b*****e
发帖数: 288 | 1 随便去pubmed搜了下：
A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene
repression in the p53 response.
Huarte M, Guttman M, Feldser D, Garber M, Koziol MJ, Kenzelmann-Broz D,
Khalil AM, Zuk O, Amit I, Rabani M, Attardi LD, Regev A, Lander ES, Jacks T,
Rinn JL.
Cell. 2010 Aug 6;142(3):409-19.
Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer
metastasis.
Gupta RA, Shah N, Wang KC, Kim J, Horlings HM, Wong DJ, Tsai MC, Hung T,
Argani P, Rinn JL, Wang Y, Brzoska P, ... 阅读全帖 |
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X***n
发帖数: 366 | 2 最早的说法就是microRNA只repress translation而不改变transcription level啊。
虽然现在说也会影响转录水平。 |
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g*********d
发帖数: 233 | 3 人们都知道锻炼身体可以促进新陈代谢，有益于心血管健康，但此前科学家对运动究竟如何影响心脏
却所知甚少。美国哈佛大学医学院的研究人员日前报告说，他们首次从分子水平发现运动有益心脏健
康的机理，这一发现将有助于开发出治疗心血管疾病的新疗法。
研究人员通过小鼠实验发现，经常运动可以使小鼠体内的C/EBPβ转录因子水平显著下降，其结果会促
进小鼠心脏肌肉细胞增殖，有益于心脏生长。此外，研究人员还发现，体内C/EBPβ水平较低的小鼠对
心力衰竭具有抵抗能力。
研究人员表示，这项研究对心脏肌肉再生的潜力有了深入理解。参与研究的哈佛大学医学院教授安东
尼·罗森茨魏希表示，通过这项研究可以开发出针对那些无法运动的心脏病患者的疗法。
这项研究成果发表在新一期美国《细胞》杂志上。
C/EBPβ Controls Exercise-Induced Cardiac Growth and Protects against
Pathological Cardiac Remodeling
Cell, Volume 143, Issue 7, 1072-1083, 23 December 2010
10.1016/j... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 4 会不会是epigenetically repress了 |
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m*********n
发帖数: 56 | 5 It has also been reported that certain miRNA binds to 5'UTR or coding seq to
activate gene expression (see example: Vasudevan, S., Tong, Y. and Steitz,
J.A. (2007). Switching between repression and activation: microRNAs can
activate translation. Science. 318: 1931-1934. ).
Just throw out possibilities. |
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e**e
发帖数: 166 | 6 e****[email protected]
thanks a lot
LOV KELCH PROTEIN2 and ZEITLUPE repress Arabidopsis photoperiodic flowering
under non-inductive conditions, depending on FLAVIN-BINDING KELCH REPEAT F-
BOX1
Tomoyuki Takase, Yuuki Nishiyama, Haruna Tanihigashi, Yasunobu Ogura, Yuji
Miyazaki, Yumiko Yamada and Tomohiro Kiyosue
Accepted manuscript online: 22 APR 2011 08:32AM EST | DOI: 10.1111/j.1365-
313X.2011.04618.x
STARTS – A stable root transformation system for rapid functional analyses
of proteins of the mon... 阅读全帖 |
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E**********t
发帖数: 56 | 7 I chose these two papers for my journal club last year...
I didn't read them again, but in my memory, these two papers tried to
address the same question: why chemotherapy drug,tamoxifen, suppressed
breast cancer cell growth, but promotes endometrial tumorigenesis. Shang's
paper showed that tamoxifen could trans-activate PAX2 gene expression in
endometrial cancer cells, and the activation of PAX2 resulted in the
endometrial malignance.. The 2008 Nature paper showed that PAX2 is required
for tamo... 阅读全帖 |
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n******u
发帖数: 418 | 8 以前做luciferase assay
control一般都是b-gal
但是最近新的一批实验发现gal的表达被overexpression的protein repress的很厉害
试过pAct-b gal和pCH110 b gal都是一样的情况
所以问一下，除了用renilla luciferase做control还有其他什么control可以尝试么？ |
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g*********d
发帖数: 233 | 9 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 10 MNase也可以先crosslink，甚至可以有人crosslink->MNase->sonicate
repressive marker貌似sonicate很难做好，用MNase能做的很漂亮 |
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d*******s
发帖数: 61 | 11 http://www.jbc.org/content/286/32/28656.1.full
http://www.jbc.org/content/286/32/28656.1.full.pdf+html
Down-regulation of miR-1/miR-133 contributes to
re-expression of pacemaker channel genes HCN2 and
HCN4 in hypertrophic heart.
