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d*****a
发帖数: 1319 | 2 轻薄laptop+强大desktop
远程登录desktop进行计算就行了，现在哪没网络
带着laptop怎么能不停算 |
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i******d
发帖数: 565 | 3 公司里做数值模拟计算的。在dell上配了个T7600要9500刀。现在我跟老板说想自己配
，看5000左右能不能搞定。
请大家看看5000美元能够得到什么样的配置比较好。最好有gpu加速的。
谢谢。 |
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j****n
发帖数: 3465 | 4 需要做一些编程、模拟计算的工作，当然，也需要兼顾3D大型游戏、高清电影之类的娱
乐活动。求前辈们推荐一款性价比高的台式机。谢谢！ |
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i******d
发帖数: 565 | 5 这个分布不了。目前的项目根据目前的机器配置我准备采用局部模拟的办法来解决。
主要是以后如果还有类似的项目的话，我不想太费时间来做局部分段分析。
所以我想如果配置32核128G内存不是太贵的话，我倒很想配置一个。
只是不知道该如何选择合适的内存，CPU和显卡。谢谢 |
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l***x
发帖数: 385 | 6 主要是一些数据处理，只有少量模拟计算，这方面要求不高。
ThinkPad T440s前面的帖子也有人推荐。 |
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i*******D
发帖数: 993 | 7 考虑跑分子动力学模拟. 不知道什么性价比高的gpu平台推荐?
以下这些显示芯片组的显卡有什么推荐的性价比高的么?如果单个卡便宜可以多加几个
卡.
GTX Titan - Recommended for performance desktops
GTX 780 Ti
GTX 680
GTX 580 - previous generation
Tesla K40 - Recommended for performance desktops
Tesla K20
Tesla K10
Tesla C2075 - previous generation
Tesla C2050
Quadro K6000
Quadro K5000 |
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i*******D
发帖数: 993 | 8 谢谢2位的推荐.我先等那个软件包的maillist上对我要模拟问题的回复,是不是我设想
的用这个包可行,然后再考虑硬件需求哈. 如果买580的肯定优先考虑来这里. |
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c****n
发帖数: 94 | 9 我有兴趣自己组装一台可以当cluster使的计算机，6+ cores 即可, 10+ cores更好。
装linux centOS或类似系统，需要支持多用户远程登陆(用ssh)。主要用于模拟计算，
暂时没有图形处理的需求。
可有什么好推荐？预算大概多少？USD 2000左右能配成什么样子？
什么地方能找到DIY指导？ |
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j**u
发帖数: 6059 | 10 我见过，搞肿瘤模拟计算的，用的还是java，让我很吃惊。不过人家发文章都是很牛的
杂志，还有cell之类的。可见刀钝刀快还是相对研究的问题而言。 |
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m*********t
发帖数: 527 | 12 你需要问自己的是，这个精度到底多少 make sense。比如，你用来模拟的输入参数测
量精度是多少位有效数字？你的 model 本身用了多少 assumption ？ 单纯的追求浮点
数舍入误差我个人觉得没啥太大意义。
怕就 |
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n**x
发帖数: 606 | 13 就是起100个thread,每个队一个大数字做interlocked.increment。很简单。代码我正
在升级为增强版，看看能不能模拟真实情况。 |
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发帖数: 1 | 15 第一数据不要直接写到数据库， 放在缓冲区攒齐了一起写
关系数据库的IO性能本来就奇差无比，你这完全是没实战经验
第二其实最好不要用数据库存储， 直接写在磁盘上, 后期计算几百万量级的数据直接
上大内存全部load到内存操作
第三, 大规模的数据排序更不要用关系数据库，直接写在磁盘上用external merge
sort, 这是通用做法
综上所述，你根本的错误就在于不应该在这里用数据库 |
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发帖数: 1 | 16 来自主题: Programming版 - 数值计算
我对这类的数值稳定性的问题也很感兴趣
原来比较关心的是天体的长时间轨道模拟的数值稳定性， |
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发帖数: 1 | 17 来自主题: Programming版 - 数值计算
我对这类的数值稳定性的问题也很感兴趣
原来比较关心的是天体的长时间轨道模拟的数值稳定性， |
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w**********o
发帖数: 106 | 18 就是把各个学校搞固体力学（包括材料宏观，介观的模拟计算这块）凑在一起
看看我这个靠不靠谱, 比较粗略
Havard
NWU
Brown
Caltech
MIT
Stanford
Umich
UIUC
Gatech
Berkeley
Cornell
Princeton
UCLA
Utexas
Virginia Tech
UMN
U Maryland
U Wisc
CMU
PSU |
