R**o
发帖数: 311 | 1 Again, I have ALREADY answered this question before but you pretended
not to see it.
In humans, multiple genes rather than a single gene involve in
determining one phenotype. Exact same phenomenon was observed in the
twin studies for the patients with high blood pressure and diabetes,
which are widely considered as heritable diseases.
事实上，P(双胞胎A是gay|双胞胎B是gay）<<0.5 ---- this cannot be true. Majority
of the twin studies lead to a number between 20-70%. please read more
research articles, especiall... 阅读全帖 |
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D***r
发帖数: 7511 | 2 Homosexuality is NOT a phenotype.
因为它最终是由行为认定的。
我不想跟你说了，对你来说什么都是phenotype
没有讨论的空间。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 3 Honestly these questions reflect how ignorant you are with basic biology:
1. No: there is no so called gay genes or disease genes whatsoever...
2. Yes: there are genetic bases for gay phenomena or diseases...
3. The gay issue is purely based on social rather than scientific/biological
reasons. In essence, from science/biology point of view, Gay phenomena is
just one type of phenotypes/behaviors as any other complex behaviors: love,
addiction or whatever, and any phenotypes would have some kind ... 阅读全帖 |
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d*b
发帖数: 4184 | 4 【 以下文字转载自 Gay_Pathology_and_Therapy 俱乐部 】
发信人: dcb (奉钻风之命删除), 信区: Gay_Pathology_and_Therapy
标 题: gay基因如果存在，对女性也是有害的
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 26 23:12:55 2015, 美东)
1993年，一个骗子提出gay基因的概念并将之定位在Xq28，后来无数学者都证明题其研
究是无法重复的，但gay基因的概念不断被无良政客用来欺骗就缺乏常识的民众。 稍微
有点遗传学常识的人都会有个疑问，在遗传上极其不利的gay基因如果存在也应该在进
化中被淘汰，于是其它骗子为了圆谎有抛出gay uncle 理论，即gay 基因会对女性携带
者繁衍有利所以能够通过女性隐性遗传。
本研究通过对gay的女性长辈（有gay 子/侄者，虚构的gay 基因携带者非发病者）研究
，得出其与非gay亲属女性的区别：
1. 较少妇科病
2. 较少复杂怀孕（多胞胎等）
3. 对生育不感兴趣（解释1）
4. 不太重视夫妻间浪漫的爱情
5，缺少社会生活
6. 家庭的稳定降低
7. 更外向（... 阅读全帖 |
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m***y
发帖数: 14763 | 5 Nod, look at retracted manuscripts, LZ only singled out the A3, as if he
could get it done all by himself.
And he's not the only one benefiting from the fraud. To begin with, Duke U.
should be charged with crime against humanity.
Potti, Anil; Dressman, Holly K.; Bild, Andrea; Riedel, Richard F.; Chan,
Gina; Sayer, Robyn; Cragun, Janiel; Cottrill, Hope et al (2006). "Genomic
signatures to guide the use of chemotherapeutics". Nature Medicine 12 (11):
1294–1300. doi:10.1038/nm1491. PMID 1705771... 阅读全帖 |
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c**i
发帖数: 6973 | 6 Sindya N Bhanoo, Canine Genetic Wrinkle Has Human Potential. New York Times,
Mar 22, 2011.
http://www.nytimes.com/2011/03/22/science
/22obdog.html?scp=1&sq=sharpei&st=cse
Note:
(a) Shar Pei
http://en.wikipedia.org/wiki/Shar_Pei
(沙皮; known for its distinctive features of deep wrinkles and a blue-black
tongue; The English name probably derived from British spelling of the
Cantonese equivalent; The origin of the Chinese Shar-Pei can be traced to
the province of Guangdong)
(b) hyaluronan
http://en.w... 阅读全帖 |
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B********e
发帖数: 19317 | 7 =============side trip==============
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/genovspheno_01
Genotype versus phenotype
An organism's genotype is the set of genes that it carries. An organism's
phenotype is all of its observable characteristics — which are influenced
both by its genotype and by the environment. So in defining evolution, we
are really concerned with changes in the genotypes that make up a population
from generation to generation. However, since an organism's genot |
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B********e
发帖数: 19317 | 8 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_19
Mutations (2 of 2)
The only mutations that matter to large-scale evolution are those that can
be passed on to offspring. These occur in reproductive cells like eggs and
sperm and are called germ line mutations.
