S**o
发帖数: 447 | 1 哪儿能得到18s RDNA的human reference library？
可以用它与NGS数据对齐吗？ |
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S**o
发帖数: 447 | 2 anyone knows the location of 18s rDNA for human?
how to know the location?
Is this information already known?
Does it change? |
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b******1
发帖数: 1116 | 3 以前学的细胞生物学，微生物学都换给老师了。。。求解答一下概念
1）细菌的菌种鉴定中，“细菌基因组DNA抽取”， 这个DNA是不是指核糖体DNA （rDNA
, Ribosomal DNA）？ 还是任何细胞内的DNA？
2）DNA抽取后采用PCR扩增，获得DNA序列 - 16S基因DNA，那这个16S基因DNA是特指
16s rDNA序列？还是只能用16S基因DNA这个笼统的表达方法？
3)扩增的是16s rRNA还是16s rDNA? |
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y****n
发帖数: 8 | 4 1)抽提的是细菌基因组DNA，核糖体DNA是基因组DNA的一部分
2）16S rRNA基因DNA序列是指16s rDNA序列,rRNA是rDNA基因表达产物
3）从基因组DNA中扩增的当然是16s rDNA。 |
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k*******s
发帖数: 214 | 5 无论pyrosequencing 还是NGS，得到的数据都是整个基因组的信息，不是你想要的rDNA
序列。很浪费。
一个可行的办法，就是用PCR，直接PCR全长的rDNA,模板是样品直接提取的gDNA (粪便
样品），然后做subcloning，就可以分析。可能要测很多序列，比如几万个。优点是序
列干净，可靠，全长 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 6 pyrotag sequencing怎么回事整个基因组的信息呢
都是用通用rDNA的primer先做PCR
放大variable region
然后再测的
做metagenomics之前一般也会先做个pyrotag 的trial
看看是不是值得做meta
rDNA |
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a*******a
发帖数: 4233 | 7 epigenetics不止是dna的甲基化。
我觉得stress可能通过某种感受器调节各种修饰酶的表达情况，
修饰酶调节genome wide表达情况，影响子代。这个过程就说不清楚了。
这篇讲stress和rDNA表达的，由于靶位点单一，还算能说清楚。
Epigenetic Control of rDNA Loci in Response to Intracellular Energy Status
Cell 133, 627–639, May 16, 2008
子代的概念也有模糊的地方，到底是分裂以后的daughter cell就是子代呢，还是一定
要子代动物？
没考虑noncodingRNA怎么调控 |
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z*t
发帖数: 863 | 8 人的一个最大问题是centromere和rDNA吧？yeast还能数的清楚150 copy rDNA，人就基
本不可能了。。。
当然不考虑gap我们可以和一个h19/38版本的
1M, |
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c********g
发帖数: 15629 | 9 http://zgrx.freeforums.org/topic-t35.html
方舟子与陈章良
对绝大多数海外学人来说，陈章良是一个耳熟能详的名字。这不仅仅是因为他是中国留
学生中回国时间较早（1987年）、回国之后地位上升得最快（1989年任北大正教授、
1992年起任北大生物系主任、生命科学院院长、1995年任北大副校长）、名气大得惊人
的一位人物，更是因为关于这个人的传闻一直不绝于耳。这是一些什么样的传闻呢？方
舟子曾在2000年12月16日专门就此撰写了一篇文章，题为《为什么不把陈章良立此存照
？》，其中说：
“目前网上对陈章良的指责主要有四点（估计都来源于《华夏文摘》几年前登过的一篇
攻击谈家祯、陈章良的文章，那篇文章充满不实之词，极不负责任）：
一、陈章良抄袭。
二、陈章良伪造恐龙蛋基因研究。
三、陈章良生活作风有问题。
四、陈章良学术成果太少。
对后面两点，不在我们打假范围。对前面两点，解释如下。”
