q********g
发帖数: 10694 | 1 Sobereva
Department of Chemistry, University of Science and Technology Beijing,
Beijing 100083, China
前言：本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法，并讨论相关问题。由于这类算法极
多，可以互相组合，限于精力不可能面面俱到展开，所以只介绍常用，或者实用价值有
限但有启发性的方法。文中图片来自相关文献，做了一定修改。由于本文作为帖子发布
，文中无法插入复杂公式，故文中尽量将公式转化为文字描述并加以解释，这样必然不
如公式形式严谨，而且过于复杂的公式只能略过，但我想这样做的好处是更易把握方法
的梗概，有兴趣可以进一步阅读原文了解细节。对于Gaussian中可以实现的方法，文中
对其在Gaussian中的使用进行了一些讨论，希望能纠正一些网上流传的误区。虽然绝大
多数人不专门研究计算方法，其中很多方法也不会用到，但多了解一下对开阔思路是很
有好处的。
文中指的“反应”包括构象变化、异构化、单分子反应等任何涉及到过渡态的变化过程
。“反应物”与“产物”泛指这些过程的初态和末态。“优化”若未注明，... 阅读全帖 |
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c*******n
发帖数: 1648 | 2 In matlab code, for example RK45 is an adaptive solver.
The mechanisim is that every time, use RK4 get a solution, use RK5 to get
another, check if abs(RK4-RK5)> error1 that you set. if it is, cut interval
into half, if
maintain the interval. Actually there are plenty of adaptive solvers, you
don't
need to program by yourself. |
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s***e
发帖数: 911 | 3 SUBROUTINE rkdumb(vstart,nvar,x1,x2,nstep,derivs)
INTEGER nstep,nvar,NMAX,NSTPMX
PARAMETER (NMAX=50,NSTPMX=200)
REAL x1,x2,vstart(nvar),xx(NSTPMX),y(NMAX,NSTPMX)
EXTERNAL derivs
COMMON /path/ xx,y
CU USES rk4
INTEGER i,k
REAL h,x,dv(NMAX),v(NMAX)
do 11 i=1,nvar
v(i)=vstart(i)
y(i,1)=v(i)
11 continue
xx(1)=x1
x=x1
h=(x2-x1)/nstep
do 13 k=1,nstep
call derivs(x,v,dv)
call rk4(v,dv,nva |
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d******a
发帖数: 32122 | 4 ☆─────────────────────────────────────☆
chee2010 (Chee) 于 (Thu Jun 21 15:35:56 2012, 美东) 提到:
菌斑第一帖。
我其实从来不咋关心政治，对台湾大陆的关系也是一知半解。
今天和一个台湾同事聊了好几个小时，很多时候被他说的无话可说。他人平时非常不错
，只是从来没有聊过这些。我固然知道咱是有很多问题，但是聊着聊着，聊到后面还是
会有些不爽。
1. 他举了一个例子，说他知道中国人会嘲笑北朝鲜，说他们太封闭，这就像台湾看中
国。觉得中国太恐怖了，民怨大，但是不敢说。中国人自己觉得很好，就和朝鲜人觉得
自己很好一个样。他说台湾现在已经非常民主了，每个人都可以骂政府，可以游行。有
了这种自由之后就不会再想回到中国这种状态了。
2. 贪污腐败太严重，全民行贿受贿。他说台湾能收受几块美金的东西就够你吃不了兜
着走了。
3. 中国就是不敢打仗。什么东西都要遮起来盖起来，军队实力估计也是“看起来很牛
叉”而已。不然为什么南海那些小国家都不敢动。当年叫嚣打台湾也是很凶，结果也还
是什么都没有。
4. 台湾才是正统... 阅读全帖 |
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o*****s
发帖数: 1445 | 6 当初我混小硕的时候，一个班一帮人不让选计算机，只能选这种没用的反应工程之类。
大家本来都比较气愤。后来一看老房来讲了，加上当时学校网管是小房，一下大家都很
8.看在小房一副好奶的份上，课堂气氛到也还行。
本来房鼎业吧，长的老墨一样又矮又壮的，一口跟老江一样的扬州普通话，大家混个脸
熟，私下讲讲他女儿的长相啊之类的。互相幻想着搞了她女儿以后可以保送出国，去德
国当个洪堡博士后之类的。一堂课也就那么过去了。那老房涵养非常的好。你也知道，
这化工硕士yy起女生来，那都是嗓门很大的。那老房每次进教室，都提前咳嗽一下。大
家一看，都红着一张兴奋的脸，心情澎湃的坐下。很无奈的听着这些东西。
那时化工的数学很差，那老房，一个RK4，现在照说matlab一敲就好的，讲了老半天。
还算是个高级计算工具。至于积分收敛啊，不收敛怎么调整啊，都没有的。也难怪化工
出来的改专业难。都是华理基础差啊。至于计算机，那是根本没有。当时，matlab引入
学校，还是靠学校周围小店里面买盗版的功劳。当时搞笑到什么程度，硕一的时候，那
个跳楼自杀的俞文鱼此，很显摆的摆弄一个ibm thinkpad 600E。据说上面装了一 |
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n******n
发帖数: 6 | 7 i accidentally read a paper describing the rk method for sde. search online.
it is written by a mit guy. if the noise term is just white noise gaussian,
it is actually very close to the ODE RK4. |
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c********i
发帖数: 55 | 8 好冷清……
大概一想，估计个a的初始值，从 ydot = ( y(x1) - y(x0) ) / ( x1 - x0 ),
x1 = exp(-8), x0 = 0
我不知道MATLAB的ODE45到底怎么用，不过楼主可以自己整一个RK4的程序（比较简单）
，然后自己从0积分到1，比较积分误差，给a一个纠正值，再从头积，…… 到满意为止
当然，要是能对a有一个估计最好 要不然可能是超级的慢喽 |
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