t*****t
发帖数: 773 | 1 给推荐一个TF结合位点分析的网址吧。
第一次用， 谢谢了 |
|
d*******n
发帖数: 6 | 2 我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？ |
|
H*g
发帖数: 2333 | 3 A simple answer is" no,very unlikely".
A complicate one is "who knows", find more evidence, form your own
hypothesis and related aims; then, go ahead to test it. Even you get yeast 1
-hybrid as well as gel shift to show the binding, you still need to show
such binding is biological meaningful.
我做植物中的转录因子A。在另一个基因B内含子中发现两个A的潜在的结合位点，而且
距离很近，构成回文序列。请问B是A的下游基因的概率高吗？ |
|
W*****o
发帖数: 1780 | 4 发现以前annotate的一组基因有错，有提前终止的stop condon.
但基因是intronless的，表达量很低，用RNAseq只检测到少数几个，都证实了有提前终
止的stop condon。为了拿出更多的证据，觉得需要做3‘RACE，但基因表达量太低而且
可能根本不表达，除此之外还有什么好办法证明有提前的终止位点。一般的RT-PCR是没
有办法排除DNA污染导致的PCR产物（intronless)。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 5 >有可能在不同的条件下可以变换被ubiquitination的位点(从一个lysine换到另
一个lysine)。
Yes, pls check PMID 22588506,
HTTP double dot//www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/sites/weizmann.ac.
il.sb.faculty_pages.Levy/files/c2mb25052g.pdf
or
Hagai T et al., (2012).
The origins and evolution of ubiquitination sites.
Mol Biosyst. 8: 1865-77.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22588506
its Fig. 3 attached here. |
|
W*********n
发帖数: 775 | 6 这里我说的是基因“转录因子结合位点”。 您不是说转录因子结合到染色体A上，也能
调控染色体B上某基因的转录？ |
|
W*********n
发帖数: 775 | 7 谢谢阿。是我原文表述有问题，漏掉“结合位点”了，后来看了你的回文我赶紧修改了。 |
|
t*****z
发帖数: 1598 | 8 首先，transcription factor指的是蛋白质，不是DNA序列。我想你说的是
transcription factor binding site (TFBS)。
TFBS哪里都可能有，对于一个基因有影响的，通常可以分成两类：增强子（enhancer）
和启动子（promoter），两者的区别是：启动子必须在转录起始位点（TSS）附近，而
增强子的调控作用和它到TSS的距离无关（当然，越远越弱，但不是远了就没作用）。
启动子包含了核心启动子和周边的一些其他TFBS，一般你只要从TSS上数1000bp，下数
500bp，就算基本上肯定包括整个启动子了。
增强子么，上游很远都有可能，甚至在内含子里和下游都有可能。
一般认为编码序列不包含转录调控原件。但是也未必，好像最近有一篇文章说到某个序
列既编码又调控。不过一般而言，编码序列可以无视。 |
|
t*****z
发帖数: 1598 | 9 启动子和增强子的生信预测是很不靠谱的，仅供参考。你可以用Jaspar、MEME之类的网
站试着分析你的基因附近有那些结合位点。不过不必太当真。 |
|
S***A
发帖数: 133 | 10 nod.
保险起见，转录起始位点向上1.5kb足够了。
增强子与距离和方向无关，因为结合它的蛋白可以直接结合转录因子，也就是说可以把
DNA折回来。 |
|
f*******d
发帖数: 92 | 11 虽然做了很多年生物，但是惭愧都没有构建过stable cell line， 做之前请教一下做
过的前辈们。看到一些protocol说要先linearize plasmid， 怎么选择位点呢？酶切之
后能用换buffer的那种column 来clean up吗？
此外HEK293T可以用pCDNA6来构建stable cell line吗？
谢啦～ |
|
m*********D
发帖数: 1727 | 12 看你的selection marker和要表达的基因是不是在同一个vector上。不是的话，你两个
都要切。
以前作knockout的时候，读过的资料是这么解释的：所有integration都是因同源
sequence导致的。一个圆的plasmid,一个点和genoome的一个点match后，integration
往往就是一个copy进去，而一个线性的DNA片断，往往会有很多拷贝进同一个点。你要
有两个plasmid，你就只能切了，不然，两个不同点的integration很难同时在一个细胞
里发生。我作stable,都切，希望一下子能多进几个拷贝。另外，环状的plasmid的
integration可以发生在plasmid的任何地方，如果正好发生在你的expression
cassette之类，就是integrated,也可能不表达你要的东西。
切点很容易，就是找一个酶位点，只要在你的expression cassette（包括你自己的基
因和selection marker)之外就行。你知道vector的来源的话，一般公司的网站上会有
map告诉你这些cassette的起点和终点的... 阅读全帖 |
|
D***a
发帖数: 516 | 13 amp抗性的质粒可以选择scaI或PvuI
kan抗性的可以选择puvI，NruI或SspI
都是细菌抗性基因上的位点。 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 14
切之后的效率会高一些。切的位点离你的基因的两头越远越好。 |
|
l*****7
发帖数: 8463 | 15 根据目前已知的,CRISPR和ngAGO的作用机制有相似之处。
它们的相似之处在于:
作用位点都是 DNA－RNA hybrid （双链）
这样的话，从理论上讲，无论用DNA 或RNA 做引物，应该都有作用。
用RNA做引物切DNA；用DNA做引物切RNA。
可能有遗漏和忽略之处，还请指正。 |
|
发帖数: 1 | 16 What is 疾病位点?
