由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: plosone
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w******e
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1
有没有人有兴趣看看这篇paper:
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0015004
Aptamer-Based Multiplexed Proteomic Technology for Biomarker Discovery
作者号称能同时检测800多protein。。。到现在已经有3、4篇paper发出来了。不过
proteomic assay该算是holy grail级的目标吧?难道真就历史终结了?
我对这个领域不熟悉,想跟达人们请教下paper的data有没有什么漏洞,以及
现有的antibody array技术达到什么层次。
G***y
发帖数: 1082
2
来自主题: Biology版 - 有关狗狗尿尿想到的
不是做这个的.不过嗅觉受体基因是一个很大的家族,灵长类动物里基因数总体来说比别
的哺乳动物少很多(~500 vs ~1000),导致嗅觉敏感度下降.有一个假说说嗅觉受体基因
的减少和视觉基因在灵长类中的发展有关系.对进化感兴趣的话可以看看这个:
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.00
c*********r
发帖数: 1312
3
来自主题: Biology版 - 攒人品!分享PLASMID大提经验
经常看到有人问大提质粒的问题。我没什么经验,但以前看到过这篇文章,有关大提的
新方法,希望有所帮助。
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
s*********y
发帖数: 387
h***l
发帖数: 168
5
来自主题: Biology版 - plos one
google scholar 的新功能:
block all plosone.org results
j*****d
发帖数: 787
6
在市场开拓上,science 在学cell, cell 在学nature, nature其实在学plosOne.
不过总体上,英国佬的市场开拓能力最给力。已经有两个老牌杂志的编辑部搬到上海和
北京了。
w******e
发帖数: 1187
d*******s
发帖数: 61
8
看过该网站回复人的帖子后,发现原来造假问题是异常严重的:WB里面,GAPDH的一张
图片被反复用在多个图中;而且在他们后来发表的其它 8 篇论文中,还存在相同的问
题!这是很明显的蓄意作假了。这些论文在下面用黑体标明:
7 Responses:
Well that was easy….In the v282#17p12363 paper, look at the GAPDH bands in
Figure 3A. Now go back to Figure 2C and look at the GAPDH bands. Lanes 4-5-6
are the same. They duplicated the blot.In the v283#29p20045 paper, Fig 3A
right panel GAPDH blot contains the same 2 bands as Fig. 5D.So, the “
mistake” appears to involve using the same GAPDH blot for different
experiments. ... 阅读全帖
c*********n
发帖数: 86
9
来自主题: Biology版 - plosone 审了一个月要换新editor
说原来同意干的editor 突然不干了,大家有没有类似的经验?谢谢
b**********8
发帖数: 349
10
来自主题: Biology版 - plosone 审了一个月要换新editor
到底是editor还是reviewer?
c*********n
发帖数: 86
11
来自主题: Biology版 - plosone 审了一个月要换新editor
Editor不干了
j*****d
发帖数: 787
12
来自主题: Biology版 - 最近非常郁闷
PlosOne不是那个最神奇的杂志么
你还是忘不掉传统老杂志啊
你解释不清楚B
可信度就很低
他们就有可能不买账的

★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器
s******y
发帖数: 28562
13
来自主题: Biology版 - 最近非常郁闷
不至于发到那里吧。而且在我们的经验看来,发到那里有时候有反作用。
我们去年有一个数据因为老鼠系的原因觉得数据不好看,所以懒得去传统杂志
fight,就直接发到PLoS ONE 去了,
结果就因为这个,在申请资金的时候居然被拿出来被说事了,老板恨不得把那片文章从
PLoSONE 里抠出来。
i******n
发帖数: 181
14
来自主题: Biology版 - post doc选择求助
文章的话
1)有1篇CNS,不少JBC,还有10分左右的文章。
2)最好development cell,其他还有development,plosOne的居多
3)新PI,独立后发表1篇文章,12分左右。
没有牛人,有也不就结了。T_T
m******i
发帖数: 73
15
请问有没有公司的商业化芯片?
或者哪个公司能提供测序的服务?
另外您说的NGS建库指的什么? 我最简单的理解是测了序列之后,
和数据库比对, 就可以知道哪些变化了,请继续科普.
多谢多谢.
另外,我找到了一片相关的
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
G***7
发帖数: 28
16
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
By the way, I used to work on a bZIP transcription factor in maize. Good
luck with your research!
l**********1
发帖数: 5204
l**********1
发帖数: 5204
18
来自主题: Biology版 - 困惑的#3 reviewer
发考题的评审委员们看PNAS direct sub 的论文篇数 A 3 B PlosOne 3
的话 PolsOne 的B还得继续当千老 A→AP/PI
回复]
[ 21 ]
发信人: peoplem (我爱我家), 信区: Biology
标 题: Re: PNAS 被交大列为超一流期刊?
