T*****e 发帖数: 247 | 1 http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature1
标题 DNA-guided DNA interference by a prokaryotic Argonaute
摘要
RNA interference is widely distributed in eukaryotes and has a variety of
functions, including antiviral defence and gene regulation1, 2. All RNA
interference pathways use small single-stranded RNA (ssRNA) molecules that
guide proteins of the Argonaute (Ago) family to complementary ssRNA targets:
RNA-guided RNA interference1, 2. The role of prokaryotic Ago variants has
r... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 2 首先 我不觉得有很多人重复了fig3c,有的看到了gfp下降,但是并没有看到indel数据。
然后14年高温的ttAgo是不能切割线性质粒的,文章中称ttago的切割需要负超螺旋结构
,切割的产生需要dna结构的帮助,而这个切割基因组的切割活性并不能确认。
退一万步讲,ttAgo在高温下能产生给切割,并不是说NgAgo在37度下就一定能切割,反
过来,如果NgAgo没有切割活性,也不能证明ttAgo就也在高温下没有活性。。这是两个
物种的ago系统,这两个之前没有什么必然的逻辑联系。
最近的例子,张锋的cpf1系统,张锋鉴定了好多物种的cpf1,很多在体外都有切割活性
的,都是cpf1系统,但是在哺乳动物细胞内,只有两个cpf1系统能够有效切割基因组。 |
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发帖数: 1 | 3 国际转基因技术协会原主席Montoliu博士建议不要再试图重复韩春雨实验结果
澳大利亚国立大学Gaetan Burgion今天撰写长文介绍他试图重复河北科大韩
春雨创立的NgAgo基因编辑技术的经过,得出结论:韩春雨的实验无法重复,而
且与韩在论文所说矛盾;《自然·生物技术》应要求韩公布原始数据;该技术显
然没有前途。
国际转基因技术协会创建者和原主席Lluis Montoliu博士根据这一结果以
及其本人实验室的实验结果,向国际转基因技术协会会员发出一封公开信,建议
停止继续试图验证韩春雨的实验,不要再浪费时间、金钱、人员和项目。
CRISPR谷歌群针对这项技术和韩春雨的文章的调查表明,140个调查回复中,
只有一个(中国神经所仇子龙?)回答该技术起作用,73个回答无效,63个回答
在验证。
From: [email protected]/* */ on behalf of Lluis
Montoliu To: ISTT List
Subject: [ISTT_list] Great disappointment with Ago: Long life to
CRISPR... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 6 【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32034437.html
实例记录 - 第三类信息, 第二例
第三类“重复” 验证实验信息:实名,科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述,实验材料来源信息,实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述:
- 发布方:Burgess, Cheng, et al
- 发布时间:2016年11月15日
- 发布平台:Protein & Cell
- 发布方国家:二十家中外实验室, 18所科研院校
- 发布方城市:美国及中国
- 发布方研究机构:
1.National Human Genome Research Institute, NIHBethesdaUSA
2.D... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 8 Email on ngAgo sent to the ISTT mailing list:
Dear colleagues,
the publication by Gao et al in May in Nature Biotechnology http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27136078 triggered an enormous expectation. This Chinese team led by Chunyu Huan reported that the Argonaute (Ago) protein from a rare haloarchaea, Natronobacterium gregoryi, (NgAgo) would efficiently work for gene editing purposes in human cells. Ago had been described as an DNA-guided endonucleases two years before, through a Dutch-Span... 阅读全帖 |
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H****N 发帖数: 997 | 9 Dear colleagues,
the publication by Gao et al in May in Nature Biotechnology http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27136078 triggered an enormous expectation. This Chinese team led by Chunyu Huan reported that the Argonaute (Ago) protein from a rare haloarchaea, Natronobacterium gregoryi, (NgAgo) would efficiently work for gene editing purposes in human cells. Ago had been described as an DNA-guided endonucleases two years before, through a Dutch-Spanish microbiologist collaborating team (Swarts ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 10 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: hanchunyu (), 信区: Military
