F*Q
发帖数: 3259 | 1 中医的以毒攻毒在治疗癌症方面的应用！
From New York Times
Viruses Recruited as Killers of Tumors
By RACHEL NUWER
Published: March 19, 2012
THE HYPOTHESIS
Viruses can be designed to attack tumors.
THE INVESTIGATORS
Dr. Robert Martuza, Harvard Medical School; Dr. Bernard Roizman, University
of Chicago; Dr. Ian Mohr, New York University.
In 1951, a 4-year-old boy with leukemia contracted chickenpox. His liver and
spleen, swollen by the cancer, soon returned to normal, and his elevated
blood cell count fell to that of... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 2 上图 SD its means
下图 SEM its mean
Btw,
降低 bias 就可能 增大 SEM的 error 拿测量甲地 乙地 女子的身高来作为例子
乙地的 习格格 陈小丹格格 的 身高 岂是 甲地的 芙蓉姐姐 凤姐等的身高 一样容
易测到的 哈 (NB: 钻 北方 南方地域贴的 请左拐 进菌版八区 在那里撸管)
pls refer
Sanjuan R.
From Molecular Genetics to Phylodynamics: Evolutionary Relevance of Mutation
Rates Across Viruses
PLoS Pathog. (2012) 8: e1002685.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3342999/
its pp5 left column
>To reducing bias, this method
accounts for phylogenetic relatedness (on the other hand, it
in... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 3 上图 SD its means
下图 SEM its mean
Btw,
降低 bias 就可能 增大 SEM的 error 拿测量甲地 乙地 女子的身高来作为例子
乙地的 习格格 陈小丹格格 的 身高 岂是 甲地的 芙蓉姐姐 凤姐等的身高 一样容
易测到的 哈 (NB: 钻 北方 南方地域贴的 请左拐 进菌版八区 在那里撸管)
pls refer
Sanjuan R.
From Molecular Genetics to Phylodynamics: Evolutionary Relevance of Mutation
Rates Across Viruses
PLoS Pathog. (2012) 8: e1002685.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3342999/
its pp5 left column
>To reducing bias, this method
accounts for phylogenetic relatedness (on the other hand, it
in... 阅读全帖 |
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p*****c
发帖数: 20445 | 4 A-D E-K L-P R-Z
Peter Baumann, Ph.D.
HHMI Early Career Scientist
Stowers Institute for Medical Research
Peter Baumann’s research focuses on beginnings and endings: beginnings in
the form of reproduction in unisexual lizards and endings in the form of the
telomeres that protect chromosome tips.
Each time chromosomes are copied, telomeres—specialized stretches of DNA
that extend from the ends of each chromosome—become progressively shorter.
With each cell division, they ero... 阅读全帖 |
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j***x
发帖数: 1469 | 5 Cell Host & Microbe
Volume 15, Issue 4, 9 April 2014, Pages 446–456
Cover image
Article
A Neuron-Specific Host MicroRNA Targets Herpes Simplex Virus-1 ICP0
Expression and Promotes Latency
please send to [email protected]
(function(){try{var s,a,i,j,r,c,l,b=document.getElementsByTagName("script");l=b[b.length-1].previousSibling;a=l.getAttribute('data-cfemail');if(a){s='';r=parseInt(a.substr(0,2),16);for(j=2;a.length-j;j+=2){c=parseInt(a.substr(j,2),16)^r;s+=String.fromCharCode(c);}s=documen... 阅读全帖 |
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h****n
发帖数: 333 | 6 像1000genome，NHLBI ESP database那样的public exome database，针对autism的，
有吗？
在Simons Simplex Collection 看了一圈，没找到exome data
也不知道是不是我找错地方了。多谢！ |
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h****n
发帖数: 333 | 7 像1000genome，NHLBI ESP database那样的public exome database，针对autism的，
有吗？
在Simons Simplex Collection 看了一圈，没找到exome data
也不知道是不是我找错地方了。多谢！ |
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j***x
发帖数: 1469 | 8 Virology. 1993 Dec;197(2):751-6.
A truncated form of herpes simplex virus type 1 immediate-early protein
Vmw110 is expressed in a cell type dependent manner.
Everett RD1, Cross A, Orr A.
