s*****y
发帖数: 4595 | 1 4.12
早餐：
牛奶＋蛋白＋馒头 １７８
午餐：
中式炒菜＋饭（一碗） ４２６
晚餐：
中式炒菜＋饭（一碗） ４２６
藕烧排骨汤（半碗）１２５
零食：
咖啡加牛奶 ２６
蔓越莓干 ３７
柚子半个 ３８
黄瓜 １０
李子 ３０
总共食物热量 １２５９
锻炼：
慢跑／走 ４５分钟， ３００
Zumba class, 1小时，据说能消耗 ４００？ |
|
s*****y
发帖数: 4595 | 2 4.1３
早餐：
牛奶＋蛋白＋馒头 １７８
午餐：
中式炒菜＋饭（一碗） ４２６
晚餐：
中式炒菜＋饭（一碗） ４２６
排骨汤（半碗）１２５
零食：
咖啡加牛奶 ２６
柚子 ３８
芝麻糖 １５０
李子 ３０
总共食物热量 １３９９
锻炼：
慢跑／走 ４５分钟， ３００ |
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s*****y
发帖数: 4595 | 3 周末忙着儿子的birthday party,好几天没更新了，就放一起吧。
4.15
早餐：
牛奶＋全蛋＋馒头+蛋白 ２３０
午餐：
Healthy Choice Entree 275
晚餐：
中式炒菜＋饭＋汤 ６４１
零食：
咖啡加牛奶 ＋ 柚子 ＋蔓越莓干 １３９
Total Calories 1285
运动消耗 350
4.16
早餐：
牛奶＋全蛋＋馒头 ２13
午餐：
中式炒菜＋饭 426
晚餐：
中式炒菜＋饭＋汤 ６４１
零食：
icecream ＋蔓越莓干 １9９
Total Calories 1479
运动消耗(45 min pilate) 127 运动量不足. :(
4.17
然后是无比悲摧的周日，儿子生日当天，聚会时候太多好吃的了，尤其吃了很多高热量
的，炸鲜奶，油条，甜羹，蛋糕，一天下来至少摄入３０００大卡－－唉，我这是在增
肥还是在减肥啊。：（
更糟糕的是，忙了一天，晚上累得没有锻炼就陪睡了，全面失败！ |
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s*****y
发帖数: 4595 | 4 4.21
早餐：
肉包子+牛奶+蛋白 387
午餐：
米饭炒菜 426
晚餐：
蘑菇鸡肉意粉 641
零食：
蔓越莓干37
锻炼：
慢跑40分钟 -400 |
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h******g
发帖数: 11250 | 6 胖不是脂肪较多么？脂肪能练成蛋白质？
嗑药不都是吃蛋白么？ |
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v**********m
发帖数: 5516 | 8 说实话，我觉得王状元的结构生物学基础不错，只是他不适应结构生物学的这种拼机器
拼体力的新玩法，学术生涯被玩死了。
一个特别牛逼的结构生物学藤校老教授说过，结构生物学已经到了拼钱和体力的阶段，
他的组对11公表示甘拜下风，举手投降。 |
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f*******e
发帖数: 5594 | 9 你喜欢用wiki，就用这个定义吧，epigenetics is the study of cellular and physi
ological traits that are heritable by daughter cells and not caused by chang
es in the DNA sequence; Epigenetics describes the study of stable, long-term
alterations in the transcriptional potential of a cell.
