s***e
发帖数: 911 | 1 我背景不是生物的，所以观点可能不太全面。基本上这些研究强调的是机械力在细胞生
物学里的重要性。力的重要性在之前细胞生物学里似乎强调不足。比如这篇文章:
A. Engler, S. Sen, H.L. Sweeney, D.E. Discher. Matrix elasticity directs
stem cell lineage specification. Cell 126:677-689 (2006)
指出extraceluular matrix的物理硬度单一原因就能够决定干细胞分化方向。那么细胞
必须具有测量外部环境力学性质的能力。物理上这只有一种办法可以作到: 对外部环境
施加力，测量外部环境的力学形变。所以有一些细胞膜附近的蛋白必须具有类似弹簧的
功能，比较自己和外部环境受力下的相对形变，探测外部环境的力学性质。此外，这些
局部的力学探测必须导致细胞内的信号传递，否则这些力学信息就无法影响细胞整体行
为。最简单的方案是force sensing蛋白受力形变，影响自己和其它signaling蛋白的相
互作用, 实现force sensing.
P. Kanchanawong,... 阅读全帖 |
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s***e
发帖数: 911 | 2 好像是的. 调控细胞运动的机制很复杂. 分子水平上参与的分子非常多. 其中一个是
Talin-Vinculin interaction. 一个猜想的机制认为细胞前沿extension-retraction会
导致Talin unfolding-refolding. Unfolding会导致Vinculin binding. 这个coupling
被认为是个细胞mechano sensing的机制. 最近Michael Sheetz组里一个工作就在单分子
水平上直接验证了这个猜想.
Science 30 January 2009:
Vol. 323. no. 5914, pp. 638 - 641
DOI: 10.1126/science.1162912
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Reports
Stretching Single Talin Rod Molecules Activates Vinculin Binding
Armando del Rio,1 Raul Perez-Jimenez,1 Ruchuan Liu,2 Per |
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s******y
发帖数: 28562 | 3 今天是周末，对于这个问题我再讲具体一点吧。
一般来说，处理co-localization常用算法有三种
1. PCC (Pearson's correlation coefficient)
2. MCC (Manders' Colocalization Coefficient)以及其优化变种 Costes approach
3. MOC (Mander's Overlapping Co-efficient)
第三种很少有人用，我就不说了。
第一种的好处是可以反映线性关系，对于有直接结合的两个蛋白，原则上这个算法比较
准。如果要对比mutation 和WT直接的结合参数的变化的话，这个原则上是首选。比方
说假如数值从0.2 升高到了0.3，大致就可以认为是一个支持数据来表现结合能力升高
了。但是这个算法有几个坏处：１，对于没有直接关系的蛋白，这个算法非常不准确。
比方说vinculin 和 paxilin,这两者毫无疑问是会colocalize 在focal adhesion 里
，但是用PCC 常常给你算出一个很小的数字。２。数值本身啥都说明不了。比方
说你要是计算F-actin 和v... 阅读全帖 |
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n****e
发帖数: 327 | 4 This is outrageous!
On the original scan, from left to right, Lanes 7 and 9 were overloaded,
resulting in higher level signals for all three proteins. The Vinculin
signal was very strong and reached saturation, so that the difference in
loading wasn’t obvious. Yet, lanes 7 and 9 were overloaded as indicated by
the non-specific bands between 76kDa and 120 kDa.