A single germ line mutation can have a range of effects:
1. No change occurs in phenotype
Some mutations don't have any noticeable effect on the phenotype of an
organism. This can happen in many situations: perhaps the |
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J*****3
发帖数: 4298 | 9 再教育你一下，真是浪费我的时间
新物种的特征之一就是不能再和旧的物种交配了，你认为白人/黄人/黑人/之间不能结
婚/混了吗？先把概念弄清楚了 OK
• One important species concept is reproductive, and defines a species
as a set of organisms that interbreed among themselves but do not breed
with members of other species.
• The second important concept uses phenotypic appearance: it defines
a species as a set of organisms that are sufficiently similar to one another
and sufficiently different from members of other species. Again, humans and
common chimpanzee... 阅读全帖 |
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l**********t
发帖数: 5754 | 10
我信人是神造的。 但神用什么方式，什么物理/化学/生物法则造人，是科学研究的范
畴。
达尔文進化論与神创论问题的关键是:
静态结构(genotype or phenotype)的相识性不能证明动态过程（变异的产生的最根本
原因）是自发性／随机性。
反智的進化論信徒常把把达尔文进化论静态结构(genotype or phenotype)相识性当成
反“神创论”的证据 （参见老Ｅ常贴的类人头骨化石系列）， 她不知道 古典的拉马克
进化论 ( 或 “神创论”) 也可以 解释 相识性。
达尔文进化论的独特创见之一是假设变异的产生根本原因是自发性／随机性的。
但自发性／随机性只能被证否， 不能被证明。
但反智的進化論信徒不承认“变异的产生是自发性／随机性“是达尔文进化论的不能被
证明假设。
老Ｅ先是说“随机性就是一代与一代有不同”(后来说是“口误”) ，后来又说“变异的
产生是不是自发／随机的对达尔文进化论不重要“，“达尔文进化论没有自己的假设”
。
反智的進化論信徒类似的逻辑错误例子是认为"盲腸是無用的“。 这个命题只能被证否
（已经被证否），但不能被证明。
连進化論基本的概念都会搞错， 分... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 11 小弟我从生物信息phd想转到data science
自己做过的有NGS-genomics之类的研究
也做过基于clinical feature 用ML进行phenotype prediction的研究
熟悉linux/hpcc，R，尤其是python（Numpy, Scripy, Matplotlib, Pandas, Scikit-
learn）这一套
学习了bishop的PRML，当然也补课了multi calculus，和线性代数
也刷过一些kaggle
刷kaggle和自己的phenotype prediction的套路都是：
feature engineering, data cleaning, machine learning data training, test
prediction, data visulization
请问掌握这些我算是入门了吗？
如果入门了的话，如何进阶呢？
是继续加深我的machine learning/数学的基础知识，以及加强python coding能力 （
我的自学当然不能跟科班比）
还是继续学习新的东西，比如mapreduce，Hado... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 12 实验室之前一直有一只转基因老鼠，不过老鼠这块课题不是我做的（之前一直没管，做
细胞那块）
目前情况是，因为某些原因， 老板让我迅速地在三天内提出一个proposal分析其各种
可能的phenotype
-_- 赶鸭子上架了
现在正在狂搜文献，另外求有什么比较系统的文章能让人快速地对各种从代谢开始的潜
在phenotype熟悉起来的工作 |
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D*a
发帖数: 6830 | 13 分析可能的phenotype是啥意思？
如果是转基因的phenotype，你就查查关于这个基因功能的文献就行了呗。有个大概框
架哄老板高兴就行了，剩下的再说。 |
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f******g
发帖数: 1003 | 14 non-cell-autonomous 是什么意思?
下面是英文解释:
A genetic trait in multicellular organisms in which only genotypically
mutant cells exhibit the mutant phenotype. Conversely, a nonautonomous trait
is one in which genotypically mutant cells cause other cells (regardless of
their genotype) to exhibit a mutant phenotype.