Please send to : [email protected]
/* */
ThX |
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g*****j
发帖数: 1211 | 9 Human Papillomavirus 很少造成口腔溃疡，造成口腔溃疡的是Herpes simplex virus,
而
它一般不致癌。
HPV有几十种，最坏的是HPV16和18。感染上以后目前没有办法治疗，病毒会整合进人体
细胞的染色
体。这个病毒会抑制两个蛋白：p53 和 Rb，学生物的可能知道为什么这么糟糕了。
没有办法治疗，但是可以打疫苗。现在的疫苗含4种HPV亚型，其中包括16和18。一般推
荐女孩子在
满18岁时或者开始性生活前打疫苗。在美国，五十年前宫颈癌是女性第一大癌，现在排
第八；主要就
是因为这个疫苗。 |
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g****n
发帖数: 13 | 10 affine linear
affinely independent
还有simplicial complex, simplex,convex hull
更本不知道是什么东西
这些都是偶在学有限元的是后遇到的，一些数学的动东
请大虾指教
谢谢 |
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a********r
发帖数: 92 | 11 in function amotry() for downhill simplex minimization,
why fac2=fac2=fac1-fac; instead of fac2=-fac;
then this may not be a reflection or extrapolation, because
ytry[j] = center * (1-fac) + p[ihi][j]*face - (1-fac)/ndim * p[ihi][j]
the first two terms is the extrapolation, what's the point for the 3rd term?
It will be incorrect in some case, reflection will not be reflection anymore.
float amotry(float **p, float y[], float psum[], int ndim,
float (*funk)(float []), int ihi, float fac)
Extrapo |
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l**t
发帖数: 170 | 12 what's the function name to find the dual variable to the constraints?
(associated simplex multiplier)
Thanks! |
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k****g
发帖数: 67 | 13 我需要一个计算在N维Simplex上对Vector函数积分的包。
但是好不容易google到的一个还是用f90写的，除了生成lib还产生了很多mod文件，
我对fortran可是一窍不通啊，这种情况怎么在C下调用呢？
其实这个包很简单，只有一个函数出口，但是我～～ ， 惭愧
多谢。。 |
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y***d
发帖数: 2330 | 15 我没有看这个具体函数的情况；不过 numerical recipe 中似乎数组指标是从 1 开始
的，[0] 总是浪费着的 |
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L*******g
发帖数: 913 | 16 我现在的问题是，amoeba子程序里面从一开始就根本读不出p的初始值。我想是不是我
的p的类型有问题。在一开始定义的是p[3][2]，在amoeba里面是虚参是**p，然后内部
用到p[i][j]。指针的指针是什么意思我已经忘了，这种用法不知道对不对？ |
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y***d
发帖数: 2330 | 17 O, 没有留意，p 的类型确实不对，amoeba 不是要一个 [][] 类型，而是要一个 ** 类
型；
比如你要一个 5x2 的数组，按照 nr in c 的参数习惯，你可以这样，
float a[5][3]; //第二个指标要多一个
float *(p[6]); //p 要多一个
p[1] = a[0];
p[2] = a[1];
...
p[5] = a[4];
要么你可以用 malloc 动态分配所有东西
y 也类似地要多一个
你试试管用不 |
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L*******g
发帖数: 913 | 18 刚才编了一个小程序试了一下，发现不是nr的问题，而是这个p[][]和**p的问题。
如果子程序的虚参是p[3][2]而不是**p的话，就没有问题了。
那要是按照nr的子程序用**p的话，我前面的p应该怎么声明？谢谢。 |
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P**********r
发帖数: 23 | 21 try down hill simplex (ameoba) |
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c****n
发帖数: 21367 | 22 谢谢
1. For general linear programming, is interior point method still the
fastest in term of time complexity? I've heard that Karmarkar's algorithm
was bounded by O(n3.5 L), any improvement afterwards?
2. Is the strong-polynomial algorithm for linear programming still a hot
research direction? how does experts in this area, such as you, perceive the
difficulty and existence of strong-polynomial algorithm?
3. How about the average time complexity? We knew that about Simplex method.
Is there any re |
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r*****k
发帖数: 1281 | 23 商业软件 诸如Cplex都是用simplex method解决
大规模问题的 |
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g****t
发帖数: 31659 | 24 我以前看过一个做商业软件的人写的非产好的实用文章.
回头我可以查查看.
单纯形要让我写程序,我可能得一周.我不熟悉应用要做的那些
corner case的处理和tuning.
牛顿法一上午就行了.
