o********r
发帖数: 775 | 1 小基因的话PCR后sanger
大基因capture后NGS |
|
a***e
发帖数: 1010 | 2 改研究生考卷， 问谁得过什么若蓓尔奖
一个说孟德尔
一个说饶子和先生
还有个说 PCR, Sanger |
|
|
|
g*********d
发帖数: 233 | 5 科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因
2月16日发表在《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究报告称康涅
狄格大学的遗
传学家Mark Longo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库
中的大约
1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因组数据受到了人类DNA的污染，样品处理有可能是
导致DNA数据
库广泛污染的最主要原因。这一研究报告引起了生物研究人员及各大权威媒体的高度关
注，《科学
家》（The Scientist）杂志以及《自然》（Nature）杂志均在其官方网络上第一时间
对这一事件
进行了报道。
Mark Longo等在报告中呼吁科学家们需更加努力以确保测序获得的基因组不受到污染，
并应对来自
公共基因组数据库的基因组进行潜在污染检测。
“基因组污染是一个大问题，但却不是一个新问题，”加州大学进化生物学家、美国能
源部联合基因组
研究所系统发育基因组学计划负责人Jonathan Eisen说：“这篇论文或可帮助提醒人们
注意这一问
题。”
污染有可能在测序的任何一个阶段导入到基因组序列中... 阅读全帖 |
|
T**********t
发帖数: 1604 | 6 sanger测序一开始的几十bp都不准的，如果测序引物离酶切位点太近就测不出来了。
你有目标片段就说明酶切成功了，不用担心这个问题。 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 7 sanger测序
这头牲口就是RNA seq输了 |
|
|
h**********r
发帖数: 671 | 9 赶明儿做个列表，把这帮家伙来个大起底。比如说university of wisconsin madison
的，UIUC的，RICe，MIT,哈佛的，dartmouth,UC系统的，德州系统的，宾州的，GIT的
，明尼苏达的，加州的还有别的地儿的～
Very yellow, very violent!
----By Sanger |
|
f****y
发帖数: 104 | 10 在sanger称霸江湖的那个年代,JMB可是巨牛杂志. |
|
l***d
发帖数: 1828 | 11 any comments?
http://www.nature.com/news/2011/110519/full/news.2011.304.html#
All science students learn the 'central dogma' of molecular biology: that
the sequence of bases encoded in DNA determines the sequence of amino acids
that makes up the corresponding proteins. But now researchers suggest that
human cells may complicate this tidy picture by making many proteins that do
not match their underlying DNA sequences.
In work published today in Science1, Vivian Cheung at the University of
Pennsy... 阅读全帖 |
|
z*******a
发帖数: 175 | 12 又来一sunnyweiwei。
我猜呀，是sunnyday的人气闹的吧。
来一大胆假设，有那末一天，sunnyday呢，贡献过大，功高震主，得一斩立决，就再也没有sunny啥啥的出没了。
然后呢 sunney xie同志受了惊吓，更名换姓，摇身一变成园丁，学Frederick Sanger的啦，很没创意。
sunnyweiwei 呀，听老衲慢慢道来。从前有一小朋友叫zhugeceba，老师说，两点成一线，三点成一面，是公理，不须
证明。小朋友想啊，哇老师厉害，什么都知道。
后来呢，得知有一陈呆子辛苦一辈子论证1＋1＝2，因而zhugeceba糊涂了好一阵。
此处略除一万字。
再..........再后来呢，学习进化论，感觉有意思，来美，上教会，教徒们成天专门针对进化论耐心替我洗脑，－－－更糊涂
啦。
一而再，再而三。
zhugeceba就改名糊涂一世啦
头像是谁呀？拜托赐教 |
|
s*********i
发帖数: 53 | 13 太高深了，看不懂哎。
不过还是要谢谢你，
头像是画。
也没有sunny啥啥的出没了。
Sanger的啦，很没创意。
一线，三点成一面，是公理，不须
针对进化论耐心替我洗脑，－－－更糊涂 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 14 多谢！ 这个会看上去很有意思，就算不用听听应该很好玩。
我其实也不懂到底哪种适合干什么，我自己是想借这个机会学学NGS的。 你说NGS主要
是找基因，那找到之后还
必须要全长重新用sanger法再从头到尾测一遍么？还是能缩小到比较小的一段？
NGS
be |
|
n******7
发帖数: 12463 | 15 就是sanger 和 二代测序的区别了
二代测序还是很有意义的，个人认为不亚于PCR技术的贡献 |
|
|
m*****i
发帖数: 628 | 17 精度比sanger sequencing 高不少。 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 18 什么叫精度？Phred score？
用NGS测的clone序列好像还不能submit到genbank，得sanger 再测一遍 |
|
s**u
发帖数: 9035 | 19 Faculty position in human genomics at the Institute for Genome Sciences,
University of Maryland, Baltimore
The Institute for Genome Sciences is seeking a new faculty member at
the Assistant/Associate/ Professor level in the area of human genomics/
bioinformatics.
