a********e
发帖数: 3771 | 1 我最近在做一个细菌的基因敲除。几个这种细菌的housekeeping gene已经用PCR验证了
，耐药性marker的基因也P出来了，下面亟需验证KO和wildtype属于同一个strain。我
想过whole genome sequencing和pulse-field electrophoresis或者RAPD，但暂时没有
条件做。而16s只能验证到species。所以上来请教各位前辈，有没有其他的办法来验证
？谢谢。 |
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t**x
发帖数: 20965 | 2 请你仔细看看，
良性的三个报告。其中一个是这个德国医生自己的，他承认自己从来没有看过。第一个
genedx，是我们出院(04/13)后一个月报的(05/13)， 这个极有可能就是我们宝宝的结
果，被报呈良性。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/92429/
这个变异发现10多年，欧洲基因库收录为恶性。只有美国报称良性，在我们宝宝刚刚出
院。你真得仔细看看时间和事情了。
你没有看到跨国界作假反而。。。你看看荷兰医生的回信。我真怀疑你到底是干什么的
？
这个变异发现了10多年了， 这个德国医生的链接的文献没有说是良性的， 你自己看看
下面德国医生附上的文献。我不是医生，我看不出来说这个变异是良性的。你如果愿意
看看我家宝宝cpt2的两个结果， 一个1.5%酶活性，一个15%酶活性，跟下面的温度相关
吻合得多好。
我家宝宝的下降更多，大概是因为他的变异更多。这个特征的变异很多年了，但是
cchmc和Baylor都没有查出来。你说说他们不知道？！
Here the excerpt von OMIM regarding this mut... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 3 yangyi和aning我没有跟她/他斗， 我劝你们好好看看德国医生给的参考资料, 这个资
料你怎么得出是benign的结论的：
0018 ENCEPHALOPATHY, ACUTE, INFECTION-INDUCED, SUSCEPTIBILITY TO, 4
CPT2, PHE352CYS AND VAL368ILE [dbSNP:rs2229291] [dbSNP:rs1799821] [ClinVar]
Chen et al. (2005) found an association between 2 thermolabile polymorphisms
in the CPT1 gene and susceptibility to infection-induced acute
encephalopathy-4 (IIAE4; 614212) in Japanese children. The variants were a
1055T-G transversion, resulting in a phe352-to-cys (F352C) substitution (
rs... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 4 我可以跟你说这个写这个文章的医生是一个十恶不赦的王八蛋！因为这个德国医生就是
跟西雅图儿童医院勾结的个婊子养的畜生。
这是我的信：
Von: Andrew Xie [mailto:[email protected]/* */]
Gesendet: Montag, 19. September 2016 13:24
An: Wieser, Dr. Thomas, Chefarzt
Betreff: RE: Question on a benign mutation / NM_000098.2(CPT2):c.1102G>A (p.
Val368Ile) Simple - Variation Report - ClinVar – NCBI
Dear Dr. Wieser,
Thanks for your reply.
In the link it says 3 sources reporting ‘benign’ :
1. GeneDX on May 29, 2013
2. Emory Genetics Laboratory on Apr 16, 2014... 阅读全帖 |
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S*****s
发帖数: 287 | 5 谢谢你的回答。这是我心里的一个疑问，而且如果老鼠是在你博后期间做出来的，老板
应该会让你带走一些，这样你自己开张之后也可以启动的快一点。你的计划的确满务实
，怪不得 committee 赞同。我对心血管所知甚少，不过我感觉你说的三年不做老鼠时
间有点久。建议你在做细胞和生化的时候如果可以用到 wildtype 的老鼠尽量先开始在
wildtype 老鼠里面开始做一部分实验，哪怕是培养的 wildtype 组织也好。wildtype
的老鼠一般都不贵，随用随买都不一定花很多钱，但是可以把你的实验尽早展开到 in
vivo 的系统里面。而且培养的细胞做出来的结果很可能和 in vivo 组织里的结果不
一样。我的一点建议。希望前辈科研路上越走越顺利！ |
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g***n
发帖数: 14 | 6 谢谢你详细的回复
我的mutant实际上还有很多noise，原因是我的线虫体外回交成功率极低，这也是为什么
而且，我研究的线虫基因组还没有发表，所以也没有common variants数据库了，我这
个搞非模式生物的也只能流口水
所谓的wildtype A和B，是同一个isolate里发现的，理论上来说genome的variation很
小，测序数据也证明了这点
其中一个问题是，两个wildtype的差异基因很可能是控制上游表达的，而mutant中的
candidates基本都靠近下游。这是通过研究c elegans的ortholog 得出的结论。但不是
很肯定，因为线虫间的差异很大。
另外，我手上还有两个wildtype在stage L2的transcriptome，这个stage是所谓
phenotype的决定期。通过分析发现不到30个基因差异表达。有没有什么方法可以把
genome和transcriptome放在一起做个cross analysis的？
你上一个回复中提到的structure variation，是指rna的还是蛋白的？是怎么做呢？如
果有已经发表的文章，能不能给... 阅读全帖 |
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S*****s
发帖数: 287 | 7 我想搞清楚一个在细胞质内的突变蛋白是怎么被降解的。这个蛋白的野生型有两种
alternative intron splicing 的 product，姑且叫 wildtype 和 wildtype2 吧。我