商业软件 诸如Cplex都是用simplex method解决
大规模问题的 |
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b****t
发帖数: 114 | 26 Hello all,
I am thinking about optimizing a piecewise linear function. Since the
explicit function form is too complicated, I only know the function form
piecewisely, i.e. a linear function for a small subset of the domain (e.g.
points in a unit d-dimensional simplex). Thus the overall function is
piecewise linear over the R^d space with integer breaking points. ( I hope I
state the problem clearly here).
The steepest descent method can be used to find the optimum of the function
here? Dose the |
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c***r
发帖数: 63 | 27 (我不做LP，但)感觉你的方法有点像simplex，它不能保证找到一般问题的global
optimum
一般的(也是非线性的)，因为没有额外的信息，要找到global optimum只能靠穷举法
为加快搜索速度，可利用问题相关的评估函数来减枝(貌似研究界有人用A-star做这个) |
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A*******r
发帖数: 768 | 28 想一想simplex method如何避免循环的例子就是这个问题的一个很好的反例。局部最优
解其实在实际应用中问题不是很大。因为全局最优化的例子都是特别设计的。一般没有
那么变态。 |
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f********s
发帖数: 68 | 29 F(x)=f(x1,x2,...). It is still a linear function.
the constraint is linear, too.
So you can use the simplex algorithm to solve it. |
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D*******a
发帖数: 3688 | 31 试试用别的算法？matlab可以选内点法和simplex
价 |
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a***n
发帖数: 3633 | 32 是的，用simplex法就可以找到正确的解，内点法就总会出问题。
顺便打听一下，Ax
空集？ |
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l****u
发帖数: 4594 | 33 数学基础不行，请教一个基本的线性规划问题；
如何判断一个linear programming problem 有 feasible solution？
有没有相对简单的定理或方法？
当然了直接用simplex method去解，根据是否有结果也可以判断，我只是希望有一个相
对直接和快速的方法； |
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x********i
发帖数: 905 | 34 http://iccm.mcm.ac.cn/dct/page/1
Invited Lectures
Group 1
Fan Qin: Cluster algebras and monoidal categorification
Fang Li: Positivity of acyclic sign-skew-symmetric cluster algebras via
unfolding method and some related topics
Cheng-Chiang Tsai: An attempt for affine Springer theory
Li Cai: The Gross-Zagier formula: arithmetic applications
Ming-Hsuan Kang: Geometric zeta functions on reductive groups over non-
archimedean local fields
Huanchen Bao: Canonical bases arising... 阅读全帖 |
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p******9
发帖数: 114 | 35 1. A 5-year-old boy is brought to the physician 1 hour after urinating
bright red blood. He has been taking ibuprofen since injuring his right
flank while wrestling with friends yesterday; he also has been taking
penicillin for 3 days for streptococcal pharyngitis. His temperature is 36.7
C (98 F), blood pressure is 90/48mm Hg, pulse is 108/min, and respirations
are 18/min. Examination shows purple ecchymoses over the shins and right
flank; there is tenderness of the right costovertebral area. T... 阅读全帖 |
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A*******s
发帖数: 9638 | 36 Can u provide the reference for that?
Viral, or aseptic, meningitis is the most common form of meningitis in the
United States. This typically mild and non-lethal disease is usually caused
by enteroviruses. Enteroviruses are present in mucus, saliva, and feces and
can be transmitted through direct contact with an infected person or an
infected object or surface. Other viruses that cause meningitis include
varicella zoster (the virus that causes chicken pox and can appear decades
later as shing... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 37 首先声明：我的分数很普通，所以这个帖子也没有任何炫耀的意思，只是我在考前
，每天都来看看有没有考经，也经常拿自己的模考成绩和考经中的对照一下，看看自己
复习的效果，从前辈的考经中学到很多。所以，本贴得唯一目的是：希望能给还在准备
step1的朋友们一点提示，吸取我的教训，都考出一个好成绩。
正文：
我是8/06/2012考的Step1，昨天（8/29/2012）早上9:19am拿到成绩---242/85，还
好，和自己估计的成绩240 +/- 5基本一致。万分感谢我的家人的理解和支持，十分感
谢曾经一起学习的战友们和校友们的鼓励和帮助，感谢麦地版的前辈们的考经和经验介
绍。曾经许诺一旦成绩上了230，就写一篇考经，下面就把我的备考经历和一点心得体
会向麦地版的战友们作一汇报，也算是对自己这段人生的一个总结：
一、题库、模考及考试成绩+时间：
UW qBank: 正确率最早25%，考前80-90%
Kaplan qBank: 只做了解剖、遗传，没有统计正确率
Dec 18, 2011, Form3 --- 350
Feb 25, 2012， F... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 38 Jeff的75条口诀：
1).