这个epi是upon，over的意思。它确实包括环境的调控作用。它具体包括DNA甲基化，组
蛋白修饰，基因沉默等方式，但它不是指基因序列本身的改变。
人体内外的一体性，不是我发明的，是在道家中天人合一的思想。那本书里，其实从神
经系统的角度，也从一个侧面说明了这个思想。 |
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s**d
发帖数: 325 | 10 《CELL》发表尚永丰教授实验室揭示乳腺癌转移分子机理的研究成果
发布日期：2009-08-27 浏览次数：4952 字号：[ 大 中 小 ]
2009 年8月21日，《CELL》发表北京大学医学部生物化学与分子生物学系尚永丰教
授实验室的研究论文。论文题目为“LSD1 is a Subunit of the NuRD Complex and
Targets the Metastasis Programs in Breast Cancer”（Wang et al, CELL 138:
660-672, 2009. IF 31.253）。王艳博士为第一作者，尚永丰教授为责任作者。
乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一，而乳腺癌转移是导致患者死亡的主要原因。
乳腺癌转移的分子机理目前还不完全清楚。LSD1是第一个被发现的组蛋白去甲基化酶，
理论上对基因转录起广泛调控作用，但近期研究却表明LSD1只参与一些特异的细胞信号
通路的调控而且与多种肿瘤的发生发展高度相关，提示这一看似简单的酶在生理病理上
有着复杂的作用机制。尚永丰教授研究小组利用生物化学、分子生物学、 |
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L*********y
发帖数: 322 | 11 施扬：复旦大学分时教授和哈佛大学终生教授。1982年毕业于上海医科大学药学系，
1987年于纽约大学分子生物学专业获得博士学位。1991年受聘在哈佛大学医学院，于
2004年聘为哈佛终生教授，并从2009年开始受聘为波士顿儿童医院医学系Merton
Bernfield新生儿科学讲席教授。于2005年受聘复旦大学长江学者讲座教授，上海生物
医学研究院分时教授并担任本表观研究中心总负责人。2012年入选为“千人计划”讲座
教授 (B 类)。施扬教授长期从事生物化学以及分子生物学等方面的研究，并在表观遗
传学研究中取得突破性成就，在国际上率先发现了首个组蛋白去甲基酶并开创表观遗传
去甲基化领域，做为第一作者和通讯作者已发表过11篇Nature和Cell论文。 |
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m********5
发帖数: 17667 | 12 显然不是
这个计划说白了，就是让生物学家和医院积累大量原始数据
看普通人和病人蛋白表达上有哪些差异，哪些没有差异
但数据出来了是不会有任何结论的，数据量太大，误差也很多
得有人来组织数据，评估数据，挖掘数据，解释数据
说白了，千老就是造数据的，后面真的活儿还得码工和数学家干 |
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a******g
发帖数: 129 | 13 bob们太年轻了。故事会从195x年开始，除了介绍一下重大发现外，主要8g一下大牛们
，不过最近比较忙，所以会拖的比较长，希望大家谅解，先贴个大刚。
1.原核时代
2.操纵子模型
3.真核时代
4.核小体
5.组蛋白，转录，epigenetics及其他 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 14 老板不算扣的人
只是最近组里另外一些人花钱比较多
然后凑在一起，就有点难
240刀一个人是不多，但是我们6个人都要用啊，100 ml就是1500了 |
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a****o
发帖数: 1786 | 15 这是鸡生蛋还是蛋生鸡的问题
前些年有些人提出histone code
认为histone modificaitons编码了regulation informaiton of transcription
但是有些人认为，histone modification是transcription factor recruitment和转录
的结果，虽然histone modificaitons对维持这种状态又作用，但不是动因 |
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w*******2
发帖数: 2199 | 16 现在最新的结果支持哪派？
我总觉得accessibility比TF更基本 |
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a****o
发帖数: 1786 | 17 公说公有理，婆说婆有理
大家都有理
你说的这个也是很难说清谁是因谁是果 |
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b***d
发帖数: 102 | 18 在rational degign方面很多研究将实验和计算结合起来，是一个不错的探索。
david Baker组里利用Rosetta等软件设计、改造酶，再通过实验验证，在sicence
nature发表了重要研究成果。 但这方面非常烧钱啊，问题在于成功率。 |
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J********3
发帖数: 3151 | 19 在植物抗旱、耐盐与耐低温方面的研究硕果累累，在最近热门的Epigenetics方面，对
组蛋白H2B去泛素化（deubiquitination），DNA去甲基化和异染色质沉默方面的调控研
究也做的有声有色。 |
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g*********r
发帖数: 9366 | 20 这个我觉着不是这样
对于PI来说， 如果已经功成名就了，就等退休拿pension的，确实没啥，
但是对于还要申请funding 的， 大大的不妙了-- 为什么NIH要把钱给你？ 一个谁找俩
薄厚就能搞的东西，为啥给你大笔funding?
