m********m
发帖数: 263 | 1 似乎PKM2在肿瘤中的作用并不是想象中的那么重要。现在再看看那些强调那些PKM2对肿
瘤至
关重要的文章，包括cell， nature， science， cancer cell， molecular cell，觉
得有些怪怪的了 |
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X******n
发帖数: 914 | 2 Lack of Evidence for PKM2 Protein Kinase Activity－Molecular Cell
Highlights
•PEP-dependent phosphorylation was assayed in cell lysates using
radioactive PEP
•Trace adenine nucleotides can confound PEP-dependent phosphorylation
assay results
•PEP-dependent phosphorylation is rare and is not dependent on PKM2
•We are unable to detect PKM2 protein kinase activity in a variety of
contexts
Summary
The role of pyruvate kinase M2 (PKM2) in cell proliferation is controversial
. A... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 3 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
了影响。
这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
代谢组这个概念。现在用GC/LC-MS进行代谢组的测定已经成为和microarray测转录一样
的技术了，肿瘤代谢的第二个重磅炸弹是Bert Vogelstein发现在glioma里有相当高比
例的ID... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 4 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
了影响。
这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
代谢组这个概念。现在用GC/LC-MS进行代谢组的测定已经成为和microarray测转录一样
的技术了，肿瘤代谢的第二个重磅炸弹是Bert Vogelstein发现在glioma里有相当高比
例的ID... 阅读全帖 |
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c*******4
发帖数: 7 | 5 一年4篇大作啊，好像postdoc才干了3年
让我们这样的千老情何以堪啊...
不懂这个领域，但还是想学习一下，看看怎么提高自己的效率，爬出这个坑
结果
我看了一眼，通篇的WB 和 chip 泡脚，昏过去了
有人读了这几篇Nature, Cell, Molecular Cell, NCB么？
能谈谈想法么？
ERK1/2-dependent phosphorylation and nuclear translocation of PKM2 promotes
the Warburg effect.
Yang W, Zheng Y, Xia Y, Ji H, Chen X, Guo F, Lyssiotis CA, Aldape K, Cantley
LC, Lu Z.
Nat Cell Biol. 2012 Nov 25. doi: 10.1038/ncb2629. [Epub ahead of print]
EGFR-Induced and PKCε Monoubiquitylation-Dependent NF-κB Activation
Upregulates PKM2 Expre... 阅读全帖 |
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j*b
发帖数: 341 | 6 读了一下文章， 有五篇文章做出过蛋白激酶活性（四篇老中一片老韩）
最先说PEP能当ATP用的，就是这篇文章的作者本人。
跟风跟到马蹄上了？？
PKM2 phosphorylates MLC2 and regulates cytokinesis of tumour cells. Nat
Commun. 2014
SAICAR induces protein kinase activity of PKM2 that is necessary for
sustained proliferative signaling of cancer cells.
Mol Cell. 2014
PKM2 regulates chromosome segregation and mitosis progression of tumor cells
. Mol Cell. 2014
PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell. 2012
Pyruvate kinase M2 reg... 阅读全帖 |
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l*******r
发帖数: 39279 | 7 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: zxt (Asoka & Akaba), 信区: Biology
标 题: Re: 大家说说Cancer cell metabolism吧，这个越来越火啊！
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 4 01:53:57 2012, 美东)
在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长... 阅读全帖 |
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m********m
发帖数: 263 | 8 warburg effect 提出有80多年了，但是直到cantley的PKM2的两篇nature文章出现，才
比较清楚
直接的为解释cancer cell内这一现象的是如何发生调控的提供了证据， 这可能是这两
篇文章最大的贡献之处了，他的后继的两篇science文章可能只是对PKM2的功能进一步
解析，个人认为不如这两篇nature。池外，另外两个组的两篇Cell和nature，以及一篇
MC发现
PKM2
具有激酶活性而参与基因转录调控不失为让人们对代谢酶的功能有了更新的认识。 |
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m********m
发帖数: 263 | 9 warburg effect 提出有80多年了，但是直到cantley的PKM2的两篇nature文章出现，才
比较清楚
直接的为解释cancer cell内这一现象的是如何发生调控的提供了证据， 这可能是这两
篇文章最大的贡献之处了，他的后继的两篇science文章可能只是对PKM2的功能进一步
解析，个人认为不如这两篇nature。池外，另外两个组的两篇Cell和nature，以及一篇
MC发现
PKM2
具有激酶活性而参与基因转录调控不失为让人们对代谢酶的功能有了更新的认识。 |
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b*****u
发帖数: 75 | 10 Can't agree with you more. Just look at LC's PKM2 nature papers, although
you can argue that the discoveries are super revolutionary, the amount or
quality of data is so .... The subtle difference on cell proliferation can
only observed under low oxygen culturing conditions. The xenograft data seem
also shaking. Btw, Agios might have already gave up PKM2.
"Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入"!!! |
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b*****u
发帖数: 75 | 11 Can't agree with you more. Just look at LC's PKM2 nature papers, although
you can argue that the discoveries are super revolutionary, the amount or
quality of data is so .... The subtle difference on cell proliferation can
only observed under low oxygen culturing conditions. The xenograft data seem
also shaking. Btw, Agios might have already gave up PKM2.
"Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入"!!! |
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S**********e
发帖数: 1789 | 12 Tony Hunter的博后，独立以后表现很不错。
Yang W, Xia Y, Hawke D, Li X, Liang J, Aldape K, Hunter T, Yung WK, and Lu Z
. PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell 150(4):685-696,
Ji H, Ding Z, Hawake D, Jiang B, Mills G, Lu Z. AKT-dependent
Phosphorylation of Niban Regulates Nucleophosmin- and MDM2-Mediated p53
Stability and Cell Apoptosis. EMBO Reports 13(6):554-60,
Yang W, Xia X, Zheng Y, Liang J, Huang W, Gao X, Aldape K, Lu Z. Nuclear
PKM2 regulates beta-catenin ... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 13 最早作者就参与了PKM2的kinase activity的那一片nature文章
开会时见到一个PI感叹到PKM2这个东西挺好可惜被人做烂了。。。
cells |
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a*******a
发帖数: 4233 | 14 那个是孤儿药吧。。不知能有多大的市场。
肿瘤代谢风险很高，他们另一个靶点pkm2折腾了几年最后发现全是假的。。。
我以前做过一点idh, 这个靶点的问题是突变太少，只有血液病和胶质瘤里面有，好像
从目前来看在胶质瘤方面没什么进展。。
总之我觉得现在再入就像250入特斯拉，很难说后市如何呀。。 |
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z*t
发帖数: 863 | 15 pk defiency还是挺prevalent的，不过不少人没有很强的症状
pkm2那个就不提了...
idh这个靶点还有个问题是其实idh mut 对化疗药物的response更好，好多人发现现成
的commerical compound对idh mut都是有作用的。。。 |
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b******3
发帖数: 377 | 16 就一个Lewis C. Cantley挤牙膏挤牙膏一样，做一点发一点，其他人就旁边看，或者跟
着挂点文章。除了PI3K和新发现的PKM2就没啥了哇，将来怎么也就是很有限的几条
pathway有待发现，这是怎么回事？全都是临床的？ |
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K******S
发帖数: 10109 | 17 ft........
it's more complicated than just PI3K and PKM2,
Check out Hanahan & Weinberg's "hallmarks of cancer" review on CELL, yr 2000 |
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S*********s
发帖数: 304 | 18 Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
Tak Mak-IDH1及一堆
Lewis Cantely -PKM2
Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
还有一些
原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
，New PI会很困难。 |
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S*********s
发帖数: 304 | 19 Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
Tak Mak-IDH1及一堆
Lewis Cantely -PKM2
Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
还有一些
原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
，New PI会很困难。 |
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j*b
发帖数: 341 | 20 这个PKM2和肿瘤代谢的关系已经知道很久了，这两篇还不是原创贴。
cantley还可以发nature，能不能解释一下？
Anticancer Res. 2003 Mar-Apr;23(2A):1155-8.
Tumor marker pyruvate kinase type tumor M2 in patients suffering from
diabetic nephropathy.
Oremek GM, Rutner F, Sapoutzis N, Sauer-Eppel H.
Source
Central Laboratory, Hospital of the Johann Wolfgang Goethe-University,
Frankfurt/Main, Germany.
