d****t
发帖数: 139 | 1 There is a good free software for the calculation. It lets you choose
different models to fit your needs. I have it bookmarked on my computer at
work. I will give you the link tomorrow (if i don't forget ;)). |
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k****o
发帖数: 589 | 3
required
对于top-tier杂志应该是这样的，但是众多10分以下的杂志往往不这么严格要求。假设
扩增效率为2的
文章实在是太多了。所以我对小于2倍的变化一般都持怀疑态度。 |
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H**********J
发帖数: 351 | 4 没人感兴趣吗？o(╯□╰)o
• Ph.D. or Master in pharmaceutical sciences, immunology, biology
or a related field
• Minimum of 4 (Ph.D.) or 7 years (Master) of experience in assay
development for large molecules
• Experience with GLP is a must
• Familiar with pharmaceutical R&D process
• Demonstrate capability and confidence to build, train and lead a
group
• Hands-on experience with ELISA, EIA, and qRT-PCR methodologies;
strong interest and demonstrated s... 阅读全帖 |
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m*********n
发帖数: 215 | 5 You might wanna first do a qRT-PCR or western to see whether your
florescent protein is expressed. |
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b**********8
发帖数: 349 | 6
谢谢回复，你这个protocol我们之前也试过，siCONTROL 和 siA的luciferase没差，我
们考虑是siRNA处理的时间太短，A对B的效应还没有出现。我们用qRT-PCR验证过，
siRNA转染后72小时B的mRNA level才有变化。 |
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b**********8
发帖数: 349 | 7 如题，Qrt-PCR 显示细胞经某种处理后βIG-H3 mRNA有30多倍的增加，于是买回来这个
公司的抗体，按照说明书用5%BSA 按照1:1000稀释，过夜孵育后检测一点信号都没有，
即使用了很强的detecting reagents都没有。有没有正好用这个抗体的筒子，介绍点经
验吧？ |
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w******n
发帖数: 371 | 9 什么会是下一个生命科学的炒作主题？【转】
来源： 肖瑶的日志
过去30年，美国的生命科学高速发展，现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外，在基础
研究，生物科技上成了世界的龙头老大，成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
成果累累：
1. 美国主挑完成了人类基因测序（Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑)；
2. 建立强大完整的生命科学数据库（Pubmed,MGD,UCSC genome etc）;
3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库（cell系列， Science, Nature分枝系列
，PNAS, Plos系列 America J.of ×××）等等。
4. 掌握了绝大部分生物核心技术（Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR，
第一代，第二代DNA sequencing技术，莹光标记技术，莹光成像技术，人源化的单抗制
备技术，基因芯片， ChIP技术，和欧洲，日韩同步的干细胞技术。)
5. 拥有500-1000家成型的生物公司，有强大的应用开发实力和团队,拥有当今世界绝大
多数的生物高科... 阅读全帖 |
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M*******C
发帖数: 183 | 10 偶们lab就是robot加，所以qRT几乎是最容易的活。 |
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l*****8
发帖数: 22 | 11 (no paraffin)提取RNA的吗？从网上google都是paraffin tissue的方法,我试过Qiagen的
kit,能提到RNA，但是qRT-PCR的结果很差，不知哪位有成功的，请赐教。谢谢 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 12 OMG
LZ used degenerated primer for cDNA single strand synthesis
R U Seriously? an amateur molecular biologist LZ?
Please go to
//www.protocol-
online.org/prot/Molecular_Biology/RNA/Reverse_Transcription__RT____cDNA_Synthesis/index.html
RT reaction is also called first strand cDNA synthesis. Three types of primers can be used for RT reaction:
oligo (dT) primers, random (hexamer) primers and gene specific primers with each having its pros and cons.
or
/media.affymetrix.com/support/technical/usb... 阅读全帖 |
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w******n
发帖数: 767 | 13 你想复杂了，lz这个是已知基因，而且他有序列。one-step qRT-PCR是用下游引物起始
合成CDNA第一链，但是他的引物不work，想加入random合成第一链，这个做realtime可
能有问题，random会产生非特异带，影响定量，建议楼主试别的引物，或者两步RT-PCR。
的引物 |
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c*****a
发帖数: 9 | 14 BW, Food intake, Energy consumption, GTT, ITT, GSIS, HFD, qRT-PCR/WF&BF,etc. |
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s*****a
发帖数: 59 | 15 要做qRT-PCR检测一个gene expression level，请问negative control Ct要比sample
Ct大多少才能接受？我要检测一个gene的alternative spliced isoform，其中一个
isoform 1 的扩增结果会被平时用的plasmid污染，另一个 isoform 2 可能会受
genomic DNA污染。如果检测isoform 1，RT minus control的Ct value只比样品晚3个
cycle（Ct sample=26, Ct RT minus control=29, Ct GAPDH=17），相当于污染物是样
品target gene的1/8，这个污染程度能否接受？
另外我的total RNA做过turbo DNase digestion，如果要检测可能受到genomic DNA 污
染的isoform 2, 请问RT minus control的Ct值比样品大几个cycle才能接受?