Chloramphenicol inhibits 50S peptidyltransferase.
喷着氯气的ram(羊)拦住(抑制) 50岁的亚裔太太搬家(转移)(50S亚基肽键转移酶)
Clindamycin & chloramphenicol block peptide bond formation.
克林顿用氯气 吓唬老婆 --> 防止太太贱(肽键)形成
Aminoglycosides bind 30S and inhibit formation of the initiation complex and
cause misreading of mRNA.
Amigo绑架了30S亚裔,抑制了她婚姻的起始,造成她男友的误读
Macrolides block translocation.
带着大沿帽子的人（城管？）挡道--> 不让别人换地方translocation
2).
下肢淋巴回流：
小隐隐于城外蝈蝈窝棚，大隐隐于城内富人水沟
（小隐收集小腿外侧淋巴液，注入腘窝；
大隐收集下肢内侧淋巴液，注入腹股沟；）
3)
imprinting diseas... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 39 首先声明：我的分数很普通，所以这个帖子也没有任何炫耀的意思，只是我在考前
，每天都来看看有没有考经，也经常拿自己的模考成绩和考经中的对照一下，看看自己
复习的效果，从前辈的考经中学到很多。所以，本贴得唯一目的是：希望能给还在准备
step1的朋友们一点提示，吸取我的教训，都考出一个好成绩。
正文：
我是8/06/2012考的Step1，昨天（8/29/2012）早上9:19am拿到成绩---242/85，还
好，和自己估计的成绩240 +/- 5基本一致。万分感谢我的家人的理解和支持，十分感
谢曾经一起学习的战友们和校友们的鼓励和帮助，感谢麦地版的前辈们的考经和经验介
绍。曾经许诺一旦成绩上了230，就写一篇考经，下面就把我的备考经历和一点心得体
会向麦地版的战友们作一汇报，也算是对自己这段人生的一个总结：
一、题库、模考及考试成绩+时间：
UW qBank: 正确率最早25%，考前80-90%
Kaplan qBank: 只做了解剖、遗传，没有统计正确率
Dec 18, 2011, Form3 --- 350
Feb 25, 2012， F... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 40 Jeff的75条口诀：
1).
Chloramphenicol inhibits 50S peptidyltransferase.
喷着氯气的ram(羊)拦住(抑制) 50岁的亚裔太太搬家(转移)(50S亚基肽键转移酶)
Clindamycin & chloramphenicol block peptide bond formation.
克林顿用氯气 吓唬老婆 --> 防止太太贱(肽键)形成
Aminoglycosides bind 30S and inhibit formation of the initiation complex and
cause misreading of mRNA.
Amigo绑架了30S亚裔,抑制了她婚姻的起始,造成她男友的误读
Macrolides block translocation.
带着大沿帽子的人（城管？）挡道--> 不让别人换地方translocation
2).
下肢淋巴回流：
小隐隐于城外蝈蝈窝棚，大隐隐于城内富人水沟
（小隐收集小腿外侧淋巴液，注入腘窝；
大隐收集下肢内侧淋巴液，注入腹股沟；）
3)
imprinting diseas... 阅读全帖 |
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l*******2
发帖数: 8 | 41 【 以下文字转载自 Parenting 讨论区 】
发信人: leocn2002 (leocn2002), 信区: Parenting
标 题: [求助！慎入！]四岁半男孩手肘伤口病毒感染５天没有好转，咋办？
发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 27 02:07:07 2013, 美东)
四岁半男孩两周前（１１号）骑车摔下蹭伤右手手肘，没有去医院自己用邦迪贴了几天
（后来几天没贴邦迪了，伤口裸露在外，最大错误！），２０号（星期一）基本痊愈
，只有一个小红区域和一个快掉的疤。当天去了麦当劳play ground的tunnel里滚爬玩
耍 （又一大错误！有伤口不要去公共play ground的tunnel爬！！）。
２１号（星期二）突然恶化，出现红肿和水泡。周三（２２），周四（２３），周五（
２４号）天天跑医院，从最开始的
× 周三 抗生素 Cephalexin (KEFLEX) 250 mg/5 mL Oral Recon Susp，
× 到周四 用Amoxicillin-Pot Clavulanate (AUGMENTIN) 400-57 mg/5 mL Oral
Rec... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 42 75条口诀：
1).