标 题: 韩春雨是第二个小保方-业界专家的信
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jul 29 11:59:57 2016, 美东)
Email on ngAgo sent to the ISTT mailing list:
Dear colleagues,
the publication by Gao et al in May in Nature Biotechnology http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27136078 triggered an enormous expectation. This Chinese team led by Chunyu Huan reported that the Argonaute (Ago) protein from a rare haloarchaea, Natronobacterium gregoryi, (NgAgo) would efficiently work for gen... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 11 实例记录 - 第三类信息, 第二例
第三类“重复” 验证实验信息:实名,科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述,实验材料来源信息,实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述:
- 发布方:Burgess, Cheng, et al
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- 发布方城市:美国及中国
- 发布方研究机构:
1.National Human Genome Research Institute, NIHBethesdaUSA
2.Division of Hematology in Department of MedicineJohns Hopkins University
S... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 12 实例记录 - 第三类信息, 第二例
第三类“重复” 验证实验信息:实名,科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述,实验材料来源信息,实验数据及分析
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1.National Human Genome Research Institute, NIHBethesdaUSA
2.Division of Hematology in Department of MedicineJohns Hopkins University
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c********n 发帖数: 225 | 13 【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
实例记录 - 第三类信息, 第二例
第三类“重复” 验证实验信息:实名,科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述,实验材料来源信息,实验数据及分析
− 需有citation link
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2.Division of Hematology in Department of MedicineJohns H... 阅读全帖 |
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i***s 发帖数: 39120 | 14 韩春雨
一直默默无闻的河北科技大学副教授韩春雨,恐怕不会想到,自己成了2016年生物学界的焦点人物之一。
从被部分媒体捧为“中国下一个诺奖获得者”,到陷入国际性的学术造假争议,虽然韩春雨本人基本保持低调,但围绕他及其新基因编辑技术NgAgo的风暴却越演越烈。
较早将这一学术争议引入大众视线的方舟子,则在今天31日上午,直指韩春雨博士学位论文造假。
新一轮国际风暴
韩春雨的NgAgo基因编辑技术,被认为有潜力取代目前的CRISPR技术,在国际上引发了一定的反响,并被部分国内媒体称为“诺奖级”技术。
然而,数月以来,全球科学家几乎都没能重复他的实验结果,同行的质疑声越来越强烈。
直到7月29日,“友军”的倒戈引发了新一轮国际风暴。
澳大利亚国立大学的法国基因学家Gaetan Burgio,曾凭间接证据宣称重复韩春雨的结果,非常高效。这一度让韩春雨的支持者看到了希望,但Gaetan Burgio谨慎地表示要等待基因测序的直接结果。
29日,Gaetan Burgio发布长文最终否定了先前的结论,表示在多种细胞上反复尝试后,没有发现证据能够真正证明NgAgo发生基因编辑。
而且,他还质疑如果不... 阅读全帖 |
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j****n 发帖数: 3370 | 15 外行说一句
ttAgo可以切质粒 但不能切genome
还有就是ttAgo只能切dna其中一条链
当然都是高温下
ngAgo可以切genome 而且貌似要两条链都切了才能做genome editing吧? |
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发帖数: 1 | 16 一直默默无闻的河北科技大学副教授韩春雨,恐怕不会想到,自己成了2016年生物学界
的焦点人物之一。
从被部分媒体捧为“中国下一个诺奖获得者”,到陷入国际性的学术造假争议,虽然韩
春雨本人基本保持低调,但围绕他及其新基因编辑技术NgAgo的风暴却越演越烈。
较早将这一学术争议引入大众视线的方舟子,则在今天31日上午,直指韩春雨博士学位
论文造假。
韩春雨
新一轮国际风暴
韩春雨的NgAgo基因编辑技术,被认为有潜力取代目前的CRISPR技术,在国际上引发了
一定的反响,并被部分国内媒体称为“诺奖级”技术。
然而,数月以来,全球科学家几乎都没能重复他的实验结果,同行的质疑声越来越强烈。
直到7月29日,“友军”的倒戈引发了新一轮国际风暴。
澳大利亚国立大学的法国基因学家Gaetan Burgio,曾凭间接证据宣称重复韩春雨的结
果,非常高效。这一度让韩春雨的支持者看到了希望,但Gaetan Burgio谨慎地表示要
等待基因测序的直接结果。