The Institute currently has 23 highly collaborative faculty working on
the human microbiome, human genome sequencing, genetic variation,
cancer genomics, host/pathogen interactions, and other areas of
interest related to modern genomics... 阅读全帖 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 20 事情是这样，我们用RT-PCR克隆了一些gene的transcript （CDS only），然后丢给454
测了，然后把其中的一些克隆又拿去做了Y2H。我发现有好几个基因都有个特别的
transcript克隆出来。它们的特点是：
1. 超级短。往往gene有七八个exon，这个transcript就在取了第一个和最后一个exon
的各一部分了事。一共也就200个nt左右
2. READS coverage很低。我们平均的coverage在60X+，这几个小东西也就1-2X，因为
也很短，也就是说，就一两条reads支持。很奇怪，因为我们是用clone测序，所以这个
跟表达量也没关系。后续的Sanger data也确认了这些短序列
3. 不是canonical splicing site。把这些序列align的genome的话，都是覆盖最5'和
最3'端的，之间是一个巨大的gap。如果gap是spliced intron的话，对应的splicing
site不是GU..AG。
4. interaction partner往往很多。比如有个transcript，有15个partner筛出... 阅读全帖 |
|
r*********r
发帖数: 6 | 21 “细菌变化”到底是指细菌种类的变化，还是数量的变化？
由于你的样品是许多混合的细菌，所以不能直接以SANGER法测序混杂的PCR产物。可以
用DGGE、SSCP、克隆、或pyrosequencing等方法，各有利弊，具体要看你想解决什么问
题。 |
|
c**********e
发帖数: 70 | 22 请问你所说的做metagenomics之前做一个pyrotag的trial，看看是不是值得做
metagenomics，有什么参考文献吗？
我们最早的是PCR-单克隆-sanger，后来是PCR-454， 目前在考虑是不是做meta，因为
PCR的区域似乎不能提供我们希望的resolution，你所说的评价是否做meta是怎么一回
事啊？ |
|
d********m
发帖数: 3662 | 23 seminar上一教授提到他心中最重大的现代生物学进展是PCR，他说认识的人里，没有比
kary mullis更聪明的了。我觉得应该也没有更玩世不恭的了，呵呵。
我个人觉得现代生物学里测序是最大的发展。frederick sanger是我心中最牛逼的人物
没有之一。
近百年来我个人觉得是t.h. thomas。
不知道版上诸位意见如何。 |
|
|
d********m
发帖数: 3662 | 25 我也同意你对PCR的看法。只是我觉得PCR的发明有点像发明某种玩具，不像sanger一样
是严密的实验和推理，出发点上逊了一筹。
working
. |
|
w******n
发帖数: 371 | 26 什么会是下一个生命科学的炒作主题？【转】
来源： 肖瑶的日志
过去30年，美国的生命科学高速发展，现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外，在基础
研究，生物科技上成了世界的龙头老大，成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
成果累累：
1. 美国主挑完成了人类基因测序（Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑)；
2. 建立强大完整的生命科学数据库（Pubmed,MGD,UCSC genome etc）;
3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库（cell系列， Science, Nature分枝系列
，PNAS, Plos系列 America J.of ×××）等等。
4. 掌握了绝大部分生物核心技术（Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR，
第一代，第二代DNA sequencing技术，莹光标记技术，莹光成像技术，人源化的单抗制
备技术，基因芯片， ChIP技术，和欧洲，日韩同步的干细胞技术。)
5. 拥有500-1000家成型的生物公司，有强大的应用开发实力和团队,拥有当今世界绝大
多数的生物高科... 阅读全帖 |
|
n******7
发帖数: 12463 | 27
PCR的error有一些，有些clone很奇怪，做了SANGER出来一些不知道哪里的序列。还有
rRNA的序列都弄出来了
我做的assembly，为了保证data size，有些cutoff设定的不是很严格，所以有些区域
的分值不高。还有一些alignment的问题，我发现过几个错误。 我们的目的是发现一些
新的iso，所以ref sequence并不是总有用。
保守没办法，我们的实验pipeline有些assumption，其实是不完全对的。加上我们最后
研究的使protein，这个对mrna序列太敏感了，只好保守一点。除非老板或者合作者愿
意做一些protein level的高通量严重，比如MS之类。。。
我们想发现全长isoform
RNA-seq目前只能研究splicing sites吧？ Cufflinks，scripture什么的出来的
isoform还是根据splicing site预测的，不一定真实存在。 做clone的目的也是为了
克服RNA-seq的这个缺点。我们选了一组gene set做的clone，手上几组数据大概一共测
序了36K的clone |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 28 why only try BAC vector method only
alternatively you can try PB transposons vector
>Transfection of naked DNA has been used for large-cargo delivery.
