v***e
发帖数: 48 | 1 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: vegue (vegue), 信区: Chemistry
标 题: *.ent文件蛋白结构用PyMol怎么打不开？
关键字: pymol pdb
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Mar 23 23:48:32 2014, 美东)
前几天在www.ebi.ac.uk找的一个蛋白晶体结构*.ent，用PyMol打不开，提示:
"ImportError: cannot import name space_group_map
Error: unable to initialize plugin 'map_gen'."
该怎么解决？
同样的结构在www.rcsb.org上也可以找到，不过是*.gz，用pymol可以正常打开。 |
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y*****w
发帖数: 146 | 2 我现在得到一个mutant，我想在原来native的structure 的 active sites 中把
mutation展示出来，同时保留原来native 的residue （就是做一个residue 的
mutagenesis and overlay)。请问大家知道是怎么做的嘛？
我知道Pymol 中有mutagenesis function， 但是这个function就是直接把原来的
residue替代了，我还想把原来的residue保留，这样可以看到一些比较。
因为是pymol的初级使用者，十分感谢大家的帮忙！ |
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v***e
发帖数: 48 | 3 前几天在www.ebi.ac.uk找的一个蛋白晶体结构*.ent，用PyMol打不开，提示:
"ImportError: cannot import name space_group_map
Error: unable to initialize plugin 'map_gen'."
该怎么解决？
同样的结构在www.rcsb.org上也可以找到，不过是*.gz，用pymol可以正常打开。 |
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H****s
发帖数: 301 | 4 我想做个movie，放在报告中吸引点眼球。在Windows PC环境下有没有比较简单易懂的
教程推荐一下？
因为我不懂script语言，所以最好是只点鼠标就能解决的。另外，我的Pymol版本是v0.
99。eMovie我也装上了，整了一个晚上也没有弄明白。做了个1分钟的电影，只有中间5
、6秒能够看到蛋白分子在转。
非常感谢。 |
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d********3
发帖数: 172 | 5 如果你想单独的让蛋白质旋转的话，emovie 就够用了，而且不用什么script。
如果你的蛋白有多个构像，你想让它从一个构像渐变成另一个构像的话， 我一般先用
lsqman产生多个中间构像，然后再用pymol读这些产生的images， 之后就能做movie了
，但是这需要一些scripts。 一般能找到这些script的模版，即使不懂scripts也能弄
明白。但得需要些时间。。 |
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I*********r
发帖数: 8 | 6 下一个pymol的1.1r版本（evaluation only版本）。之后去google一个极直观的视频。
基本上就是使用scenes，最后直接保存images，不需要用emovie。
v0.
间5 |
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I*********r
发帖数: 8 | 8 其实你已经做好了pymol的movie，只是只有中间5 6秒在转是把？
如果是这样的话，是你movie making的问题，在movie maker里设置一下就好了。 |
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I*****M
发帖数: 622 | 9 pyMOL就是来看看，画fancy的图的，不能做任何serious的计算。 |
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p*****u
发帖数: 191 | 10 pymol是user surpported的，你依然能下载到源码，并且自己编译。如果自己不想编译
，我觉得你可以去下载bioblender，里面有个pymol 1.3可以提出来用.