Xiaobin Luo, Huixian Lin, Zhengwei Pan, Jiening Xiao, Yong Zhang, Yanjie Lu,
Baofeng Yang, and Zhiguo Wang
This article has been withdrawn by the authors.
MicroRNA miR-133 represses HERG K channel expression contributing to QT
prolongation in diabetic hearts.
Jiening Xia... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 12 我觉得你和我回帖的思路差不多…… RE 切fix过的，southern + western，都是size
sepcific的
前面有人说还不知道是什么蛋白怎么办，其实我觉得关键是有一个idea这个序列是
activate的还是repressive 的 可以用一些已知的co-activator或者co-repressor来
locate. 要是序列的功能都不知道就难办了…… |
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B*****e
发帖数: 1005 | 13 140后的几个也不是美国AP啊，文章比跟前几个有距离
140 黄亿华 男 1971年10月 中国科学院生物物理研究所 生命
科学 2004年02月毕业于[美国]康奈尔大学 [美国]休斯医学研究所/西南医学中
心 讲师
1: Huang Y, Smith BS, Chen LX, Baxter RH, Deisenhofer J. Insights into pilus
assembly and secretion from the structure and functional characterization of
usher PapC. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 May 5;106(18):7403-7. Epub 2009
Apr
20. PubMed PMID: 19380723; PubMed Central PMCID: PMC2670885.
2: Lin SC, Huang Y, Lo YC, Lu M, Wu H. Crystal structure of the BIR1 doma... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 14 这个complex repress的target应该叫Lv Bu |
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k****x
发帖数: 265 | 15 miRNA，siRNA，小RNA，反义RNA之
miRNA refer to small RNAs with specific length (7-8 ncls)
and mainly repress genes, and mainly generated by cell itself
siRNA can be any RNAs that interference with other RNAs, I think
小RNA are more general, I guess, including others
反义RNA, means a RNA complementary to another RNA， I think |
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m**e
发帖数: 857 | 16 can you believe of it? Just 3 amino acid.
Regulatory evolution through divergence of a phosphoswitch in the
transcription factor CEBPB
Lynch VJ, May G, Wagner GP.
Nature. 2011 Nov 13;480(7377):383-6. doi: 10.1038/nature10595.
Abstract
There is an emerging consensus that gene regulation evolves through changes
in cis-regulatory elements and transcription factors. Although it is clear
how nucleotide substitutions in cis-regulatory elements affect gene
expression, it is not clear how amino-acid sub... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 >小本的贡献是0个图，不是10个图，只是打酱油玩了一下
原来如此啊
亏 yonggan (勇敢) 跟这个PI 快到PhD下地了
才发现她/他是头Academic狼啊? 这不和大白天明抢你的钱包的帮手一个类型 your PI,
yonggan (勇敢) 早干嘛去了 without below progress:
否認
（denial），反應結構（reaction formation），轉移（displacement），壓抑/抑制
（repression/suppression），
投射（projection），理智化（intellectualization），合理化（rationalization）
，補償（compensation），昇華
（sublimation），及退化情感（regressive emotionality
抓紧先笑脸虎对付那白眼浪 找到下家PD 后宁可拒绝发表
把数据全删了 即使删不了
authoship agreement form Sign "No" with that Letter sent to that Journal editor
if durin... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 18 你要知道，BAC里面就是你要的基因 + 调控序列 - epigenetic markers
虽然很多被epigentically repressed的基因很可能表达，但是你缺少必要
的TFs的话就没有办法了。
?
is |
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s******y
发帖数: 28562 | 19 首先，你必须用Northern Blot 来正式证实一下mRNA of Protein B 的确没有受影响。
光有RT-PCR or promoter reporter assay 是不行的，因为还有一个alternative
splicing的可能性你们还没有排除。在完全澄清之前最好不要贸然往translation regulation 做。
第二，如果你们的结果是对的话，下面会有很多有趣的东西，但是难度也不小。
你们的蛋白最有可能的是一个释放压制RNA表达的因子。
比方说 zip code binding protein(ZBP)这个蛋白是抑制RNA translation 的。然后
有其他蛋白可以释放这个ZBP而让蛋白开始表达。你们的这个蛋白A就有可能是类似这个
释放因子。
类似的还有一些蛋白，可以释放miRNA而使得某些蛋白可以进行翻译。
要知道更多的信息的话可以去查"release of translation repression"
很可能涉及翻译调控的比较初级的问题。
reporter assay), 但B蛋白却没有出现（抗体免疫荧光）。
转录，但却没有蛋白出来。所以B... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 20 >【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
同意 too
plus Alan Turing Reaction–diffusion system 这个理论
how to merge it to RNA and DNA NGS 2.0 or 3.0 data mining ?
