|
|
s******y
发帖数: 28562 | 3 不过你最好去查一查相关的review. 具体例子我记不起来了 |
|
C*********m
发帖数: 213 | 4 26S proteosome pathway 还是别的？ |
|
|
s******y
发帖数: 28562 | 6 啊！你说的是对的。 抱歉抱歉：）
应该是E2-E3 complex |
|
g*****n
发帖数: 241 | 7 我直觉上觉得分泌型蛋白未必会马上被降解，因为分泌出去之后没有ubiquitin ligase
之类的蛋白去标记然后降解它。除非直接结合膜上的受体然后被内吞。 |
|
a********k
发帖数: 2273 | 8 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
|
g********4
发帖数: 4959 | 9 How do you check your protein? By comossie stain? I know Ubiquitin is
somehow resistant to check by this method, and actually, it is expressed
quite well in e coli. |
|
t**********8
发帖数: 223 | 10 应该加点ATP和ubiquitin吧, 具体配方很多文献都有 |
|
r******y
发帖数: 21907 | 11 我用18s一般还好，有的用ubq貌似不行特别是有可能下游有ubiquitination的。。。。 |
|
|
k*****1
发帖数: 454 | 13 恩，包括子刊。
20.
Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for
identifying agronomically important genes.
Nature Biotechnology. Epub 11 Dec 2011
19.
Frequent mutations of genes encoding ubiquitin-mediated proteolysis pathway
components in clear cell renal cell carcinoma.
Nature Genetics. Epub 04 Dec 2011
17.
Draft genome sequence of pigeonpea (Cajanus cajan), an orphan legume crop of
resource-poor farmers.
Nature Biotechnology. Epub 06 November 2011
16.
Ascaris suum draf... 阅读全帖 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 14 ub-GFP 只能作为参考。因为Ubiquitin 和proteasome 其实不是严格
的紧密联系关系。
如果只是一个支持数据，那么ub-GFP 可以用，
如果是非常重要的结果，那么必须用其他方法来重复这个实验。 |
|
t*******k
发帖数: 87 | 15 Trimming of ubiquitin chains by proteasome-associated deubiquitinating
enzymes. Lee MJ, Lee BH, Hanna J, King RW, Finley D.
Mol Cell Proteomics 2011 10: R110.003871. First Published on September 7,
2010,
email: r***********[email protected]
包子答谢！ |
|
M*****n
发帖数: 16729 | 16 这个TF不用的时候是不是ubiquitinated,然后降解?
用的时候转运到核里面？
所以在胞质里面有一个pool？这样总比用到的时候在翻译省点时间。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 17 Please go to
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2518226/
>Overall, our results suggest that PUB22 and PUB23 coordinately control a
drought signaling pathway by ubiquitinating cytosolic RPN12a in Arabidopsis.
Subcellular Localization
The sGFP cDNA clone was fused in-frame to the 59 end of the full-length
PUB22 and PUB23 coding region and ligated into the pBI221 transient
expression vector. The sGFP-PUB22 and sGFP-PUB23 fusion constructs
were transformed into protoplasts prepared from wild-typ... 阅读全帖 |
|
X******n
发帖数: 914 | 18 是这篇文章，但是我估计假阳性会非常高。
不知道你的目的是discovery还是confirmation?
