c****1
发帖数: 1095 | 1 paired和unpaired t-test,二者的区别，从定义上是很容易理解的。基本上就是，
paired是比较同一个样本，处理前和处理后的差异；unpaired是比较两个群体的差异，
着两个群体的个体是没有联系的。
具体到生物实验，我们经常要比较的就是各种处理前后的差异，大部分情况下，同一个
样品只能被检测一次，所以处理前后的样品，都不是同一个个体。理论上来讲，就应该
用unpaired t-test。对于动物实验，这个没有问题。我做一次实验，实验组和对照组
，分别10只动物，然后用unpaired t-test就行了。但是对于细胞实验，情况就不一样
了。细胞实验，我们通常是分批次来重复实验，每一个批次，都是一个对照，一个实验
组，然后同样的实验条件，重复至少三次。大家知道，生物实验，每个批次的差异，有
时是很大的。这时，我觉得，用paired t-test更合理些，每个批次的对照和实验组就
是一个pair.
我注意看了下，顶级期刊上，类似设计的实验，有的用paired，有的用unpaired。感觉
大家就是看什么样的t-test可以得到自己想要的结果，就用什么的检验。当然，这个是... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 2 这个用unpaired显然是错误的。paired的至少比unpaired正确多了。
当然，你说的是seed长了以后再做实验，所以我没说100%正确，
如果你是直接吹起来，然后分两个aliquot直接做实验，那么unpaired
就是100%正解。
其实这都是GLM的特例而已，各自做了简化，关键在于你对那几个random
variation之间的关系的理解，比如是不是有correlation。如果楼主每个实验
还有重复，那么paired也不是很正确，最后直接拉倒GLM里面去看。 |
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c****1
发帖数: 1095 | 3 同一批次的细胞，如果初始条件是一样的（同时plate，密度相同），那么我们会认为
不同的dish是完全identical的，所以用paired是合理的。不同批次的细胞，差异可能
来源于不同的代数，不同的密度，不同的接种时间，如果是原代细胞，那不同的批次差
异就更大了。
你说的这种做法，同一批次内，做多个dish，这个其实只是technical replicate，而
不是biological replicate。最后处理数据的时候，你只能用这个同一批次的5个值的
平均值作为N=1. 你如果把同一批次的5个值当做N=5的话，就相当于给同一个病人抽5次
血，然后把每一管的血当做N=1。这样做显然是不合理的。
另外，paired t-test并不是总是会给我们更小的p值。下面这个就是我的真实数据。用
paired t-test的p值更大，且没有差异。unpaired t-test，p值有显著性差异。
Control: 8.665625036 6.64921541 7.455167092
Treated: 5.261234168 4.625046477 6.120220... 阅读全帖 |
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r*********r
发帖数: 1892 | 4 A few things to think about:
1. if use typical alpha value, i.e, 5%
2. If 1., then how about your p values of your two cases (paired and
unpaired). If they are close to 5%, you need to be very careful. sometimes
you will get the totally different answers: P value is just greater than 5%
or just less than 5%.Otherwise, different T-tests will get the same answer (
both have big p values,e.g., ~30%), then you will be fine anyway.
Using google, then you'll find good examples how to define unpaired a... 阅读全帖 |
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k***a
发帖数: 636 | 5 楼主这是坚持自己理解，和问问题没啥关系吧，他也说了听听大家的想法。
这个问题真是见仁见智了，细胞实验的一个assumption就是细胞是均一的，所以楼主的
想法可以理解。 估计用paired和unpaired的人都很多。。不知道领域有没有一致的标
准了。 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 6 你这个解释还是说不过去的
打个比方 就用你上面给的数据，paired算出来p值大的原因是因为你人为的锁定对应的
第一对数据是paired，但是如果你的假设是细胞都一样， 你为什么觉得control组的第
一个数据（第一盘细胞）一定和treatment的第一个数据（第一盘细胞）pair？为什么
不能control的第一个数据和treatment第二个pair？
这个和人的左右手是不一样的， 因为你不可能把你的左手和我的右手pair。但是按照
你的理论，所有细胞都一样， 就不能限定pair的对数，你把你那个数据第二组的顺序
变一下 你再看看pair的p value 变了没有。 unpaired的是不会变的， 但是paired 肯
定会变
在打个比方 实际操作中这种现象很常见， 比如你n=5 但是操作中一个染菌了。你是丢
掉一个数据点用n=4来做paired ttest吗？ 如果这么做 你选择去掉哪个数据呢？
再深入点， 按照你的说法 每次都认定是technical replicate 然后算平均值 然后不
同批次的重复来做统计。那么这个方法直接就否定了paired test的前提。非要这么... 阅读全帖 |
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h****t
发帖数: 69 | 7 Greedy如何？Implementation就先不纠结了，纯粹的 algo perspective
Def: Freedom score of any unpaired single is the number of adjacent seats
that is not currently occupied by a paired couple.