在 293 细胞内表达两个 wildtype 和 mutant 蛋白，然后用 proteosome inhibitor
（Lactacystin) 和 lysosome inhibitor （Chloroquine, Leupeptin) 来处理细胞。
实验结果发现 Lactacystin 处理之后 wildtype 蛋白含量不变，wildtype2 含量升高
，但是 mutant 蛋白含量下降了。Chloroquine 和 Leupeptin 处理之后也不见 mutant
蛋白含量升高。Excel 的分析图也随帖附上。这样我就搞不明白这个蛋白是被什么降
解的了。请问版上的各位大牛能不能指点一下，下一步应该从什么角度去研究蛋白降解
？先谢谢大家了！ |
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j********r
发帖数: 156 | 8 I was asking which oncogene upon overexpressing in its wildtype form
is able to transform (any nontransformed cells). Primary non-
immortalized cells obviously require more than one hit to become
transformed. But I have been wondering if one of the hits could be
simply the overexpression of a wildtype protein. RTK such as Her2
seems one such an oncogene, although wildtype Her seems not
transforming cell efficiently. Are there any others, especially non-
RTK gene?
Thanks for the insightful reply.... 阅读全帖 |
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j**W
发帖数: 89 | 9 因为用Ｐ３－Ｐ４做的PCR，所以做sequencing的fragment应该含GFP，不会是wildtype
allele.
但是用P1做sequencing得到"wild type sequence" (不是wildtype allele),并且都过
了该是后面的loxP的地方但是还是没看见loxP。
又不是wildtype allele，后面的loxP又不见了， 所以就只能是我图上画的mis-
targeted allele这个四不象了。
我不知道还缺什么信息。不好意思。我现在说清楚了么？ |
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M*****n
发帖数: 16729 | 10 看看是不是SNP.
表以为别的species是S， 你这儿就没有SNP。
S变成T的SNP是常见的。
现在Genome测得多了，所谓的wildtype是相对的，没有绝对的wildtype.
所谓的reference 其实是most common variant，不是绝对的wild type. |
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q***7
发帖数: 144 | 11 我建议他应该第一次用GEL回收，这样第一步就去除了绝大多数的GENOMIC DNA，然后后
面看情况。如果还是有很多的杂带，还是要用胶回收，然后再做PCR。
另外，找你wildtype allele上有但KI allele上没有的酶切位点的那个酶消化一下的
PCR产物，胶回收后再做PCR，这样去除了wildtype allele信号。
如果PCR产物不纯，肯定测不出东西来。信号就乱套了。我曾经测过不纯的质粒，都有
测序引物结合点，结果什么信号都没有（很弱的杂信号）
另外，你说的BLAST一堆位点，这可以提高一下退火温度就基本上可以解决。因为他们
是部分binding。 |
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m****M
发帖数: 360 | 12 你的P３肯定在GFP上吧？你用P３和P４扩heterozygous只能扩出一个targeted allele
呀。不可能扩出Wildtype allele呀。用P１做测序引物，前面一点肯定是Wildtype序列
呀（不太确定具体多长，也不确定你具体短到何种程度，看到Exon1了吗？）。我建议
你在GFP后面的序列上设计两个相反的引物进行分别测序 |
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g***n
发帖数: 14 | 13 小弟我研究的是寄生线虫。我的课题基本是找一个phenotype的相关基因。
我手上有两个wildtype (A和B)，phenotype在这两个wildtype之间的表型非常不一样，
A为0%，B为100%
用A做突变体，筛了几个phenotype在30%-40%之间的突变体。
然后对全基因组测序，拿到差异snps
请问有什么方法可以确定最有可能的基因或者最有可能的snps吗？
急等毕业，可是本来做数据分析的合作者换工作跑路了，指望不上了。
求教各位指点一下后续分析的方法，小弟在此拜谢了！ |
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u*********1
发帖数: 2518 | 14 我是以一个线虫为基础，做了一些突变体，所以每个线虫都是有血缘关系的
这个在我眼里是多么求之不得的事情。这就好比你做tumor variants的分析，你有
tumor和control，那么这个control样本可以帮你排除掉ＮＮＮＮＮ多的noise；直接看
看mutant都出现了什么新的SNP所以导致了phenotype
这是做cancer genomics最爽的地方，因为有天然的control；而我们做一般complex
disease的就只能依靠common variants的数据库了。
不过我不太明白的是为什么A和Ｂ两个wildtype的phenotype如此不同；既然是wildtype
那genome难道会有很大差别么？（可能是很silly的问题因为我是外行）
anyway，先找到只在mut里产生的variants，做点annotation，或许你就已经找到了你
想要的东西，不用去care什么association power了 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 15 是。从single-replacement的“Wildtype"copy情况看，两个guide sequences都起了作
用。之所以加引号，是因为没有真正的wildtype，两个dsb上独有indels.