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 25 22:03:10 2012, 美东)
plos one在JCR里不是multidisciplanary journal。
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31638851_0_2.html
l**********1
发帖数: 5204
19
Please go to
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31643495.html
then you can find
Plos ONE
//www.plosone.org/home.action
already did that kind of thing in some aspect.

CNS
h********n
发帖数: 4079
20
有些科学家认为, 那些"single word journal"高据稿率是不正常的结果. 应该鼓励大
家更容易的发表, 推动免费阅读, 所以才有了PlosOne和其它一些杂志. Harold Varmus
就是这些杂志最初的创办者之一(虽然他不是首任主编).
l**********1
发帖数: 5204
21
author/s pay USDollar to PlosOne dot com for his/her/their manuscript publishing
of course some of those manuscripts belong to 泥沙俱下 contents.
l**********1
发帖数: 5204
22
来自主题: Biology版 - 如何算P value?
then please try
Image Master 2D Platinum v7.0 software link:
//www.gelifesciences.com/aptrix/upp00919.nsf/Content/
D6BE68BE61F2C8D0C1257628001D4D88/$file/28937912AB.pdf
Manual Book link:
//www.gelifesciences.com/aptrix/upp00919.nsf/Content/9C0FF92935CD327DC1257628001D4D9B/$file/
28938102AA.pdf
Reference:
2D image analysis p-values were calculated by the Image Master 2D
Platinum v7.0 software
paper link:
//www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0022810
K******S
发帖数: 10109
23
【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: Coho (Coho), 信区: Joke
标 题: 科学论文:粉木耳最受欢迎
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 28 16:25:56 2012, 美东)
发信人: TravisBickle (Travis), 信区: Military
标 题: 科学论文:粉木耳最受欢迎
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 28 16:22:01 2012, 美东)
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
Abstract
We found a relative preference for pinker genital images with redder
genitalia rated significantly less sexually attractive. This effect was
independent of raters' prior sexual experience and variation in fem... 阅读全帖
a****d
发帖数: 1919
24
PLOS one article
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.00
Science PhD Career Preferences: Levels, Changes, and Advisor Encouragement
Abstract
Even though academic research is often viewed as the preferred career path
for PhD trained scientists, most U.S. graduates enter careers in industry,
government, or “alternative careers.” There has been a growing concern
that these career patterns reflect fundamental imbalances between the supply
of scientists seeking academic positi... 阅读全帖
y**********n
发帖数: 478
25
来自主题: Biology版 - 诺奖得主也往 PloS One 发文章呀
For PLoS ONE the publication fee is US$1350. Authors who are affiliated with
one of our Institutional Members are eligible for a discount on this fee.
http://www.plosone.org/static/information.action
M*P
发帖数: 6456
26
来自主题: Biology版 - 关于生物学研究中的假说问题
他手下自然不在乎发plosone
l**********1
发帖数: 5204
27
具体原论文的web link:
//www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0014270
//news.sciencenet.cn/htmlnews/2011/3/244526.shtm
Sun Bin CV link:
//sourcedb.cas.cn/sourcedb_sibs_cas/zw/rck/200906/t20090629_1856135.html
and relative academic activities:
//www.csi-cams.org.cn/Article_Show.asp?ArticleID=955
//www.csi-cams.org.cn/Article_Show.asp?ArticleID=959
y******8
发帖数: 1764
28
来自主题: Biology版 - 写给Nature主编的抗议信
How about publish a paper on PlosOne as rebuttal for the NATURE news.
We can donate the money for publication fee.

not
D*a
发帖数: 6830
29
来自主题: Biology版 - 女人为什么月经?
