b*****z
发帖数: 942 | 1 关于official transcript,是必须要在sealed envelop里吗？ |
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l****z
发帖数: 29846 | 2 你的没有密封的transcript是寄到evaluation的机构做evaluation,然后让他们寄信去
accounting board说他们认为你ok, 只有美国学校的transacript才是你让学校直接寄
到accounting board去的. |
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t*****a
发帖数: 140 | 3 啊？？ 是学校寄出去？？ 我的TRANSCRIPT 我是先拿到（我在美国读的本科），然后
我和其他的材料一块寄出去的？不会有什么问题吧？ |
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x*********2
发帖数: 64 | 4 申请时交Foreign credential evaluation，还要交original transcript(中文版)吗? |
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t*****1
发帖数: 21 | 5 已经有了ECE的evaluation寄给了board,因为只剩一个被ece拆开的国内成绩单原件，
申请考试时，还需要国内学校直接寄给board本科成绩单么？比较麻烦。是不是只要ECE
evaluation就行了？NJ的同学说说foreign transcripts需不需要寄，不胜感谢。 |
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s*******e
发帖数: 23 | 6 there are several ways you can think about, although techniquely,
they are quite difficult.
(1) If you know what is the transcription activator, there should
have a databank contain promoter sequences. (Sorry, I can't remember
the webste)
(2) You can use CHiP analysis to clone out DNA sequences that bind
to your protein. First crosslink, then sonicate, then immunoprecipitation,
then clone and sequence, then search database.
(3) As u need those genes regulated in the early 4hrs. Tranditional
over |
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h**********8
发帖数: 650 | 7 More than acetylation.
EMBO J. 2010 Jan 28.
Crosstalk between C/EBPbeta phosphorylation, arginine methylation, and SWI/
SNF/Mediator implies an indexing transcription factor code.
Kowenz-Leutz E, Pless O, Dittmar G, Knoblich M, Leutz A. |
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s******y
发帖数: 28562 | 8 Promega, TnT T7 coupled transcription/translation kit
Depending on what degradation system was responsible. In vitro translation
system also contain ubiquitin and proteasome. However, it does not have
lysosome or golgi (which also contains protein degradation machinery).
You can add 10uM MG132 in the in vitro translation system (or your 293T cell
culture medium) to inhibit the proteasome.
的系统更容易降解我的蛋白？
Yes. If you want, you can try bacterial in vitro expression system. BUT, it
won't contain the |
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q**********0
发帖数: 335 | 9 Recenly I use T3 megascript do in vitro transcription. The results is always
bad, the OD260/280 is about 1.53. A big white pellet can be seen after
isopropanol precipitation and RNA concentratin measure is about 1.0 ug/ul.
However, when run a RNA gel, the band is very faint even using 5 uL. I don't
know why? Maybe there is protein contamination? or RNAse digestion? Please
help. Thanks a lot! |
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a****k
发帖数: 1130 | 10 We normally do overnight reaction for in vitro transcription. Make sure your
DNA template is good.
always
't
Please |
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l******u
发帖数: 936 | 11 比较的目的是什么? Chr 1 比 Chr 2 的 transcription 更活跃?
而且同样的tissue 里cell types 也许还千差万别.
General |
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h*y
发帖数: 208 | 12 请问如何寻找与Transcription start site相关的 specific histone modifications? |
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m**********2
发帖数: 57 | 13 我想分析某个基因可能会被哪些signal直接调控。
想测试这个基因的promoter上是否有potential的 transcriptional binding sites。
比如说Wnt, p53, BMP之类的直接binding位点或序列。
请问有没有什么软件可以对promoter序列进行分析的？ |
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w******a
发帖数: 1527 | 14 why do you have to use transcription factor rather than normal
differentiation process? |
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t**k
发帖数: 16 | 16 碰到麻烦乐， 老板让我研究研究有什么软件能够推测dna和transcription factor结合
的软件，然后替换dna上面 base SNP
to see if the changing of single base will decrease the binding affinity ?
