o*****s
发帖数: 1445 | 1 我发现经的起考验的大坑，还真的要男女双方一起努力。男的要名校，高学历，高收入
，大牌的公司。本人要帅。
女的要非常的漂亮，会扮演，有文艺天赋。然后还要有符合时代主题的坑材。就是教授
一直跟我们说的：一片好的文章，要有新颖性和显著性。
WX这个坑，里面有很重要的一点，就是拉开了上海交大的冰山一角。从为了获得发展资
源给领导的小孩照顾入学，到为了求人才纵容教授乱来，交大硬是靠旧上海滩的风气，
把华东理工甩出几千条马路。 |
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m*****e
发帖数: 1506 | 2 骂声一片啊
复旦宣布确定曹操家族DNA
至少破解三历史谜团
昨天，复旦大学历史学和人类学联合课题组发布关于曹操家族DNA研究最新成果，
首次100%确定曹操家族DNA，证实曹操并非汉相曹参后代，同时推翻了曹操为夏侯氏抱
养而来的说法。相关论文于今年上半年在国际著名学术杂志《人类遗传学报》上发表，
并已得到国际认可。
专家称安阳高陵也得基因说话
2009年12月27日上午，相关部门正式公布河南省安阳县安丰乡西高穴村西高穴墓被
确认为曹操高陵墓。虽然河南省文物局等部门运用多种方式证明该墓就是曹操墓，但质
疑声却一直不断。复旦大学人类遗传学实验室在随后宣布，拟用DNA技术开展对曹操家
族DNA研究。
曹操本是生活在两千年前的历史人物，寻找他的DNA似乎遥不可及，而要把曹操后
人与两千年前的曹操进行“亲子鉴定”，锁定曹操的DNA特性就显得尤其重要。为此，
复旦大学历史系教授、中国魏晋南北朝史学会副会长韩昇和复旦大学现代人类学教育部
重点实验室李辉教授成立课题组。
2012年底，根据现代基因和古DNA的双重验证，课题组得出最终结论——100%确定
曹操家族DNA，相关论文发表在国际学术杂志《人类... 阅读全帖 |
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s***o
发帖数: 326 | 3 尊敬的李守信书记、徐显明校长，各位领导，各位校友，我亲爱的同学们：
今天，能作为山大校友代表，回母校参加2012届毕业庆典，我感到非常荣幸。首先
祝贺大家今天毕业，要开始人生新的征程了。
此时此刻的气氛不得不让我回想起27年前的今天，当时，我如同在座的各位一样，
兴奋地拿到了山东大学医学院的红宝书，以后在我的人生里，这本红宝书一直伴随我、
鼓励我。在这里，我想同各位分享我人生中的几段经历和几点体会。
第一、珍惜今天，把握机会
我是个农村出来的孩子，在我考大学前两个月，那年我才17岁，父亲病重，母亲与
我每天需要轮流到医院送饭、照顾父亲，但是很不幸，那年我们还是失去了他。带着失
去亲人的悲痛，我一面照顾伤心欲绝的母亲，一面还需要面对大学学费的负担问题。我
曾经彷徨过，也大声啼哭过，痛苦之后回到现实，我坚信路是人走出来的。当时我立志
发奋学医，一定要成为一个治病救人的名医。
1990年，我已经在读研究生，当时突然有一个梦想：要去美国！因为我听说美国的
医疗和科技是世界上最先进的，而且遍地是黄金。但是大家都知道，要敲开美国的大门
，必须通过TOEFL和GRE考试。在那个年代，我们整个山东只有... 阅读全帖 |
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D**e
发帖数: 10169 | 4
我回来他还真给我交一报告。还比较A和B的统计显著性。。。我说你A和B各测了几次人
。。。Y说一次。。。我@（￥××#%……（×#UR*(#& |
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发帖数: 1 | 5 过去三年北京市出台系列大气污染防治措施，使北京大气PM2.5中砷、铅和镉三种致癌
重金属元素质量比分别下降了85.9%、48.9%和40.7%，其中与煤炭燃烧密切相关的砷改
善最为显著。14日，知名国际环保组织与北京环境诱变剂学会潘小川教授合作发布发布
