K**4
发帖数: 1015 | 1 需要自己搜索吧，收集pfam中AAA+的model，然后run Hmmer。
问题是pfam中的AAA+的分类是错误的，很多叫AAA+并不是；还有一个问题是在pfam，很
多AAA+ families并没有包含进去。这样造成的结果是分析不够comprehensive。 |
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m*******e
发帖数: 1280 | 2 check this, the best site IMHO.
www.expasy.ch/tools
for domain structure analysis, the best might be Pfam in Wash U and SMART.
GOod luck. |
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f***j
发帖数: 2 | 3
(序列为MEKVQYLTRSAIRRASTIEMPQQARQKLQNLFINFCL
几次
You need to change default expect value (10) to a higher value. This is what I
got when blast against Arabidopsis proteins. But anyway, since the sequence is
too short, it's hard to find homologs from other species (confidence level is
low).
At1g26270.1 68414.m03205 phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family
protein similar to phosphatidylinositol 4-kinase type-II
beta [Homo sapiens] GI:20159767; contains Pfam profile
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f**********e
发帖数: 1994 | 7 这有点夸大了。multiple sequence alignment 的标准还是 HMMER／Pfam 那帮子人吧？ |
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f**********e
发帖数: 1994 | 8 这有点夸大了。multiple sequence alignment 的标准还是 HMMER／Pfam 那帮子人吧？ |
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K**4
发帖数: 1015 | 9 很难说，大多数的protein都是multi－domain的
而这个问题对于不同物种可能也答案不同
那些进化位置很早的物种，可能蛋白组成上会简单些
所以总的来说，估计有70－80％是multi－domain的吧
如果基于计算的结果，基于pfam中的数据肯定是underestimate的 |
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y***y
发帖数: 709 | 11 目前手头有一个感兴趣的核定位表达的蛋白，想看看它是否有DNA结合结构域，锌指结
构等功能结构域，用过SMART， Pfam，PredictProtein等测过，但结果不一致，想问问
大家都用啥网站，找个相对比较靠谱的。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 12 这几个prediction server各自的侧重点不同，结果不一致很正常。
如果想比较全面的分析预测目的序列中的functional motif/domain，还是得结合多种
预测工具来分析，除了SMART和Pfam，个人推荐InterPro以及LS提到的Prosite。
但预测毕竟只是预测，false positive/negative都很高，还是要靠实验证据来说明问
题。 |
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