C*******e
发帖数: 4348 | 1 大概看了一下，不太明白“Cryo”体现在哪里
就我一点粗浅的hands-on experience
SAXS是非常非常tricky的
而且一般都是溶液里测
不知道如果要cryo该怎么测
X-ray crystallography,
cross-validate structural models.
structures of biological macromolecules
small peptides to huge |
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z********g
发帖数: 48 | 2 门外汉瞎猜一下.
Cryo是不是指溶液样品滴到液氮里冻一下，就象Cryo-EM的样品前处理似的？
不知道现在的SAXS分辨率能到1nm，以前有个同学测，看到的蛋白结构就是个大概轮廓
，细节什么的都不清楚，还不如做电镜呢。现在膜蛋白的Cryo-EM也有办法做了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 if without Cryo then do solution SAXS below 1.0 nm scale that particle
signal might be read as wave
signal, then your CNS or N sub manuscript wrote that your group got a new
structure might belong to Wave patterns?
德布罗意
主条目：德布罗意波
1924年，路易·德布罗意构造了德布罗意假说，声称所有的物质都有类波的属性。他将
这个波长λ和动量p联系为：
这是对爱因斯坦等式的一般化，因为光子的动量为p = E / c（c为真空中的光速），而
λ = c / ν。
德布罗意的方程三年后通过两个独立的电子散射实验被证实于电子（具有静止质量）身
上。在阿伯丁大学，乔治·佩吉特·汤姆孙将一束电子穿过薄金属片，并且观察到了预
期中的干涉样式。在贝尔实验室，克林頓·戴維森和雷斯特·革末将他们的实验电子束
穿过一个晶体。
德布罗意于1929年因为这个假设获得了诺贝尔物理学奖。汤姆孙和戴維森... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 4 STORM 10nm is tricker for living imaging now
so SAXS optimized Beamline even world only had three or four : Geneva/Kobe/
Stanford/Jia-Ding Shanghai
then is better than STORM iPALM etc for 10nm scale living structure discovery.
个区间 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 5 SAXS可以做“living structure”的么？
学习了
你指的是切片->微结构，还是蛋白、蛋白/核酸复合物？
discovery. |
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a*q
发帖数: 2109 | 6 另一个关键的区别在于SAXS和冷冻电镜都需要纯化的样品。如果电镜在细胞里面的话，
至少需要能够从形貌上分辨出要看什么分子。大的结构比如说核糖体、微管可以认出来
，如果随便挑一个分子就很难说了，一大堆长的差不多的。荧光的方法就不一样，信号
的来源是知道的。
当然就分辨率而言，荧光还是比不过电镜，毕竟波长的区别在那里。 |
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a*q
发帖数: 2109 | 7 STORM每一帧的采样是Stochastic的，但是最后很多帧的数据加起来得到的图像是完全
Deterministic的，因为是由样品里面的所有荧光标记的位置决定的，所以没有什么问
题啊。
Taekjip Ha做的AFM以及Optical Tweezer跟我们讨论的光学显微完全不是一回事。一个是跟
SAXS一样做提纯分子的研究的，一个是做细胞成像的，而且Taekjip Ha现在也在做
PALM/STORM。
ways:
emphasis
on
microscopy |
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C*******e
发帖数: 4348 | 8 大概看了一下，不太明白“Cryo”体现在哪里
就我一点粗浅的hands-on experience
SAXS是非常非常tricky的
而且一般都是溶液里测
不知道如果要cryo该怎么测
X-ray crystallography,
cross-validate structural models.
structures of biological macromolecules
small peptides to huge |
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z********g
发帖数: 48 | 9 门外汉瞎猜一下.
Cryo是不是指溶液样品滴到液氮里冻一下，就象Cryo-EM的样品前处理似的？
不知道现在的SAXS分辨率能到1nm，以前有个同学测，看到的蛋白结构就是个大概轮廓
，细节什么的都不清楚，还不如做电镜呢。现在膜蛋白的Cryo-EM也有办法做了。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 if without Cryo then do solution SAXS below 1.0 nm scale that particle
signal might be read as wave
signal, then your CNS or N sub manuscript wrote that your group got a new
structure might belong to Wave patterns?
