k******e
发帖数: 8870 | 1 google google and google.....................................
http://www.uniprot.org/
http://www.uniprot.org/help/about
The mission of UniProt is to provide the scientific community with a
comprehensive, high-quality and freely accessible resource of protein
sequence and functional information.
highlight "comprehensive, high-quality and freely accessible" |
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f*******l
发帖数: 1604 | 2 for example, I imput protein name XXX in Pebmed, the result is 104 papers.
In Uniprot, the reference is 30 papers(I think the maximal is 30, because it
always shows 30), so my paper is one of 30 out of 104 papers recommended by
uniprot. Right? |
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f*******l
发帖数: 1604 | 3 You are genius! which database did you used? Uniprot or genecards? I think
it would be Uniprot, right? Genecards always links with pubmed.
protein. |
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f*******l
发帖数: 1604 | 4 www.uniprot.org和www.genecards.org输入蛋白名字，就可以看到自己的文章在
reference里，这个有用没？值不值得一提？好像是个相关文章都有在那，管你是大米
还是垃圾。不过这两个数据库倒是算很大的数据库，需要拿来吹吗？还是最好不提，免
得反砸了脚？ |
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f*******l
发帖数: 1604 | 5 You are right. This is in uniprot. If I search the same protein in the
genecards, the genecards shows all papers in Pubmed. do you have any good
idea about it? why does yours have only 2 cited? did you look for reference
or in fact you looked for other items? |
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f*******l
发帖数: 1604 | 6 How to explain Uniprot or Genecards is? I cannot find out how great they are
online. Could you pleae give me yours? Thanks! |
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G***G
发帖数: 16778 | 7 who knows which software was used to build uniprot.org? |
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k******e
发帖数: 8870 | 9 2012年第一贴放这儿，算是对本版的回报，也攒一下RP。这一贴就说说我在这混了一年多很少看到的比较另类的citations和contribution。我们平时所说的引用都是来自杂志的。LZ的文章来自杂志的引用加起来不到80，其中差不多一半都是自引，所以就用一些比较另类的引用来弥补journal引用的不足，同时也起到加强contribution的作用。这些另类的引用就是则来自各种网络及数据库的引用。LZ在这个版上混了一年多，很少看到有人提起这些引用。所以特别提出来供后来人参考，就算是攒一下RP吧。这些网络及数据库有大的也有小的，有业内有名的也有从来都没听说过的。比如学生物、做蛋白及酶学的对下边的例子里的EBI，UniProt，以及BRENDA都不会陌生，但是对labome.org 和RecentMedicalFindings.com就不是很了解了。 这些其实都可以在GOOGLE里找到，但是因为他们既不是media reports, 也不是 journal citations. 所以 LZ 把它们另作一类。为了突出LZ的知名度和杰出度，LZ把那些大的出名的网络及数据库列表放最上边，并在推荐... 阅读全帖 |
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k******e