I'm thinking of a logistic regression including all of your genes. After
finding OR of each gene, what is your next question? |
|
R******d
发帖数: 1436 | 17 可以啊，现在的问题是ROC也得重新算，因为不能用几个单位点的ROC得到多个位点联合
的ROC |
|
发帖数: 1 | 18 #注明译者，请随便转载：）
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德（Eric Lander）
小鹿／译
三年之前，科学家们宣布，CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此，这项技术手段已然震撼了科学界，数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而，从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始，到确认这种
现象为适应性免疫系统，进而对它的生物功能特性的了解，直至开发为一项基因工程的
技术，这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白，它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事，并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
，科学家宣布，CRISPR系统，即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统，可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域，如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型；... 阅读全帖 |
|
O**W
发帖数: 58 | 19 以下无责任转载，请各位将军研判。本人非钱老不保证正确性
--------------------------------------
宿主目前可以看到的比较接近的是蝙蝠和穿山甲。
但这两个宿主，其身上携带的病毒，跟这次出现在人类身上的，都有着不一样的地方。
根据SZL课题组于2020年2月3日发表在Nature上的文章（2020年1月23日，该文章发表在
预印本网站BioRxiv）指出，蝙蝠冠状病毒RaTG13 （Bat CoV RaTG13）和新冠病毒在全
基因组层面的序列相同度（sequence identity，也常被称作序列一致性，但不应称作
序列相似性）高达96%。
但在关键的刺突蛋白（图中简称S）上，却又是序列相同度最低的地方，特别是刺突的
受体结合区域（receptor binding domain，简称RBD）。
目前已知的病毒中，蝙蝠冠状病毒RaTG13（上图蓝线）和新冠病毒最近，全基因组层面
的序列相同度达96%。但在关键的刺突蛋白（S）的受体结合区域，序列相同度最低（~
90%）。上图横坐标是新冠病毒基因组核酸位点编号，纵坐标是核酸序列相同度，图片
来自石Zl课题... 阅读全帖 |
|
y****g
发帖数: 36950 | 20 当然有，而且有两个不同分析，反正我没有治病风险
位点概况：13个致病性BRCA1/2突变
人群信息：全球
参考数据库：文献，ClinVar，BIC
性别：不限
局限性：
1. 就13个，还有好多好多；检出率（灵敏度）受限；
2. 仅考虑BRCA1/2， ATM/CHEK2等未考虑；
3. 数据结构问题可能出现错误，望大家反馈
俺说说：和前面的26位点易感位点风险评估，这个就准啦，没有检出是正常的，有检出
的就有问题啦。
1. 文献指出携带BRCA1/2致病性突变乳腺癌的终身发病率约50%，如果有家族史，终身
发病率可达80%！
2. 男性携带突变一样会有潜在的乳腺癌、前列腺癌等风险，只是相对发病率较低！
3. 如果检出，杂合体向下一代传递概率50%，纯合体（这种可能很低）向下传递概率
100%，子女应做检测以确认！
4. 携带BRCA1/2突变，对PARP靶向药物敏感！
基因检测结果
未发现致病位点
=============================
位点概况：26 个与乳腺癌相关的 SNP 位点
人群信息：东亚人群显著相关
病例 vs 对照： 11,760 vs 11,612... 阅读全帖 |
|
s****n
发帖数: 8912 | 21 虹桥科教论坛 http://www.rainbowplan.org/bbs/edu
(一)
中国青年报真是超级垃圾报，太烂了。
虽然绕毅那段话在公开发表于2002年《南方周末》的文章中被删减了，但是，带有
这段文字的全文还是公开于新语丝了。
上次方舟子抄袭颍河发表在新语丝上的早年文章。这次，他有抄袭绕毅发表在新语
丝上的早年。
人家说，兔子不吃窝边草。看样子，方舟子是专吃窝边草啊。
这次不要又告诉我们是”因记忆深刻“导致的“误读”啊。
******************************************
·方舟子·《 DNA鉴定历史人物的身世》（《中国青年报》2007.5.16.）
这样的研究有时还能有意外的收获。在研究沙皇一家的DNA时，无意中发现了一个新