29日,Gaetan Burgio发布长文最终否定了先前的结论,表示在多种细胞上反复尝试后
,没有发现证据能够真正证明NgAgo发生基因编辑。
而且,... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 17 实例记录 - 首例 第三类信息
第三类“重复” 验证实验信息:实名,科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述,实验材料来源信息,实验数据及分析
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- 发布方:Jialing Qi et al
- 发布时间:2016年11月11日
- 发布平台:Cell Research
- 发布方国家:中国
- 发布方城市:江苏南通
- 发布方研究机构:Co-innovation Center of Neuroregeneration, Jiangsu Key
Laboratory of Neuroregeneration, Nantong University
- 实验室PI:Dong Liu
- NgAgo的来源:Synthetic codon opti... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 18 实例记录 - 首例 第三类信息
第三类“重复” 验证实验信息:实名,科研杂志发布
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- 发布方:Jialing Qi et al
- 发布时间:2016年11月11日
- 发布平台:Cell Research
- 发布方国家:中国
- 发布方城市:江苏南通
- 发布方研究机构:Co-innovation Center of Neuroregeneration, Jiangsu Key
Laboratory of Neuroregeneration, Nantong University
- 实验室PI:Dong Liu
- NgAgo的来源:Synthetic codon opti... 阅读全帖 |
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i***s 发帖数: 39120 | 19 纷扰半年的韩春雨谜题,谜底依然没揭开。
时至今日,打开河北科技大学生科院网站,一首《浣溪沙/贺韩春雨博士发明基因剪刀》的词还挂在第三条,后面两条新闻也是关于半年前韩春雨因“诺奖级”发现的论文发表在顶级刊物《自然·生物技术》(下称“《自然》”)期刊而扬名。五个月以来,这位年轻学者又因为实验的可重复性而饱受质疑。
近日,12名科学家向《自然》期刊提交其实验结果,均与韩春雨的论文结果有所不同。该期刊新闻发言人回应称,已收到关于韩春雨论文的多个意见,批评意见经同行评议后,有可能会被刊登。
10月31日,前后十几通电话之后,时代周报记者终于联系上韩春雨本人。他对时代周报记者表示,希望质疑的科学家能当面与他讨论。
“今年8月,校方突然停电造成了实验室的实验材料全部损坏,让我一直很被动。”韩春雨语气中带有一些无奈,但语速很快,他多次强调自己很忙,半年来被一波波记者追访,他已经颇有些疲惫。
同在今年8月,韩春雨曾透露已有六七家实验室成功复制NgAgo研究结果,但拒绝透露是哪几家。而近日在接受《成都商报》记者采访时,韩春雨表示“让我自证清白是明显给我设的套”。
“这只是一个科学讨论事件,如今我已经重复出... 阅读全帖 |
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D**s 发帖数: 6361 | 20 来源:科学网丁广进博客、BioArt微信公众号
引言:《韩非子·喻老》一文中曾有言曰:“楚庄王莅政三年,无令发,无政为也。右
司马御座而与王隐曰:“有鸟止南方之阜,三年不翅,不飞不鸣,嘿然无声,此为何名
?”王曰:“三年不翅,将以长羽翼;不飞不鸣,将以观民则。虽无飞,飞必冲天;虽
无鸣,鸣必惊人。”
5月2日,Nature系列顶级刊物Nature Biotechnology在线发表了来自河北科技大学生物
科学与工程学院青年教师韩春雨副教授题为“DNA-guided genome editing using the
Natronobacterium gregoryi Argonaute”的重大原创性成果。文章甫一发表,瞬间刷
爆微信朋友圈,这里面有两层原因,其一,该项新的基因编辑手段对目前热火朝天的
CAS9技术提出了挑战;其二,领导该项研究的青年老师所在的单位和个人基本上籍籍无
名(抱歉,请允许我用了这个词)。
“不鸣则已,一鸣惊人”韩春雨老师在Nature?Biotech上发表诺奖级原创成果
Nature Biotechnology文章截图
小编先引用河北科技大学生物科学与工程学院官... 阅读全帖 |
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w*******e 发帖数: 15912 | 21 新闻来源: 光明网 于 2016-05-23
原标题:韩春雨:磨出基因编辑“新剪刀”
利用凝结在琥珀中的史前蚊子体内的恐龙血液,科学家提取出了恐龙的遗传基因。绝迹
6500万年的庞然大物开始复生,整个努布拉岛也由此成为恐龙的乐园……
当年坐在电影院里,韩春雨津津有味地看完了电影《侏罗纪公园》。这个年轻人怎么也
不会想到,有一天,自己会取得基因编辑技术的重大突破,成为一位“磨出基因编辑新
剪刀”的科学家。
土博士放的“核弹”
初夏,河北省药用分子化学重点实验室楼的外墙上,爬山虎又开始了一年的生长。这栋
位于河北科技大学老校区的四层小楼,再一次被绿色和生机所覆盖。
一楼门厅的成果展示栏里,还没来得及添上基因编辑技术的相关内容。但是,这座省部
共建国家重点实验室的“主人”——韩春雨,已带着他的科研成果一夜之间成为“名人
”。
5月2日,韩春雨研发出基因编辑新技术NgAgo-gDNA的成果发表在英国《自然·生物技
术》上。论文刊发几小时后,学术圈里的朋友开始打电话向他祝贺。没多久,千里之外
的麻省理工学院(MIT)的BBS上开始讨论这个话题了。而零星的报道也逐渐见诸“生物
通”等国内专业网站。... 阅读全帖 |
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d********f 发帖数: 43471 | 22 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mahmet (里约大冒险), 信区: Biology
标 题: 知识分子独家专访:面对质疑的韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 17 21:05:25 2016, 美东)
独家专访:面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影:陈晓雪
内文提要:
独家专访:面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按:
5月初,《知识分子》以国际科学媒体的标准,第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论,并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后,国内媒体和单位纷纷跟进,因为没有新的工作进展,《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果,《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态,但不依据私下匿名来源为主作报道,直到13位中国科学家公开
实名发言后,《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之... 阅读全帖 |
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m******g 发帖数: 467 | 23 Nature 14.03.13
推荐:
1. Evolutionary biology: Sex, lies and butterflies
doublesex is a mimicry supergene
稍微了解一下:
1. Evolutionary biology: Speciation undone
large finch has become extinct through interbreeding with another
small and medium tree finches on Floreana may also be fusing into one
species
2. DNA-guided DNA interference by a prokaryotic Argonaute
a barrier for the uptake and propagation of foreign DNA
TtAgo is loaded with 5′-phosphorylated DNA guides, 13–25 nucleotides in
length
小知识:
1.... 阅读全帖 |
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K**4 发帖数: 1015 | 24 这个文章提出的DNA-guidedDNAinterference by bacterial Argonaute (or PIWI) 好
像不是很充分阿。首先他自己的实验也表明,Argonaute即结合RNA也结合DNA。
Analysis of co-purifiednucleicacidsrevealedthatTtAgo-associatedRNA (10–150
nucleotides) is preferentially 32 P-labelled in a polynucleotide kinase (PNK
) forward reaction, indicating the presence of 5' hydroxyl groups (Extended
Data Fig. 1c). By contrast, co-purified DNA has a more defined length (13–
25 nucleotides), and is preferentially labelled in a PNKexchangereaction,
indicatingph... 阅读全帖 |
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f*****e 发帖数: 34 | 25 14年这篇文章说TtAgo只能在 >65度的时候起作用,韩的文章是15年6月提交的,而且韩
的文章的好多assay都是参考14年的nature的,这速度够快了啊!估计其他实验室也有
人在做,但是没这么快? |
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b******9 发帖数: 102 | 26 14年试过这个TtAgo,在293里面不起作用,只有大于65度才能切割。 |
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s*********y 发帖数: 579 | 27 海内外学者、读者热议“韩春雨”现象
原创 2016-05-10 知识分子 知识分子
韩春雨(右)及其合作者沈啸(左)、高峰(中)。供图:沈啸
编者按:
5月8日,《知识分子》发文(详见《韩春雨:“一鸣惊人”的中国科学家发明世界一流
新技术 | 特稿》)介绍了河北科技大学副教授韩春雨团队发表的NgAgo-gDNA基因编辑
技术的学术贡献和意义后,引发巨大反响。文章发表仅一天,通过《知识分子》在微信
、微博、今日头条、知乎上的传播渠道,就获得超过320万阅读量,近2600条评论。国
内外生命科学界学者纷纷就这项技术的突破性意义发表评论,各方读者也就韩春雨的“
另类出身”在网络上展开评论。《知识分子》搜集并摘编了部分精彩观点,与读者分享。
● ● ●
01
高屋建瓴派
饶毅:北京大学讲席教授
韩春雨的工作对基因编辑技术的推进作用是国际一流的。与现有CRISPR相比,可以看到
的优点是新技术使用DNA,因而更稳定,但还需要更多的研究才能真正比较二者优缺点
以及适用范围的异同。此外,韩春雨在条件有限的情况下做出这样的工作,让我们更加
关注中国广大科技工作者。
鲁白:清华大学医学院教授
在一所不太... 阅读全帖 |
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m****a 发帖数: 270 | 28 你可能理解错了,这个AGO在体外并非只能切单链,作者发现转染NgAgO和ssDNA的293细
胞中提取出的NgAgo能在“体外”切割双链质粒(Supplementary Figure 1)。
另外NgAgo并不能切单链DNA,这一点和TtAgo就完全不同。 |
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发帖数: 1 | 29
Ago
半路插进来说一下,刚刚听说Ago C末端不能多任何序列呢。。。。
不过在addgene上查了一下,不但14年TtAgo在c末端有多了几个序列还有6*his标签,然
后在addgene上搜索ago,在搜到的结果里,随便找几个质粒,各种tag,各种标签,c末
端哦,sv40,flag,his。。you name it.......
所以楼主是不是获取的信息上有什么错误。。。 |
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y****m 发帖数: 37 | 30 doesn't mean they are functional, though
plus, I don't know which plasmid you checked for the 14 TtAGO but the
following one doesn't seem to contain his tag at C term.
