由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: 核磁
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s*******w
发帖数: 2257
1
从医疗改革看中国高层的无能和胡来
(2015-08-09 22:01:09) 下一个
民生保障:新中国经验vs市场化教训
——玛雅专访北京大学中国健康发展研究中心主任李玲
中国走到今天,在民生保障方面曾经走出一条适应国情、适应我们制度安排的路。但后
来在民生领域盲目 “与国际接轨”,导致今天形成了“四座大山”——看病难、上学
难、养老难、住房难。
我们曾经笃信市场,以为市场真的能搞定一切,然而,市场却往往失灵,特别是在民生
领域与社会建设上。现在仍有不少人依旧沉浸在市场迷思之中,这是在下一步发展过程
中需要我们时刻注意的。
李玲教授
仇和落马与私有化医改的不归路
玛雅:7月31日,仇和因严重违纪违法被开除党籍和公职。仇和曾经是地 方改革的风云
人物,2000年担任宿迁市委书记时,卖掉了当地所有的公立医院。然而2011年,当他在
昆明市委书记任上,以“企业+医院”模式推行公立医 院改制时,以私有化著称的宿迁
模式却改辙易途,由政府财政全额出资,建造一所大型公立医院。从医疗改革的角度看
,应该怎样认识宿迁现象?其中最大的教训是 什么?
李玲:最大的教训是,医疗是一个市场几乎完全失灵的领域,... 阅读全帖
h**c
发帖数: 2376
2
来自主题: Zhejiang版 - 原来的老板要去剑桥了
写了篇小文回忆下我和她,结果到现在才有空敲上来。
科学的逃兵
研究生的第一个暑假,我要选导师进实验室。面对系里那么多教授,我选择了格蕾。不仅仅是因为她的领域是无机类,还因为传说中,她很严格。
格蕾身材高挑,面容姣好。组里的师兄师姐都说,我们组最聪明的是我们老板,最勤奋的也是我们老板,最漂亮的,还是我们老板。我偷偷以为,她要是不做教授的话,还可以做模特。呵呵。不过她确实容貌与智慧并存,我进组那年她三十四岁,已经拿到终身教职了。据说她从牛津大学博士毕业,才用了三年。
我生性惫懒,以为有个严厉的老板,自己就能按部就班的做研究然后顺利拿PHD了。 --
显然这是小看了旅途的艰难了。这一个个科学之路的特征,随着实验的进展纷至杳来,最后竟令我害怕到逃亡。
首先发现的是,做实验竟然如此的枯燥无聊。回忆中我总是在不停的把材料碾磨好,装
进试管,放入那个永远都在运行的核磁共振器。然后就是漫长的等待。等候期间理应勤
奋的看文献,可我每每看几分钟就厌倦了,便偷偷在mitbbs注册个帐号灌水聊天。
无聊不说,做实验还很辛苦。我们实验室要用液氮,而液氮得到隔壁楼的物理系储藏室去取。组里的兄弟姐妹轮流执行这个任务
d********d
发帖数: 3
3
今天正在发愁反应没有做对中,老板一本正经地过来找我说有个问题要问我,吓了我一
跳,赶紧把核磁谱藏起来了。
原来他要去中国了,苦于用的苹果本本的电源在中国没法插,问我该怎么办。他的电源
是三个口的,所以肯定是要个转化器的,不知道这种转换器应该去哪里买呢?
谢谢各位~
z***q
发帖数: 907
4
【 以下文字转载自 shopping 讨论区 】
发信人: zypsq (妈妈的小猪), 信区: shopping
标 题: 问个lenovo配置的问题(回答详细有包子)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jul 22 00:19:15 2012, 美东)
最近想入手一台thinkpad电脑,但对于具体配置不太确定,望高手不吝赐教。
主要是日常用途,office,有可能需要装windows/linux双系统,或者运行topspin,NMR
pipe,sparky等核磁专业软件,实验室有大显示器,所以电脑本身显示器大小无所谓,
需要能外接显示器,键盘,所以对键盘也没有要求,平时也不太用得着光驱。希望携带
方便,开机速度、运行程序快一点,越轻越好,另外不要太热。预算上1000左右(
macbook air 1300左右也可接受)
有几个待选,希望能找到最适合的配置
1) macbook air,轻薄,但据说性能较低,另外价格比较高
2)x220 or x230?看版上都推荐220,请问230除了键盘不好用之外还有其他缺点么?新
一代cpu应该比老的性能好吧?另外选i5还是i7呢?
... 阅读全帖
t********y
发帖数: 6
5
我在http://www.phosphosite.org网站上查到蛋白磷酸化的位点(多数是核磁测出来的),比如"MANRGPayGLSREVQ"中的y,能不能从这片段就推断出它是什么酶的底物?这方面完全不懂,不知道靠谱么?
l*******k
发帖数: 361
6
不同的kinase有不同的Motif,查一下就知道了,我想在网上应该有相应的软件
发信人: timememory (光阴的故事), 信区: Biology
标 题: 已知磷酸化位点,能不能推断是什么酶的底物?
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Apr 25 11:58:16 2010, 美东)
我在http://www.phosphosite.org网站上查到蛋白磷酸化的位点(多数是核磁测出来的),比如"MANRGPayGLSREVQ"中的y,能不能从这片段就推断出它是什么酶的底物?这方面完全不懂,不知道靠谱么?
s***i
发帖数: 603
7
确认合成的有机小分子结构,产物用核磁啥的和标准物一对比不就可以了?再不行用啥
ms,EA就可以了吧
f*********r
发帖数: 1233
8
来自主题: Biology版 - 说licor背景强是一种误解
都数字化了。从x光平片、到ct、核磁,一水的联网在线观看。就连给病人的copy都是
cd。
p****s
发帖数: 3153
9
来自主题: Biology版 - 核磁问题求教 (转载)
你们那里没有NMR专门的staff么,他们应该知道怎么设定实验。