Chloramphenicol inhibits 50S peptidyltransferase.
喷着氯气的ram(羊)拦住(抑制) 50岁的亚裔太太搬家(转移)(50S亚基肽键转移酶)
Clindamycin & chloramphenicol block peptide bond formation.
克林顿用氯气 吓唬老婆 --> 防止太太贱(肽键)形成
Aminoglycosides bind 30S and inhibit formation of the initiation complex and
cause misreading of mRNA.
Amigo绑架了30S亚裔,抑制了她婚姻的起始,造成她男友的误读
Macrolides block translocation.
带着大沿帽子的人（城管？）挡道--> 不让别人换地方translocation
2).
下肢淋巴回流：
小隐隐于城外蝈蝈窝棚，大隐隐于城内富人水沟
（小隐收集小腿外侧淋巴液，注入腘窝；
大隐收集下肢内侧淋巴液，注入腹股沟；）
3)
imprinting disease: ch... 阅读全帖 |
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i**********d
发帖数: 853 | 43 75条口诀：
1).
Chloramphenicol inhibits 50S peptidyltransferase.
喷着氯气的ram(羊)拦住(抑制) 50岁的亚裔太太搬家(转移)(50S亚基肽键转移酶)
Clindamycin & chloramphenicol block peptide bond formation.
克林顿用氯气 吓唬老婆 --> 防止太太贱(肽键)形成
Aminoglycosides bind 30S and inhibit formation of the initiation complex and
cause misreading of mRNA.
Amigo绑架了30S亚裔,抑制了她婚姻的起始,造成她男友的误读
Macrolides block translocation.
带着大沿帽子的人（城管？）挡道--> 不让别人换地方translocation
2).
下肢淋巴回流：
小隐隐于城外蝈蝈窝棚，大隐隐于城内富人水沟
（小隐收集小腿外侧淋巴液，注入腘窝；
大隐收集下肢内侧淋巴液，注入腹股沟；）
3)
imprinting disease: ch... 阅读全帖 |
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z******8
发帖数: 282 | 44 A 24-year-old man is brought to the physician by his wife because of a 2-day
history of progressive confusion. His temperature is 38.3°C (101 °F).
Physical examination shows no other
abnormalities. When he speaks, he enunciates clearly, and his phrasing is of
average length. However, he uses words and word-like utterances in a manner
that makes little sense. He
does not follow any commands. Which of the following is the most likely
diagnosis?
A) Cerebral toxoplasmosis
B) Herpes simplex encephali... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 45 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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r****o
发帖数: 1950 | 46 过几天有个电话面试,想先了解一下这个公司怎么样. |
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f*****s
发帖数: 141 | 47 I heard this company does not support H1B.... |
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J*****n
发帖数: 4859 | 48
如果你说的是chicago的那家，建议你别去。里面的老板很操蛋，脾气很坏。
如果是boston那家，那你就牛B了，Andrew Lo的公司。 |
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o******2
发帖数: 159 | 50 具体也没有啥经验之谈，但回报一下大家，也算分享下鸡冻的心情。
面了5个人，一个在外地出差，他电话面试我。总共4个小时左右。4个PhD，有数学的，
CS的，还有一个普林斯顿毕业的history的老PhD，50岁左右了，突然放弃大学的教授职
位，跑来写code。另一个是一个小本科生，看起来才21，2岁，但人家是Caltech的，问
的东西反而是最难的，问个数学我还没有答出来，真惭愧。
感觉就一直在白板上写C++，还有一个32位转64位的bit操作之类的，竟然被我折腾出来
了。还有拿打印出的一段code，让我找错误，看输出之类的。里面trick包含trick，也
太看得起我了，我不是CS科班出身的，只是业余水平啊。
数学题问了一下，比如矩阵的一些知识，计算covariance矩阵，生成correlated的
random number的方法，还有linear programming的知识，我说我写过simplex method
以及conjugate gradient method之类的code，就没有再问了。
没有问什么概率题，brain teaser之类的，没有问finance的知识，看... 阅读全帖 |
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