请高手用通俗易懂的中文解释下，谢谢了 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 15 both 我打个简单比方吧 随便想一个例子出来：比如说一个人要找到调节动脉粥样
硬化的gene/drug 思路可以是找个mutant出来(一般是病人研究出来的gene 比如和
LDL代谢有关系的)看看是不是有类似phenotype；同时也可以弄些环境因素比如说猛
吃fat给动物。然后拿到类似phenotype之后简单的当然就是找点candidates看看了
比如上面说的LDL related 或者纤维化相关的SMC相关gene之类的。你要想搞复杂
的可以上screen，但是老鼠你总不能每一只都解剖了看血管把 太慢了；鱼你就可以
直接看血管里面荧光标记的lipid怎么分布之类的。。screen的价钱也要低得多。不
管是drug screen还是genetic screen |
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n********k
发帖数: 2818 | 16 What an AMAZING woman! seriously!! I vote her to be a next Nobel laureate
and a first Chinese and it is a girl too....
http://english.cas.cn/accessory/twows4th/twowsaward/201006/t20100627_55793.html
Professor Fanyi Zeng was born in 1968. She received her B.A. in University
of California San Diego, CA, USA in 1991. In 2005, she got her Ph.D in
University of Pennsylvania, PA, USA.
Professor Zeng has led a research team that has made substantial and long-
lasting contributions to the developmental ... 阅读全帖 |
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c******r
发帖数: 3778 | 17 有几种情况：
1. 上面sunny同学说的很对。有alternative splicing等其他可能。
2. ko一般都是ko一两个exons，一般assume不完整的RNA或者peptide不稳定，会很快被
代谢掉。但是事实上经常不是这样。有很多蛋白即使ko掉几个exons后还有detectable
的peptide，虽然size shift了，但是确实western可以detect。
3. 如果是conditional ko就有ko效率，和部位，细胞种类等其他原因导致在一定程度
上可以detectable。
不论怎样，要证明ko都要从几个方面来证明：
1. 从genomic上，要跑southern，看到size减小as expected。
2. 从RNA上，northern，和western证明没有detectable的stable的蛋白。如果有，要
证明这个蛋白的功能被comprise了。
3. 从功能上证明这个蛋白的功能没有了。
4. 从phenotype上证明这个功能和这个phenotype直接的联系。 |
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o********r
发帖数: 775 | 18 先说你后面的：
：consistency
不试验证明找到的新的发现是真的，而且有biological significance以前，啥都不算
，俺永远predict RB1和RB有关，这个基本上永远没错，而且永远consistent。
：sensitivity/selectivity
By simulation?没用，每个人都可以找到一个model说明自己的方法是世界上最牛的（
别人也可以设计另一个model证明你的东西完全错了）。用俺前老板的话，simulation
只能证明你的方法没用，不能证明有用。
：BIOLOGICAL RELEVANCE.
如果你是通过翻文献或者GO code/IPR之类的，算了，太主观了。比如找到一个set和
Ubiquitin有关，估计啥phenotype都能往上套。想要证明这个东西是对的，唯一的方法
是做试验，比如说你predict某些gene overexpression会引起 metastasis，那就去动
物体内去验证，至少也要在cell line里证实。当然，现在绝大多数bioinfo的文章都是
主观说biologically relevant... 阅读全帖 |
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a********k
发帖数: 2273 | 19 其实最主要还是labor intense，cell line screen如果你能做到maintain 100K cell
line，每个cell line都通过automatic的荧光或者明场显微镜统计至少100cells，做到
statistic significant的区别，这样筛出来的东西肯定可靠。但是由于100K cell
line太难养，显微镜下的screen太难做，直接导致大家开始糙快猛，不论是screen的质
量还是screen的coverage都低下。不然cell line的screen应该是高级点的yeast
screen，找到的东西应该是更好更多，毕竟cell line各种各样，cell behavior以及细
胞的phenotype都比yeast多样。
一句话，最关键还是没有yeast clony那样简单手段可以maintain 足够多的mutants和
足够automatic的microscopy可以筛选细微的phenotype。 |
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Z**********g
发帖数: 222 | 20 哎,三言两语也说不清楚了.再说cancer stem cell模型争议也是很大.你说的属于典型
的clonal evolution模型.因为如果这样的话,那么该癌细胞所产生的tumor在
phenotype上就很可能无法(基本无法)recapitulate the original tumor了,因为genotype改变了phenotype很可能随之改变.所以该细胞只符合我说的initiating标准,而不符合我说的第二点标准. |
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A*******e
发帖数: 284 | 21 对于一个job而言，或许bioinfo现在有一个好的market, 比做实验的有高的salary。
但对于一个行业而言，我并不认为这是一个还在扩展的行业，相反应该它的前途应该是
萎缩，因为我认为会有越来越多的人对bioinfo的认识会越来越真实，越来越实际,越来
越理性。现在好的job market和整个行业前途的收缩并不矛盾。 bioinfo就是提供一些
平台，工具，以供处理实验数据，并不能解决实际的biology问题，因而决定了其用处
的有限性。即使现在流行的全基因组snp测序，它实际是一个genetics问题。其基本原
理就是做genotype和phenotype的连锁分析。做genetics的都知道，这是一个最基本的
道理，只是现在可以大规模测序，可以发掘很多的genome marker，甚至可以直接在一
个species里面分析不同个体基因的natural variation，再去他们的phenotype
variation做连锁分析，这是一个遗传学问题。很早前作qtl的就这么做了，只是那时候
marker难找。所以归结起来这是一个用bioinfo来辅助分析genetics ... 阅读全帖 |
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s****9
发帖数: 932 | 22 Based on your description (your husband first found the phenotype and his
story is complete even without her informatics support), your "ld" should be
the first "co-first" author.