如果要做dynamic interaction,肯定还是ＸＦＰｂａｓｅｄ比较现实。
Y2H:如果是膜蛋白，可以用split-ubiquitin membrane yeast two-hybrid system。
如果不是膜蛋白，不需要postranslational modicication,应该还是可以试一下的，因
为这方法最便宜。
看过一些ＲＮＡ ｐｒｏｔｅｉｎ 的方法，但是自己没做过，不敢乱说。不过如果你
想做large scale interaction mapping的话，这确实是个很好的ｎｉｃｈｅ，因为
protein-protein , protein DNA interaction 做的人太多了，如果你没有很好的资源
的话 （比如说ＯＲＦｏｍｅ），没有多少优势。但Protein RNA和Protein LIPID才刚
起步。如果能在方法上有突破的话，还是能做大文章的。 |
|
r*********y
发帖数: 124 | 19 试过几个FK2 anti-ub的抗体，背景都挺高（用2%BSA blocking）, 如果洗太久，信号
又太弱，请问谁有什么建议。谢谢 |
|
r*********y
发帖数: 124 | 20 I'd like to examine mono-and poly-ub of drosophila endogenous protein after
IP. The protein is FLAG tagged and pulled down by M2 FLAG agarose beads (
sigma). |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 21 要是这个会的话 就别去显摆了 manuscript accepted and published 前
//www.euchems-prague2012.cz/
不然会得罪某位炸药奖获得者的话 楼主的老板 即使没有著名 也会让楼主Move On 吧
4th EUROPEAN CHEMISTRY CONGRESS PRELIMINARY LIST OF PLENARY AND KEYNOTE
SPEAKERS
Plenary 45’ lectures
Michl Josef, US/CZ, Convener
Bonačić-Koutecky Vlasta, Humboldt Universität zu Berlin, GE,
Metal- -Cluster Enhanced Photochemistry and Photophysics
Ciechanover Aaron, Tumor and Vas- cular Biology Research Center, Haifa, IL,
Why our proteins have to die so w... 阅读全帖 |
|
g*****n
发帖数: 241 | 22 谢谢两位的建议。
To aardlbx: 表型我在线虫里面已经有了，我们实验室是做线虫遗传的，所以没法按照
做mouse model的实验室的方法去研究肿瘤抑制（我也希望能做到这样的结果，只可惜
实验室条件不允许）。你所谓的完全的mechanism是指什么？找到负调控的机制，比如
找到ubiquitin ligase吗？
To Oncogene: 我之所以想试试Science，是因为我们实验室以前有过一篇类似的发表在
Dev Cell上，而且那篇论文只是在线虫里面做。我这次的课题还延伸到了人里面，证明
了这样的调控在人里面也是保守的，所以想试试更高的杂志。但如果不行的话我个人更
倾向于Dev Cell。但也想听听版上前辈和同僚的意见。
再次感谢 |
|
|
|
|
s******a
发帖数: 252 | 26 So it's Barkai's student.
1 Science, 1 Nat Genetics.
That's outstanding but not surprising.
Publications:
Tsui K, Dubuis S, Gebbia M, Morse RH, Barkai N, Tirosh I, Nislow C (2011).
Evolution of nucleosome occupancy: conservation of global properties and
divergence of gene-specific patterns. Mol Cell Biol. 31:4348-55.
Dori-Bachash M, Shema E, Tirosh I (2011). Coupled evolution of transcription
and mRNA degradation. PLoS Biol. 9(7):e1001106.
Tirosh I, Barkai N (2011). Inferring regulatory mechani... 阅读全帖 |
|
|
|
p*****e
发帖数: 332 | 29 他来我们学校给过talk，搞笑的是他的炸药奖文章发的时候没人要，最后发到了BBRC那
里，而且pubmed还把他的名字拼错了。 |
|
c********r
发帖数: 1125 | 30 要说活跃的必须stefan Jentsch阿,另外caltech的Deshaies，yale的hochstrasser也很
牛... |
|
a*****x
发帖数: 901 | 31 首先要证明其可以被Ub修饰而不被proteasome降解。然后可以用E1 inhibitor，DUB
inhibitor，lysine mutants， cell fractionation and track the ubiquitnated
protein等等 |
|
A******y
发帖数: 2041 | 32 What's the best assay to test a enzyme's ability to ubiquitinate. I'm
studying a well know enzyme with two catalytic sites and I found a meeting
abstract saying one of the domain has nothing to do with its normal function
but it is a E3 ligase. The full paper is not published, so I don't know
how solid the data is. I have the recombinant enzyme plus mutants for each
