K******S
发帖数: 10109 | 1 Here's my understanding: peptidome is the result of different proteolytic
enzyme activities. For traditional ID, you need to specify what enzyme you
are using in the search algorithm. such as trypsin, then the search
algorithm will look for K/R ending peptides to match. For peptidome, you can
ask the algorithm to search the entire database without any enzyme
restriction (It's gonna be a long search). then you can get some ladders of
peptides, I think you might be able to get some information by ... 阅读全帖 |
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w******e
发帖数: 1187 | 2 http://www.nature.com/nbt/journal/v29/n6/full/nbt.1856.html
phage display是好东西。。。and又见next-gen seq in directed
evolution。。。well只做一个round的话不知还该不该叫evolution lol
不过这篇paper的pos control够单薄的。
Immune responses targeting self-proteins (autoantigens) can lead to a
variety
of autoimmune diseases. Identification of these antigens is important for
both diagnostic and therapeutic reasons. However, current approaches to
characterize autoantigens have, in most cases, met only with limited success
. Here we pres... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 3 如果我们有特别明确的目标的话，的确是可以用你说的这种方法。
但是问题是我们是出于一个screening 的阶段，就是想看看不同的处理或者
细胞状态下，会对什么peptide 产生影响。但是我们现在得到了近千条
peptide sequencing, 但是在denotation 的时候，来源于同一个前体的
多肽会被标成同一个名字，这样就会对我们进一步分析数据产生不利影响，因为我们想
知道的是，在我们进行那些处理的时候，会不会产生新的多肽的形式，或者特异性的改
变其中一个形式的丰度。
比方这么说吧，Epiregulin 正常情况下是４９个氨基酸，但是说不定已经有人发现在
某些条件下能产生其他形式而且已经被人冠名为Epiregulin-2,Epiregulin-3等等名字
了。所以假如我们在搜寻的时候，能够自动的把那些其他形式的Epiregulin正确的冠一
个名，就会省我们非常非常多的力气，而不是会浪费我们的时间去研究一个别人已经研
究过的东西。
所以，我想，我们其实想要的，就是一个针对于peptidome 的denotation system.
当然，假如我们一横心，就把所有扫出来的pe... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 4 这个好像是信号肽的数据库，这个其实一般在peptidome 里面测不到的。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 5 工欲行其事 必先利其器
mouse In Vivo neuron systems Direct cellular peptidomics 笨法(defined by T-i-a-n-z-i)
screening, U 试过以下的新器没?
Direct cellular peptidomics of hypothalamic neurons.
Front Neuroendocrinol. 2011 Oct;32(4):377-
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21334363
from
//www.life.illinois.edu/clockworks/pages/Publications.html |
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M*P
发帖数: 6456 | 6 http://pathogenomics.bham.ac.uk/blog/2011/02/short-read-archive
Dear Staff Members of NCBI,
As you are aware, the federal government as well as NIH is facing a
period of budgetary uncertainty that is resulting in ongoing program reviews
throughout the government. At NCBI our senior staff have been giving
serious consideration to our own projects and staffing levels in order to
prepare for and adjust to new fiscal constraints.
NCBI had received a significant adjustment in its approp... 阅读全帖 |
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s******9
发帖数: 283 | 7 合成T7-Pep要花多少钱？如果全由公司做。
success
proteome |
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w******e
发帖数: 1187 | 8 you should ask the author hehe
合成T7-Pep要花多少钱？如果全由公司做。
success
proteome |
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s******s
发帖数: 13035 | 9 没概念。我估计$1k+一个chip, 一共几万刀？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 10 上来问一个学术问题，我们在用质谱来测生物样品里面的多肽组，
我们实验时的具体做法就是特异性的把多肽和蛋白分开，然后把多肽
送去用质谱测序
但是现在拿到raw data 之后不知道该blast against 什么数据库。
假如只是blast against 那种普通的蛋白数据库的话，只能告诉我们
那些多肽是来自于什么什么蛋白的（就是precursor)，但是我们想要的是
别人鉴别过了的多肽库，比方说 EGF啊，insulin啊什么的。
请问有没有人知道？谢谢了！ |
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b*******g
发帖数: 1309 | 11 关键得有这样的数据库，有么？
另外单个peptide的MS sequence coverage 应该会很高（如果浓度足够的话，加上不同
fragmentation的方法，比如CID+ETD），估计大部分多肽可以到80-90% sequence
coverage，基本可以确定sequence，应该能够满足你的需求吧 |
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s******y
发帖数: 28562 | 12 正如你所说的那样，我们用了orbit trap + fragmentation, 基本上是把每个peptide
都彻底sequencing 了。问题就是出来了几百条多肽，我们想得拿个
现成的database 对照一下，看看什么是什么，然后才能确定下一步该做什么。
比方说我们起码得知道那些多肽都是什么名称，都是什么什么"-in", 大致有什么已知
功能，不然我们下一步可就抓瞎了.