的《北京采暖季大气PM2.5中致癌重金属组分差异研究报告》提到了这些数据。
实验分别于2012—2013年、2015—2016年两个冬季采暖期对北京市大气中PM2.5进行取
样，分析其重金属含量差异。采样分析数据显示，2012—2013年北京PM2.5中重金属砷
、铅、镉的质量比分别为0.128‰，1.816‰和0.027‰；而在2015—2016年三种重金属
质量比降至0.018‰，0.928‰，0.016‰，三种重金属在PM2.5中含量均大幅降低。
“砷、铅、镉三种重金属元素在《环境空气质量标准》中都有年均浓度限值要求，长期
暴露于这些物质对人体健康有明确不良影响，其中砷、镉属一级人类致癌物。”潘小川
说。
2014年起北京陆续关闭3座主要燃煤电厂，并大幅减少燃煤消费量。《北京环境保护公
报》显示，主要来源于煤炭燃烧的大气污染物二氧... 阅读全帖 |
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H*******n
发帖数: 436 | 6 【 以下文字转载自 Literature 讨论区 】
发信人: Hailijian (干贝东瓜汤), 信区: Literature
标 题: 我再也没有开心起来的理由
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 4 07:55:03 2012, 美东)
发信人: SpicyGirl (秦时的明月，汉时的风), 信区: Prose
标 题: 我再也没有开心起来的理由
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 26 20:48:34 2012, 美东)
我不觉得自己有理由开心起来了，因为我一放松，就要和别人吵架，吵完架冷却后，看
到所有的人看着我的爬上树高处的猴屁股，看到围观的群众开心而放松的目光，我的心
就会往下沉。。。。。。我就会进入了众望所归的抑郁却欢喜的阶段。
抑郁的时候其实我感到欣慰，因为那个是世人所期待的，因为那个时候我从云端落到了
地面，因为那个时候我会和机器一样工作。。。。我知道了，网络上我认识的所谓的朋
友，包括基督徒，神医，护士，神户，etc,其实他们都一样，只是一种穿着一种叫为“人”
的外衣，，， 是我的错，我不该对陌生人有任何期待，尤其是对中国的知识... 阅读全帖 |
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d******7
发帖数: 702 | 7 4s用了2个月，一直觉得屏幕有点暗，看到版上有说到黄屏问题，今天才想起来去店里
找sample对比一下。
不看不知道，一看才发现差别还挺明显的。
立即约了Genius bar，那黄毛拿出自己的4s一对比说没啥差别啊？
我晕我不genius都看出差别了丫不装傻吗？
找了manager，这人更不nice，极不耐烦的甩了一句，生产厂家不同货批次不同屏幕亮
度会稍有不同这不是毛病，1个月内可以换新的，你这都俩月了，不换！
这冷漠打发的态度把我惹毛了。我让黄毛跟我到展示台前，把sample的4s 5台摆一排设
置到同一白色背景，我的手机放中间，瞎子都能看出来显著性差异，我的明显暗很多。
事实面前，黄毛承认亮度有差，但还是说不算问题blabla。
我也烦了：不行！姐很生气，今天就要换！不换就把你经理的名字给我留下来我要讨个
合理的说法。
黄毛听了这话，马上转身离开，2分钟后来了另一个manager，态度奈斯的多，直接同意
给换一台。
但说店里没新货，要等2天后调来1部再call我。
但问题是，说换来的手机有可能是remanufacture的机器，不能保证是brand new的。
我有点犹豫，事实是... 阅读全帖 |
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A***u
发帖数: 3714 | 8 Q1)知道怎么解决这个问题吗？是不是安装太多app.....