Pronuclear injection of bacterial artificial chromosomes (BACs) has been
successful for transgenesis of up to 300 kb. However, the integrity,
integration site and copy number can not be controlled. BAC vectors have
also been used for targeting large cargos to defined genomic positions in ES
cells via homologous recombination (Valenzuela et al., 20... 阅读全帖 |
|
|
m****c
发帖数: 244 | 30 +1: matt hurles @ sanger
variation在disease（尤其是 |
|
c**********e
发帖数: 70 | 31 Congratulation to him.
-----------------------------
March 14, 2012 | Heng Li, a research scientist at the Broad Institute, is
the winner of the 2012 Benjamin Franklin Award for Open Access in the Life
Sciences.
“I have to say I’m a little surprised,” Li told Bio-IT World, of the
award, though his contributions speak for themselves. Li made essential
contributions to the next generation sequencing (NGS) field with tools like
SAMtools, BWA, MAQ, TreeSoft and TreeFam, many of which began as proj... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 32 LZ please try plus anyone reporter likes LacZ or similar
Literatures:
1)
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3098885/
or
2)
FTP site //ftp.sanger.ac.uk/pub4/theses/kong/chapter1.pdf
or
384well Long-range PCR
3)
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21677750
full text link:
//www.genome.gov/Pages/Research/DER/KOMP/KOMP-GWAS-GENE-Nature-June%202011.
pdf
its Fig. 5
PCR。 |
|
n*********4
发帖数: 99 | 33 BIOINFORMATICS for Next Generation-Sequencing analysis @ ICBR of University
of Florida
RESPONSIBILITIES:
• Provide high level bioinformatics support to molecular biologists
by applying information technology and statistics to genomic and proteomic
projects;
• Evaluate available bioinformatics tools for next generation-
sequencing data and prototype new methods and algorithms to enhance existing
analysis capabilities and pipelines;
• Provide computational support for in... 阅读全帖 |
|
f****b
发帖数: 2410 | 34 BIOINFORMATICS for Next Generation-Sequencing analysis @ ICBR of University of Florida
RESPONSIBILITIES:
• Provide high level bioinformatics support to molecular biologists
by applying information technology and statistics to genomic and proteomic
projects;
• Evaluate available bioinformatics tools for next generation-
sequencing data and prototype new methods and algorithms to enhance existing
analysis capabilities and pipelines;
• Provide computational support for in... 阅读全帖 |
|
l******n
发帖数: 520 | 35 有个小学校想搞个DNA sequencing facility
主要有sanger ABI机器2台
正打算买一台Illumina，一台454
将来预购Ion T
目前有几个技术员，其中一个技术员（中国MD,PhD学位）主要负责。系里想招一个Core
facility director。系里一个认识的教授推荐我申请。中部研究型小学校。不知道这
个职位发展前景如何。 |
|
c********r
发帖数: 1125 | 36 最近看max preutz的传记，他就是个“笨科学家的典型”，crick还经常拿他开涮，比
如对报告人说“你得把问题解释的max都能听懂才行！”，max也不在乎。。。但是人家
也拿了炸药。。sanger也是公认不聪明的，两个炸药。。。。
说到zhuang xiaowei，想起鲍林的例子，觉得有些想像。。。。
鲍林是那个时代公认最聪明的化学家之一，我看过他的传记，他从小到大学习很顺利（
虽然不是名校，家境缘故），超级明星学生／研究生，去欧洲以后才发现牛人原来很多
（去sommerfield实验室见识了海森堡等妖孽。。），决定“不跟随数学／量子物理的
鬼火，还是安心把理论发展到化学里”，始成一代化学大牛。。。如果当年鲍林一根筋
去搞理论物理应该就是个一流半二流物理学家。。。
所以我觉得visionary比smart,clever都重要。。。 |
|
a*****x
发帖数: 901 | 37 sanger重出江湖了？你觉得现在的NGS真的是next generation吗... |
|
|
l**********1
发帖数: 5204 | 39 LZ pls try go to
//www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/
or Cell article:
by
Nik-Zainal S et al. and Stratton MR (2012)
Mutational processes molding the genomes of 21 breast cancers.