field
parameter
z***q
发帖数: 907
10
来自主题: Biology版 - 核磁问题求教 (转载)
有NMR manager, 不过他也不会,博后也不会,老板20年没做实验了,我们组的人都比
较弱。。。
u**s
发帖数: 384
11
来自主题: Biology版 - 核磁问题求教 (转载)
Bruker has manuals, but be careful because I really dont think it is a good
idea to ask someone without a training to do something like you are going to
do.

field
parameter
m****m
发帖数: 395
12
来自主题: Biology版 - 新人的苦恼
我的专业就是固体核磁,我PHD就学这个,所以我也想通了,那么容易就学会了,我就
该毕业了。不过我主要不研究仪器,我研究蛋白,使用仪器,所以常用,而且不懂不同
的脉冲序列会很吃亏,导致做不出好的谱来。所以需要生物和物理知识的结合。我的背
景几乎为0,是一张纯粹的白纸。
我觉得如果将来我当了学长,我一定会做个好人,花时间去教师弟师妹的,不过我现在
没有太多的学长,因为老板中间几年没收到学生,我来了,最高那年级的学长正好毕业
,现在只有比我高一届经验也不是特丰富的学长,他们自己也在学,结果我就去BOTHER
博后和技术员了,其实我觉得学长会更容易接近些,更易交流。实在不想麻烦专家级人
物,虽然我很羡慕我同学有老板亲自教。那个仪器确实是专人负责,暴贵仪器,不过专
人都不怕被我这种小孩弄坏了。。
让人教,我也一直都是感激人家的,觉得亏欠了,还送点小礼。我也想RESPECT人家的
宝贵时间,所以我很为难,一面自己想问,一面又不敢,我想最好的解决办法是多自学
些先。。我每次都跟别人说我的实验,还有计划,让人家了解我,但是我觉得人家对我
的实验比较冷漠吧,除了有个博后现在挺帮我的,但他也是人家组的博后
b******3
发帖数: 377
13
来自主题: Biology版 - 怎么保持蛋白结构?
核磁出来没多少峰,导师认为蛋白没有折叠,大肠表达,纯化什么的都没问题,怎么办
?谢谢!
m********r
发帖数: 124
14
来自主题: Biology版 - 为什么总是失望?
唉,我跟楼主情况类似,也是两年半了。做蛋白的,第一个考qualify的时候被人抢了
,第二个纯化出来发现不折叠,好容易有个homolog折叠了,现在老板又不急着让我做
;催我的是另一个课题,结果那个蛋白降解,相互作用也做不成,我觉得怎么不好做的
蛋白都让我遇上了。关键是他催的这个课题性价比太低,因为人家做遗传只是要我们一
个确定相互作用位点,我用核磁得做老久,还取决于蛋白的稳定性,就是做出来了我也
不是一作。头大啊
m********r
发帖数: 124
15
来自主题: Biology版 - 课题换得太累了,还换不换?
我们是做生化的,体外纯化蛋白,做相互作用(fluorescence,ITC,pulldown),
顺便做点结晶和核磁,mapping作用位点。我第三年下了。
Rotation 的时候做一个真核信号通路蛋白的A domain(这也是老板postdoc做的
domain),是个很好纯化的蛋白,做的还行,有个coauthor的paper(师兄一作,4分左
