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全部话题 - 话题: pfam
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K**4
发帖数: 1015
1
需要自己搜索吧,收集pfam中AAA+的model,然后run Hmmer。
问题是pfam中的AAA+的分类是错误的,很多叫AAA+并不是;还有一个问题是在pfam,很
多AAA+ families并没有包含进去。这样造成的结果是分析不够comprehensive。
m*******e
发帖数: 1280
2
来自主题: Biology版 - Re: protein structure analysis?
check this, the best site IMHO.
www.expasy.ch/tools
for domain structure analysis, the best might be Pfam in Wash U and SMART.
GOod luck.
f***j
发帖数: 2
3
来自主题: Biology版 - Re: BLAST的一个问题

(序列为MEKVQYLTRSAIRRASTIEMPQQARQKLQNLFINFCL
几次
You need to change default expect value (10) to a higher value. This is what I
got when blast against Arabidopsis proteins. But anyway, since the sequence is
too short, it's hard to find homologs from other species (confidence level is
low).
At1g26270.1 68414.m03205 phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family
protein similar to phosphatidylinositol 4-kinase type-II
beta [Homo sapiens] GI:20159767; contains Pfam profile
w******y
发帖数: 8040
4
pfam
s******r
发帖数: 2876
5
试了一下,不是很简明啊。

pfam
K**4
发帖数: 1015
6
来自主题: Biology版 - Help please: to compare protein function
try CDD or pfam.

A.
f**********e
发帖数: 1994
7
这有点夸大了。multiple sequence alignment 的标准还是 HMMER/Pfam 那帮子人吧?
f**********e
发帖数: 1994
8
这有点夸大了。multiple sequence alignment 的标准还是 HMMER/Pfam 那帮子人吧?
K**4
发帖数: 1015
9
很难说,大多数的protein都是multi-domain的
而这个问题对于不同物种可能也答案不同
那些进化位置很早的物种,可能蛋白组成上会简单些
所以总的来说,估计有70-80%是multi-domain的吧
如果基于计算的结果,基于pfam中的数据肯定是underestimate的
K**4
发帖数: 1015
10
来自主题: Biology版 - 把蛋白截成片段,如何设计?
pfam
y***y
发帖数: 709
11
目前手头有一个感兴趣的核定位表达的蛋白,想看看它是否有DNA结合结构域,锌指结
构等功能结构域,用过SMART, Pfam,PredictProtein等测过,但结果不一致,想问问
大家都用啥网站,找个相对比较靠谱的。
j****x
发帖数: 1704
12
这几个prediction server各自的侧重点不同,结果不一致很正常。
如果想比较全面的分析预测目的序列中的functional motif/domain,还是得结合多种
预测工具来分析,除了SMART和Pfam,个人推荐InterPro以及LS提到的Prosite。
但预测毕竟只是预测,false positive/negative都很高,还是要靠实验证据来说明问
题。
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