Cell. 149: 979-93.
Abstract
All cancers carry somatic mutations. The patterns of mutation in cancer
genomes reflect the DNA damage and repair processes to which cancer cells
and their precursors have been exposed. To explore these mechanisms further,
we generated catalogs of somatic mutation from 21 breast cancer... 阅读全帖 |
|
a********k
发帖数: 2273 | 40 典型的不就是两次nobel的Sanger同学么
除了得奖的事情，基本没太多其他文章了，通常2-3年才有一篇小文章。第一个胰岛素
坚持了10年，第二个测序基本上是15年吧。 |
|
C***U
发帖数: 2406 | 41 有什么比较通俗易懂的DNA测序的方法介绍么？
我所知道的是开始有EST，后来有了Sanger的Chain-Termination method，然后现在又
有了next generation method。
请问有什么科普介绍性质的文章，不要太长的。谢谢。 |
|
k******0
发帖数: 1073 | 42 就是。
HHMI 和Wellcome Trust其实就是在NIH和MRC等政府资助的科研人员中拔尖的。大家看
到都
是顶尖科学家的辉煌，其实背后是需要政府强力和坚实的研究支撑体系。而中国象HHMI
这种私人资助科研机构和体制还不存在。
NIBS，我觉得很像MRC的一个新所，通常MRC的某个牛人，会出来当一个小所的所长，拉
一批相关领域的年轻研究员，针对某个领域进行深入研究，发展的好的话，研究所可以
继续运行下去。但通常都是牛人退休了，研究所也解散撤销，优秀的研究人员整合都其
它研究所。当然，NIBS的研究还是比较杂。
MRC，跟NIH类似，既有资助自己研究所的，也有资助MRC外研究员的。而比较成功的也
就剑桥LMB这一家。如criseaster所说，经费，机制，辅助设施，生源都重要，但是PI
的水平我觉得还是最重要。LMB也是靠Perutz，Crick和Sanger打下的天下。
Janelia农场, 好像有个致命的缺陷，生源，缺乏知名大学的支撑。NIBS应该加强和北
清的合作，争取最好的生源，而不是运行自己的研究生项目。毕竟很多好学生冲着拿最好
大学的文凭来的。MRC曾经有自己的研究生... 阅读全帖 |
|
c********r
发帖数: 1125 | 43 很多大老板现在确实都是离开实验台得，
但是很多老一辈得老板，尤其做模式生物的，非常痴迷于benchwork。
就Gurdon来说，我95％相信他还做一些实验。
1。他几年前在current biology得Q&A专访上说过他还是坚持benchwork,同时当问到“
对青年科学家的建议”得时候着重强调了“不要离开”benchwork。
2。我实验室得博后接触过Gurdon，说他是一个罕见得十分低调，十分务实得科学家，
并不是飞来飞去得social型得。他自己接受采访也十分谦虚低调。
3。Gurdon这个级别和资历早就不用Social了，都80了，基本就等等炸药，完全进入享
受科学得状态了。想想牛B如watson, crick,brenner,这种人，也没有在名校生前就拥
有自己名字命名得研究所吧？ （sanger 有，Gurdon 也有），Gurdon 早就有了可能拿
到得一切了。
4. 英国尤其是MRC LMB出来的老板有自己动手＋小规模研究组＋注重讨论的气氛，这种
环境现在在美国牛实验室已经很少了，但是在英国还是有的，很多牛组并没有多少人，
老板亲自动手做试验的也非常多，我知道得最起... 阅读全帖 |
|
c********r
发帖数: 1125 | 44
你说的很对，Gurdon家具体干什么的我不清楚，但是我觉得他应该家世很好。
因为你看他得教育背景：伊顿公学＋牛津，另外他接受采访说过他当年功课不好，高中
还多补习了一年才上的牛津。。。
和其类似得还有Sanger,他自己都说靠着家里有钱才进得剑桥，后来实验室没钱也是自
己掏腰包。。。
古代中世纪做科学得确实有钱人多，衣食无忧＋无聊么。
