z*******o 发帖数: 1794 | 1 在单酶切,并且是vector不去磷酸化的情况下,多加PCR产物肯定没有问题。但这样的
条件谁也不会去做连接,vector自连的风险太高了,就算运气好进去了还有一个正反的
问题。如果是两个酶totally digested呢?原则上说vector将不会存在自我连接的风险
,同时这样的连接无论vector还是insert都是定向的高效连接。 |
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C*******e 发帖数: 4348 | 2 去磷酸化的vector加sticky ends的insert没问题
其实去不去磷酸化什么的都无所谓
我大多数情况下都不去
如果ligation的时候出问题多半不是去不去磷酸化什么的
多半是片段重新准备啊,浓一点,干净一点
多试几个ratio
vector多放点
就差不多了
vector去磷酸化不过是让自己放心
trouble shooting的时候可以排除掉一个vector自连而已 |
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i*****i 发帖数: 154 | 3 老大要找的质粒应该是叫STEMCCA
Stem Cells. 2009 Mar;27(3):543-9.
Induced pluripotent stem cell generation using a single lentiviral stem cell
cassette.
Sommer CA, Stadtfeld M, Murphy GJ, Hochedlinger K, Kotton DN, Mostoslavsky G.
Abstract
Induced pluripotent stem (iPS) cells can be generated using retroviral
vectors expressing Oct4, Klf4, Sox2, and cMyc. Most prior studies have
required multiple retroviral vectors for reprogramming, resulting in high
numbers of genomic integrations in iPS cells and limiting... 阅读全帖 |
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s*****t 发帖数: 107 | 4 各位大侠,小妹正在做Zhangfeng的LentiCrisper-V2 Vector,
已经按照ZhangFeng lab的Protocol把退火的Primer Pair连接到了
Lenti-Crisper-V2 Vector上。可是怎么知道我的Insert 连到vector上去了呢?
protocol说原载体上两个BsmB1之间有2Kb insert。 我现在把我连出来的Vector
作了个酶切,发现没有这个2kb insert了,但是怎么能排除原载体自连呢?
另外,我自己的insert连进去以后要不要考虑正反向的问题? |
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l*********s 发帖数: 5409 | 5 generate a vector of the size n*m, and pass the vector index to your user
defined function f() to construct the data set.
(The rol,col index can be computed from the vector index parameter.)
Then cast the vector into a matrix. |
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l******9 发帖数: 579 | 6 Thanks,
But, in clustering, each data piont is a scalar (a number).
In my problem, each data piont is a vector that contains a group of numbers.
The distance between two vectors is a the linear correlation of teh two
vectors not two data points in the two vectors.
Example,
v1 = [1, 2, 3]
v2 = [4, 6, 8]
v3 = [10, 5, 9]
v1 and v2 has strong correlation than v1 and v3 or v2 and v3.
So,, v1 and v2 should be put in the same cluster but v3 cannot be.
Any help would be appreciated. |
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l******9 发帖数: 579 | 7 I have a question about coefficient of determination.
I need to find the relationship of two vectors.
Given two numerical vectors x and y, their determination of coefficient can
be expressed as :
1 - ( 1 - (dot_product(x,y))^2 / (|x|^2 + |y|^2)) / (1 - |y| * |y|/ ( y
'dimension * |y|^2 ) )
|x|^2 = sum of squared of each element of vector x.
|y| = sum of each element of vector y.
Is that correct ?
I got the formula from some code but I do not know the authors.
How to understand i... 阅读全帖 |
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m*p 发帖数: 1331 | 8 要求用vector实现shuffle a deck of Card,如下:
public class Card {
private int value;
Card(int v) {
value = v;
}
public void print(){
System.out.print(value+";");
}
}
public class DeckShuffle {
private final int num;
Vector deck = new Vector();
// implement this shuffle function. DO NOT USE Collections.shuffle() !!
public void shuffle(){
// your code goes here!
}
} |
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d****o 发帖数: 1055 | 9 先permute第一个vector,再permute第2个vector,最后再一个个得对应不行吗?
比如{2,1} 得到 {2,1} {1,2}, 第一个位置为0, 第二个位置为1
{4,3} 得到 {4,3} {3,4},第一个位置为0, 第二个位置为1
然后设为 有4种可能性 00, 01, 10 , 11 (0,1代表位置)
这样就可以实现了next_permutation |
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x*****o 发帖数: 28 | 10 Hi.I just feel interesting on the underlying implmentation of the vector
class. Anyone knows some detail on these stuffs? Thanks! Appreciate!
For the vector, it is a growable array,
1. it can support dynamic insert and delete
2. it can be accessed by index
So I just wonder how they implement it?
(Just my guess) the vector is still actually an contiguous array, and when
insert and delete, just create a new modified copy of the array.?