的遗传现象。该研究比较的是细胞质中的线粒体基因顺序。细胞核内的基因来自父母双
方，遗传时会发生重组，而线粒体基因属于母系遗传，由母亲一方传给下一代，遗传时
除非发生基因突变，一般不会有变化。但是研究发现，尼古拉二世的线粒体基因
有一个位点和他姨... 阅读全帖 |
|
n****o
发帖数: 2339 | 22 这个明显有误导。
楼主这种文盲一看，哇，就是八个男的生的啊。
其实不是，而是比如开始有1000男的，其实他们的基因很多都一样传下来了。这里面这
1000个人的基因互相混合（通过和女子结婚，后代又混合，以此类推），生了几万人，
这几万都是这这1000人的基因混合体。结果遇到了大的灾难，部落人少到50个男人，然
后有FOUNDER效应，最后看起来就几个男人甚至一个男人的某个位点传了下来。但是
其实其他基因上，这上面1000个人对这个这些后代都有贡献，这个男人的Y的上面那个O
是一个人贡献的，但是其他所有位点，都是这1000人里面大量的其他人提供的。每一个
位点的这种FOUDNER效应发生在不同的年代。所以不存在一个男的突然把他的所有位点
都穿下来了。
所以如果你对人基因上几万个位点进行追溯祖先，会发现每一个位点的那个源头不一定
是一个人，我们每一个人都是很多祖先的混合。O，O3等等只是一个标记，不是说有这
么一个真的男的后代突然垄断了所有男性。而只是说人类有很长一段人口很少，所以在
基因混合过程中，往往一个位点是比较容易来自一个男性而已。
这八个男的是对Y上的那个位点说的。要是换个位点，就... 阅读全帖 |
|
y****g
发帖数: 36950 | 23 你们忘了我上次贴的了嘛
最近上映的电影《刺客信条》中有一段说，所有的刺客都拥有MAOA基因。
它决定了刺客自由的意志，以及暴力的倾向。 只有伊甸苹果才能控制人类中拥有这个
基因的人群。消除这个世界的暴力。
什么是MAOA基因呢？
早前的研究认为低效能单胺氧化酶基因型（MAOA）（即导致脑部单胺氧化酶含量偏低的
基因型）（暴力基因）与冲动有关。单胺氧化酶A的一个重要作用是平衡大脑中5-羟色
胺的分泌。5-羟色胺的浓度水平会影响到人用来控制愤怒情绪的脑部活动区域。
因此，MAOA基因表达量的高低，直接影响个体的情绪水平，进而对其行为产生影响。
MAOA基因能够调节大脑中一种分解多巴胺和其他神经传导物质的酶的活性，类似于抗抑
郁药含有的“感觉良好”化学物质。低表达型MAOA基因可以提高单胺的水平，这使得大
脑中这些神经传导物质的数量更多，有助于振奋心情。
研究显示，低表达的MAOA基因容易导致酗酒、攻击性和反社会行为，它甚至被一些科学
家称为“战士”基因，但是对于女性来说这种基因也有积极的作用，它能够使女性更加
快乐。当然暴力倾向和性别有着很大关系，因为它存在于X染色体，所以男性比女性更
容... 阅读全帖 |
|
d******a
发帖数: 32122 | 24 原文开头====之间的部分怀疑是贴主夹带的私货，可能不是正文附带的部分。
=============================================
各地父系汉血统排行：中原官话90，兰银官话区及秦晋方言区85，北方官话区80，羌族
（炎帝系统）80，江淮人70，北吴人65，广府人及西南官话60，闽南，闽北，藏（炎帝
）朝鲜，赣人50，湘人45，客家，内蒙，满人，韩国40，大和族30，新疆 外蒙古10
父系越人血统排行：广府，闽南，南吴40，闽北30，赣人，韩国，日本20，江淮人15，
客家，北吴，满族，朝鲜10，辽胶官话区6，北京-东北官话区4
父系苗瑶血统排行榜：湘人，客家30，赣人20，南北吴，闽北，江淮，西南各10
=============================================
世界多个国家的科学家们正在合力完成一项庞大的人类寻根计划，希望通过研究人
类基因的变异来绘制出一幅『人类迁移图』。
中国科学家的研究表明，中国人的祖先源于东非，经过南亚进入中国。这支南亚先民经
过多次迁徙及体内基因突变，逐渐分化成为各个民族。
按科学家的观点，... 阅读全帖 |
|
a******g
发帖数: 13519 | 25 据科技日报10月11日报道，10月10日，华大在深圳国家基因库正式对外发布一项迄今为
止最大规模的中国人基因组学大数据研究成果。这是由中国科学家主导，历时两年，对
14余万中国人的无创产前基因检测数据进行深入研究后，首次揭秘中国人群基因遗传特
征的科研成果，也是由华大主导的“百万人群基因大数据研究”项目的首秀。
对此，华大生命科学研究院院长、文章第一通讯作者徐讯博士表示，本次研究成果有两
个重要意义，首先，这标志着生命科学产业已经从单个样本的检测和诊断，正式进入了
基因大数据时代；其次，也验证了基于大人群的精准医学研究已成为新的科研模式，对
基因组学大数据研究具有开创性价值。徐讯认为，此次研究成果也证明了生命科学产业
已经从单个样本的检测和诊断，正式进入了基因大数据时代。
据了解，华大在2016年正式发起“百万人群基因大数据研究”项目，此次研究项目正是
其第一期的成果。
南方人免疫力更强
在本次研究中，华大的研究小组成功构建了包含904万个多态性位点在内的中国人基因
频率数据库（CMDB），其中约有20万个多态性位点属于首次发现，这是目前正式发表的
最大规模的中国人群基因频率数据库。
... 阅读全帖 |
|
e*********6
发帖数: 3453 | 26 一篇发在CNS上的2年引用超500次的paper，通过新的实验方法，提出了一种新的基因组
上的关键位点，属全新概念。