怎么把空间腾出来，太frustrated了，一定要上128gb的么？
Q2)大家换6s了么？6s在速度上有多少显著性进步？
Q3)还有象素有没有提高？ |
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M*P
发帖数: 6456 | 10 one-way ANOVA对。
但是你可以尝试argue你看到的显著性，但是那就要看你的审稿人的水平了。 |
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a****5
发帖数: 10854 | 11 如果你都能用paired t的话,你应该用One-way ANOVA with repeated measure才对啊,
这个的显著性远大于one-way ANOVA |
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D**g
发帖数: 739 | 12 纠正一下: p-value 的定义才是the probability of observing this
呢？意思就是靠偶然性得到这个显著性差异的结果的可能性是5%，因为习惯上认为5%是
比较小的概率了（对一次结论而言），所以可以认为这个结果不可能是偶然的 （但这
样结论，你有5%的机会犯错误）。
alpha
的0 |
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D********g
发帖数: 533 | 13 one way ANOVA如果结果没有显著性 那么post-hoc的分析就是不对的。Tukey-Kramer或
者Fisher t test都是不适合用的
对于你的这个情况 可以考虑单单就用student t test比较mean好了。一般来说也可以
接受。 |
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h******e
发帖数: 1791 | 14 【 以下文字转载自 Statistics 讨论区 】
发信人: hehehehe (入了大圣教，心中充满喜乐), 信区: Statistics
标 题: 还是三组数据的问题。
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Feb 20 12:33:40 2010, 美东)
如组a，b，c，其中a是独立的，但b和c是配对的，在这种情况下我可不可已直接用普通的和排热点的t-test做两两比较，但用bonferroni的方法校正显著性水平？ |
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D**g
发帖数: 739 | 15 应该可以吧。但BON法比较保守，可能导致你发现不了任何DIFFERENCE（如果
DIFFERENCE不够大或者说power太小），同时你平分alpha，实际上牺牲了配对检验的
power。
通的和排热点的t-test做两两比较，但用bonferroni的方法校正显著性水平？ |
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w******y
发帖数: 8040 | 16 主要原因是gefitinib在通用人群测试没有统计显著性被撤架了 |
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z********i
发帖数: 610 | 17 不知道文章里面的小星号*是真的算出来的，还是自己加上去的？有时候看别人的数据
，感觉差异不明显，但是人家有一个小*. |
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m*********7
发帖数: 5207 | 19 one star--p<0.05
two stars--p<0.01 or p<0.02 |
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C*********u
发帖数: 811 | 20 using ANOVA to calculate the p value. if p<0.05, it is significant. |
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c*******y
发帖数: 1657 | 21 计算出的P值有显著性差异
只是两组差别最多10% |
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y****2
发帖数: 65 | 22 显著性的阈值~！
可以permutation来计算，也有人用family experimental error rate.
" |
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y****2
发帖数: 65 | 23 确实是估计每一个marker的effect，我只是用我的PC跑过几百个的marker。
计算量大我总觉得不是难题吧。
对于每个marker只是做个ANOVA，然后有显著性的marker才放在一起，在模型里估计每
个marker效应。
几百万个SNP么？不知道哎。。。
模型肯定比计算的难度更重要点儿。 |
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H*********1
发帖数: 56 | 24 关于诊断，是不是还有另外一个问题？