所以现在的关键问题就是，到底有没有这样的数据库？ |
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a***y
发帖数: 19743 | 13 没有这个数据库
你用自己的数据做一个岂不是很牛
peptide |
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s******y
发帖数: 28562 | 14 听你这么一讲，我现在简直想在地上打滚哭闹。。。
几乎一千条序列。。。我要是一个个的做过去，然后其中还有很多是别人早就
做过的。。。岂不是我一辈子都搭进去了？ |
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S**********l
发帖数: 3835 | 15 怎么可能没有呢。。sunnyday你是不是要给我点好处我给你找一个 |
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a***y
发帖数: 19743 | 17 我现在的老板就很擅长做这种事情。
最爱几千行的excel spreadsheet |
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K******S
发帖数: 10109 | 18 Just set up a search against human(or whatever species) database with no-
enzyme, the disadvantage is you can only find out "normal" peptides, if
there's a mutation or SNP, you can't get those information. Someone from
Vanderbilt just published a paper talking about their mutation/SNP database
searching.
peptide |
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S**********l
发帖数: 3835 | 20 你随便找个人给你做一下就行了。别舍不得花startup哦 |
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O******e
发帖数: 4845 | 21 我也没见过这种数据库，不过也许是因为我做得少
peptide |
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h***0
发帖数: 248 | 22 我知道好像有个翻译后修饰作用有关的数据库(我主要用过磷酸化的) |
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s******y
发帖数: 28562 | 23 哦！麻烦你具体讲讲！我们在目前这个阶段，其实不关心突变什么的。
关键就是我们该用什么database? 你说的那个without enzyme 是什么意思？
我们现在的问题是，有很多多肽虽然是同一个前体来的，但是由于切的位点不同，功能
也不同。比方说insulin 好了，不同的形式的活性不一样的，但是如果是用
protein identification 的普通方法来search 的话，不同的形式都会命名为同一个蛋
白（前体），就没有办法反应出他们的差别了。
database |
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s******y
发帖数: 28562 | 24 和我们合作做质谱的人都不知道怎么做，然后把这个问题扔回来给我们，
我们现在是干瞪眼，想找人都不知道找谁。 |
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S**********l
发帖数: 3835 | 26 你要查各种modification?这个还真没听说过 |
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s******y
发帖数: 28562 | 27 对阿，比方说长度啊，切割的地方啊什么的，这些东西不同的话，会导致
产生的peptide 功能相差很远的 |
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s******y
发帖数: 28562 | 32 谢谢，我大概看了一下，似乎是和我们做的东西差不多，但是这个数据库
只收录短于２０个氨基酸的多肽，可是我们涉及的多肽有很多是比较长的，
比方说Epiregulin，就有４９个氨基酸，所以在那个数据库里面找不到 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 35 估计真的还没有这个数据库
你自己做个，造福大家，肯定可以发片NatureXX |
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C*******e
发帖数: 4348 | 36 我完全是个外行
就是来围观一下长长知识的
不过对于你说的不同处理会不会有新的多肽
能不能就先对比一下不同的处理
找出每种处理的独特的集合
先不管交集
这样能不能先narrow down呢 |
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s******y
发帖数: 28562 | 37 可以是可以。
但是我们不一定仅仅对那些有区别的有兴趣。那些没有区别的也可能会有兴趣的，
假如那些个多肽的生理功能很有意思的话。问题就是现在找不到合适的denotation
library, 一大堆多肽都不知道谁是谁。
而且，还有一个问题是，如果某些多肽是别人已经发现了而且标志了的话，就很有可能
是真的体外多肽，如果有些看起来好像是新发现的东西，那就既有可能是真的新的多肽
，也可能是我们的提纯过程中不小心产生的碎片。 但是缺乏denotation library的话
就无从分析这种可能性。 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 38 这样啊～