最近我想了一种改进的算法，从原paper的实验数据里，用我的新算法找这些关键位点
。 但是现在需要比较新算法和原paper的里的算法哪个找关键位点找的准。我期望的思
路是，如果原paper里找到的关键位点和某些biological event有90%的相关性，我用我
的新算法找到的点有95%的相关性，我的就比原来的好。既支持的原paper的观点表明了
这些点的确很“关键”，有做了改进，能搭这波热点发片paper。
我就问原作者，你们当时如何confirm你们找的关键位点真是的“关键”位点，有没有
其他的从进化或者功能等biological event上证据来支持这些点的确是“关键”位点。
得到的回答是，有，做实验证明了和某几个基因表达的关系。我又问，有没有一个全基
因组的数据来证明那些基因表达或者其他功能和这些关键位点的统计学联系。回答是，
没有。那我又问，那我如何证明我的新算法比原来的算法更加准确或者不如原来的，回
答是，说实话，的确没法证明，不过你可以写篇paper... 阅读全帖 |
|
g*********d
发帖数: 233 | 27 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
|
J**n
发帖数: 1224 | 28 如果有的话，一万个中国人的Y基因特征位点和线粒体特征位点不可能是全部是非洲走
出来的人的位点（即欧亚大陆的特征位点）。
本地猿人与这一支人有几十万年的隔绝，位点不可能是一样的。就像欧亚人和非洲有这
么十几万年的隔绝，位点就完全不同了。
应该补充一点，分开几十万年，突变位点一样的概率基本上是零，应该是几百万的几十次方左右。 |
|
发帖数: 1 | 29 去年爆发自武汉的新型冠状病毒，一个月之内疫情严峻，迄今全球科学家对它的认识依
然有限。
瑞士生物技术公司SunRegen Healthcare AG首席科学官及共同创办人董宇红（Yuhong
Dong，音译）撰文提出武汉新型冠状病毒的科学难题。以下是全文内容。
武汉新型冠状病毒（2019-nCoV）的突然爆发扩散到整个中国，并且震惊全球。这个新
型“病毒”具有极高的传输速度（基本繁殖数R0高）以及高致死率特征，对人类构成前
所未有的巨大威胁。由于目前来自中国的信息有限，科学界对这个病毒的起源、人与人
之间传播持续时间，以及受感染者的临床管理等方面的认识存在很大差距。科学家最近
发表有关该病毒的研究论文，确定它的起源与自然界的基因重组无关以及从动物传播给
人类，但是仍有多项难题待进一步探讨。
新型冠状病毒的起源似乎与自然重组无关
大多数论文指出，2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒的相似度为88%，与SARS的冠状病毒的相似
度为79%，与MERS则仅50%。中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家生物安全重点
实验室陆柔剑（Roujian Lu）2020年1月30日在《柳叶刀》期刊发表论文... 阅读全帖 |
|
O**W
发帖数: 58 | 30 自中国湖北省武汉市首次报道新型肺炎（COVID-19）以来，关于致病性病毒SARS-CoV-2
的起源一直存在大量讨论和不确定性。截至2020年2月14日，已确诊64473例，其中死亡
1,384例。该病毒显然能够在人与人之间有效的传播。由于目前尚无针对该疾病的疫苗
或特异性疗法，基于存在可能传播到医疗体系较弱的国家风险，WHO已宣布COVID-19疫
情为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC）。
SARS-CoV-2是已知感染人类的冠状病毒科的第七名成员。 其中，三种病毒（SARS CoV-
1，MERS和SARS-CoV-2）可以引起严重的疾病。 四种病毒（HKU1，NL63，OC43和229E）
与轻度呼吸道症状有关。
该论文综述了从可用基因组序列数据的比较分析中可以推断出SARS-CoV-2的起源和早期
进化的方法。 值得注意的是，该论文提出了SARS-CoV-2基因组的显著特征，并讨论了
可能出现这些特征的场景。 重要的是，该分析为“SARS-CoV-2不是实验室产物也不是
有意操纵的病毒”这一论点提供了证据。
通过对α和β冠状病毒（冠状病毒科家族）的基因组比较确定了SAR... 阅读全帖 |
|
o*****e
发帖数: 430 | 31 信源：钱江晚报
在浙江汉博司法鉴定中心负责DNA鉴定的是几位女法医，白大褂，蓝色医帽，长头发统
统塞在帽子里，鼓鼓囊囊。她们的性格都蛮像的，话不多，很少提问，大眼睛沉静地看
着对方，等待对方说出下一个要求，或者原因。这次要说一说一位温州老太太的故事。
女法医们跟我说，第一眼，她们就觉得老太太的神情坚定、目光如炬，是那种藏了很多
心事不动声色的人。当时，老太太对七岁孙子说：“把手指伸出来，扎一针，没那么痛
。”
抱着孙子的是她儿子，回过头来说：“妈，有这个必要吗”，然后摇着头笑了笑，觉得
要将自己和儿子做亲子鉴定，实在是个滑稽的决定。
亲子鉴定和DNA鉴定，现在除了在刑事案件中用到，也越来越多地用在民事纷争里。
[插件一]
亲子鉴定：又称亲权鉴定、父权鉴定，是依据孟德尔遗传定律，应用医学、生物学和遗
传学等相关科学的理论和技术，判断有争议的父母与子女之间是否有亲生血缘关系的法
医学鉴定。
第一轮鉴定：父子俩的20个位点，有1个对不上
现在鉴定机构做亲子鉴定通常是通过对个人特定的遗传标记进行分析，这种遗传标记就