对于肿瘤病人来说，直接检测的就是切下的肿瘤样本，
所以你可以说这些样本里的SNP变化跟这种肿瘤相关。
但如果是测高血压，糖尿病和前面提到的肥胖等，
估计没有特定的组织可以检测，
即使检测到有弱显著性SNP差异（比如说是从病人的血液样品），
没准这些SNP差异主要不是跟这些想检测的病相关，
而是这些病人身上隐藏、未发现的其他病相关。
种病
make |
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w****a
发帖数: 84 | 25 送交者: 搬运工 于 January 01, 2003 04:24:18:
虽然NIH 和基金委在规模/影响/预算资金上不可同日而语, 但二者在形式/性质
/目的上是基本一致的。我和二者打交道主要是以PI身份申请钱，所以很难从宏
观上来大谈特谈装大腕，故仅讲一点个人亲身经历和感受。（有些时间事件人
物故意挪移一下，请鉴谅？^&^）
NIH为我搞过两次 site visiting（类似所谓现场会：在给你大钱前，把一大堆
牛校牛人搞到你校里来，听这汇报那汇报，现场考察/质疑/关门讨论决定,其
中一次还是为我的个R01, 据说没先例）.按常理这对学校/系和个人都是个大事,
可是不然, 完全插不上手也不需插手: 这些教授们是NIH定的请的, 费用是NIH
出的, 连机票酒店都是NIH安排预定的. 会开一天,中餐都是回酒店吃. 我所作
的仅仅是:1)同意NIH选定的教授名单和他们必须签的confidential agreement
内容;2)告诉NIH离学校最近的酒店.3)报告并答问. 学校的Grant Office
尽管熟知规矩, 但还是以方便会议尽早开始为由安排了”非常简单”实际上好
得不得... 阅读全帖 |
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t**k
发帖数: 16 | 26 PLINK 里面可以作一种叫做condition的分析，我感觉上好像是这样：
condition 某一个snp-A，来看其它snps的 p value变化，
用来分析假定某个snp-A无显著性差异的情况下，其它snps的p value变化，用来解释，
另外snps的 差异是由于本身差异
还是由于和snp-A 的 correlation造成的
还有一种haptype condition 不明白是干什么用的！ 请高人们指点一下，这些东西能
干什么？
p value应该都是单独marker 自己比较出来的， condition A 观察 B 的变化， 和
condition B 观察 A 的变化有什么不同
么？
新人不胜感激！ |
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s*********t
发帖数: 464 | 27 这都是实话，不过试验结果再好，比如2组各拍10张照片，张张显著性差异的可能性也
不大，除非真是有或无的结果。
看造假怎么定义吧，如果总体结果没问题，选择性选取2张看起来差别比较明显的照片
，这种情况应该不少。 |
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a*********f
发帖数: 101 | 28 假设给一群老鼠注射药物A，B或C，然后与没注射的进行比较。
老鼠分四组1,2,3,4。 1组作对照，2组用A药，3组用B药，4组用C药，然后比较药效（2
,3,4组分别与1组比较）。结论，C药有效，A和B没有显著性差异。这种设计应该用one-
way ANOVA pairwise comparison吧？有些文章用的是t test。2vs1, 3vs1, 4vs1,然后
给出3个p值，其中有一个小于0.05. |
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c****r
发帖数: 576 | 29 还真有这样的例子。某生物组花很多钱用了很久做了大量数据，投到Nature旗下的
Molecular Systems Biology，本以为老板牛数据多就能接收，结果被要求补数据分析
，后来找了个学计算机的学生，分析一番，显著性出来了，机理也能解释了，被接收，
而这个学计算机的学生做了排名第二的并列一作。搞数据分析的作并列一作很多情况下
并不过分，我还见过排在并列一作第一位的。 |
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N******n
发帖数: 3003 | 30 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: Chinared (天涯浪人), 信区: WaterWorld
标 题: (原创）留美博士老张——新婚之夜的回想
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 16 11:28:52 2011, 美东)
俺挺喜欢《留美博士老张——结婚记/征婚记》这个创作的，心酸、诙谐、幽默、也有些许感动。闲暇之余，接着第一个“老张结婚记”，续写了一个“留美博士老张——新婚之夜的回想”！欢迎拍砖！
不管怎么说，博士老张终于在父母的婆娑泪眼中，结婚了。
婚礼办的盛大而热闹，东方又西方。老张的姑姑说老张穿着西服也有点人模狗样起来了
，老张的阿姨说这就叫佛靠金装人靠衣装。酒店里宾客来来往往，热热闹闹，老张父母
简直比老张还激动，脸上笑起的皱纹好像绽放着一朵大菊花。
老张站在台上，听着欢快的音乐以及嘈杂人声，忽然想这究竟是不是一场梦。或者自己
是主持人，身边的主持人才是新郎。但他有点想不通自己到底是怎么卷入这一场闹剧里
