m*n
发帖数: 695 | 1 新手， 刚刚做SNP ，试验做完了， 一个基因我做了13 个primers （13 个SNP位点）,
共有400 个样本， 有对照组和疾病组。该怎样分析这些数据呢？ 一头雾水，不知
从和下手。 请高手指点！
谢谢！！！ |
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d********0
发帖数: 534 | 2 很easy啊，你把正常与对照做genotype与allele的对比就行了啊
看你的13个SNP中，哪个是致病SNP啊
不过你对照与病例组加起来才400例，可信度上就要差些了 |
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d********0
发帖数: 534 | 3 用haploview目的就是做个LD analysis，得出D'与r2的两个值，这个软件很小，你可以
用自己的数据，也可以联网用网络数据库的数据，不过说实话我原来用xp电脑，联网算
很慢，这些东东你自己上网学学吧
就关键是你比较一下对照与病人组的SNP，查出哪几个SNP与疾病有关联，这样OK了
多读文献，别人帮你只能在大面上帮一帮 |
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d******y
发帖数: 11545 | 4
Thanks for your help. I get their official answer:
Thanks for your email. H is used to indicate the cultivar was
heterozygous at that SNP while U means there is no allele information
for that SNP. |
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w**k
发帖数: 6722 | 5 正在找文献，还没有找到那个统计方法和公式合适（统计水平有限）
大概最简单的应该假定每个SNP都是50-50 heterozygous (AA, Aa, aa)
人类总共有多少SNPs
总共有多少人
或者是forensic里面match database，有多好的 power of discrimination
谢谢 |
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w**k
发帖数: 6722 | 6 问题就是怎么算概率，还有该要多少SNPs
X
SNP |
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a********k
发帖数: 2273 | 7 真要做的话不仅仅是概率了，SNP和种族的关系太大，多样性又不如STR。做起来有难度。
X
SNP |
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w**k
发帖数: 6722 | 8 只能通过选择不同染色体上面，然后尽量远离的SNP来假定没有linkage了
设定了标准，可以从SNP里面去选，但是标准怎么定，然后statistical
discriminatory power怎么算 --- 还没找到合适的paper |
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m*n
发帖数: 695 | 9 新手， 刚刚做SNP ，试验做完了， 一个基因我做了13 个primers （13 个SNP位点）,
共有400 个样本， 有对照组和疾病组。该怎样分析这些数据呢？ 一头雾水，不知
从和下手。 请高手指点！
谢谢！！！ |
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l******o
发帖数: 3764 | 10 补充一下 不知道是不是我说的太不清楚了
我不是问怎么求每个SNP的allele frequency
而是想问有什么批量处理的方法能自动检测每个SNP的genotype frequency并且recode
成0 1 2
感觉大家给我的建议都是手动一个个的操作啊
如果不是这个意思的话 还请高手们给点详细的建议
多谢多谢 |
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y*******o
发帖数: 6632 | 11 Only for those who think old rag is too simple to hike.
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trail description:
http://www.hikingupward.com/SNP/ThePeak/
时间：2010.08.28 10:30~18:00
地点：The Peak - SNP, Virginia
天气：20C-26C, Sunny
Length 16.8 mls
Hiking Time:7.5 hours plus a half hour for lunch
Elev. Gain:3,255 ft
必带的装备：登山鞋、登山杖、2.5升水、防晒霜、遮阳帽、午餐。I have National park pass。
可选物品：nothing except you want to do more exercise。
集合地点：(大家可以根据自己情况估计出发时间)
