重复，可以看成是一个“遗传标记”。他的母亲
或父亲的DNA，在此位点上一定有这样的8个“TCA... 阅读全帖 |
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g**p
发帖数: 32 | 10 official definition from textbook:
genes sharing common ancestry are called homologs.
if genes are homologs and there's no evidence of gene duplication, they're
called othologs.
if there is evidence of gene duplication, genes derived from one copy of the
duplicate are also called othologs.
Genes derived from two respective copies of the duplicate are called paralogs. |
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j****x
发帖数: 1704 | 11 pseudogene一般不会出现外显子序列及剪接位点完全一致，只是内含子序列不一致的情
况。
找找ortholog以及paralog,看看在其他物种尤其是近缘物种里有什么特点 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 12 可能是very recently arised pseudogene or duplicates.
如果exon完全一致，那么恐怕不能叫做paralog了。
anyhow, 不管是那种情况，都没啥大意思。
象oyster这类的，恐怕duplicate gene不少吧。 |
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b********c
发帖数: 161 | 13 2个性质,大小,pI，蛋白序列都非常相似的蛋白（paralogs）A 和 B，用的pET15b
vector， 在e.coli(DE3)中加IPTG诱导表达，然后粉碎细胞后，提取上清液可溶总蛋白
跑SDS-PAGE,A可以看到诱导的目的蛋白， 但B看不到诱导的条带。 直接load这2个蛋白
的诱导前和诱导后的 crude cell culture，A和B都可以看到诱导后的目的蛋白。所以
我不知道为什么B蛋白在粉碎细胞后不在可溶蛋白部分，甚至一点都没有，如果是形成
了inclusion body，难道一点都不剩在可溶部分里面？
我测过序列，都是正确连接的，而且用 crude cell culture做相关的生化实验，也发
现了这两个酶的效率是很高的。 |
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y**********n
发帖数: 478 | 14 经典遗传学的东西怎么跟现代基因学联系起来有时候确实很头大。我试着解释下，先贴
一段wiki上的：
“An allele (UK play /ˈæliːl/ or US /əˈliːl/)
is one of two or more forms of a gene or a genetic locus (generally a group
of genes).[1][2] The form "allel" is also used, an abbreviation of
allelomorph. Sometimes, different alleles can result in different observable
phenotypic traits, such as different pigmentation. However, many variations
at the genetic level result in little or no observable variation.
Most multicell... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 15 so what is relative to "paralogous" concept from your mentioned ? |
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w***7
发帖数: 1637 | 16 source：http://bbs.netbig.com/thread-2491712-1-2.html
看了一下，今年不错啊，和清华并驾齐驱。
而且下半年我知道的还有两篇NS。
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1.
Yuan W, Wu T, Fu H, Dai C, Wu H, Liu N, Li X, Xu M, Zhang Z, Niu T, Han Z,
Chai J, Zhou XJ, Gao S, Zhu B
Dense Chromatin Activates Polycomb Repressive Complex 2 to Regulate H3
Lysine 27 Methylation
Science, DOI: 10.1126/science.1225237, Aug. 24, 2012
2.
Liu B, Du H, Rutkowski R, Gartner A, Wang X
LAAT-1 Is the Lysosomal Lysine/Arginine Transporter That Maintains Amino
Acid Homeostasis
S... 阅读全帖 |
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i***l
发帖数: 1656 | 17 i am not in this field, just for fun.
o. dry lab: data search and find miRNA paralog/homolog in B's relatives---
pathway may be conserved
0.5 wet lab in vitro: miRNA target to a certain sequence which exists in B
/ B relative
1. wet lab semi in vivo: check miRNA's function in a cell line from B or B
relative
2. wet in vivo: miRNA function in B relative animal if possilbe
B |
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