l********0
发帖数: 283 | 1 http://rpy.sourceforge.net/rpy2.html
安装rpy2时遇到问题，我采用这种方式安装：Install from source
错误如下：
[root@winter211 rpy2-2.1.0rc]# python setup.py build install
/usr/lib64/python2.4/distutils/dist.py:236: UserWarning: Unknown distributio
n option: 'install_requires'
warnings.warn(msg)
running build
running build_py
running build_ext
building 'rpy2.rinterface.rinterface' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY
_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp- |
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n******g
发帖数: 2201 | 2 小心rpy2 把default r ，路径霸占。。我被害过
[在 wdong (万事休) 的大作中提到：]
:前两天读一个文档.根本读不懂. 后来rpy2了事. |
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p**o
发帖数: 3409 | 3 不知道版上有没有用Python做科学计算的同好，
本人近日在带Lion的新MBA上安装Python科学计算包遇到了困难，
现把失败经历小结如下，希望后来人不要重走弯路，
如果能为本人指出一条“正路”就更感谢。
尝试1. MacPorts
macports是我第一个试的，下面这些包可以通过编译：gnuplot libsvm py27-numpy
py27-scipy py27-matplotlib python27-doc py27-sympy py27-ipython py27-
networkx py27-pymc py27-django py27-libdnet py27-lint py27-mysql py27-pip
py27-ply py27-pygraphviz py27-pyrex py27-rpy2 py27-scientific py27-sqlite
py27-svn py27-tables py27-tornado igraph py27-igraph py27-numexpr py27-pp
py27-cython py27-psyco py27-twisted... 阅读全帖 |
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P*****6
发帖数: 273 | 4 生手请教专家
请问是否能把绝大多数的python程序转化成exe文件？还是很多module都不能转化？
用了一段时间python，python确实简单，但是也总给我惊喜，比如numpy在windows下只
能装32位，rpy2只能在linux下用，感觉自己用还行。给别人用通用性差些。
谢谢 |
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w***g
发帖数: 5958 | 5 前两天读一个文档.根本读不懂. 后来rpy2了事. |
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n******g
发帖数: 2201 | 6 我装了anaconda anaconda/bin凌驾于最高路径 然后rpy2把R executable 放在此处 我
原来的r install 和r packages 就出了问题
[在 wdong (万事休) 的大作中提到：]
:请展开说说? |
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 Sure
plus one Plos Bio 2012 paper from that Tom Maniatis lab too:
Zhao M. xxx mmm nnn and Tom Maniatis (2012)
Stochastic Expression of the Interferon-β Gene
PLoS Biol. 10: e1001249.
HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617958
plus
2012 one Nature sister:
Multi-layered stochasticity and paracrine signal propagation shape the type-
I interferon response.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22291574
ps: for how to Stochastic Hidden Markov chain simulating MAVS KEGG pathway
pls just try one R&Pyt... 阅读全帖 |
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s******k
发帖数: 6659 | 9 最近工作开始用R了，跟python之间有rpy2可以调用，还不错。R的package速度很快。
matlab再怎么好，跟其他语言之间的衔接应该不那么容易吧。没法加入production。
我知道有些analytics的工作有用matlab的，比如PwC的pricing service team。工作内
容是自己做research的话，当然用什么也无所谓了。 |
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d*******o
发帖数: 493 | 10 啥是GWAS阿？
试试call R function in Python by RSpython(rpy2) or rpy
GWAS |
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k*****u
发帖数: 1688 | 14 为什么要从python里面去access R呢？ 时能解决存贮问题么？ |
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D******n
发帖数: 2836 | 16 i think he was asking why not just do it in R? |
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s*********e
发帖数: 1051 | 17 convenience and elegance, about which someone doesn't care. |
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s*********e
发帖数: 1051 | 19 yes, with rpy2.robjects. but this method is not as efficient as native R
code. |
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q**j
发帖数: 10612 | 21 thanks a lot! would you talk a bit about rpy and rpy2? what are the
differences? |
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