对于PhD 如果还没入门的就算了， 我说的是对于已经senior 或者毕业的学生，还是利
好的
光接结构的流程， 用的程序， 就不是一个搞biochemistry的人能搞定的， 虽说前面
搞结晶要trick， 后面接结构，你让一个没摸门的搞， 他也搞不定。没有自己数据顺
一遍，根本就没有那个机会去熟悉后面的东西。
这就是结晶学的一个特点--将来做一个有点专长的tech.而已
而去除了结晶的不确定性， 大公司也可以能扩展结构组。 往里面投钱， 就能出东西
。这还是要扩招人手的。 |
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i*******n
发帖数: 12 | 21 清华大学生命科学学院管吉松实验室现招聘博士后2名、研究助理1名、实习学生若干。
本实验室研究方向： 神经环路中长时程记忆的形成与调控的分子生物学基础。实验室
主要以小鼠为研究对象，结合遗
传学、 动物行为学、生物工程学（optogenetic)、电生理学、分子生物学和生物信息
学等手段，探索与发展全新的技
术手段，研究神经系统活动的长期调控机制。在神经细胞环路水平研究基因表达编码与
组蛋白修饰对神经环路的长时程
调控。
岗位要求：对研究脑的功能有强烈兴趣，乐于学习新的知识和敢于探索未知领域。
岗位设置：
1、博士后1名（电生理方向），具有比较强的在体电生理记录背景，或者有一定细胞电
生理背景但是愿意学习在体电
生理记录实验技术。
2、博士后1名（分子生物学方向），具有生物学或者医学相关专业博士学位，有工具病
毒包装经验的优先。
3、研究助理1名，具有本科学历，专业不限（生物学、物理学、计算机、化学、电子）
。要求懂得计算机应用；乐于
学习新鲜技术；有兴趣接触动物实验；有良好的英语阅读能力；有团队合作精神。有很
强动手能力者优先。有一种或多
种技能者（计算机编程、生化实验分析、光学背景、 |
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K*C
发帖数: 2825 | 22 多谢。我们组以前从一细菌clone的一个heterodimer protein,然后俩protein gene之
间那段序列是TTAATATTTTCTAAAAGGAAAGAGAC，其中AAGGAA是rbs，但是不是E.coli里面
最常见的，前面那段序列我觉得是有TAXXAT，应当是个promoter。你觉得呢？
然后这clone到pET里面也能很好表达。就是不知道前面一个protein是否比后面一个多
，因为两个一表达出来就bind到一起了。 |
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a******g
发帖数: 129 | 23 Steve Jacobsen @UCLA
Zhu Jiankang@UCR
Leading experts in this field. |
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z******5
发帖数: 30 | 24 做植物表观遗传学的牛人有谁呢?
尤其是做组蛋白修饰的. |
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R******d
发帖数: 1436 | 25 H3K4ac
H3K36ac
H4K8ac
H4K5ac
H2BK20ac |
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s********l
发帖数: 1195 | 27 对，盐浓度对尺寸排组影响不大，但是要保证出来的东西没有杂质会堵凝胶，上样前最
好过滤一下。
column |
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Z**********g
发帖数: 222 | 28 我也觉得现在的epigenetics研究挺乱的。感觉很多文章把chromatin dynamics与
epigenetics等同了，一概发生染色质和组蛋白修饰，就称为epigenetics。而事实上这
种chromatin state是否hereditable，尤其在establishing chromatin state的初始信
号消除之后是否仍然hereditable，很少文章提及。所以epigenetics本质上的可遗传性
以及这种遗传性不再依赖于初始细胞信号的特性，很少有人证明。 |
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B*******l
发帖数: 144 | 29 我觉得，细胞的分化跟本身的DNA序列不会有太多的作用。
应该是Epi-genetics的问题，也就是染色体的高级结构，组蛋白的修饰的问题。
现在的技术手段比较有局限性。 |
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Z******5
发帖数: 435 | 30 去UCSC genome browser上看看，主要看聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
合，就大概能猜到启动子位置。再结合RIKN用5'CAP方法找到的转录起始位点位置，如
果是在一起，那就非常准确了。
然后选取三四段不同长度的区域克隆到pGL3 basic载体上，看看活性就知道了。 |
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w****u
发帖数: 1078 | 31 Thank you for those two replied.