右,话说我觉得实验室就这个水平了)。
加入实验室之前,另外一个rotation的学生做B和C蛋白,是原核的信号通路。当时
我感觉我加入实验室是不就做这个了。结果老板让我先做D和E, 顺便做原来的真核蛋
白的F domain,理由是应用的技术是一样的,要charaterize的蛋白性质也是相同的。
这是实情。这个时候有个小的grant, 关于蛋白BCDE的。结果我第二年冬天发现F
domain太大,不好做。而D和E表达起来比较困难,不可溶。加上B和C合作者有genetics
的data,所以就做了点这个。之后回国,春天回来做助教,上课考qualify,几乎春季
没做实验。完了之后,发现D和E 已经被马普的两个组发了。人家一... 阅读全帖
x*****o
发帖数: 441
16
我觉得可能是有很多dynamics, 结构不稳定. 你看到到的有可能有好几个comformation
的混合物. RNA的结构很多变,dynamics是特点.
看看能不能再多加点一价金属,稳定一下结构.其实稳定结构镁离子最好,但是听说NMR不
能用镁.
s***m
发帖数: 6197
17

comformation
没这个说法。Mg2+这么重要的阳离子怎么可能不用。
T**********t
发帖数: 1604
18
Ambion的网站上说镁离子的存在会让RNA产生非特异性降解:
http://www.ambion.com/techlib/tb/tb_159.html
不过我们实验室确实也用含Mg的buffer做过RNA的NMR就是了。可惜我不做NMR,lz的问
题我答不上来。
x*****o
发帖数: 441
19
和很多做RNA NMR的谈过,镁离子浓度过高会使谱图看起来很差,所以他们使用不超过5mM
. 要是想要稳定RNA结构,在buffer里面至少需要10mM.
你是做RNA NMR的?你平时用什么浓度?
r********d
发帖数: 58
20
hehe,多重构象
把盐脱掉
buffer用5个mM就可以了
r********d
发帖数: 58
21
如果9个base pair中只有两个GC的话,那你的这个结构肯定不稳定
z***q
发帖数: 907
22
非常感谢!
NMR可以用镁,但是浓度不能太高,因为镁可以broadern peaks.至于降解,只要温度低
于30C应该没有太大问题。
但是,想请问一下,如果没有已知的镁binding site,generally 镁仍可以稳定结构么?
非常感谢!

comformation
z***q
发帖数: 907
23
非常感谢!
请问你说buffer用5个mM是指5mM NaCl? 盐离子不是用来稳定结构的么?为什么脱盐后
反而可以改善多重构向呢?
谢谢!
z***q
发帖数: 907
24
感觉结构是不太稳定,因为20C以上峰就更broad,完全成了馒头,连小叉子都看不见了。
但是为什么在imino region看不出多重构向呢?主要是imino region太好了,搞得老板
总是不想放弃,就说我做得不对,但他也不知道哪里不对。
请问现在只有改序列这一种办法了么?
z***q
发帖数: 907
25
对的,镁离子浓度过高会使谱图看起来很差,所以一般不会超过5mM
但是,请问“要是想要稳定RNA结构,在buffer里面至少需要10mM”这个是对于任何浓度
的RNA都适用的么?
谢谢!