Abstract
INTRODUCTION:
Compared to normal tissues all tumors investigated so far and especially
those with a metastatic potential overexpress an isoenzy... 阅读全帖 |
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m********m
发帖数: 263 | 21 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
是它在cancer治疗
中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
得研究，估计他离nobel奖不远了
seem |
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l*******e
发帖数: 170 | 22 我的感觉是大牛们对oncogene/tumor suppressor gene的研究进入瓶颈了，太多了，各
种组合就更多，再加上不同的遗传背景表型会更多，还有epigenetic lesion，miRNA
dysregulation，各种组合不计其数了。Mak上次说造成cancer的原因比天上的星星多，
>10 billion。所以这捆人现在希望不同来源的癌细胞有类似的对代谢途径的重新利用
，从而做到一个治疗方案通杀所有癌细胞。但Mak被问到是否不同的癌细胞对代谢通路
的改变也是千变万化的时候，他没有回答的很明确，有点儿虚。所以如果抓住IDH1/2和
PKM2不放就又回到从前的老路上去了。癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是
相对homogenous决定了这个领域是否有前途。Angio前途非常不明朗，Cantley的实验室
现在也是四面出击，一点不focus。 |
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j*b
发帖数: 341 | 23 这个PKM2和肿瘤代谢的关系已经知道很久了，这两篇还不是原创贴。
cantley还可以发nature，能不能解释一下？
Anticancer Res. 2003 Mar-Apr;23(2A):1155-8.
Tumor marker pyruvate kinase type tumor M2 in patients suffering from
diabetic nephropathy.
Oremek GM, Rutner F, Sapoutzis N, Sauer-Eppel H.
Source
Central Laboratory, Hospital of the Johann Wolfgang Goethe-University,
Frankfurt/Main, Germany.
Abstract
INTRODUCTION:
Compared to normal tissues all tumors investigated so far and especially
those with a metastatic potential overexpress an isoenzy... 阅读全帖 |
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m********m
发帖数: 263 | 24 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
是它在cancer治疗
中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
得研究，估计他离nobel奖不远了
seem |
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l*******e
发帖数: 170 | 25 我的感觉是大牛们对oncogene/tumor suppressor gene的研究进入瓶颈了，太多了，各
种组合就更多，再加上不同的遗传背景表型会更多，还有epigenetic lesion，miRNA
dysregulation，各种组合不计其数了。Mak上次说造成cancer的原因比天上的星星多，
>10 billion。所以这捆人现在希望不同来源的癌细胞有类似的对代谢途径的重新利用
，从而做到一个治疗方案通杀所有癌细胞。但Mak被问到是否不同的癌细胞对代谢通路
的改变也是千变万化的时候，他没有回答的很明确，有点儿虚。所以如果抓住IDH1/2和
PKM2不放就又回到从前的老路上去了。癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是
相对homogenous决定了这个领域是否有前途。Angio前途非常不明朗，Cantley的实验室
现在也是四面出击，一点不focus。 |
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r******k
发帖数: 446 | 26 大牛再讲讲matt vander heiden。 好像他的paper说pkm2 is not that important as
heather said |
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C********4
发帖数: 308 | 27 PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell
这篇文章中用到knock down组蛋白Histone H3，能kd得干干净净，再把mutant H3导回
去，用western检测。这是非常牛逼，天下第一的技术，全世界只有这个实验室能做到
。哈哈哈哈。 |
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b***s
发帖数: 14 | 28 看来真的成了superstar 了，又一片Nature cell biology出炉了。不知道进他实验室
的博后要什么条件呢？
http://www.nature.com/ncb/journal/vaop/ncurrent/full/ncb2629.ht
ERK1/2-dependent phosphorylation and nuclear translocation of PKM2 promotes
the Warburg effect
Weiwei Yang,
Yanhua Zheng,
Yan Xia,
Haitao Ji,
Xiaomin Chen,
Fang Guo,
Costas A. Lyssiotis,
Kenneth Aldape,
Lewis C. Cantley
& Zhimin Lu
Z
480 |
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b***s
发帖数: 14 | 29 刚看了新星 Zhimin Lu 的两篇CNS paper
Yang W, Xia Y, Hawke D, Li X, Liang J, Aldape K, Hunter T, Yung WK, and Lu Z
PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell 150(4):685-696,
发现几个感兴趣的重要在抗体都从 http://swbio.com/
Signalway Biotechnology 买的，从没听说过这个公司，google一下，发现Signalway
Biotechnology LLC has a location in Pearland, TX. Active officers include
Zhimin Lu and Ji Wang.
