s******s
发帖数: 13035 | 1 做research还是很容易忽悠的，新东西多。
不过不做到clinical, 就很难搞到钱做大规模。 |
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i***l
发帖数: 1656 | 2 one in Boston (key words like NGS, WGS)
another in Santa Fe, NM (Google with key words such as sequencing for future)
both in June |
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r**********e
发帖数: 587 | 3 说说我自己的体会
纯科学的研究里大家喜欢用model animal；model的根本意思就是生物体太复杂，所以
用一些简单的模式生物来替代研究。
大家用模式生物研究了无数基因，蛋白，pathway，发育，奠定现代生物医学基础
可如今要迈向translational science了，很多模式生物自然要失效。你狂研究yeast和
C elegans来说明XX基因在人类疾病里有作用这不是骗傻子吗？这也是很多yeast，worm
人的funding越来越难拿的原因（当然如果你是Bob Horvitz另当别论）
大医院或者NIH都被MD大牛把持。MD的思维至少我了解到的，他们几乎只信mice以上的
data
大家为了funding都要往disease靠拢，可问题是人体本身的复杂度和疾病本身的复杂度
超乎想象。最好是有直接的病人样本，但病人样本又有很多noise。比如我是做神经疾
病遗传学的，过去一个工作是研究noncoding SNP是否调控XX基因这种eQTL的问题。多
亏老板是MD“大牛”所以我们能搞到大部分人没有的AD patients的brain sample。但
我们仅有的也就是不知... 阅读全帖 |
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i***l
发帖数: 1656 | 4 大家自己去那个州的政府网站上看吧，自己Google。我不是原楼主。就是碰巧目睹了此
贴被秒删，觉得可惜。
另外，碰巧对此类工作稍微有点了解，个人建议： 简历重点在传统细菌学，染色，富
集，培养，鉴别。ELISA,PCR，跑胶。各类重点有氧厌氧菌，病原菌（和真菌病毒寄生
虫）。如有NGS WGS 经验要重点写。神马克隆，芯片，西方南方北方杂交就不要多说了
。目标是公共卫生，食品安全。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 5 当然不是简单的run一下GATK找SNP，RNA-seq, exome, WGS, ChIP-seq, ENCODE,
1000genome, Haploreg都有接触
不过也就是跑别人的软件分析遗传学数据
请定义下何为高级bioinformatics？自己写软件？ |
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z*t
发帖数: 863 | 6 肺癌早就被轮得不剩啥了。。。
做做wgs还行，看楼主有没有钱了 |
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n******7
发帖数: 12463 | 7 是差10倍
一个是1e-3,一个是1e-4
但是这对结果有多大影响？
比如目标是call出AF>=0.01的variant site
这个就是1e-2,跟1e－3的错误率都差了10倍了
况且Q30算比较保守的了，实际大部分base的质量要高很多
另外，quality score也不过是infer出来的，又不是ground truth
没必要太当回事
我自己也搞过计算quality score的模型
很多时候不过给人一些安慰罢了
即使对WGS，我觉得把quality score离散化，分成几个类
比如不靠谱，有点靠谱，靠谱，非常靠谱
就够了，即减少数据体积，也不会过度解读这个score
要不你给我个简单的例子
说说Q30和Q40怎么区别大了
我给你发包子？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 8 hmmm
现在的caller用普通WGS/WXS还做不到AF 0.1%, 连1%都做不到。
你看了error rate，就知道搞个Q30其实就等于把Q30以下所有的evidence都扔掉了，所
以error rate才重要。到了mutect2里面，虽然文章还没发，但是用的haplotypecaller
engine, 很多variant貌似只要很少的haplotype support就能call出来，这样每个
reads以及quality score应该更重要了。
你说的reads direction, 其实很可能是bias. 建议去看Broad dToxoG, OxoQ的文章，
这种bias在call出来以后是应该filter掉的。 |
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w******o
发帖数: 578 | 9 国内统计博士，做了几年博士后，做过wgs,wes,single cell sequencing, rnaseq还有