Swap顺序：
1) Make two pairs
2) Make one pair
2.1) Prioritize unpaired single with low freedom score
3) Can't make any pair, swap to increase freedom score.
4) Can't make any pair or increase freedom score, then swap to reduce total
distance between unpaired singles. |
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s******y
发帖数: 28562 | 9 Sorry I cannot input Chinese today.
I have a question here. We had some old data for tumor growth on immune
compromised mice. When we did the experiments three years ago, we did two
different ways without thinking too much. In one way, we inject the test
cell and the control cell on the same mice (different side) in a paired
study. In another way, we inject the test cell and control cell on different
mice in a unpaired study.
When we analyze the data, we found that in the paired study, the test ... 阅读全帖 |
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r********n
发帖数: 6979 | 10 我知道你和后面一个人说的什么意思了
可能是我原帖里面没有说清楚
你们说的是这个test本身可能type I error比较高(一个pvalue没法说明这个test的好
坏)
这些我都同意
问题是我关心的不是test本身的好坏（当然这个是个问题， 只是不是我现在关心的问
题）
假设test本身的assumption都成立
我关心的是两种分类方法的好坏
t－test只是用来分辨的一种方法而已（也可以用别的statistical test）
用分类方法一把1000个sample分成两类： 假设一类有400个sample， 一类有600个
sample
然后可以在这两组之间做一个unpaired ttest
得到第一个pvalue＝0.00001
用分类方法而把1000个sample分成另外两类：假设一类有250个sample， 一类有750个
sample
再做一个unpaired ttest
得到第二个pvalue＝0.000001
我的问题是
因为第二个pvalue比第一个pvalue小（虽然两个pvalue本身都已经highly significant）
也就是说第二种分类方法分出来的... 阅读全帖 |
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t**********3
发帖数: 12623 | 11 Over-education unpaired with same level of wisdom and character.
[在 CatchGodLine (捆仙绳) 的大作中提到：]
:可能都太理想主义了？ |
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l****z
发帖数: 29846 | 12 一直用logitech M570 鼠标.家里还买了好几个.
然后这次出差的时候突然鼠标有时候灵有时候不行, 试了网上各种方法都不行, 搞的很
郁闷.
回来后马上和logitech warranty claim联系, 对方问了系列号, 然后提供了一个pair
和unpair的方法, 然后鼠标可以用了.
我就说这个鼠标有时候可以用,有时候不行,要不要我再用几天再说. 如果不行再来找你
们?
结果对方说,我看一下了. 过了几分钟,回来说你的鼠标可能是hardware有问题. 所以可
以给你一个replacement. 我给了shipping地址.对方说大概5-6天你就可以收到.
也没说要我把现在的鼠标mail back.
看来这个鼠标贵点就贵点吧,反正用起来很爽.出问题找customer service也很爽快. 以
后就一直用它了. |
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f*f
发帖数: 121 | 13 In higher stakes game, most players are fairly aggressive. Aggressive poker
is good poker right? Well.. not always true, but unless you are playing
against true maniacs, aggressive is usually right since we just don't make
that many strong hands in Holdem, you have to win your share of the pots
where no one has a strong hand to stay afloat of the rake and blinds.
So back to the topic, why you see AK being played so aggressively preflop by
most good players? Ready?...
Reason #1) It's a damn ... 阅读全帖 |
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d*****0
发帖数: 1500 | 14 奇文共欣赏
any paired hands in holdem has 6 combination,
while unpaired hand has 16 combination.
不是很懂，请明示 |
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b*******e
发帖数: 36 | 15 From http://www.pokerstars.com/poker/terms/wordlist/
"D" for Diamond, "H" for Heart, "S" for spade, "C" for club
Jackpot - A special bonus paid to the loser of a hand if he gets a very good
hand beaten. In hold'em, the "loser" must typically get aces full or better
beaten. In some of the large southern California card clubs, jackpots have
gotten over $50,000. Of course, the jackpot is funded with money removed
from the game as part of the rake.
Kicker - An unpaired card used to determine the bet |
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c****t
发帖数: 19049 | 16 AN ORISON OF SONMI~451
On behalf of my ministry, thank you for agreeing to this final interview.
Please remember, this
isn’t an interrogation, or a trial. Your version of the truth is the only
one that matters.
