j*p
发帖数: 411 | 1 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 2 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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d**e
发帖数: 2420 | 3 第七批名单（95人）：
刘春明（中国科学院植物研究所植物分子生理学重点实验室主任，研究员）
曹罡 （华中农业大学动科动医学院农业微生物国家重点实验室楚天学者特聘教授， 博
士生导师）
梁学礼（Department of Agronomy/Genetics, Kansas State University退休教授）
林文量（香港大学生物科学学院副教授）
葛盛芳（上海交通大学医学院生物化学与分子生物学专业，研究员，博士生导师）
梁雪莲（仲恺农业工程学院生命科学院，教授）
仪治本（中北大学化工与环境学院生物工程系副教授）
任毅（北京市农林科学院， 博士）
鄢文豪（德国波茨坦大学Institute for Biochemistry and Biology博士后）
胡悦（美国NIH National Cancer Institute Research Fellow）
茆海亮（Umea Plant Science centre, Sweden，博后）
聂元元（江西省超级水稻研究发展中心 助理研究员）
张华（北京金冠丰生物技术有限公司，研发专员）
张群芳（中科院广州生物医药与健康研究院助理研究员）
... 阅读全帖 |
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d**e
发帖数: 2420 | 4 @方玄昌:“邮寄出的公开信只列入了一百名教授和研究员。邮件发出后，现在新收到的
教授和研究员签名又有了近二十名，其中不乏重量级科学家。特别告知：今天早上江西
省农业科学院水稻研究所陈大洲所长发来集体签名邮件——一贯低调的科学家，这次是
真的怒了。”
到目前为止共有十批签名，名单如下：
联署签名（自愿联署，签名者请将真实姓名、单位、职务发送至《基因农业网》编辑部
邮箱a******[email protected]，另，签名者的信息尽量详实以便于核实，以减少我们的工作。
）：
第一批签名名单如下（共32人）：
刘旭（中国工程院院士，中国农业科学院副院长）
范云六（中国工程院院士，中国农业科学院生物技术研究所）
戴景瑞（中国工程院院士，中国农业大学）
陈君石（中国工程院院士，中国疾病预防控制中心营养与食品安全所）
何祚庥（中国科学院院士，中国科学院理论物理研究所）
张启发（中国科学院院士，华中农业大学）
黄大昉（中国农业科学院生物技术研究所，研究员）
贾士荣（中国农业科学院生物技术研究所，研究员）
朱祯（中国科学院遗传与发育生物学研究所，研究员）
卢宝荣（复旦大学生态与进化生物学系主任，教授）
夏光敏（山... 阅读全帖 |
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r******f
发帖数: 987 | 5 我们现在测很多序列，但是都是准备好样品，送出去测，然后公司直接给报告，我们就
看报告。但是很想接触点测序结果的数据分析。路过的大侠给指点下做这个数据分析要
学什么软件呢？
听说要python，这个可以做测序结果的数据分析吗？但是貌似python并不是一种软件，
更像是一种语言，难道要自己编程？比较晕，求指点，多谢了。 |
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x***u
发帖数: 297 | 7 如果是想省钱的话就不用想了。基本上是培养出来一个，走一个。如果是想提升对数据
分析结果的理解，可以从broad institute 的 "best practice" 看起。 |
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发帖数: 1 | 8 做一回雷锋
如果你想从raw fastq data到结果，大概两个步骤：
1. raw fastq--bwa--mutation/gene expression
主要是read mapping，把GB level的原始数据BWA mapping得到bam file，然后如果你
的目标是找variants那就用GATK这样的主流软件
1a. 对于你来说，这个步骤里你主要需要学会linux environment，bash，学会用HPCC