http://www.addgene.org/53079/sequences/
I also looked at the first 2 pages of addgene ago plasmids but didn't find
any with C-term tag(some of them even specifically indicate N-term tag). Not
sure which Ago plasmids are with c-tag that you found. |
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f****t 发帖数: 22 | 31 说穿了韩认为ago系统最大的问题是温度。TtAgo 65度的使用温度太高了,根本不可能
用到细胞上。所以当他真的找到了一批(他和沈啸的专利里有十几个ago)37摄氏度的
ago时,我相信他内心深处已经把自己的发现定位到CNS级别了。
后面的发展我猜大概是,没想到reviewer除了温度还提出了一堆稀奇古怪的问题啊,原
来发CNS除了切质粒还得切基因组啊,怎么还要跟cas9比啊,效率还不能太低啊。怎么
搞阿,那fig4咱们就预测一下吧,差不多得了,反正75%的数据都是真的,在国内算高
水平文章了。
他的东西reviewer肯定还是有疑问的,要不然science怎么没接。Nature系列向来
editor瞎搞,估计最后发在NBT也是editor硬要收的。 |
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j****n 发帖数: 3370 | 32 我劝他了其实
我们准备工作做了些 还没具体操作过
我是劝老板说怎么也要玩一把
他自己觉得不太行 也不太可信 (当然他的经验是来自TtAgo,不排除这两Ago差异特别
大,而不仅仅是温度的差异)
其实我是很希望有人能够重复出来
韩教授看着也很正派
清高的人应该不屑于造假 |
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发帖数: 1 | 33 到底说的哪篇文章?ngago在65度切割???han从这篇文章起步???大哥你逗我呢?
14年那篇文章主角是TtAgo......han也是从这篇nature得到灵感的~~出来教训别人之
前做好功课好么 |
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发帖数: 1 | 34 我来说说ngAgo的局限:
1.ngAGO是否真如文章所述,不和ssRNA结合。我觉得需要通过通过高通量测序进行验证
,电泳胶的灵敏度太低,看不到不代表没有。
2.ngAgo是否和内源ssDNA或ssRNA结合,如果它的结构和TtAgo类似(包含PIWI,PDZ以
及MID domain),那么这些保守的domain也存在于与ngAgo同源的argonautes(Ago2)
中,需要利用灵敏度比较高的手段才能说明这个问题,保不齐ngAgo会对PIWI或RNAi通
路有影响,5‘p-ssDNA以及5’p-ssRNA在细胞中存在,尤其是在germ cell的分化过程
中以及很多种类的癌细胞中,如果ngAgo和它们结合的话,这将大大限制其在此类细胞
中的应用。
3. ssDNA loading 的问题,目前对于ssDNA load到Argonaute形成DNP的机制尚不清楚
,在细胞内ssDNA load到Argonaute是不是需要其他蛋白质(比如伴侣蛋白,热激蛋白
等)的辅助,甚至Argonaute折叠成functional protein是否需要ssDNA的帮助,这些都
不是很清楚。
... 阅读全帖 |
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m****a 发帖数: 270 | 35 不管NgAgo是否work,最不爽韩春雨的就是做TtAgo的那拨人。
已经有好几个做斑马鱼和果蝇的组也跳出来说做不出来。
都是被Gaetan给炸出来的。 |
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D***a 发帖数: 516 | 36 时间问题我也闲着没事考虑过,韩说他在nature文出来不到三个月就克隆NgAgo并“看
到”切割,然后就投science。这时候数据应该很少,而且质量差。然后在science评审
并被拒,花了7个月,reviewer应该是问了很多关键问题,比如说数据质量差,没有体
内切割以及基因编辑这样重量级的实验。这时候,就该浙大沈啸登场了。见过世面的沈
啸跟韩说,要想发表,reviewer要什么你就得给什么,数据质量参考TtAgo的nature和
crispr的science,做不出来你也的做出来。然后一片完美的文章就出来了。 |
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c********n 发帖数: 225 | 37 【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
引子
我们生活在一个幸运的时代,我们生活在一个变化的时代。
历史就在我们每一天不经意的时候悄悄地留了下来。
世界各地的2016年都不同寻常,记录一下有些瞬间即逝的印记。
Ago 和CRISPR/Cas 是两个世代相传的家族,各自有各自的功能,各自在各自
的地盘上行使着自己的职责。
CRISPR/Cas率先冲出功能区禁锢,领跑出了基因组编辑的新天地。
Ago家族呢?有没有也隐藏着可以编辑基因组的黑马?