安全期可以换肉吃啊。。。
Wild Chimpanzees Exchange Meat for Sex on a Long-Term Basis
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.00
c*********r
发帖数: 1312
30
分类学上海星海胆等棘皮动物都是被归在两侧对称动物里的,已研究的棘皮动物在胚胎
和幼虫上都是两侧对称的。只是在metamorphosis时,只有一侧发育为成体,另外一侧
被吸收了。
成体也表现出两侧对称的性状。
比如这两个例子:
http://web.eps.utk.edu/~faculty/sumrall/research2.html
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
和海星同属棘皮动物的sand dollar等,虽然也是有“五辐射对称”,但是也有明显的
两侧对称的痕迹,看它们的骨骼最为明显:
http://goo.gl/Jjr9Q
而且严格意义上说这些例子都是两侧对称的,但并不都是五辐射对称的。
h**********r
发帖数: 671
31
做微生物的苦逼贡献一个Harvard的Silver的例子哈
Engineering Cyanobacteria To Synthesize and Export Hydrophilic Products
http://aem.asm.org/content/76/11/3462.abstract
先在这篇AEM里让cyanobacteria能光合合成并且secret葡萄糖
然后转进zebrafish,称其为绿色皮肤/
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
http://www.popsci.com/science/article/2010-05/injection-cyanoba
其实cyanobacteria的metabolic engineering/synthetic biology做的挺多的,像
fatty acid的secretion。
文章本身不复杂,还是有意思。
K****n
发帖数: 5970
32
外行两问。。。虽然我也是neuroscience phd
事情是这样的,我同事的小孩有Angel Syndrome (AS),她问我以下这篇paper是否说
明小孩可以治愈了。。。
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.00
我其实非常没有做过细胞和分子实验。。。看了看这篇plos one
我以前不知道AS原来基本不影响发育,这么说来如果孩子小的时候用化学方法或许是可
治的
不过我一直不太了解往人体里inject vector到底搞成了没有,像这种老鼠实验有可能
在人身上试么?
虽然这个corresponding author看起来不太靠谱,但是我看这research里的transgenic
mouse是一个转搞AS的组做的:
http://www.dibs.duke.edu/research/profiles/12-yong-hui-jiang
此大哥靠谱么。。我是不是应该发个信问问?
y***j
发帖数: 11235
33
做的东西难度非常大,5年了,还没有一作出来,但是committee说工作量很impressive
,让毕业了,开始发愁找后狗问题了。
想了想手上可能能发的东西
1.一个method的小paper,这个已经写完准备submit了。
2.折腾几年,得最大的实验还没拿到最终结果,快了,如果成了最好情况能到immunity
,差了估计JI可以的,但是如果不成,估计屁都发不出来。
3.一个实验中偶然发现,plosONE?但是不确定,老板不是很支持。
4.另外一个method的paper,因为应用面很有限,不知道能发不。
所以,很大可能就裸体毕业或者1篇小屁paper毕业了。老板在业内还算有名,自己感觉
也挺喜欢我,应该能给比较strong的推荐信。这种情况下想想自己的情况,也就是老板
推荐信可能算是稍微能闪亮的地方了。但是,种种迹象表明推荐信没用?是决定要人了
,对方老板才要个推荐信看看,这个人没有人品问题就好?
另外我做传统的wet的immunology,但是对数据分析,计算什么的比较感兴趣,也修过相
关的课程,会不会对找后狗有帮助。
另外,如果想找做计算的后狗,难度有多大?
x*****a
发帖数: 972
34
来自主题: Biology版 - PLOS ONE发表的劝退文章
有图有真相
Abstract:PhD越读越不想干science
Sauermann H, Roach M (2012) Science PhD Career Preferences: Levels, Changes,
and Advisor Encouragement. PLoS ONE 7(5): e36307. doi:10.1371/journal.pone.
0036307
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.00
l**********1
发帖数: 5204
35
那是probe的名称 Affymetrix microarray 用的
对应的是 gene 'SLC6A4'的CapG sites microarray
ps: 其它从未peer review journal published CapG probe 和Human Genome Gene的
对应
需要付费的
询问 Affymetrix dot com
web link:
http://www.affymetrix.com/estore/
References:
a)
xls table web link:
http://www.plosone.org/article/fetchSingleRepresentation.action
b)
UCSC Genome Browser web link:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=chr17:28523378
c)
HUGO/HUNC Human Genome Gene Nomeclature Committee
用 'SLC6A4' 一搜 就啥都有了
ht... 阅读全帖
i**y
发帖数: 71
36
If your paper is substantial enough, you should try Science. Otherwise you'
ll probably have to go for the fast tracks like PlosOne. Think about the
examples of the controversial RNA editing paper and brain imprinting paper (
both in Science). The re-analyses were published in Plos Genetics and Plos
One, if I remember correctly.