有人用过他们的抗体吗，想买试一下，谢谢。 |
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z*t
发帖数: 863 | 30 corresponding author是独立时间不长的PI
现在很多人还想waburg effect除了PKM2之外的机制，这篇文章就是一个例子 |
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b*******r
发帖数: 18 | 31 多谢
博后的日子真是不好过，一步走错了，就很难翻盘。每天为此事纠结，觉得每天都在浪
费自己的生命。
私下有两个课题，一个和nuclear receptor相关，发现一个kinase是它相互作用蛋白，
没有深入的验证，一个是PKM2通过分析结构有一个hypothesis。大家有推荐的实验室吗？
联系了做相关东西的实验室，有回信的就是实验室满了，不招人。 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 34 agios早就不做这个了。
大概一年前版上讨论过一次 |
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j********r
发帖数: 156 | 35 这样的文章为啥上cell, 就因为住他们家隔壁？fig.1 竟然是knockout的模式图。cell
的水文越来越多，前段时间那个虫子里面做的negative data也包装的像摸像样上cell。 |
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z********i
发帖数: 610 | 36 不知道James的文章还能否出现在这些杂志上？ |
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r******k
发帖数: 446 | 37 我靠 这样都能发！？！？！？原来我对PKM2特别感兴趣 但是后来觉得这个蛋白太
complicated； |
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O**********a
发帖数: 317 | 38 嗯。
PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell.
Fig 3A 这要能是真的，11公就能得奖。 |
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z********i
发帖数: 610 | 39 范的老婆也很厉害，别人的工作他只是参与了，就敢和老板要并列一作。
浙大老冯因为FAN的事情估计也不爽。管和熊的关系很好，但是浙大还是老冯说了算。
PKM2的杨本来要去浙大的，后来去了上海，估计老冯心里偷着乐了，不然又招了一个有
争议的人。 |
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O**********a
发帖数: 317 | 40 杨某的PKM2文章是假的，我早在3年前在版上就说过了。今年也有一篇Mol Cell撕逼。 |
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z********i
发帖数: 610 | 41 范的老婆也很厉害，别人的工作他只是参与了，就敢和老板要并列一作。
浙大老冯因为FAN的事情估计也不爽。管和熊的关系很好，但是浙大还是老冯说了算。
PKM2的杨本来要去浙大的，后来去了上海，估计老冯心里偷着乐了，不然又招了一个有
争议的人。 |
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O**********a
发帖数: 317 | 42 杨某的PKM2文章是假的，我早在3年前在版上就说过了。今年也有一篇Mol Cell撕逼。 |
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O**********a
发帖数: 317 | 43 Yang, W., Xia, Y., Hawke, D., Li, X., Liang, J., Xing, D., Aldape, K.,
Hunter, T., Yung, W., Lu, Z. PKM2 phosphorylates Histone H3 and promotes
gene transcription and tumorigenesis. Cell. 2012 Aug 17;150(4):685-96.
呵呵。这个烂人居然去了上海生化所。 |
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O********4
发帖数: 113 | 44 histone mRNA在细胞周期里起伏很大，native mRNA 在S期前大量合成但在S期后被很
快降解，所以这类不稳定的mRNA 用RNAi KD 效果不好。
这类PKM 本来是催化小分子的膦酸化，但nuclear PKM2 进了核就成了protein kinase
来听上去比较神奇，不知道人们是否认为这个结果不靠谱。 |
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K**4
发帖数: 1015 | 45 Indeed PKM2 is a small molecule kinase, and its catalytic site can not
accumulate a protein like a protein kinase. This is very likely another
faked Cell paper.
molecule |
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w***7
发帖数: 1637 | 47 呵呵, 你真有种.
发信人: OwlofMinerva (密涅瓦的猫头鹰), 信区: Biology
标 题: 杨巍维@上海生化所
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Sep 19 23:36:18 2015, 美东)
Yang, W., Xia, Y., Hawke, D., Li, X., Liang, J., Xing, D., Aldape, K.,
Hunter, T., Yung, W., Lu, Z. PKM2 phosphorylates Histone H3 and promotes
gene transcription and tumorigenesis. Cell. 2012 Aug 17;150(4):685-96.
呵呵。这个烂人居然去了上海生化所。 |
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