5mM
r********d
发帖数: 58
26
盐浓度越高,越有利于稳定dimer,trimer等结构
盐浓度低一点对single hairpin好
你干脆别加盐了,如果buffer是用phosphate来控制pH的话,那么加5mM的phosphate就
可以了
你sample concentration是多少?
r********d
发帖数: 58
27
在结构末端多加两个basepair,把结构稳定下来
同时把盐脱掉,防止dimer的形成
再就是做NMR之前用heat and fast cool,不过个人感觉这个没啥帮助

了。
r********d
发帖数: 58
28
在25度的时候,imnino region还好吗?

了。
s***m
发帖数: 6197
29
同意rutherford的说法
你按他的建议试试看先

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
这个是要在不形成dimer的前提下
10mM
z***q
发帖数: 907
30
非常感谢你的建议!
我们实验室现在一般不用phosphate,直接用H2O+NaCl,然后pH the sample,据说得到的
谱图比较好,所以我从来没有试过加phosphate。
不过这样做可能的确有问题,pH 也不太准,我试试用5mM的phosphate,不加盐离子看
看吧
sample concentration 大约0.9-1mM.
请问这个浓度能做natural-abundance N15-HSQC么?
非常感谢!
z***q
发帖数: 907
31
不好了。
不过即使稳定的结构,imino到了25度也会因为fast exchange 看不到了吧?
z***q
发帖数: 907
32
就是说结构不稳定主要是端基没有GC的原因了?
我曾经做过一个mutation,就是把端基的2个UU都去掉,再把邻近UU的AU变成GC,这样就
有2个GC连在一起,可以transcribe了。然后发现得到的样品dimer有大概30%-40%,这
是不是说明不仅stem,其实loop也不稳定?
非常感谢!

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
这个我感觉也没什么用
z***q
发帖数: 907
33
恩,谢谢回复
r********d
发帖数: 58
34
我觉得15N实验悬
不过可以试试吗,呵呵
pH还是要控制的,一般都是用buffer控制,不明白你说pH the sample是什么意思?
r********d
发帖数: 58
35
那真是不稳定啊,呵呵
举个例子,DNA双螺旋的imino你到40度可能都还看得到,就因为这个结构非常稳定,呵呵
r********d
发帖数: 58
36
这个问题要分两重看
第一,你加了GC之后,hirpin是比原来稳定了
第二,你加了GC之后新的序列形成的dimer可能比single hairpin更稳定,这个就和序
列有关了,没拿到结构,谁也说不太清楚,呵呵
z***q
发帖数: 907
37
非常感谢你的回复!
pH the sample就是调样品的pH值啊,直接用NaOH,调到6左右。据说磷酸盐也会使谱图
变差,我没有试过。
z***q
发帖数: 907
38
哦,长见识了,从来没有试过40C。。。。。

呵呵
z***q
发帖数: 907
39
恩,你说的很有道理
感觉RNA的结构基本上由序列决定了,序列不行,怎么做都不行。。
再次感谢你的回复,给你发个包子吧
C*********m
发帖数: 213
40
来自主题: Biology版 - nmr 做蛋白结构的前途
应该比较一下世界上做晶体有多少个组,做核磁多少个组,然后比一下发CNS文章的比
例。
d****z
发帖数: 75
41
来自主题: Biology版 - nmr 做蛋白结构的前途
刚看到此文,很同意你的观点。其实结晶也是一工具, 不比核磁好到哪去。关键是体
系。