来submit job，学会tune BWA/GATK的参数，是很容易的。
1b. 同时你要学会面对big data，都是比如300 million行的数据，处理一个全基因组
需要1TB空间，这个是很可怕的。大数据的storage，transfer都要注意。
1c. 什么BWA/GATK这种复杂算法高级原理C/JAVA的你不需要care
你可以理解这一步就是从海量海量的数据里初步filter出你要的东西，但是粗糙的东西
，不是完整产品
2. gene expression---统计分析/美丽的图图
这个主要是RNA-seq，你tophat之类的得到一堆基... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 9 基本上是培养出来一个，走一个
您是说培养出一个做计算的，就都跳槽转行去做data的了？
lol |
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s******s
发帖数: 13035 | 10 如果是RNA的话，现在有很多很方便的软件可以用。
可以拿这些上手啊，有些连mapping步骤都不用了。
不过一般linux得比较熟练，会点bash／perl／python。
再傻瓜的也可以用用galaxy嘛 |
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r******f
发帖数: 987 | 11 太感激了，真不愧是大侠啊，多谢指点，我慢慢学起来。
HPCC |
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r******f
发帖数: 987 | 12 我去看看best practice，也多谢指点啊。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 15 全不懂的，还是从有UI的东西学起吧。比如Galaxy, DNA Nexus, 7-bridges,
Firecloud,
后面三个记得以前都有free credit，先跑几个练练手。 |
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发帖数: 1 | 16 既然都找公司了，分析的工作交给公司好了。作为客户，我觉得有两点，一是理解数据
格式，比如BAM、BED；二是学会用IGV，可以用来读取并可视化BAM、BED、TDF、
Bedgraph等多种数据，也可以加载一些公共数据（如ENCODE），这样你就可以结合公司
的报告对这些报告产生的数据基础有个直观的认识。 |
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I******i
发帖数: 203 | 18 从哪里可以下载一个sample raw data？ 我想学习一下这些软件 |
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q*****g
发帖数: 1568 | 20 再炒一遍冷饭，中国的盗版问题绝对是民族软件业发展的大敌。
想想看中国一些比较好的民族产业是怎么发展起来的，都是在
开始阶段和鬼子比价格占据中低端市场起步的。你想想看，
一开始起步的民族产业，光轮质量怎么可能和搞了多年的跨国
垄断集团比？
现在倒好，微软的office和WPS的同样都是几块钱人民币一张光
盘。你说说看90%的人会选哪一个？WPS还怎么挣钱？
计算机最大的特点就是谁占有了市场标准，谁就拥有绝对优势。
一个“不兼容”就算你后来软件技术上再领先也没有用。现在
中国几乎人人都用盗版M$，这个时候你再来呼吁该用linux，
或者什么别的国货OS/office，有什么用？代价太大了。 |
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r******s
发帖数: 925 | 21 我知道牛人很多都在潜水，希望能抛砖引玉
注册这个新ID就是希望能碰到志同道合的人
1.机器人技术，现在国产工业机器人基本上事零，然而机械手的用途却非常广泛。
2.工业自动化，随着劳动力成本的升高，和对产品质量的追求，自动化的需求会越来越大
中国不会继续靠生产线上的工人机械式的动作来赚钱的
3.相关技术，这些相关技术都不是什么特别高深的技术，主要属于民用级别
但是一方面没有国产化，另一方面受制于美国的禁运条例，进口低端产品都很昂贵