network.现在在东海岸，因为家庭原因要要搬到西雅图。请有bioinformatics职位信息
的人私信我，非常感谢！ |
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发帖数: 1 | 10 说白了就是分析了几十个WGS的数据，工作量挺大的。但我很喜欢
但这种老板永远是old思维，盯着那种specific gene的工作。
他居然嫌我做的太多，不够focus
关键我是想往quantitative转，以后CV上有纯computational的文章。如果发不出paper
，如何show我的这个工作呢？比如conference？就是希望能写进CV |
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r**********e
发帖数: 587 | 11 最近在做一些machine learning/data science的工作。
因为过去做过很多genomics，突然有一个想法，比如GWAS里top candidate的解释很困
难，或者基于top candidate来预测疾病几乎不可能。
那么是不是可以用各种machine learning办法来training比如几万个SNP；得到这几万
个SNP和疾病状态的关系呢？
Y = a1x1 + a2x2 + a3x3 + ....anxn (n = SNP number比如几万个)
比如这种最简单的线性关系，然后来寻找W=(a1,a2,a3,...an)这个vector的最优解
去搜了一下，有一些这样的paper，但并不是很多。大量GWAS data都是online
available的，而用python的机器学习package的运算量，也不会太大吧？反正比我们分
析WGS要小很多吧？所以我觉得每一种疾病的GWAS都可以拿来做modeling，看是否可以
得到good estimate of parameters
但为何看到的文章这么少（或许是我孤陋寡闻）？然后也没有看到有很好的ge... 阅读全帖 |
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f********r
发帖数: 30 | 12 有啊，我们做的系统就是基于GPU的。 30x WGS fastq -> vcf 20 分钟。 GPU用得好的
话加速效果还是比较明显的。 |
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t*******w
发帖数: 107 | 13 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28557981/#comments
FYI all.
Xiaolin Wu2017 May 31 2:11 p.m. (6 days ago) 9 of 9 people found this
helpful
This paper raises important safety issue for gene therapy application of
CRISPR-Cas9. However, there are serious doubts about the results or
interpretation. First of all, the authors listed Top-10 predicted off-target
sites. But all genes are wrong! looking at the sequence they listed (supp.
figure 3), you will not be able to find it in the genes! After ca... 阅读全帖 |
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s*********x
发帖数: 1923 | 14 你确定是GWAS? 几十个样本的话应该是WGS或WES。 |
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I******i
发帖数: 203 | 15 我最近想学习ngs的数据分析，板上的大神能否指点一下哪里可以下载一些ngs的sample
dataset. 比如说rnaseq，或者WGS的。感觉只看理论不动手操作太艰难。
谢谢 |
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m*l
发帖数: 507 | 17 GIS是一个非常专业的行业，上几门课，做几个PROJECT只能是知道些皮毛。不象IT，网
上一GOOGLE能找出上万条东西，GIS入门很难，网上资源非常有限。所以上课还是挺重
要的。软件的话，学学ESRI的那些东西就可以了，目前它是垄断地位。
GIS应用很广，可以是偏软件应用，也可以是偏分析。
偏分析的话，要学些地理知识，统计分析。偏软件应用，要学些数据库，编程序的知识。
学校里学GIS主要是分析，在实际应用中，主要是数据格式转换以及地图的绘制。因此
，如果想在工作中很快上手的话，要好好学习一下常用的数据格式，SHAPE FILE，
GEODATABASE， CAD DRAWING之间的转换。另外一定要弄明白地球模型，DATUM，
PROJECTION， COORDINATE SYSTEMS是什么，之间的关系要搞清楚，常用的UTM， STATE