集合地点和时间：
9：00am
2900 Nutley St.
Fairfax, VA 22031
需要carpool |
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k***x
发帖数: 6799 | 12 这周六有人有兴趣去这个trail hiking么? Overall Run/Beecher Ridge - SNP, Virginia
http://www.hikingupward.com/SNP/OverallRunBeecherRidge/
看了一下上面的review貌似还不错，基本上能够在大家刚去的old rag和white oak之间
有个折衷，既有view又有stream，同时难度也和old rag/white oak在伯仲之间。
此trail最神奇的地方是可以有两个option，7.6或者10.3 mile，可以满足不同看官的
要求。
感兴趣的请举手，如果没有其他人去的话，老夫就单枪匹马过去给大家踩点一下。 |
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c***m
发帖数: 2630 | 15 I thought you sell snp May call, did u do it or sell it already? |
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u**y
发帖数: 339 | 16 前一阵没买snp的没想到吧。。。还我也拿不了那么久。不过速度很快。 |
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l******e
发帖数: 3899 | 17 IF大概2左右，可以向编辑推荐
关键词：
SNP, Biostatistics, sequence analysis, clinical phenotype and genotype
相关专业的，请把学校邮箱和自己的简历发站内吧。 |
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m**********r
发帖数: 125 | 18 寻求几位peer reviewers
文章主题是genomics, polymorphism analysis, SNP analysis等等
请发简历至[email protected]/* */
谢谢 |
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A*F
发帖数: 2272 | 19 有两篇manuscript需要reviewers
领域是SNP analysis和exome sequencing
请感兴趣的同学发简历或近期文章列表至站内信或[email protected]/* */
谢谢
需要一定bioinfo基础，只做wet lab的同学可能不行 |
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A*F
发帖数: 2272 | 20 有三篇manuscript需要peer reviewers
领域是SNP analysis, population genetics
感兴趣的同学请发cv至[email protected]/* */
谢谢 |
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A*F
发帖数: 2272 | 21 需要2-3名reviewer，稿件是关于心血管疾病的SNP分析
另外有一篇review文章也需要审稿人，关于tumor suppressor在心血管疾病中的作用
请把cv发到[email protected]
请指明你愿意申哪一篇文章
谢谢 |
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A*F
发帖数: 2272 | 22 一个IF 2分多的杂志有两篇文章需要多名peer reviewer
领域是lncRNA, heart disease, SNP analysis
请感兴趣的同学把cv发到[email protected]
总共需要大约4位peer viewers
谢谢 |
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A*F
发帖数: 2272 | 23 需要多名reviewer，稿件是关于GWAS和SNP分析
需要有相关领域特别是bioinformatics的相关经验
请把cv或者发表文章列表发到[email protected]
谢谢 |
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b*z
发帖数: 48 | 24 The SNP Consortium says, "We not only wanted to publish the information,
but prior to publishing, we wanted to effectively use the patent system
to ensure their availability. We did this by filing provisional patents
on each marker we discovered. We aggregated this date into bundles and
as we mapped them we released these bundles into the public domain.
Prior to the release, we filed a provisional patent and then after the
releas, we extinguished it saying we weren't going to execute the patent, |
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l******o
发帖数: 3764 | 27 今天看结果发现的
当然可能说明genotyping错了
不过很怀疑这种可能 因为我们有好几个不同的race group 都是混在一起做的
只有其中一个race出现HWE不平衡，而且p<10E-12
这样是否有可能在这个race里面 这个位置其实是有不同的多态性的呢？
无论那种情况，genotyping错了或者其他可能性，我应该怎么办呢
刚开始接触SNP 周围也没有有经验的人可以请教
还请同学们给点建议哈
谢谢啦 |
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m*****s
发帖数: 156 | 28 possible reasons:
selection
non-random mating
migration
If you are doing association analysis, typically just remove the SNP under
HWD. |
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g*********t
发帖数: 271 | 29 what is the sample size and the call rate of the SNP?