I am interested in this, because my code is based on the vecto |
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F****n 发帖数: 3271 | 11 List is a general interface implemented by LinkedList, ArrayList, and Vector.
LinkedList is fast to insert and delete, while ArrayList is fast to access
through index. Evaluate your the major future burden on your List before
choose between the two. Vector is not java1.1 stuff, and it implements List
for back compatibility reason. Java2 programming should avoid Vector as much
as possible. If you want a synchronized List, use
Collections.sychronizedList(List) to pack one. |
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e****y 发帖数: 26 | 12 I use JBuilder8
I wanna declare a array of vector, so i use:
Vector[] tables = new Vector[20];
It seems okay now. But when i try to use like
tables[1]
JBuilder will send error information.
What's wrong? I am not good at java.
Thanks. |
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c*****t 发帖数: 1879 | 13 Well, in Java, all objects are pointers. So you are adding
the pointer to the same vector to Stree. Of course you will
get the same result because you get the same vector pointer.
In C++ vector, it always make a copy of what you pass, in
this case, the reference of the Svec. The result of course
would be different. |
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g*****g 发帖数: 34805 | 14 想想可能还是把符合条件的放到一个temp vector里,
然后让original vector指向temp vector最快。
removeAll还是扫了两次。 |
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c*****t 发帖数: 1879 | 15 其实,一次 remove 多个的话,array / vector 还是能达到 O (n) 。
就是将保留的先放到另外的 array 里,最后再弄回来。linkedlist
占的 memory 多,而且从一个 node 走到下一个也慢些。iterator
又会增加点 overhead (主要是 Java。C++ 都是 inline)。所以总
的来说,vector / array 并不慢。
至于自动 shrink,一般没有哪个 implementation 会这样。因为这
属于 predicting behavior。写该 container 的神奇的知道
pop_backup N 次以后不会又 push_back N 次?这纯粹属于没事找事。
array / vector 最大的问题主要是在 insertion 。 |
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c*****t 发帖数: 1879 | 16 LinkedList 寻找也需要 O (n)。而且通过 iterator 走到下一个 node 有
很多的 overhead 。教科书上的 O (1) deletion 是指你已经找到该 node
的情况下。相比之下 vector / array 里一个个的走不需要 iterator,
直接上 index,可以快很多。而且 vector / array 占的 memory 少,写
code 也不需要很多判断或者 call function。
所以综合来讲,如果 insert 较少,即使有需要多项 object 的 remove,
array / vector 还是比 linkedlist 强很多,不管是 performance 还是
easy to code 。 |
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n******6 发帖数: 1829 | 17 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: newegg06 (egg), 信区: JobHunting
标 题: 【求助】为什么类里面不能初始化vector的大小?
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 20 15:04:39 2007)
比方说
#include
using namespace std;
class test{
char str[10];\\this is OK
vector a1(10);\\not OK
}
报错error C2059: syntax error : 'constant'
请问这是怎么回事?
谢谢! |
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l**a 发帖数: 423 | 18 我觉得是vector创建了独立的copy,所以当程序退出时候 C1,C2,C3 destructor
called. 但是vector 面也有3个copy.
可以做个测试,你写个constructor。如果同样多出3个constructor 那么就证明是
vector 创建了独立的copy |
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b***y 发帖数: 2799 | 20 ☆─────────────────────────────────────☆
dArtagnan (达达尼昂) 于 (Mon Jul 21 17:01:32 2008) 提到:
关于vector存储value copy的一个问题,
假设有一个class Vehicle,有几个derived classes
class Sedan : public Vehicle
class SUV : public Vehicle
class Van : public Vehicle
这些derived class里面都有定义自己新的field,就是说他们的size都比vehicle大。
那么如果把一些derivd class的实例
Sedan bmw325();
SUV bmvX5();
Van sienna
存到如下vector 当中
vector
会发生什么结果呢? 这些子类里面多出来的field会损失掉?还是存到哪里去呢?
☆─────────────────────────────────────☆
thrust (WoW 无限期冬眠中) 于 (Mon |
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c**m 发帖数: 30 | 21 because you are defining a template so vector can't be defined until you
instantiate the template, but before vector can be defined the template
has to be defined first. chicken and egg problem. Anyway, the effect is
when the compiler is trying define the template it has no way of figuring
out what vector::iterator is. If you think about it you would see why.
The solution is, of course, you explicitly tell the compiler what it is: a
typename. like below:
template
void f |
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z****e 发帖数: 2024 | 22 #include
#include
ifstream inf("your_file_wants_to_be_read.txt");//source file
vector vs((istream_iterator(inf)),
istream_iterator());//read into string vector
for the second sentence, pay attention, do not be fooled by the "most vexing
parse of C++",
else you will only define a function rather than a vector. |
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s*****g 发帖数: 5159 | 23 The operator [] of a vector returns the reference to an element of the vecto
r
member function .end() returns an iterator of the last element of the vector
.