我觉得可以多条路同时进行
如果你已经有学生的话
一方面找这样的数据库
一方面查文献
一方面比较不同处理的交集/非交集
反正不能一棵树上吊死
如果非交集的东西本来就比较少的话（几十，对比原始数据的几千）
就是一个一个来查也没什么不可以的啊
不过如果就你自己一个人
那就比较难办
好像很多新实验室建起来的时候第一件事情就是做某种screen啊 |
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K******S
发帖数: 10109 | 39 明白了，这可是个不小的工程量啊，让SUMMER STUDENT或者ROTATION的学生做吧，呵呵
但是这么多的多肽里，处理后有变化的有多少阿？用RETENTION TIME和精确分子量做个
2D MAP应该可以看出哪些DATA POINT有变化了 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 40 看了看，好像没有楼主要求的这种peptide kindom database，
楼主本质是要求有个现成的database(not from bioinformatics, but from
functional ones)
现有的所谓protein database，似乎是bioinformatics，一些相对简单的算法，直接从
genome上面生成的，缺乏很多很多posttranslational modification。 这样ms 搜索这
个数据库，匹配法鉴定蛋白，不需要de novo分析出来某个蛋白，大大减少了ms的数据
库工作。这种办法，据说是Scripps John Yates发明的。
现实中，某种功能性的peptide都是一点一点在实验室多少人年 磨出来的。
所以，你的想法注定落空； 现实似乎也没有一个队伍专门做literature screen，归纳
出来一个不断更新的peptide kindom。
这些peptide当然可以归类 到某些蛋白ABC.... 然后你在整个蛋白ABC。。。mapping，
作总结图。这个相信可以找bioinformatics的人搞定，肯定不... 阅读全帖 |
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S**********l
发帖数: 3835 | 41 summer student最好用了。。。俺老板有一次让一个summer student把所有GEO的
dataset手工注释了一遍。。。。。。人家可是藤校的学生啊。。。。。。。就让做这
么弱智的东西，俺都看不下去了。 |
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i*****g
发帖数: 11893 | 42 又想了想，楼主那个1000条，未必是全部实验真相
这种dirty ms, 现在技术限制，mudpit或2D gel，能鉴定3000个protein，是极限了，
其实还有大把大把漏调了。
tandem affinity purification，养个几十升yeast或细胞，捞出一般200-300个蛋白，
用control去掉一大堆，然后手工挑5-10个蛋白（一般很少看见明显20-30个蛋白的
complex），下面就是精细耗时高失败低效的functional study |
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j****x
发帖数: 1704 | 43 我们这里之前也要建一个dataset，没有现成的，后来老板花钱招了大概10个本科生/硕
士生，在一个博后的带领下搞了一个暑假，人工把pubmed筛了一遍，当然是在text
mining工具的帮助下了。
如果这个library确实很重要也很有意义，你也可以考虑这么干 |
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k******0
发帖数: 1073 | 44 很久没有做质谱了。好像以前用质谱数据搜索蛋白质库时，可以设置蛋白质库的参数。
比如你可以设蛋白质分子量小于10kDa。
如果你鉴定了你的多肽的蛋白质前体，你再测定一下你的多肽的分子量和序列，用软件
一搜就知道是那个片段，以前Waters随机软件就可以用。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 45 我想了想，觉得我们不合适去做这种工作。
因为这个质谱数据库什么的，本来就不是我们的本行，现在是因为合作者做不了
才踢回来给我们的。
我们既没有经验，也没有这个能力去组织这么一个数据库。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 46 呵呵，对啊。所以如果没有那么一个数据库的话，我们后面真的没法往下做了，
失败的机会太大了！
估计只能硬着头皮凭感觉随便挑几个来碰运气了。。。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 47 嗯，我们现在的关键问题不是match 到蛋白上去，而是如何知道测出来的那个
序列是有人已经发现了的功能性细胞外多肽。不知道你说的那个方法能否做到这一点？ |
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O******e
发帖数: 4845 | 48 数据库的建立和维持都很费钱和功夫。你说不定可以跟几个相关领域的大牛们联系下，
看他们有没有兴趣把这个数据库弄起来，你们可以作为合作者。。。 |
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i*n
发帖数: 9793 | 50 Amado, F., Lobo, M. J. C., Domingues, P., Duarte, J. A., & Vitorino, R. (201
0). Salivary peptidomics. Expert review of proteomics, 7(5), 709-721.
http://informahealthcare.com/doi/abs/10.1586/epr.10.48
Thanks! |
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