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p******m
发帖数: 300 | 19 这个版的新帖好少唉。。本人目前是物理PhD在读，理论方向的，觉得自己还是想做一
些更实际的东西，想转学做飞行器设计。中学时候喜欢做一些船模航模，动手能力还不
错，目前做物理的一些模拟计算编程也得到很多训练,也发过几篇文章。可是觉得还是
喜欢做一些更够“实现”的东西，可是自己对aerospace的信息基本是0（我现在的学校
也没有这个专业，悲剧），身边也没有同学学这个专业，想求一些建议，非常感谢。另
外这个专业有没有一些Summer school之类的Program可以申请的，只在NASA上面搜到一
些可是都需要citizen。 |
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s*****g
发帖数: 7857 | 20 搞模拟计算的总是要懂些必须的东西。但那些是为实际服务的。
编辑看不懂，并不等于所有生物人都傻。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 21 你说的对，Resetta后来也推出了基于Homology modelling的模块，不单单只靠ab
initio presiction的算法，但和传统意义上的homology modelling经典方法还是有所
区别的。
Baker的牛文确实层出不穷，他提出的这套方法原创性太强，基本上这个领域就看他一
个人在做，所谓“走自己的路，让别人无路可走”。
如果我没记错，近几次CASP的结果，rosetta基本都比不上I-Tasser（或大致持平？）
，等今年CASP11的结果出来再看。前面提到过，其实rosetta眼下的亮点和强项，在
structure refinement以及protein design上，这一块确实没有敌手，尤其是后者，让
Resatta大热。但眼前为数不多的几个成功范例能否再进一步推广，有多少普遍意义，
可能还不好说。
Robetta server基本就是个joke，你可以试一下普通权限在线提交一个>100aa的序列，
看看系统计算出来大约需要多久能给你结果...而Rosetta的帮助文档做的是出了名的烂
，这么久以来一直就没变过... |
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o*****p
发帖数: 2977 | 22
对不起，我前面的说法是错的。（说chi-squ是parametric, 说KS 是non-parametric
所以不够powerful）
我模拟了一下你的数据，发现用KS test应该是很显著的。
做法应该是这样，不是用你的百分比，而是类似前面有人提议，把每个细胞的foci数
作为一个数据，这样你就有两组，每组200个数据，用这两组数据做ks test，结果应该
是显著的。 |
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n******7
发帖数: 12463 | 23 楼上说的对，structural bioinformatics是个坑。如果你不是一些核心组出来的，基
本上也就是跑跑别人的工具分析结果，没啥意思。对个人提高不大，业界需求也少。
我就是这样过来的。先是做蛋白，生化，生物物理，结构。然后做结构分析，动态模拟
。后来发现自己跟别的做生物信息的根本尿不到一起去，给自己琢磨了一个ML的课题，
终于解脱了。 |
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s******e
发帖数: 82 | 24 不如去读好工科学校EECS,数学学的不必数学系的差。
像EE信号处理，控制等数学要求也不低。而且实用方向，对建模和模拟计算都有了感觉。
比如说基本的Fourier transform, 数学系的人能感觉到time domain到frequency
domain 的感觉么？
这样数学学的不是概念符号是感觉应用的感觉，学起来也有意思。
计算机方向的东西，从硬件到软件都有了基础。
如果有精力到经济管理学院修个双学位，或者minor啥的。其实没有几门课，宏观，微
观，corp. fin.; 之类修一下。
这个样子，学到的是硬本事。 数学，计算机基础好，英语突出的话。
无论留在中国还是到美国至少有技术饭，如果喜欢金融业可以比较顺利地转过来。
当然，这个...前提是大学不能都打游戏，跑马子了。 |
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S*****n
发帖数: 6055 | 26 基础催化过程活性显著提高+模拟计算和实验吻合基本上就是Nature子刊水平了
加上PEMFC和仿生的大背景，上SN也很好理解 |
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c*********g
发帖数: 22 | 27 用的是DLPOLY,但是也要自己编程序来模拟计算 |
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l******l
发帖数: 233 | 29 楼上说得对，找码工的话得精通C++/Java，再加上一点python/perl，其实如果不想读
的话就早点转码工，现在码工就业形势蛮好的。就工资而言还是码工起薪最好。
现在金融就业并不景气，比起码工差不少，但不排除过几年会好转。你要想转quant的
话不光c++要好，统计方面特别是随机过程方面的知识也需要一点，这个么上个一两门
相关的课或者做过相关的课题也就可以掌握一些了。
我对制药方面不了解，前一阵子看生物版上讨论MD的确说现在药物设计不会单纯靠MD，
一般都要结合bioinformatics的方法，如果你是做生物体系的模拟应该上手不会太难。
有些大公司像P&G, Johnson & Johnson, Unilever，IBM research（当然IBM这个是招
postdoc）都招做MD的人搞研发，但岗位不多，得留心它们的网站。
如果你口语不错的话，也可以考虑consulting。 |
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m******n
发帖数: 453 | 31 一个个都往cheminformatics药物设计模拟什么的相关方向上靠拢
面试什么的哇啦啦的来
做benchwork合成脏活的真没活路啊 |
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c****n