说说你的问题
1, 我觉得homology modeling用modeller就很好。而且最近出了一个Pymod将n多软件集
成，建议你用一下；当然前提是clustalw modeller等先预装的。
至于序列相似性程度，假如A含有300个AA，而B是A中一个类似的domain；只含有100
个AA；这个相似性就不用依赖于两个蛋白aa的数量完全相同了吧。另外我感觉，两个蛋
白进行alignment，很多软件得出的结果差不多，只不过使用的算法不一样，pymol也可
以alignment的，看了一下代码；人家用的是交叉熵算法；挺时髦的。
2,氢键的定义吧，我觉得很多文献中都会给出定义的，energy都给出了一定的总结。如
果你用VMD做氢键，就会觉得很痛苦，必须要求结构中有氢原子，这点跟pymol是不同的
，而且vmd的作者也坚持，就根据氢键的定义来：“没有氢怎么会有氢键”。但是也有
人说，一定的距离内，H... 阅读全帖 |
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i******2
发帖数: 86 | 12 pymol has free version and easy to use
vmd is also free but not as straightforward as pymol |
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V**3
发帖数: 12756 | 13 这图Pymol做的很轻松啊
有没有大侠介绍一下vmd 比pymol 优势的地方，比如哪些功能？
一定包子酬谢 |
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p*****u
发帖数: 191 | 14 我个人觉得，其实功能相差无多大异处。VMD的诞生是为了动力学模拟；Pymol的诞生当
初是为了view分子。现在的功能大部分集中到了插件上了。如今双方的实力都很牛，风
格也迥然不同；VMD和Pymol的扩展性都很好，想要更好更多的功能就看谁拥有的插件多
。另外，VMD能够利用CUDA加速阿。
分享一个由VMD做的太极拳表演，娱乐娱乐：
//v.youku.com/v_show/id_XMTU0NjA5MjU2.html
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p*****u
发帖数: 191 | 15 时代是在进步的，你给的例子确实是pymol做的。
目前的这些软件都很自由，硬件发展快，这些软件也很牛；就拿Chimera来说，你想要
的那种自由设置也有，唯一不方便改变的就是他的风格。但是质量没有任何问题。
Molscript老了，历史已久，并且10多年前就停止了开发和更新，而新的软件不断
出现和更新，说超越，一点都不过分吧。
Raster3D的唯一好处是渲染的时候不依赖于显卡，可是现在的VMD啊， pymol啊，
经过第三方povray的渲染一样不依赖于显卡的。调整好了，质量绝对上乘。
色彩质感各项
好得多。只有下面这
用，但图片效果还 |
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g**********n
发帖数: 4 | 16 工作描述如下， 本人的背景跟这个位置非常match，简历基本cover所有discription，
已经在线投简历，还请有关前辈多多指点，帮忙再push一下简历给Hiring Manager就太
好了！先谢了.
（在线简历是个德文网站，还要browser翻译成英文，最离谱的是还提示要用“原始语
言”投简历，以便recruiter筛选，算是奇葩经历了）
Job Description A health care company with global reach. A product pipeline
filled to the brim. A team committed to scientific advancement. Think what's
possible. Novartis and its associated companies are always looking for
talented employees globally. We are engaged in advance preparation for
potential position openings.... 阅读全帖 |
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b**********t
发帖数: 353 | 17 【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
发信人: bioalchemist (占坑为王), 信区: Hardware
标 题: 生物postdoc求推荐laptop+显示器
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 14 20:04:34 2013, 美东)
女生，生物postdoc,求推荐工作用laptop+显示器的组合，预算3000刀，公款.
主要用途就是办公和科研软件：
Office, illustrator, Prism, Flowjo，PyMol,Vector NTI
laptop在单位接显示器上，然后下班带回家。
好久没关注电脑了，不知道怎么选好，目前自用的是thinkpad X61s。
有什么laptop和显示器推荐吗？
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b**********t
发帖数: 353 | 18 【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
发信人: bioalchemist (占坑为王), 信区: Hardware
标 题: 生物postdoc求推荐laptop+显示器
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 14 20:04:34 2013, 美东)
女生，生物postdoc,求推荐工作用laptop+显示器的组合，预算3000刀，公款.
主要用途就是办公和科研软件：
Office, illustrator, Prism, Flowjo，PyMol,Vector NTI
laptop在单位接显示器上，然后下班带回家。
好久没关注电脑了，不知道怎么选好，目前自用的是thinkpad X61s。
有什么laptop和显示器推荐吗？
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b**********t
发帖数: 353 | 19 【 以下文字转载自 Hardware 讨论区 】
发信人: bioalchemist (占坑为王), 信区: Hardware
标 题: 生物postdoc求推荐laptop+显示器
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 14 20:04:34 2013, 美东)
女生，生物postdoc,求推荐工作用laptop+显示器的组合，预算3000刀，公款.