Help ! Thank you ! |
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m******t
发帖数: 109 | 18 拿到gene array data，找人分析了以下。和我想的不太一样。 我的设想：根据
dysregulated gene，找certain transcriptional factor target gene, 回推
identify TF. is it doable? and how? |
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c********r
发帖数: 189 | 19 问一个关于蛋白polymerization的问题，一般来说transcription factor polymerization是不是只有两种情况：translation的时候cotranslational dimerizition；或者binding DNA的时候继续polymerize来稳定与DNA的相互作用。
在用overexpression研究这个问题的时候，有没有可能观察到的polymerization是overexpression的artifact呢？ |
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f****n
发帖数: 114 | 20 小弟最近在做RNA in vitro transcription，用的是ambion 的MEGAscript kit。
可是不论是用PCR产物直接做模板，还是连接到质粒上再线性化做模板，都得不到sharp
的条带，size比预期小很多并且有拖尾，但kit里阳性对照可以出来。
已经排除了RNase污染。估计是DNA模板纯度的问题，请问各位PCR产物用啥方法纯化？
另外，我在T7promoter序列前面加了7个碱基，难道是这个影响酶的效率？
请各位高手帮忙！ |
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a****k
发帖数: 1130 | 21 这个kit用过之后对transcription很不好
我一般都是尽量保证PCR的质量，run 1ul检测一下之后就直接用PCR product做，不会
经过任何gel purify的过程 |
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x******e
发帖数: 1428 | 22 再请教一下，可能一个transcript没有UTR么？谢谢！ |
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x******e
发帖数: 1428 | 23 可是有些well studied基因网上没有它们transcript UTR的记载……是因为还没有确凿
的数据么？ |
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n******7
发帖数: 12463 | 24 如果发生了AS，就算两条transcripts了
你这个好奇怪，要不去genome browser看看是神马个情况？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 25 要做大量的Biotin label的RNA fragment （大概几百bp)，做类似
in situ的实验，大家都用什么kit啊？
我只用过roche的nick translation mix做过DNA的probe, 这个RNA
的是不是质粒前面有个T7/73/sp6就可以了？in vitro transcription
怎么终止啊？还是必须把DNA切下来转录到底？ |
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m**********g
发帖数: 24 | 26 我说的那一段序列确实是在转录起始点上游。谢谢各位的指教。受益匪浅！
再请教：
1 如何确定（查找）基因的转录起始点（transcription start site）？
2 如何确定（查找）基因的promoter？ |
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V***b
发帖数: 3419 | 27 很多文章一旦qPCR发现某个基因的mRNA水平高，就断定是transcription水平的调控。
好像也没有人去细究这些。其实mRNA 3' 端结合很多蛋白来调控mRNA的稳定性，保持不
被降解，从而在转录水平不变的情况下，mRNA水平上升。大家说说如果mRNA水平高，还
有哪些可能性造成？
另外就是如何设计实验区分这两种可能性呢？ |
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c********b
发帖数: 363 | 28 nuclear run-on can differentiate transcription activity and stability. |
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B*****e
发帖数: 1005 | 29 run-on可以说 Pol II富集和活性比较高，跟 pol II的Ser2状态一致，跟Ser5关系不太密切 ,与transcription stability没直接的关系吧？ |
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P*2
发帖数: 300 | 32 如果要投很多工作，密封的offcicial transcript不够了，用拷贝的行吗？谢谢 |
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Z******5
发帖数: 435 | 34 问题带有误导性，基因不是“主动”去产生多个transcript variants，应该是一些偶
然的因素导致基因扩增，没有导致什么严重的后果，甚至可能有优势，就保存下来了。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 35 transcriptional factors are Double-strand DNA binding proteins |
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D****g
发帖数: 275 | 36 已经知道一个基因F的promoter有Transcription factor G的结合位点, 在Bandshift试
验中，这个结合位点只结合G这一个蛋白；ChIP也证明G可以结合到F的promoter;如果把
这个结合位点突变掉，基因F promoter的活性在Luciferase assay中几乎全部失去 （
低于2%）；但是现在把G 用siRNA knockdown后，虽然G的mRNA下降了40%（还没有检测
蛋白质）但是基因F的mRNA只下降了20~30%，是因为siRNA knockdown的太少么？有没有
别的可能？有经验的XDJM能不能给指点一下？谢谢！ |
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D****g
发帖数: 275 | 37 谢谢回复。
1. 可能knockdown的效率是太低了。我做的细胞是一种增殖很快的细胞，如果每两天传