本意是让想用CRISPR作point-mutation的注意risk,没有筛选的情况下概率太小了一些
。我自己的概率是1 out of 1000左右呢。我看了biotechnique的那篇文章，也差不多
。所以，提醒一下。 |
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发帖数: 1 | 17 2型糖尿病起因现在还没有确切定论。你要是个内行你说说看。
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:你们外行们吵来吵去，
:连论据和论文都没有， 也不列出来
:基本都像文改小将 |
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发帖数: 1 | 18 总结的好
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:说句老实话，老将和倭寇永远是同一个战壕里的战友。 |
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发帖数: 1 | 20 感觉只要说谁好贴主就踩谁。下回要说邓华李作鹏牛逼，他估计会搬出粟一将和韩先楚
来贬低之。老韩就不说了，是个上将，共军一打上将，不知道正常。可是要是连大家公
认牛逼的粟一将都黑，我只能说日了狗了。
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:不要贬低粟大将，如果不是病魔缠身，
:粟大将才是抗美援朝志愿军的司令，彭和林都不是。 |
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发帖数: 1 | 21 读书读傻了的感觉。
特别一厢情愿。
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:沈志华就是个白痴,
:就连韩国不是一个主权独立的国家都不懂呀！ |
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发帖数: 1 | 22 也不一定傻了，可能是第五纵队。
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:一个白痴也能到处招摇撞骗？
:嘛逼的， 啥世道？
:哈哈哈哈哈哈哈哈哈 |
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发帖数: 1 | 23 野鼠有个屁战力，除了被虐还是被虐
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:他们既不会开天劈地，也不会补天，战力不行。 |
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c**a
发帖数: 47 | 24 亚男
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:说明
:1 亚女大厅的少或 |
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v*********u
发帖数: 10464 | 25 肯定热销，我坚决买盗版
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:好！
:出版床总统语录（全集）有希望了。 |
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b********6
发帖数: 35437 | 26 你高估原子弹的威力了，而且苏联的坦克一次冲锋就可以把欧洲推平。冷战的50年欧洲
就没干别的事，只想苏联的坦克推过来怎么办
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:当时只有美帝才有A蛋，
:谁不听话， 就怒克谁，
:苏联根本就无能力反击 |
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J****i
发帖数: 470 | 27 属实。中央委员都不能妄议中央，何况屁民
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:你们一不在天朝， 二不向天朝交税！
:你们就是是汉奸卖国贼!
:你们凭什么？有什么资格乱议天朝？
:哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈 |
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B*Q
发帖数: 25729 | 29 你傻
几中营里比外面安全
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:老将们可以在额头刺字："我是日本人"。
:这样也许能蒙混过关吧？ |
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J****i
发帖数: 470 | 30 地主和管家
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:中帝和美帝之间的正常关系是什么？
:就是两个亲兄弟交恶分家：互不来往。 |
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发帖数: 1 | 31 国家崛起了
p民还落后着呢
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:好像天天都在吹倔起来了! |
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发帖数: 1 | 32 祖国啊 等等你的批名吧
: 国家崛起了
: p民还落后着呢
: [在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
: :好像天天都在吹倔起来了!