TRUTH IS SINGULAR. ITS “VERSIONS” ARE MISTRUTHS.
… Good. Ordinarily, I begin by asking prisoners to recall their earliest
memories to provide a
context for corpocratic historians of the future. Fabricants have no
earliest memories,
Archivist. One twenty-four-hour cycle in Papa Song’s is i... 阅读全帖 |
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r****t
发帖数: 10904 | 18 unpaired two-side t test, if your H0 is the cell counts are equal， 应该没问
题的 JMHO. 要是 5-10 个动物差别就显著了就没问题，郁闷的那种是 sample 很多了差别还不显著的人。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 19 I am now very confused about the terms of the statistical tests.
Usually, when we are comparing the mean values for two groups, we will
look at the error bar (SEM) and the difference of the mean values.
If the difference of the mean values are greater than 2x SEM (avarage SEM)
then we usually say these groups are significantly different with P<0.05.
Now the question is: what kind of statistical test are such "rules of
error bar" ? Are they a derivative of the unpaired t-test? Or ANOVA test?
Or o |
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x***m
发帖数: 184 | 20 http://en.wikipedia.org/wiki/Pyrosequencing
"The template DNA is immobile, and solutions of A, C, G, and T nucleotides are added and removed after the reaction, sequentially. Light is produced only when the nucleotide solution complements the first unpaired base of the template. The sequence of solutions which produce chemiluminescent signals allows the determination of the sequence of the template."
strand. |
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o********r
发帖数: 775 | 21 这么说吧，这篇文章从初稿到接受花了11个月，对于BMC bioinformatics而言绝对不是
正常的速度，估计很多时间是花在说服reviewer那个1-to-1 comparison上面。为啥说
他是垃圾？因为这个前提就是错的，生物试验中的replicate是为了去掉一些偶然因素
对试验结果的影响，你们现在这么搞是反其道行之。举个例子，如果某个gene set里的
基因都受某个蛋白直接调控（比如TF），他们的mRNA level和这个蛋白的活性或者浓度
成正比，而且fold change特别大，但是这个蛋白和phenotype没关系，他的活性在
replicate中随机波动。如果是unpaired group analysis，这个set不会显著，但是用
你们的1-to-1 comparison，大多数情况下这个set都是highly significant，估计最后
这个set within top 10，而且不管用啥不同的试验条件都是highly consistency（本
来这个蛋白就是indepent的）。
你们用consistency来说明自己的方法好，但是没有证明你们找... 阅读全帖 |
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s**f
发帖数: 365 | 22 对，数学上能算。
但是unpaired两组平均值相减，只有一个数字，没法说SD
应该是重复这个试验好几次，算出好几个相减的均值，再算SD
对吧？ |
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l***y
发帖数: 190 | 23 最近闲来无事，写了几个和生物相关的android手机apps. 不知道可不可以贴在这里请大
家帮忙测试，评价一下。
如果对大家有用最好了，请给个rating.如果版主认为有广告嫌疑，请删除。
一个是为在生物/化学实验室工作的同学们写的，关于配溶液，计算分子量的。
一个可以用来做paired/unpaired T test。
以上都有免费版本，欢迎排砖。如果不能运行，请一定告诉我。十分感谢。
请到这里：https://market.android.com/search?q=cooloy
或者在android market里搜索:cooloy |
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m**e
发帖数: 857 | 24 This is the most exciting part:
Theoretically the 44 chromosome man should have fewer problems having
children than his parents did. As this figure shows, there are no unpaired
chromosomes when he and a woman with 46 chromosomes have children. But all
of their kids would have a balanced translocation.
The chance is probably a 1 in 7 billion
However, I doubt the reality of this report.
The author (Barry Starr b****[email protected]) is the manager of Stanford at
The Tech, a program that trains Stanfo... 阅读全帖 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 25 这张表格挺有用的
按照你的描述， 你需要比较的是：
comparison of two groups, unpaired
而你的data 类型是interval 或者说是ordinal也可以
同时是non parametric
所以根据这个表，需要用的stats是Mann-Whitney test，这个test同时也叫做
wilcoxon rank sum test
这个名字和表中的wilcoxon test是不一样的，那个是wilcoxon signed rank test，是
针对paired nonparametric sample的 |
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o*****p
发帖数: 2977 | 26
http://www.mit.edu/~6.s085/notes/lecture5.pdf
page1
The Kolmogorov-Smirnov test tests whether two arbitrary distributions are
the same.
page3
In contrast to the Kolmogorov-Smirnov test earlier, this test (like its
unpaired cousin the Mann-Whitney U) is only sensitive to changes in the
median, and not to changes in the shape.