德布罗意
主条目：德布罗意波
1924年，路易·德布罗意构造了德布罗意假说，声称所有的物质都有类波的属性。他将
这个波长λ和动量p联系为：
这是对爱因斯坦等式的一般化，因为光子的动量为p = E / c（c为真空中的光速），而
λ = c / ν。
德布罗意的方程三年后通过两个独立的电子散射实验被证实于电子（具有静止质量）身
上。在阿伯丁大学，乔治·佩吉特·汤姆孙将一束电子穿过薄金属片，并且观察到了预
期中的干涉样式。在贝尔实验室，克林頓·戴維森和雷斯特·革末将他们的实验电子束
穿过一个晶体。
德布罗意于1929年因为这个假设获得了诺贝尔物理学奖。汤姆孙和戴維森... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 STORM 10nm is tricker for living imaging now
so SAXS optimized Beamline even world only had three or four : Geneva/Kobe/
Stanford/Jia-Ding Shanghai
then is better than STORM iPALM etc for 10nm scale living structure discovery.
个区间 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 12 SAXS可以做“living structure”的么？
学习了
你指的是切片->微结构，还是蛋白、蛋白/核酸复合物？
discovery. |
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a*q
发帖数: 2109 | 13 另一个关键的区别在于SAXS和冷冻电镜都需要纯化的样品。如果电镜在细胞里面的话，
至少需要能够从形貌上分辨出要看什么分子。大的结构比如说核糖体、微管可以认出来
，如果随便挑一个分子就很难说了，一大堆长的差不多的。荧光的方法就不一样，信号
的来源是知道的。
当然就分辨率而言，荧光还是比不过电镜，毕竟波长的区别在那里。 |
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a*q
发帖数: 2109 | 14 STORM每一帧的采样是Stochastic的，但是最后很多帧的数据加起来得到的图像是完全
Deterministic的，因为是由样品里面的所有荧光标记的位置决定的，所以没有什么问
题啊。
Taekjip Ha做的AFM以及Optical Tweezer跟我们讨论的光学显微完全不是一回事。一个是跟
SAXS一样做提纯分子的研究的，一个是做细胞成像的，而且Taekjip Ha现在也在做
PALM/STORM。
ways:
emphasis
on
microscopy |
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l**********n
发帖数: 201 | 15 已经有discussion了，至少在某些领域。去Science上留comments吧：
http://www.sciencemag.org/content/335/6076/1558.full
Science 30 March 2012:
Vol. 335 no. 6076 pp. 1558-1561
DOI: 10.1126/science.335.6076.1558
News Focus
Psychology Research
Psychology's Bold Initiative
Siri Carpenter*
In an unusual attempt at scientific self-examination, psychology researchers
are scrutinizing the reproducibility of work in their field.
Pick up the January 2008 issue of Psychological Science, turn to page 49,
and you'll find a... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 16 RE talisman (护身符)
MD PD or PhD backgroud
can do
post solid-state NMR analysis or SAXS or X-ray 3D structure analysis
conformation data assembly or prediction
or post STROM PALM STED optical single molecular microscope analysis
imaging assembly or prediction.
>
>> |
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C*******e
发帖数: 4348 | 17 请不要纠结蛋白B了可以么
就是我表达的蛋白B的结构也有了
SEC也是单峰
另外还有SAXS数据等等。。。。。。
现在要研究的是A
我们只知道A和B一定有相互作用
native species里in vivo有selfassembly的complex
不过种种原因没有办法从native source提纯研究
A直接做SEC显示是三聚体
不过别的实验数据倾向于应该不够compact的单体
A+B一混就沉淀，上清基本没有蛋白（BCA assay)
没有办法A+B过柱子
B。 |
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z******i
发帖数: 120 | 18 不过我还是想问，你说的“先让你的蛋白不沉淀了再说”是指让A+B在一起不沉淀了再
对，是这个意思。
所以，如果换CONSTRUCT的话，可能从根本上解决这个问题。 可能是蛋白DOMAIN的选择
或者DOMAIN边界选择的不好造成的。从个人经验来说，可能最终还要走这一步。只是大
家都普遍不愿意走。
MBP 通常对蛋白结构没有太大影响，MBP本身很容易在通常的BUFFER条件下FOLD的很好
单体，因此与GST相反，会“稀释”一下LOCAL的A+B 浓度（如果A B 结合的话），希望
可以使你的A+B可溶
NUSA可溶性更强，但对这个TAG研究的不多，可以试试。LZ先让你的蛋白A+B可溶了再说
，不然无法往下走。
所以回到那个建议，A的BOUNDARY 选的不对。 LZ如果不愿挑战全长的话。不妨重新设
计一下这个DOMAIN 的CONSTRUCT.