My suggestions:
1. No delay and this kind of trouble should be solved ASAP.
2. Instead of arguing with the American postdoc, your husband should get his mentor involved. In the conversation with his mentor, he should emphasize that he first discoveries the gene regulation phenotype, which is the core of the manuscri... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 23 那要查很多吧，工作量很大的。好几百个pcr才能看完一个chromatin好像。花钱肯定会
有人做的，就跟那个快速backcross（号称几代之内得到99% background的某种tg老鼠
）一个原理。
你做开头了，每个实验都要做。
那么就算你做了，你要怎么用这个数据？依据这个把不符合结果的老鼠删掉？或者跟
reviewer说我们这个结果是用treatment解释的，这个结果是用background解释的？
我觉得你的phenotype既然是跟background有关，就不如使劲用一种老鼠当爹（或者妈
），等你实验做到差不多考虑发表的程度，你的纯化background也差不多了。大不了重
复几个开头的实验。
否则你拿F2混交F3，然后F4，然后F5.。。。这样时间长了你的background就固定下来
了。万一你恰好丢了影响你phenotype的那段genome，你就哭吧。。。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 25 受教了 能说说悬乎在那里呢？我不是做那个的 就觉得思路很对就是了。按说你在cult
ured cell里也不太可能看得到完全一样的pathology吧，我是想只要有phenotype，哪怕
是很artificial的，但是鉴于cell本身是patient来的，那么针对这个phenotype进行的
genetic/drug screen还是有可能得到endogenous的信息。
iPS做 |
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c**i
发帖数: 6973 | 26 Sindya N Bhanoo, Canine Genetic Wrinkle Has Human Potential. New York Times,
Mar 22, 2011.
http://www.nytimes.com/2011/03/22/science
/22obdog.html?scp=1&sq=sharpei&st=cse
Note:
(a) Shar Pei
http://en.wikipedia.org/wiki/Shar_Pei
(沙皮; known for its distinctive features of deep wrinkles and a blue-black
tongue; The English name probably derived from British spelling of the
Cantonese equivalent; The origin of the Chinese Shar-Pei can be traced to
the province of Guangdong)
(b) hyaluronan
http://en.w... 阅读全帖 |
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m*******e
发帖数: 1280 | 27 Two other points, after finally took a look at her research description as
pasted below:
1) She AIN't doing GWAS (Genome Wide Association Study). The array-based
GWAS has been concluded and announced as a big failure,she would have been
dumb for focusing on that.Sequencing is the way and it IS her approach.