补充一点，negative control melting peak已经确定不是primer-dimer而是target
ge... 阅读全帖 |
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s*****a
发帖数: 59 | 16 现在我提total RNA是用trizol+turbo DNase。我一直觉得trizol提的RNA质量最好，但
是看到很多人都用column提取做qRT-PCR的total RNA。请问为什么？是因为trizol麻烦
还是怕cross-contamination？
a |
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s*****a
发帖数: 59 | 17 请问你用的是ambion的哪个kit? 提取cell culture和血液的total RNA用来做qRT-PCR
，哪些kit
好用？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 18 if extract mRNA for your qRT-PCR
LZ just try this one:
Oligotex™-dT30 (Super) mRNA Purification Kit
Protocol in chinese version:
//www.takara.com.cn/?action=Page&Plat=pdetail&newsid=185&subclass=1
how to get it in States:
//www.takara.com.cn/?action=Page&Plat=link
or Qiagen similar kit:
//www.qiagen.com/products/rnastabilizationpurification/oligotexsystem/
oligotexmini.aspx
PCR |
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b**********8
发帖数: 349 | 19 也可以考虑换一个抗体试试。
我就在自己的project中发现，转导lentivirus shRNA后，qRT-PCR能看到70%以上的
knockdown，但是western没差。后来买了个识别C-terminus的抗体就能看到很明显的差
异（之前用的是识别N-terminus的抗体）。至今仍不解这是为什么，有大侠解释下么？ |
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n**8
发帖数: 221 | 20 可惜实验室不做果蝇，手头没有材料，要不然自己做个qRT-PCR测一下就行了 |
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n**8
发帖数: 221 | 21 你用什么方法检测mRNA水平的? qRT-PCR 还是northern。
如果是我，我会去检测是否存在anti-sense RNA（noncoding RNA）。
会不会只是anti-sense RNA水平上升？ |
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n*******t
发帖数: 58 | 23 Please send resume to s*******[email protected]. thanks.
Job Title: Research scientist at a Molecular Diagnostic Company in San
Francisco Bay area
Description
• Seeking a PhD degree in Genetics, Molecular and Cellular Biology
or related field to develop and validate nucleic acid based assays for life
research and molecular diagnostic platforms.
• Designed, validated, and optimized gene expression assays, qRT-
PCR assays, or similar assays for molecular diagnostic platforms.
Requireme... 阅读全帖 |
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X***n
发帖数: 366 | 24 很多都可以，最早推出的是Qiagen的miRNA reverse transcription kit.
原理一般都是先用polyA polymerase 给miRNA加polyA,然后再和正常的mRNA一样反转。
Qiagen的应该是最方便的kit. |
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D**R
发帖数: 371 | 26 我做的是qRT-PCR，那些测出来NanoDrop很低值的sample都有amplification出来，唯独
这几个看起来Peak很漂亮，OD260值很高的啥也没有，所以我很困惑那都是些什么东西
，maybe contaminated with bacterial RNA? |
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C**S
发帖数: 522 | 27 qRT-PCR定量的可靠性呢呢？张的文章里面用了很多这样得来的数据。 |
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s******y
发帖数: 17729 | 28 qRT-PCR数据就更扯淡了，通常情况下需要辅以其他data加以佐证
我不明白的是，既然张的文章遭到如此大的质疑，或者说他认为他的方向如此有潜质
为啥不用同位素示踪，人工合成miRNA喂耗子，人家都重复不出来，自己为啥不换个角度
重复。不比他苍白无力的辩驳要好得多
做过miRNA的人都明白，那个测序其实就是很扯淡的东西
还有做miRNA的文章，随便一篇跟风灌水的引用过百正常的很，用引用来说，就更无敌了
以后他还可以吹发过NBT呢 |
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e**e
发帖数: 614 | 29 做qRT-PCR不需要全场cDNA啊，用radom 9mers 做反转录，各个位置的模板就都会有了
，如果你的模板mRNA是poly A RNA,试着纯化一下poly A RNA，效率会高很多 |
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z*******9
发帖数: 112 | 30 我目的不是qRT－PCR，还是为了把全长gene都扩增出来，我用过Radomhexmer,不知这个
radom 9mers的效率会不会高些，
谢谢 |
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a**r
发帖数: 352 | 31 先bless孩子。
对代谢病不了解，单从genomics角度看，
WES 应该是检查不到genome rearrangement，
特别是非编码的调控序列的relocation可能会造成下游gene的异常表达。
这种情况下应该检查pathway相关的基因的表达量吧，qRT-PCR？ |
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l*******i
发帖数: 153 | 33 有意思。
是female mESC吗？是的话，先做两个实验：
1）H3K27me3 immunostaing：可能发现small dot in nucleus.