13C
MRI
b******3
发帖数: 377
42
不太清楚是如何操作的?是把溶在A中的高浓度蛋白直接倒到B溶液中吗?谢谢!
g*****p
发帖数: 451
43
来自主题: Biology版 - 请教生化大拿
这个问题不难回答
从你以前的帖子已经知道你找到了酶被水解的位点
那你只需要合成一段相关的底物就可以了
然后还可以标记一下荧光,加点酶,看能不能切
要是能切的话,连kcat/km都可以算出来
如果能切,一般来说trans-leavage和cis-cleavage的认定才是
最头疼的事
一般来说得需要做个核磁或者晶体结构才行
要是你能拿到zymogen的结构呢,这个是比较好回答了
但你也说了这个酶不稳定,你想拿到zymogen的结构不做几个点突变把它稳定住
是不行的
不过现在为止你的实验数据有点让我困惑的地方(我不是说你的实验数据不对,只是说很
难解释这个现象,所以希望你先再确证一下)
1.你说4度放过夜,该酶都会变成truncated,这个和你开始express出来recombinant的
protease有两者混合的现象结合起来看,很难让我相信这个酶会有autocleavage的活性
因为要知道,ecoli表达重组蛋白,其细胞中的protease浓度是很高的。如果真的具有
自剪切活性,你根本不可能拿到full-length的protease,expression的时候就自己切光
了。因... 阅读全帖
p****s
发帖数: 3153
44
来自主题: Biology版 - 询问固体核磁
他是意大利ssNMR的一霸,在意大利没有比他做ssNMR更牛了的吧,据说他有个哥哥是佛
罗伦萨的地方长官,所以他从不缺钱。不过我真没看见他的文章里有很多的中国名字,
估计不是谁想去就能去的。如果完全没有接触过ssNMR,估计是不可能去他那里吧我想.
..如果是做EPR或者生物无机的我觉得还有机会,毕竟他做金属蛋白。
s********m
发帖数: 171
45
来自主题: Biology版 - 询问固体核磁
NMR奇人,固体,液态都做, paramagnetic nmr, NO.1, 应该有1000偏文章了吧。脾气
不好。
所有文章按姓氏排列,所以不是他排第一, 就是另一个教授banci排第一,如果你姓安
(an),可以去他们组,否则建议不要去。
x******g
发帖数: 91
46
现在动不动就抨击ry、syg在国内搞大项目
不知道论据从哪来的
据我所知:
syg个人经费比ry多很多,其中最大的一块,是前几年Roche和诺华分别给了八位数
两人手上都有973,3000多万,这都是要分给四到五个课题组五年花的
现在比较大的,一个是联合生命中心,billion为单位的经费,但是国家只给大概60%,
分十年,其余学校从985里面掏;而且也不是给个人的,第一批fellow也有近20人
第二个是凤凰工程(蛋白质大科学工程),这个可能被抨击得最多,当初饶、施批评的
也是这个。不过这个最初就是饶子和和贺福初捣鼓的,后来饶子和到南开、11g到清华
,也是接手这个项目(当时这个项目已经快上马了,中科院在上海也搞了);北大能挤
进去,主要也是原来核磁中心的实验设备

他在美国的时候” 如何如何。回了美国,看lz的记载,又是口口声声“八位数的经费
,什么项目都是我来审”。啥人啊。
在美国的时候抨击大科研项目,抨击国内科研不平;回了国立马就去抢大项目的钱,通
过中央的关系搞钱。
研究吗?
来学”??忽悠一轮新的小孩过来贡献青春贡献人生?
a*****v
发帖数: 128
47
不能结晶,有很大的区域是IDP
这个对于x-ray基本就是噩梦,所以就只是做核磁了。
h******y
发帖数: 106
48
fresh phd,在美国老板不给推荐信,只能找国内的位置了。有一作jacs一篇,二作三
作jacs级别的文章4篇,核磁、电镜和蛋白质结构、动力学方向都可以,不知道在长三
角能找什么样的位置?
x*****m
发帖数: 60
49
能做MRI的技术员是挺好的。就是担心MRI的工作职位比较少,不如clinical lab 好找
工作。你想一个医院能有几台核磁呀,能提供的工作岗位应该不会太多。要是学了2年
以后又找不到工作就更悲剧了。
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