发帖数: 8870 | 10 2012年第一贴放这儿，算是对本版的回报，也攒一下RP。这一贴就说说我在这混了一年多很少看到的比较另类的citations和contribution。我们平时所说的引用都是来自杂志的。LZ的文章来自杂志的引用加起来不到80，其中差不多一半都是自引，所以就用一些比较另类的引用来弥补journal引用的不足，同时也起到加强contribution的作用。这些另类的引用就是则来自各种网络及数据库的引用。LZ在这个版上混了一年多，很少看到有人提起这些引用。所以特别提出来供后来人参考，就算是攒一下RP吧。这些网络及数据库有大的也有小的，有业内有名的也有从来都没听说过的。比如学生物、做蛋白及酶学的对下边的例子里的EBI，UniProt，以及BRENDA都不会陌生，但是对labome.org 和RecentMedicalFindings.com就不是很了解了。 这些其实都可以在GOOGLE里找到，但是因为他们既不是media reports, 也不是 journal citations. 所以 LZ 把它们另作一类。为了突出LZ的知名度和杰出度，LZ把那些大的出名的网络及数据库列表放最上边，并在推荐... 阅读全帖 |
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i*S
发帖数: 175 | 11 好吧我又回来了……对生物信息一窍不通啊。 上次求助谢谢好心的朋友，不过我自己
手动“生物”信息地解决了……这次一定发包子。
我最近做了质谱，鉴定出了1000多个蛋白，现在想对这些蛋白做一下Gene Ontology的
分析，不知道怎么办才好呢？
我现在有的是这些蛋白的gi number和Uniprot Accession Number，全在Excel的表格里
面。我也找到了分析gene ontology的傻瓜在线工具比如Panther，但是发现它的数据库
好像没有Uniprot每个蛋白单独网页上显示的全：有的蛋白找不到，或者就是有的蛋白
信息不足。而且好像作图也很难看。
我最终的目的是想把这些蛋白根据gene ontology的信息做成饼状图或者是bar graph。
想求助一下大家，对于像我这种对coding没什么经验的，有什么方法能做Gene
Ontology的分析？ 有比Panther更好的工具吗？ 或者有什么方法可以抓取Uniprot上面
的GO信息呢？ 抑或如果学习coding或者sql什么是必要的，有什么针对GO analysis这
方面的入门教程嘛？
多谢了！ |
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f*******l
发帖数: 1604 | 12 好文！好文！！！
当时我回复RFE时，得LZ指点，采用了LZ List的第二条，充实了一点我那可怜的
contribution，在此再次向LZ表示万分感谢！
可惜当时LZ还没将这些整理成文，不然或许我还能挖出更多的另类citations和
contribution。现在好好研究，以备RFE悲剧再申请时使用。
祝福LZ 2012年（1）LZ快点绿，可以带娃回去看看老娘和老豆；（2）LZ快点拿到专业
certificate，并找到满意的intern；（3）LZ家人都健康快乐，最好LZ娃的爸能拿到一
个R01。
List of profession major databases and websites that cite Dr. KathyLee’s
works and information about these databases and websites
2. Dr. KathyLee’s work published in Biochemistry 2006 is one of the only
two references out of 63 articles on ... 阅读全帖 |
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l*******a
发帖数: 438 | 13 敬佩楼主！超赞楼主的开创精神！
不过，楼主这么多JACS, Biochemistry的publication就够high-profile了吧。
还有，娃他爸都要拿R01了，咋不申请EB1A/B呢？
类的citations和contribution。我们平时所说的引用都是来自杂志的。LZ的文章来自
杂志的引用加起来不到80，其中差不多一半都是自引，所以就用一些比较另类的引用来
弥补journal引用的不足，同时也起到加强contribution的作用。这些另类的引用就是
则来自各种网络及数据库的引用。LZ在这个版上混了一年多，很少看到有人提起这些引
用。所以特别提出来供后来人参考，就算是攒一下RP吧。这些网络及数据库有大的也有
小的，有业内有名的也有从来都没听说过的。比如学: 铩⒆龅鞍准懊秆У亩韵卤叩
睦永锏腅BI，UniProt，以及BRENDA都不会陌生，但是对labome.org 和
RecentMedicalFindings.com就不是很了解了。 这些其实都可以在GOOGLE里找到，但是
因为他们既不是media reports, 也不是 journal citations.... 阅读全帖 |
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c******g
发帖数: 9273 | 14 好文
类的citations和contribution。我们平时所说的引用都是来自杂志的。LZ的文章来自
杂志的引用加起来不到80，其中差不多一半都是自引，所以就用一些比较另类的引用来
弥补journal引用的不足，同时也起到加强contribution的作用。这些另类的引用就是
则来自各种网络及数据库的引用。LZ在这个版上混了一年多，很少看到有人提起这些引
用。所以特别提出来供后来人参考，就算是攒一下RP吧。这些网络及数据库有大的也有
小的，有业内有名的也有从来都没听说过的。比如学�: 铩⒆龅鞍准懊秆У亩
韵卤叩睦永锏腅BI，UniProt，以及BRENDA都不会陌生，但是对labome.org 和
RecentMedicalFindings.com就不是很了解了。 这些其实都可以在GOOGLE里找到，但是
因为他们既不是media reports, 也不是 journal citations. 所以 LZ 把它们另作一
类。为了突出LZ的知名度和杰出度，LZ把那些大的出名的网络及数据库列表放最上边，
并在推荐信里提出来，在PL里也多次提出来支持publication... 阅读全帖 |
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m***i
发帖数: 4637 | 15 这个太厉害了，别出心裁阿
我的文章被MGI估计引用超过了了20-30次
一堆marker gene 赫赫
bless green to you.