2) Neurologic/psychatric disease is a great direction. Latest data on US
School Age Children says the Autism rate is 10 times higher over 10 years
ago to a stunning 1%. Sure, there are arguem... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 28 一种可能是KO的phenotype对后代有影响。很多phenotype都是互相联系的，你不知道ko
怎么就影响了后代表型了。
一种可能是这个基因在129和b6上的penetrance不一样。这个无数ref证明无数的gene都
有这个现象。
BACKCROSS无所谓het或者ko吧，反正f1之后就全是het了，要不怎么叫BACKCROSS？
最好的方案是het x het，这样你测的才是littermates的数据。如果图省事用ko x ko
，现在做老鼠的reviewer肯定会要解释。一般都是说因为het x het不可行，因为小老
鼠不吃奶啊，或者double or triple KO，做het x het工作量大的没边儿了，什么的，
才不得已用ko x ko |
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a***u
发帖数: 155 | 29 去到一个新的实验室，他们在CGH测序时发现某染色体缺失跟胰腺癌的病程有关，由此
推测此染色体上某一基因是肿瘤抑制
基因，由我接手研究此基因的功能，所采用的策略就是过表达此基因看phenotype. 我
做了大半年了，很郁闷，我试了很多种
细胞，只有一种转入该基因抑制生长。我也试了很多种方法，改变 microenviroment
看能否 push出 phenotype，但还是
没效果。我以前不是做 cancer的，我注意到文献中很多关于 tumor suppressor 都是
直接上 knock out 小鼠的，好象很少
有 overexpression来研究的。但我的二老板就是认为是我本身的原因做不出来，对我
很有意见。有做 cancer的同学能给点
建议吗？ |
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f****y
发帖数: 104 | 30 所谓的tumor suppressor,主要是指gene loss of function的phenotype.
overexpression 不是确定tumor suppressor的好办法.比如,有的tumor suppressors
overexpression 就没有 phenotype.
你可以先siRNA knock down 这个基因,看看细胞增殖有没有增加,如常用的BrdU
labling之类.
此外说不定这个基因tissue specific的tumor suppressor,不一定在所有细胞系里面都
有作用. |
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a***u
发帖数: 155 | 31 謝謝sunnyday 的建議。
其實我已經在準備走人了。只是覺得這個project花了很大勁做成這樣，心裡不大爽，
还想再試一把，另外也覺得如果能出點東西再走不致於讓老板很生氣。
本來想來這個實驗室學點 cancer stem cell 的東西，希望以後回國能用來忽悠人。結
果比較失望。
我其實每天都在努力看很多paper, 然後跟老板們討論。悲哀的是他們根本不看paper，
並且沒有經驗， 沒辦法討論。 我以前的老板非常聰明，新老板，接觸的東西新而多，
我只要跟他一提，他馬上就明白， 我現在這個大老板，我有一次看到cell 上一篇
paper 很有啓發，很興奮地跟他們討論，大老板聽了半天，甚麼也沒明白（他連
transfection 是啥也不大明白）， 最後还發了一通脾氣說我英語不好。
我跟我以前的老板在科研思維上可能比較接近，所以總能達成共識，效率很高，以前的
几年基本一年一篇不錯的paper。但現在這個二老板的，我覺得他的建議我總是覺得很
別扭，但不做又不行，所以就不想聴他的建議了。比如說他覺得這個基因在肺癌細胞表
達也很低，肯定也應該是肺癌的tumor suppressor 基... 阅读全帖 |
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a***u
发帖数: 155 | 32 谢谢，我应该去弄清楚我用的几株细胞（有phenotype 和无 phenotype的）有什么不同
，还有，找一个正确的non-
malignant cell line也是很重要的
it
not |
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f*********e
发帖数: 24 | 33 Relation between MeCP2 and Rett syndrome
1999-10 Nat Gen Huda Y. Zoghbi Rett syndrome is caused by mutations
in X-linked MECP2, encoding methyl-CpG-binding protein 2
Mouse models: whole-body knockout, brain-specific, brain-region-specific,
knock-in,..., over-expression, rescue, ...