或者走另一端，选择更小的区域，如果能找到一个小段的PPT 和B结合，也是不错。 蛋
白小了，加上TAG就很好HANDLE.但这只能说是个妥协的方案。
另外您的A蛋白能测下CD 或者DLS吗。有SAXS 或者 NMR 简单扫一下就更好。 但这都比
... 阅读全帖 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 19 非常感谢深入讨论！
其实我们现在正在准备做CD
另外有位前辈站内信给我建议
做peptide array先找出A跟B结合的位点
我在跟老板沟通，希望能够做这个试验
DLS倒是没有想过，我会考虑！
另外这个蛋白我是做过SAXS的
但是被称为“一点feature都没有！”
“完全没有折叠！”
“为什么非要研究这个蛋白！”
。。。。。
这样。。。。。 |
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g********e
发帖数: 46 | 20 谢谢大家的建议，明天跟老板说说看她的反应（她在外地）。因为已经据了两个
academic lab, 不知道她还会不会给我写推荐信。
另外也请大家参谋一下关于工作选择：如果是你会选哪一个？
（1） Oak Ridge National lab的薄厚offer，他们pay的还挺好，做neutron protein
crystallography 的，虽然地方在中部，但是我看重他们的多样化课题和跟facility
user 打交道的机会。
（2）Genentech 的薄厚，用SAXS 研究抗体formulation。因为Genentech 的地理优势
，LD 找工作会比较容易，但是Genentech的起薪比National lab低不说，那里生活成本
也高，
还有一个让我很难做决定的就是National lab支持H1b, Genentech只支持 J1。但是两
个都是两年的薄厚，都还要重新找工作。
National lab的这周末应该必须给答复了，Genentech的可以拖拖，选择（3） 拖着
Genentech看能不能去Kobilka 实验室面试，然后再决定。
欢迎大家给建议或拍砖，我和... 阅读全帖 |
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b******y
发帖数: 627 | 21 SAXS is just another biophysical technique, which can provide some useful
but limited information on your system of interest. Nobody should base his
career on such a small technique. |
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r*********n
发帖数: 49 | 22 1.会变，一般来说变化不大
2.Native的构象可能有成百上千，结晶是选择了特定的一种构象
BTW:我听过中子晶体衍射，这个溶液散射是做什么的？和SAXS差不多么？ |
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t****x
发帖数: 1429 | 26 acta f 骚扰所有editor. good luck |
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c*******u
发帖数: 175 | 27 UMass做polymer某大牛教授，比这狠多了。
一日某同学组会说做SAXS如何如何，然后他一脸正经地说：你们不要每天都想着sex如
何如何.....据说还经常跟组里的外国学生学他们的骂人的脏字，什么草泥马阿之类的
。到我们系给我talk，把我们系男女老少教授们全都调戏一遍....
楼主反应过度了 |
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P****D
发帖数: 11146 | 28 此大牛系我一熟人的老板，把这个熟人雷得到校内网上郁闷发帖“SAXS到底该怎么读啊”…… |
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S*****n
发帖数: 6055 | 29 做
前些日子还在招一个做polymer SAXS的，不知道招到没有 |
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s********3
发帖数: 40 | 30 求救。。。
有大侠知道HPLC如何分离这四种物质，苯甲酸，对二苯酚，EDTA(乙二胺四乙酸),三羧
基乙二醇，
可以选择下面的条件；
Conditions
Column: C18 Silica ，C8 Silica， Cyano phase,SiOH, PS-DVB, SAX
Column Size: 4.6 x 15cm 2.1 x 10cm
Detector: ELSD Diode Array MS
Initial Gradient Condition:
Final Gradient Condition:
Sample dissolved into:
Injection volume: |
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G*******X
发帖数: 1028 | 31 根据四个物质的性质，先选detector
1. Detetor: ELSD就是个joke。直接pass。EDTA(乙二胺四乙酸),三羧
基乙二醇，没有Uv吸收峰，所以要用质谱. Infuse injection of the four compounds
respectively to choose proper m/z for monitoring.
2. 质谱可以handle的flow rate比 diaode array小，所以column size 2.1x10cm
3.四个化合物三个是酸，极性都很强，C18、和C8留不住他们，会在void的时间流出的。
SAX是离子交换柱，一般mobile phase要加较大浓度的盐溶液，不适合质谱检测。
PS-DVB看产品介绍是只是用来将polar化合物从nonpolar化合物中分离出来的，像是纯
化用的。column本身没有官能团，对polar化合物没有分离作用。
SiOH，是normal phase column。是个选择。不过正相柱对水分很敏感，repeatability
有时候不好，不建议用。
Cyano如果是HILIC phas... 阅读全帖 |
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c******x
发帖数: 438 | 32 1.Time-resolved SAXS, WAXS, and DSC study of the annealing of poly (aryl
ether ether ketone) (PEEK) from the galssy state
C. Fougnies etal, Macromolecules, 1997, 30*5) 1385-1391
2) Annealing effects on the crystallinity of polyetheretherketone (PEEK) and
its carbon fiber composite
Gunilla M. K. Ostberg etal
Journal of Applied Polymer Science
Volume 33, Issue 1, pages 29–39, January 1987
Thanks |
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r****y
发帖数: 1437 | 34
maybe this works
let a priori covariance matrix as
Sa = diag{0.25, 0.25, ...}
first guess [0.5, 0.5, ...]
minimize
(y-Kx)'(y-Kx) + x'Sax |
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w******r
发帖数: 43 | 35
For the block copolymer micelles:
DLS can tell you the Rh of your micelles, it is best for sphere.