所以说 KS test 同时对 the shape of distribution 和 the median of
distribution 敏感， Mann-Whitney U对 median 敏感，对 shape不敏感。
Mann-Whitney U 处理tie比较成熟，但Kolmogorov-Smirnov test软件也能处理。 |
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z*********g
发帖数: 15 | 27 你说的问题我也想过。不同批次确实差异大，所以我觉得你说的有理，用paired也可以
吧。而且我以前以为paired更容易出差别，其实不然，看具体数据的。一般来讲还是
paired的p value小。 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 28 这个不能用paired t-test
如果你觉得不同批次之间测试的绝对数值相差很大，但是趋势一致的时候，一个不严谨
但是有用的方法是，都
normalize到control的平均值以后再combine 做stats
比如 第一次做， control VS treatment， n=5 per group
那么你会得到control的平均值Ca， normalize以后
control的五个replicate 分别是c 1, c5 , treatment分别是T1-T5
第二次做，control vs treatment， n=5
这一次的control平均值是Cb，normalize以后
得到C6-C10 以及T6-T10
依次类推， 最后你有C1-C15， T 1-T15，然后做T -test
还有一种方法是每次都include一个bridging sample，然后每次都normalize到那个
sample
用paired t-test 不合适， 等于认为的缩小的p值 |
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D*a
发帖数: 6830 | 29 不能用paired t test，如果你是一盘细胞测个基准值然后加点这个再测个值，这才可
以用paired t test
楼上说的有道理 |
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r******g
发帖数: 600 | 30 你这个不能用paired
楼上说的对，比如 你 A B C 3 dishes细胞
你同时在A B C加了drug M，你如果要比较 without M 和 with M的 某参数
你可以使用paired |
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M*P
发帖数: 6456 | 31 楼上三个正确答案，你还是非要坚持自己的错误理解，那你何必来问问题呢？ |
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y***s
发帖数: 4225 | 32 If the difference between batches are not measurable by other variables,
then accounting for the correlation within batch is probably the best you
can do.
If your outcome of experiment is continuous, maybe plot them by batch and
just eyeball it to see if there is some difference between different batches
of cells.
If there is, what might be more appropriate (depending on how much sample
you have) would be some sort of mixed effect model, with exposure being the
treatment (experiment vs. control)... 阅读全帖 |
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y***s
发帖数: 4225 | 33 How do you know that they are right? |
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f******e
发帖数: 465 | 35 This is a very good post. I have also thought about this problem. In short
and in general, I believe the trend is that a positive underlying
correlation between pairs will yield a smaller p-value, thus higher power
for detecting the same difference. But I am not sure this is 100% true,
because mathematically I think the degree of freedom should also play a role
in determining the p-value. |
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s******8
发帖数: 2131 | 36 正相关说明前后两者值差不太多，不能reject null hypothesis，说明P value比较大
而不是小？
role |
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m*****8
发帖数: 654 | 37 俺室念统计的，你这个不能用paired t-test.你说假设他们是相同的，如果假设成立当
然什么都可以用。通常来说paired t-test是自然的内在联系，比如同一样东西用药前
后，同一个人的左右眼。如果两个不同的人，当然也可以假设他们一样，然后用paired
t-test.但是很难说服别人，如果有本事说服别人两个人一样，就可以用，但那是其他
本事，与统计无关。所以，纯粹从统计上来说这是概念错误。 |
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h*******o
发帖数: 4884 | 38 同一个dish里面的细胞，如果你load 三次，那是techinical replicates
三个不同dish的细胞，即使他们是同一个passage split出来的，一般也当做
biological replicates
这么说吧，如果你养细胞一个大的dish，你先做treatment，然后把细胞收下来分成三
份，那么那三份是technical replicates
如果你先把细胞split到三个dish，然后分别做treatment这个是biological
replicates
另外assume 一批细胞都一样经常会出问题，尤其是primary culture |
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C*********u
发帖数: 811 | 39 Is it valid to use paired t-test for littermates if different littermates
are quite variable? |
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y***i
发帖数: 11639 | 40 我认为你是对的。
两者都可以，paired ttest说不定更合理。 |
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c****1
发帖数: 1095 | 41 No. 即使是littermate，个体差异也很大。就是要用paired t-test，哪个跟哪个pair
，也是个问题。不同的方法去pair，就会有不同的结果。 |
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c****1
发帖数: 1095 | 42 其实你说的这两种做法，本质上是没有差别的。但是通常用一个大的dish做，然后把样
品分成三份，做的结果会更好。这是因为，我们做实验的每一步都会产生误差，split
的越早，误差当然就会越大。 |
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