I want to judge if a particular element is the last element of the vector, b
ut I cannot do the following |
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s*****g 发帖数: 5159 | 24 前来天请教过vector,当时记得有人说vector不用初始化也不用析构。我现在出现内存
占用比想象的大很多,所以请教一下具体情况。
class A{
private:
vector val;
public:
A();
AddValue(int m){
val.push_back(m);
};
~A(){};
}
调用:
A a;
for(long i = 0; i<1000000000; i++)
a.AddValue(10); |
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r******9 发帖数: 129 | 25 用iterator遍历一个vector
然后当某个元素符合某种条件时,删掉这个元素
我一直想这么干
vector ::iterator iter = vec.begin();
while(iter != vec.end())
{
if(test(iter->content) == true)
{
vec.erase(iter);
}
++iter;
}
但是这样肯定不行,好像不能再循环体内改变vector
我现在的解决办法就是吧要删的元素的index记下来,然后再对这个index做循环,逐个
删。
高手们有没有好的办法啊?
谢谢啦 |
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r********3 发帖数: 2998 | 26 如果在Java里面,我都是重新创建一个新的vector。在Java里面,删除一个元素总是要
移动后面,效率还不如重新创建一个新的vector,然后销毁原来整个vector。 |
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h****a 发帖数: 70 | 27 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: himdca (how are you doing?), 信区: JobHunting
标 题: 自己实现vector
发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 23 19:07:17 2011, 美东)
请问有什么好的自己写的vector的code examples吗?我看
有的面经里提到被要求写一个vector class。
谢谢 |
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n********r 发帖数: 719 | 30 这不对吧
之前vector vec(M)的时候已经把vec初始化为一个有M个0的vector了
这里如果用push_back,那相当于在M个0后面又放了M个元素,size变2M了 |
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b***i 发帖数: 3043 | 31 看来是copy,因为move需要std::move
那么,如果这个类的成员变量是vector poles的话,poleManager本身是另一个
类生成的singleton实例的指针,那么它的内容应该在堆上,这样的话整个过程从
PoleAcess::Load那里是在栈上生成一个vector,最后需要move到堆上吗?当然如果移
动,也不是很大数据量,因为只是这个vector自己的数据,而不是整个内容。
RVO能否知道本来为了要放到堆上而优化? |
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b***i 发帖数: 3043 | 32 好像从函数内的栈上临时变量返回然后生成堆上的也是可以RVO的,所以声明vector的
指针完全没有必要。
但是vector内部存指针好像有必要。毕竟这个vector上存的类可能有继承关系,虚函数
什么的。
-c
heap |
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M****m 发帖数: 2142 | 33 酶切后我的gene 是3.3 vector是 3.4,该怎么跑胶才能把他俩分开我好回收我的片断
?我用的PcR-XL-TOPO,vector其他区域有没有可以被酶切的这样vector size变小就可
以回收我的片断了?或者跑0.5%的DNA gel跑远些 可行吗? |
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h******y 发帖数: 1374 | 34 Clonetech的pEYFP-C1 Vector和Invitrogen的pcDNA5/FRT/TO vector
能不能转染293T cells来做lentivirus?谢谢! |
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A****Z 发帖数: 52 | 35 Clontech has 3rd generation of tet-on inducible expression system but this
new system has only the general expression plasmids but no lentiviral
vector. Only the 2nd generation has inducible lentiviral vector but the 2nd
generation may not work as well as 3rd generation. My cells are difficult to
transfect, so I need the lentiviral vector to delivery the target gene to
cells. Does anybody has good Lentiviral Inducible Expression Systems?
Thanks. |
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s******y 发帖数: 28562 | 36 在我的理解中,多加PCR产物肯定是不会错的,因为多加了PCR产物,坏处最多就是
他们自己连接起来,但是反正他们不能在细菌里面扩增,奈何不了你。
但是多加了vector, 就会增加vector 自己链接的风险,增加产物的伪阳性比例
另外一点大家说得非常对,就是必须把insert磷酸化, vector去磷酸化 |
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z*t 发帖数: 863 | 37 单酶切条件下insert磷酸化+vector去磷酸化能把自连降到多少?