The best way is cryo-TEM. You can watch the morphology directly.
The convient and good is SAXS, you fitting the fact S(q) with different model.
The most accurate way is SANS. The recent results show that the micelle core
is not exactly close-packed.(Mortensen)
You can also measure the d1 by NMR to infer the micelle structure.
Another very good way is fluorescene spectrum. |
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b***e
发帖数: 115 | 36 Although I did not use SANS, but the basic theory is the same as SAXS I think. |
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b***e
发帖数: 115 | 38 Okamoto, Shigeru; Yamamoto, Katsuhiro; Nomura, Kanako; Hara, Shigeo; Akiba, Isamu; Sakurai, Kazuo; Koyama, Atsushi; Nomura, Masaharu; Sakurai, Shinichi. Crystallization in Microdomains of a Block Copolymer Comprising Semicrystalline Block Observed by
Simultaneous Measurement of SAXS and WAXS with Hv-SALS or DSC. Journal of Macromolecular Science, Physics (2004), 43(1), 279-296. CODEN: JMAPBR ISSN:0022-2348. AN 2004:95230 CAPLUS
Thanks,
please send it to k*[email protected] |
|
o********e
发帖数: 34 | 39 For liquid (polymer in solutions) or crystal sample?
For polymer in solutions, the calculation for concentrated and dilute sample
are different.
Typcially, for concentrated samples, the so-called structure factor will
pollute your scattering profile. (Well, some people may like this
structure factor if they want to study the interactions.)
For dilute sample, things will be much easier. However, you still need
to have an idea of the conformation of your polymer before the calculation.
should
sug |
|
C***S
发帖数: 175 | 40 solids. Well, I should say, less than 20% of crystal in amorphous
polymer matrix. any idea? Thanks!
Someone told me using some package from NIST. I am downloading it. |
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b*******n
发帖数: 29 | 41 呵呵，我看到你的帖子很感兴趣，我的观点如下，
1，“3D lattice”， 远程的有序，如果你的样品不是各向同性，从2D的scattering
patten可以得到很多有关取向的信息（晶区的趋向）。
2， 如果你的样品是各向同性，你可以仿照 Fractal object dispersion 来套用
模型，可以得到clusters 的维数， primary particle size 等等信息。
3， 困难1： incoherent scattering 用背景减去不是很容易。困难2：structure
factor 很难近似为1。
can be
for
the |
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b*******n
发帖数: 29 | 42 amorphous solids?
知道密度和分子式不就可以算了吗？ |
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C***S
发帖数: 175 | 43 Polymer.
I am interesting in the shape of the clusters. |
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o********e
发帖数: 34 | 44 If you care about the shape of the bigger aggregated particles, scattering is
good at it. However, it also depends on the sample you use.
Again, for dilute conditions, the form factor of a particle can be very
accuratly caculated.
calculating |
|
o********e
发帖数: 34 | 45 Are these clusters embeded in a solid matrix?
If you can dissolve these cluster in some solvent with low volume
fraction(dilute condition), it will be much easier
to calculate the form factor.
the |
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o********e
发帖数: 34 | 46 I agree.
Nod nod. That is why it is so difficult to get accurate shape information of
clusters in solid. Structure factor is always the killing factor.
I think the incoherent scattering is not a big issue. He can always treat it
as a fitting parameter since incoherent scattering is always the same at
different scattering wavevector.
Are you a scattering guy? |
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b*******n
发帖数: 29 | 47 In fact, incoherent scattering can result in a poor transmission at high
q, which makes the data terrible looking without proper background
subtraction.
By the way, I am a polymer guy. |
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C***S
发帖数: 175 | 48 Yes. The q range is what you said. |
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o********e
发帖数: 34 | 49 I happen to read some papers talking about Nafion with scattering technique.
Not sure about the detial now.
My feeling is that the structure of Nafion depends on the hydration level.
Some people propose a series of different structures at different hydration
levels. However, those model is not well justified. Also the feature
of the scattering is not very rich enough to give more information.
This is going to be a tough job for you if you want to know the shape
of holes or clusters in Nafion. Do |
|
b*******n
发帖数: 29 | 50 Contrast is only one of the key factors for SANS or SAXS.
I trust papres from Macromolecule.
By the way, what is the volume fraction of A? |
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