n******r
发帖数: 492 | 1 去年很火的NASA那个以砷代磷的文章，结果怎样了？ |
|
i***s
发帖数: 39120 | 2 NASA新发现的细菌引来生命定义大争论，这几天全球科学家阅读了NASA这份报告后，表示报告存在“严重漏洞”，一些简单必要的实验步骤并未进行，将直接影响该项研究的可信度。中国专家陈均远认为"会吃砷不稀奇"NASA报告重要方面"语焉不详"。
“这个庄严、沉静、帆影杳无的大海――这个地球上最凄凉角落里的最凄凉居民……”马克?吐温在《苦行记》第三十八章如此描述莫诺湖。被马克?吐温称为 “最凄凉居民”的莫诺湖，最近却因全球瞩目而沸腾。在这个没有任何鱼儿可以生存的寂寞的湖里，科学家却发现了一种奇特的新生命，它们仿佛来自外星球――因为它们居然能够利用剧毒的砷，也就是俗称的砒霜，来进行新陈代谢！
吃砒霜不但没有被毒死，还能用它来维持生命？这可不是科幻小说里的情节。本月初，美国宇航局NASA的天体生物学家公布了这一发现。如果这个结果被确认，那么“生命及生命存在于何处”的定义将被扩大。也许，浩瀚的宇宙中，还有更多的外星生命，它们所需的生命基本元素真的与我们不同？
“外星”细菌并非来自外星球
而是能在地球上用第七种元素来合成生命的生物
“外星”细菌究竟是怎么回事？难道，它们真的来自外太空？其实并非如此。它们... 阅读全帖 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 3 1. 好氧细菌（16S rRNA鉴定）；
2. 不是严格的嗜砷生物（not obligate arsenophile）；
3. 此菌在磷存在的条件下生长得更好；
4. 在As+/P-的条件下，细胞中还是含有一定量的磷（从试剂中带入），但砷大概是磷
的7.3倍（文章中显示砷的测定不是很准确），而且此数量的磷据推测不足以满足细菌
生长的需要；
5. As+/P-条件下生长的细胞比As-/P+条件下生长的细胞大，主要是由于产生了PHB；
6. 作者通过实验证明As分布在细胞的各个部分，包括DNA, RNA, protein, lipids和
metobalites（放射性深和磷的分布）;
7. 作者讨论提到尽管含As的代谢物尽管相对于P而言很不稳定，但他们推测此菌有一套
应对的方法，比如说利用PHB的疏水环境。 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 4 不过只要数据真实，而且下面的实验证实了砷的确替代了磷，即使是部分替代也还是很
有意义的，估计围绕这个菌有养活了一帮人，呵呵。不过做实验的人惨了点。
记得好像2005年Science上有一篇文章说找到了最嗜热的微生物，121度生长，能耐热到
130度，还取名Strain 121，但这么多年过去了好像没有一篇后续文章。希望这个菌不
要也太监了。 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 5 他们做的这个细菌也不是很特殊，以前已经分离过，但是这次分离的环境比较特殊而已
（高砷低磷）。
大伙赶紧试吧！ |
|
s********n
发帖数: 2939 | 6 要是真的证明这些酶(DNA，RNA聚合酶和激酶等)需要在疏水的环境下才能利用砷的底物
就牛大发了。呵呵。 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 7 应该是无水环境，貌似这些含砷的代谢物在无水环境下相对稳定？ |
|
Z**********g
发帖数: 222 | 8 以前用于证明3'-5'磷酸二酯键的方法，现在也可以用来证明此细菌的核酸是否通过3'-
5'砷酸二酯键连接的，这可能是直接证据？ |
|
y***i
发帖数: 11639 | 9 看了一下原文，medium中原本有3.1um的磷酸，然后所谓的As+/P-的条件是指这个
medium加了 5mM的砷酸。不是没有磷。
估计这个细菌抓磷酸的效率很高。 |
|
s*********y
发帖数: 387 | 10 基本回答了很多尖锐的comments.
如果他们的结果是可信的，的确将是对生命科学的极大的推动，将会有海量的跟进工作，
能做的太太多了，基本上所有的跟磷有关的都可以重新来过，按照砷的口味！ |
|
b****r
发帖数: 17995 | 11 不错
不过我觉得关键还是其遗传物质里是不是不要磷就可以转录和复制，还有激酶怎么搞
这种细胞水平的东西还让让人觉得有点悬乎 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 12 看了文章后再看那些新闻就觉得比较扯蛋(arsenic based life)。
开始还以为完全没有磷呢，看了文章才知道还是有的。 |
|
|
h****g
发帖数: 439 | 14 其它正常的生物在As+/p-的环境中是不是也可以慢慢进化,从而变成AS生物。 |
|
|
y***i
发帖数: 11639 | 16
才7.3倍，太失望了。我还以为没有什么磷了。 |
|
m**z
发帖数: 787 | 17 Don't know if anybody agrees with me...