2014年2月,荷兰John van der Oost组在Nature杂志上发表了关于Ago家族
成员TtAgo的研究,为Ago功能区域拓展,照进了一线光亮。
2016年5月,中国的韩春雨组在Nature Biotechnology 杂志上,发表了关于
这个家族成员NgAgo的科研论文,用实验数据论证,NgAgo就是Ago家族基因组
编辑的一匹黑马,而且是一匹可以与CRISPR/Cas9 齐头并进的黑马。
俗话说,是骡子是马,拉出来溜溜才能分得清。
任何此类“发现”,特别是带有工具性质的技术,一旦以科研论文形式发表,
就会被世界各地的业界同仁们重复实验... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 38 特别记录 2016.10.16
信息来源:
- 凤凰视频
- 许戈辉 【名人面对面】漩涡中的韩春雨
link:
http://v.ifeng.com/documentary/figure/201610/0360dd02-ef09-4439-b146-1152ebe30c57.shtml
2016年6月24日录制完成
2016年10月16日播出
录制方的声明:
- “两度安排播出,都推迟了”
- “截止节目播出前,发给韩春雨本人的再次电话采访的邀约,并没有得到回应“
韩春雨在采访中表达的一些看法:
- 多次提到,“科学最终要成为产品,最终要造福于人类”
- 当初选择(落脚河北科大)的时候,是因为知道,这个地方,适合他创业
- “这里(河北科大)就是我的麻省理工学院”
- “不同科学家对待科学的态度,是可以不同的。。。科学对于我来说,是个很好
的生活方式”
- “人有两个方面, 一个是品德,一个是品质。 这两个特别重要,品德就是到社会上
是不是个好人。。。只有好人才能走得远;。。。 品质是所谓成功不成功。。。品质
不好,半途而废了,怕吃苦。。等等,坚持不下去了,就成不了事”
韩春雨关于Ng... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 39 【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
引子
我们生活在一个幸运的时代,我们生活在一个变化的时代。
历史就在我们每一天不经意的时候悄悄地留了下来。
世界各地的2016年都不同寻常,记录一下有些瞬间即逝的印记。
Ago 和CRISPR/Cas 是两个世代相传的家族,各自有各自的功能,各自在各自
的地盘上行使着自己的职责。
CRISPR/Cas率先冲出功能区禁锢,领跑出了基因组编辑的新天地。
Ago家族呢?有没有也隐藏着可以编辑基因组的黑马?
2014年2月,荷兰John van der Oost组在Nature杂志上发表了关于Ago家族
成员TtAgo的研究,为Ago功能区域拓展,照进了一线光亮。
2016年5月,中国的韩春雨组在Nature Biotechnology 杂志上,发表了关于
这个家族成员NgAgo的科研论文,用实验数据论证,NgAgo就是Ago家族基因组
编辑的一匹黑马,而且是一匹可以与CRISPR/Cas9 齐头并进的黑马。
俗话说,是骡子是马,拉出来溜溜才能分得清。
任何此类“发现”,特别是带有工具性质的技术,一旦以科研论文形式发表,
就会被世界各地的业界同仁们重复实验... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 40 特别记录 2016.10.16
信息来源:
- 凤凰视频
- 许戈辉 【名人面对面】漩涡中的韩春雨
link:
http://v.ifeng.com/documentary/figure/201610/0360dd02-ef09-4439-b146-1152ebe30c57.shtml
2016年6月24日录制完成
2016年10月16日播出
录制方的声明:
- “两度安排播出,都推迟了”
- “截止节目播出前,发给韩春雨本人的再次电话采访的邀约,并没有得到回应“
韩春雨在采访中表达的一些看法:
- 多次提到,“科学最终要成为产品,最终要造福于人类”
- 当初选择(落脚河北科大)的时候,是因为知道,这个地方,适合他创业
- “这里(河北科大)就是我的麻省理工学院”
- “不同科学家对待科学的态度,是可以不同的。。。科学对于我来说,是个很好
的生活方式”
- “人有两个方面, 一个是品德,一个是品质。 这两个特别重要,品德就是到社会上
是不是个好人。。。只有好人才能走得远;。。。 品质是所谓成功不成功。。。品质
不好,半途而废了,怕吃苦。。等等,坚持不下去了,就成不了事”
韩春雨关于Ng... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 41 实例记录 - 第三类信息, 第三例
第三类“重复” 验证实验信息:实名,科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述,实验材料来源信息,实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述:
- 发布方:SH Lee et al
- 发布时间:2016年11月28日
- 发布平台:Nature Biotechnology
- 发布方国家:韩国,德国,美国
- 发布方城市:见文章
- 发布方研究机构:
-Center for Genome Engineering, Institute for Basic Science (IBS), Seoul,
South Korea.
-Institute for Cell and Gene Therapy, Medical Center—Universit... 阅读全帖 |
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c********n 发帖数: 225 | 42 实例记录 - 第三类信息, 第三例
第三类“重复” 验证实验信息:实名,科研杂志发布
− 在科研杂志上实名发表的关于重复、验证NgAgo基因组编辑功能的文
章
− 需有具体实验设计流程描述,实验材料来源信息,实验数据及分析
− 需有citation link
- 需包含发布时间
- 需注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述:
- 发布方:SH Lee et al
- 发布时间:2016年11月28日
- 发布平台:Nature Biotechnology
- 发布方国家:韩国,德国,美国
- 发布方城市:见文章
- 发布方研究机构:
-Center for Genome Engineering, Institute for Basic Science (IBS), Seoul,
South Korea.