现在的学术和30年前不一样了，大部分好的研究必须靠抢钱抢文章，没办法，行业饱和
＋竞争激烈太多了。
对于做得特别好的postdoc／年轻老板实际上有一些选择，janelia farm/stowers，欧
洲得马普得青年研究员和一些研究所都有很好的独立位置，基本不用愁钱，文章硬要求
也没有，但是大多做几年就要走人。 |
|
t**m
发帖数: 158 | 45 和两位都有一些了解, 都是我非常佩服的人
华大的发展模式也是经常引起争论的话题
这里转载一段两人的论战
===============================
http://seq.cn/6020-1
王俊，你是科学家吗？-北大饶毅PK华大青年领袖王俊
本帖最后由 聪明的大头 于 2012-10-29 10:24 编辑
本周日（10-27）去参加了北大举办的生物交叉学科学术论坛！
当听完北大生科院饶毅院长开场致辞的最后一句话时，我惊呆了。但随后两位大牛间十
分钟的赤膊之战，让我彻底埋在了炮灰下...
还好，本想录制王俊老师的演讲报告回去仔细研读，没想却把这千载的一幕记载了下来
。饶毅院长招招致命的出击，与王俊老师雄霸天下的气势，这精彩的一幕有幸被我录了
下来，与草根们一起欣赏两位大牛的巅峰“对决”。
下面来概括一下：这次“论战”大致主要分四场，分别是：
论战一：华大你拿中国的钱为外国做事？
论战二：华大只会拿别人的idea做学术吗？
论战三：王俊，你是科学家吗？
论战四：华大是造福老百姓的吗？
下面分开而谈！
（注以下声音来源于 2012年10月27日 “北京大学第二届生物交叉... 阅读全帖 |
|
F****o
发帖数: 444 | 46 http://paper.dxy.cn/article/39255
【编者按】华大：借人类基因组计划之势崛起，凭借庞大的测序能力，地里长的，圈里
滚的，在树叶上蠕动的的各种生物几乎测了个遍。饶毅：学术成果卓著，其出位的言辞
迥异于闷头做学术的科研人士。日前，有网友在参与北大举办的生物交叉科学学术论坛
时，记录了华大王俊与饶毅之间火星撞地球般的PK。
本周日（10-27）去参加了北大举办的生物交叉学科学术论坛！
当听完北大生科院饶毅院长开场致辞的最后一句话时，我惊呆了。但随后两位大牛间十
分钟的赤膊之战，让我彻底埋在了炮灰下...
还好，本想录制王俊老师的演讲报告回去仔细研读，没想却把这千载的一幕记载了下来
。饶毅院长招招致命的出击，与王俊老师雄霸天下的气势，这精彩的一幕有幸被我录了
下来，与草根们一起欣赏两位大牛的巅峰“对决”。
下面来概括一下：这次“论战”大致主要分四场，分别是：
论战一：华大你拿中国的钱为外国做事？
论战二：华大只会拿别人的idea做学术吗？
论战三：王俊，你是科学家吗？
论战四：华大是造福老百姓的吗？
下面分开而谈！
论战一：华大你拿中国的钱为外国做事？
饶毅：我... 阅读全帖 |
|
f*******2
发帖数: 14 | 47 What is the throughput you are looking for? If you only need about 30 to 50k
reads, Pacbio RS might also work for you. It can sequence the whole 1kb
amplicon with Sanger accuracy. Let me know if you need more info. |
|
i*****i
发帖数: 154 | 48 老板想做有一个基因的mutation analysis，该基因编码区1.5kb。
大概有200个病人的DNA。
我想请教一下版上的牛人，目前比较认可，比较流行的方法是什么？
1. direct sanger sequencing 太贵了。
2. NGS做单一基因的分析有些太浪费了。
3. sequenom不知道是不是有一些out了？
谢谢 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 49 sanger不贵啊。一人两个applicon，也就四块板子，一千多。
你搞NGS multiplex做死你，而且贵的多。 |
|
s******a
发帖数: 252 | 50 PCR + Sanger sequencing.
At most a few grands. |
|