包含在DNA中，与生俱来终生不变。
这些标记，在鉴定中被称为“位点”，取哪几个... 阅读全帖 |
|
m******c
发帖数: 2248 | 32 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: olddude (老dude), 信区: WaterWorld
标 题: ( 转)：老妇带儿子孙子做亲子鉴定 证实两人系亲兄弟
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jul 4 15:13:01 2014, 美东)
信源：钱江晚报｜编辑：2014-07-04｜ 网址：http://www.popyard.org 抄送朋友｜打印保留
【八阕】一个劳动人民群众喜闻乐见的好地方:http://www.popyard.org
【八阕】郑重声明：本则消息未经严格核实，也不代表《八阕》观点。--[服务使用须
知]【八阕】一个劳动人民群众喜闻乐见的好地方:http://www.popyard.org
在浙江汉博司法鉴定中心负责DNA鉴定的是几位女法医，白大褂，蓝色医帽，长头发统
统塞在帽子里，鼓鼓囊囊。她们的性格都蛮像的，话不多，很少提问，大眼睛沉静地看
着对方，等待对方说出下一个要求，或者原因。
点击图片看原样大小图片 点
击
图
片
看
原
图
这次要说一说一位温州老太太的故事。
女法医们跟我说，第一眼，... 阅读全帖 |
|
S*****3
发帖数: 720 | 33 “中国百篇最具影响优秀国际学术论文” 评选所选论文代表了我国科技论文发展的最
高水平。论文源为前一年被SCI（科学引文索引）收录的中国论文。评选综合考虑发表
论文的期刊水平（影响因子和单篇引用次数）、论文类型、热点论文、论文的合作强度
、参考文献数和论文的完整性等方面。
其中生物类包括：
论文题目: Acute promyelocytic leukemia: from highly fatal to highly
curable
论文作者: Wang, Zhen-Yi; Chen, Zhu
所属机构: 上海交通大学医学院瑞金医院
来源期刊: BLOOD, 2008, 111(5):2505-2515
被引次数: 29
作者简介：
陈竺
卫生部部长，中国科学院院士，博士生导师
白血病系统生物学研究组组长
论文题目: Sorting of small RNAs into Arabidopsis argonaute complexes
is directed by the 5 ' terminal nucleotide
论... 阅读全帖 |
|
c*****u
发帖数: 439 | 34 我有一个a蛋白，结合A DNA 位点， 同时有一个b蛋白，结合B DNA 位点。 A位点和B位
点之间相距 150bp。 我想用一个linker peptide 把两个蛋白连接起来，同时需要这个
linker 比较rigid。 有这样的linker 可以跨越这么长吗？
因为A位点和B位点之间距离会改变，我就是想去监测A位点与B位点之间的一个特定距离
，或者哪位知道有人做过类似的实验，非常感谢。 |
|
m*********D
发帖数: 1727 | 35 （CRISPR的背景资料请参阅Feng Zhang的“Genome engineering using the CRISPR-
Cas9 system”，Nature Protocols 8, 2281–2308 (2013)）
背景
我们是作一个与激素相关的肿瘤的。这个肿瘤的治疗方法已经相当完善，就是让身体里
不能生产激素或用一个小分子化合物抢占激素受体上激素的结合部位。但多年治疗后，
会有相当比例的病人产生抗药性。这个抗药性机理相当复杂。我们实验室一直致力于筛
选和现有药物不同的机理的小分子化合物，包括受体和DNA的结合或其他与受体相关的
pathway的inhibitors。前几年成功地筛选出了几个不同机理的化合物，个别在细胞水
平达到了nM的级别，动物测试也在10 mg/kg的水平。
最近在这个领域对抗药性肿瘤的研究发现，部分病人的抗药性是因为受体激素结合部位
发生了突变。一个或几个氨基酸的突变就能导致肿瘤细胞的生长不能被现有药物抑制。
所以，我们很想知道我们筛选出来的化合物对这些突变受体是不是也起作用。理论上来
说，我们的化合物不和激素竞争，突变不会影响我们化合物的效果。但只... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 36 1 北京大学生命科学学院魏文胜课题组
我们使用了文章中报道的高效ssDNA，同时自己设计了其他2条针对体内其他基因位点的
ssDNA，与NgAgo表达质粒共转HEK293T细胞与HeLa细胞，2天及5天后，用T7E1检测切割
效率，这三条针对2个不同基因的ssDNA，在HEK293T和HeLa两个细胞系中，无论转染一
次还是在8到12小时后再转染一次ssDNA，都没有检测到切割。
针对敲除后能使细胞有表型变化的某特定基因，我们设计了ssDNA，与NgAgo表达质粒共
转HeLa细胞5天后，发现细胞表现出了一定的对应表型，但是把这部分细胞收集起来提
取基因组，对靶位点测序，没有发现基因组序列的任何改变。
我们针对某特定基因设计了6种ssDNA，用特异的荧光报告系统检测是否有靶点DSB产生
，结果显示所有实验组均没有检测到对靶位点DNA序列的切割活性。
2 中科院动物研究所王皓毅课题组