However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
合?
2) gene 5‘end的序列 is before which exon? Some literatures said is before
exon1. But my boss thought it is before ATG.
3) also, based on Ensemble transcripts, there are 4 different transcripts.
Every one has different start exon. in this situation, which is correct?
thanks |
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S*****s
发帖数: 287 | 32 Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Apr 14;106(15):6369-74. Epub 2009 Apr 1.
Structural rearrangement of CaMKIIalpha catalytic domains encodes activation.
Thaler C, Koushik SV, Puhl HL 3rd, Blank PS, Vogel SS.
看看这篇文章吧。作者用 two photon imagine 做 homoFRET 看 CaMKII 单体怎么样组
合成一个 enzyme complex。我觉得这个技术应该能解决你的问题。 |
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b**********8
发帖数: 349 | 33 小弟PhD第二年，一直在郁闷中度过，几度想退学，但是有没有后路，只得煎熬。
废话少说，言规正传吧，不知道大家有没有经历过这种情况。我们的project最初发现
一个基因（暂且称之为A）在肝癌组织和细胞株中普遍高表达，用shRNA方法敲出这个基
因后发现另一个与生长增殖有关的基因（称为B）表达水平也显著下调，在多个肝癌细
胞株里都能重复到这一结果，于是继续深入做了很多功能方面的研究。这一工作主要由
我前面的师姐完成，已经准备毕业答辩，文章也在修稿中，差不多快接受了。我来了后
老板让我继续研究A调节B的机制。后来因实验需要从Dharmacon公司买了针对A基因的
siRNA,是那种smartpool，就是四合一的那种，回来转染细胞后发现对A基因的沉默效率
几乎百分之百，但是不论怎样变换实验条件，就是观察不到原来对基因B的抑制效果，
从转染后第2天，一直到12天，中间还做过double transfection，始终没有结果。后来
实在没办法，把以前shRNA的序列发给Dharmacon公司，让他们合成siRNA,然后又能重复
到以前的现象。
我现在怀疑前面的A调节B的发现很可能是shRNA... 阅读全帖 |
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f**u
发帖数: 346 | 34 你说的emergency property以及multi-scale study是绝对的重大问题。
一般来说只要问题是在同一个scale内，就都比较好办。
所以很多时候两个相邻的scale都搞得挺清楚了，就是没法把两个scale联系起来。
举个版上大部分人能理解的例子，有关染色质的高级结构。
在分子水平上，DNA和组蛋白的结构都已经非常清楚了，核小体的结构也有了。
在亚细胞水平上，染色体的行为研究也已经一百多年了，搞得很清楚了。
但是这两个scale就是没法联系起来，所以现在染色质的高级结构就是不清楚。
在两个不同scale中间的东西就是尴尬，如果小一点，可以用X晶体看得很清楚，
如果大一点，显微镜可以看得清楚。可是它偏偏要大不大要小不小的。
X晶体的话太复杂做不了，显微镜又看不见他是什么样子。
谁要是解决了这个，估计够好几个诺贝尔奖了。
这个还只是从分子水平到亚细胞水平，
你说得bridge phenotype and genotype可以算是终极目标了吧。
我觉得认识到这个问题的人恐怕还是不少的，关键是怎么解决这个问题。
我还没有看到好的解决方案，不知道你只不知道这方面好的个例。
... 阅读全帖 |
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s*********t
发帖数: 600 | 35 太多了。
比如
做植物的Steve Jacobsen, Jian-Kang Zhu
做histone variants的 Steve Henikoff, Genevieve Almouzni, Carl Wu
做干细胞的Rudolf Jaenisch
做omics的Keji Zhao, Richard Young
做polycomb的Cavalli, Pirrotta
做DNA甲基化的Peter Jones, Adrian Bird, Wolf Reik, Azim Surani
做组蛋白修饰的Jerry Workman, Thomas Jenuwein, Tony Kouzarides，Shelley Berger，Ali Shilatifard