-Institute for Cell and Gene Therapy, Medical Center—Universit... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 43 从他百度百科里面的资料来看,他拿了一个自然科学基金34万,一个重大专项200万,
这就有234万了。然后一些什么青年基金,地方上的项目以及学校给的配套基金、科研
启动基金等等应该也有不少钱。怎么算,对于一个不发文章的实验室钱都是够用10年的。
再说他那个ago实验,据蔡博士重复的情况,做一次大概1个月,花费10000元左右,所
以就算1年做12次(假设他真的做了),两年也就二十几万。再根据韩的自述,他是看
了2014年2月荷兰科学家关于TtAgo的文章,然后才做的NgAgo,然后2014年5月他就做出
来。总共就3个月,然后投了science悲剧,2015年5月投了NBT,后面有没有继续做实验
(还是每天PS)都很难说。怎么算他都欠不
了30万。
我觉得他欠30万,不可信。有钱赖账30万我也不怎么信,因为我觉得卖试剂的应该不至
于让他拖欠那么久钱还继续供货,何况是一个10年不发论文的客户。
PS. 卖试剂的来他实验室一看,不穿实验服,不戴手套,矿泉水瓶装试剂估计就已经懂了 |
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t**m 发帖数: 158 | 44 13位科学家实名呼吁对韩春雨启动调查:为了中国学界的名声
澎湃新闻记者 王盈颖 康宁 王灿 虞涵棋
2016-10-10 23:17 来自 能见度
这是一场和时间的赛跑。这场赛跑赌上的,是中国学术界在国际上的名声。
一切源于2016年5月2日,河北科技大学副教授韩春雨课题组在国际顶级期刊《自然-生
物技术》上发表了NgAgo基因编辑技术的论文。刚发表时,NgAgo被认为是新一代基因编
辑工具,可媲美此前有“基因魔剪”美称的CRISPR技术,被国内部分媒体誉为“诺奖级
”学术成果。 然而,之后的故事急转直下,全球数百家实验室,历时5个月的时间,没
有一家宣布能重复成功。质疑声越来越大,韩春雨不作正面回应,却收获接连的荣誉:
河北科协副主席、美丽河北最美教师、100万元国家自然科学基金……受惠于NgAgo技术
,河北科大获得了河北发改委2.24亿元的财政拨款,用于建设河北科技大学基因编辑技
术研究中心。
“是时候了,”北京大学生命科学学院教授魏文胜对澎湃新闻(www.thepaper.com)、
中国青年报表示,科学家有必要站出来表达看法。“处理不好的话,会严重影响中国科
学家的声誉。”魏... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 45 1 北京大学生命科学学院魏文胜课题组
我们使用了文章中报道的高效ssDNA,同时自己设计了其他2条针对体内其他基因位点的
ssDNA,与NgAgo表达质粒共转HEK293T细胞与HeLa细胞,2天及5天后,用T7E1检测切割
效率,这三条针对2个不同基因的ssDNA,在HEK293T和HeLa两个细胞系中,无论转染一
次还是在8到12小时后再转染一次ssDNA,都没有检测到切割。
针对敲除后能使细胞有表型变化的某特定基因,我们设计了ssDNA,与NgAgo表达质粒共
转HeLa细胞5天后,发现细胞表现出了一定的对应表型,但是把这部分细胞收集起来提
取基因组,对靶位点测序,没有发现基因组序列的任何改变。
我们针对某特定基因设计了6种ssDNA,用特异的荧光报告系统检测是否有靶点DSB产生
,结果显示所有实验组均没有检测到对靶位点DNA序列的切割活性。
2 中科院动物研究所王皓毅课题组
我们在293T细胞中表达带有Flag标签的NgAgo ,在不同时间点检测NgAgo蛋白表达。发
现转染6小时后开始检测到目的蛋白,随着时间的延长蛋白量增加。在人类293T细胞系
中重复原文章中Figure ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 46 独家专访:面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影:陈晓雪
内文提要:
独家专访:面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按:
5月初,《知识分子》以国际科学媒体的标准,第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论,并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后,国内媒体和单位纷纷跟进,因为没有新的工作进展,《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果,《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态,但不依据私下匿名来源为主作报道,直到13位中国科学家公开
实名发言后,《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之久,至今虽有多方表态,但仍然没有迹象显示很
快会得到解决。如何在学术规范下寻找解决之道,是摆在中国科学界面前的重要挑战。
10月10日晚,12位科学家实名呼吁调查(后增加一名科学家),《知识分子》
