j*****y
发帖数: 94 | 1 我的蛋白是个homodimer，蛋白的结晶已经作出来了。dimer interface is formed by
3 helixes from each
protomer，但是两个protomer 不是像手掌对手掌那样的完全对称interact, 而是两个
protomer之间交叉对称 ，i have
tried a bunch of single-site, double and quadruple mutations to try to
disrupt the dimer but failed. 因为
protomer不是整个helix在interact, 而是有一定角度的，所以不知道为什么两个
protomer之间的作用力会这么强。我们用
的是glycerol gradient sedimentation analysis 来确定 s value， 我试过用没有
salt 的 gradient, 结果蛋白变成了
tetramer; 在高浓度salt gradient 下，仍然是dimer.
我曾经想过能不能在helix 和 helix 之间的loop 那儿插入一小段peptide |
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g****r
发帖数: 14 | 2 In my opinion, there are still so many unknow questions concerning
protein/expression, sometimes a true understanding of a process can often
bring out a new field in biology - there are so many fishes in the sea of
biology ...
So, on the one hand, people will use net (such as the protomics), on
the other hand, some of us will still enjoy fishing... |
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B********6
发帖数: 43 | 3 用的是C. elegans
开始我是在NCBI 上找的，给的pqn-46 gene's sequence 是 complement 6941825-
6944674. 可是因为有个字：complement, 我就不知道该如何算pqn-46's promoter
sequence的长度了。pqn-46's upstream gene is F57B9.3, from 6940113-6941672.
请懂得大侠相助，有包子答谢！ |
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m******e
发帖数: 7 | 4 我们最近研究一个丝氨酸蛋白酶，它是以多聚体的形式发挥活性。我们突变了一个位于
两个亚基（protomer）界面的氨基酸，发现这个蛋白酶的活力提高了（Vmax提高了，Km
降低了），我们推测这个突变稳定了这个酶的活性构象，但不知道这个“稳定”可以用
什么样的实验具体证明。请有这方面经验的生化牛牛不吝赐教。多谢！ |
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q*********a
发帖数: 300 | 5 看到不少core facility招bioinformatics,bio-imaging,flow cytometry,protomics,
immunohistochemistry等senior specialist 或 staff scientist,待遇和工作的稳定
性应该比千老要好不少，熟练工不容易被取代，压力也没那么大，就不知道有没有什么
前途？以及身份问题好不好解决？ |
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G***G
发帖数: 16778 | 6 在蛋质谱分析中，什么图是
"higher resolution views of the primary proteomic data"？
请指出这是要求补充什么图？
1个包子，小小谢意。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 8 我不是专家，但是看来对方就是想看看你的质谱的高分辨原图吧？ |
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G***G
发帖数: 16778 | 9 我有一个raw文件，这个文件有一个总图（图中xaxis是time，yaxis是relative
abundance）图中每一个x点对应一个scan。
每一个scan对应一个图（xasix是m/z，yaxis是relative abundance）
另外，经过蛋白质identification后，每个识别出的peptide还有一个图
（xasis是m/z, yaxis 是relative abundance）
有很多scan，很多识别出的peptide，
请问，这个reviewer的意思是让我添加什么高分率原图？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 10 应该是指没有加工和剪切过的质谱的 M/Z 图。除了你感兴趣的产物，还要显示整个大图 |
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W***o
发帖数: 6519 | 11 they want to see your RAW data file, this file can tell you lots of
information such as CID, fragmentation, signal-noise, signal intensities,
etc. I would use XCalibur to make series of figures to show the CID, signal-
noise ratio and intensities. |
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K******S
发帖数: 10109 | 12 TIC is meaningless. You can probably ignore your 1st figure.
2nd figure (sounds like MS1), you need to zoom in the area where you detect
the intact peptides, for high resolution data, you need to show all the
isotopic peaks and at least 4 decimals of m/z, such as 1000.0000 (assuming
you use high resolution instrument)
3rd figure you mentioned sounds like MS2 spectra, did you label the
fragments? |
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n******0
发帖数: 298 | 14 The outcome is Cancer vs. Normal
The explanatory varibles are four protomics peaks
The following is the results:
Analysis of Maximum Likelihood Estimates
Standard Wald
Parameter DF Estimate Error Chi-Square Pr >ChiSq
Intercept 1 -1.7465 1.4500 1.4509 0.2284
c14 1 -2.4761 0.8573 8.3430 0.0039
c25 1 7.7777 2.4119 10.3987 0.0013
c46 |
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