此外还有Rosenfeld， Shiv Grewal，Anjana Rao， Robert Kingston, 瑞士的Susan Gasser 。。。
你google Gurdon Conferences， Keystone, Cold spring harbor conference的epigenetics部分，给talk的都是大牛
哎，... 阅读全帖 |
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w******e
发帖数: 1187 | 36 NB! 第一次听说这个方向呵呵。请问这个领域都有哪些大组？
thx！ |
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p****p
发帖数: 3360 | 37 我不是这个领域的人。不太了解。不过这个领域的组都很大－－太烧钱了。
但是知道一个group，Guy Montelione在新泽西州立大学Rutgers。
Good luck. |
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m***o
发帖数: 272 | 38 我是不是还没有讲明白，急死了。转录和翻译的起始点我都困惑。
这个5UTR是在原来gene的intron里面。
关于翻译的起始点，是不是原则No1是第一个ATG一般就是起始的，No2 才是考虑Kozak
序列。虽然后面的两个有Kozak序列，但因为第一个ATG挡在那里，所以翻译还是从第一
个开始。
关于转录的起始点，我测了20多个序列了。如果第一个ATG的A为0，那么我只有一个在
大概-70（这是最远的），有2个在-4，其余的大概好几个就在+4+5+6位置，还有好多在
+15to+18之间（这个就是3个ATG的下游了）。（原来说的60个bp的差别该改成88个）。
如果在3个ATG的下游，那岂不就没法翻译了吗。不过PCR倾向于拷短的条带，所以有可
能放大了短的片段。
然后我用RT-PCR把5‘引物放在+24，可以看到很强的条带，放到-20条带就弱了很多，
放到-70位置，就更弱了。但是都能看到条带，而且对照很干净，所以就是说这些不同
长度的RNA都存在。而且还有可能-90的位置可能也转录了，但是我没有得到克隆测序。
所以我现在就很想知道转录到底哪是起始点。
另外做5-RACE，大家可以得到... 阅读全帖 |
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s*********t
发帖数: 600 | 40 必然是张毅吧。
张毅做组蛋白去甲基化酶之前已经在甲基化酶领域做了很多重要的工作。他发现的去甲
基化酶是一个家族，很多都和疾病什
么的有密切联系，当然比施扬重要多了。这两年他在新的DNA修饰，
hydroxymethylcytosine方面也做了很多工作，虽然
不是开创性的。 |
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g*********d
发帖数: 233 | 42 Box 1. Properties of euchromatic and heterochromatic regions
Trying to define heterochromatin is like trying to define life itself: a
cluster of important properties can be specified, but there are exceptions
in every instance. For example, centromeres are usually associated with
blocks of flanking heterochromatin. However, the inner centromere of
Drosophila chromosomes is associated with blocks of nucleosomes that contain
CENP-A (also known as CID), a variant of histone H3, interspersed with
bl... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 43 The role of small non-coding RNAs in genome stability and chromatin
organization
http://jcs.biologists.org/content/123/11/1825.full
Josien C. van Wolfswinkel and René F. Ketting*
Journal of Cell Science 123, 1825-1839
© 2010. Published by The Company of Biologists Ltd
doi:10.1242/jcs.061713
Summary
Small non-coding RNAs make up much of the RNA content of a cell and have
the potential to regulate gene expression on many different levels.