http://www.xys.org/xys/ebooks/others/sc ... gliang.txt
方舟子说，“陈章良学术成果太少……不在我们打假范围”，显然是... 阅读全帖 |
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g*********r
发帖数: 9366 | 10 ☆─────────────────────────────────────☆
coarsening (草枯鹰眼疾，雪尽马蹄轻) 于 (Sun Jan 1 00:19:46 2012, 美东) 提到:
http://zgrx.freeforums.org/topic-t35.html
方舟子与陈章良
对绝大多数海外学人来说，陈章良是一个耳熟能详的名字。这不仅仅是因为他是中国留
学生中回国时间较早（1987年）、回国之后地位上升得最快（1989年任北大正教授、
1992年起任北大生物系主任、生命科学院院长、1995年任北大副校长）、名气大得惊人
的一位人物，更是因为关于这个人的传闻一直不绝于耳。这是一些什么样的传闻呢？方
舟子曾在2000年12月16日专门就此撰写了一篇文章，题为《为什么不把陈章良立此存照
？》，其中说：
“目前网上对陈章良的指责主要有四点（估计都来源于《华夏文摘》几年前登过的一篇
攻击谈家祯、陈章良的文章，那篇文章充满不实之词，极不负责任）：
一、陈章良抄袭。
二、陈章良伪造恐龙蛋基因研究。
三、陈章良生活作风有问题。
四、陈章良学术成果太少。
对后面两点，... 阅读全帖 |
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f***y
发帖数: 4447 | 11 http://scitech.people.com.cn/n1/2017/0310/c1007-29135176.html
人工合成4条酵母染色体 我国科学家开启“再造生命”新纪元
人民网北京3月10日电（记者赵永新）大姑娘出嫁——头一回！3月10日出版的国际顶级
学术期刊《科学》，以封面的形式同时刊发了中国科学家的4篇研究长文！
由天津大学、清华大学和华大基因分别完成的这4篇长文，介绍了真核生物基因组设计
与化学合成方面的系列重大突破：完成了4条真核生物酿酒酵母染色体的从头设计与化
学合成——要知道，酿酒酵母总共有16条染色体，此前国际同行奋斗多年才发现了一条。
在合成染色体的过程中，他们还突破了生物合成方面的多项关键核心技术，比如：突破
合成型基因组导致细胞失活的难题，设计构建染色体成环疾病模型，开发长染色体分级
组装策略，证明人工设计合成的基因组具有可增加、可删减的灵活性，等等。这些技术
将帮助在全世界的生命科学研究和相关实际应用中大显身手，其价值不可估量。
国内外同行指出，这是继合成原核生物染色体之后的又一里程碑式突破，开启人类“设
计生命、再造生命和重塑生命”的新纪元。
参与... 阅读全帖 |
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b****a
发帖数: 4465 | 12 1989年9月，在时任总裁罗伊·瓦杰洛斯（Roy Vagelos）的决策下，美国默克公司将最
新基因工程乙肝疫苗技术转让中国。1993年，中国成功生产出第一批基因工程乙肝疫苗
。以当时中国每年2000万新生儿计算，1993-2018年，25年间，中国至少有5亿新生儿接
种这种疫苗。然而，他们也许从来都不知道自己能接种这种疫苗的缘由，因为这一事实
从未出现在中国的公共媒体上。
今天，我们讲述这个令时任中国卫生部长陈敏章流泪的历史一幕。
二十九年前，1989年9月11日，美国默克公司和中国三家单位——中国技术进出口公司
、北京生物制品研究所、深圳康泰生物制品——签署合同，以700万美元的价格将世界
领先的重组乙肝疫苗生产技术转让给中国，每年生产4000万剂疫苗，确保中国为所有新
生儿接种对付乙肝病毒的疫苗。
20世纪70年代和80年代，在中国，乙肝是导致死亡的第二大疾病，仅次于烟草。合同签
署合之时，
中国卫生部一位负责人说：“我们选择同意这项（技术转让）合同而不是开发自己的生
产技术，是因为我们迫切需要缩短生产时间。”
从1990年5月开始，来自北京和深圳两家单位的工程技术人员先后到美国... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 13 嘿嘿，科幻作家Dean Koontz的那本小说The Eyes of Darkness，我竟然在三年前夏天
Yard sale用1块钱买到。
不过，预言也不是100%准确。我来批判一下：
首先，病毒名称弄错了。小说中的病毒名字Wuhan-400，现在的官方名称“新冠病毒”；
其二，病毒性质弄错了。小说指科学家Li Chen用生物工程合成了这种生物武器病毒，
目的在于弯道超车打败美国。
与其拼音最相似的科学家是石正丽，台湾拼音Chen Li，大陆拼音Zhen Li；
其三，病毒研发机构名称弄错了。小说指武汉RDNA实验室，即Recombinating DNA = 组
合编辑DNA，实际正式名称= 武汉病毒研究所P4实验室；
其四，实验室地址弄错了。小说指位于武汉远郊，实际是武汉市内的武昌。
