a*****f
发帖数: 30 | 1 求问谁有Transfac的Position Weight Matrix库？直接购买太贵了，老板不肯买。
bow谢 |
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S*********s
发帖数: 304 | 2 这玩意确实有很多false positive
一般不用它做discovery,只能用于验证，或者candidate approach.
流程如下：
1.如果我要找的TF，或experimentally有点hint在mouse, human,rat等都conserve
那么我就在conserved region找conserved promoter region
UCSC genome.ucsc.edu
2.还是用TESS,或者原来的Transfac
google transfac，transfac是德国哥廷根大学bioinfo系主任wingande拉了一些做
motif识别的人搞的，一般就用他们的academia version.
他们有个收费的professional version，号称有很多实验
验证过的数据，穷人没用过。
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
这个把transfac前几版本的数据库都包括了，可用。
找出一些candidate之后，再到UCSC里面去看，现有有一些Ch-IP的data available,再
筛一... 阅读全帖 |
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M********n
发帖数: 31 | 5 ENCODE这东西太general，就像一本《永乐大典》、《四库全书》
其实，没有什么novel的findings，就是编了一本dictionary,或者用他们的话说
catalog而已
ENCODE里面比较有用的，也就是他们做的TF的map吧
（请看他们paper之一：“Circuitry and Dynamics of Human TF Regulatory
Networks”）
他们用的是DNase footprinting
给我的感觉是，false positives 太多
每个cell-type多达800多万个binding sites
这不是问题，问题是，知道这些sites
本身没用，要知道什么TF bind到这些sites
最终他们还是用了TRANSFAC的数据
在TRANSFAC里有出现的binding sites留下，其他滤掉
这相当于什么都没做 |
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f*****y
发帖数: 464 | 6 谢谢回复。
我用的是kyoto University的TFsearch program, 它用的是TRANSFAC的database.
我不是做transcription的，为了做个gene model的图才想看看promoter. |
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i******0
发帖数: 17 | 10 请问这transfac 要收钱不？ 有没有free 的可用？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 pls refer fresh new both papers:
a,
by Morozov VY and Ioshikhes IP. (2013).
Optimized Position Weight Matrices in Prediction of Novel Putative Binding
Sites for Transcription Factors in the Drosophila melanogaster Genome.
PLoS One. 8: e68712.
Abstract
Position weight matrices (PWMs) have become a tool of choice for the
identification of transcription factor binding sites in DNA sequences.
below ignored
In the present study, we extended this technique originally tested on
single examples of trans... 阅读全帖 |
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