现在想把一个cDNA subclone into another vector,但目的vector只有两个酶BamHI和
MluI可以切,并且BamHI还会在cDNA内部有一个切点。。。除了单酶切,我还有什么办
法么? |
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r***e 发帖数: 2539 | 38 不行。
另外包装lenti也要注意,尽量用第三代的。
切记不能把不同generation的vector和pkg mix混用,
有的公司为了规避patent,还在出售第二代的vector,比如说Openbiosystem有名的pLK
O shRNA vector,和Thermo的部分产品。
以前有实验室出过事故,包装出不安全的病毒。 |
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s******y 发帖数: 28562 | 39 Retroviral vector 只感染那些分裂中的细胞,对于不分裂或者不怎么分裂
的细胞(比方说原代细胞)不太好使。我有很多做在retroviral vector 里面
的蛋白,如果要一一转移到lentiviral vector 里挺花时间的。
不过听大伙的说法,这个貌似是没有办法的。。。
粒。 |
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d**********t 发帖数: 20415 | 40 多谢回复~
这个蛋白的表达没有问题,我们用 transient expression和现有的lentivirus都表达
过,只是现有的lentivirus vector没有selection marker,没法筛稳定表达克隆,所以
想找一个带select marker的vector
请问你用的是哪个vector和package system?
colony |
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j****x 发帖数: 1704 | 41 之前没留意过,近期突然发现,Clontech家的所有Lentiviral vector系统,包括其经
典的Tet-on/off/one lentivector,尽管宣传是最安全的第四代载体系统,但其中的
HIV-1 5'/3' LTR居然都是wildtype的而并非是被几乎所有其他商用载体所一致采用的
truncated/∆U3 LTR,作为self-inactivating (SIN) vector。这是件很奇怪的
事情,有哪位对Lentiviral vector比较熟悉的能讲讲吗?谢谢 |
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j****x 发帖数: 943 | 42 Let me ask this first, what is F. Is k a vector? I suppose the curl of a
vector is a vector. then what is M(x,y)k |
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f*****s 发帖数: 141 | 43 Two ways of holding 2-dimensional array:
(1) vector of vector
(2) Just use one vector
Which is more disadvantageous in terms of memory allocation? such as
fregmentation issue? |
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g**r 发帖数: 425 | 44 Can code like the following vectorized?
I already have ct, a vector, say length 10.
and s, a vector, same length. Want to recalculate ct; but it will be a
function of previous ct & current position. Like the folllowing
(n=10)
for (i in 1:n)
{less=0;
for (j in 2:i-1)
{
{morea=s[i]-s[j]
moreb=i-j
less=choose(morea,moreb)*ct[j]+less;
}
ct[i]=i-less
}
} |
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x***I 发帖数: 91 | 45 有一个vector, 每个值代表那个点的强度,
不知道有没有什么办法,可以画出这个vector的heatmap.
不需要排序,只要显示颜色就好了,所有值都大于0.
heatmap只能画matrix,我把我的的vector,重复了一下,变成2*n的matrix,
可以画出来,不过很丑。。。。。一个大方块,不知道有没有什么办法可以
画出像scale bar那种长条的东西。另外,画出来的没有绿色,
不知道有什么办法让绿色也出来么,自己手动减去一个值?
希望高人给指条明路,
谢谢 |
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s****h 发帖数: 3979 | 46 R新手,有几个问题,一起请教一下:
我想建一个data frame,有7个columns.
因为数据量相对R来说比较大(0.5M users, each with 50 items),用个loop,一次做
500个users
allres <- list()
for i{
create df
allres[i] <- df
}
For each user,take first 50 items. (自己瞎弄的一个推荐系统,和classic user
based, item based有些不一样)
df has 50 X 1000 rows, and 7 variable (v1 - v7)
我打算每个variable弄一个vector,然后combine成df
可是有些variable我只会弄成list。例如,我是这么create 50 X 1000个double
variable for v2的:
v2 <- lapply(1:tmpTestIn@data@data@Dim[2], FUN=function(i) { c(ratings2@data
[i, preNew... 阅读全帖 |
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c*********r 发帖数: 19468 | 48 这是硬件torque vectoring,如果你指的是电控,现实的torque vectoring系统都是电
控的
torque vectoring的好处主要是能提高弯道性能,尤其对本身understeer比较明显的车
,弯道性能能提高10%以上 |
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l*********2 发帖数: 5575 | 49 想要的物品:
Beltronics® Vector 995 Platinum Radar Detector
可接受的价格(必须明码标价!):
$96 each
物品新旧要求:
brand new
必须是全新的,不能display
RS经常把display当新的卖,请检查清楚
email to:y*******k@gmail.com
主题必须是:
mitID + Beltronics Vector 995 Platinum Radar Detector@96
格式:
BBSID: xxxxx,
数量,
Zipcode: xxxxx
金额:
收款方式:bill pay/check
电话号码:
邮寄方式要求:
ML
买卖双方谁承担邮寄损失(Required if not code only):
before u, after me
付款方式说明:
BILLPAY
其他补充说明:
广告的有效期:
物品来源:
radio shack
我的联系方式:
g************s@gmail.com
二手交易风险自负!请自行验证是否合法和一... 阅读全帖 |
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z****o 发帖数: 78 | 50 Vector v = new Vector();
v.add("1");
v.add("2");
v.add("3");
v.add("4");
v.add("5");
Collections.swap(v,0,4);
这种不行吗? |
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