s****y
发帖数: 95 | 1 太牛了，诤议不小。期待看最后辩论的结论。
http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n11/full/nbt.2748.html
But why put the paper in Nature Biotechnology rather than Cell Research,
where the original report was published? In fact, the miRagen investigators
did submit their paper to that journal but were told that “it is a bit hard
to publish a paper of which the results are largely negative.” |
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c**********n
发帖数: 177 | 4 文人相轻不只是中国人的恶习吧，换到哪里都一样啊。。。 |
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h**********a
发帖数: 72 | 5 按照张辰宇所说，大米序列至少百万，但孟山都的论文中所说大米序列只有1000多，证
明这不是大米，所以这是不可能的
如果这话是真的，证明孟山都在造假啊，nature biotechnology应该撤稿才是 |
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h**********a
发帖数: 72 | 6 按照张辰宇所说，大米序列至少百万，但孟山都的论文中所说大米序列只有1000多，证
明这不是大米，所以这是不可能的
如果这话是真的，证明孟山都在造假啊，nature biotechnology应该撤稿才是 |
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n**********u
发帖数: 77 | 7 美国大地现在都还是沉沉入睡的时刻，悠闲的中国周日下午也很少人有机会翻墙看看有
关学术争议的回复。 没想到我在香港尽然能够第一个回复。 不清楚这个方面的研究，
上下文也不清楚，但是楼主对待科学的态度还是很认真的，至少从国内申请奖项的态度
上楼主的实验室还是保守的。这种前沿问题还没有完全明晰之前，还是保守低调一些为
好，数据和实践是最好的评审，楼主一直用这样一个态度去做会成功的。 我只有做过
qpcr， 针对gDNA的，raw CT data和背景值这些放上去有用吗，单纯的数据摆上去我想
也很少有人关心吧，我也可能没有这方面的经验而看不懂（对照的就是背景值吗？
under detection 不就行了）。检测的可信范围这个我想实验组的量比内参的高的话，
应该就可行了吧。 |
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f******g
发帖数: 1003 | 8 不要被论坛上一些流言所左右，在网络混了几年了吧，应该了解网络的一些特性，1%的
人不同意，在网络上看就相当于10%不同意，10%不同意，在网络上看就好像所有人都对
你有意见。
心态平和些，你重要的是和NBT较量，让你的数据在别人那里能够重复出来。 |
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d**j
发帖数: 240 | 10 告诉你同学，不要在意这个版上某些人，尤其是一些名ID。
他们准是以为自己、自己的小团体，自己的偶像（即压制国内生命科学的新学霸）是对
的。 |
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d**j
发帖数: 240 | 11 对比一下以前这个版内比较热门的话题，这些的ID表现。
劝你同学不要和他们一般见识 |
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l*******i
发帖数: 153 | 12 读完这个帖子，个人倾向于相信它，但是有一个问题：
作者通篇说她们有“特别”的经验，是在动物体内检测到植物miRNA的关键所在；你们
贝勒医学院的合作者在你们的博后帮助下，也得到了一些positive结果（是这个博后做
出来的，还是合作者做的？）。你们相关的文章也发了几篇，那么这个“特别”的经验
现在能否公开（比如以nature protocol的形式）？这样的话，别的实验室才能在与你
们相同的条件下，重复你们的实验。
现在我有一个怀疑--仅仅是一个没有恶意的怀疑--你们的结果如果主要基于你们的测植
物miRNA的“特别”的经验的话，有没有可能意味着这不是普遍的，甚至只是技术和实
验技巧造成的bias？当然，也有相反的可能，那就是你们发现了现有相关技术的缺陷，
并纠正了它，从而使得原来被忽略的东西现出“真身”来。不管怎么说，现在对你们最