我们在293T细胞中表达带有Flag标签的NgAgo ，在不同时间点检测NgAgo蛋白表达。发
现转染6小时后开始检测到目的蛋白，随着时间的延长蛋白量增加。在人类293T细胞系
中重复原文章中Figure ... 阅读全帖 |
|
c***s
发帖数: 70028 | 37 由中科院上海生命科学研究院、北京基因组研究所、中国水稻研究所等单位合作的研究成果《水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析》，日前在线发表在《自然―遗传学》（Nature Genetics）杂志上。
该研究报道了中国水稻地方品种的全基因组的遗传多态性和单倍体型图谱，并对籼稻品种的14个重要农艺性状进行了全基因组关联分析，确定了这些农艺性状相关的候选基因位点，对水稻的遗传学研究和分子育种提供了重要资源。
论文一经发表，便迅速引起了世界同行的关注，许多人称之为作物遗传学研究中里程碑式的工作。
《自然―遗传学》副主编Pamela Colosimo介绍，这篇论文从编辑部到同行专家评议都获得了高度评价，是她在该杂志遇到的发表最为顺利的一篇论文。中科院副院长李家洋也对研究团队的成果表达了高度赞赏。
功不可没的GWAS
全基因组关联研究（Genome-wide Association Study，简称GWAS）是一种用来寻找基因变异与表型之间关系的遗传学方法，最近几年在人类医学遗传学领域中发展迅速。
以常见人类遗传疾病的GWAS为例，研究者首先要选取一个较大的人群样本，考察哪些是患者，然后... 阅读全帖 |
|
o***s
发帖数: 42149 | 38 人感染H7N9病毒的感染源果真是鸡等家禽，其铁板钉钉的证据已经找到了；让人最为关注与担忧的“人传人”悬念也有了端倪：病毒的基因如一部旋转楼梯，如果各个台阶稳定，传染性就不明显。但目前已发现其中3个“台阶”的位置发生了变化，假如再有一个“台阶”移位，就会破坏“楼梯”的稳定性，那么这个病毒就会导致“人传人”了。
“希望第四个台阶发生移位的可怕结果不会出现！我们会密切关注，尽可能地提前预警。”昨日在浙大一院召开的新闻发布会上，李兰娟院士充满信心地说。
从发布会上，记者获悉，李兰娟院士为首的中国科学家在H7N9禽流感研究方面取得了重大突破，论文《人类感染活禽市场来源的新发H7N9亚型禽流感病毒：临床分析和病毒基因组特征》，已在世界著名医学期刊《柳叶刀》在线发表。
该论文对H7N9新病毒的基因，疾病的传染源，以及病毒传播方式等热点问题有了新的解读。给我国H7N9的防控以及国际流感研究都添上了重要一笔。
感染源锁定“禽类”
拿到了基因证据
在《柳叶刀》在线发表的这篇H7N9研究论文中，李兰娟院士是通讯作者，其他作者还包括了浙大一院和香港大学两地国家重点实验室的临床及科研专家，凝聚了团队研究的力量。... 阅读全帖 |
|
M*P
发帖数: 6456 | 39 前提假设是DNA突变速率恒定。
然后说有10个人，编成1号，2号到10号，总共10个DNA位点不同，但是不是所有10个人
都有10个位点不同。
比如1号跟2号，在位点1，2，3，4，5上不同，
2号跟3号，在位点2，3，4，5，6，7上不同，
再比如9号跟10号，只在位点10上不同。
总之10个人总共的不同位点只有10个。
这10个人都是现在的活着的人，而且祖上有亲缘关系，所以突变是历史上遗留的结果。
那么谁和谁的亲缘关系最近？
一个结论是9号跟10号，因为他们只有一个位置不同,而其他人多个位置不同，所以突变
发生次数多，应该亲缘关系远。
令一个结论是不知道，因为可能其他几个人突变速率是不同的，但是这个没法证明。但
是大家知道大致上所有生物，从酵母到人，突变速率就在上下100倍左右的差别。人和
猴子啥的，突变速率可能就差个1.1倍左右。所以假设那10个人里，9个人的突变速率是
另外一个人的10倍，不太可能。
最后，再一看，9号是非洲人，10号是欧洲人，1-8号也全是非洲人。
所以除非整个非洲大陆的人都被天顶星人选择性辐射了，那么唯一可能解释就是欧洲人
的祖先是非洲人。 |
|
h******t
发帖数: 872 | 40 为什么东亚人大脑更大？中国科学家给出解释
Google 一下 "IQ Map", 你就明白了
http://www.guancha.cn/Science/2017_01_29_391788.shtml
【编译/ 观察者网 王佳璐】亚洲人要比其他地区的人群更聪明？亚洲人的脑容量更大
？据南华早报网1月28日报道，中国科学家的一项最新研究，解决了这一困扰科学家数
十年的问题。
中国的一项最新研究表明，东亚人群在自然演化中，基因突变更偏向于使脑部变得更大
这一结果，而在欧洲或者非洲并未发现这一现象。
这一研究结果，为解决困扰科学家们数十年的一个争议性问题提供了线索：为什么亚洲
人的大脑比欧洲人和非洲的更大？
资料图
30多年前，美国科学家进行了一场全球最大的针对脑部容量的研究。通过对全球2万具
现代人头骨展开的调查，科学家们发现，东亚人的颅腔容积平均为1415立方厘米，而欧
洲人为1362，非洲人为1268。
随后的一系列研究也证实了这一结果。在去年的一个核磁共振成像研究中，科学家们发
现东亚人的颅顶更高，这让他们的头部能够容纳体积更大的大脑。
研究人员提出了一系列假设来解释这样的差异。一些... 阅读全帖 |
|
d**********i
发帖数: 524 | 41 还有个位点也很准
郑州大学公共卫生学院流行病学教研室的一项调查研究证明了 DBP 基因 rs7041 位点