catalytic site. The interesting part is the enzyme itself have been
published to bind several known E3 ligase, I wounder the ab... 阅读全帖 |
|
u*********1
发帖数: 2518 | 33 关于治疗：
我表示非常无奈。这是绝症中的绝症，而且是最没人道的绝症。
所以家里能做的，就是好好调养好好护理，争取能延长生命。不抛弃不放弃。
关于研究：
大部分的研究成果还是在10%的familial ALS，找到一些基因。但SOD1也不能解释全部
的FALS。而这些FALS的基因突变，只能在2%的很少一部分的SALS的序列里找到。也就是
说，90%以上的病人，我们对基因组上的突变是一无所知的。
最郁闷的是，哪怕是FALS，也发现了很多不同的mutation。感觉现在是在一个一个的打
靶，碰运气找到一个基因就是一个。最后感觉这个疾病和乱七八糟的各种pathway都有
关系，就是我们永远搞不清楚到底怎么回事。
ALS的病人少，而且发病死亡快。所以找到大规模家族的样本，采样测序什么的很困难
。同样，GWAS的研究的样本也要少很多，所以power很低。而且纵然是GWAS的研究目前
也是针对白人。
当然也有振奋人心的新闻，一个是cytoplasmic inclusion of ubiquitinated TDP-43
存在于几乎所有的ALS sample里，也就是找到了syndrome mark... 阅读全帖 |
|
K******S
发帖数: 10109 | 34 smear最常见的就是ubiquitination |
|
l********n
发帖数: 260 | 35 Ubiquitin, SUMO, and Phosphate: How a Trio of Posttranslational Modifiers
Governs Protein Fate. Helle D. Ulrich[1]. [1] Cancer Research UK London
Research
please send to a*************[email protected].
Thanks! |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 36 Sure
That is Irwin Rose
pls refer Wan-wan one PPT file,
2004 B3諾貝爾報告 Chemistry
web link:
http://memo.cgu.edu.tw/shu-er/97%20NOBEL/ppt/B3%E8%AB%BE%E8%B2%
or one Blog from sciencenet.cn
"The Discovery Of Ubiquitin-mediated Protein degradation”
"瑞典皇家科学院宣布，将２００４年诺贝尔化学奖授予以色列科学家阿龙·切哈诺沃
、阿夫拉姆·赫什科和美国科学家欧文·罗斯，以表彰他们发现了泛素调节的蛋白质降
解。其实他们的成果就是发现了一种蛋白质“死亡”的重要机理。"
目前，普遍承认，泛素发现的第一篇里程碑式的论文是1978年发表在BBRC上的。在1979
年，欧文·罗斯准备在Cell上发表另一篇机理性的文章，被拒。1980年，以院士身份投
PNAS，接收。
BBRC(1978,Apirl,81(4),p.1100-1105)
http://blog.s... 阅读全帖 |
|
s**u
发帖数: 9035 | 37 He has 12 papers, 3 of which are first-author papers. see below
Differential regulation of androgen receptor by PIM-1 kinases via
phosphorylation-dependent recruitment of distinct ubiquitin E3 ligases.
Linn DE, Yang X, Xie Y, Alfano A, Deshmukh D, Wang X, Shimelis H, Chen H, Li
W, Xu K, Chen M, Qiu Y.
J Biol Chem. 2012 Jun 29;287(27):22959-68. Epub 2012 May 14.
PMID:
22584579
[PubMed - indexed for MEDLINE]
Related citations
2.
A Role for OCT4 in Tumor Initiation of Drug-Resistant Prostat... 阅读全帖 |
|
s**u
发帖数: 9035 | 38 Dr.Xie has 12 papers, 3 of which are first-author papers. see below
Differential regulation of androgen receptor by PIM-1 kinases via
phosphorylation-dependent recruitment of distinct ubiquitin E3 ligases.
Linn DE, Yang X, Xie Y, Alfano A, Deshmukh D, Wang X, Shimelis H, Chen H, Li
W, Xu K, Chen M, Qiu Y.
J Biol Chem. 2012 Jun 29;287(27):22959-68. Epub 2012 May 14.
PMID:
22584579
[PubMed - indexed for MEDLINE]
Related citations
2.
A Role for OCT4 in Tumor Initiation of Drug-Resistant Pro... 阅读全帖 |
|
S*********s
发帖数: 304 | 39 还有可能是走autophagy pathway
google "ubiquitination, p62,selective autophagy"
10h
|
|
s******a
发帖数: 252 | 40 The golden age of metabolism is coming again.
The signaling roles of metabolites have been unappreciated for too long,
even prominent examples like cAMP are everywhere.