主要用途就是办公和科研软件：
Office, illustrator, Prism, Flowjo，PyMol,Vector NTI
laptop在单位接显示器上，然后下班带回家。
好久没关注电脑了，不知道怎么选好，目前自用的是thinkpad X61s。
有什么laptop和显示器推荐吗？
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b**********t
发帖数: 353 | 20 女生，生物postdoc,求推荐工作用laptop+显示器的组合，预算3000刀，公款.
主要用途就是办公和科研软件：
Office, illustrator, Prism, Flowjo，PyMol,Vector NTI
laptop在单位接显示器上，然后下班带回家。
好久没关注电脑了，不知道怎么选好，目前自用的是thinkpad X61s。
有什么laptop和显示器推荐吗？
mbp with retina or thinkpad x1 carbon?
thunderbolt display or XXX ?
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l*******e
发帖数: 3584 | 21 我只是做为一个很普通的LINUX的使用者，不想把自己放在一个会用LINUX的角度去看
LINUX的问题。当初用DEBIAN的时候，有很多问题解决不了，上来问过很多次也没有解
决，也就放弃了，不是一定要用的话我为什么要给自己找麻烦。
现在是一些软件在LINUX下可能方便，而且很多东西没有版权的问题，在学校的机器还
是自己让自己少费心的好。
其实现在的这个OPENSUSE很象WINDOWS，这也是好用的原因之一吧。但也有一些问题，
比如用PYMOL的时候，三维图形不正常，不知道有没有高人给想个办法解决一下。 |
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D******n
发帖数: 2836 | 22 my friend wants to attach a biotin molecule to a lysine of protein and then
do some energy minimization.
I managed to add the molecule in pymol, but probably it is not in its favora
ble conformation. Anyone can suggest a software to do it?
thanks |
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a**n
发帖数: 269 | 23 要pymol 或者chimera, google 了半天，出来的都是要交钱的。
听说有free 的，上哪里down a?
另外我上ucsf 的网页上down 了个chimera, 为什么别人发给我的文件还是打不开阿？
winrar 又是什么？
折腾了一天了，也没下来个有用的。
怎么办？谢谢。
能不能有个link 就好了。。 |
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g*********r
发帖数: 9366 | 24 pymol 是免费的
上他主页下载那个老板本就行， 那个好象是0.99 版的，够用了 |
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a**n
发帖数: 269 | 27 也试了这个的。下载以后，
把文件点下，就出来个说是个chimera 文件。 问要不要解除前面down 的chimera.
那就解除了，单子上没有pymol 的选项，那就browse,找到后点都没地方点，反正是一
团糟。
明天找人实地解决了。
谢谢两位。 |
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s********l
发帖数: 1195 | 28 我不是做结晶的，最近拿到一个蛋白结构，一个晶格里面有四个monomer，每个monomer
的氨基酸序列是一样的，但是四个chain的conformation不完全一致，其中A和C对称，B
和D对称。
现在想要通过计算每两个chain之间的backbone和sidechain的rmsd来定量地说明A和C
identical，B和D identical
请问该如何计算呢？有什么软件推荐的？
我看到有FATCAT，Mammoth，Dali，还有其他一些，一点概念都没有，不知道用哪个好
，请专家指点下。
另外，看到大部分软件需要upload要比较的两个结构，我只有一个tetramer的pdb file
，怎么把单独的monomer存成一个新的pdb file呢？我知道该怎么用pymol去掉其他的
chain，但是每次都只能存成新的session，而不是新的pdb，这个有什么trick呢？
多谢！ |
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k****k
发帖数: 36 | 31 有吧，不过我不知道输入什么command能让它显示出来。惭愧。 |
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y******n
发帖数: 8667 | 32
那先去学怎么用软件吧。不是一两句说的清楚的。 |
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J********n
发帖数: 534 | 33 ccp4bb is the best.