If the sample size is large and the call rate is no smaller than 98%, in
most situations, genotyping has problems. |
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s*r
发帖数: 2757 | 30 call rate by ethnicity group
nearby snp frequecy |
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W********w
发帖数: 771 | 31 我是做细胞生物学的， 不大大看遗传学方面的杂志。 但最近发现一个基因的特定SNP
跟癌症有关联， OddsRatio为2左右， 病人量<300. 知道这个不是主要疾病调控基因，
但可能是独立的Predictor。 分子机制还没有做完， 但想先把这部分先写一篇短的
Report 或Letter之类的先发了。 不知有啥杂志收这类文章？ 我知道Nature Genetics
可以， 但我这文章显然上不了那档次。 请建议。 |
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W********w
发帖数: 771 | 32 Plos ONE有SCI吗？ 补充一点： 这个SNP跟疾病发生相关， 但于疾病进展不相关。 |
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n********t
发帖数: 1079 | 33 不significant就不用发了，发出来都丢人。不过他们是targeted screen，应该没啥问
题。
还有一种可能是他老板是牛人，或者认识一个可以拉来署名的牛人，那就去牛人灌水的
自留地：PNAS
改变AA？这个太难了，基本上screen出来的都不是Exon里的SNP。如果是validated
missense/nonsense，抱着这个蛋白追击，实验结果漂亮的话能上CNS。 |
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W********w
发帖数: 771 | 34 One SNP, compare 300 patients to 150 healthy. |
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e*****t
发帖数: 642 | 36 知道一个mRNA snp和它在genome上的位置。如何知道编码的蛋白突变位点？genome
browser，ensembl或者ncbi应该都行，但是看了半天没看出来。高手帮帮忙 |
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e*****t
发帖数: 642 | 37 hehe, thanks buddy.but how could i know what's the correspondent protein
mutation to that snp.
and i have thousands of such data, how can i do that in batch? |
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Z******5
发帖数: 435 | 38 UCSC genome browser里面有个几个track是关于SNP的，intergenic当然有，比例就没
有统计了，这个你应该可以找找相关的文章。 |
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h***0
发帖数: 248 | 39 have a look at the maize resequencing paper from BGI
they have done some analysis on the distribution of SNPs on coding and non-
coding regions |
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e*****t
发帖数: 642 | 40 illumina的platform，RNAseq，
想对比几个软件，看看snp 结果有什么不同。
谢谢 |
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a***e
发帖数: 1010 | 41 depends how you do SNP mapping after that.
for us, just digest sample with proteinase K, then denature proteinase K,
then PCR, then restriction digestion. that's good enough. |
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b***g
发帖数: 516 | 42 不好意思 忘了说了是芯片的，用golden gate genotyping assay，同时genotype很多
SNP,用很多样本
还是谢谢楼上的 |
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s******s
发帖数: 13035 | 43 啥工具比较方便啊？或者genome browser有啥专门的SNP track可以load? |
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p***g
发帖数: 66 | 45 Thank you guys. I remember I’ve read some programs can do this, but couldn
’t find the article now. Yes, this one does look like being manually drawn.
But are there any software/websites generating such diagram automatically?
Meanwhile, the protein domain data and SNP type (frameshift, missense) must
come from some databases. What are they? Thanks a lot! |
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b****r
发帖数: 17995 | 46 我觉得两种遗传方式都完全有可能
最可靠的办法可能还是扩100个正常人然后测个序
当然，在这之前你可以去找些est序列看看这一块，可能会有个大概概念
，也可以用haploview啥的看看俩snp的r2
MAF |
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D*a
发帖数: 6830 | 47 差3个bp不是完全连锁么？怎么叫独立遗传？还是SNP这块的概念叫法不一样？ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 48 好专业，不懂。
怎么找est的序列啊？
另外snp的r2是啥意思
thx |
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n******7
发帖数: 12463 | 49 另外感觉你是不是还想知道你的read有没有覆盖到某个snp？
这个你可以自己parse sam 文件，或者用samtools,bedtools之类的工具，我记得有算
coverage的功能 |
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n******7
发帖数: 12463 | 50 另外感觉你是不是还想知道你的read有没有覆盖到某个snp？
这个你可以自己parse sam 文件，或者用samtools,bedtools之类的工具，我记得有算
coverage的功能 |
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