多态性与汉族人群肥胖易感性存在关联。
该研究对象为河南省汉族自然人群，且对照组符合 Hardy-Weinberg 平衡，提示研究对
象来源具有较强的代表性。研究结果显示，河南汉族人群中 DBP 基因 rs7041 位点突
变基因型 (TG + GG) 频率在肥胖者和正常对照者之间差异有统计学意义。在调整了年
龄、性别、吸烟、饮酒、脂肪摄入、水果蔬菜摄入、体力活动因素后，DBP 基因
rs7041 位点与肥胖易感性仍存在关联，突变杂合基因型 TG 以及含有 G 等位基因的突
变型 (TG + GG) 与肥胖的危险度增加密切相关。
位点：rs7041 基因名：GC
AA2905 人肥胖的危险度一般
CC484 人肥胖的危险度增加
AC2297 人肥胖的危险度增加
我是AA。
很多个不同的决定肥胖的基因位点我都是最低的。再加上乳糖不耐，所以完全不可能发
胖。
：胖子喝凉水都长肉
：这句民间谚语揭示的就是遗传基因的奇妙之处 |
|
T*******m
发帖数: 66 | 42 binary trait的linkage analysis是一定要有control的，否则无法map致病位点
通俗地讲，我们是看得病的人和他没有得病的亲戚之间有哪些位点是不同的
如果linkage analysis中所有人都得病，那么我们并不能说明得病的原因是某个位点
quantitative trait linkage analysis早期有Haseman和Elston的方法，版本很多，本
质都是linear regression，后来也有做variance component的，但是用方差和协方差
作为outcome，很难假设残差是正态分布的
association analysis就是用linear regression，如果整个cohort里面的人都是
unrelated的话，但是由于marker的数量往往远远大于样本的数量，一般在每个model里
面只有一个genetic predictor，然后重复做上百万次的regression，这样的问题是对
于main effect size很小的位点，power非常低，且容易找出不可重复的假阳性位点
现在基本上容易发现的位点都已经做 |
|
v********o
发帖数: 81 | 43 我不明白你说的control指的是什么，可能我们指的不是同一个东西？
典型的linkage analysis的方法IBD (Identity By Descent)就是用pair of affected
siblings. 我所说的case only是说没有unaffected （normal）subject参与统计。
有人可能会好奇，为什么没有control也能做出来。我们从linkage这个词就能看出这一
点。Linkage，严格来讲指的是两个位点之间的关系，离得近的两个位点在遗传的时候
更倾向于在一起。如果一个marker位点离真正的致病基因很近，就会有很强的linkage
。如果没有linkage关系，这个位点跟致病基因会以1/2的概率一起遗传。如果能找到一
些位点以高于1/2的概率跟致病基因一起遗传，不就可以说明致病基因在这些位点附近
了嘛。可是问题是，我们并不知道致病基因在哪儿，知道了我们就不用做这些事了。幸
运的是，我们可以用是否得病来代替致病基因的状态。当然，如果致病基因跟是否得病
的关系比较弱，那这个替代就会不准，这也是为什么linkage analysis在effe |
|
b*******6
发帖数: 39 | 44 谢谢你的详细意见。首先要说，我做分子克隆的经验不是很多。其次，基本不会不改变
条件反复重复。
1 当初选用pQE8也是没有办法，因为pQE9我们实验室没有（pQE8和9的区别就是8在酶切
位点之间只有一个碱基，而9要长得多）。最开始的时候没有意识如此近的酶切位点很
难切下来，最起码同时酶切不可能切下来。但是只尝试过一次顺序酶切不行就没有再尝
试用pQE8了，我不记得是先切BamH1还是Hind3，后面尝试插一段片段在2个酶切位点之
间再切。
2 用的内切酶是Fastdigest系列，据称内切时间很短，所以我们一般都只切3个小时，
像Bamh1也不能且很长时间，因为有信号活性，最开始还以为是Bamh1星号活性导致的。
3 后来就在pQE8的Hind3位点插进去了一段几百bp的片段，构建好的克隆载体，先用
Bamh1切（因为Hind3有2个），再用Hind3切，用Bamh1切可以看到质粒线性化，再用
Hind3切可以看到切下来的片段。所以质粒酶切应该没有问题。
4 关于PCR产物酶切。当初经验不足，只在引物两端加了3bp碱基而不是4bp，但是查了
酶切位点表，3bp对各个内切酶都已经足够了... 阅读全帖 |
|
n********k
发帖数: 2818 | 45 谢谢你的详细意见。首先要说，我做分子克隆的经验不是很多。其次，基本不会不改变
条件反复重复。
1 当初选用pQE8也是没有办法，因为pQE9我们实验室没有（pQE8和9的区别就是8在酶切
位点之间只有一个碱基，而9要长得多）。最开始的时候没有意识如此近的酶切位点很
难切下来，最起码同时酶切不可能切下来。但是只尝试过一次顺序酶切不行就没有再尝
试用pQE8了，我不记得是先切BamH1还是Hind3，后面尝试插一段片段在2个酶切位点之
间再切。
Nice alternative, shall solve the problem in this case...but I would just do