当晚连线韩春雨,并于第二日中午赶赴河北科... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 47 http://news.sohu.com/20161101/n471949214.shtml
[摘要] 对于河科大恳请给予“多些时间的说法”,北京大学生命科学学院研究员魏
文胜提出,“这个实验的周期就两到三个星期,(韩春雨)想要证明,并不会花费太长
时间”。
时代周报记者 付聪 发自石家庄
纷扰半年的韩春雨谜题,谜底依然没揭开。
时至今日,打开河北科技大学生科院网站,一首《浣溪沙/贺韩春雨博士发明基因
剪刀》的词还挂在第三条,后面两条新闻也是关于半年前韩春雨因“诺奖级”发现的论
文发表在顶级刊物《自然·生物技术》(下称“《自然》”)期刊而扬名。五个月以来
,这位年轻学者又因为实验的可重复性而饱受质疑。
近日,12名科学家向《自然》期刊提交其实验结果,均与韩春雨的论文结果有所不
同。该期刊新闻发言人回应称,已收到关于韩春雨论文的多个意见,批评意见经同行评
议后,有可能会被刊登。
10月31日,前后十几通电话之后,时代周报记者终于联系上韩春雨本人。他对时代
周报记者表示,希望质疑的科学家能当面与他讨论。
“今年8月,校方突然停电造成了实验室的实验材料全部损坏,让我一直很被动。
”韩春雨语气... 阅读全帖 |
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o*******4 发帖数: 105 | 48 时代周报记者 付聪 发自石家庄
纷扰半年的韩春雨谜题,谜底依然没揭开。
时至今日,打开河北科技大学生科院网站,一首《浣溪沙/贺韩春雨博士发明基因
剪刀》的词还挂在第三条,后面两条新闻也是关于半年前韩春雨因“诺奖级”发现的论
文发表在顶级刊物《自然·生物技术》(下称“《自然》”)期刊而扬名。五个月以来
,这位年轻学者又因为实验的可重复性而饱受质疑。
近日,12名科学家向《自然》期刊提交其实验结果,均与韩春雨的论文结果有所
不同。该期刊新闻发言人回应称,已收到关于韩春雨论文的多个意见,批评意见经同行
评议后,有可能会被刊登。
10月31日,前后十几通电话之后,时代周报记者终于联系上韩春雨本人。他对时代周
报记者表示,希望质疑的科学家能当面与他讨论。
“今年8月,校方突然停电造成了实验室的实验材料全部损坏,让我一直很被动。
”韩春雨语气中带有一些无奈,但语速很快,他多次强调自己很忙,半年来被一波波记
者追访,他已经颇有些疲惫。
同在今年8月,韩春雨曾透露已有六七家实验室成功复制NgAgo研究结果,但拒绝
透露是哪几家。而近日在接受《成都商报》记者采访时,韩春雨表示“让我自证清白是
明显给我设... 阅读全帖 |
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U**R 发帖数: 34 | 49 尘埃落定韩春雨? Nature Biotechnology 撤稿 NgAgo!
原创2017-08-03 知社 知社学术圈
海归学者发起的公益学术平台
分享信息,整合资源
交流学术,偶尔风月
北京时间8月3日,在经历过长达一年多的纷争和等待之后,Nature Biotechnology应韩
春雨等作者的要求,撤稿其发表于2016年5月的NgAgo论文。
从一鸣惊人到一波三折再到一声叹息,这一年多,中国学术界和韩春雨走过来了什么样
的历程?“身心疲惫”?NgAgo的争议,是否又就此尘埃落定? 请看知社对这一里程碑
事件的回顾,和业内人士特约独家点评。
首先,我们来回顾一下NgAgo事件的主要发展过程与关键时间节点。
2014年2月,荷兰科学家John van der Oost在Nature杂志发表论文,报道TtAgo可以在
高温条件下体外切割DNA。韩春雨受到启发,开始利用Argonaut进行基因编辑,并在
2014年5月中旬取得关键突破。
2015年6月3日,韩春雨向Nature Biotechnology投稿。12月21日,浙江大学沈啸和韩春
雨提交“以Argonaute核酸酶为核心... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 50 首先,我们来回顾一下NgAgo事件的主要发展过程与关键时间节点。
2014年2月,荷兰科学家John van der Oost在Nature杂志发表论文,报道TtAgo可以在
高温条件下体外切割DNA。韩春雨受到启发,开始利用Argonaut进行基因编辑,并在
2014年5月中旬取得关键突破。
2015年6月3日,韩春雨向Nature Biotechnology投稿。12月21日,浙江大学沈啸和韩春
雨提交“以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术”的专利保护申请。2016年3月21日
,Nature Biotechnology接收韩春雨的投稿,并在5月2日在线发表其题为DNA-guided
genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute论文。
2016年5月8日,多家知名微信公众号以一鸣惊人为题,先后报道韩春雨在极端艰苦与简
陋的条件下,做出世界级的科技成果,韩春雨首次进入大众视野,引发热议,并受到许
多媒体热捧。对于许多处于中国学术体制边缘地带的本土青年学者,韩春雨的成功具有
极大的励志效应,让很多人看... 阅读全帖 |
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