2001-03 Nat Gen Adrian Bird A mouse Mecp2-null mutation causes
neurological symptoms that mimic Rett syndrome
2001-03 Nat Gen Rudolf Jaenisch Deficiency of methyl-CpG bindi... 阅读全帖 |
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x*******t
发帖数: 3764 | 34 有phenotype就好
不过autism associated的gene目前知道的也有好多了吧，不知道是不是只有这个有
phenotype |
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y*********u
发帖数: 183 | 35 I think 楼主 need to describe which kind of phenotype he is referring to,
some phenotype would actually disappear after several rounds of back cross
with
Sometimes |
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a********k
发帖数: 2273 | 36 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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m*****u
发帖数: 15526 | 37 分化的单核巨噬细胞，粒细胞很多是贴壁的。光吸出培养液根本收集不到这些细胞。96孔一个孔一个孔的彻底清洗，要累死。何况这样所有分化cell都mix在一起，镜子底下一个一个细胞形态辨别，计数。还得count 96孔的细胞，你自己想想有多少工作量。大的colony有几万个细胞也不稀奇.你说mutant集落形态会有变化不好认，不错，可是分散的单个细胞不是更难认？集落不好认，你可以挑出来做免疫染色或flowcytometry分析phenotype。一个一个分散的单个细胞你怎么分析phenotype？再怎么综合数据？
slide |
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f********s
发帖数: 115 | 38 en, 工作量的问题暂不考虑，因为挑单个集落来做免疫染色和flow的工作量跟我将一个
孔的细胞吸出来做染色和flow的工作量是一样的。我也不打算将所有的96个孔都吸出来
一个一个看。这不是重点。
我问这个问题的关键在于我不知道细胞分化本身在液体培养基和methylcult 培养基中
有没有差异，在所给的细胞因子都一样的情况下。也就是说全液体（细胞可以到处飘来
飘去）和半固体（对细胞有所支持，细胞不能飘来飘去）会导致细胞分化的程度不一样
吗？
你提到Mk和粒细胞会贴壁，是因为你做过液体培养而且看到过他们贴壁了是吗？谢谢你
提供这个信息，我会留心的。不知道你对于我上面提到的问题有没有更多的了解。谢谢！
96孔一个孔一个孔的彻底清洗，要累死。何况这样所有分化cell都mix在一起，镜子底
下一个一个细胞形态辨别，计数。还得count 96孔的细胞，你自己想想有多少工作量。
大的colony有几万个细胞也不稀奇.你说mutant集落形态会有变化不好认，不错，可是
分散的单个细胞不是更难认？集落不好认，你可以挑出来做免疫染色或flowcytometry
分析phenotype。一个一个分散的单... 阅读全帖 |
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A********2
发帖数: 107 | 39 智人的产生是不是必然的这个问题太大了，而且只能推测很难证实，模拟跟地球完全一
样的环境是不可能了，只能看什么时候能联系上外星人或者能从跟地球类似的星球发现
生命体。讨论哪个物种更高级需要一个评判标准，如果说适应极端环境的能力来说，微
生物显然要强一些，但是也不好说，因为人这个物种太特殊了，他们可以有意识的改变
自己所处的自然环境，大脑的进化显然是人这个物种产生的根本原因。我觉得人类的出
现既有偶然性也有必然性，因为在进化的过程中很多phenotype的出现是随机的，但是
智慧生物的出现是必然的(个人观点)，对于现在生活在地球上的人来说，大脑的进化可
能是直立行走的结果，但是也许还有其他的evolutionary pathways也可以促使大脑的
进化。
另外，mutation rate在某种特定情况下也是可以改变的，只要是有利于适应环境。比
如细菌在受到stress的时候会表达一些error prone polymerase，提高突变率，加速新
的适应环境的phenotype产生，当然这种提高是对整个genome，而不是特定的基因。 |
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s******a
发帖数: 472 | 40 http://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(11)00331
Fifty Years after Jacob and Monod: What Are the Unanswered Questions in Molecular Biology?
=====================================================================
Tomorrow's Molecular Biology
Marc W. Kirschner
Harvard University
Today, the term molecular biology has a rather prosaic sound. After all,
there is little in contemporary biology that isn't molecular. It's hard to
remember that 50 years ago, molecular biology was distinctly ... 阅读全帖 |
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a****d
发帖数: 1919 | 41 I guess you need more evidences to support this hypothesis. Does enhanced B
pathway photocopy the phenotype resulted from A treatment? Can you block the
phenotype resulted from A treatment through modulating other B pathway
components? |
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a****d
发帖数: 1919 | 42 Is it a ubiquitous expressed protein, or cell type specific?
knock down to check any loss of function phenotype? If you haven't done that
yet. The phenotype may give you some clue of this protein's binding
partners/associated pathways. |
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w*****n
发帖数: 107 | 43 can you clone by function/complementation?
if the gene mutation in a known species can lead to a phenotype, you can
prepare a cDNA library from your species, and then introduce your cDNA
library into the mutant to identify the cDNAs that can rescue the phenotype. |
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F******p
发帖数: 2099 | 44 如果你们的新asc-/-BMDM能重复已发表的phenotype,那人家的文章一半数据是正确的。
另外如果dock2是假象的话，为什么人家data显示dock2能rescue asc-/- phenotype? |
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S**********l
发帖数: 3835 | 45 那显然不是的。大部分gene都没有这个phenotype。
但是所有的实验都有这个漏洞，你没法证明只有knockout+此gene才会产生phenotype，
及双重干预。这个没办法的。这就是所谓的观察者必然对被观察者产生的影响（物理，
玄学都是搞这个的）。刘慈欣写的球状闪电讲的就是这个意思。不过你跟学生物的人讲
这个好比鸡同鸭讲。 |
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B******s
发帖数: 52 | 46 好吧，我再啰嗦一句
LZ 是计算数学出身的，难道就不应该看一看 elowitz的文章么
noise in biology 这个可以连接或者引出好几个问题specificity, phenotypic
switching, bistability, bacteria persistence, pattern formation, evolution..