类的citations和contribution。我们平时所说的引用都是来自杂志的。LZ的文章来自
杂志的引用加起来不到80，其中差不多一半都是自引，所以就用一些比较另类的引用来
弥补journal引用的不足，同时也起到加强contribution的作用。这些另类的引用就是
则来自各种网络及数据库的引用。LZ在这个版上混了一年多，很少看到有人提起这些引
用。所以特别提出来供后来人参考，就算是攒一下RP吧。这些网络及数据库有大的也有
小的，有业内有名的也有从来都没听说过的。比如学? 铩⒆龅鞍准懊秆У亩韵卤叩睦
永锏腅BI，UniProt，以及BRENDA都不会陌生，但是对labome.org 和
RecentMedicalFindings.com就不是很了解了。 这些其实都可以在GOOGLE里找到，但是
因为他们既不是media reports, 也不是 journal citations. 所以 LZ 把它们另作一
类。为了突出LZ的知名度... 阅读全帖 |
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h*****z
发帖数: 51 | 16 请问在recentmedicalfinding .com Search RMF 输入什么信息呀? 好象不关输入什么
关键词都没有反应? 文章的排名又是怎么查的? 请指教.
年多很少看到的比较另类的citations和contribution。我们平时所说的引用都是来自
杂志的。LZ的文章来自杂志的引用加起来不到80，其中差不多一半都是自引，所以就用
一些比较另类的引用来弥补journal引用的不足，同时也起到加强contribution的作用
。这些另类的引用就是则来自各种网络及数据库的引用。LZ在这个版上混了一年多，很
少看到有人提起这些引用。所以特别提出来供后来人参考，就算是攒一下RP吧。这些网
络及数据库有大的也有小的，有业内有名的也有从来: 济惶倒摹１热缪
铩⒆龅鞍准懊秆У亩韵卤叩睦永锏腅BI，UniProt，以及BRENDA都不会陌生，但是
对labome.org 和RecentMedicalFindings.com就不是很了解了。 这些其实都可以在
GOOGLE里找到，但是因为他们既不是media reports, 也不是 journal citation... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 18 那我们俩说的不是同一个annotation。我主要是说的gene model annotation。
一个物种测了genome或者测了transcriptome，然后做个组装，预测的gene model和
coding sequence，然后把这些通过genome sequencing和RNA-seq测序得到的“
predicted” protein sequence提交到了uniprot里边，大多数应该是靠谱的，但是有
相当一部分是不靠谱的。对于人和老鼠这种genome和gene model研究都相对透彻的系统
来说，问题不大，但对于其他动物来说，很可能就是一个严重的问题。至少我PhD期间
做的三个gene的蛋白序列在uniprot里边都是fragmented或者干脆就是错的。。。这些
错误都源自最早的genome sequencing的质量太差，gene model annotation不好，接下
来的以这个genome作为reference RNA-seq或者MS都会有些问题。除非是做de novo
assembly绕过这个genome，或者重新做新的genome referen... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 19 名字是一样的。在Uniprot 里面直接输入这个酶的名字就能出来一堆。
细菌里面这个酶小很多，大概是一半的长度。
不过更具体的我就不好透露了，因为有一个合作者正在和我做相关项目。 |
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k******e
发帖数: 8870 | 21 i used them. it will depend on how you organize them. in my case, i
mentioned that out of xxxx papers on yyy topic, my article is one of the
only two recommended by zzzz database on yyy topic. then explained zzz
database is. good luck to you. |
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f*******l
发帖数: 1604 | 22 How did you find out two recommended by zzzz database on yyy topic? I think
those database reference all articles on yyy topic. Please give me more
details. Thanks! |
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k******e
发帖数: 8870 | 23 well, in my case, i searched the database for the yyy topic and found only
two articles are cited. you definitely know how many papers are there on
topic yyy. |
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f*******l
发帖数: 1604 | 24 where did you search for how many papers are there on topic yyy? from NCBI
Pubmed? |
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k******e
发帖数: 8870 | 25 where ever you could find. |
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k******e
发帖数: 8870 | 26 yes. but 30% does not look very promising though. |
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k******e
发帖数: 8870 | 27 in my case,i search for a protein superfamily but not just a single protein.