代一次，需要稀释20倍才行 （0.5ml/10ml）。在不同的时间检测siRNA knockdown的效
果，发现在24小时是最好的；48小时后 mRNA 差异已经变小；72小时后已经几乎没有区
别。所以说，连着几次转染由于转染试剂毒性的问题也不太可能。可能需要试一试
shRNA，看效果是不是会好些。
2. 我也担心20%的差异可能太小了；但是唯一值得安慰的是，重复了4－5次，每次都是
降低20％以上，即使直接knockdown基因F自己，也只是比knockdown transcription
factor G略低而已。
3. Gene G has six homologies in mammalian cells, with two of them
specifically expressed in this cell lineage, expression of the other one is
very low (below the detection threshold of ... 阅读全帖 |
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y**u
发帖数: 7459 | 38 我想在live cell里看transcription的过程，有什么paper可以参考的吗？主要想知道
有哪些marker可以用的，还有就是什么样的fluorescence tag不影响蛋白功能。
下礼拜要跟人谈，急着写计划。谢谢！ |
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d**p
发帖数: 149 | 39 You can try Venus as the tag. My lab labeled the RNA polymerase with it and
works great. We observed the transcription dynamic in the living cell.
You can check this paper: Dissociation and re-association of RNA polymerase
with DNA during osmotic stress response in Escherichia coli
Hope this help. |
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y**u
发帖数: 7459 | 40 谢谢！太好了，我从没做过transcription, 真是一头雾水啊。
and
polymerase |
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K*C
发帖数: 2825 | 41 做了个蛋白的mutant，换了200个bp左右，结果蛋白表达量在HEK293 cells里下降了20
倍。然后做了一下
qPCR，发现是RNA的问题，RNA量下降了64倍。
然后我把这个mutant的200bp分成了3段，每段60-70bp左右给突变回去wild type。结果
蛋白表达量还是和mutant一样低。然后我又回到wild type，把上面3段中其中一段突变
到mutant的序列，结果表达量还是很低。现在准备继续做剩下两段分别从wild type变
成mutant的序列。
我把这200个bp序列连带着左右各100bp贴出来大家帮忙看看吧。有没有什么奇奇怪怪的
东西会影响transcription。谢谢！
ccctggcaggccctgctcatcaatgaggaaaacgagggtttctgtggtggaactattctgagcgagttctacatcc
taacggcagcccactgtattaatcagaccaagagcgtttcagttattgtaggggaaatagacatatcaagaaaaga
aaccagacgtcttctttctgtggataaaatatat... 阅读全帖 |
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h**********r
发帖数: 671 | 42 Title:
Transcriptional activation by tetracyclines in mammalian cells
Science. 1995 Jun 23;268(5218):1766-9.
我的邮箱是m******[email protected]。非常感谢！ |
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S********e
发帖数: 16 | 43 请教一个transcription factor的问题，在做一个转录因子，发现它特异的binding 一
个基因的3'UTR region in vivo, 并且抑制这个基因的表达，想和大家讨论一下这可能
是什么样的机理呢？多谢！ |
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S********e
发帖数: 16 | 44
是的，当然有很多targets,我是说它特异结合在3'UTR,不太明白这样怎么负调节
Transcription. |
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x********e
发帖数: 35261 | 45 post-transcriptional repression
可以有很多种可能 |
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x********e
发帖数: 35261 | 46 如果不考虑posttranscriptonal regulation, 只讨论transcriptional regulation,那
位置,方向和距离都不重要 |
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x********u
发帖数: 430 | 47 If the TF binds with the 3'UTR region of your gene,it probably relates with
transcription termination by interacting with terminator. |
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S********e
发帖数: 16 | 48 请教一个transcription factor的问题，在做一个转录因子，发现它特异的binding 一
个基因的3'UTR region in vivo, 并且抑制这个基因的表达，想和大家讨论一下这可能
是什么样的机理呢？多谢！ |
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S********e
发帖数: 16 | 49
是的，当然有很多targets,我是说它特异结合在3'UTR,不太明白这样怎么负调节
Transcription. |
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x********e
发帖数: 35261 | 50 post-transcriptional repression
可以有很多种可能 |
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