在中国有很大的潜力和市场
a.电机技术：伺服，步进，直线电机等，点击是自动化的关节
b.编码器技术：光栅，电磁编码器
c.信号采集：编码器信号采集（以及芯片）
d.数模转换（以及芯片），据我所知一般民用的是12位AD/DA转换
e.运动控制技术，PLC
f.嵌入式软件技术（以及操作系统）
g.嵌入式硬件技术（以及芯片）
h.精密加工和制造
i.精密测量
j.机床与机器人
以上的是我所了解的一些这个产业链里面的相关技术，恐怕不是很全面，而且我的了解
并不是非常深入
如果你掌握了相关的技术，我们可以讨论以及找机会集体参加高交会，广交会等
同时也可以互补 |
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l*********g
发帖数: 1899 | 22 不包括支付宝倒是马云一直希望的。问题是强行剥离了支付宝，这威胁大股东日本软银
和雅虎的利益。而且不包括支付宝或金融业务会影响BABA的高估值。金融业务是BABA让
人最有想象力的业务。
我之前原帖中说的是：“而修订后的招股说明书中，阿里巴巴不只是享受支付宝的利益
，而是分享小微金服集团37.5%的利润。”这说明至少在招股书上列明：阿里巴巴集团
享受支付宝的利益。所以2者不是一种简单的“不包括”的关系。说句实在话，如果
BABA和支付宝或金融无关，BABA的股价很可能不会被炒到目前这个价位。
我引用“阿里巴巴两版招股书详解”如下（摘自http://wiki.mbalib.com/wiki/阿里巴巴上市#）:
2014年8月13日凌晨(北京时间)，阿里巴巴集团更新招股书，披露经阿里巴巴董事会、
雅虎、软银、小微金服等各方审议通过的阿里巴巴集团和小微金服集团的股权和资产购
买协议，并终止了2011年各方达成的框架协议。
一、阿里集团至少获93.75亿美元回报
公开资料显示，2011年7月，阿里巴巴集团、雅虎和软银就支付宝股权分拆事宜签
署的正式协议主要包含两层：
一是支付宝每年向阿里巴巴集团... 阅读全帖 |
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r******s
发帖数: 925 | 23 申请机器人技术(robotics)俱乐部
申请人：robotics
中文版名：机器人技术
英文版名：robotics
建版目的：给各位喜欢机器人技术的网友提供一个交流的平台
讨论与机器人相关的技术与商业设想，以下是相关技术
a.电机技术：伺服，步进，直线电机等，点击是自动化的关节
b.编码器技术：光栅，电磁编码器
c.信号采集：编码器信号采集（以及芯片）
d.数模转换（以及芯片），据我所知一般民用的是12位AD/DA转换
e.运动控制技术，PLC
f.嵌入式软件技术（以及操作系统）
g.嵌入式硬件技术（以及芯片）
h.精密加工和制造
i.精密测量
j.机床与机器人
k.人工智能
l.还有很多俺不知道的机器人相关技术
我知道俱乐部不同于公共版，俱乐部基于成员制，适合小规模人群讨论一些共同
关心的话题。大家广泛关心的话题更适合申请公共版。
确信我这个申请更适合俱乐部而不是公共版: 是
我明白我将对这个俱乐部负起全部的责任, 我辞职之前必须指定继承人，否则俱
乐部将被关闭: 是
申请日期：2008年4月6日
请有心加入此俱乐部的朋友re这个文章我会把支持ID添加到列表
斑竹及板斧人选:
ro |
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r******s
发帖数: 925 | 24 我知道牛人很多都在潜水，希望能抛砖引玉
注册这个新ID就是希望能碰到志同道合的人
1.机器人技术，现在国产工业机器人基本上事零，然而机械手的用途却非常广泛。
2.工业自动化，随着劳动力成本的升高，和对产品质量的追求，自动化的需求会越来越大
中国不会继续靠生产线上的工人机械式的动作来赚钱的
3.相关技术，这些相关技术都不是什么特别高深的技术，主要属于民用级别
但是一方面没有国产化，另一方面受制于美国的禁运条例，进口低端产品都很昂贵
在中国有很大的潜力和市场
a.电机技术：伺服，步进，直线电机等，点击是自动化的关节
b.编码器技术：光栅，电磁编码器
c.信号采集：编码器信号采集（以及芯片）
d.数模转换（以及芯片），据我所知一般民用的是12位AD/DA转换
e.运动控制技术，PLC
f.嵌入式软件技术（以及操作系统）
g.嵌入式硬件技术（以及芯片）
h.精密加工和制造
i.精密测量
j.机床与机器人
以上的是我所了解的一些这个产业链里面的相关技术，恐怕不是很全面，而且我的了解