for example:
果蝇胚胎发育 WNT system
发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标 题: Re: 你们经常浏览science和nature杂志不？
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 5 10:28:25 2011, 美东)
不好意思可能会让你失望了，Wnt的diffusion和我们的实验体系其实不太相关，所以我
不太了解，具体怎么测量还真不了解，做immunostaining？in situ？GFP tag？
不过Wnt的diffusion和果蝇胚胎发育早期经典的bicoid、hunchback等morphogen的
diffusion有所不同。bicoid、hunchback等好像都是tra... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 21 IRES stands for Internal Ribo Entry Site if I don't remember wrong...well,
if it is completely in frame, I think you worry shouldn't be whether it
represses the IRES but a different protein being made... |
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R******d
发帖数: 1436 | 22 呵呵，我不做数据库，我是想学习一下。要不你把你知道的贴个链接给我？
我的想法是：现在很多文献都说histone modification的作用是active或者repress转
录，但是好像这个作用并不是直接的。我想看看有没人把histone modification的直接
功能给整理出来。个人想法，未必对哦。 |
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j***x
发帖数: 1469 | 23 Cell Volume 59, Issue 5, 1 December 1989, Pages 815–825
Molecular cloning and characterization of a human DNA binding factor that
represses transcription
Ryoichiro Kageyama, Ira Pastan
Please send to
l************[email protected]
Thank you very much. |
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D******9
发帖数: 2665 | 24 突变五花八样， 大多数蛋白在细胞里， 又没有酶活性。 健康人早点测个序， 假如有
这些突
变，早点做个肠镜才是真的。
Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer.
Cancer Genome Atlas Network.
Abstract
To characterize somatic alterations in colorectal carcinoma, we conducted a
genome-scale analysis of 276 samples, analysing exome sequence, DNA copy
number, promoter methylation and messenger RNA and microRNA expression. A
subset of these samples (97) underwent low-depth-of-coverage whole-genome
sequencing. In total, 16% of co... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 25 Wen Yuan et al.
Dense Chromatin Activates Polycomb Repressive Complex 2 to Regulate H3
Lysine 27 Methylation
Science 24 August 2012; Vol. 337, No. 6097
同期评论中提到，H3K27 上的修饰比其他 histone 为点的修饰更 epigenetics，因为
这个为点的修饰可以在母细胞分裂时被复制到两个子细胞中。
难道不是所有的 histone 修饰都可以被复制吗？否则怎么能叫 epigenetics 呢？了解
的请讲讲，多谢了！ |
|
w***7
发帖数: 1637 | 26 source：http://bbs.netbig.com/thread-2491712-1-2.html
看了一下，今年不错啊，和清华并驾齐驱。
而且下半年我知道的还有两篇NS。
~~~~~~~~~~~~~~~~~
1.
Yuan W, Wu T, Fu H, Dai C, Wu H, Liu N, Li X, Xu M, Zhang Z, Niu T, Han Z,
Chai J, Zhou XJ, Gao S, Zhu B
Dense Chromatin Activates Polycomb Repressive Complex 2 to Regulate H3
Lysine 27 Methylation
Science, DOI: 10.1126/science.1225237, Aug. 24, 2012
2.
Liu B, Du H, Rutkowski R, Gartner A, Wang X
LAAT-1 Is the Lysosomal Lysine/Arginine Transporter That Maintains Amino
Acid Homeostasis
S... 阅读全帖 |
|
i**y
发帖数: 71 | 27 CpG island methylation is indeed highly repressive. But it doesn't happen
very often in normal cells. Most CpG island-methylated genes are germ-line-
specific genes or transposable elements.
The effect of sparse mCpG is still debated. There are also regions with
intermediate densities (e.g. CpG shores), where methylation anticorrelates
with gene expression. |
|
i**y
发帖数: 71 | 28 what do you mean by "强"? endogenous abundance? or repressive effect? |
|
b***h
发帖数: 26 | 29 甲基化频率 和 repressive effect。
Is GpC endogenous abundance lower than CpG? Thanks. |
|
i**y
发帖数: 71 | 30 it doesn't happen much in metazoan cells unless it's GCG. CpGs are the
canonical substrates for DNA methyltransferases.