重要的一点就是，让独立的第三方（非合作者），在与你们相同的技术条件下，重复你
们的实验。 |
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h**********a
发帖数: 72 | 13 顶，我看到的是科研人员的基本良知，这和版里的一些人渣孟山都的打手来说真是一个
天上，一个地下 |
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d********0
发帖数: 534 | 14 我个人认为，作者所说的“特别”的经验非常有可能只是一些小细节问题，而不是发明
了什么新的方法或者对现有科技方法比如rt-pcr等做了大的修改等等
举几个例子：
1 有些蛋白容易被降解，我们实验室看别人发过的文章，重复反复去做，很难得到理想
效果，后来有位从外实验转来的phd，在提蛋白全程都穿着厚厚的衣服在cold room里
做（夏天也带着羽绒服，不然长时间在cold room冻坏了），得到的结果就相对比较清
晰，这些小技巧却能改变大问题
2 记得以前看过一个故事，是讲某篇cell上的大文章怎么出来的，这个实验室偶然开展
研究精液里如何限制艾滋病的传播的，当时那个实验室老板号召全体男生贡献精液，可
是大家撸了半天之后，做的实验结果很不理想，这使得全实验室的人都很灰心，至到两
年后，一位博士后在冰箱里看到了冻存的精液，又忍不住想试一下，他这次做的时候因
为冻存的缘故，所以实验之前特意多晃了几下，再做实验，结果就一下出来了，还被发
表在了cell上，这个故
事花絮很有趣，我当时看到的时候还专门去找过这篇论文，试想只是晃几下，结果差别
就如
此的大，这些的步骤怎么写到论文里？只有靠个人经验了... 阅读全帖 |
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x******g
发帖数: 289 | 15 人家论文引用单篇超千次（短短几年，虽然发表在三流期刊），总引用超万次（而且只
是他们课题组这个特定方向的论文，在短短几年内），你认为大家都是没重复出来就随
便引用的？
楼主的意思是，只是有些人重复不出来，言外之意是很多人还是重复出来了。 |
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m****n
发帖数: 1066 | 16 你说的很对。
1. Western blot 是semi-quantitative,定量不可靠。Elisa定量就可靠多了。很多实
验室不用elisa,一是价格贵，二是没有合适的试剂盒。
2. stem-loop PCR 应该没什么神秘的技巧。John Hopkins的文章比较可靠.在南京大学
回复John Hopkins的文章提到，南大有的miRNA的Ct能到30以下。不知道这篇文章什么
时候发出来。
3.miRNA要有功能，需要在组织细胞中达到一定的数量。南大的文章中检测到的血清
miRNA数量很低，不足以在体内施加影响。
4. 现在看来deep sequencing比较可靠。不知道为什么两家测序结果差这么多。 |
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M********r
发帖数: 142 | 17 ELISA肯定比WB精确啊，不懂lz怎么会这样辩解。
会不会血清中的miRNA是循环的，从肠吸收，经过血运输到target 组织，然后target组
织通过某种机制（受体？）富集。
所以再测测target组织的植物miRNA
lz解释说孟山都NBT文章测序之前没有氧化miRNA去掉修饰，植物miRNA都得这么测。有
没有做植物的，说说是这样吗？ |
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c********b
发帖数: 363 | 18 作者还翻墙来看了，呵呵。这里的评论，不用太当计较的。
其实热门领域里面有激烈交锋很正常，只是那篇Cell Res后面的Corrigendum给人感觉
很不好，让人觉得是乱搞。
这个领域是很新的，植物里面90年代初就发现细胞间的RNA运输，动物里面晚一
些，但是最近很热NIH有专门的call for proposal。如果能坚持下去，踏实严谨，这个
领域还是很能出重要发现的。 |
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h******1
发帖数: 384 | 19 我觉得说Joke的多是指那些无脑乱吹捧的记者和ID们吧？又是要得诺将，又是诺将委员
会啥的。过度吹捧，很容易引人反感。实验的问题有争议，很正常。热点领域，过个
3-5年，很容易被科学界证实或证伪。 |
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M*P
发帖数: 6456 | 21 deep sequencing 不可靠，small rna sequencing 结果里95%以上是非microRNA。除非
你富集microRNA.