coot and pymol also have discussion boards. |
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s********n
发帖数: 2939 | 35 你可以下载一个3D structure的viewer，如PyMol, foldit都可以，导入你的蛋白A的结
构，然后显示那段序列就可以了。 |
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W*********e
发帖数: 247 | 36 pymol里选chain id
或者用记事本打开pdb每个蛋白单独存成一个pdb
protein |
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l*******e
发帖数: 17 | 37 in pymol, type: select chain XXX. |
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p*****u
发帖数: 191 | 38 个人觉得，如果底物改变太大，将会给酶活带来风险。尽管活性中心有保守的key 残基
用来催化反应，但未知的，尤其与中间态相关的难以确定。重新设计酶，最好根据3d重
新预测。该图pymol做的，很多的文章都不做引用了。 |
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b******n
发帖数: 4225 | 39 两张图（mutant和wt）overlay就行了吧 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 40 把mutant residue存成另外一个object
然后跟native structure一起显示
或者整个mutant structure另存
两个结构一起打开显示
mutant只显示active site，别的隐藏
不过你这个mutant的结构没有拿到吧
也是以native structure为模版建的模型吧 |
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y*****w
发帖数: 146 | 41 Thank you very much! Your instruction works.
Yes, I did not get the structure for the mutant. I am just curious what
the difference might be between the WT and mutant. |
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f**********1
发帖数: 203 | 43 Snap1.jpg是Pymol，
绿色是它们默认的颜色 |
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f**********1
发帖数: 203 | 44 我个人比较喜欢pymol，界面友好，简单好用，还可以用Python scripting，
比较容易上手
VMD功能比较强大，option很多，初用者可能得花一些时间才能熟悉
家写文章用这 |
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s********9
发帖数: 132 | 45 而且VMD是免费的.pymol现在收费了.
再问下:
1:homology model用哪个好? SPDV可以,不知道哪个好些? 文献上面说的homology的定量(比
如40% 60%是怎么来的? 是根据structural seq alignment 数完全相同的氨基酸数量除以总
数?还是别的?clustalw2是不给量化结果的.)
2:1)关于氢键,做结构的人文章里面到底donor atom 和acceptor atom离多远才算是可信? 我
前面用spdv似乎是定在3.5A.可是看一个文章里面描述的一个结构里面所谓重要的氢键已经4A以上
了.
2)一般说是N(O)-H...N(O),可是又看到有的文章里面说说C-H...N(o),这个氢键难道就是个
任人打扮的小姑娘?
3)如果在结构里面看到某个氨基酸的side chain和别的氨基酸有H bond,而我打算mutate这个
amino acids,一个结构生物学的人会怎么去推测这个mutation whether or to what
extent will affect the overall structure o... 阅读全帖 |
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f**********1
发帖数: 203 | 46 这个图片是pymol做的吧
色彩质感各项
好得
用，但图片效果还 |
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C*******I
发帖数: 151 | 47 现在pymol也做得出来这样的smog效果了？那我要回去再看看了。 |
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x*****g
发帖数: 42 | 48 pymol还是开源的吧? 以前也收费的.
定量(比
除以总
可信? 我
键已经4A以上
道就是个 |
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p*****u
发帖数: 191 | 49 一般说单个残基的对整个蛋白的折叠不会有很大改变，如果不放心，可以做个圆二色谱
来看看。
突变残基的构象选取在pymol中有一个简单的评价，这个如同楼上有人说coot也不错，
coot里面也是有评价的。
定量(比
除以总
可信? 我
键已经4A以上
道就是个 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 50 最新一版的pymol图片效果很不错的
今年1月才发布的 |
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