Initial discoveries in the 1990s and early 21st centur... 阅读全帖 |
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v*******3
发帖数: 119 | 47 CHIP已经作了块3个月了,
全程基本自己摸索
用的是cell signal chip kit及抗体,新鲜
问题一直在:
预实验作了很多,IgG (negative control) and H3(positive control) 有显著差异,
但是其它磷酸化组蛋白与转录因子均与IgG类似或者持平或更低
2. 实验用的是 1% formadehyde固定10分钟,全程按照kit说明书来,而且适当改进重要
步骤(如 increase cross link reverse time, 减少洗得次数)
3. 用的都是全都是cell signal 抗体, 并在非 cross link情况下，用WB证实可用
4. sonication后电泳证实DNA片断200-1000 bp间,符合要求，无气泡
所以现在我自己的猜想:
1. cross link mask the epitope of antigen, resulting no antibody binding
2. 1% formadehyde is too low, should increase to 1.5 or 1.8 %(... 阅读全帖 |
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R******d
发帖数: 1436 | 48 请问染色体开放，关闭的区域是不是交替存在。跨度有多大？里面包括多少基因？
开放，关闭的状态是不是经常会变？变是因为核小体还是因为dna甲基化还是组蛋白修
饰的原因呢？
多谢了。 |
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c**********8
发帖数: 458 | 49 近日中科院上海药物研究所/国家新药筛选中心的研究人员在小分子化合物提高iPS诱导
效率的研究中取得突破性研究成果，相关研究论文发表在重要核心期刊《Cell
Research 》上
《Cell Research》杂志于1990年创刊，2001年首次获得影响因子，创造了中国人创办
与出版的科技期刊首次突破2分的历史纪录。份杂志由中国科学院上海生命科学研究院
生物化学与细胞生物学研究所与中国细胞生物学学会共同主办，2006年与国际著名的自
然出版集团合作，通过优秀论文开辟快速审理的绿色通道，国际编委协助组织专题稿件
，期刊发表的优秀原创论文推荐到顶级学术期刊点评栏目等。并且在之后的这些年里，
影响因子逐步提升，今年其影响因子达增长至9.417，位于国际细胞生物学领域核心期
刊10%。
文章的通讯作者是中科院上海药物研究所/国家新药筛选中心的白人计划女博士谢欣，
本研究工作得到中科院干细胞先导专项及科技部重科学研究计划的支持。
干细胞具有在体外大量增殖和分化为细胞的潜能，可为再生医学的替代疗法提供充足的
细胞来源。2006年以来，日美科学家利用病毒载体转染不同转录因子（Oct4, So... 阅读全帖 |
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l**1
发帖数: 64 | 50 同济大学生命科学与技术学院江赐忠课题组招聘启事
诚聘副研究员（湿试验）一名
本研究组主要从事表观遗传基因调控机制。研究角度主要从胚胎和干细胞(ESC与iPSC)
两个层次。主要技术包括ChIP(染色质免疫沉淀)、高通量测序、生物信息学和基因组学
等手段。实验室主页见 http://www.tongji.edu.cn/~czjiang 。
待遇：
采用新机制进入同济大学高等研究院，对于优秀应聘者提供具有国内竞争力的特别薪酬
资助。
资格要求：
1. 具有2年或以上博士后经历；
2. 在生命医学领域做出过出色成果，以第一作者或通讯作者（均含并列）在本领域国
际知名SCI期刊上发表过文章；
3. 有很好的英语阅读、写作和交流能力；
4. 工作认真踏实，学术道德良好，有责任心、钻研和协作精神，能独立开展工作，具
有较强的发现问题、解决问题的能力，具有很大的学术发展潜力。
工作内容：
以果蝇与干细胞为模型，运用ChIP-seq技术，结合生物信息学手段，研究分析胚胎发育
、干细胞多能性维持与分化、重大疾病发生发展中关键组蛋白修饰、核小体重塑、特定
转录因子间的相互作用，及表观遗传基因调控机制。（掌... 阅读全帖 |
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