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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m****n
发帖数: 1066 | 22 那看来还没有可靠的方法。
这样的话，先建立好的定量方法吧。 |
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w********h
发帖数: 12367 | 24 清者自清，学术界有自我纠正的功能，任何错误都逃不过大浪淘沙。
所以没有必要辩解，能吸引人去反驳也是成功的第一步，
最怕发在顶级杂志上却没有任何声响。 |
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e*****i
发帖数: 149 | 28 我一直相信食物对人体的具体影响。
美国人也相信。
但一到转基因问题上，就有利益纠葛了。
我支持严谨做科研的。孟山都就是尼玛利益集团！！ |
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x*2
发帖数: 714 | 29 这个文章俺一直在关注, 顺便说点看法。
如果某个非凡的实验结果只有某实验室能做得出来, 大家其实都心知肚明是怎么回事。
楼主去年原文的硬伤一大堆, 怎么不说。
楼主的原文, 颠覆了两大行业的观点: 制药和转基因农业。绿色和平如获至宝, 上窜下
跳, 楼主难道又聋又哑? 还装着不知道为什么Monsanto要发这篇文章?
另外, 楼主从头到尾一副受委屈的小媳妇样, 甚至说自己英文很差, 可是你的NBT的
reply英文水平很高嘛! |
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c*********t
发帖数: 340 | 30 同是南大人，顶师兄这篇有理有据有节的文章。相比之下有些人的科学素养还是让人汗
颜啊
师兄为人也从同学那里耳闻过，继续加油。这样的citation很多‘打脸’的人能做到吗？
校训说嚼得菜根，做得大事。不要管别人怎么说了，踏踏实实做science~
有争议是好事，所谓越辩越明。科学不是打脸不打脸，只是大家都尽可能公正地
generate数据分析数据得出结论，正反control都做足，idea丢出去大家一起讨论
follow up，对了皆大欢喜，错了也无伤，万事有概率，那个小概率的0.05不是不可能
发生。动不动没证据就‘肯定’，不是做科学的态度。 |
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d********0
发帖数: 534 | 31 请问楼主去年论文原文硬伤一堆 这一说，你是从哪听来？还是自己看了原文，请指出
硬伤在哪？如何？ |
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b*******t
发帖数: 25 | 32 我们做过富集microRNA，结果还是很大false-positive. 原因是：富集过程中很多条件
难以控制，造成偏差……我们基本放弃了那个课题。谁有成熟的方法吗？期待交流。 |
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S*******r
发帖数: 530 | 33 不是做miRNA的，但是看到这篇讨论很有意思。陈熹的论述很陈恳，用做science的态度
说话，很有说服力，跟帖也很有启发性。
1. 讨论是好事，打脸可能不好受，但是能提供新的idea，比如JHK的打脸文让楼主实验
室有新的发现，楼主不肯说是什么，只有等paper出来以后再说。
2. 更多人质疑，能刺激楼主的实验室更加严谨的开展后续试验，得到更加可靠的结果
。比如前面针对western和elisa的讨论，如果楼主在自己实验室用elisa也能做出同样
的结果，就可以很happy的把脸给打回去了。不过很多人重复不出来，这本身就说明有
问题。随机，对照，重复都要有，楼主自己做得再好，不如让别人能repeat。
3. 现在science发展快，一两年的功夫，证实或证伪就会有结果，希望楼主结论正确，
到时候能出个review，并把引起的一系列争论都包括进去，让大家了解完整的story—
———这肯定是科学史上很出彩的一章。
4. MIT上的人学历水平偏高，WS程度也偏高。未名很WS，看帖须谨慎！ |
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s******y
发帖数: 17729 | 34 我能邪恶的猜测这个是由于测序本身出现问题，或者更邪恶一点，人为的倾向性误差么
2.5fmol和300pmol差了多少数量级了
题。 |
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s*****g
发帖数: 3693 | 35 早日帮助别的实验室重复你们的结果。
你们实验室再多的人能做，发再多的文章也不说明问题。 |
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I****p
发帖数: 101 | 36 非常赞同！
一直不明白作者一直强调方法的特殊性。其实，没必要保密了，尤其在有很大争议、又