PLANE， WGS坐标系统得知道。
把这些东西弄明白了，就可以编点程序，做些更高级的分析，数据管理之类的应用了。
有果对计算机感兴趣的话，GIS还是挺好玩的。 |
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S*****n
发帖数: 6055 | 18 还有一个反应呢
H2+0.5O2<-->H2O
H2燃烧和WGS两个反应叠加就是lz要的反应啊，呵呵
我感觉在催化氧化这里通氢气是必须的，算是助催化剂吧 |
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a**e
发帖数: 5094 | 20 换我不会念。
本科学这个，毕业只能当genetic counselor,工资高不了
就业目前很受限，毕竟大部分医院不需要这样的人
和genetic 相关的，目前缺的是WES, WGS computational analysis 这样的人。需要扎
实的数学和编程，最近听到的一个offer是180K，药厂给fresh ph.D.的价钱。 |
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z**********e
发帖数: 22064 | 21 http://history.sina.com.cn/bk/wgs/2013-11-29/180675480.shtml
2013年11月29日18:06 党史博览
核心提示：“他们的社会主义实质是社会法西斯主义，他们把中国的国家机器变成
一种互相残杀、互相倾轧的绞肉机。把党和国家政治生活变成封建专制独裁式的家长制
生活。当然，我们不否定他在统一中国的历史作用，正因为如此，我们革命者在历史上
曾给过他应有的地位和支持。”
本文摘自《党史博览》2008年第8期 作者：史义军 原题为：“九一三”事件后的
“批林”内情
林彪事件给全党和政坛带来强烈震动
1971年9月13日，林彪等人乘飞机强行起飞外逃，在蒙古温都尔汗地区坠机身亡。
林彪集团的余党或自杀毙命，或束手就擒。林彪集团的灭亡，客观上宣告了毛泽东的“
文化大革命”理论和实践的破产，也给全党和政坛带来了强烈的震动。4天后，即1971
年9月17日，周恩来将《关于林彪叛国出逃的通知》稿报毛泽东审查。这份通知稿的主
要内容是：一、中共中央正式通知，林彪于1971年9月13日仓皇出逃，狼狈投敌，叛党
叛国，自取灭亡。二、林彪叛党叛国，是长期... 阅读全帖 |
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z**********e
发帖数: 22064 | 22 http://history.sina.com.cn/bk/wgs/2014-03-20/172485760.shtml
2014年03月20日17:24东北网
“7501”毛泽东专用瓷
迄今为止，市场炒作过的毛泽东相关文物中，影响大、价位高、最神秘的莫过于“
毛瓷”。只是因为没有官方的正式版本，这才给民间传说有了想象的空间。
毛主席在世的时候，并不知道为他定制生活用瓷这件事。当时中共中央也没有为此
事下达过文件。然而，为毛主席定制生活用瓷确有其事。这件事在当时并没有名称、代
号，为叙述方便，暂且称它为“7501毛瓷”(简称“毛瓷”)。
近日，江西省公安厅原副厅长黄庆荣披露了定制“毛瓷”的真相。
黄庆荣披露，与这件事联系在一起的关键人物有五个：当时的中共中央办公厅主任
汪东兴、江西省公安厅副厅长黄庆荣、景德镇市委书记李克时、国家轻工部景德镇陶瓷
科技研究所副所长罗慧蓉、南昌“828”招待所负责人吴成俊。
这项任务缘起于1974年12月，是汪东兴面对面亲口交代给黄庆荣的。以下是黄庆荣
的回忆。
1974年毛主席身体不大好，有较长一段时间住在湖南长沙。12月份，汪东兴打电话
要我去湖南，布... 阅读全帖 |
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z**********e
发帖数: 22064 | 23 http://history.sina.com.cn/bk/wgs/2014-05-18/212191175.shtml
2014年05月18日21:21人民网
“文化大革命”骇人听闻，不堪回首。然而，“文化大革命”究竟是怎么搞起来的
？毛泽东说：“‘文化大革命’这个火是我放起来的！”林彪1966年10月25日在中央工
作会议上讲话时也指出：“这个运动(指“文化大革命”)从头到尾是主席发动的，主席
领导的。”
《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》的发表，点燃了“文革”的第一把火。针对姚文元
文章的出笼，江青曾说：“因为主席允许，我才敢于去组织这篇文章。对外保密，保密
了七八个月……”
毛泽东为什么要放“文化大革命”这个火？又怎样放这个火的呢？应该说，这决不
是他一时的冲动，而是自1957年反右派斗争扩大化以来，其“以阶级斗争为纲”的“左
”倾错误日积月累逐渐发展的必然结果。在毛泽东看来，当时的党中央已经出现了修正
主义，资本主义复辟迫在眉睫，时刻都可能发生，如不发动一场大革命，党就要变质，
国家就要变颜色了。毛泽东1966年10月25日在中央工作会议上讲话时说：“引起警惕，
还是二十三条那个时... 阅读全帖 |
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