However, in the published figure, the P-p53 and p21 blots were flipped
horizontally, but the Vinculin blot wasn’t flipped. In this way the... 阅读全帖 |
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s***e
发帖数: 911 | 5 其实试验上最近突破挺大的。最近有两篇文章几乎同时出来(PNAS; Naure
Communication), 关于in vitro formin如何感应力并调控actin生长速度。不知道你看
到没有。in vivo 也有很大进展。Sheetz组现在能够直接in vivo 测量 focal
adhesion protein的end-to-end distance. 其中talin的工作去年已经发表在PLoS
Biology上。 今年会有一系列别的蛋白的结果出来。会非常有趣。
in vitro adhesion protein如何感受机械力，如何unfold, 如何因此和别的signaling
protein相互作用把机械力信息转化成生化反应信号传递，今年会有一系列工作出来，
包括talin-vinculin, alpha-actenin - vinculin, 等。
上面这些全部都是直接单分子测量，和模拟无关。 我觉得你说得挺对的。这个方向似
乎很快就会有很大突破。 |
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s***e
发帖数: 911 | 6 明白了。也许这个是为什么细胞生物年会上这内研究转冷，而生物物理年会上转热的原
因。从物理的角度看，mechanosensing的分子机制无非都是机械力导致mechanosensing
蛋白形变或者解折叠，进而引起与其它蛋白相互作用的改变，最后导致signaling. 这
里面物理元素比较多，所以很多物理背景的人觉得很刺激。仔细想想蛮吓人的。 5 pN
（一个myosin就能产生这样的力）的力就能改变talin - vinculin或者alpha-catenin
- vinculin结合强度超过1000倍。这种机制绝对适合作各种sensing的开关。
我得去开会了。下午再来学习。
adhesion |
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s***e
发帖数: 911 | 7 主要是生物学太大了, 太复杂。我们做过一点talin - vinculin 和 alpha-catenin -
vinculin相互作用的工作。从我的角度，这两种相互作用物理机制完全一样，连最后的
数据都很相似。但是后来才发现，原来生物学里面cell-ECM adhesion和cell-cell
adherence junction是两群生物学家在作。我们现在同时和这两拨生物学家合作， 感
觉他们互相之间交流还不太多，也不怎么清楚对方领域的最新进展。真是这样吗？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 8 Sometimes the IP can be artifact of over-expression, if not, then it is
possible that your protein A has many domains that can all bind to B. This
is possible. For example, talin has more than 11 vinculin binding domains.
B
suggestions |
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m***n
发帖数: 337 | 9 Could you give me some reference on the talin-vinculin interaction? thank
you very much
This
domains. |
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s***e
发帖数: 911 | 12 你们作Talin那些方面? Mike Sheetz 2009 年有篇Science的文章，证明一个Myosin产
生的张力就足够unfold Talin rod domains, 导致vinculin结合。你们的focus是这类
问题吗? |
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s***e
发帖数: 911 | 13 你们作Talin那些方面? Mike Sheetz 2009 年有篇Science的文章，证明一个Myosin产
生的张力就足够unfold Talin rod domains, 导致vinculin结合。你们的focus是这类
问题吗? |
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r***u
发帖数: 50 | 14 在我看来只有p53的原图被贴了出来，vinculin和p21都不是原图。 |
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c****d
发帖数: 681 | 15 同感。原图那个vinculin和published差别有点大啊。而且原图中lane4到9基本上是一
直往下走，published的图，patter明显不一样。 |
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z********i
发帖数: 610 | 16 看图上标注的marker，应该是vinculin翻转了一下。如果重新跑一下western，可能没
有什么问题。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 17 Tubulin is good as internal control as well.
We sometimes also use vinculin
It is possible your membrane has problem and didn't retain the small
proteins. |
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s******y
发帖数: 28562 | 18 You can use vinculin too |
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V******t
发帖数: 444 | 19 Bradford 也行啊。
Vinculin也行啊。 |
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s***e
发帖数: 911 | 20 如果YAP1是链接在alpha-catenin上，那应该受力调控吧。alpha-catenin有actin
binding domain. 几个皮牛就能把alpha-catenin的alpha-helice bundle解开。比如5
个皮牛的力就能把vinculin结合到alpha-catenin的affinity 增加100-1000倍。而5 pN
也就是一两个myosin能产生的力。 |
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s***e
发帖数: 911 | 21 5 pN是打开 含有vinculin head domain binding site的 central modulation domain
in alpha-catenin. 其它domains稳定些，不过也只需要10-30 pN就能几秒钟内打开。
talin所有domain都能在<30 pN下几秒打开。在成熟的focal adhesion里，单根
integrin上的力> 40 pN. 我估计在cell-cell junction, 单根E-cadherin linkage上
受力也小不到哪里去。看起来力的因素是不能忽视的。动不动就改变binding affinity
成百上千倍。 |
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s***e
发帖数: 911 | 22 在体内本来很难进行精确的观察。至于体外，介质软硬度可以调节。软的表面focal
adhesion不形成，是因为mechanosensing的原因，而不是artifact吧。比如软的表面，
整个force transmision path上都不能产生足够大的力，导致比如talin, vinculin这
类蛋白不能激活。这个本身可能就很重要。
artifact |
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