highlight
r*****t
发帖数: 4793
37
来自主题: Biology版 - 1Science2Cell vs Plos One
反方才一片PLOSONE,似乎还不成气候嘛
r*****t
发帖数: 4793
38
来自主题: Biology版 - 1Science2Cell vs Plos One
反方才一片PLOSONE,似乎还不成气候嘛
C***2
发帖数: 62
39
来自主题: Biology版 - IRES or 2A, 两难。。。
several articles use 2A peptide as linker to generate transgenic animals,
so, I think that 2A can not induce immune response. Please refer the
following papers.
http://www.biomedcentral.com/1741-7007/6/40
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.00

nuclear
2A
响。
d****d
发帖数: 214
40
来自主题: Biology版 - 请教一个P2A linker的问题
The difference might be due to different constructs were used for testing.
In this plosOne paper, the coding sequences of two fluorescent proteins are
linked by different 2A sequences. In my experiment, the coding sequences of
a membrane protein and a fluorescent protein were linked by different 2A
sequences. So it is possible that even the same 2A can function differently
in the context of different constructs.
w********m
发帖数: 1137
41
都说文章是科研的硬通货。今天偶尔看了一下PLOS one。尼玛,2012年已经发了11万多篇
文章(对,你没看错),平均每天300篇文章以上。
http://www.plosone.org/article/browse.action?field=subject&sele
这样的经营模式靠自引竟然还达到影响因子4.0以上,这让搞物理,化学还有其他领域
的搞科研的老千们情何以堪。据说现在国内的搞生物的研究生没有一两篇PLOS one都没
脸见人了。
开这种垃圾网站的PLOS 靠一个杂志年入1亿刀,成本基本为零,简直比印钞票还赚
钱。看来开open access的生物杂志是下一波风投的重点了。
h******y
发帖数: 351
42
来自主题: Biology版 - 请推荐个大抽的protocol
I have used the protocol in this paper. It worked really well.
http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.00
A Rapid and Economic In-House DNA Purification Method Using Glass Syringe Fi
lters

protocol
A******y
发帖数: 2041
43
来自主题: Biology版 - Alice Ting也撤稿了啊 。。。
Sorry about the noise, here is the modified BLINC
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.p
F*Q
发帖数: 3259
44
来自主题: Biology版 - 这种信要回么?
好文章真的不在乎是eLife还是CNS,不过还是要和PlosOne等区分开来的。
b******k
发帖数: 2321
45
来自主题: Biology版 - 这种信要回么?
还是有点区别的。。如果elife最终的结局是PlosOne,或者J Biol。。
F*Q
发帖数: 3259
46
来自主题: Biology版 - 这种信要回么?
那你是过虑了,看看editorial board,eLife也不至于堕落到PloSOne吧。主编怎么也
是PNAS主编转过来的,保持PNAS级别应该不会有什么问题吧。
H*******i
发帖数: 196
47
来自主题: Biology版 - 问个cloning 的问题
LS的不就是CPEC么 和09年写的http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0006441有什么不同?
哦 有点不同,多PCR了几个循环,产物弥散状
反正我两片段PCR连接 P出弥散的或者正好质粒大小都挺常见的。
s******9
发帖数: 283
48
来自主题: Biology版 - Obama unveils brain mapping project
Church两年前提出,把single neuron的activity转化成DNA序列储存于细胞里(前瞻性
的工作http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0043876),然后利用in situ sequencing在组织切片里面原位读取储存的信息。他认为大脑产生的数据量也就只有NGS这样通量才方便读取。
b******k
发帖数: 2321
49
FYI: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0055864
我觉得这东西上临床的话其实就是你说的这个问题,得有人去做大量的比较看看和现有
方法和数据吻合度有多大的问题,是个辛苦的groundtruthing的干活。
o******n
发帖数: 511
50
这两段DNA编码的蛋白有一个残基的区别,假设它们叫A和B。我要在同一种细菌里表达A
或者B,然后把表达A或者B的细菌混合在一起长,最后我需要想办法区分表达A和B的DNA
,也就是这两段只有一个碱基不同的DNA。
我查过,能切其中一种DNA的内切酶有两种没得卖,有一种切的位点太多。我刚刚想到
能否
PCR个很短的片段出来,避开这种酶其它的位点,不过我还不知道很短的PCR好不好做。
我得满足以下条件:
1. 我不能加tag,因为之前的实验没有加tag;
2. 我不能拿去next-gen sequencing;
3. 我们是分子实验室,没有跑蛋白胶的器材;
4. 补充下,还得能至少半定量,就是能看出来两段DNA的大致比例。
我知道DGGE/TGGE可以,但要跑胶;我找到这篇文章,http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0055154,好像更麻烦。wiki的页面上提到鉴定SNP用的办法好像都要跑胶或者做质谱。
还有什么办法吗?
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