... 也跟可能跟 network theory 有关，
这些算不算biological science的大问题，莫非synthetic biology 不用去理会这些问
题？ 只是一心build networks？ build networks 或者 做 single molecule
imaging 不用考虑 specificity 和 noise么 不用考虑phenotypic switching？
不用考虑 pattern formation么？ 那你做的是不是 synthetic biology？ 还是
仅仅是 hypothetical network study？
你能说 他不应该读一读这些pape... 阅读全帖 |
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B******s
发帖数: 52 | 47 好吧，我再啰嗦一句
LZ 是计算数学出身的，难道就不应该看一看 elowitz的文章么
noise in biology 这个可以连接或者引出好几个问题specificity, phenotypic
switching, bistability, bacteria persistence, pattern formation, evolution..
... 也跟可能跟 network theory 有关，
这些算不算biological science的大问题，莫非synthetic biology 不用去理会这些问
题？ 只是一心build networks？ build networks 或者 做 single molecule
imaging 不用考虑 specificity 和 noise么 不用考虑phenotypic switching？
不用考虑 pattern formation么？ 那你做的是不是 synthetic biology？ 还是
仅仅是 hypothetical network study？
你能说 他不应该读一读这些pape... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 48 我说的是用老鼠screen 的一般情况，不是说所有的。Bruce Beutler 还是比一般人聪
明了。至少他用TNF水平做表型，他screen 到的gene基本可以确定跟对LPS 的response
有关。 用老鼠screen 的，一般没有太好的办法，因为很难设计方法做selection，只
能brute force screen。好的genetic screen，并不一定说工作量很小，都是
selection, 那有点勉为其难。而是说得到的gene要有功能相关性，最好在一个pathway
，这才说明你的design 很tight, 对后续的研究而言，你也知道在什么方向上。不好的
genetic screen，比如很多人做ENU-induced mutagenesis，然后看老鼠是不是shaky，
等等，你找到的基因可能功能上差者十万八千里。这样做，和偶然发现spontaneous
mutation没什么区别，只不过在时间上更集中而已。所以，phenotypes are not
created equal。好的phenotype (或reporter) 是好的genetic scre... 阅读全帖 |
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T****i
发帖数: 15191 | 49 好的genetic screen，并不一定说工作量很小，都是
selection, 那有点勉为其难。而是说得到的gene要有功能相关性，最好在一个pathway
，这才说明你的design 很tight, 对后续的研究而言，你也知道在什么方向上。不好的
genetic screen，比如很多人做ENU-induced mutagenesis，然后看老鼠是不是shaky，
等等，你找到的基因可能功能上差者十万八千里。这样做，和偶然发现spontaneous
mutation没什么区别，只不过在时间上更集中而已。所以，phenotypes are not
created equal。好的phenotype (或reporter) 是好的genetic screen 的最重要要素
之一。 |
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g*****n
发帖数: 241 | 50 我的文章大体上是证明一个蛋白（A）down regulate另一个比较热门的tumor
suppressor (B)（之前没有报道过），先在线虫里面做，然后延伸到cancer cell line
里面也是一致。工作量不大，不是海量的数据。
总的来说就是线虫里面A的mutant里面见到B增加（western和immunostaining），然后B
的mutant可以suppress A的phenotype。还有过表达B也可以suppress由于过表达A造成
的相反的phenotype。在cancer cell line里面，过表达A的homolog，发现B的homolog
减少，siRNA knockdown A发现B增多。如果增加A上游的ligand，发现B显著减少，如果
knockdown A之后再增加同样的ligand就没有那么显著的效果。另外证明了A和B可以结
合，也narrow down了binding region （通过GST pull down，但不是co-IP）。还证明
了A可以磷酸化B （这里用的是人的homolog，因为线虫的A没有活性）。
基本结果就是这些了，A和... 阅读全帖 |
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