2)qRT-PCR测Xist的表达，或者用FISH。
证实的话，就说明出现X chormosome inactivation了。
几个问题：
3) mESC的培养条件？serum,还是2i/LIF?
1）knockdown的mESC是否仍保持未分化状态，还是开始分化了？如果未分化，那么很有
可能你发现了一个新的调节X reactivation/inactivation的因子，做深了，至少是
cell stem cell.如果细胞分化了，那么X chromosome上的genes表达下调不奇怪，有多
大新意取决于你的这个gene
2）看一下这个基因的功能，是否已有先关报道，与X chromosome reactivation有关。
是histone modifier, TF还是在X chromsome上的新lncRNA? |
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M**a
发帖数: 4816 | 34 做过无数次single cell qRT-PCR,也做过single bacterial RNA-seq,
你的问题，解决方法有：
1）换更高效率的RNA isolation kit, 和cDNA synthesis kit
2) 在RT的时候加目标基因的引物
3）预扩增是下下策的方法：先在PCR仪上预走6-9个PCR循环，再上qPCR mechine
祝好运！ |
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o**4
发帖数: 35028 | 35 1. 能推荐下高效率的kit吗？
2. RT的时候能同时加很多引物吗？我现在RT做完了已经，没法补救了吧？
3. 预扩增为啥是下下策呢？ 预扩增也应该用做qRT-PCR的master mix吗？
非常感谢，请查收包子啊 |
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x****g
发帖数: 8 | 36 Array找到的有变化的miRNA，用qRT-PCR验证，得不到扩增。
掺入的control RNA（在提取RNA之前掺入的）则没有扩增问题。
被告知，是Array的引物敏感度高，一般引物敏感度低造成的，
请问此间专家，是这样吗？难道Array的灵敏度会比PCR更高？
谢谢啦。 |
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G*****h
发帖数: 320 | 37 计算 FPKM 本身应该就是一种 normalization 吧？
此外，可以在样本中添加 “External RNA Controls Consortium” exogenous spike-
in mRNAs，并用它们来 normalization 或者对照。这样可以用传统的和新的方法看看
能否找到不同的 DE genes，然后用 qRT-PCR 检测。
文献：Loven J, Orlando DA, Sigova AA, Lin CY, Rahl PB, Burge CB, Levens DL,
Lee TI, Young RA (2012). Revisiting global gene expression analysis. Cell.
151(3):476-482. PMID: 23101621; PMCID: PMC3505597 |
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p*******e
发帖数: 3 | 38 Scientist, Cancer Diagnostics
OncoDiagnostics Technologies - San Francisco, CA
Job ID: 00002
Who We Are
OncoDiagnostics Technologies is a Silicon Valley-based biotech start-up
company focusing on precision diagnostics and medicine in cancer and other
serious illnesses. We aim to provide innovative non-invasive diagnostic
tests to enable precision medicine. At OncoDiagnostics, we believe that
people are our most vital assets and we are dedicated to creating a great
place to work. We value a cultu... 阅读全帖 |
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n********b
发帖数: 27 | 39 There is a position opening for a Principal Lab Assistant in a new Genomics
Center of a University located in southern California. The position is
supported by hard money with good benefit plans. Please send your resume
and email to [email protected]
/* */, if you are interested. Thanks!
------------
Principal Lab Assistant
Center for Genomics
Job descriptions:
1. Performs bench work related to research projects using different genomic
technologies including next-generation sequencing (N... 阅读全帖 |
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C********k
发帖数: 4 | 40 Looking for a biopharma contractor with experience in immuno-oncology and/
or oncology drug discovery with skill sets in one or more of the following
areas: primary immune cell functional assays, flow cytometry, high content
imaging, qRT-PCR, Prism and Spotfire data analysis. Familiarity with lab
automation is also desirable.