预言正确的是：P4最高级实验室；年份2020，即20x20=400也蒙对了；只传染人，不传
猫狗等动物也蒙对了。
还有很多蒙对了的方面，大家去Sci-hub下载一盗版来读就知道了。读正版可去Amazon
下单购买，或本地图书馆借阅。
这个神人，今年76岁，仍健在，且经常混迹于推特：
Dean Koon... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 14 人类打赢这场疫情阻击战的最有力武器仍是疫苗。
新冠病毒疫苗的研发，有了新进展。据新京报报道，3月16日，中国军事科学院军事医
学研究院陈薇院士领衔的科研团队，获批启动了重组新冠病毒疫苗的临床试验。消息一
出，引发广泛关注。
同日，美国国家卫生研究院宣布，其下属的美国国家过敏与传染病研究所（NIAID）合
作研发的新冠病毒实验性疫苗mRNA-1273进行第一阶段临床试验。此次试验招募45位年
龄在18-55岁的健康成年人。3月16日和17日分别有4人接种了疫苗。如果证实疫苗安全
，之后的研究将确定其效果。
中美疫苗同时进入临床试验阶段，这是个利好信号——虽然比此前某高校声称的“已研
发出新冠病毒疫苗”更“克制”，但进入临床试验阶段意味着在此前基础上已进了一步。
从新冠肺炎出现到现在，严峻的现实和恐慌的程度决定了，人类打赢这场疫情阻击战的
最有力武器仍是疫苗，疫苗研发不能半途而废，更不得逢场作戏。
从历史看，人们已经“错失”了一次机会。从2002年12月至2003年7月，SARS席卷中国
，彼时SARS疫苗也已经进入临床1期试验，但由于病毒在短期内销声匿迹、所有病人痊
愈，导致找不到病人来... 阅读全帖 |
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R********a
发帖数: 467 | 15 这些peptide的东西，其实都可以靠recombinant DNA的办法来生产。就是本来２１世纪
的技术。问题是好象老美对生物改基因制造的东西都特别反感。所以这个凡是有天然提
取的，基本生物没有市场。参考humulin。
生物的这个rDNA，是无数生物学前人用泪水和血换来的。里面每一步都有诺贝尔奖。都
是人类对自然认识的一个突破。那些生物的创造，智慧，刻苦，真的非常让人尊敬。当
然，目前混普通学校的老中根本是两码事。
目前比较成功的是一个叫regn的公司。他们就更进一步了。是protein design，然后生
产。类似EE的芯片。人家公司的一个CXO，是美国科学院／医学院两院院士，哥大校友
。介绍起身平都是纽约州长大的。纽约州外号empire state。的确是出世界级人才的地
方。类似上海和周边地区。
然后，合成也是一种方法。上次那个来推销国内高中的，估计就是做合成peptide的。
问题是那是一条死路。目前基本没有工业化的实战案例。里面的技术问题成堆。每年
AICHE都有讨论，都有paper。你要是做OPRD的reviewer，那是老能受到。问题是那么多
年了，还是没有解决。 |
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t****p
发帖数: 1504 | 16 20世纪70年代初，对DNA聚合酶生化机制的深入了解引申出了一个“复制问题”：由于
DNA聚合酶需要RNA引物来起始DNA复制，线性染色体DNA每复制一轮，都将缩短一个RNA
引物的长度(1)。这意味着细胞需要引入特殊的机制来解决这个“末端复制问题”。而
早在1939年，McClintock报道，在减数分裂后期产生的染色体断裂很容易重新融合起来
，而在紧接着的有丝分裂中，这种染色体“断裂－融合－桥－断裂”的循环将不断继续
(2)。人们从而推测，染色体的自然末端应该不同于一般的DNA断裂末端，它有一个特殊
的结构来避免染色体间的相互融合。
在逐渐明晰了染色体末端特殊结构，即端粒的概念后，Blackburn实验室于1978年第一
次报道，四膜虫（Tetrahymena thermophila）的染色体外线性rDNA的端粒是由重复的5
’-CCCCAA-3’序列组成的(3)。1984年，Blackburn实验室通过将酵母端粒克隆到线性
人工染色体的方法，发现酵母（Saccharomyces cerevisiae）的端粒序列是由不太规则
的TG1-3/C1-3A组成的(4,5)。
在同一篇文章 |
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S***n
发帖数: 102 | 17 Genetically Engineered Plants and Foods: A Scientist's Analysis of the
Issues (Part I)
Peggy G. Lemaux
Annual Review of Plant Biology, Vol. 59: 771-812, 2008
Summary
1. 2.2. Except GMO crops, does genetic engineering play a role in
producing food? Please give 2 examples.