并不是非常深入
如果你掌握了相关的技术，我们可以讨论以及找机会集体参加高交会，广交会等
同时也可以互补 |
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N**O
发帖数: 1106 | 25 sp:)
申请机器人技术(robotics)俱乐部
申请人：robotics
中文版名：机器人技术
英文版名：robotics
建版目的：给各位喜欢机器人技术的网友提供一个交流的平台
讨论与机器人相关的技术与商业设想，以下是相关技术
a.电机技术：伺服，步进，直线电机等，点击是自动化的关节
b.编码器技术：光栅，电磁编码器
c.信号采集：编码器信号采集（以及芯片）
d.数模转换（以及芯片），据我所知一般民用的是12位AD/DA转换
e.运动控制技术，PLC
f.嵌入式软件技术（以及操作系统）
g.嵌入式硬件技术（以及芯片）
h.精密加工和制造
i.精密测量
j.机床与机器人
k.人工智能
l.还有很多俺不知道的机器人相关技术
我知道俱乐部不同于公共版，俱乐部基于成员制，适合小规模人群讨论一些共同
关心的话题。大家广泛关心的话题更适合申请公共版。
确信我这个申请更适合俱乐部而不是公共版: 是
我明白我将对这个俱乐部负起全部的责任, 我辞职之前必须指定继承人，否则俱
乐部将被关闭: 是
申请日期：2008年4月6日
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斑竹及板斧 |
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发帖数: 1 | 26 为什么[敏感词]人员们只知道自个儿写帖和或回复其他[敏感词]人员的帖子呢？
为什么不到pre-existing用户们的帖子下面交通联谊打成一片呢？
是软件技术问题？还是人员素质问题呢？
不懂就问，大家怎么看？ |
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l*****8
发帖数: 1083 | 27 还在学校，所以对职业前景的了解和规划还很模糊。
个人对这两方面都挺感兴趣的，目前也有面试在进行中，ds和sde都有。请大牛来分析
分析两者的职业发展。先谈一点个人的浅见，抛砖引玉。
1. ds的技术积累感觉比sde更有价值，软件技术更新换代很快，老的技术就被淘汰了。
老年的ds应该比sde有优势。
2. ds站在一个更高的高度看问题，分析问题；sde则更专注于技术细节和实现。
3. sde就业机会更多，市场大；同等级的sde是否也比ds薪水高？
还请大牛们多多指点。 |
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S********S
发帖数: 486 | 28 【 以下文字转载自 Seattle 讨论区 】
发信人: SeattleBBS (BBS), 信区: Seattle
标 题: 陈淑宁：凝聚人才---开放性平台和开放资本
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Sep 4 00:37:15 2009, 美东)
【访谈时间】2008年2月25日
【演讲嘉宾】陈淑宁
文思创新公司，（NYSE:VIT）VanceInfo 创始人/CEO
陈淑宁1985年毕业于清华大学，1989年获得华中理工大学工程学硕士学位。毕业后在长
城计算机软件技术公司从事中文信息处理软件开发工作。1995年成立文思，由工程师转
变成创业者。文思成立至今已超过11年，致力于IT外包和软件服务，为IT、金融、通信
、软件、民用航空、制造业、零售业等领域的全球客户提供测试 & 验证、本地化 & 全
球化、应用软件开发及维护、企业解决方案和业务流程外包等方面的服务。已经成为众
多全球500强企业在中国的重要合作伙伴。
2007年美国东部时间12月12日，文思信息科技有限公司正式在纽约证券交易所挂盘
上市。当日收盘价为9.96美元，较发行价8.50美元上涨17.2%。 此 |
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K*Q
发帖数: 1001 | 29 近日，腾讯官方招聘页面上出现大量杀毒安全类的职位信息，其中包括杀毒软件技术开
发人员和产品经理等累计10名人员。 业内人士分析，继QQ医生内置诺顿工 具之后如此
大规模的招聘标志着2010年腾讯有意大举进军杀毒领域。腾讯一直拥有较全的互联网产