blunt ligation, nowadays, the fast ligation kits from different companies
such as Roche, takara, don't really care about whether it is sticky or blunt
ends, it works just as well...BTW, any one else ... 阅读全帖 |
|
f******g
发帖数: 1003 | 46 鉴定亲子关系目前用得最多的是DNA分型鉴定。人的血液、毛发、唾液、口腔细胞及骨
头等都可以用于亲子鉴定，十分方便。
一个人有23对(46条)染色体，同一对染色体同一位置上的一对基因称为等位基因，
一般一个来自父亲，一个来自母亲。如果检测到某个DNA位点的等位基因，一个与母亲
相同，另一个就应与父亲相同，否则就存在疑问了。
利用DNA进行亲子鉴定，只要作十几至几十个DNA位点作检测，如果全部一样，就可
以确定亲子关系，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系，有一两个位点不同
，则应考虑基因突变的可能，加做一些位点的检测进行辨别。DNA亲子鉴定，否定亲子
关系的准确率几近100%，肯定亲子关系的准确率可达到99.99%。 DNA亲子鉴定主要
通过以下特征来判定 体细胞稳定性：同一个体的血液、唾液、精液以及各器官组织
DNA是一致的，并且对同一健康人来说是终生不变的，这是最基本的前提。
个体高度特异性：不同个体DNA 分子水平上遗传本质的差异，决定了同一种限制酶
消化基因组DNA ，某一个体与另一个体的等位核子基因片段在数量和长度上是不可能相
同的，从而产生具有个体特异性的DNA 。... 阅读全帖 |
|
t**m
发帖数: 158 | 47 13位科学家实名呼吁对韩春雨启动调查：为了中国学界的名声
澎湃新闻记者 王盈颖 康宁 王灿 虞涵棋
2016-10-10 23:17 来自 能见度
这是一场和时间的赛跑。这场赛跑赌上的，是中国学术界在国际上的名声。
一切源于2016年5月2日，河北科技大学副教授韩春雨课题组在国际顶级期刊《自然-生
物技术》上发表了NgAgo基因编辑技术的论文。刚发表时，NgAgo被认为是新一代基因编
辑工具，可媲美此前有“基因魔剪”美称的CRISPR技术，被国内部分媒体誉为“诺奖级
”学术成果。 然而，之后的故事急转直下，全球数百家实验室，历时5个月的时间，没
有一家宣布能重复成功。质疑声越来越大，韩春雨不作正面回应，却收获接连的荣誉：
河北科协副主席、美丽河北最美教师、100万元国家自然科学基金……受惠于NgAgo技术
，河北科大获得了河北发改委2.24亿元的财政拨款，用于建设河北科技大学基因编辑技
术研究中心。
“是时候了，”北京大学生命科学学院教授魏文胜对澎湃新闻（www.thepaper.com）、
中国青年报表示，科学家有必要站出来表达看法。“处理不好的话，会严重影响中国科
学家的声誉。”魏... 阅读全帖 |
|
o******n
发帖数: 511 | 48 我有一批序列，长度一样，序列的每一个位点上都有几种不同的字母，类似于
polymorphic data。
我想知道在某几个位点上，某些字母是不是总一起出现，比如下面这几条序列：
LEYLVPDALSQGCDTLVSIGGIQSNQTRQVAAVAAHL
LEVLIPEAIEQGCDTLVSIGGIQSNQTRQVAAVAAHL
LEYLIPETIEQGCDTLVSIGGIQSNQTRQVAAVAAHL
LEYLIPEALAQGCDTLVSMGGIQSNQTRQVAAVAAHL
LEYLIPEALAQGCDTLVSIGGIQSNQTRQVAAVAAHL
MEYLIPEAMANGYDTLVSIGGIQSNQTRQVAAVAAHL
LEYLIPEAIEQGCDTLVSPGGIQSNQTRQVAAVAAHL
LEYLVPEAIAQGCDTLVSIGGIQSNQTRQVAAVAAHL
怎么知道位点5的I和位点7的E和位点12的G和位点22的I是不是总是同时出现？
我能算出同时有这几个字母的序列在序列总数中的比例，这样可以说明问题吗？还是需
要什么统计test？
谢谢，也不知我把问题解释清楚了没。 |
|
A********a
发帖数: 1168 | 49 研究人员认为，章鱼、鱿鱼和墨鱼等头足类动物能通过编辑自己的基因来学习新的技能
，但这么做的代价就是无法演化速度的减慢。
科学家发现，鱿鱼大脑中超过60%的RNA转录物是通过编辑记录下来的，而人类身上这一
比例只有1%。
新浪科技讯 北京时间5月2日消息，据国外媒体报道，从打开水族缸的开关，到瞬
时的伪装变色，章鱼、鱿鱼和墨鱼等头足类动物以完成复杂行为的能力著称。近日的一
项新研究揭示了它们这些复杂行为背后的奇特演化路径。
研究人员认为，章鱼和鱿鱼等动物能通过编辑自己的基因来学习新的技能，但这么
做的代价就是演化速度的减慢。在此前的研究中，科学家发现鱿鱼的RNA（核糖核酸，
负责蛋白质合成的分子）编码区域表现出非常高的编辑率。在这些结果的基础上，来自
美国芝加哥大学海洋生物实验室的科学家发现，乌贼大脑中超过60%的RNA转录物是通过
重编码记录下来的，而人类身上这一比例只有1%。
在后续研究中，科学家在其他3个头足类物种中发现了同样活跃的RNA编辑水平。这
3个物种包括两种章鱼和一种墨鱼，它们都属于蛸亚纲（Coleoidea）。研究人员还鉴别
出了数千个演化过程中保存下来的RNA重编码位... 阅读全帖 |
|