Genetic engineering certainly plays a role in food production, even with the
exception of GMO crops. Some organisms are modified through rDNA methods in
order to produce desirable enzymes used in food processing. An example o |
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h**********r
发帖数: 671 | 18 多谢!我是做表达用的,目前是想整合到rDNA序列中.
大肠中的就比较多了,你可以看看pk18mobsacB之类的.ATCC就有~~ |
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b*******e
发帖数: 288 | 20 98.6%的这个不知道，sequence similarity matrix的这个也不知道，不过
phylogenetic tree这里：
1、你用的什么序列？做进化树很灵活的，比方说很多用核糖体小亚基的rDNA序列，
有的人只用里面的conserved的部分来做，有的人则比的是SSU rRNA的二级结构
2、你进化树怎么做的，如果你序列比对的不好，也影响最后的结果，你可以自己再手
动调整调整那个比对的结果
3、用不同的方法做进化树，同样的dataset得出来的树也不一样，因为各个方法的算法
不同。你可以试一下MP，Bayesian和ML. 其中MP最简单，计算量最小。ML计算量很大。你的数据要很大的话，估计ML
太麻烦。
90% |
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b******n
发帖数: 4225 | 21 是啥基因?
如果是16s rDNA的话可能来自于空气中的DNA aerosol |
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l******n
发帖数: 520 | 22 16S rDNA amplicon sequencing |
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t*m
发帖数: 4414 | 23 why look at rRNA, not rDNA?
有个 "second genome" 公司，干这个。
meta-genome seq, 找 BGI |
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m******i
发帖数: 73 | 25 16s rRNA pyrosequencing 之前不就是要用PCR 放大吗?
所以,需要特定的primer针对16s rRNA的某个区域,
然后得到pcr产物后,再测序, 我的理解对吗? 谢谢.
rDNA |
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l**********1
发帖数: 5204 | 26 楼主下一次 转载
注明出处啊
//www.blogger.com/profile/03513633746083109180
//tsukuba-yanagisawa.blogspot.com/
SUMMARY of alleged image manipulation
Article No.1 → J Biol Chem. 2010 May 7;285(19):14747-55.
Article No.2 → Cell. 2008 May 16;133(4):627-39.
Article No.3 → Mol Cell Biol. 2006 Nov;26(21):7966-76.
Article No.4 → EMBO J. 2006 Mar 8;25(5):1081-92.
Article No.5 → EMBO J. 2004 Dec 8;23(24):4813-23.
Article No.6 → EMBO J. 2004 Apr 7;23(7):1598-608.
Cell 2008:
//tsukuba-yanagisawa.blogspot.com/2012/... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 27 try
Avatar in Sweden:
www.avatar.se/xref/wr/index
then its noted:
HUGO
The History of HUGO
The Human Genome Organisation
History, Purposes and Membership – Dr. Victor A. McKusick, 1989, Genomics
The Human Genome Organisation (HUGO) was conceived in late April 1988,
//www.genenames.org/
//www.hugo-international.org/ |
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a*******a
发帖数: 4233 | 28 grimmt做过rDNA的转录调控
-133一个位点被甲基化就可以极大抑制转录
凭记忆说的。 |
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s**********t
发帖数: 680 | 29 Experimental Cell Research
Volume 180, Issue 2, February 1989, Pages 475–489
Title: Supercoiled loop organization of genomic DNA: A close relationship
between loop domains, expression units, and replicon organization in rDNA
from Xenopus laevis
Link: http://dx.doi.org/10.1016/0014-4827(89)90074-8
Please send it to: b************[email protected]
Thank you very much for your help! |
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c*********r
发帖数: 181 | 30 正在做土壤古细菌鉴定，DNA已经提取出来了，现在用了一个文献的方法用巢式PCR扩增
16SDNA，但是一直不成功。用别的文献方法，别的引物能够扩增出来条带，说明里面应
该是有古细菌DNA的。
我用的文献方法是：cindy H. Nakatsu (2000): soil community analysis using
DGGE of 16S rDNA Polymerase Chain reaction products.