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s*****r
发帖数: 43070 | 33 嫖是国学传统，几个文人不爱嫖
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:南娼大学的国学院长咋了？
:搞中文太无料，搞不下去了？
:要从潜规则女生中获得灵感吗？ |
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发帖数: 1 | 34 还是 特朗普京 更伟大
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:普京
:1 灭了乌克兰白匪，
:嘛逼的， 普京真伟大！ |
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发帖数: 1 | 35 让欧洲人学会吃臭豆腐，哈哈
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:欧（盟）洲人也学会吃大豆了？
:那么多牛肉咋办？
:要教会印度人吃牛肉如何？ |
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发帖数: 1 | 36 想起一个小品
豆腐变成豆腐脑豆腐花变成豆浆，哈哈哈
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:让欧洲人吃臭豆腐宴? |
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发帖数: 1 | 37 中国也是受益者，即使经济发展停滞，至少不用倒贴破坏环境贱卖劳动力发展经济，这
种断子绝孙的发展模式不改变，中国也是迟早完蛋
哈哈哈
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:中美之战的最大受益者
:1 印帝
:印度一旦借机厥起，美帝的战略就大错特错了，因为美帝会发现印帝比中帝更难对付
和打交道，就连反共的大旗也打不起来。
:趁机复苏，兵发中东， 控制中东，报一箭之仇
:有中帝抗着，欧盟可从两方都得好处。
:中非联军兵发美洲 |
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x**m
发帖数: 637 | 38 贱, 贱, 贱!
发信人: Wildtype (Tim), 信区: Military
标 题: Re: 根据当前的国内外局势, 毛主席会咋办？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Aug 3 17:36:36 2018, 美东)
风云突变，
美帝重开战，
撒向天朝都是怨，
一枕黄粱再现。 |
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发帖数: 1 | 39 Trump在亚洲挺弱的
好像就最近才开始，印度，阿联酋迪拜
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:天朝有没有Trump Tower？ |
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发帖数: 1 | 40 复旦被王沪宁拖累了？
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:最新名校前四名
:1 北大 |
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发帖数: 1 | 41 走了狗屎运了。连曹自己都不相信能赢。
还有 袁绍失败侧面说明了不解决继承人问题 带来的隐患有多严重。
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:曹操北伐大胜是史上极少有的大胜。 |
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发帖数: 1 | 42 这是给在美国的选民基本盘宣誓用的 表示 打种族主义牌。和南非其实半分毛线关系都
没有
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:老床御驾亲征， 兵发南非？
:总不能看着南非白人同胞受难，见死不救吧？ |
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s*****r
发帖数: 43070 | 43 骚啊，比女学生有劲
主要还会唱京剧，城里的女学生有几个会学唱戏
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:难道天下就无美女了？ |
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发帖数: 1 | 44 BaddestMan来自 mitbbs
"Zmimy, 请履行你的赌约, 详情请见本贴
2018-01-01 06:06
个人给你个9折, 你只需要付$45
请在3天内把$45的Paypal Cash code 发到email:
[email protected]
Paypal cash card are sold in CVS, Rite Aid, Fred's, Dollar General, Family
Dollar.
发code后请在版上发帖让我及版上各将军知道.
我收到钱后, 将以版上老将和小将们的名义捐$50给慈善机构, 个人帮你倒贴$5.
仁至义尽了吧？ 请履行你的赌约吧"
xwzxjhq 发表于 2018-01-01 06:12
尼玛，坏人确实仁至义尽。大咪咪，愿赌服输，拿出之前你指点江山意气风发的样子，
做一个新时代的老将
dimorphism 发表于 2018-01-01 06:32
五块钱给大咪咪买煎饼吃了
dragonfly 发表于 2018-01-01 06:36
我老赌10伪币，赌大咪咪不会掏钱
BaddestMan 发表于 2018-01-01 11... 阅读全帖 |
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s*****r
发帖数: 43070 | 45 有几个不敢拉的
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:嘛逼的，
:这是啥情况？ |
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B*Q
发帖数: 25729 | 46 唱完以后
老小将们就该搞基了
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:当老将唱和小将都唱着首歌时，是不是要武斗了？ |
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s***c
发帖数: 1926 | 47 深度学习，埃尔法狗？
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:大家拿都有啥？
:大家拿除了窝藏的贪官，
:火烧了白宫一次,
:基本就没别的东西了吧？ |
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s*****r
发帖数: 43070 | 48 官员要自律，商人数百吧
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:公认的贪官上过果妞的记录好像是150左右。 |
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s*****r
发帖数: 43070 | 49 索男晚生二十年，厂长总工的闺女，睡起来有自豪感吧
[在 Wildtype (Tim) 的大作中提到：]
:为什么大江大河中的凤凰男很吃香？
:嘛逼的，
:原因太简单了，
:当年77级的录取率只有5%！！！！！
:如果现在的录取率还是5%
:那么， 现在的大学生照样会很吃香 |
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x****6
发帖数: 4339 | 50 熟食，叔也是这么看的
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：【 在 Wildtype (Tim) 的大作中提到: 】 |
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