品业务布局，但在安全领域一直是块短板。近日，小编在腾讯招聘网站http://hr.tencent.com上无意中发现了腾讯近期正在招聘与安全相关的职位，岗位之全，数量之多，暴露出了 腾讯大举进军安全领域的战略。
腾讯此次招聘的安全类职位，大体上分为杀毒软件和安全辅助工具QQ医生两类。在腾讯
招聘网站上搜索 TR(腾讯研究院Tencent Research相关职位)，结果展示的是腾讯研究
院最近正在招聘的技术开发人员和产品负责人职位。
其 中杀毒软件技术开发人员职位包括反病毒引擎开发、防护系统开发(文件格式、脚本
类、PE类)等，如下图所示：
说明：其中的反病毒引擎开发(PE类)指的是与 PE类病毒相关的反病毒引擎技术开 发工
作(PE病毒是指所有感染Windows下PE文件格式文件的病毒，对于一个热衷于病毒技术的
人来说，PE病毒是必须掌握的 |
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Q*K
发帖数: 3464 | 30 令所有中小企业魂牵梦绕的资本市场，对于一家名叫汉得信息技术股份有限公司（下称
上海汉得，一家从事ERP的软件公司）的公司，却并非遥不可及的神圣殿堂。
实际上，这家来自上海的民营企业，只用了八年时间，就轻松完成了在A股市场的
一出一进。记者调查发现，上海汉得与上市公司大众公用和海立股份之间有着千丝万缕
的关系。
A股归去来
11月24日，上海汉得首发过会。
但不为外界所知的是，本次过会并非是上海汉得与资本市场的第一次亲密接触，早
在十年前的2000年，上海汉得就已是A股上市公司的参与者。
只不过，与此前从主板上市公司中悄然离去不同，这家从事ERP软件开发和销售的
公司这一次选择的是更加火热的创业板市场。
上海汉得在11月19日公开披露的招股书中坦承，“发行人收购了大众汉得与ERP实
施服务相关的全部资产与人员，公司目前业务是在本次资产收购基础上发展而来”。
记者发现，收购大众汉得的是一家名为上海全富汉得软件技术有限公司的企业，而
该公司正是本次上市的上海汉得的前身，公司于2009年2月更名为上海汉得。
更为具体的信息显示，上述收购发生在2002年7月，而大众汉得的全名为上海大众
汉得计算... 阅读全帖 |
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q*****g
发帖数: 1568 | 31 再炒一遍冷饭，中国的盗版问题绝对是民族软件业发展的大敌。
想想看中国一些比较好的民族产业是怎么发展起来的，都是在
开始阶段和鬼子比价格占据中低端市场起步的。你想想看，
一开始起步的民族产业，光轮质量怎么可能和搞了多年的跨国
垄断集团比？
现在倒好，微软的office和WPS的同样都是几块钱人民币一张光
盘。你说说看90%的人会选哪一个？WPS还怎么挣钱？
计算机最大的特点就是谁占有了市场标准，谁就拥有绝对优势。
一个“不兼容”就算你后来软件技术上再领先也没有用。现在
中国几乎人人都用盗版M$，这个时候你再来呼吁该用linux，
或者什么别的国货OS/office，有什么用？代价太大了。 |
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f*r
发帖数: 3968 | 32 描绘暗物质分布图
编译：Alex
十多年以来，天文学家们认为宇宙中百分之九十的物质是不可见的，它们“失踪”了
。然而，暗物质在宇宙结构的演化起着关键作用，所以证实这些“暗物质”的存在，是我
们理解宇宙的至关重要的一步。现在关于暗物质的本原有许多理论，每一种对其在宇宙中
分布的预言不尽相同，(右图是依照最近一个较为流行的理论预言所绘制的跨越1亿光年的
暗物质结构图)。如果知道暗物质的实际分布情况，就能够帮我们进一步理解暗物质、理
解宇宙。但是暗物质是“透明”的，不发射光线；那么我们怎们才能看到它们，了解它们
的分布情况呢？
贝尔实验室的科学家们创造了一种方法，用来给暗物质结构画幅图。贝尔实验室的这
套摄像和软件技术，叫做“'引力透镜'质量分布绘图术”（gravitational lens mass
tomography），给我们开启了一扇观察宇宙的新窗口。它被用来研究宇宙中众多区域的暗
物质聚集程度——从星系团周围的大质量的星系晕，到距地球30到60亿光年的大尺度暗物
质结构演化。
不管物质“暗”不“暗”，只要它有质量，光线就会依照其周围的引力场改变光路。
如左图 |
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