有极大影响的这一阶段。大可在南大实验室网页挂出或在一般性杂志上发表分析方法的
关键之处。这样以便他人重复，同时也积几点名声。越多人验证，对他们越有利。
见过国内几百万经费的项目申请，连基因的编码都不写，生怕评审人泄露，可能大环境
吧。
一位老师上课讲过一个十几年前的故事：某人发了Science，但是他们就是不让别人用
他们自己实验室的抗体（你知道有时给了别人，别人会竞争过自己，所以不给抗体也很
常见）。最终，他们实验室的抗体有问题，主要结论失去了数据支撑，只好撤稿。可惜
的是，同样的结论三年之后被别的实验室用真正有效的抗体验证了。
记得现任中科院院长曾经报道过DNA三螺旋结构，也曾经被人（有名的分子遗传教授）
讥笑过，但是，多年之后也被旁人观察到。当然，问题是：这样的结构到底有没有生物
意义？没有跟进。
我个人倾向于：总有一些miRNAme会被检测到，但是，他们能充分起到作用吗？这也是
很多人很想知道的。但愿这方面有独立的重复验证。 |
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c*****u
发帖数: 357 | 37 继续关注中... 小实验室本来就难发CNS不管你做的再优秀, 不过引用数那么多,真是让
人赞叹! 像你们这样的实验室现在估计越来越少了, 这真是个有意思的领域啊. |
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j******1
发帖数: 1315 | 38 别太自信：引用高真不能说明问题。现在有几千万的经费在哪里，也就意味几百号人都
以此为生，就算是都没重复出来，这些小组里的博士要毕业出几十篇文章不稀奇。 |
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q******g
发帖数: 3858 | 40 为啥ELISA比western精确？
即使最好的抗体，也有非特异性结合。用western可以找到正确的蛋白条带。但用ELISA
，是定量所有的蛋白。谁知道是什么啊？ |
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l******u
发帖数: 936 | 41 最烦别人说 Western/ELISA 可以定量，说SILAC我还表示赞同。 |
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M*P
发帖数: 6456 | 42 you need to find a good bioinformatics person to use some machine learning
on the data to get the true positives. |
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s******y
发帖数: 28562 | 43 你说得非常对。
western 对于差别比较大的样品（超过50%）在反复重复几次的情况下，是可以做到比
较精确的，但是ELISA的缺点就如你所说的那样，过于依赖抗体的特异性，所以根本没
有办法做到特别精确。
ELISA |
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r******g
发帖数: 600 | 44 讨论科学就抱着讨论科学的态度来发帖，不要一副mean的样子 上来就贬低别人的成果！
想想我们自己的科研，哪个科研里没经历过这些东西！ |
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a*******a
发帖数: 4233 | 45 问一个问题，你们做体外合成同位素标记的miRNA示踪实验了么 |
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s******y
发帖数: 28562 | 46 这个有另外一个可能性就是肠道细胞转运miRNA的载体的效率成为了瓶颈，不管你放多
少都只能进入那么一点。
另外，这个也侧面的说明了他们的实验数据没有造假，否则不会报道那么难看的貌似不
能自圆其说的数据。
题。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 47 我觉得你们被卷入转基因的争议里其实挺无辜的。你们的实验本质上和转基因无关。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 48 elisa怎么会比western可靠
elisa用于定量比较多，主要原因是便宜快速，基本原理基本一致，都是抗原抗体结合
的特异性，但因而
没有片段大小的信息，elisa假阳性比western多多了 |
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g*****n
发帖数: 250 | 50 “瓶颈”效应的解释好像不通。第一，没有实验显示瓶颈现象。地二，灌提纯的total
RNA，3小时后血清内的MIR168a可达到 7 fM （Figure 2D)。看来，多吃还是可以多得
。 |
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