发帖数: 21367 | 32 1. 航空 不是 航天
2. 航空发展的前一百、两百年都在砸飞机，所以我觉得现代西医
开始做梦想搞风洞（模拟，计算，局部试验）是违反科学发展规律的
不是直接时间上的类比。西医的基础理论部分和当年的物理学成熟度
不可比拟吧？如果当年要砸飞机，今天你用不完善的理论去限制
人体试验是什么理由？
当然医学人体试验有个不可回避的伦理问题，可当年的试飞员也是人命，
为什么就可以冒险？我觉得利益是唯一的解释。 |
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p***s
发帖数: 21 | 33 拜托不懂就不要乱发言，懂的人会笑话的。
管桩是在工厂预制的，预制懂不懂，按规格的不同配的钢筋量都是一定的，而且都是构
造筋，除非你要工厂去改工艺，那没有几万甚至几十万米管桩的量人家工厂都不会吊你
的。
全中国每年几千万米的PHC管桩生产量，规格都是定的，甲方直接从工厂采购，也可以
保证桩的质量，不怕施工方偷工减料。
显然设计方不知道楼一边会堆10米高的土，知不知道另一边会开挖基坑那就不清楚了，
得问当事人才知道。
你说的所谓增大截面积，还是因为你不懂管桩。管桩一般最大规格是600，特殊情况会
有800，1米的。不是说你去设计多大个截面出来的，而是你根据规格来计算需要多少根
管桩的。我说的管芯加灌混凝土实质上就是增大截面积。还有的办法是在桩周围注浆也
可以增大桩的抗拔和抗剪能力。该楼用的可能是500的，竖向承载力一般为230-250吨，
水平承载力35吨，你去算算吧。
搞学术的就老老实实搞学术，整些paper糊弄人就行了，一谈实际工程就会露馅的。人
家专家组的人都是有过很多工程经验的，难道还不如你们这些啥都不懂的学生？
坑没有事先征得设计单位的同意？
, 这个可参见我对另一个贴子的回贴 |
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x*****u
发帖数: 3419 | 35 直接数值模拟。。。
比如说$5k买什么样的机器好？ |
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P*******g
发帖数: 215 | 36 说出来不怕各位笑话， 我是做atom cluster,原子团簇模拟的，你给我一坨原子，我立
马把他relax,然后想干啥就干啥了。。。哈哈 |
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a*****e
发帖数: 182 | 37 我要用一个模拟计算软件，可以用GCC， 不支持visual c++。 看了网上关于安装GCC/
MinGW的方法很复杂，有什么简单点的方法吗？这里高手多, 望指点！ |
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w*******p
发帖数: 253 | 38 我的一个师兄，写了一个程序，用KP model计算III－V Quaternay 能带图，可惜程序找不到了... |
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l*******e
发帖数: 1485 | 39 我暂时还没有找到直接跟me mh有关的公式，不过我根据这个公式：
Ei=(Ec+Ev)/2+kBxT/2 x ln(Nc/Nv) http://web.mit.edu/6.730/www/ST04/Lectures/Lecture22.pdf
计算出GaAs的Ei偏离中心0.038V, 这相对Eg=1.42来说是个很小的偏差。
我用1D poisson，采用5000um sub, 没有看到明显的Ec-Ef变化。
但是改动 "surface schottky" (应该是指schottky barrier吧），发现Ec-Ef变化很明
显，也就是说，似乎是由于gate边界条件（shcottky barrier height)引起了这个Ec-
Ef的巨大偏移。
不知道我理解对否。 |
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s***d
发帖数: 15421 | 40 女生吗？ 多找公司师兄推荐就是了。 模拟女生还是很好找工作的。 |
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S*******r
发帖数: 83 | 41 比如，算算moire，全反射多层薄膜之类的，feature尺寸也比较大，都是上百个micron
以上级别的，大家都用什么软件？ |
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S*******r
发帖数: 83 | 43 不好意思，哪里能下到Lumerical FDTD，手头没有啊，谢谢！ |
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s*******a
发帖数: 1 | 45 同样的东西,为什么我用forcite module 做gemetry
optimization的计算速度远比其他modules 快很多啊.虽然说算法不同,也不至于快这么多
把.(1分钟和几个小时)
对于IRMOF,比如是IRMOF 01 我需要把它的UNIT设置成晶体吗?如果需要怎么设置呢?
谢谢. |
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w**********o
发帖数: 106 | 46 就是把各个学校搞固体力学（包括材料宏观，介观的模拟计算这块）凑在一起
看看我这个靠不靠谱, 比较粗略
Havard
NWU
Brown
Caltech
MIT
Stanford
Umich
UIUC
Gatech
Berkeley
Cornell
Princeton
UCLA
Utexas
Virginia Tech
UMN
U Maryland
U Wisc
CMU
PSU |
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l******l
发帖数: 9 | 47 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
【 原文由 loudbell 所发表 】
就是把模拟计算输出的坐标划出晶体结构图和动画来。
网上有那种可以免费下载的吗？
多谢！ |
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