来。可是忽然一切都安静下来，婚礼进行曲响起，红地毯的一端，是他的新娘披着白纱
，挽着她父亲的手臂款款走来。
不知为什么，老张忽... 阅读全帖 |
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m***T
发帖数: 11058 | 31 running cost两个chip是差不太多的。如果你用proton 1来做whole genome当然cost要
高很多，但用proton II来run，跟proton 1做exome的cost不会有非常显著性的差别的。
exome capture的cost，我想是不包括的。从目前的技术来看，这部分的cost是相当可
观，而且不是特别容易降下来。agilent刚买了halo，不知道在这方面会不会有什么更
好的做为。
500 |
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P*****6
发帖数: 273 | 32 请问各位大牛，有人知道data mining 的技术在bioinformatics上的应用效果如何？随着一个样品的各种类型的测序结果越多，high dimension curse 应该更大了。我觉得即使是sparse 的各种算法也只能改进一小部分。看理论分析和simulation，个人认为算法的改进对最终的predict error的改进从生物医学的角度其实显著性并不高。Bayesian statistics 整合多个database会有不会有较大改进？ |
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i*e
发帖数: 352 | 33 GWAS的结果本来就不应该作为推测机理
它理论依据本来就是基于几个假说
就算E-8的显著性阈值都还是假阳性很多
a
discovered |
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i*e
发帖数: 352 | 34 GWAS的结果本来就不应该作为推测机理
它理论依据本来就是基于几个假说
就算E-8的显著性阈值都还是假阳性很多
a
discovered |
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c****r
发帖数: 576 | 35 你前面说的金融交易与政治有关我很赞同，不过后面说统计不管用，我有不同的看法。
算不算众所周知呢，就是相关系数不能等同于因果关系。它只能表示两者之间的关系，
并没有因果之分。金融上的数据多是时间序列，那么介于变量A和B两者之间，一个简单
的因果关系可以是A先发生，导致了B之后的变化，那么统计方法上可以对A引入一个时
间滞后，然后和B作回归分析(Regression Analysis)，再检验回归系数的显著性，从而
得知是不是因为A的变化而引起了B的行为。以上是一个统计推断(Statistical
Inference)的典型例子。
所以说，我不觉得统计在金融数学上一无是处，那些引入随机变量进行微分方程(SDE)
建模之类的都不如统计用处广。多变量，噪音，时间序列，大数据，不用统计用什么？
另，矿工和交易员不一样吧。 |
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w******y
发帖数: 2504 | 36 作过METABOLISM CHAMBER，ACTIVITY没有显著性的改变。 |
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a*******n
发帖数: 156 | 37 至少我知道肝癌找不到有显著性的突变，小细胞肺癌好像也没有 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 38 LZ
here you go
Cluster
对微阵列和基因芯片数据进行多种聚类分析的软件。
Treeview
GeneCluster
对微阵列和基因芯片数据进行多种聚类分析，特别是SOM（Self-Organize Mapping）分
析的软件。
SAM
对微阵列和基因芯片数据进行显著性分析的软件。
url web link:
//bioinformatics.cau.edu.cn/software.htm |
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b****r
发帖数: 17995 | 39 作为一个在美国考了版也拿了PhD的人，只能告诉你，我感觉你对美国MD的了解恐怕少
得有点可怜
在美国能当医生的，很少有谁去读PhD，原因很简单，PhD将来穷的可能性很大，
funding竞争很激烈，社会地位很一般
MD则肯定不会穷，如果想做research，funding竞争强度小不少，因而research方向可
以比PhD们更少受外界限制，社会地位也比PhD doctor们强一大截
PhD我不否认在一些科学基础训练上比MD是要强，但是这个不是做领导最需要的素质，
而是做打工仔比较需要的素质。在当领导把握大方向的时候（或者说把握当今NIH的主
要方向：攻克疾病的时候），PhD的劣势就有点明显了。
换句话说，PhD做的东西可能确实在几十年后对社会是很有用的，但是也很有可能是很
没有用的（离实际社会问题：疾病 太远）。谁知道你发现的那个分子，那个
interaction是不是能成为一个好的治病target？ MD可能长远来说对社会的作用不见得
比PhD大，但也没有任何证据说一定会比PhD小。但是就短期来说，MD做的问题相对而言