Repressive effect is currently unknown. |
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u*********1
发帖数: 2518 | 31 举个例子，比如UW的John Stamatoyannopoulos，就是最近ENCODE的好几篇paper的老板
我听过他的演讲，一个大胖子，来势汹汹，语速非常快。要知道他做很多DHS啊TF啊的
binding site，涉及非常复杂的transcriptional network；但他对几乎所有的
transcription factor啊，各种cell line啊几乎是如数家珍；你随便问他任何问题，
比如how much percentage，他都可以立刻回答出来。。讲到最后大家都感觉他是在上
演精彩的talk show，已经不想去听他的演讲内容了（反正那么多detail也听不懂），
都是去看他的个人演讲风采了。
相反同一天，有个哈佛著名牛B实验室的一个中国postdoc来应征faculty的位置，。。
本身我们中国人口语就比不上老外，他还无精打采豪无气势的在讲。。。讲到最后大家
人都走光了。。。老外会不会进一步加深对我们中国人“smart silent mathmatician
with 5000 years of sexual repression"的印象呢。。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 32 Co-ask LZ
Is it an inhibitor of mammalian estrogen receptor?
or enhancer of USP-19
If either answer is Bingo,
pls refer
Ogawa M et al. (2011).
17β-estradiol represses myogenic differentiation by increasing ubiquitin-
specific peptidase 19 through estrogen receptor α.
JBC 286(48):41455-65.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21971047
or
Sundaram P et al. (2009).
USP19-deubiquitinating enzyme regulates levels of major myofibrillar
proteins in L6 muscle cells.
Am J Physiol Endocrinol Metab. 297: E1... 阅读全帖 |
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z********i
发帖数: 610 | 33 Thanks very much for your reply.
Although more info regarding your experiments is needed, but basically,
1. it is possible that WT hes1 activated promoter but dnHes1 (dominant
negative?) did not; it only suggests that the endogenous Hes1 in the cell
line you tested was not invoved in maintaining the basal activity of that
promoter. Actually, it is not a bad observation; it suggests that hes1
activated this promoter via DNA binding, becaseu usually dnHes should have
no or little DNA binding activ... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 34 C elegans RNA-binding proteins (RBPs) POS-1 and GLD-1 both proteins
recognize the glp-1 3' untranslated region (UTR) through adjacent,
overlapping binding sites and that POS-1 binding excludes GLD-1 binding.
PMID 23034181
by Farley BM et al.
POS-1 and GLD-1 repress glp-1 translation through a conserved binding-site
cluster. (2012).
Mol Biol Cell. 23: 4473-83.
web link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23034181 |
|
w***a
发帖数: 432 | 35 这片文章里有讲过一点。和shRNA一样表达。
@Article{Chen2004,
Title = {MicroRNAs modulate hematopoietic lineage
differentiation.},
Author = {Chang-Zheng Chen and Ling Li and Harvey F
Lodish and David P Bartel},
Journal = {Science},
Year = {2004},
Month = {Jan},
Note = {mark},
Number = {5654},
Pages = {83--86},
Volume = {303},
Abst... 阅读全帖 |
|
x**********o
发帖数: 142 | 36 Cell Physiol Biochem. 2013;31(1):113-22. doi: 10.1159/000343354. Epub 2013
Jan 25.
External Qi of Yan Xin Qigong inhibits activation of Akt, Erk1/2 and NF-&#
312;B and induces cell cycle arrest and apoptosis in colorectal cancer cells.
Yan X, Shen H, Jiang H, Hu D, Wang J, Wu X.
Background/Aims: Colorectal cancer (CRC) is the second leading cause of
cancer death in the Western countries. Novel approaches of treatment are
needed for CRC. The purpose of the present study was to investigate
cytotox... 阅读全帖 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 37 CMV其实很烂，很多细胞里面会被repress。
还不如搞个中等表达的ef1a一类的 |
|
L*******a
发帖数: 293 | 38 我觉得这个会是一个热点。一方面是因为technologically practical，技术进步让大
家能够从仅研究一维/线性的调控扩展到研究三维/长程的调控；另一方面三维调控本身
是个biologically interesting的问题。cohensin，CTCF这些调控因子影响到细胞核内
subdomain的形成。从线性角度的chromatin regulator binding在更高的维度上有long
range interaction。Actively transcribed基因在三维空间上互相靠近，形成co-
transcription中心。类似的，facultative heterochromatin里的repress基因也会相
互靠近，叫polycomb body。是higher-order chromatin structure水平的调控。
seq |
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m******g
发帖数: 467 | 39 Nature 13.12.05
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Long ncRNA speed upGAL expression
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m******g
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x********e
发帖数: 35261 | 41 post-transcriptional repression
可以有很多种可能 |
|
x********e
发帖数: 35261 | 42 post-transcriptional repression
可以有很多种可能 |
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m******g
发帖数: 467 | 43 Science 14.09.19
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m******g
发帖数: 467 | 44 Science 14.09.19
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2. H3K27me and PRC2 transmit a memory of repression across generations and
during development |
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m******g
发帖数: 467 | 45 Nature 14.12.18
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V******t
发帖数: 444 | 46 主人公好像还在做博士后
.
