d****e
发帖数: 10 | 1 ［文献俱乐部 2007－2－7］
SNP可能位于基因编码区内，也可能出现在非编码区。位于编码区内的SNP(称为cSNP)较
少。但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，尤其是非同义cSNP(non-synonymous
cSNP),单个核苷酸的改变使得其指令翻译的蛋白质序列发生改变，从而可能直接影响蛋
白质的功能。
同义cSNP(synonymous cSNP),不影响蛋白质的氨基酸序列，所以一般认为突变碱基与未
突变碱基的含义相同。
今天，我向大家推荐一篇研究文章，讲述了一个很罕见的故事：同义cSNP改变了蛋白质
结构。
摘要请阅 http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/315/5811/525
明天文献俱乐部后再向大家汇报大牛们是如何评价的。欢迎问题和点评。 | s******y
发帖数: 28562 | 2 我也根据大家的讲话讲一下
如果某个codon 非常 rare,相对应的T-RNA太少的话，
使得某个蛋白翻译暂停的时间过久，一方面，会导致
频繁的翻译中断产生大量小片断--〉蛋白沉淀
另一方面，一般认为蛋白折叠的时候，是由local regime
先折叠，然后再总体把折叠好的local structure加起来调整
调整的。在这种情况下，timing, 和折叠顺序，对最终结构
是有影响的。 | d****e
发帖数: 10 | 3 总体评价是：
1。 同义的cSNP可能导致蛋白质结构变化不是新idea。
2。没有证实C3435T导致的reduced codon usage(from 47% to 35%)直接引起蛋白质结
构变化。
3。提醒大家在自己的研究中不能忽视同义cSNP。
讨论会上，对这篇文章最大的质问就是该文发表的研究数据并没有证实文章标题所说的：
A silent polymorphism in the MDR1 gene changes substrate specificity.
原文一开始就说
"The functions of P-gp for all single polymorphism plasmids as well as for
wild-type MDR1, as
measured by intracellular accumulation or by efflux of fluorescent compounds
, were not distinguishable
under standard conditions. HeLa cells expressiing double |
|