请教各位大仙，能否给我一点指导？
谢谢！ |
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z*********8
发帖数: 1203 | 31 那个是specific pathogen free的老鼠feces 的16S rDNA分析，不是germ free的 |
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l**********0
发帖数: 135 | 32 一新进open access peer review 杂志，涉及领域包括
Molecular genetics
Population genetics
Quantitative genetics
Microbial genetics
Genetics in medical field
Modern genetics
Genetic evolution
Signal transduction
Developmental biology
Genome and systems biology
Population genetics
Cell energetics
G-Protein receptors
Gene expression profiling
Cell cycle regulation
rDNA technology
Cellular genetics
估计版上一大部分都能涉猎。即将有稿件可发送邀请审稿。
事先声明：暂无IF,如果需要对影响因子有要求的请绕路。 |
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j****g
发帖数: 406 | 33 Postdoctoral Fellow in Immunology
Icahn School of Medicine at Mount Sinai
The laboratory of Sergio Lira at the Icahn School of Medicine at Mount Sinai
seeks motivated, hard-working postdoctoral fellows to study the role of
microbiome and inflammation in intestinal cancer (JEM, 2014; 211:457-472).
The candidate will conduct cutting-edge research utilizing 16S rDNA analysis
, transcriptome arrays, genome modification using CRISPR technology,
microscopy and immunology techniques. A strong backgroun... 阅读全帖 |
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c****u
发帖数: 584 | 34 好像他他们发现改变rDNA 位置影响染色体折叠。这个是个clue. |
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b**s
发帖数: 589 | 35 韩国Pike公司正在研制一种新的“热凝固”缓释药物输送系统(DDS)，公司声称这种
系统在若干方面都超过了现有的聚合物类工艺技术。
这种生物凝胶(BioGel)系统是基于一类新的聚合物发展起来的，这类聚合物可以不需
像液体似的注射输入体内。此类聚合物在体温时很快凝成凝胶体，从而提供包括蛋白质、
肽类等在内的稳定的、持久的药物输送。输送时间可长达12小时，无初始时大量释放的“
爆炸”效应。由于制备这种凝胶体载体是在室温下，不用有机溶剂(甚至对不溶解的药物)
的条件下进行的，所以可以避免蛋白质的变性作用。Pike公司宣称，这种凝胶体的降解与
其他共聚物不同，不释放酸性化合物部分。
临床前期的研究提示，BioGel的代谢产物是无毒性的，而且体内的研究已经显示，在
给药后的12周中，不出现局部炎症。对人重组生长激素的输送，Pike公司目前正在进行临
床前期研究。
也正在进行将BioGel应用于其他rDNA药物，如EPO、胰岛素及干扰素的应用研究。Pik
e建于1999年，曾对水不溶性的药物的一种固态-弥散微粒子系统进行研究，对细胞毒产品
也研制过一种能精密地在指定部位释放的输送系统。
曾研制过 |
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a****o
发帖数: 1786 | 36 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: toptip (土翁), 信区: Biology
标 题: 端粒和端粒酶的发现历程（简史版）
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 7 03:34:42 2009, 美东)
20世纪70年代初，对DNA聚合酶生化机制的深入了解引申出了一个“复制问题”：由于
DNA聚合酶需要RNA引物来起始DNA复制，线性染色体DNA每复制一轮，都将缩短一个RNA
引物的长度(1)。这意味着细胞需要引入特殊的机制来解决这个“末端复制问题”。而
早在1939年，McClintock报道，在减数分裂后期产生的染色体断裂很容易重新融合起来
，而在紧接着的有丝分裂中，这种染色体“断裂－融合－桥－断裂”的循环将不断继续
(2)。人们从而推测，染色体的自然末端应该不同于一般的DNA断裂末端，它有一个特殊
的结构来避免染色体间的相互融合。
在逐渐明晰了染色体末端特殊结构，即端粒的概念后，Blackburn实验室于1978年第一
次报道，四膜虫（Tetrahymena thermophila）的染色体外线性rDNA的端粒是由重复的5
’-CCCCA |
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