and it happened that the database just cites two references but there are
thousands of proteins in this superfamily and thousands of papers around
there. so..... i am not sure about your case.
reference |
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k******e
发帖数: 8870 | 28 i just google with different key words.google is an amazing tool.the tip is
to choose different key words. u might be surprised by the result from each
search. |
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b*******e
发帖数: 24532 | 33 背景很强啊，赞 and bless!:)
类的citations和contribution。我们平时所说的引用都是来自杂志的。LZ的文章来自
杂志的引用加起来不到80，其中差不多一半都是自引，所以就用一些比较另类的引用来
弥补journal引用的不足，同
works and information about these databases and websites
only two references out of 39,000 articles on AAAA recommended by European
Bioinformatics Institute (EBI) to explain AAAA.
average number of EBI web requests for May 2010 was 4,225,593 requests per
day.
only two references out of 63 articles on BBBB recommended by the Universal
Protein Resource (UniProt) to expla... 阅读全帖 |
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j****t
发帖数: 1663 | 34 Update
--------
需要labome.org的流量和国家名，可以到下面的链接查看（综合了compete和quantcast流量统计，还有国家分布图）。
http://www.sitetrail.com/labome.org
=================
这一个月来在准备PL和RL时，在版上学习了许多。也来谈谈我这个新人的学习收获和小
结吧。
值得一提的是，准备期间受到kathylee新年RP贴的极大启发。特别是这篇：
http://www.mitbbs.com/article_t/Immigration/32190411.html
在这里特别感谢kathylee！
（1）. 找另类数据库的引用
在新年RP贴中，kathylee提到引用不高时可以多找找另类网络及数据库的引用。我克隆
过一个酶，于是就到kathylee提到的UniProt和BRENDA去找是否我的酶学工作和文章被
引用了，结果还真的在BRENDA上找到了我的这篇酶学文章。小激动了一下~~不过这只是
开始。。
（2）. 使劲的用google
kathylee提到还可以去wikigene，labome.org... 阅读全帖 |
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j****t
发帖数: 1663 | 35 update: 多谢大伙的祝福啊！正在一个一个给你们发包子。
对了，刚才比较匆忙，忘记感谢最重要的一个人，就是LD大人。没有她，我不可能全力
投入绿卡申请。
--------------
包子不多，正好50个。
绿卡申请一路过来得到了版上众多ID的热情帮助，真的感激不尽！要感谢的人很多，包
括各位版主（e.g. kathylee和夏花），大蜜，枪兄，zzyzzy，solgel，linji等等。
我的申请历程也比较漫长：
如果从第一次上移民版开始算，有6-7年吧
如果从第一篇paper发表开始算：有6年
如果从第一篇审稿开始算：2年
如果从写第一份推荐信开始算： 1个月
。。。
废话到此，帖点我的背景吧，过与不过大家可以作个参考！
博士一般大学，现藤校薄厚2年半
申请的是农业科学专业，老三样（authorship, contribution, judge）
9篇英文（4篇一座)
5篇中文
4个book chapters
13个会议
3个invited talks
20个reviews for 14 个journals
7 封大学、研究所教授的推荐信（一封薄厚老板，6封独立，如果开会认识的... 阅读全帖 |
|
S*********n
发帖数: 521 | 36 bless
包子不多，正好50个。
绿卡申请一路过来得到了版上众多ID的热情帮助，真的感激不尽！要感谢的人很多，包
括各位版主（e.g. kathylee和夏花），大蜜，zzyzzy，solgel，linji等等。
我的申请历程也比较漫长：
如果从第一次上移民版开始算，有6-7年吧
如果从第一篇paper发表开始算：有6年
如果从第一篇审稿开始算：2年
如果从写第一份推荐信开始算： 1个月
。。。
废话到此，帖点我的背景吧，过与不过大家可以作个参考！
博士一般大学，现藤校薄厚2年半
申请的是农业科学专业，老三样（authorship, contribution, judge）
9篇英文（4篇一座, 5篇中文
4个book chapters
13个会议
3个invited talks
20个reviews for 14 个journals
7 封大学、研究所教授的推荐信（一封薄厚老板，6封独立，如果开会认识的算独立的
话）
3封editor 推荐信
---------------------------------------------
引用只用了9篇英文的文章，舍弃了所有对中文文章... 阅读全帖 |
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h*****z
发帖数: 51 | 37 在本版学到的EB1A RFE经验,强CASE就不用看了(citation<80, 正经paper<7)
1. 在RL出现的重要东西, 也不要在PL中漏掉, RL和PL要相互呼应,RL还是很重要!