Xie Y, Lu W, Liu S, Yang Q, Carver BS, Li E, Wang Y, Fazli L, Gleave M, Chen
Z.
Mol Endocrinol. 2014 Oct;28(10):1629-39. doi: 10.1210/me.2014-1078. Epub
2014 Aug 6.
PMID: 25099011 [PubMed - in process]
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Slug regulates E-cadherin repression via p19Arf in prostate tumorigenesis.
Xie Y, Liu S, Lu W, Yang Q, Williams KD, Binhazim AA, Carver BS, Matusik RJ,
Chen Z.
Mol Oncol. 2014 Oct;8(7):1355-64. doi: 10.1016/j.molonc.2014.05.006. Epub
2014 May 21... 阅读全帖 |
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z*t
发帖数: 863 | 47 目前是因为bisulfite几年之前很少有whole genome的coverage，尤其是Steve Baylin
在早期的promoter methylation repress gene expression的问题上搞得有点over
simplified.现在整个field都在拓展到whole genome，发现了gene body的methylation
其实是促进表达的。而且新的DNA modification比如hydroxylmethylation的发现完全
改变了对一部分DNA methylation数据的解读。
这种因为技术本身限制的问题并不能说以前的research都是trash.我也知道bisulfite
降解DNA但不能说因为降解DNA就回家睡觉啥也不干了...听蝲蝲蛄叫还不种地了么？而
且这不就是知道这个问题的人找出新方法大显身手的时候么？ |
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t*******y
发帖数: 36 | 48 楼主感兴趣的话可以看看UCSF Jonathan Weissman实验室，听说他们实验室根据cas9搞
的cas9a（activation)和cas9i (repression)效果还不错，暂时主要应用在genomic
screen上。我觉得以后用来做真核的synthetic biology非常好。同样在UCSF 的
Wendell Lim前一阵子把一些基本的基因调控原件应用在免疫细胞里面，效果还不错，
以后基于synthetic biology的基因治疗可能也有很好的发展....
搬到mit的james colins 也很好。
纯从转录调控说，个人感觉e coli 和 yeast 差别不是特别大，从 yeast 到其他的真
和模式生物差别非常大。虽然yeast同样有histone,但是对转录调控的影响比较简单。
在yeast里大概影响转录调控的variables都了解的差不多了，直接manipulate这些
variables的工具也相对齐全。在其他真核系统里，定量的研究感觉上还都是停留在对
一个gene的特定promoter的研究，从这个gene上发现的规律放到其他gene上面基本... 阅读全帖 |
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h**********r
发帖数: 671 | 49 换原来的promoter换成repressible promoter?加chemical抑制，移走chemical不抑制 |
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发帖数: 1 | 50 不但是“协和有人造假”，而且居然是“协和毕业的一对夫妻合伙造假”，奇闻也！
“北京协和一个毕业生因为两篇论文造假被波士顿大学剥夺教师职位”。
王盛毕业于北京协和医学院，获得博士学位，到美国后在哥伦比亚大学和纽约大学做过
博士后，2000年受聘到波士顿大学医学院癌症研究中心工作。他在乳腺癌研究方面有不
少成果。
王盛涉嫌造假的这两篇论文，第一作者均是张葆华（Baohua Zhang，音译）。张葆华是
王盛的妻子，1984年北京医学院牙科专业毕业，其后在北京协和医学院获得硕士学位。
不但是“协和有人造假”，而且居然是“协和毕业的一对夫妻合伙造假”，奇闻也！
现在韩春雨和沈啸两个作者也是协和人，成双出没是协和人造假的特征？需要N+1的例
子。
=================================================================
在美华裔研究者伪造论文数据遭重罚
一位在波士顿大学医学院癌症研究中心担任助理教授的华裔研究人员王盛（Sheng Wang
，音译）由于在发表的两篇论文中伪造数据，失去了在波士顿大学的教职。
科研道德办公室年度报告
8月5日... 阅读全帖 |
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