Stability and low concentration limit the study of many of them. We may know
less than half of metabolites in our body right now.
High resolution mass spectrometers and systems biology will power the next
wave of discoveries. The fist half of 20th century was the first golden age.
Pasted below are Nobel prizes related to metaboli... 阅读全帖 |
|
s******a
发帖数: 252 | 41 The golden age of metabolism is coming again.
The signaling roles of metabolites have been unappreciated for too long,
even prominent examples like cAMP are everywhere.
Stability and low concentration limit the study of many of them. We may know
less than half of metabolites in our body right now.
High resolution mass spectrometers and systems biology will power the next
wave of discoveries. The fist half of 20th century was the first golden age.
Pasted below are Nobel prizes related to metaboli... 阅读全帖 |
|
D****o
发帖数: 80 | 42 同求！
structure biology, enzymology, protein engineering,molecular biology.
topics: apoptosis, ubiquitination
跪谢！ |
|
n***3
发帖数: 663 | 43 严重同意！！不是postdoc发多牛的文章就什么都可以了，能发CNS的中国人多了，真正
最后独立以后能做出好东西的不多，大部分都是趁着postdoc时候老板的牛发的文章，
老实讲没什么了不起的。WRF我就不多说了，他实验室的黑幕以前有人提过吧...
我是做innate immunity的，所以对WRF的这一套不感冒，我不否认WRF做的很好，就像
我不否认一公做的好一样，但是流水线的science工程永远不会让人觉得牛（当然了，
基因组计划除外）
再说的明白一点儿，去Nature Immunology随便翻翻看，有N多paper都是XX negatively
regulate 一个innate immune signaling pathway. 如果做的好一点儿的话，冲击
Cell很有希望。这类文章就好想ubiquitin一样，基本原理是一致的，基本上从paper的
title 就能猜出来里面都有什么实验，实验结果如何。
评千青关系肯定要硬，这个不用说了，大家都知道。除了关系，如果你做的东西的都是
那些评委看到烦听到吐的东西的话，如果关系在不够硬的话，落选是意料之中啊。
再来说几句cui... 阅读全帖 |
|
d****d
发帖数: 214 | 44 果真如此，看以下四篇文章的题目就知道是一个套路的。而且每篇文章都有共同第一作
者。
Cui J, Li Y, Zhu L, Liu D, Songyang Z, Wang HY, Wang RF. NLRP4 negatively
regulates type I interferon signaling by targeting the kinase TBK1 for
degradation via the ubiquitin ligase DTX4. Nat Immunol. 2012 Mar 4;13(4):387
-95.
Ajibade AA, Wang Q, Cui J, Zou J, Xia X, Wang M, Tong Y, Hui W, Liu D, Su B,
Wang HY, Wang RF. TAK1 negatively regulates NF-κB and p38 MAP kinase
activation in Gr-1+CD11b+ neutrophils. Immunity. 2012 Jan 27;36(1):43-54.
Xia X, Cui ... 阅读全帖 |
|
|
|
f*******d
发帖数: 92 | 47 我们想证明在某种treatment 条件下，NfkB pathway turned on by proteosome
degradation of IkBalpha. 老板说一定要S 35 labeling＋MG132，然后再IP，看
IkBalpha 的ubiquitination 才能证明它是走的那个pathway. 有什么办法可以绕过这
个实验，还是得到同样的结论呢？ 最近想生宝宝，实在不想做这种放射性的实验阿。 |
|
r***e
发帖数: 2539 | 48 s35标记什么？是ubiquitin吗？能转染一个HA-ubi吗，这样直接用HA抗体检测 IP的
IKBa. |
|
s******y
发帖数: 28562 | 49 不需要阿。
可以用cycloheximide + Westernblot
MG132 + 6xHis-ubiquitin pulldown |
|
f*******d
发帖数: 92 | 50 不能转染，因为要用原代细胞。做western本来能看到IkBalpha已经下降了，但是敏感
度看不到unibiquitination. 所以老板说，要用S35 来提高敏感度。我是觉得，如果加
了MG132，能看到IkBalpha stabalization，那就说明它走的是proteosomal
degradation pathway阿， 为啥一定要看到ubiquitination呢。 |
|