This position is open immediately with potential to be converted into a full
time position after completion of the 6 mo. term. Qualified applicants
please send the CV ap... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 41 我们公司位于马里兰Rockville，是一个startup，方向是细胞治疗。公司现在有一个
opening，需要有免疫学或细胞生物学的背景。具体要求请看下面。
https://onedrive.live.com/redir?resid=BD682A26A4E7C162!11236&au
cm6_q_zSBI&ithint=file%2cpdf
有兴趣的请和我联系。Please submit your resume to [email protected]/* */
公司背景请看 http://www.propagenix.com
Job Description:
We are seeking a highly motivated and creative Staff Scientist, Immunology
to join Propagenix Inc. in Rockville, MD. This exciting opportunity will
focus on regenerative cell therapy and involves extensive ha... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 42 【 以下文字转载自 JobMarket 讨论区 】
发信人: JuneEight (), 信区: JobMarket
标 题: 【波士顿】全职技术员/博后-药物研发相关的小鼠实验
发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 9 14:25:30 2016, 美东)
主要工作是小鼠脑中接种肿瘤细胞及后续的监控、监测。Title可以是技术员，也可以
是博后。
本项目是与药企合作项目，对于申请者之后找工业界的工作会有帮助。
项目启动时间紧迫，所以优先当地的申请者，且只考虑有相关经验的申请者。
工作单位：Brigham and Women's Hospital
工作地点：Longwood medical area。
有意者请直接通过BWH申请，申请链接：
https://partners.taleo.net/careersection/jobdetail.ftl?job=3017
Vy0Utcf5HhI.gmail
详细说明：
Job Description
TECHNICAL RESEARCH ASSISTANT II / 40 HOURS / DAY / BWH - NEUROLO... 阅读全帖 |
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n*******t
发帖数: 58 | 43 Job Title: Research Scientist at a Molecular Diagnostic Company (QuanDx Inc)
in San Francisco Bay area
Please send resume to [email protected]/* */
Full time Research Scientist
Description
• Seeking a PhD degree in Genetics or related background with
genome research experience to develop and validate nucleic acid based assays
for life research and molecular diagnostic platforms.
• Design, validate, and optimize gene expression assays, qRT-PCR
assays, or similar assays for... 阅读全帖 |
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t*****0
发帖数: 264 | 44 they may have different situation eg. visa status, which does not require
full time. As far as I know, 12 is REQUIRED to keep your F1 student status
valid unless it is the last semester/qrt |
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H**********J
发帖数: 351 | 45 大家帮帮忙哈~
• Ph.D. or Master in pharmaceutical sciences, immunology, biology
or a related field
• Minimum of 4 (Ph.D.) or 7 years (Master) of experience in assay
development for large molecules
• Experience with GLP is a must
• Familiar with pharmaceutical R&D process
• Demonstrate capability and confidence to build, train and lead a
group
• Hands-on experience with ELISA, EIA, and qRT-PCR methodologies;
strong interest and demonstrated skills w... 阅读全帖 |
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s*******e
发帖数: 3042 | 47 从我开saab的经验来看，turbo完全可以非常非常reliable，全看设计和工艺了。我的
saab 9kcse，卖的时候220k, turbo没有任何问题，6000 mile换一次油，只烧不到一
qrt油。四缸turbo平时开很轻便，需要加速的时候又动力十足，和6缸8缸车感觉很不一
样，我还是很喜欢turbo的。 |
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s*******e
发帖数: 3042 | 48 从我开saab的经验来看，turbo完全可以非常非常reliable，全看设计和工艺了。我的
saab 9kcse，卖的时候220k, turbo没有任何问题，6000 mile换一次油，只烧不到一
qrt油。四缸turbo平时开很轻便，需要加速的时候又动力十足，和6缸8缸车感觉很不一
样，我还是很喜欢turbo的。 |
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m****g
发帖数: 530 | 49 什么会是下一个生命科学的炒作主题？
原作： 晓宇
过去30年，美国的生命科学高速发展，现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外，在基础
研究，生物科技上成了世界的龙
头老大，成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
成果累累：
1. 美国主挑完成了人类基因测序（Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑)；
2. 建立强大完整的生命科学数据库（Pubmed,MGD,UCSC genome etc）;
3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库（cell系列， Science, Nature分枝系列
，PNAS, Plos系列 America J.of
×××）等等。
4. 掌握了绝大部分生物核心技术（Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR，
第一代，第二代DNA
sequencing技术，莹光标记技术，莹光成像技术，人源化的单抗制备技术，基因芯片，
ChIP技术，和欧洲，日韩同步
的干细胞技术。)
5. 拥有500-1000家成型的生物公司，有强大的应用开发实力和团队,拥有当今世界绝大
多数的生物高科技产品，像 |
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