I don't see any direct data showing a molecule with covalently As instead of
P, such as mass spec data showing a DNA molecule with As not P. Most of the
arguement in the paper appear to say: if our model is right, xxxx will
happen. We observed xxxx, it is consistent with our model... |
|
s********n
发帖数: 2939 | 18 按照文章给的几个数据和一些常数计算了一下：
background P: 3.1 uM
cell density: around 3E7 cells/ml
bacterial cell dry weight: 1E-12 g/cell
假设有1 liter culture，
P amount: 3.1 uM x 31 g/mol x 1 liter =96.1 ug
cell dry weight: 1E-12 g/cellx 3E7 cells/ml x 1000 ml=30 mg
假定培养基里的磷全部被利用，那么这些磷占细胞的0.32% (96.1/30000)，好像也不是
很少啊！
大家看看有没有什么问题？ |
|
m**z
发帖数: 787 | 19 偶老板也说 3.1 uM 的P其实不少了。。。我觉得也是 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 20 所以我觉得现在还很难说As是否代替了磷，也许有可能只是一些修饰而已。 |
|
m**z
发帖数: 787 | 21 en, 我前面回帖说了，这篇文章好象缺少最直接有力的证据 |
|
|
m**z
发帖数: 787 | 23 haha, 老板也说这个有相当成分是在吹，可能是NASA想从政府拿到更多funding |
|
a***a
发帖数: 40617 | 24 我自从看了dan brown的inception point
就对这种nasa阴谋论深以为然 |
|
C*******e
发帖数: 4348 | 25 希望他们二月份的paper会有更直接的证据在里面
不过不管怎么样，这个细菌在含40 mM AsO4(3-),5 uM PO4(3-)的培养基里能传代
还是挺unique的 |
|
|
C*******e
发帖数: 4348 | 27 据说他们有片paper有更直接的证据明年二月份出来 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 28 感觉他们这个细菌估计也不是很unique，那那些和它同属的说不定也有相似的性质。 |
|
a***a
发帖数: 40617 | 29 其实有趣的问题是同学们认为什么叫“直接的证据”
如果As跟Se一样有很强的anomalous diffraction
那结晶学将会是最直接的证据
圈内人士可以猜猜哪个晶体学的lab在做这个。。。 |
|
m**z
发帖数: 787 | 30 some mass spec data on either small molecules such as ATP, lipids or
macromolecules such as DNA or RNA? |
|
s********n
发帖数: 2939 | 31 Agree，3D结构还是gold standard，感觉MS还是间接的，很难说明到底是As取代了P还
是只是As修饰了DNA和其他分子而已。 |
|
|
z*h
发帖数: 773 | 33 When I was graduate, I did plant cell culture without phosphate. Clearly,
cells grew by several-fold without phosphate or arsenic. Can I claim that a
special plant cell culture can grow without phosphate, only five elements
needed. The real trick is that the plant cells store a lot of phosphate in
the initially-tested cells. The NASA paper may have the same situation.
Some one has commented this possibility in the same issue of Science.
Clearly, Science editors are zo shameless to ignore this... 阅读全帖 |
|
z*h
发帖数: 773 | 34 Even As can replace P as a component of DNA, which is not as important as
they claim. If As can replace P in ATP, it will be a great discover. My
guess is impossible.
Why arsenic is toxic? Because arsenic can replace phosphate, resulting in a
breakdown of ATP generation. So, this paper is nothing based on available
evidences. A reminder is that Science editors are academic losers because
they cannot get a faculty position in any decent university. |
|
w**********9
发帖数: 242 | 35 I am wondering if As could form C-As-As-As bonds, if it does, is there any
energy released from the breakage of As-As bond ? |
|
w******y
发帖数: 8040 | 36 谨慎估计， 这次science抢风头有相当可能悲剧了
这么天翻地覆的发现， 居然没有分析化学的直接支持就发出来了 |
|
O******e
发帖数: 4845 | 37 是NASA在努力制造新闻以期经费不要被砍太多。 |
|
a***a
发帖数: 40617 | 38 感觉这几个“scientist”都是二把刀啊，没受过很好的training |
|
|
f**u
发帖数: 346 | 40 我倒觉得如果As在ATP（或者不管你怎么叫它）里面的话倒不是什么重大的东西。
我觉得在这种菌里面如果有一部分的ATP里面有As的话那是一点也不奇怪的，
As键里面也是有能量的，但是细菌能不能，或者再多大程度上能利用这里的能量，
那是另外一回事。所以即使ATP里面有As，可能只是细菌能tolerate一部分，
我不相信细菌里所有的ATP里的P都能被As取代。
但是DNA可不一样，这么重要的分子里面如果有As，DNA的链会变得很脆，
即便是细菌仅仅是可以tolerate，那也是个挺了不起的发现。
如果证明细菌可以利用DNA里的As和P的区别来做点什么事情，那更是意义重大。
a |
|
|
s******s
发帖数: 13035 | 42 ATP也不容易啊。
要知道能量只能从高往低传，这个ATAs的能量估计比ATP高，
那么怎么保证糖代谢产生的能够制造ATP的单位能量足够制造
ATAs呢？反之，如果ATAs能量低，怎么保证这份能量足够推动
下游生化反应呢？
所以，这个就是我前面说的compatibility。一旦有变化，
整个系统都要变化，所以多半不是一两个基因发生进化，而是
整个系统有一个global的switch |
|
s********n
发帖数: 2939 | 43 我倒是没有在他们的文章里看到什么cross contamination的问题，我估计他们应该有
做series transfer的，但现在觉得最大的问题还是background的磷浓度还是太高。
a
in
do
can
. |
|
s********n
发帖数: 2939 | 44 DNA固然重要，但其他的生化过程能够被As取代其实也是很令人惊讶的! |
|
k****o
发帖数: 589 | 45 搞点engineering说不定能够彻底撤掉磷供给。 |
|
s********n
发帖数: 2939 | 46 最近对这篇Science文章很多负面评论，你可以考古一下。
我们正在热切关注下一步的进展，看看有没有相关的文章出来，希望不要又太监了。呵
呵！ |
|
|
|
s******s
发帖数: 13035 | 49 估计是吧。原来不是说两月份有更多data出来吗，现在已近四月了。
NASA最近是不是拿不到funding，忽悠明显增多 |
|
|