2.不明白为什么大牛不要找?我就找了两个,大牛还在RL中列出著作>350.YOUNG
INVESTIGATOR等禁忌语汇,关键是要证明你在你的领域是很牛滴.PL大量应用RL,对IO进
行地毯式轰炸.没有和什么FACULTY对比.朋友建议不要比, 没什么可比性,欣然采纳.
3.文章不牛,引用不多, 好像也不是问题,关键是讲出特色来,别人运用也是关键.小提了
一下我的领域TOTAL才380篇文章,40年间,indicating the field is far from mature
with much to learn... 而我短时间就发了5-6篇,也为继续做出贡献做铺垫.
4.所有会议和文章全放在一起号称有30, 就这么笼统提了一下.
5.用了Eigenfactor percentile, 然后引经据典,狠狠批判了极度单纯的IF计算方法,其
实你的文章如果有5-6分, 就可以上SMALL P... 阅读全帖 |
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n*********t
发帖数: 258 | 38 问过版上几位大律，对律师们这几种引用持不同观点。版上的大侠们来谈谈你们的体会
吧，用过的是否遭遇RFE,还没申请的你们是否也有跟我一样的问题？
I. 是否可以包括在总引用数里：
1.GOOGLE (非GOOGLE SCHOLAR) 检索到的各种语言的毕业论文；
2.中文杂志已经发表见刊的引用，由于时间短，暂时各大数据库没有收录；
II.到底有多少成功的案子是使用的“自己列的”引用列表？
III. 这些引用是否有价值放在contribution里：
NCBI,EBI,UNIPROT等专业数据库的引用（当然不包括在总引用数，只是提及）？
老刘认为都不能用，必须是几大数据库收录的才行；
小郭认为都可以用；
老张认为都行都行......
这些引用是乎以前也有人用过，但EB1水涨船高要求也越来越严。这些引用是否给我们
带来RFE的风险，是否大部分律师都倾向与保守的依据数据库的检索？这些实实在在的
引用我们到底能用吗？ |
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d*******d
发帖数: 25 | 39 大侠们,生物类,
除了google scholar里的期刊引用,google出来的数据库(NCBI,Uniprot)收录能不能也
算到总citation里去呢? 有20多个
谢谢谢谢! |
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M********g
发帖数: 78 | 40 背景：
给做生物的筒子们壮胆：我7篇文章里只有5篇research articles：
2一作：JBC ＋一篇 IF 7 文章 ; 引用分别是14 和 1（今年刚发）。
2二作，1三作：IF最高5.2，我1/3的引用都来自这个三作。
再加2篇一作的Book chapter，也发表在期刊上（IF<2.3)，倒是都有引用。
总引用： GS 120，ISI只有80出头，只用了GS。没有媒体报道，没有封面，没有大奖，
没有诺奖的引用。薄后五年，只发了两篇一作文章。其他文章都是博士时发的。10篇
Conference Abstracts，你懂的。
说了这么多的背景，就是想说我的硬件弱，从开始DIY到寄完材料心里都觉得没有底。
不过，我付出了实实在在的5个月的心血，尤其是最后1个半月写PL。一共交了6封RL，4
独立（2个引用了我的文章），5 US，1 Canada。
Timeline:
8/16/2015: e-file
8/19/2015: PP 收到
8/20/2015: 网上状态显示材料收到
8/28/2015: 收到email PP Approval Notice
再来说说我的优势：
1... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 41 最近处理一些数据，鉴定到了几百个unique的transcripts，对应一百来个基因。这样
很多
transcripts其实是一个gene的不同isoform。现在因为要annotate这些isoform而有些头
疼。
1. 哪里有高质量又比较全的isoform数据呢？
我希望用已知的isoform的一个集合做reference，来确定我们鉴定的isoform，哪些是
之前已
经被发现的，哪些是我们新近鉴定出来的。
我个人喜欢用RefSeq数据，但是挑了几个基因，发现RefSeq记录的isoform数量还是挺
少的。
UCSC Known gene没有经过human curation，很多记录仅仅基于genbank数据。我担心会有
很多artificial的序列
GenCode/ENSEMBLE 数据，一直没太搞明白，Gendoce的level 1+2的数据似乎质量还可
以，
但是也不知道他们具体的annotation的流程
CCDS似乎就是ENSEMBLE和RefSeq的交集，coverage估计是个问题
Alternative Splicing的数据我不太熟悉，看过一些数据库，很... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 42 pay USDollar 2K per year to KEGG
then dig deeper mining data etc
according to below paper:
//jaguar.biologie.hu-berlin.de/~schaber/papers/Schaber2009IETSB.pdf
its Fig. 2
or this Master dissertation:
//etd.ohiolink.edu/send-pdf.cgi/Ananthanpillai%20Balaji.pdf?ucin1259080814
also please refer below figure:
cited from Book Chapter:
//www.intechopen.com/books/data_mining_and_knowledge_discovery_in_real_life_applications/data_minin
g_in_the_molecular_biology_era_-_a_study_directed_to_carbohydrates_b... 阅读全帖 |
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a***y
发帖数: 19743 | 43 啊。
KEGG貌似有用不过不免费了的话我也没经费subscribe啊。
其他的看起来慢复杂的。但是我大概明白了你的意思。
UniProt我再细细研究一下。
life_applications/data_minin |
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l**********1
发帖数: 5204 | 44 LZ你上哪个HUGO网站啦?
please go to:
//www.genenames.org/
or
//www.avatar.se/xref/wr/index
or
//www.ebi.ac.uk/uniprot/
then you never say that "HUGO上有什么resources，没看到啊" again |
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c***3
发帖数: 251 | 45 网站的话可以用
david
http://david.abcc.ncifcrf.gov/
软件的话
Cytoscape
有bridgeDB app是id mapping，你可以把Uniprot Id专程ensembl或者gene symbol
然后接下来可以用NOA app 或者bingo做GO功能富集度测试 |
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F******l
发帖数: 97 | 46 你想找什么信息呢？某个特定基因吗？去ncbi，genecards或者omim，如果有对应的蛋
白产物去uniprot，描述都蛮具体的，也有reference
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7 |
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a*****y
发帖数: 277 | 47 这个受体的序列有吗？找了uniprot没找着，没仔细看这个文章。 |
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a*****y
发帖数: 277 | 48 这个受体的序列有吗？找了uniprot没找着，没仔细看这个文章。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 49 不生气
我只想请教下您说的“算法”以及“web application”,能否举几个例子？
我的体会是bioinformatics怎么是越来越偏向biology，计算无非是个手段。
需要会的：
1，计算基本是linux，python和R；至少入门是挺容易的。很少人写C/java；除非你自
己做GATK一样的软件。如何在high-throuput cluster上跑big data， 如何
parallelization
2，各种NGS各种测序的原理
3，目前主流还是基因组研究，所以各种软件：BLAST/BLAT, bwa/bowtie, samtools,
GATK, Annovar, velvet, 转录组的tophat, cufflinks, RSEM, ChIP-seq的比如MACS，
这些现有软件学会用精就很不易了，大部分人也就是用用这些，你自己去写，写的过
Broad Institute么？写出来也就是junk paper，没有用户群
4，各种public data； UCSC, uniprot, GOterm, ENCODE, 1000Genome,
EpigenomeRo... 阅读全帖 |
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g*****x
发帖数: 3283 | 50
呵呵，你自己去看看uniprot的数据库吧。
对，这就是ms方法的优势。dna测序方法很难实现对ptm和蛋白结构的表征。cDNA
sequence只是给bottom－up proteomics提供了一个预测fragment ion的基础，通过比
较就可以得到关于PTM和结构的信息。
你说的到底是做metabolism还是proteomics？ |
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