要显得有意义，有针对性得多，他基本上就是针对一个临床上比较有... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 40 生物体不是那么简单的，搞搞结构域就知道KO表型了。你这个思路不是还是数学模拟的
思路么
如果那么容易模拟，为啥很多实际做KO出来结果都是surprising的结果？
当然我支持把一部分成熟技术外包。现在其实买配好的胶和缓冲液，PCR仪，老鼠房，
各种技术支持配专人管理，说白了其实都是你说的这个趋势的慢慢实现。只是现在这样
远远还不够，我也同意。
但是这就有个问题。生物的东西因为没有标准答案，如何保证结果是个问题。公司很多
是有目标的，我要做个触摸屏，我要做个语音识别系统，下面的人无论如何折腾，触摸
屏能触摸操作，语音识别能识别各地口音，这些是个硬性指标，你真的耽误了工期，目
标没达到，考评或者奖金都可以直接跟结果是否实现，实现到哪一部挂钩。
哪怕你买个冰箱，买个电脑，买个什么东西，买个感冒药，它能不能用，都是非常清晰
的指标。
就算养老鼠，JAX也可以有生长曲线和各种健康指标来监控，如果你买个野生老鼠明显
不正常，责任也很好确定。
但是老鼠KO或者细胞培养这些，你自己也不知道你等待的是什么样的结果，这样一来如
何建立考评系统？没有考评系统公司如何管理员工？你又怎么在几家竞争公司里面挑选... 阅读全帖 |
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B******s
发帖数: 52 | 41 或许是我论述出了问题，最后变成我在攻击KO了。本来只是举个例子而已。我本意是觉
得KO早就该变成PCR一样的实
验手段了，还有太多PI靠着这种技术去找更重要的基因来意图发大文章。就像生物信息
学里面GWAS的人用相同的技术
不断的找显著性相关的SNP然后就发一堆文章。。。如果是成熟的技术就该尽量分配到
技术公司外包，一方面解决生
物口苦逼的现状，一方面可以促进技术公司增长。举个相对的例子，就是sequencing
和 基因芯片 。。。甚至以后的
crystallography 和 imaging
国家的基金，养廉价博后可以，一样也可以靠市场去养技术公司。
我也不知道为什么就默认我在鼓吹modelling和sysbio。。。或许是我本来就说不清道
不明，太纠结细节了。
呵呵，罢了，争论这些没啥用
好好过好自己的生活就够了 |
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D*a
发帖数: 6830 | 42 有几个搞bioinfo的又知道他们搞出来的一大堆显著性的基因说明了啥生物学问题的呢？ |
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i*********0
发帖数: 915 | 43 哪有那么多黑和白的结果呀！不用数学工具搞搞，那里来的统计学上的显著性呢？ |
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D*a
发帖数: 6830 | 44 我理解RNA-Seq是全RNA吧？就是用那个poly A尾巴还是什么来钓。这个nanoString是得
先搞一个库，完了之后多一个也不能弄？
但是是不是说如果每个RNA都搞一搞，是不是P值修正的就更严格啊，如果只有几百个基
因，那么更容易达到显著性一些？ |
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h*****9
发帖数: 4028 | 45 很多机制并不是一个统计问题。统计能解决一些问题，但很多问题不需要统计。否则就
会出现你测量你的身高1.8米，测量你朋友身高1.5米，然后你用你的统计学常识得出结
论：我和朋友谁高谁矮无法判断。因为各组样本只有一个，且只测量一次无法进行显著
性差异分析的荒唐结论来。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 46 我就事论事的反驳一下啊，仅仅针对那些观点，不是针对转贴的同学。
转载自
http://blog.sina.com.cn/s/blog_ad048dc101016j6i.html
样本量小
-------对于那么高的发病率（超过50%）来说，几百只老鼠貌似足够了
玉米占总食量最少11%——不均衡
------只要有严格对照（非转基因玉米），这个不构成问题。
没有非玉米对照组？
------有非转基因玉米作为对照就够了，用非玉米的话会因为不同代谢，数据很难
直接比较
没有给出非转基因玉米的试验结果
------文章数据有提及，但是标示的癌症土可能为了夸张，没有展示非转基因玉米的癌症
（注：大鼠到了年纪都会有一定比例长癌症的）
近20年来，欧洲的数十亿只动物被喂食产自拉丁美洲的转基因大豆，他们的农民、
官员、兽医未报告任何问题。
------豆子和玉米是不同的转基因侏，比方说转进去的基因组位点可能就不一样。
两者完全不能直接比较。
该杂志曾发表的论文显示食用转基因玉米对大鼠没有不良的健康影响（试验周期90
天）
-----该文章就是为了强调这... 阅读全帖 |
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y*****w
发帖数: 1350 | 47 统计显著性 vs 相对频率
-----不知道这个是什么意思
这个的意思就是说，没有做significance test，而只是显示了relative risk？我没有
看文章，只是根据这字面觉得是这个意思。 |
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